Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3907
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3907, 421 aa
1>>>pF1KE3907 421 - 421 aa - 421 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8615+/-0.00105; mu= 8.8619+/- 0.062
mean_var=102.1658+/-21.507, 0's: 0 Z-trim(105.5): 102 B-trim: 5 in 1/51
Lambda= 0.126888
statistics sampled from 8335 (8453) to 8335 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.632), E-opt: 0.2 (0.26), width: 16
Scan time: 2.820
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS46.2 ARHGEF16 gene_id:27237|Hs108|chr1 ( 709) 2738 512.3 5.8e-145
CCDS46938.1 ARHGEF26 gene_id:26084|Hs108|chr3 ( 871) 1435 273.8 4.4e-73
CCDS58858.1 ARHGEF26 gene_id:26084|Hs108|chr3 ( 791) 1169 225.1 1.9e-58
CCDS46544.1 NGEF gene_id:25791|Hs108|chr2 ( 618) 978 190.1 5e-48
CCDS2500.1 NGEF gene_id:25791|Hs108|chr2 ( 710) 978 190.1 5.7e-48
CCDS170.1 ARHGEF19 gene_id:128272|Hs108|chr1 ( 802) 843 165.4 1.7e-40
CCDS34771.1 ARHGEF5 gene_id:7984|Hs108|chr7 (1597) 835 164.1 8.7e-40
CCDS11139.1 ARHGEF15 gene_id:22899|Hs108|chr17 ( 841) 649 129.9 8.8e-30
CCDS1711.2 ITSN2 gene_id:50618|Hs108|chr2 (1670) 320 69.8 2.2e-11
CCDS1710.2 ITSN2 gene_id:50618|Hs108|chr2 (1697) 320 69.8 2.2e-11
>>CCDS46.2 ARHGEF16 gene_id:27237|Hs108|chr1 (709 aa)
initn: 2738 init1: 2738 opt: 2738 Z-score: 2716.0 bits: 512.3 E(32554): 5.8e-145
Smith-Waterman score: 2738; 99.5% identity (100.0% similar) in 421 aa overlap (1-421:289-709)
10 20 30
pF1KE3 MFEILTSEFSYQHSLSILVEEFLQSKELRA
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CCDS46 AQVTWSQLPEVVELGILDQLSTEERKRQEAMFEILTSEFSYQHSLSILVEEFLQSKELRA
260 270 280 290 300 310
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 TVTQMEHHHLFSNILDVLGASQRFFEDLEQRHKAQVLVEDISDILEEHAEKYFHPYIAYC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::
CCDS46 TVTQMEHHHLFSNILDVLGASQRFFEDLEQRHKAQVLVEDISDILEEHAEKHFHPYIAYC
320 330 340 350 360 370
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 SNEVYQQRTLQKLISSNAAFREALREIERRPACGGLPMLSFLILPMQRVTRLPLLMDTLC
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CCDS46 SNEVYQQRTLQKLISSNAAFREALREIERRPACGGLPMLSFLILPMQRVTRLPLLMDTLC
380 390 400 410 420 430
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 LKTQGHSERYKAASRALKAISKLVRQCNEGAHRMERMEQMYTLHTQLDFSKVKSLPLISA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 LKTQGHSERYKAASRALKAISKLVRQCNEGAHRMERMEQMYTLHTQLDFSKVKSLPLISA
440 450 460 470 480 490
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 SRWLLKRGELFLVEETGLFRKIASRPTCYLFLFNDVLVATKKKSEESYMVQDYAQMNHIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::
CCDS46 SRWLLKRGELFLVEETGLFRKIASRPTCYLFLFNDVLVVTKKKSEESYMVQDYAQMNHIQ
500 510 520 530 540 550
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 VEKIEPSELPLPGGGNRSSSVPHPFQVTLLRNSEGRQEQLLLSSDSASDRARWIVALTHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 VEKIEPSELPLPGGGNRSSSVPHPFQVTLLRNSEGRQEQLLLSSDSASDRARWIVALTHS
560 570 580 590 600 610
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 ERQWQGLSSKGDLPQVEITKAFFAKQADEVTLQQADVVLVLQQEDGWLYGERLRDGETGW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 ERQWQGLSSKGDLPQVEITKAFFAKQADEVTLQQADVVLVLQQEDGWLYGERLRDGETGW
620 630 640 650 660 670
400 410 420
pF1KE3 FPEDFARFITSRVAVEGNVRRMERLRVETDV
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 FPEDFARFITSRVAVEGNVRRMERLRVETDV
680 690 700
>>CCDS46938.1 ARHGEF26 gene_id:26084|Hs108|chr3 (871 aa)
initn: 1217 init1: 955 opt: 1435 Z-score: 1425.5 bits: 273.8 E(32554): 4.4e-73
Smith-Waterman score: 1435; 53.1% identity (77.3% similar) in 431 aa overlap (1-421:444-871)
10 20 30
pF1KE3 MFEILTSEFSYQHSLSILVEEFLQSKELRA
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CCDS46 LRSTWSQLSAVKRKGLSQTVSQEERKRQEAIFEVISSEHSYLLSLEILIRMFKNSKELSD
420 430 440 450 460 470
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 TVTQMEHHHLFSNILDVLGASQRFFEDLEQRHKAQVLVEDISDILEEHAEKYFHPYIAYC
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CCDS46 TMTKTERHHLFSNITDVCEASKKFFIELEARHQNNIFIDDISDIVEKHTASTFDPYVKYC
480 490 500 510 520 530
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 SNEVYQQRTLQKLISSNAAFREALREIERRPACGGLPMLSFLILPMQRVTRLPLLMDTLC
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CCDS46 TNEVYQQRTLQKLLATNPSFKEVLSRIESHEDCRNLPMISFLILPMQRVTRLPLLMDTIC
540 550 560 570 580 590
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 LKTQGHSERYKAASRALKAISKLVRQCNEGAHRMERMEQMYTLHTQLDFSKVKSLPLISA
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CCDS46 QKTPKDSPKYEVCKRALKEVSKLVRLCNEGARKMERTEMMYTINSQLEF-KIKPFPLVSS
600 610 620 630 640 650
220 230 240 250 260
pF1KE3 SRWLLKRGELF-LVEETGLFRKIASRPTCYLFLFNDVLVATKKKSEESYMVQDYAQMNHI
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CCDS46 SRWLVKRGELTAYVEDTVLFSRRTSKQQVYFFLFNDVLIITKKKSEESYNVNDYSLRDQL
660 670 680 690 700 710
270 280 290 300 310 320
pF1KE3 QVEKIEPSELPLPGGGN-------RSSSVPHPFQVTLLRNSEGRQEQLLLSSDSASDRAR
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CCDS46 LVESCDNEELNSSPGKNSSTMLYSRQSSASHLFTLTVLSNHANEKVEMLLGAETQSERAR
720 730 740 750 760 770
330 340 350 360 370 380
pF1KE3 WIVALTHSERQWQGLSSKGDLPQVEITKAFFAKQADEVTLQQADVVLVLQQ-EDGWLYGE
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CCDS46 WITALGHS--SGKPPADRTSLTQVEIVRSFTAKQPDELSLQVADVVLIYQRVSDGWYEGE
780 790 800 810 820 830
390 400 410 420
pF1KE3 RLRDGETGWFPEDFARFITSRVAVEGNVRRMERLR-VETDV
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CCDS46 RLRDGERGWFPMECAKEITCQATIDKNVERMGRLLGLETNV
840 850 860 870
>>CCDS58858.1 ARHGEF26 gene_id:26084|Hs108|chr3 (791 aa)
initn: 1063 init1: 944 opt: 1169 Z-score: 1163.0 bits: 225.1 E(32554): 1.9e-58
Smith-Waterman score: 1169; 54.1% identity (78.1% similar) in 338 aa overlap (1-330:444-780)
10 20 30
pF1KE3 MFEILTSEFSYQHSLSILVEEFLQSKELRA
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CCDS58 LRSTWSQLSAVKRKGLSQTVSQEERKRQEAIFEVISSEHSYLLSLEILIRMFKNSKELSD
420 430 440 450 460 470
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 TVTQMEHHHLFSNILDVLGASQRFFEDLEQRHKAQVLVEDISDILEEHAEKYFHPYIAYC
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CCDS58 TMTKTERHHLFSNITDVCEASKKFFIELEARHQNNIFIDDISDIVEKHTASTFDPYVKYC
480 490 500 510 520 530
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 SNEVYQQRTLQKLISSNAAFREALREIERRPACGGLPMLSFLILPMQRVTRLPLLMDTLC
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CCDS58 TNEVYQQRTLQKLLATNPSFKEVLSRIESHEDCRNLPMISFLILPMQRVTRLPLLMDTIC
540 550 560 570 580 590
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 LKTQGHSERYKAASRALKAISKLVRQCNEGAHRMERMEQMYTLHTQLDFSKVKSLPLISA
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CCDS58 QKTPKDSPKYEVCKRALKEVSKLVRLCNEGARKMERTEMMYTINSQLEF-KIKPFPLVSS
600 610 620 630 640 650
220 230 240 250 260
pF1KE3 SRWLLKRGELF-LVEETGLFRKIASRPTCYLFLFNDVLVATKKKSEESYMVQDYAQMNHI
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CCDS58 SRWLVKRGELTAYVEDTVLFSRRTSKQQVYFFLFNDVLIITKKKSEESYNVNDYSLRDQL
660 670 680 690 700 710
270 280 290 300 310 320
pF1KE3 QVEKIEPSELPLPGGGN-------RSSSVPHPFQVTLLRNSEGRQEQLLLSSDSASDRAR
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CCDS58 LVESCDNEELNSSPGKNSSTMLYSRQSSASHLFTLTVLSNHANEKVEMLLGAETQSERAR
720 730 740 750 760 770
330 340 350 360 370 380
pF1KE3 WIVALTHSERQWQGLSSKGDLPQVEITKAFFAKQADEVTLQQADVVLVLQQEDGWLYGER
::.:: ::
CCDS58 WITALGHSSGKPPADRTCG
780 790
>>CCDS46544.1 NGEF gene_id:25791|Hs108|chr2 (618 aa)
initn: 928 init1: 574 opt: 978 Z-score: 975.7 bits: 190.1 E(32554): 5e-48
Smith-Waterman score: 978; 37.8% identity (70.7% similar) in 426 aa overlap (1-420:186-600)
10 20 30
pF1KE3 MFEILTSEFSYQHSLSILVEEFLQSKELRA
:::..::: :: .::..:: .:......:
CCDS46 RFNLWQDLPEIRSSGVLEILQPEEIKLQEAMFELVTSEASYYKSLNLLVSHFMENERIRK
160 170 180 190 200 210
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 TVTQMEHHHLFSNILDVLGASQRFFEDLEQRHKAQVLVEDISDILEEHAEKYFHPYIAYC
. : : ::::.::::..:.::. .::.: . .... :. ::. ..: .: ::.:
CCDS46 ILHPSEAHILFSNVLDVLAVSERFLLELEHRMEENIVISDVCDIVYRYAADHFSVYITYV
220 230 240 250 260 270
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 SNEVYQQRTLQKLISSNAAFREALREIERRPACGGLPMLSFLILPMQRVTRLPLLMDTLC
::..::.:: ..:.. .::::: . ..: : : :::. ::::::.::.::: ::....
CCDS46 SNQTYQERTYKQLLQEKAAFRELIAQLELDPKCRGLPFSSFLILPFQRITRLKLLVQNIL
280 290 300 310 320 330
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 LKTQGHSERYKAASRALKAISKLVRQCNEGAHRMERMEQMYTLHTQLDFSKVKSLPLISA
... .::: .: : : . .:. ::::...: : ::: ... ...: :.::.:.::
CCDS46 KRVEERSERECTALDAHKELEMVVKACNEGVRKMSRTEQMISIQKKMEF-KIKSVPIISH
340 350 360 370 380 390
220 230 240 250 260
pF1KE3 SRWLLKRGELFLVEETGLFRKIASRPTC---YLFLFNDVLVATKKKSEESYMVQDYAQMN
::::::.::: . : . .. :::::::.:: .. ..:.: : : .
CCDS46 SRWLLKQGELQQMSGPKTSRTLRTKKLFHEIYLFLFNDLLVICRQIPGDKYQVFDSAPRG
400 410 420 430 440 450
270 280 290 300 310 320
pF1KE3 HIQVEKIEPSELPLPGGGNRSSSVPHPFQVTLLRNSEGRQEQLLLSSDSASDRARWIVAL
..::..: ...... . : . ::.:.. :. .:...: :. ::...:
CCDS46 LLRVEELE----------DQGQTLANVFILRLLENADDREATYMLKASSQSEMKRWMTSL
460 470 480 490 500
330 340 350 360 370 380
pF1KE3 THSER-QWQGLSSKG-DLPQVEITKAFFAKQADEVTLQQADVVLVLQQ-EDGWLYGERLR
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CCDS46 APNRRTKFVSFTSRLLDCPQVQCVHPYVAQQPDELTLELADILNILDKTDDGWIFGERLH
510 520 530 540 550 560
390 400 410 420
pF1KE3 DGETGWFPEDFARFITSRVAVEGNVRRMERLRVETDV
: : :::: .... : . :... :.. :
CCDS46 DQERGWFPSSMTEEILNPKIRSQNLKECFRVHKMDDPQRSQNKDRRKLGSRNRQ
570 580 590 600 610
>>CCDS2500.1 NGEF gene_id:25791|Hs108|chr2 (710 aa)
initn: 928 init1: 574 opt: 978 Z-score: 974.8 bits: 190.1 E(32554): 5.7e-48
Smith-Waterman score: 978; 37.8% identity (70.7% similar) in 426 aa overlap (1-420:278-692)
10 20 30
pF1KE3 MFEILTSEFSYQHSLSILVEEFLQSKELRA
:::..::: :: .::..:: .:......:
CCDS25 RFNLWQDLPEIRSSGVLEILQPEEIKLQEAMFELVTSEASYYKSLNLLVSHFMENERIRK
250 260 270 280 290 300
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 TVTQMEHHHLFSNILDVLGASQRFFEDLEQRHKAQVLVEDISDILEEHAEKYFHPYIAYC
. : : ::::.::::..:.::. .::.: . .... :. ::. ..: .: ::.:
CCDS25 ILHPSEAHILFSNVLDVLAVSERFLLELEHRMEENIVISDVCDIVYRYAADHFSVYITYV
310 320 330 340 350 360
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 SNEVYQQRTLQKLISSNAAFREALREIERRPACGGLPMLSFLILPMQRVTRLPLLMDTLC
::..::.:: ..:.. .::::: . ..: : : :::. ::::::.::.::: ::....
CCDS25 SNQTYQERTYKQLLQEKAAFRELIAQLELDPKCRGLPFSSFLILPFQRITRLKLLVQNIL
370 380 390 400 410 420
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 LKTQGHSERYKAASRALKAISKLVRQCNEGAHRMERMEQMYTLHTQLDFSKVKSLPLISA
... .::: .: : : . .:. ::::...: : ::: ... ...: :.::.:.::
CCDS25 KRVEERSERECTALDAHKELEMVVKACNEGVRKMSRTEQMISIQKKMEF-KIKSVPIISH
430 440 450 460 470 480
220 230 240 250 260
pF1KE3 SRWLLKRGELFLVEETGLFRKIASRPTC---YLFLFNDVLVATKKKSEESYMVQDYAQMN
::::::.::: . : . .. :::::::.:: .. ..:.: : : .
CCDS25 SRWLLKQGELQQMSGPKTSRTLRTKKLFHEIYLFLFNDLLVICRQIPGDKYQVFDSAPRG
490 500 510 520 530 540
270 280 290 300 310 320
pF1KE3 HIQVEKIEPSELPLPGGGNRSSSVPHPFQVTLLRNSEGRQEQLLLSSDSASDRARWIVAL
..::..: ...... . : . ::.:.. :. .:...: :. ::...:
CCDS25 LLRVEELE----------DQGQTLANVFILRLLENADDREATYMLKASSQSEMKRWMTSL
550 560 570 580 590
330 340 350 360 370 380
pF1KE3 THSER-QWQGLSSKG-DLPQVEITKAFFAKQADEVTLQQADVVLVLQQ-EDGWLYGERLR
. ..: .. ...:. : :::. .. . :.: ::.::. ::.. .:.. .:::..::::.
CCDS25 APNRRTKFVSFTSRLLDCPQVQCVHPYVAQQPDELTLELADILNILDKTDDGWIFGERLH
600 610 620 630 640 650
390 400 410 420
pF1KE3 DGETGWFPEDFARFITSRVAVEGNVRRMERLRVETDV
: : :::: .... : . :... :.. :
CCDS25 DQERGWFPSSMTEEILNPKIRSQNLKECFRVHKMDDPQRSQNKDRRKLGSRNRQ
660 670 680 690 700 710
>>CCDS170.1 ARHGEF19 gene_id:128272|Hs108|chr1 (802 aa)
initn: 837 init1: 494 opt: 843 Z-score: 840.4 bits: 165.4 E(32554): 1.7e-40
Smith-Waterman score: 843; 36.8% identity (65.3% similar) in 427 aa overlap (2-419:382-794)
10 20 30
pF1KE3 MFEILTSEFSYQHSLSILVEEFLQSKELRAT
::..::: :: ::::. : .:: : ::
CCDS17 FSLWQDIPDVRGSGVLATLSLRDCKLQEAKFELITSEASYIHSLSVAVGHFLGSAELSEC
360 370 380 390 400 410
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 VTQMEHHHLFSNILDVLGASQRFFEDLEQRHKAQVLVEDISDILEEHAEKYFHPYIAYCS
. .... :::.. .: ..:.::..::::: .:.:: .. :.. .: . . :. : .
CCDS17 LGAQDKQWLFSKLPEVKSTSERFLQDLEQRLEADVLRFSVCDVVLDHCPAFRRVYLPYVT
420 430 440 450 460 470
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 NEVYQQRTLQKLISSNAAFREALREIERRPACGGLPMLSFLILPMQRVTRLPLLMDTLCL
:..::.:: :.:. : : : ..:. :.: ::. ::::::.::.::: .:....
CCDS17 NQAYQERTYQRLLLENPRFPGILARLEESPVCQRLPLTSFLILPFQRITRLKMLVENILK
480 490 500 510 520 530
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 KTQGHSERYKAASRALKAISKLVRQCNEGAHRMERMEQMYTLHTQLDFSKVKSLPLISAS
.: :: :..:..:...::..:: ... :.: :.. : .. : : .:::: .
CCDS17 RTAQGSEDEDMATKAFNALKELVQECNASVQSMKRTEELIHLSKKIHFEG-KIFPLISQA
540 550 560 570 580 590
220 230 240 250 260
pF1KE3 RWLLKRGELFLVEETGLFR------KIASRPTCYLFLFNDVLVATKKKSEESYMVQDYAQ
:::...:: ::: . : :..:. . :: :::: :. ...: .. : .:.
CCDS17 RWLVRHGE--LVELAPLPAAPPAKLKLSSK-AVYLHLFNDCLLLSRRKELGKFAVFVHAK
600 610 620 630 640
270 280 290 300 310 320
pF1KE3 MNHIQVEKIEPSELPLPGGGNRSSSVPHPFQVTLLRNSEGRQEQLLLSSDSASDRARWIV
: ..::. . . .:: : : . :: ... ..:.:: . . :.. :::
CCDS17 MAELQVRDLSLKLQGIPG---------HVFLLQLL-HGQHMKHQFLLRARTESEKQRWIS
650 660 670 680 690
330 340 350 360 370 380
pF1KE3 ALTHSERQW-QGLSSKG-DLPQVEITKAFFAKQADEVTLQQADVVLV-LQQEDGWLYGER
:: : : . . :.: : :::. .... : . ::.::...:.. : :::: : :
CCDS17 ALCPSSPQEDKEVISEGEDCPQVQCVRTYKALHPDELTLEKTDILSVRTWTSDGWLEGVR
700 710 720 730 740 750
390 400 410 420
pF1KE3 LRDGETGWFPEDFARFITSRVAVEGNVRRMERLRVETDV
: ::: :: :. ... :.: : :.:. .:. :
CCDS17 LADGEKGWVPQAYVEEISSLSARLRNLRENKRVTSATSKLGEAPV
760 770 780 790 800
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CCDS34 GERGWFPVQQVEFISNPEVRAQNLKEAHRVKTAKLQLVEQQA
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CCDS11 AHRSLVQAQQV-----PDPSG-------PPTFRLSLLSNHQGRPTHRLLQASSLSDMQRW
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CCDS11 LGAFPTPGPLPCSPDTIYEDCDCSQELCSESSAPAKTEGRSLESRAAPKHLHKTPEGWLK
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CCDS17 FLTEGEMALIFVNWKELIMSNTKLLKALRVRKKTGGEKMPVQMIGDILAAEL-SHMQAYI
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CCDS17 FLTEGEMALIFVNWKELIMSNTKLLKALRVRKKTGGEKMPVQMIGDILAAEL-SHMQAYI
1250 1260 1270 1280 1290 1300
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pF1KE3 AYCSNEVYQQRTLQKLISSNAAFREALREIERRPACGGLPMLSFLILPMQRVTRLPLLMD
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CCDS17 RFCSCQLNGAALLQQKTDEDTDFKEFLKKLASDPRCKGMPLSSFLLKPMQRITRYPLLIR
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pF1KE3 TLCLKTQGHSERYKAASRALKAISKLVRQCNEGAHRME---RMEQMYTLHTQLDFSKVKS
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CCDS17 SILENTPESHADHSSLKLALERAEELCSQVNEGVREKENSDRLEWIQA-HVQCE-GLAEQ
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CCDS17 LIFNSLTNCLGPRKLL----HSGKLYKTKSNKELHGFLFNDFLLLTYMVKQFAVSSGSEK
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