Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3669
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3669, 463 aa
1>>>pF1KE3669 463 - 463 aa - 463 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3385+/-0.000912; mu= 17.9888+/- 0.055
mean_var=68.2733+/-13.612, 0's: 0 Z-trim(105.5): 32 B-trim: 131 in 1/50
Lambda= 0.155220
statistics sampled from 8451 (8477) to 8451 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.637), E-opt: 0.2 (0.26), width: 16
Scan time: 2.670
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13522.1 EEF1A2 gene_id:1917|Hs108|chr20 ( 463) 3062 694.8 4.8e-200
CCDS4980.1 EEF1A1 gene_id:1915|Hs108|chr6 ( 462) 2858 649.1 2.7e-186
CCDS47479.1 HBS1L gene_id:10767|Hs108|chr6 ( 642) 739 174.7 2.5e-43
CCDS5173.1 HBS1L gene_id:10767|Hs108|chr6 ( 684) 739 174.7 2.6e-43
CCDS45414.1 GSPT1 gene_id:2935|Hs108|chr16 ( 499) 704 166.8 4.7e-41
CCDS45413.1 GSPT1 gene_id:2935|Hs108|chr16 ( 636) 704 166.8 5.7e-41
CCDS45412.1 GSPT1 gene_id:2935|Hs108|chr16 ( 637) 704 166.8 5.7e-41
CCDS14336.1 GSPT2 gene_id:23708|Hs108|chrX ( 628) 688 163.3 6.8e-40
CCDS10642.1 TUFM gene_id:7284|Hs108|chr16 ( 455) 267 68.9 1.2e-11
>>CCDS13522.1 EEF1A2 gene_id:1917|Hs108|chr20 (463 aa)
initn: 3062 init1: 3062 opt: 3062 Z-score: 3704.8 bits: 694.8 E(32554): 4.8e-200
Smith-Waterman score: 3062; 100.0% identity (100.0% similar) in 463 aa overlap (1-463:1-463)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVL
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CCDS13 MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 DKLKAERERGITIDISLWKFETTKYYITIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DKLKAERERGITIDISLWKFETTKYYITIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 GEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVNKMDSTEPAYSEKRYDEIVKEVSAYIKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVNKMDSTEPAYSEKRYDEIVKEVSAYIKK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 IGYNPATVPFVPISGWHGDNMLEPSPNMPWFKGWKVERKEGNASGVSLLEALDTILPPTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IGYNPATVPFVPISGWHGDNMLEPSPNMPWFKGWKVERKEGNASGVSLLEALDTILPPTR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 PTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGILRPGMVVTFAPVNITTEVKSVEMHHEALS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGILRPGMVVTFAPVNITTEVKSVEMHHEALS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 EALPGDNVGFNVKNVSVKDIRRGNVCGDSKSDPPQEAAQFTSQVIILNHPGQISAGYSPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 EALPGDNVGFNVKNVSVKDIRRGNVCGDSKSDPPQEAAQFTSQVIILNHPGQISAGYSPV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 IDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDNPKSLKSGDAAIVEMVPGKPMCVESFSQYPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDNPKSLKSGDAAIVEMVPGKPMCVESFSQYPP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KE3 LGRFAVRDMRQTVAVGVIKNVEKKSGGAGKVTKSAQKAQKAGK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LGRFAVRDMRQTVAVGVIKNVEKKSGGAGKVTKSAQKAQKAGK
430 440 450 460
>>CCDS4980.1 EEF1A1 gene_id:1915|Hs108|chr6 (462 aa)
initn: 2858 init1: 2858 opt: 2858 Z-score: 3458.0 bits: 649.1 E(32554): 2.7e-186
Smith-Waterman score: 2858; 92.6% identity (97.8% similar) in 461 aa overlap (1-461:1-461)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 DKLKAERERGITIDISLWKFETTKYYITIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGV
::::::::::::::::::::::.:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 DKLKAERERGITIDISLWKFETSKYYVTIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 GEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVNKMDSTEPAYSEKRYDEIVKEVSAYIKK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::.:::.:::::::.::::
CCDS49 GEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVNKMDSTEPPYSQKRYEEIVKEVSTYIKK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 IGYNPATVPFVPISGWHGDNMLEPSPNMPWFKGWKVERKEGNASGVSLLEALDTILPPTR
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CCDS49 IGYNPDTVAFVPISGWNGDNMLEPSANMPWFKGWKVTRKDGNASGTTLLEALDCILPPTR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 PTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGILRPGMVVTFAPVNITTEVKSVEMHHEALS
::::::::::::::::::::::::::::::.:.:::::::::::.:::::::::::::::
CCDS49 PTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGVLKPGMVVTFAPVNVTTEVKSVEMHHEALS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 EALPGDNVGFNVKNVSVKDIRRGNVCGDSKSDPPQEAAQFTSQVIILNHPGQISAGYSPV
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CCDS49 EALPGDNVGFNVKNVSVKDVRRGNVAGDSKNDPPMEAAGFTAQVIILNHPGQISAGYAPV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 IDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDNPKSLKSGDAAIVEMVPGKPMCVESFSQYPP
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CCDS49 LDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDGPKFLKSGDAAIVDMVPGKPMCVESFSDYPP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KE3 LGRFAVRDMRQTVAVGVIKNVEKKSGGAGKVTKSAQKAQKAGK
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CCDS49 LGRFAVRDMRQTVAVGVIKAVDKKAAGAGKVTKSAQKAQKAK
430 440 450 460
>>CCDS47479.1 HBS1L gene_id:10767|Hs108|chr6 (642 aa)
initn: 939 init1: 632 opt: 739 Z-score: 891.3 bits: 174.7 E(32554): 2.5e-43
Smith-Waterman score: 1079; 39.3% identity (69.3% similar) in 440 aa overlap (5-443:216-642)
10 20 30
pF1KE3 MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGI
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CCDS47 QSSTPAPVKKSGKLRQQIDVKAELEKRQGGKQLLNLVVIGHVDAGKSTLMGHMLYLLGNI
190 200 210 220 230 240
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 DKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVLDKLKAERERGITIDISLWKFETTKYYITIIDAPG
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CCDS47 NKRTMHKYEQESKKAGKASFAYAWVLDETGEERERGVTMDVGMTKFETTTKVITLMDAPG
250 260 270 280 290 300
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 HRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGVGEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVNK
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CCDS47 HKDFIPNMITGAAQADVAVLVVDASRGEFEAGFETGGQTREHGLLVRSLGVTQLAVAVNK
310 320 330 340 350 360
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 MDSTEPAYSEKRYDEIVKEVSAYIKKIGYNPATVPFVPISGWHGDNMLEPSPNMPWFKGW
::... ....:..::. ... ..:. :.. . : :.: :: :.:.. : . : .
CCDS47 MDQVN--WQQERFQEITGKLGHFLKQAGFKESDVGFIPTSGLSGENLITRSQSSELTKWY
370 380 390 400 410 420
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 KVERKEGNASGVSLLEALDTILPPTRPTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGILRP
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CCDS47 K---------GLCLLEQIDSFKPPQRSIDKPFRLCVSDVFKDQGSGFCITGKIEAGYIQT
430 440 450 460 470
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 GMVVTFAPVNITTEVKSVEMHHEALSEALPGDNVGFNVKNVSVKDIRRGNV-CGDSKSDP
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CCDS47 GDRLLAMPPNETCTVKGITLHDEPVDWAAAGDHVSLTLVGMDIIKINVGCIFCGPKV--P
480 490 500 510 520 530
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 PQEAAQFTSQVIILNHPGQISAGYSPVIDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDNPKS
. ..: ....:.: :. :. .. .:. . .: ... .:. . .::
CCDS47 IKACTRFRARILIFNIEIPITKGFPVLLHYQTVSEPAVIKRLISVLNKSTGEVTKKKPKF
540 550 560 570 580 590
400 410 420 430 440 450
pF1KE3 LKSGDAAIVEMVPGKPMCVESFSQYPPLGRFAVRDMRQTVAVGVIKNVEKKSGGAGKVTK
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CCDS47 LTKGQNALVELQTQRPIALELYKDFKELGRFMLRYGGSTIAAGVVTEIKE
600 610 620 630 640
460
pF1KE3 SAQKAQKAGK
>>CCDS5173.1 HBS1L gene_id:10767|Hs108|chr6 (684 aa)
initn: 939 init1: 632 opt: 739 Z-score: 890.9 bits: 174.7 E(32554): 2.6e-43
Smith-Waterman score: 1079; 39.3% identity (69.3% similar) in 440 aa overlap (5-443:258-684)
10 20 30
pF1KE3 MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGI
: .:.:::::::.:::: ::..: :.:
CCDS51 QSSTPAPVKKSGKLRQQIDVKAELEKRQGGKQLLNLVVIGHVDAGKSTLMGHMLYLLGNI
230 240 250 260 270 280
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 DKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVLDKLKAERERGITIDISLWKFETTKYYITIIDAPG
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CCDS51 NKRTMHKYEQESKKAGKASFAYAWVLDETGEERERGVTMDVGMTKFETTTKVITLMDAPG
290 300 310 320 330 340
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 HRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGVGEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVNK
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CCDS51 HKDFIPNMITGAAQADVAVLVVDASRGEFEAGFETGGQTREHGLLVRSLGVTQLAVAVNK
350 360 370 380 390 400
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 MDSTEPAYSEKRYDEIVKEVSAYIKKIGYNPATVPFVPISGWHGDNMLEPSPNMPWFKGW
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CCDS51 MDQVN--WQQERFQEITGKLGHFLKQAGFKESDVGFIPTSGLSGENLITRSQSSELTKWY
410 420 430 440 450 460
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 KVERKEGNASGVSLLEALDTILPPTRPTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGILRP
: :. ::: .:.. :: : :::.:: ..::.: : : .:..:.: ..
CCDS51 K---------GLCLLEQIDSFKPPQRSIDKPFRLCVSDVFKDQGSGFCITGKIEAGYIQT
470 480 490 500 510
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 GMVVTFAPVNITTEVKSVEMHHEALSEALPGDNVGFNVKNVSVKDIRRGNV-CGDSKSDP
: . : : : ::.. .: : .. : ::.:.... .... : : . :: . :
CCDS51 GDRLLAMPPNETCTVKGITLHDEPVDWAAAGDHVSLTLVGMDIIKINVGCIFCGPKV--P
520 530 540 550 560 570
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 PQEAAQFTSQVIILNHPGQISAGYSPVIDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDNPKS
. ..: ....:.: :. :. .. .:. . .: ... .:. . .::
CCDS51 IKACTRFRARILIFNIEIPITKGFPVLLHYQTVSEPAVIKRLISVLNKSTGEVTKKKPKF
580 590 600 610 620 630
400 410 420 430 440 450
pF1KE3 LKSGDAAIVEMVPGKPMCVESFSQYPPLGRFAVRDMRQTVAVGVIKNVEKKSGGAGKVTK
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CCDS51 LTKGQNALVELQTQRPIALELYKDFKELGRFMLRYGGSTIAAGVVTEIKE
640 650 660 670 680
460
pF1KE3 SAQKAQKAGK
>>CCDS45414.1 GSPT1 gene_id:2935|Hs108|chr16 (499 aa)
initn: 886 init1: 640 opt: 704 Z-score: 850.6 bits: 166.8 E(32554): 4.7e-41
Smith-Waterman score: 1020; 37.2% identity (67.5% similar) in 443 aa overlap (4-444:71-498)
10 20 30
pF1KE3 MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGG
.: :.:.: :::::.:::: :...: :
CCDS45 RPPEESAHEMMEEEEEIPKPKSVVAPPGAPKKEHVNVVFIGHVDAGKSTIGGQIMYLTGM
50 60 70 80 90 100
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 IDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVLDKLKAERERGITIDISLWKFETTKYYITIIDAP
.::::.::.:.:: : .. .. .:.:: . ::..: :.... ::: : ..::.:::
CCDS45 VDKRTLEKYEREAKEKNRETWYLSWALDTNQEERDKGKTVEVGRAYFETEKKHFTILDAP
110 120 130 140 150 160
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 GHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGVGEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVN
::..:. ::: :.:::: :::...: ::::.:. :.:::::::.:: : :::.::: .:
CCDS45 GHKSFVPNMIGGASQADLAVLVISARKGEFETGFEKGGQTREHAMLAKTAGVKHLIVLIN
170 180 190 200 210 220
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 KMDSTEPAYSEKRYDEIVKEVSAYIKKIGYNPAT-VPFVPISGWHGDNMLEPSPNMPWFK
:::. .:..::.: ... ..::.:.:: . :.: :: : :. : : ::.
CCDS45 KMDDPTVNWSNERYEECKEKLVPFLKKVGFNPKKDIHFMPCSGLTGANLKEQSDFCPWY-
230 240 250 260 270
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 GWKVERKEGNASGVSLLEALDTILPPTRPTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGIL
:. .. ::.. .: .: :.:::. : :: .::: .:..:.: .
CCDS45 -----------IGLPFIPYLDNLPNFNRSVDGPIRLPIVDKYK--DMGTVVLGKLESGSI
280 290 300 310 320
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 RPGMVVTFAPVNITTEVKSVEMHHEALSEALPGDNVGFNVKNVSVKDIRRGNVCGDSKSD
:. ... : . ..:: .. . . ::.:. . .:.. ..: : . : ..
CCDS45 CKGQQLVMMPNKHNVEVLGILSDDVETDTVAPGENLKIRLKGIEEEEILPGFILCDP-NN
330 340 350 360 370 380
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 PPQEAAQFTSQVIILNHPGQISAGYSPVIDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDNPK
. . : .:..:..: . : ::. :. :: ... : .:..::.: . :.
CCDS45 LCHSGRTFDAQIVIIEHKSIICPGYNAVLHIHTCIEEVEITALICLVDKKSGEKSKTRPR
390 400 410 420 430 440
400 410 420 430 440 450
pF1KE3 SLKSGDAAIVEMVPGKPMCVESFSQYPPLGRFAVRDMRQTVAVG-VIKNVEKKSGGAGKV
.:. .. :... . .:.:.:...: .:::..:: .:.:.: :.: : .:
CCDS45 FVKQDQVCIARLRTAGTICLETFKDFPQMGRFTLRDEGKTIAIGKVLKLVPEKD
450 460 470 480 490
460
pF1KE3 TKSAQKAQKAGK
>>CCDS45413.1 GSPT1 gene_id:2935|Hs108|chr16 (636 aa)
initn: 886 init1: 640 opt: 704 Z-score: 849.0 bits: 166.8 E(32554): 5.7e-41
Smith-Waterman score: 1020; 37.2% identity (67.5% similar) in 443 aa overlap (4-444:208-635)
10 20 30
pF1KE3 MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGG
.: :.:.: :::::.:::: :...: :
CCDS45 RPPEESAHEMMEEEEEIPKPKSVVAPPGAPKKEHVNVVFIGHVDAGKSTIGGQIMYLTGM
180 190 200 210 220 230
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 IDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVLDKLKAERERGITIDISLWKFETTKYYITIIDAP
.::::.::.:.:: : .. .. .:.:: . ::..: :.... ::: : ..::.:::
CCDS45 VDKRTLEKYEREAKEKNRETWYLSWALDTNQEERDKGKTVEVGRAYFETEKKHFTILDAP
240 250 260 270 280 290
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 GHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGVGEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVN
::..:. ::: :.:::: :::...: ::::.:. :.:::::::.:: : :::.::: .:
CCDS45 GHKSFVPNMIGGASQADLAVLVISARKGEFETGFEKGGQTREHAMLAKTAGVKHLIVLIN
300 310 320 330 340 350
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 KMDSTEPAYSEKRYDEIVKEVSAYIKKIGYNPAT-VPFVPISGWHGDNMLEPSPNMPWFK
:::. .:..::.: ... ..::.:.:: . :.: :: : :. : : ::.
CCDS45 KMDDPTVNWSNERYEECKEKLVPFLKKVGFNPKKDIHFMPCSGLTGANLKEQSDFCPWY-
360 370 380 390 400 410
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 GWKVERKEGNASGVSLLEALDTILPPTRPTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGIL
:. .. ::.. .: .: :.:::. : :: .::: .:..:.: .
CCDS45 -----------IGLPFIPYLDNLPNFNRSVDGPIRLPIVDKYK--DMGTVVLGKLESGSI
420 430 440 450 460
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 RPGMVVTFAPVNITTEVKSVEMHHEALSEALPGDNVGFNVKNVSVKDIRRGNVCGDSKSD
:. ... : . ..:: .. . . ::.:. . .:.. ..: : . : ..
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