FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3693, 955 aa
1>>>pF1KE3693 955 - 955 aa - 955 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.2715+/-0.0011; mu= -3.8768+/- 0.067
mean_var=368.2906+/-75.642, 0's: 0 Z-trim(113.3): 76 B-trim: 9 in 1/52
Lambda= 0.066831
statistics sampled from 13896 (13962) to 13896 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.729), E-opt: 0.2 (0.429), width: 16
Scan time: 3.100
The best scores are: opt bits E(32554)
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>>CCDS405.1 THRAP3 gene_id:9967|Hs108|chr1 (955 aa)
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 IERRKKHKERDLKRGKSRESVDSRDSSHSRERSAEKTEKTHKGSKKQKKHRRARDRSRSS
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pF1KE3 SSSSQSSHSYKAEEYTEETEEREESTTGFDKSRLGTKDFVGPSERGGGRARGTFQFRARG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 SSSSQSSHSYKAEEYTEETEEREESTTGFDKSRLGTKDFVGPSERGGGRARGTFQFRARG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 RGAFPRGRGRFMFRKSSTSPKWAHDKFSGEEGEIEDDESGTENREEKDNIQPTTE
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>>CCDS75525.1 BCLAF1 gene_id:9774|Hs108|chr6 (918 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSKTNKSKSGSRSSRSRSASRSRSRSFSKSRSRSRSLSRSRKRRLSSRSRSRSYSPAHNR
: .:::.: :::.::: :.::::::: .:::.: :::::.:: ...:
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.: . : :. ::.: .:::.:::: .:::.::.: : .:.:::: : : : :..
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.::.... ...:.. . ....: ..:: :.. .:.: .: :: . .
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: . : .. : . : .:. :.: .: . .: . : . :: ..
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.:.. : .... . : . ::.: ..: : : : : .. .:.: .: .
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::. .:.. :. . . ::: :::: :. : ..:. .. : :. : ...
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. : :.. . .:... :.: . :: :. : . ... .. :. ::: . .
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460 470 480 490 500 510
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:.... :::. : . : : :. :... :: ...: ::: ..
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pF1KE3 FVPEKNFRVTAYKAVQEKSSSPPPRKTSESRDKLGAKGDFPTG-KSSFSITREAQVNVRM
::. : . : . . ::: .:. ..:.: . . : : : ... .:...:
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580 590 600 610 620 630
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.: ::..: ...: : :::: ::::::::::.::. :...: :: : ::::
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pF1KE3 TIVHHVKEHHFGSSGMTLHERFTKYLKRGTEQEAAKNKKSPEIHRRIDISPSTFRKHGLA
..::::::..: :..:::.::::.: ...::..... .:::::::::::::::.:::
CCDS75 SLVHHVKEQYFKSAAMTLNERFTSY-QKATEEHSTR-QKSPEIHRRIDISPSTLRKHTRL
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pF1KE3 HDEMKSPREPGYKAEGKYKDDPVDLRLDIERRKKHKERDLKRGKSRESVDSRDSSHSRER
: . .: . :.. : . : .::: ::.::.: ::. .:: :. ::.:: ::..
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pF1KE3 -SAEKTEKTHKGSKKQKKHRRARDRSRSSSSSSQSSHSYKAEEYTEETEEREESTTGFDK
.. : : .:. : ..::.: .:.:::::::.. : : ...: : .:::: : :
CCDS75 EKTPKDYKEYKSYKDDSKHKREQDHSRSSSSSASPS-SPSSREEKESKKEREEE---F-K
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820 830 840 850 860
pF1KE3 SRLGTKDFVGPSERGGGRARGTFQFRARGRGWGRGNYSGNNN--NNSNNDFQKRNREEEW
.. :.. : . : .: :::: :: :::: .:: ..:.:. ::::. :::: .::::
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pF1KE3 DPEYTPKSKKYYLHDDREGEGSDKWVSRGRGRGAFPRGRGRFMFRKSSTSPKWAHDKFSG
:::::::::::.:::::. .: : :..::::::.: :::::: :.::..::::.:::..:
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pF1KE3 EEGEIEDDESGTENREEKDNIQPTTE
. : .::.: :: ::: .
CCDS75 D-GIVEDEEETMENNEEKKDRRKEEKE
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>>CCDS5177.1 BCLAF1 gene_id:9774|Hs108|chr6 (920 aa)
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Smith-Waterman score: 1926; 41.1% identity (66.2% similar) in 971 aa overlap (10-949:2-913)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSKTNKSKSGSRSSRSRSASRSRSRSFSKSRSRSRSLSRSRKRRLSSRSRSRSYSPAHNR
: .:::.: :::.::: :.::::::: .:::.: :::::::.:: ...:
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pF1KE3 ERNHPRVYQNRDFRGHNRGYRRPYYFRGRNRGFYPWG--QYNRGGYGNYRSNWQNYRQAY
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CCDS51 DRMYSRDYR-RDYR-NNRGMRRPYGYRGRGRGYYQGGGGRYHRGGY---RPVW-NRRHSR
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pF1KE3 SPRRGRSRSRSPKRRS-PSPRSRSHSRNSDKSSSDRSRRSSSSRSSSNHSRVESSKRKSA
:::::::::::::::: : ::::.:: : .:: :: ::::::::: .:. :::...
CCDS51 SPRRGRSRSRSPKRRSVSSQRSRSRSRRSYRSS--RSPRSSSSRSSSPYSKSPVSKRRGS
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 KEKKSSSKDSRPSQAAG-DNQGDEAKEQTFSGGTSQD----TKASESSKP-WPDATYGTG
.::.... ...:.. . ....: ..:: :.. .:.: .: :: . .
CCDS51 QEKQTKKAEGEPQEESPLKSKSQEEPKDTFEHDPSESIDEFNKSSATSGDIWPGLSAYDN
170 180 190 200 210 220
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pF1KE3 SASRASAVSELS--PRERSPALKSPLQSVVVRRRSPRPSPVPKPSPPLSSTSQMGS-TLP
: . : .. : . : .:. :.: .: . .: . : . :: ..
CCDS51 SPRSPHSPSPIATPPSQSSSCSDAPMLSTV---HSAKNTPSQHSHSIQHSPERSGSGSVG
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pF1KE3 SGAGYQSGTHQGQFDHGSGSLSPSKKSPVGKSP--PSTG--STYGSSQKEESAASGGAAY
.:.. : .... . : . ::.: ..: : : : : .. .:.: .: .
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pF1KE3 TKRYLEEQKTENGKDKEQKQTNTDKEKIKEKGSFSDTGLGDGKMKS----DSFAPKTDSE
::. .:.. :. . . ::: :::: :. : ..:. .. : :. : ...
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pF1KE3 KPFRGSQSPKRYKLRDDFEKKMADFHKEEMDDQDKDKAKGRKESEFDDEPKFMSKV-IGA
. : :.. . .:... :.: . :: :. : . ... .. :. ::: . .
CCDS51 QKFNDSEGDDTEET-EDYRQ----FRKSVLADQGKSFATASHRNTEEEGLKYKSKVSLKG
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pF1KE3 NKNQE---EEKSGKWE--GLVYAPPGKEKQRKTEELEEESFPERSKKEDRGKRSEGGHRG
:.... :::. : . : : :. :... :: ...: ::: ..
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pF1KE3 FVPEKNFRVTAYKAVQEKSSSPPPRKTSESRDKLGAKGDFPTG-KSSFSITREAQVNVRM
::. : . : . . ::: .:. ..:.: . . : : : ... .:...:
CCDS51 --PEQ---VKSEKLKDLFDYSPPLHKNLDAREKSTFREESPLRIKMIASDSHRPEVKLKM
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.: ::..: ...: : :::: ::::::::::.::. :...: :: : ::::
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pF1KE3 TIVHHVKEHHFGSSGMTLHERFTKYLKRGTEQEAAKNKKSPEIHRRIDISPSTFRKHGLA
..::::::..: :..:::.::::.: ...::..... .:::::::::::::::.:::
CCDS51 SLVHHVKEQYFKSAAMTLNERFTSY-QKATEEHSTR-QKSPEIHRRIDISPSTLRKHTRL
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pF1KE3 HDEMKSPREPGYKAEGKYKDDPVDLRLDIERRKKHKERDLKRGKSRESVDSRDSSHSRER
: . .: . :.. : . : .::: ::.::.: ::. .:: :. ::.:: ::..
CCDS51 AGEERVFKEENQKGDKKLRCDSADLRHDIDRRRK--ERSKERGDSK---GSRESSGSRKQ
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pF1KE3 -SAEKTEKTHKGSKKQKKHRRARDRSRSSSSSSQSSHSYKAEEYTEETEEREESTTGFDK
.. : : .:. : ..::.: .:.:::::::.. : : ...: : .:::: : :
CCDS51 EKTPKDYKEYKSYKDDSKHKREQDHSRSSSSSASPS-SPSSREEKESKKEREEE---F-K
730 740 750 760 770
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pF1KE3 SRLGTKDFVGPSERGGGRARGTFQFRARGRGWGRGNYSGNNN--NNSNNDFQKRNREEEW
.. :.. : . : .: :::: :: :::: .:: ..:.:. ::::. :::: .::::
CCDS51 THHEMKEYSGFA--GVSRPRGTF-FRIRGRGRARGVFAGTNTGPNNSNTTFQKRPKEEEW
780 790 800 810 820 830
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pF1KE3 DPEYTPKSKKYYLHDDREGEGSDKWVSRGRGRGAFPRGRGRFMFRKSSTSPKWAHDKFSG
:::::::::::.:::::. .: : :..::::::.: :::::: :.::..::::.:::..:
CCDS51 DPEYTPKSKKYFLHDDRD-DGVDYWAKRGRGRGTFQRGRGRFNFKKSGSSPKWTHDKYQG
840 850 860 870 880 890
930 940 950
pF1KE3 EEGEIEDDESGTENREEKDNIQPTTE
. : .::.: :: ::: .
CCDS51 D-GIVEDEEETMENNEEKKDRRKEEKE
900 910 920
>>CCDS47486.1 BCLAF1 gene_id:9774|Hs108|chr6 (869 aa)
initn: 853 init1: 355 opt: 1232 Z-score: 660.8 bits: 133.5 E(32554): 1.7e-30
Smith-Waterman score: 1575; 37.5% identity (61.8% similar) in 969 aa overlap (10-949:2-862)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSKTNKSKSGSRSSRSRSASRSRSRSFSKSRSRSRSLSRSRKRRLSSRSRSRSYSPAHNR
: .:::.: :::.::: :.::::::: .:::.: :::::.:: ...:
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10 20 30 40
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.: . : :. ::.: .:::.:::: .:::.::.: : .:.:::: : : : :..
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:::::::::::::::: : ::::.:: : .:: :: ::::::::: .:. :::...
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.::.... ...:.. . ....: ..:: :.. .:.: .: :: . .
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160 170 180 190 200 210
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: . : .. : . : .:. :.: .: . .: . : . :: ..
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.:.. : .... . : . ::.: ..: : : : : .. .:.: .: .
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::. .:.. :. . . ::: :::: :. : ..:. .. : :. : ...
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. : :.. . .:... :.: . :: :. : . ... .. :. ::: . .
CCDS47 QKFNDSEGDDTEET-EDYRQ----FRKSVLADQGKSFATASHRNTEEEGLKYKSKVSLKG
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:.... :::. : . : : :. :... :: ...: ::: ..
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::. : . : . . ::: .:. ..:.: . . : : : ... .:...:
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.: ::..: ...: : :::: ::::::::::.::. :...: :: : ::::
CCDS47 APVPLDDSNRPASL-TKDRLLASTLVHSVKKEQEFRSIFDHIKLPQASKSTSESFIQHIV
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pF1KE3 TIVHHVKEHHFGSSGMTLHERFTKYLKRGTEQEAAKNKKSPEIHRRIDISPSTFRKHGLA
..::::::..: :..:::.::::.: ...::..... .:::::::::::::::.:::
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: . .: . :.. : . : .::: ::.::.: ::. .:: :. ::.:: ::..
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pF1KE3 -SAEKTEKTHKGSKKQKKHRRARDRSRSSSSSSQSSHSYKAEEYTEETEEREESTTGFDK
.. : : .:. : ..::.: .:.:::::::.. : : ...: : .:::: : :
CCDS47 EKTPKDYKEYKSYKDDSKHKREQDHSRSSSSSASPS-SPSSREEKESKKEREEE---F-K
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.. :.. : . : .: ::::
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pF1KE3 EYTPKSKKYYLHDDREGEGSDKWVSRGRGRGAFPRGRGRFMFRKSSTSPKWAHDKFSGEE
::::. .: : :..::::::.: :::::: :.::..::::.:::..:.
CCDS47 -----------HDDRD-DGVDYWAKRGRGRGTFQRGRGRFNFKKSGSSPKWTHDKYQGD-
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pF1KE3 GEIEDDESGTENREEKDNIQPTTE
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CCDS47 GIVEDEEETMENNEEKKDRRKEEKE
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10 20 30 40 50 60
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