FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3804, 199 aa
1>>>pF1KE3804 199 - 199 aa - 199 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4072+/-0.00107; mu= 12.7751+/- 0.064
mean_var=77.4570+/-15.940, 0's: 0 Z-trim(104.5): 219 B-trim: 219 in 1/47
Lambda= 0.145728
statistics sampled from 7699 (7938) to 7699 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.617), E-opt: 0.2 (0.244), width: 16
Scan time: 1.630
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS73011.1 RAB7B gene_id:338382|Hs108|chr1 ( 199) 1305 283.8 4.8e-77
CCDS76258.1 RAB7B gene_id:338382|Hs108|chr1 ( 157) 855 189.1 1.2e-48
CCDS3052.1 RAB7A gene_id:7879|Hs108|chr3 ( 207) 618 139.4 1.5e-33
CCDS14156.1 RAB9A gene_id:9367|Hs108|chrX ( 201) 508 116.2 1.3e-26
CCDS14515.1 RAB9B gene_id:51209|Hs108|chrX ( 201) 493 113.1 1.2e-25
CCDS4962.1 RAB23 gene_id:51715|Hs108|chr6 ( 237) 412 96.1 1.8e-20
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 411 95.9 1.9e-20
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 408 95.2 2.9e-20
CCDS5210.1 RAB32 gene_id:10981|Hs108|chr6 ( 225) 408 95.3 3.1e-20
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 401 93.7 7.8e-20
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 401 93.8 8e-20
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 394 92.3 2.2e-19
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 392 91.9 3e-19
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 389 91.2 4.5e-19
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 388 91.0 5.3e-19
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 386 90.6 7.3e-19
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 384 90.2 1e-18
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 383 90.0 1.1e-18
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 382 89.8 1.3e-18
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 381 89.5 1.5e-18
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 380 89.4 1.7e-18
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 380 89.4 1.8e-18
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 380 89.4 1.8e-18
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 377 88.7 2.7e-18
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 376 88.5 3.2e-18
CCDS8281.1 RAB38 gene_id:23682|Hs108|chr11 ( 211) 374 88.1 4.2e-18
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 373 87.9 4.8e-18
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 372 87.7 6.2e-18
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 371 87.5 6.6e-18
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 371 87.5 6.7e-18
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 371 87.5 7.3e-18
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 370 87.2 7.3e-18
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 361 85.4 2.8e-17
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 360 85.2 3.3e-17
CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 ( 195) 358 84.7 4e-17
CCDS1459.1 RAB29 gene_id:8934|Hs108|chr1 ( 203) 352 83.4 1e-16
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 352 83.5 1e-16
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 352 83.5 1e-16
CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 349 82.9 1.7e-16
CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 347 82.4 2e-16
CCDS8702.1 KRAS gene_id:3845|Hs108|chr12 ( 188) 346 82.2 2.2e-16
CCDS34300.1 RAB24 gene_id:53917|Hs108|chr5 ( 203) 346 82.2 2.4e-16
CCDS2131.1 RALB gene_id:5899|Hs108|chr2 ( 206) 345 82.0 2.8e-16
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 345 82.0 3e-16
CCDS7814.1 RRAS2 gene_id:22800|Hs108|chr11 ( 204) 344 81.8 3.2e-16
CCDS35322.2 RAB41 gene_id:347517|Hs108|chrX ( 221) 344 81.8 3.4e-16
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 342 81.3 4.2e-16
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 342 81.4 4.7e-16
CCDS7698.1 HRAS gene_id:3265|Hs108|chr11 ( 189) 339 80.7 6.3e-16
CCDS82514.1 WTH3DI gene_id:150786|Hs108|chr2 ( 254) 340 81.0 6.8e-16
>>CCDS73011.1 RAB7B gene_id:338382|Hs108|chr1 (199 aa)
initn: 1305 init1: 1305 opt: 1305 Z-score: 1496.8 bits: 283.8 E(32554): 4.8e-77
Smith-Waterman score: 1305; 100.0% identity (100.0% similar) in 199 aa overlap (1-199:1-199)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MNPRKKVDLKLIIVGAIGVGKTSLLHQYVHKTFYEEYQTTLGASILSKIIILGDTTLKLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 MNPRKKVDLKLIIVGAIGVGKTSLLHQYVHKTFYEEYQTTLGASILSKIIILGDTTLKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 IWDTGGQERFRSMVSTFYKGSDGCILAFDVTDLESFEALDIWRGDVLAKIVPMEQSYPMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 IWDTGGQERFRSMVSTFYKGSDGCILAFDVTDLESFEALDIWRGDVLAKIVPMEQSYPMV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 LLGNKIDLADRKVPQEVAQGWCREKDIPYFEVSAKNDINVVQAFEMLASRALSRYQSILE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 LLGNKIDLADRKVPQEVAQGWCREKDIPYFEVSAKNDINVVQAFEMLASRALSRYQSILE
130 140 150 160 170 180
190
pF1KE3 NHLTESIKLSPDQSRSRCC
:::::::::::::::::::
CCDS73 NHLTESIKLSPDQSRSRCC
190
>>CCDS76258.1 RAB7B gene_id:338382|Hs108|chr1 (157 aa)
initn: 855 init1: 855 opt: 855 Z-score: 986.9 bits: 189.1 E(32554): 1.2e-48
Smith-Waterman score: 931; 78.9% identity (78.9% similar) in 199 aa overlap (1-199:1-157)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MNPRKKVDLKLIIVGAIGVGKTSLLHQYVHKTFYEEYQTTLGASILSKIIILGDTTLKLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 MNPRKKVDLKLIIVGAIGVGKTSLLHQYVHKTFYEEYQTTLGASILSKIIILGDTTLKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 IWDTGGQERFRSMVSTFYKGSDGCILAFDVTDLESFEALDIWRGDVLAKIVPMEQSYPMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 IWDTGGQERFRSMVSTFYKGSDGCILAFDVTDLESFEALDIWRGDVLAKIVPMEQSYPMV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 LLGNKIDLADRKVPQEVAQGWCREKDIPYFEVSAKNDINVVQAFEMLASRALSRYQSILE
:::::::::::: ::::::
CCDS76 LLGNKIDLADRK------------------------------------------YQSILE
130
190
pF1KE3 NHLTESIKLSPDQSRSRCC
:::::::::::::::::::
CCDS76 NHLTESIKLSPDQSRSRCC
140 150
>>CCDS3052.1 RAB7A gene_id:7879|Hs108|chr3 (207 aa)
initn: 584 init1: 390 opt: 618 Z-score: 715.9 bits: 139.4 E(32554): 1.5e-33
Smith-Waterman score: 618; 49.2% identity (77.4% similar) in 195 aa overlap (1-192:1-195)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MNPRKKVDLKLIIVGAIGVGKTSLLHQYVHKTFYEEYQTTLGASILSKIIILGDTTLKLQ
:. :::: ::.::.: :::::::..:::.: : ..:..:.::..:.: ... : . .:
CCDS30 MTSRKKVLLKVIILGDSGVGKTSLMNQYVNKKFSNQYKATIGADFLTKEVMVDDRLVTMQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KE3 IWDTGGQERFRSMVSTFYKGSDGCILAFDVTDLESFEALDIWRGDVLAKIVPME-QSYPM
::::.:::::.:. .::.:.: :.:.:::: ..:..:: :: . : . : . ...:.
CCDS30 IWDTAGQERFQSLGVAFYRGADCCVLVFDVTAPNTFKTLDSWRDEFLIQASPRDPENFPF
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 VLLGNKIDLADRKVPQEVAQGWCREKD-IPYFEVSAKNDINVVQAFEMLASRALSRYQSI
:.::::::: .:.: . ::.:: :. :::::.:::. ::: :::. .: ::.. .
CCDS30 VVLGNKIDLENRQVATKRAQAWCYSKNNIPYFETSAKEAINVEQAFQTIARNALKQETEV
130 140 150 160 170 180
180 190
pF1KE3 -LENHLTESIKLSPDQSRSRCC
: :.. : :::. .
CCDS30 ELYNEFPEPIKLDKNDRAKASAESCSC
190 200
>>CCDS14156.1 RAB9A gene_id:9367|Hs108|chrX (201 aa)
initn: 451 init1: 271 opt: 508 Z-score: 591.1 bits: 116.2 E(32554): 1.3e-26
Smith-Waterman score: 508; 42.6% identity (70.6% similar) in 197 aa overlap (9-199:8-201)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MNPRKKVDLKLIIVGAIGVGKTSLLHQYVHKTFYEEYQTTLGASILSKIIILGDTTLKLQ
.:.:..: ::::.::...:: . : . :.:. .:.: . . . .:
CCDS14 MAGKSSLFKVILLGDGGVGKSSLMNRYVTNKFDTQLFHTIGVEFLNKDLEVDGHFVTMQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE3 IWDTGGQERFRSMVSTFYKGSDGCILAFDVTDLESFEALDIWRGDVLAKI-VPMEQSYPM
::::.:::::::. . ::.::: :.:.:.: : .::. :. :. . . : .:.:.
CCDS14 IWDTAGQERFRSLRTPFYRGSDCCLLTFSVDDSQSFQNLSNWKKEFIYYADVKEPESFPF
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 VLLGNKIDLADRKVPQEVAQGWCREK-DIPYFEVSAKNDINVVQAFEMLASRALSRYQSI
:.::::::...:.: : ::.:::.. : ::::.:::. ::. ::: . :.:. .
CCDS14 VILGNKIDISERQVSTEEAQAWCRDNGDYPYFETSAKDATNVAAAFEEAVRRVLATEDR-
120 130 140 150 160 170
180 190
pF1KE3 LENHL--TESIKL--SPDQSRSRCC
.:: :....: .: : : ::
CCDS14 -SDHLIQTDTVNLHRKPKPSSS-CC
180 190 200
>>CCDS14515.1 RAB9B gene_id:51209|Hs108|chrX (201 aa)
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Smith-Waterman score: 493; 40.9% identity (69.2% similar) in 198 aa overlap (5-199:4-201)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MNPRKKVDLKLIIVGAIGVGKTSLLHQYVHKTFYEEYQTTLGASILSKIIILGDTTLKLQ
:.. ::.:..: ::::.::...:: . : . :.:. .:.. . . . ::
CCDS14 MSGKSLLLKVILLGDGGVGKSSLMNRYVTNKFDSQAFHTIGVEFLNRDLEVDGRFVTLQ
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70 80 90 100 110
pF1KE3 IWDTGGQERFRSMVSTFYKGSDGCILAFDVTDLESFEALDIWRGDVLAKI-VPMEQSYPM
::::.:::::.:. . ::.:.: :.:.:.: : .::: : :. . . : . .:.
CCDS14 IWDTAGQERFKSLRTPFYRGADCCLLTFSVDDRQSFENLGNWQKEFIYYADVKDPEHFPF
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 VLLGNKIDLADRKVPQEVAQGWCREK-DIPYFEVSAKNDINVVQAFEMLASRALSRYQSI
:.::::.: ::.: : :: :: :. : ::.:.:::.: ::. ::: . ..:. ...
CCDS14 VVLGNKVDKEDRQVTTEEAQTWCMENGDYPYLETSAKDDTNVTVAFEEAVRQVLAVEEQL
120 130 140 150 160 170
180 190
pF1KE3 LENHLTESIKL-SPDQSRSRCC
. : ..: : : ... : ::
CCDS14 EHCMLGHTIDLNSGSKAGSSCC
180 190 200
>>CCDS4962.1 RAB23 gene_id:51715|Hs108|chr6 (237 aa)
initn: 318 init1: 286 opt: 412 Z-score: 481.0 bits: 96.1 E(32554): 1.8e-20
Smith-Waterman score: 412; 35.9% identity (76.6% similar) in 184 aa overlap (6-186:7-186)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MNPRKKVDLKLIIVGAIGVGKTSLLHQYVHKTFYEEYQTTLGASILSKIIILGDTTLKL
.: .:...:: .:::.:....: . : ..:. :.:...: . : ..: ..:
CCDS49 MLEEDMEVAIKMVVVGNGAVGKSSMIQRYCKGIFTKDYKKTIGVDFLERQIQVNDEDVRL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 QIWDTGGQERFRSMVSTFYKGSDGCILAFDVTDLESFEALDIWRGDVLAKIVPMEQSYPM
..:::.:::.: ......:.:...:.:.:..:: :::::.. :: :.:.. . :
CCDS49 MLWDTAGQEEFDAITKAYYRGAQACVLVFSTTDRESFEAVSSWREKVVAEVGDI----PT
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 VLLGNKIDLADRK-VPQEVAQGWCREKDIPYFEVSAKNDINVVQAFEMLASRALSRY-QS
::. ::::: : . . .: :.. .. . ....:.:.:.:: ..:..:: . :.. :.
CCDS49 VLVQNKIDLLDDSCIKNEEAEALAKRLKLRFYRTSVKEDLNVNEVFKYLAEKYLQKLKQQ
120 130 140 150 160 170
180 190
pF1KE3 ILEN-HLTESIKLSPDQSRSRCC
: :. .::.:
CCDS49 IAEDPELTHSSSNKIGVFNTSGGSHSGQNSGTLNGGDVINLRPNKQRTKKNRNPFSSCSI
180 190 200 210 220 230
>>CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 (218 aa)
initn: 361 init1: 283 opt: 411 Z-score: 480.4 bits: 95.9 E(32554): 1.9e-20
Smith-Waterman score: 411; 39.4% identity (72.4% similar) in 170 aa overlap (9-177:14-180)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MNPRKKVDLKLIIVGAIGVGKTSLLHQYVHKTFYEEYQTTLGASILSKIIILGDT
.:....: :.::. ::::...: : .. . :.:. . :::: .:
CCDS31 MSQTAMSETYDFLFKFLVIGNAGTGKSCLLHQFIEKKFKDDSNHTIGVEFGSKIINVGGK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 TLKLQIWDTGGQERFRSMVSTFYKGSDGCILAFDVTDLESFEALDIWRGDVLAKIVPMEQ
.:::::::.:::::::.. ..:.:. : .:..:.:. :...:: : : :... :
CCDS31 YVKLQIWDTAGQERFRSVTRSYYRGAAGALLVYDITSRETYNALTNWLTD--ARMLA-SQ
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 SYPMVLLGNKIDL-ADRKVPQEVAQGWCREKDIPYFEVSAKNDINVVQAFEMLASRALSR
. ..: ::: :: :::.: :. . .:... ..:.:: . :: .:: . : . :..
CCDS31 NIVIILCGNKKDLDADREVTFLEASRFAQENELMFLETSALTGENVEEAFVQCARKILNK
120 130 140 150 160 170
180 190
pF1KE3 YQSILENHLTESIKLSPDQSRSRCC
.:
CCDS31 IESGELDPERMGSGIQYGDAALRQLRSPRRAQAPNAQECGC
180 190 200 210
>>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa)
initn: 437 init1: 315 opt: 408 Z-score: 477.4 bits: 95.2 E(32554): 2.9e-20
Smith-Waterman score: 408; 36.6% identity (63.4% similar) in 205 aa overlap (1-199:4-205)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MNPRKKVDLKLIIVGAIGVGKTSLLHQYVHKTFYEEYQTTLGASILSKIIILGDTTL
:::. .::...: ::::. :: ... :. : : .:.:... . : : :.
CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 KLQIWDTGGQERFRSMVSTFYKGSDGCILAFDVTDLESFEALDIWRGDVLAKIVPMEQSY
:::::::.::::::...:..:.:. : :...:::: :::. . : .. ..
CCDS46 KLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYA---SENV
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 PMVLLGNKIDLADRKV-PQEVAQGWCREKDIPYFEVSAKNDINVVQAFEMLASRALSRYQ
.:.::: ::. .:: .:. . ::..:.:::: :: :.: .:.. .:.
CCDS46 NKLLVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKKRMG
120 130 140 150 160 170
180 190
pF1KE3 SILENHLTES----IKLSP-DQSRSRCC
.:. :. .: :: . ::
CCDS46 PGATAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
180 190 200
>>CCDS5210.1 RAB32 gene_id:10981|Hs108|chr6 (225 aa)
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10 20 30 40
pF1KE3 MNPRKKVDLKLIIVGAIGVGKTSLLHQYVHKTFYEEYQTTLGA
.:....: .::::::....:::. : ..:..:.:.
CCDS52 MAGGGAGDPGLGAAAAPAPETREHLFKVLVIGELGVGKTSIIKRYVHQLFSQHYRATIGV
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 SILSKIIILGDTTL-KLQIWDTGGQERFRSMVSTFYKGSDGCILAFDVTDLESFEALDIW
.. :.. . :: .::.:: .::::: .:. ..:: . : ...::.. .:::. :
CCDS52 DFALKVLNWDSRTLVRLQLWDIAGQERFGNMTRVYYKEAVGAFVVFDISRSSTFEAVLKW
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110 120 130 140 150
pF1KE3 RGDVLAKI-VPMEQSYPMVLLGNKIDLA--DRKVPQEVAQGWCREKDIP-YFEVSAKNDI
..:. .:. .: . : :::.:: : . . :..: : .:.:. . .::.:::..:
CCDS52 KSDLDSKVHLPNGSPIPAVLLANKCDQNKDSSQSPSQVDQ-FCKEHGFAGWFETSAKDNI
130 140 150 160 170
160 170 180 190
pF1KE3 NVVQAFEMLASRALSRYQSIL-ENHLTESIKLSPD----QSRSRCC
:. .: ..:. . : .::. :.. ...:::. . ...:.::
CCDS52 NIEEAARFLVEKILVNHQSFPNEENDVDKIKLDQETLRAENKSQCC
180 190 200 210 220
>>CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 (201 aa)
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Smith-Waterman score: 401; 38.9% identity (66.9% similar) in 175 aa overlap (1-174:1-172)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MNPRKKVDLKLIIVGAIGVGKTSLLHQYVHKTFYEEYQTTLGASILSKIIILGDTTLKLQ
:::. .::...: ::::. :: ... :. : : .:.:... . : : :.:::
CCDS31 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQ
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::::.::::::...:..:.:. : :...:::: ::. . : .. .. .
CCDS31 IWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYA---SENVNKL
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:.::: ::. .:: . .:. . ::..:.:::: :: ::: .:.. .:
CCDS31 LVGNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMAAEIKKRMGPGA
120 130 140 150 160 170
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CCDS31 ASGGERPNLKIDSTPVKPAGGGCC
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]