Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3774
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3774, 219 aa
1>>>pF1KE3774 219 - 219 aa - 219 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3351+/-0.00115; mu= 13.4963+/- 0.069
mean_var=83.1327+/-16.509, 0's: 0 Z-trim(103.8): 207 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.140666
statistics sampled from 7350 (7591) to 7350 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.612), E-opt: 0.2 (0.233), width: 16
Scan time: 1.880
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 1443 302.7 1.1e-82
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 1211 255.7 1.7e-68
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 1172 247.8 4.1e-66
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 1131 239.4 1.3e-63
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 650 141.8 3e-34
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 638 139.4 1.6e-33
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 638 139.4 1.6e-33
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 618 135.3 2.7e-32
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 604 132.5 1.9e-31
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 598 131.2 4.5e-31
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 574 126.4 1.3e-29
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 557 123.0 1.7e-28
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 555 122.5 2e-28
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 514 114.2 6.5e-26
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 509 113.3 1.5e-25
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 507 112.8 1.6e-25
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 507 112.8 1.8e-25
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 503 112.0 3e-25
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 501 111.6 3.8e-25
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 498 111.0 6.1e-25
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 494 110.2 1.1e-24
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 494 110.2 1.1e-24
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 494 110.2 1.1e-24
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 494 110.2 1.1e-24
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 489 109.1 2.1e-24
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 484 108.1 3.9e-24
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 484 108.1 4.3e-24
CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 490 109.8 4.7e-24
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 479 107.1 8.7e-24
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 476 106.5 1.3e-23
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 468 104.9 4e-23
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 468 104.9 4.1e-23
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 468 104.9 4.2e-23
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 465 104.3 6.1e-23
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 462 103.6 9.3e-23
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 453 101.8 3.4e-22
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 439 98.9 1.9e-21
CCDS75442.1 RAB44 gene_id:401258|Hs108|chr6 (1021) 449 101.6 1.9e-21
CCDS4962.1 RAB23 gene_id:51715|Hs108|chr6 ( 237) 441 99.4 2e-21
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 438 98.8 2.8e-21
CCDS53836.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 152) 435 98.1 3.3e-21
CCDS10153.1 RAB27A gene_id:5873|Hs108|chr15 ( 221) 422 95.6 2.7e-20
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 422 95.6 2.7e-20
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 421 95.3 3.1e-20
CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 ( 740) 423 96.2 5.8e-20
CCDS11816.1 RAB40B gene_id:10966|Hs108|chr17 ( 278) 415 94.2 8.6e-20
CCDS35353.1 RAB40AL gene_id:282808|Hs108|chrX ( 278) 412 93.6 1.3e-19
CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 409 92.9 1.5e-19
CCDS82514.1 WTH3DI gene_id:150786|Hs108|chr2 ( 254) 409 93.0 1.9e-19
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 408 92.7 1.9e-19
>>CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 (219 aa)
initn: 1443 init1: 1443 opt: 1443 Z-score: 1597.6 bits: 302.7 E(32554): 1.1e-82
Smith-Waterman score: 1443; 100.0% identity (100.0% similar) in 219 aa overlap (1-219:1-219)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MASVTDGKTGVKDASDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDTFTPAFVSTVGIDFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MASVTDGKTGVKDASDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDTFTPAFVSTVGIDFK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 VKTVYRHEKRVKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWATQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 VKTVYRHEKRVKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWATQI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KTYSWDNAQVILVGNKCDMEEERVVPTEKGQLLAEQLGFDFFEASAKENISVRQAFERLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 KTYSWDNAQVILVGNKCDMEEERVVPTEKGQLLAEQLGFDFFEASAKENISVRQAFERLV
130 140 150 160 170 180
190 200 210
pF1KE3 DAICDKMSDSLDTDPSMLGSSKNTRLSDTPPLLQQNCSC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DAICDKMSDSLDTDPSMLGSSKNTRLSDTPPLLQQNCSC
190 200 210
>>CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 (227 aa)
initn: 1231 init1: 1211 opt: 1211 Z-score: 1343.0 bits: 255.7 E(32554): 1.7e-68
Smith-Waterman score: 1211; 80.8% identity (95.0% similar) in 219 aa overlap (1-219:9-227)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MASVTDGKTGVKDASDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDTFTPAFV
:::. :.. : ::.:::::::::::::::::::::::::::::::.:: :::
CCDS39 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 STVGIDFKVKTVYRHEKRVKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA
::::::::::::...:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 STVGIDFKVKTVFKNEKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 VQDWATQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEEERVVPTEKGQLLAEQLGFDFFEASAKENISV
::::.:::::::::::::::::::::::.:::. ::.:: :.:::::.:::.:::.::.:
CCDS39 VQDWSTQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQLGFEFFETSAKDNINV
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210
pF1KE3 RQAFERLVDAICDKMSDSLDTDPSMLGSSKNTRLSDTPPLLQQNCSC
.:.:::::: ::::::.::.:::.. ....::::..::: : ::.:
CCDS39 KQTFERLVDIICDKMSESLETDPAITAAKQNTRLKETPPPPQPNCAC
190 200 210 220
>>CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 (220 aa)
initn: 1141 init1: 1107 opt: 1172 Z-score: 1300.4 bits: 247.8 E(32554): 4.1e-66
Smith-Waterman score: 1172; 77.9% identity (95.0% similar) in 222 aa overlap (1-219:1-220)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MASVTDGKTGVKDASDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDTFTPAFVSTVGIDFK
:::.::.. : :..::::::::::.::::::::::::::::::::.::::::::::::::
CCDS12 MASATDSRYGQKESSDQNFDYMFKILIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 VKTVYRHEKRVKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWATQI
:::.::..::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::
CCDS12 VKTIYRNDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWSTQI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KTYSWDNAQVILVGNKCDMEEERVVPTEKGQLLAEQLGFDFFEASAKENISVRQAFERLV
::::::::::.:::::::::.:::: .:.:. ::..:::.:::::::.::.:.:.:::::
CCDS12 KTYSWDNAQVLLVGNKCDMEDERVVSSERGRQLADHLGFEFFEASAKDNINVKQTFERLV
130 140 150 160 170 180
190 200 210
pF1KE3 DAICDKMSDSLDT-DPSMLGSSKNTRLSD--TPPLLQQNCSC
:.::.:::.:::: ::.. :.... .::: .:: .:.:.:
CCDS12 DVICEKMSESLDTADPAVTGAKQGPQLSDQQVPP--HQDCAC
190 200 210 220
>>CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 (219 aa)
initn: 1131 init1: 1131 opt: 1131 Z-score: 1255.5 bits: 239.4 E(32554): 1.3e-63
Smith-Waterman score: 1131; 75.8% identity (92.7% similar) in 219 aa overlap (1-219:1-219)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MASVTDGKTGVKDASDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDTFTPAFVSTVGIDFK
:::. : ..: .::.:::::::::::.::::::::::::::::::.::::::::::::::
CCDS12 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 VKTVYRHEKRVKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWATQI
:::::::.::.:::::::::::::::::::::::::::.:::::.:.::: :::::::::
CCDS12 VKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAAVQDWATQI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KTYSWDNAQVILVGNKCDMEEERVVPTEKGQLLAEQLGFDFFEASAKENISVRQAFERLV
::::::::::::::::::.:.:::::.: :. ::..:::.::::::::::.:.:.:::::
CCDS12 KTYSWDNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKENINVKQVFERLV
130 140 150 160 170 180
190 200 210
pF1KE3 DAICDKMSDSLDTDPSMLGSSKNTRLSDTPPLLQQNCSC
:.::.::..::. . : ...:. ..:.: ..:::
CCDS12 DVICEKMNESLEPSSSSGSNGKGPAVGDAPAPQPSSCSC
190 200 210
>>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa)
initn: 654 init1: 633 opt: 650 Z-score: 728.2 bits: 141.8 E(32554): 3e-34
Smith-Waterman score: 650; 49.7% identity (82.7% similar) in 191 aa overlap (17-207:3-192)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MASVTDGKTGVKDASDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDTFTPAFVSTVGIDFK
...::.::::.::.:.:::: :::...:.:. .:.::.:::::
CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFK
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 VKTVYRHEKRVKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWATQI
..:. ::.::::::::::::.:::::::::::::..:.::::::.::. ...: .:
CCDS12 IRTIELDGKRIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNI
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KTYSWDNAQVILVGNKCDMEEERVVPTEKGQLLAEQLGFDFFEASAKENISVRQAFERLV
. .. ... ...:::::....: : :.:. :: . :. :.:.::: ::.:..:: :.
CCDS12 EEHASADVEKMILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLA
110 120 130 140 150 160
190 200 210
pF1KE3 DAICDKMSDSLDTDPSMLGSSKNTRLSDTPPLLQQNCSC
: ::. .:. . : ::.......
CCDS12 RDIKAKMDKKLEGN-SPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
170 180 190 200
>>CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 (200 aa)
initn: 638 init1: 638 opt: 638 Z-score: 715.3 bits: 139.4 E(32554): 1.6e-33
Smith-Waterman score: 638; 53.5% identity (84.1% similar) in 170 aa overlap (17-186:4-173)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MASVTDGKTGVKDASDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDTFTPAFVSTVGIDFK
...: .::::.::.:.:::: :::..::.:. .:.::.:::::
CCDS17 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFK
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 VKTVYRHEKRVKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWATQI
.::: . :..::::::::::::..::::.:::::::..:.::::: .::. .. : .:
CCDS17 IKTVELQGKKIKLQIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNI
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KTYSWDNAQVILVGNKCDMEEERVVPTEKGQLLAEQLGFDFFEASAKENISVRQAFERLV
.. .... .:.::::::...:::: ::. .:.. :. :::.::: ::....:: :.
CCDS17 DEHANEDVERMLLGNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLA
110 120 130 140 150 160
190 200 210
pF1KE3 DAICDKMSDSLDTDPSMLGSSKNTRLSDTPPLLQQNCSC
. : :
CCDS17 EDILRKTPVKEPNSENVDISSGGGVTGWKSKCC
170 180 190 200
>>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa)
initn: 650 init1: 628 opt: 638 Z-score: 715.1 bits: 139.4 E(32554): 1.6e-33
Smith-Waterman score: 638; 46.9% identity (82.3% similar) in 192 aa overlap (17-208:3-193)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MASVTDGKTGVKDASDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDTFTPAFVSTVGIDFK
...::.::::.::.:.:::: .:::...:.:. .:.::.:::::
CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFK
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 VKTVYRHEKRVKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWATQI
..:. :..::::::::::::.:::::::::::::..:.::::::.::. ...: .:
CCDS10 IRTIELDGKKIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNI
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KTYSWDNAQVILVGNKCDMEEERVVPTEKGQLLAEQLGFDFFEASAKENISVRQAFERLV
. .. .... ...::::::...: : :.:. :: . :. :.:.::: . .:..:: :.
CCDS10 EEHASSDVERMILGNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLA
110 120 130 140 150 160
190 200 210
pF1KE3 DAICDKMSDSLDTDPSMLGSSKNTRLSDTPPLLQQNCSC
: :.. ... : . :.. .....
CCDS10 RDIMTKLNRKMN-DSNSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
170 180 190 200
>>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa)
initn: 624 init1: 604 opt: 618 Z-score: 693.2 bits: 135.3 E(32554): 2.7e-32
Smith-Waterman score: 618; 43.6% identity (77.0% similar) in 204 aa overlap (16-219:5-204)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MASVTDGKTGVKDASDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDTFTPAFVSTVGIDFK
. ..::.::::.::.:.:::. .:.:.::::.: ...::.:.:::
CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFK
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 VKTVYRHEKRVKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWATQI
..:. : .::::::::::::.::::..::::: :.:..::.:..:::: :..: .:
CCDS46 IRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEI
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
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:
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]