Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3878
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3878, 632 aa
1>>>pF1KE3878 632 - 632 aa - 632 aa
Library: human.CCDS.faa
18921897 residues in 33420 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6542+/-0.000974; mu= 17.2680+/- 0.059
mean_var=69.9886+/-13.937, 0's: 0 Z-trim(105.1): 38 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.153306
statistics sampled from 8323 (8359) to 8323 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.615), E-opt: 0.2 (0.25), width: 16
Scan time: 1.560
The best scores are: opt bits E(33420)
CCDS2669.1 ITGA9 gene_id:3680|Hs109|chr3 (1035) 4169 931.7 0
CCDS42788.1 ITGA4 gene_id:3676|Hs109|chr2 (1032) 1963 443.8 5.5e-124
CCDS11558.1 ITGA3 gene_id:3675|Hs109|chr17 (1051) 914 211.8 3.9e-54
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CCDS44914.1 ITGA7 gene_id:3679|Hs109|chr12 (1044) 750 175.5 3.2e-43
CCDS55832.1 ITGA7 gene_id:3679|Hs109|chr12 (1141) 750 175.6 3.4e-43
CCDS2292.1 ITGAV gene_id:3685|Hs109|chr2 (1048) 712 167.1 1.1e-40
CCDS45291.1 ITGA11 gene_id:22801|Hs109|chr15 (1188) 695 163.4 1.6e-39
CCDS8880.1 ITGA5 gene_id:3678|Hs109|chr12 (1049) 672 158.3 5e-38
CCDS45461.1 ITGAL gene_id:3683|Hs109|chr16 (1086) 655 154.5 7e-37
CCDS32433.1 ITGAL gene_id:3683|Hs109|chr16 (1170) 647 152.8 2.5e-36
CCDS46471.1 ITGAV gene_id:3685|Hs109|chr2 (1002) 637 150.5 1e-35
CCDS45470.1 ITGAM gene_id:3684|Hs109|chr16 (1152) 629 148.8 3.9e-35
CCDS76204.1 ITGA10 gene_id:8515|Hs109|chr1 (1024) 624 147.7 7.7e-35
CCDS72869.1 ITGA10 gene_id:8515|Hs109|chr1 (1167) 624 147.7 8.6e-35
CCDS54004.1 ITGAM gene_id:3684|Hs109|chr16 (1153) 622 147.2 1.2e-34
CCDS46470.1 ITGAV gene_id:3685|Hs109|chr2 (1012) 619 146.6 1.6e-34
CCDS10711.1 ITGAX gene_id:3687|Hs109|chr16 (1163) 619 146.6 1.8e-34
CCDS67014.1 ITGAX gene_id:3687|Hs109|chr16 (1169) 619 146.6 1.9e-34
CCDS31155.1 ITGA8 gene_id:8516|Hs109|chr10 (1063) 618 146.3 2e-34
CCDS82534.1 ITGA6 gene_id:3655|Hs109|chr2 ( 954) 611 144.8 5.3e-34
CCDS2249.1 ITGA6 gene_id:3655|Hs109|chr2 (1073) 604 143.2 1.7e-33
CCDS46451.1 ITGA6 gene_id:3655|Hs109|chr2 (1091) 604 143.2 1.7e-33
CCDS32438.1 ITGAD gene_id:3681|Hs109|chr16 (1161) 604 143.3 1.8e-33
CCDS32665.1 ITGA2B gene_id:3674|Hs109|chr17 (1039) 584 138.8 3.6e-32
CCDS82540.1 ITGA4 gene_id:3676|Hs109|chr2 ( 195) 574 136.3 3.9e-32
CCDS3957.1 ITGA2 gene_id:3673|Hs109|chr5 (1181) 547 130.7 1.2e-29
CCDS32531.1 ITGAE gene_id:3682|Hs109|chr17 (1179) 461 111.6 6.2e-24
CCDS3955.1 ITGA1 gene_id:3672|Hs109|chr5 (1179) 398 97.7 9.7e-20
>>CCDS2669.1 ITGA9 gene_id:3680|Hs109|chr3 (1035 aa)
initn: 4169 init1: 4169 opt: 4169 Z-score: 4976.6 bits: 931.7 E(33420): 0
Smith-Waterman score: 4169; 99.8% identity (99.8% similar) in 613 aa overlap (1-613:1-613)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MGGPAAPRGAGRLRALLLALVVAGIPAGAYNLDPQRPVHFQGPADSFFGYAVLEHFHDNT
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CCDS26 MGGPAAPRGAGRLRALLLALVVAGIPAGAYNLDPQRPVHFQGPADSFFGYAVLEHFHDNT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 RWVLVGAPKADSKYSPSVKSPGAVFKCRVHTNPDRRCTELDMARGKNRGTSCGKTCREDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 RWVLVGAPKADSKYSPSVKSPGAVFKCRVHTNPDRRCTELDMARGKNRGTSCGKTCREDR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 DDEWMGVSLARQPKADGRVLACAHRWKNIYYEADHILPHGFCYIIPSNLQAKGRTLIPCY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 DDEWMGVSLARQPKADGRVLACAHRWKNIYYEADHILPHGFCYIIPSNLQAKGRTLIPCY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 EEYKKKYGEEHGSCQAGIAGFFTEELVVMGAPGSFYWAGTIKVLNLTDNTYLKLNDEVIM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 EEYKKKYGEEHGSCQAGIAGFFTEELVVMGAPGSFYWAGTIKVLNLTDNTYLKLNDEVIM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 NRRYTYLGYAVTAGHFSHPSTIDVVGGAPQDKGIGKVYIFRADRRSGTLIKIFQASGKKM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 NRRYTYLGYAVTAGHFSHPSTIDVVGGAPQDKGIGKVYIFRADRRSGTLIKIFQASGKKM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 GSYFGSSLCAVDLNGDGLSDLLVGAPMFSEIRDEGQVTVYINRGNGALEEQLALTGDGAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 GSYFGSSLCAVDLNGDGLSDLLVGAPMFSEIRDEGQVTVYINRGNGALEEQLALTGDGAY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 NAHFGESIASLDDLDNDGFPDVAIGAPKEDDFAGAVYIYHGDAGGIVPQYSMKLSGQKIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 NAHFGESIASLDDLDNDGFPDVAIGAPKEDDFAGAVYIYHGDAGGIVPQYSMKLSGQKIN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 PVLRMFGQSISGGIDMDGNGYPDVTVGAFMSDSVVLLRARPVITVDVSIFLPGSINITAP
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CCDS26 PVLRMFGQSISGGIDMDGNGYPDVTVGAFMSDSVVLLRARPVITVDVSIFLPGSINITAP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 QCHDGQQPVNCLNVTTCFSFHGKHVPEEIGLNYVLMADVAKKEKGQMPRVYFVLLGETMG
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CCDS26 QCHDGQQPVNCLNVTTCFSFHGKHVPGEIGLNYVLMADVAKKEKGQMPRVYFVLLGETMG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 QVTEKLQLTYMEETCRHYVAHVKRRVQDVISPIVFEAAYSLSEHVTGEEERELPPLTPVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 QVTEKLQLTYMEETCRHYVAHVKRRVQDVISPIVFEAAYSLSEHVTGEEERELPPLTPVL
550 560 570 580 590 600
610 620 630
pF1KE3 RWKKGQKIAQKNQVRTLKLILSTQGGSCTEQK
:::::::::::::
CCDS26 RWKKGQKIAQKNQTVFERNCRSEDCAADLQLQGKLLLSSMDEKTLYLALGAVKNISLNIS
610 620 630 640 650 660
>>CCDS42788.1 ITGA4 gene_id:3676|Hs109|chr2 (1032 aa)
initn: 1601 init1: 1145 opt: 1963 Z-score: 2339.7 bits: 443.8 E(33420): 5.5e-124
Smith-Waterman score: 1963; 48.3% identity (73.6% similar) in 611 aa overlap (7-611:11-614)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MGGPAAPRGAGRLRALLLALVVAGIPAG-AYNLDPQRPVHFQGPADSFFGYAVLEH
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CCDS42 MAWEARREPGPRRAA-VRETVMLLLCLGVPTGRPYNVDTESALLYQGPHNTLFGYSVVLH
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 FHDNTRWVLVGAPKADSKYSPSVKSPGAVFKCRVHTNPDRRCTELDMARGKNRGTSCGKT
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CCDS42 SHGANRWLLVGAPTANWLANASVINPGAIYRCRIGKNPGQTCEQLQL--GSPNGEPCGKT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 CREDRDDEWMGVSLARQPKADGRVLACAHRWKNIYY-EADHILPHGFCYIIPSNLQAK-G
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CCDS42 CLEERDNQWLGVTLSRQPGENGSIVTCGHRWKNIFYIKNENKLPTGGCYGVPPDLRTELS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 RTLIPCYEEYKKKYGEEHGSCQAGIAGFFTEELVVMGAPGSFYWAGTIKVLNLTDNTYLK
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CCDS42 KRIAPCYQDYVKKFGENFASCQAGISSFYTKDLIVMGAPGSSYWTGSLFVYNITTNKYKA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 LNDEVIMNRRYTYLGYAVTAGHFSHPSTIDVVGGAPQDKGIGKVYIFRADRRSGTLIKIF
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CCDS42 FLDKQNQVKFGSYLGYSVGAGHFRSQHTTEVVGGAPQHEQIGKAYIFSIDEKE--LNILH
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 QASGKKMGSYFGSSLCAVDLNGDGLSDLLVGAPMFSEIRDEGQVTVYINRGNGALEEQLA
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CCDS42 EMKGKKLGSYFGASVCAVDLNADGFSDLLVGAPMQSTIREEGRVFVYINSGSGAVMNAME
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 --LTGDGAYNAHFGESIASLDDLDNDGFPDVAIGAPKEDDFAGAVYIYHGDAGGIVPQYS
:.:. : :.:::::..: :.::::: :::::::.:::. ::.:::.: : :: .:
CCDS42 TNLVGSDKYAARFGESIVNLGDIDNDGFEDVAIGAPQEDDLQGAIYIYNGRADGISSTFS
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE3 MKLSGQKINPVLRMFGQSISGGIDMDGNGYPDVTVGAFMSDSVVLLRARPVITVDVSIFL
... : .:. : :::::::: :: :.::: ::.:::: :::.::::.:::. ::.:.
CCDS42 QRIEGLQISKSLSMFGQSISGQIDADNNGYVDVAVGAFRSDSAVLLRTRPVVIVDASLSH
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE3 PGSINITAPQCHDGQQPVNCLNVTTCFSFHGKHVPEEIGLNYVLMADVAKKEKGQMPRVY
: :.: : .: .. : :...: :::..::.:: : : : . :: .: .. :: :
CCDS42 PESVNRTKFDCVENGWPSVCIDLTLCFSYKGKEVPGYIVLFYNMSLDVNRKAESP-PRFY
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KE3 FVLLGETMGQVTEKLQLTYMEETCRHYVAHVKRRVQDVISPIVFEAAYSLSEHVTGEEE-
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CCDS42 FSSNG-TSDVITGSIQVSSREANCRTHQAFMRKDVRDILTPIQIEAAYHLGPHVISKRST
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630
pF1KE3 RELPPLTPVLRWKKGQKIAQKNQVRTLKLILSTQGGSCTEQK
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CCDS42 EEFPPLQPILQQKKEKDIMKKTINFARFCAHENCSADLQVSAKIGFLKPHENKTYLAVGS
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>>CCDS11558.1 ITGA3 gene_id:3675|Hs109|chr17 (1051 aa)
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Smith-Waterman score: 914; 31.4% identity (60.5% similar) in 646 aa overlap (1-618:1-613)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MG-GPA-APRGAGRLRALLLALVVA--GIPAGAYNLDPQR-PVHFQGPADSFFGYAVLEH
:: ::. ::: : :: :::.:: : ..:.::: . :. : :.:::.: :
CCDS11 MGPGPSRAPR-APRLMLCALALMVAAGGCVVSAFNLDTRFLVVKEAGNPGSLFGYSVALH
10 20 30 40 50
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pF1KE3 FHDNTRW---VLVGAPKADSKYSPSVKSPGAVFKCRVHTNPDRRCTELDMARGKNRGTSC
. . . .:.:::. . . .. :::. : . .. : : ..... .. :
CCDS11 RQTERQQRYLLLAGAPRELAVPDGYTNRTGAVYLCPLTAHKDD-CERMNITVKNDPG---
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 GKTCREDRDDEWMGVSLARQPKADGRVLACAHRWKNIYYEA--DHILPHGFCYIIPSNLQ
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CCDS11 ----HHIIEDMWLGVTVASQGPA-GRVLVCAHRYTQVLWSGSEDQRRMVGKCYVRGNDLE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KE3 AKGRTLIPCYE-EYKKKYGE--EHGSCQAGIAGFFTEELVVMGAPGSFYWAGTIKVL---
. :. :. .. . : : :: : .: ::.. : .::::.. : :. ..
CCDS11 LDSSDDWQTYHNEMCNSNTDYLETGMCQLGTSGGFTQNTVYFGAPGAYNWKGNSYMIQRK
180 190 200 210 220 230
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pF1KE3 --NLTDNTYLKLNDEVIMNRRYTYLGYAVTAGHFS-HPSTIDVVGGAPQDKGIGKVYIFR
.:.. .: .:. . :.::.. .: : ::..: .: :::. . .: :...
CCDS11 EWDLSEYSYKDPEDQGNL-----YIGYTMQVGSFILHPKNITIVTGAPRHRHMGAVFLL-
240 250 260 270 280
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pF1KE3 ADRRSGTLIKIFQASGKKMGSYFGSSLCAVDLNGDGLSDLLVGAPMFSEIRDE--GQVTV
... .: : . :...:.::::.. .:::.:: .:::::::.. : ..: : . :
CCDS11 SQEAGGDLRRRQVLEGSQVGAYFGSAIALADLNNDGWQDLLVGAPYYFERKEEVGGAIYV
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 YINRGNGALEEQLALTGDGAYNAHFGESIASLDDLDNDGFPDVAIGAPKEDDFAGAVYIY
..:... .. . .: : .. :: :.::. :...::: :.:.::: : : ::::
CCDS11 FMNQAGTSFPAHPSLLLHGPSGSAFGLSVASIGDINQDGFQDIAVGAPFEG--LGKVYIY
350 360 370 380 390 400
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pF1KE3 HGDAGGIVPQYSMKLSGQKIN-PVLRMFGQSISGGIDMDGNGYPDVTVGAFMSDSVVLLR
:... :.. : .. . :.:.. : : :: :.:: .:.: : :::. ::. .:: .::::
CCDS11 HSSSKGLLRQPQQVIHGEKLGLPGLATFGYSLSGQMDVDENFYPDLLVGS-LSDHIVLLR
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500 510
pF1KE3 ARPVITVDVSIFLPGSINITAPQCHDGQQPVNCLNVTTCFSFH----GKHVPEEIGLNYV
:::::.. . ..: . : ..:..: ::... . . ..: : :.
CCDS11 ARPVINIVHKTLVPRPAVLDPALC----TATSCVQVELCFAYNQSAGNPNYRRNITLAYT
470 480 490 500 510
520 530 540 550 560 570
pF1KE3 LMADVAKKEKGQMPRVYFVLLGETMGQVTEKLQLTYMEETCRHYVAHVKRRVQDVISPIV
: :: .. ::. :. : . . : . . ... : :.. . ..: . ::.
CCDS11 LEADRDRRP----PRLRFA--G-SESAVFHGF-FSMPEMRCQKLELLLMDNLRDKLRPII
520 530 540 550 560
580 590 600 610 620 630
pF1KE3 FEAAYSLSEHVTGEEERELPPLT--PVLRWKKGQKIAQKNQVRTLKLILSTQGGSCTEQK
. ::: .. . . : : :.: ...: . ....:. :
CCDS11 ISMNYSLPLRMPDRPRLGLRSLDAYPIL--NQAQALENHTEVQFQKECGPDNKCESNLQM
570 580 590 600 610 620
CCDS11 RAAFVSEQQQKLSRLQYSRDVRKLLLSINVTNTRTSERSGEDAHEALLTLVVPPALLLSS
630 640 650 660 670 680
>>CCDS8888.1 ITGA7 gene_id:3679|Hs109|chr12 (1137 aa)
initn: 480 init1: 207 opt: 800 Z-score: 948.9 bits: 186.6 E(33420): 1.6e-46
Smith-Waterman score: 1028; 32.6% identity (60.6% similar) in 668 aa overlap (7-632:9-641)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MGGPAAPRGAGRLRALLLALVVAGI--PAGAYNLDPQRPVHFQGPADSFFGYAVLEHF
: ::. . :. .:.: . : :.::: . .. .: :.::..: :
CCDS88 MAGARSRDPWGASGICYLFGSLLVELLFSRAVAFNLDVMGALRKEGEPGSLFGFSVALHR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 HDNTR---WVLVGAPKADSKYSPSVKSPGAVFKCRVHTNPDRRCTELDMARGKNRGTSCG
. . : :.:::::.: . . ... :..: : . . . : ..:. .: .
CCDS88 QLQPRPQSWLLVGAPQALALPGQQANRTGGLFACPLSLE-ETDCYRVDIDQGADMQ----
70 80 90 100 110
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pF1KE3 KTCREDRDDEWMGVSLARQPKADGRVLACAHRWKNIYYEADHILPH----GFCYIIPSNL
.:.....:.:::. :. :....::::.. ..:.:: : :... ..:
CCDS88 ---KESKENQWLGVSV-RSQGPGGKIVTCAHRYEA-RQRVDQILETRDMIGRCFVLSQDL
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 QAK----GRTLIPCYEEYKKKYGEEHGSCQAGIAGFFTEE--LVVMGAPGSFYWAGTIKV
. : : : . . :. : :: : :. :. . ...::::.. : : . :
CCDS88 AIRDELDGGEWKFC--EGRPQGHEQFGFCQQGTAAAFSPDSHYLLFGAPGTYNWKGLLFV
180 190 200 210 220
230 240 250 260
pF1KE3 LNLT----DNTYLKLND----------EVIMNRRYTYLGYAVTAGH-FSHPSTIDVVGGA
:. :. : : .. .: .:::... .:. . . .. :.::
CCDS88 TNIDSSDPDQLVYKTLDPADRLPGPAGDLALN---SYLGFSIDSGKGLVRAEELSFVAGA
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KE3 PQDKGIGKVYIFRADRRSGTLIKIFQASGKKMGSYFGSSLCAVDLNGDGLSDLLVGAPMF
:. . : : :.: : : :. . ::... : :: :: ..:::.:: ::.::::.:
CCDS88 PRANHKGAVVILRKDSAS-RLVPEVMLSGERLTSGFGYSLAVADLNSDGWPDLIVGAPYF
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KE3 SEIRDE--GQVTVYINRGNGALEEQLALTGDGAYNAHFGESIASLDDLDNDGFPDVAIGA
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: . : : :.::::.. :.: . :. : :. .. .. :: :.::..::::: :::. :
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:. ..:..::.::::.. : .::: : ::.. :.: :.. :... .:::.
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... : ..:.::: ::. .. .::.::: :. : : :.. . : .... .:
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. .... :.: . :: .:::. .. . :::..:.: . : .:. ...
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620 630
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.... :::.: ..:..: .. :.: .. :.:: .:: : :::.::: :.::.::
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CCDS22 RDESEFRDKLTPITIFMEYRL-DYRTAADTTGLQPILNQFTPANISRQAHILLDCGEDNV
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CCDS45 TSAGKVIPLRE-SYLKEFPEELKNHG-AYLGYTVTSVVSSRQGRV-YVAGAPRFNHTGKV
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CCDS45 ILFTMHNNRSLT---IHQAMRGQQIGSYFGSEITSVDIDGDGVTDVLLVGAPMYFNEGRE
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CCDS45 GAIYIFHGFRGSILKTPKQRITASELATGLQYFGCSIHGQLDLNEDGLIDLAVGAL--GN
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CCDS45 AVILWSRPVVQINASLHFEPSKINIFHRDCKRSGRDATCLAAFLCFTPIFLAPHFQTTTV
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CCDS45 GIRYNATMD----ERRYTPRAH---LDEGGDRFTNRAVLLSSGQELCERINFHVLD-TAD
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CCDS45 YVKPVTFSVEYSLEDPDHGPMLDDGWPTTLRVSVPFWNGCNEDEHCVPDLVLDARSDLPT
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CCDS88 MGSRTPESPLHAVQLRWGPRRRPPLLPLLLLLLPPPPRVGGFNLDAEAPAVLSGPPGSFF
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CCDS88 GFSV-EFYRPGTDGVSVLVGAPKANTS-QPGVLQGGAVYLCPWGASPTQ-CTPIEFDSKG
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CCDS88 SRLLESSLSSSEGEEPVEYKSLQWFGATV----RAHGSSILACAPLYSWRT---EKEPLS
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CCDS88 DPVGTCYLSTDNF-TRILEYAPCRSDFSWAAGQ--GYCQGGFSAEFTKTGRVVLGGPGSY
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