FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE3656, 685 aa
  1>>>pF1KE3656 685 - 685 aa - 685 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8204+/-0.00117; mu= 7.9287+/- 0.070
 mean_var=154.0326+/-31.880, 0's: 0 Z-trim(106.2): 78  B-trim: 0 in 0/50
 Lambda= 0.103340
 statistics sampled from 8755 (8824) to 8755 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.621), E-opt: 0.2 (0.271), width:  16
 Scan time:  3.840

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS9316.1 RNF6 gene_id:6049|Hs108|chr13           ( 685) 4550 691.1 1.4e-198
CCDS14427.1 RLIM gene_id:51132|Hs108|chrX          ( 624)  544 93.8 7.9e-19


>>CCDS9316.1 RNF6 gene_id:6049|Hs108|chr13                (685 aa)
 initn: 4550 init1: 4550 opt: 4550  Z-score: 3678.8  bits: 691.1 E(32554): 1.4e-198
Smith-Waterman score: 4550; 100.0% identity (100.0% similar) in 685 aa overlap (1-685:1-685)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE3 MNQSRSRSDGGSEETLPQDHNHHENERRWQQERLHREEAYYQFINELNDEDYRLMRDHNL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 MNQSRSRSDGGSEETLPQDHNHHENERRWQQERLHREEAYYQFINELNDEDYRLMRDHNL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE3 LGTPGEITSEELQQRLDGVKEQLASQPDLRDGTNYRDSEVPRESSHEDSLLEWLNTFRRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 LGTPGEITSEELQQRLDGVKEQLASQPDLRDGTNYRDSEVPRESSHEDSLLEWLNTFRRT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE3 GNATRSGQNGNQTWRAVSRTNPNNGEFRFSLEIHVNHENRGFEIHGEDYTDIPLSDSNRD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 GNATRSGQNGNQTWRAVSRTNPNNGEFRFSLEIHVNHENRGFEIHGEDYTDIPLSDSNRD
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE3 HTANRQQRSTSPVARRTRSQTSVNFNGSSSNIPRTRLASRGQNPAEGSFSTLGRLRNGIG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 HTANRQQRSTSPVARRTRSQTSVNFNGSSSNIPRTRLASRGQNPAEGSFSTLGRLRNGIG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE3 GAAGIPRANASRTNFSSHTNQSGGSELRQREGQRFGAAHVWENGARSNVTVRNTNQRLEP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 GAAGIPRANASRTNFSSHTNQSGGSELRQREGQRFGAAHVWENGARSNVTVRNTNQRLEP
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE3 IRLRSTSNSRSRSPIQRQSGTVYHNSQRESRPVQQTTRRSVRRRGRTRVFLEQDRERERR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 IRLRSTSNSRSRSPIQRQSGTVYHNSQRESRPVQQTTRRSVRRRGRTRVFLEQDRERERR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE3 GTAYTPFSNSRLVSRITVEEGEESSRSSTAVRRHPTITLDLQVRRIRPGENRDRDSIANR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 GTAYTPFSNSRLVSRITVEEGEESSRSSTAVRRHPTITLDLQVRRIRPGENRDRDSIANR
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE3 TRSRVGLAENTVTIESNSGGFRRTISRLERSGIRTYVSTITVPLRRISENELVEPSSVAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 TRSRVGLAENTVTIESNSGGFRRTISRLERSGIRTYVSTITVPLRRISENELVEPSSVAL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE3 RSILRQIMTGFGELSSLMEADSESELQRNGQHLPDMHSELSNLGTDNNRSQHREGSSQDR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 RSILRQIMTGFGELSSLMEADSESELQRNGQHLPDMHSELSNLGTDNNRSQHREGSSQDR
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE3 QAQGDSTEMHGENETTQPHTRNSDSRGGRQLRNPNNLVETGTLPILRLAHFFLLNESDDD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 QAQGDSTEMHGENETTQPHTRNSDSRGGRQLRNPNNLVETGTLPILRLAHFFLLNESDDD
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE3 DRIRGLTKEQIDNLSTRHYEHNSIDSELGKICSVCISDYVTGNKLRQLPCMHEFHIHCID
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 DRIRGLTKEQIDNLSTRHYEHNSIDSELGKICSVCISDYVTGNKLRQLPCMHEFHIHCID
              610       620       630       640       650       660

              670       680     
pF1KE3 RWLSENCTCPICRQPVLGSNIANNG
       :::::::::::::::::::::::::
CCDS93 RWLSENCTCPICRQPVLGSNIANNG
              670       680     

>>CCDS14427.1 RLIM gene_id:51132|Hs108|chrX               (624 aa)
 initn: 1280 init1: 482 opt: 544  Z-score: 451.6  bits: 93.8 E(32554): 7.9e-19
Smith-Waterman score: 1430; 41.8% identity (63.9% similar) in 706 aa overlap (1-679:1-617)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE3 MNQSRSRSDGGSEETLPQDHNHHENERRWQQERLHREEAYYQFINELNDEDYRLMRDHNL
       :..: : . :.....  :        :: :..:: ::::.:::.:.:..::::::::.::
CCDS14 MENSDSNDKGSGDQSAAQ--------RRSQMDRLDREEAFYQFVNNLSEEDYRLMRDNNL
               10                20        30        40        50  

               70        80        90       100       110       120
pF1KE3 LGTPGEITSEELQQRLDGVKEQLASQPDLRDGTNYRDSEVPRESSHEDSLLEWLNTFRRT
       :::::: : ::: .::. .::     :  ... . : ..   . :. ::...:::. :.:
CCDS14 LGTPGESTEEELLRRLQQIKEG----PPPQNSDENRGGDSSDDVSNGDSIIDWLNSVRQT
             60        70            80        90       100        

              130       140       150       160       170          
pF1KE3 GNATRSGQNGNQTWRAVSRTNPNNGEFRFSLEIHVNHENRGFEIHGEDYTDIPLSDS-NR
       ::.::::: :::.::::::::::.:.:::::::.::..: . . ..:.  .   :.. : 
CCDS14 GNTTRSGQRGNQSWRAVSRTNPNSGDFRFSLEINVNRNNGSQNSENENEPSARRSSGENV
      110       120       130       140       150       160        

     180          190       200       210       220       230      
pF1KE3 DHTANRQ---QRSTSPVARRTRSQTSVNFNGSSSNIPRTRLASRGQNPAEGSFSTLGRLR
       .....::    :: :  :: .::.   : . . ...: ::    ::  :..      : :
CCDS14 ENNSQRQVENPRSESTSARPSRSER--NSTEALTEVPPTR----GQRRARSRSPDHRRTR
      170       180       190         200           210       220  

        240       250       260       270       280       290      
pF1KE3 NGIGGAAGIPRANASRTNFSSHTNQSGGSELRQREGQRFGAAHVWENGARSNVTVRNTNQ
                 ::. ::. .  :      ::. .:                :. ..  ..:
CCDS14 A---------RAERSRSPL--HPM----SEIPRR----------------SHHSI--SSQ
                     230             240                           

         300       310       320       330       340       350     
pF1KE3 RLE-PIRLRSTSNSRSRSPIQRQSGTVYHNSQRESRPVQQTTRRSVRRRGRTRVFLEQDR
        .: :.  .. ..::.:          .: . :     :: .   .  ::   .:  .  
CCDS14 TFEHPLVNETEGSSRTR----------HHVTLR-----QQISGPELLSRG---LFAASGT
     250       260                 270            280          290 

         360       370       380       390       400       410     
pF1KE3 ERERRGTAYTPFSNSRLVSRITVEEGEESSRSSTAVRRHPTITLDLQVRRIRPGENRDRD
       .   .:..          :  :.  ::    :. . .: :::.:::::::.:::: :.::
CCDS14 RNASQGAG----------SSDTAASGE----STGSGQRPPTIVLDLQVRRVRPGEYRQRD
                       300           310       320       330       

         420       430       440       450       460       470     
pF1KE3 SIANRTRSRVGLAENTVTIESNSGGFRRTISRLERSGIRTYVSTITVPLRRISENELVEP
       :::.:::::    .:::: ::. ::::::.:: ::.:.::::::: .:.::: .. : : 
CCDS14 SIASRTRSRSQTPNNTVTYESERGGFRRTFSRSERAGVRTYVSTIRIPIRRILNTGLSET
       340       350       360       370       380       390       

         480       490       500            510                    
pF1KE3 SSVALRSILRQIMTGFGELSSLMEADSESE-----LQRNGQHLPDMH------------S
       .:::....:::::::::::: .: .::.::      .:: ..  .              :
CCDS14 TSVAIQTMLRQIMTGFGELSYFMYSDSDSEPTGSVSNRNMERAESRSGRGGSGGGSSSGS
       400       410       420       430       440       450       

      520       530       540            550       560       570   
pF1KE3 ELSNLGTDNNRSQHREGSSQDRQAQGDSTE-----MHGENETTQPHTRNSDSRGGRQLRN
         :. ..... :.   .:: . .. :.:.:     ..: :: ..    ..  : ::. : 
CCDS14 SSSSSSSSSSSSSSSSSSSPSSSSGGESSETSSDLFEGSNEGSSSSGSSGARREGRH-RA
       460       470       480       490       500       510       

           580       590       600       610       620       630   
pF1KE3 PNNLVETGTLPILRLAHFFLLNESDDDDRIRGLTKEQIDNLSTRHYEHNSIDSELGKICS
       : .. :.:.::.: ::.:::::: ::::. :::::::::::. : . .:  :.   : ::
CCDS14 PVTFDESGSLPFLSLAQFFLLNE-DDDDQPRGLTKEQIDNLAMRSFGEN--DAL--KTCS
        520       530        540       550       560           570 

           640       650       660       670       680      
pF1KE3 VCISDYVTGNKLRQLPCMHEFHIHCIDRWLSENCTCPICRQPVLGSNIANNG 
       :::..:. :::::.::: ::.:.:::::::::: ::::::. ::.:       
CCDS14 VCITEYTEGNKLRKLPCSHEYHVHCIDRWLSENSTCPICRRAVLASGNRESVV
             580       590       600       610       620    




685 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Sun Nov  6 23:57:07 2016 done: Sun Nov  6 23:57:07 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]