Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3646
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3646, 195 aa
1>>>pF1KE3646 195 - 195 aa - 195 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1971+/-0.000907; mu= 13.4712+/- 0.055
mean_var=73.2285+/-14.472, 0's: 0 Z-trim(106.6): 214 B-trim: 263 in 1/49
Lambda= 0.149877
statistics sampled from 8834 (9068) to 8834 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.669), E-opt: 0.2 (0.279), width: 16
Scan time: 1.890
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 ( 195) 1310 292.3 1.3e-79
CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 897 203.0 9.5e-53
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 604 139.7 1.2e-33
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 592 137.1 7.4e-33
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 592 137.1 8.3e-33
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 586 135.8 1.8e-32
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 497 116.5 1.1e-26
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 489 114.8 3.6e-26
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 486 114.2 5.7e-26
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 486 114.2 6.1e-26
CCDS2520.1 RAB17 gene_id:64284|Hs108|chr2 ( 212) 480 112.9 1.4e-25
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 479 112.6 1.6e-25
CCDS77710.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 201) 477 112.2 2.1e-25
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 476 112.0 2.5e-25
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 473 111.4 4.1e-25
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 473 111.4 4.1e-25
CCDS82514.1 WTH3DI gene_id:150786|Hs108|chr2 ( 254) 473 111.4 4.7e-25
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 469 110.5 7.5e-25
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 465 109.6 1.3e-24
CCDS46408.1 RAB6C gene_id:84084|Hs108|chr2 ( 254) 458 108.2 4.4e-24
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 454 107.2 6.9e-24
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 452 106.8 9.3e-24
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 441 104.4 4.7e-23
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 439 104.0 6.4e-23
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 439 104.0 6.5e-23
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 438 103.8 7.4e-23
CCDS35322.2 RAB41 gene_id:347517|Hs108|chrX ( 221) 427 101.4 4.1e-22
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 424 100.8 6.3e-22
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 424 100.8 6.4e-22
CCDS3052.1 RAB7A gene_id:7879|Hs108|chr3 ( 207) 423 100.5 7.2e-22
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 423 100.5 7.3e-22
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 423 100.5 7.3e-22
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 420 99.8 8.9e-22
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 421 100.1 1e-21
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 416 99.0 2.1e-21
CCDS58155.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 175) 411 97.9 3.8e-21
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 411 98.0 4.5e-21
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 402 96.0 1.7e-20
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 402 96.0 1.9e-20
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 401 95.8 2e-20
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 398 95.1 3.1e-20
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 397 94.9 3.4e-20
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 397 94.9 3.7e-20
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 397 94.9 3.8e-20
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 392 93.8 7.7e-20
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 390 93.4 1.1e-19
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 389 93.2 1.2e-19
CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 387 92.8 1.7e-19
CCDS34300.1 RAB24 gene_id:53917|Hs108|chr5 ( 203) 382 91.7 3.3e-19
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 382 91.7 3.5e-19
>>CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 (195 aa)
initn: 1310 init1: 1310 opt: 1310 Z-score: 1543.0 bits: 292.3 E(32554): 1.3e-79
Smith-Waterman score: 1310; 100.0% identity (100.0% similar) in 195 aa overlap (1-195:1-195)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MMAIRELKVCLLGDTGVGKSSIVCRFVQDHFDHNISPTIGASFMTKTVPCGNELHKFLIW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MMAIRELKVCLLGDTGVGKSSIVCRFVQDHFDHNISPTIGASFMTKTVPCGNELHKFLIW
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 DTAGQERFHSLAPMYYRGSAAAVIVYDITKQDSFYTLKKWVKELKEHGPENIVMAIAGNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 DTAGQERFHSLAPMYYRGSAAAVIVYDITKQDSFYTLKKWVKELKEHGPENIVMAIAGNK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 CDLSDIREVPLKDAKEYAESIGAIVVETSAKNAINIEELFQGISRQIPPLDPHENGNNGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 CDLSDIREVPLKDAKEYAESIGAIVVETSAKNAINIEELFQGISRQIPPLDPHENGNNGT
130 140 150 160 170 180
190
pF1KE3 IKVEKPTMQASRRCC
:::::::::::::::
CCDS45 IKVEKPTMQASRRCC
190
>>CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 (194 aa)
initn: 896 init1: 896 opt: 897 Z-score: 1060.5 bits: 203.0 E(32554): 9.5e-53
Smith-Waterman score: 897; 71.8% identity (86.7% similar) in 195 aa overlap (2-195:1-194)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MMAIRELKVCLLGDTGVGKSSIVCRFVQDHFDHNISPTIGASFMTKTVPCGNELHKFLIW
::.::::::::::::::::::: :::.: :: ::.:::::::::::: :::::::::
CCDS33 MALRELKVCLLGDTGVGKSSIVWRFVEDSFDPNINPTIGASFMTKTVQYQNELHKFLIW
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 DTAGQERFHSLAPMYYRGSAAAVIVYDITKQDSFYTLKKWVKELKEHGPENIVMAIAGNK
::::::::..::::::::::::.:::::::...: :::.:::::..::: :::.::::::
CCDS33 DTAGQERFRALAPMYYRGSAAAIIVYDITKEETFSTLKNWVKELRQHGPPNIVVAIAGNK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KE3 CDLSDIREVPLKDAKEYAESIGAIVVETSAKNAINIEELFQGISRQIPPLDPH-ENGNNG
::: :.::: .:::.::.:: :: :::::::::::.::: :::.:: : . .:..:
CCDS33 CDLIDVREVMERDAKDYADSIHAIFVETSAKNAININELFIEISRRIPSTDANLPSGGKG
120 130 140 150 160 170
180 190
pF1KE3 TIKVEKPTMQASRRCC
.:... . .: ::
CCDS33 -FKLRRQPSEPKRSCC
180 190
>>CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 (215 aa)
initn: 578 init1: 549 opt: 604 Z-score: 717.4 bits: 139.7 E(32554): 1.2e-33
Smith-Waterman score: 604; 45.9% identity (78.1% similar) in 196 aa overlap (4-195:18-213)
10 20 30 40
pF1KE3 MMAIRELKVCLLGDTGVGKSSIVCRFVQDHFDHNISPTIGASFMTK
: ..:. :::...:::::.: :::. .: . ::::.:.:.
CCDS26 MASRGATRPNGPNTGNKICQFKLVLLGESAVGKSSLVLRFVKGQFHEFQESTIGAAFLTQ
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 TVPCGNELHKFLIWDTAGQERFHSLAPMYYRGSAAAVIVYDITKQDSFYTLKKWVKELKE
:: . :: :::::::::.::::::::::. ::..:::::...:: :.:::::..
CCDS26 TVCLDDTTVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAQAAIVVYDITNEESFARAKNWVKELQR
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 HGPENIVMAIAGNKCDLSDIREVPLKDAKEYAESIGAIVVETSAKNAINIEELFQGISRQ
.. :::.:..::: ::.. : : ...:. ::.. . . .:::::...:..:.:..:...
CCDS26 QASPNIVIALSGNKADLANKRAVDFQEAQSYADDNSLLFMETSAKTSMNVNEIFMAIAKK
130 140 150 160 170 180
170 180 190
pF1KE3 IPPLDPHENGNNGT----IKVEKPTMQASRRCC
.: .:.. : :.. . . .::. . .::
CCDS26 LPKNEPQNPGANSARGRGVDLTEPTQPTRNQCCSN
190 200 210
>>CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 (216 aa)
initn: 557 init1: 557 opt: 592 Z-score: 703.4 bits: 137.1 E(32554): 7.4e-33
Smith-Waterman score: 592; 45.9% identity (76.0% similar) in 196 aa overlap (4-195:19-214)
10 20 30 40
pF1KE3 MMAIRELKVCLLGDTGVGKSSIVCRFVQDHFDHNISPTIGASFMT
: ..:. :::...:::::.: :::. .: . ::::.:.:
CCDS11 MAGRGGAARPNGPAAGNKICQFKLVLLGESAVGKSSLVLRFVKGQFHEYQESTIGAAFLT
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 KTVPCGNELHKFLIWDTAGQERFHSLAPMYYRGSAAAVIVYDITKQDSFYTLKKWVKELK
.:: . :: :::::::::.::::::::::. ::..:::::. :.: :.:::::.
CCDS11 QTVCLDDTTVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAQAAIVVYDITNTDTFARAKNWVKELQ
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 EHGPENIVMAIAGNKCDLSDIREVPLKDAKEYAESIGAIVVETSAKNAINIEELFQGISR
... :::.:.:::: ::.. : : ...:. ::.. . . .:::::.:.:..:.:..:..
CCDS11 RQASPNIVIALAGNKADLASKRAVEFQEAQAYADDNSLLFMETSAKTAMNVNEIFMAIAK
130 140 150 160 170 180
170 180 190
pF1KE3 QIPPLDPHEN----GNNGTIKVEKPTMQASRRCC
..: .:.. : : . ... . . .::
CCDS11 KLPKNEPQNATGAPGRNRGVDLQENNPASRSQCCSN
190 200 210
>>CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 (249 aa)
initn: 557 init1: 557 opt: 592 Z-score: 702.5 bits: 137.1 E(32554): 8.3e-33
Smith-Waterman score: 592; 45.9% identity (76.0% similar) in 196 aa overlap (4-195:52-247)
10 20 30
pF1KE3 MMAIRELKVCLLGDTGVGKSSIVCRFVQDHFDH
: ..:. :::...:::::.: :::. .: .
CCDS58 PHALWTTTAGRAMAGRGGAARPNGPAAGNKICQFKLVLLGESAVGKSSLVLRFVKGQFHE
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 NISPTIGASFMTKTVPCGNELHKFLIWDTAGQERFHSLAPMYYRGSAAAVIVYDITKQDS
::::.:.:.:: . :: :::::::::.::::::::::. ::..:::::. :.
CCDS58 YQESTIGAAFLTQTVCLDDTTVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAQAAIVVYDITNTDT
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 FYTLKKWVKELKEHGPENIVMAIAGNKCDLSDIREVPLKDAKEYAESIGAIVVETSAKNA
: :.:::::.... :::.:.:::: ::.. : : ...:. ::.. . . .:::::.:
CCDS58 FARAKNWVKELQRQASPNIVIALAGNKADLASKRAVEFQEAQAYADDNSLLFMETSAKTA
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190
pF1KE3 INIEELFQGISRQIPPLDPHEN----GNNGTIKVEKPTMQASRRCC
.:..:.:..:....: .:.. : : . ... . . .::
CCDS58 MNVNEIFMAIAKKLPKNEPQNATGAPGRNRGVDLQENNPASRSQCCSN
210 220 230 240
>>CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 (215 aa)
initn: 581 init1: 557 opt: 586 Z-score: 696.4 bits: 135.8 E(32554): 1.8e-32
Smith-Waterman score: 586; 45.4% identity (76.5% similar) in 196 aa overlap (4-195:18-213)
10 20 30 40
pF1KE3 MMAIRELKVCLLGDTGVGKSSIVCRFVQDHFDHNISPTIGASFMTK
: ..:. :::...:::::.: :::. .: . ::::.:.:.
CCDS89 MTSRSTARPNGQPQASKICQFKLVLLGESAVGKSSLVLRFVKGQFHEYQESTIGAAFLTQ
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 TVPCGNELHKFLIWDTAGQERFHSLAPMYYRGSAAAVIVYDITKQDSFYTLKKWVKELKE
.: . :: :::::::::.::::::::::. ::..:::::.:..: : :::::..
CCDS89 SVCLDDTTVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAQAAIVVYDITNQETFARAKTWVKELQR
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 HGPENIVMAIAGNKCDLSDIREVPLKDAKEYAESIGAIVVETSAKNAINIEELFQGISRQ
.. .::.:.:::: ::.. : : ..:. ::.. . . .:::::.:.:...:: .:...
CCDS89 QASPSIVIALAGNKADLANKRMVEYEEAQAYADDNSLLFMETSAKTAMNVNDLFLAIAKK
130 140 150 160 170 180
170 180 190
pF1KE3 IPPLDPHE-NGNNGT---IKVEKPTMQASRRCC
.: .:.. .: : . ... ..: . .::
CCDS89 LPKSEPQNLGGAAGRSRGVDLHEQSQQNKSQCCSN
190 200 210
>>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa)
initn: 463 init1: 463 opt: 497 Z-score: 592.7 bits: 116.5 E(32554): 1.1e-26
Smith-Waterman score: 497; 38.1% identity (72.2% similar) in 194 aa overlap (7-195:12-205)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MMAIRELKVCLLGDTGVGKSSIVCRFVQDHFDHNISPTIGASFMTKTVPCGNELH
.:. :.::.::::: .. ::..: . .. :::..: .:. ..
CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 KFLIWDTAGQERFHSLAPMYYRGSAAAVIVYDITKQDSFYTLKKWVKELKEHGPENIVMA
:. ::::::::::.... ::::. . ..:::.: :.:: ..:.:..:. ... ::.
CCDS46 KLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENVNKL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 IAGNKCDLSDIREVPLKDAKEYAESIGAIVVETSAKNAINIEELFQG----ISRQIPPLD
..::::::. . : :::.:.:.: .::::::: :.:. :. :.... :
CCDS46 LVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKKRMGPGA
130 140 150 160 170 180
180 190
pF1KE3 PHENGNNGTIKVEK-PTMQASRRCC
.......:... :. :.. ::
CCDS46 TAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
190 200
>>CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 (208 aa)
initn: 499 init1: 456 opt: 489 Z-score: 583.2 bits: 114.8 E(32554): 3.6e-26
Smith-Waterman score: 489; 37.6% identity (72.5% similar) in 189 aa overlap (4-189:11-199)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MMAIRELKVCLLGDTGVGKSSIVCRFVQDHFDHNISPTIGASFMTKTVPCGNE
.:..:. .::. .:::.:.. ::. : ::.. . ::: .:..::. ..
CCDS82 MSTGGDFGNPLRKFKLVFLGEQSVGKTSLITRFMYDSFDNTYQATIGIDFLSKTMYLEDR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 LHKFLIWDTAGQERFHSLAPMYYRGSAAAVIVYDITKQDSFYTLKKWVKELKEHGPENIV
.. .:::::::::.:: : : : :::::.:::::. .:: ::. ... . ...
CCDS82 TIRLQLWDTAGQERFRSLIPSYIRDSAAAVVVYDITNVNSFQQTTKWIDDVRTERGSDVI
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 MAIAGNKCDLSDIREVPLKDAKEYAESIGAIVVETSAKNAINIEELFQGISRQIPPLDPH
. ..::: ::.: :.: ...... :. .... .::::: . :...::. .. .: ..
CCDS82 IMLVGNKTDLADKRQVSIEEGERKAKELNVMFIETSAKAGYNVKQLFRRVAAALPGMEST
130 140 150 160 170 180
180 190
pF1KE3 ENGNNGT---IKVEKPTMQASRRCC
.. . ::.::: :
CCDS82 QDRSREDMIDIKLEKPQEQPVSEGGCSC
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