Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3615
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3615, 340 aa
1>>>pF1KE3615 340 - 340 aa - 340 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6734+/-0.00129; mu= 8.9296+/- 0.075
mean_var=129.9873+/-28.332, 0's: 0 Z-trim(104.1): 194 B-trim: 26 in 2/50
Lambda= 0.112493
statistics sampled from 7484 (7709) to 7484 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.594), E-opt: 0.2 (0.237), width: 16
Scan time: 1.910
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8564.1 GNB3 gene_id:2784|Hs108|chr12 ( 340) 2314 387.5 8.4e-108
CCDS73427.1 GNB3 gene_id:2784|Hs108|chr12 ( 339) 2289 383.5 1.4e-106
CCDS34.1 GNB1 gene_id:2782|Hs108|chr1 ( 340) 2019 339.6 2.2e-93
CCDS5703.1 GNB2 gene_id:2783|Hs108|chr7 ( 340) 1962 330.4 1.3e-90
CCDS3230.1 GNB4 gene_id:59345|Hs108|chr3 ( 340) 1952 328.8 4.1e-90
CCDS72685.1 GNB1 gene_id:2782|Hs108|chr1 ( 240) 1461 249.0 3e-66
CCDS45261.1 GNB5 gene_id:10681|Hs108|chr15 ( 353) 1234 212.2 5e-55
CCDS10149.1 GNB5 gene_id:10681|Hs108|chr15 ( 395) 1234 212.3 5.4e-55
CCDS34324.1 RACK1 gene_id:10399|Hs108|chr5 ( 317) 407 78.0 1.2e-14
CCDS2470.1 DAW1 gene_id:164781|Hs108|chr2 ( 415) 404 77.6 2e-14
CCDS6981.1 WDR5 gene_id:11091|Hs108|chr9 ( 334) 395 76.1 4.7e-14
CCDS59142.1 PRPF4 gene_id:9128|Hs108|chr9 ( 521) 393 75.9 8.2e-14
CCDS6791.1 PRPF4 gene_id:9128|Hs108|chr9 ( 522) 393 75.9 8.2e-14
CCDS3012.1 WDR5B gene_id:54554|Hs108|chr3 ( 330) 379 73.5 2.8e-13
CCDS43876.1 WDR38 gene_id:401551|Hs108|chr9 ( 314) 372 72.3 5.9e-13
CCDS75898.1 WDR38 gene_id:401551|Hs108|chr9 ( 315) 372 72.3 5.9e-13
CCDS3778.1 FBXW7 gene_id:55294|Hs108|chr4 ( 627) 353 69.5 8.4e-12
CCDS7547.1 TAF5 gene_id:6877|Hs108|chr10 ( 800) 353 69.6 1e-11
>>CCDS8564.1 GNB3 gene_id:2784|Hs108|chr12 (340 aa)
initn: 2314 init1: 2314 opt: 2314 Z-score: 2048.9 bits: 387.5 E(32554): 8.4e-108
Smith-Waterman score: 2314; 99.7% identity (100.0% similar) in 340 aa overlap (1-340:1-340)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MGEMEQLRQEAEQLKKQIADARKACADVTLAELVSGLEVVGRVQMRTRRTLRGHLAKIYA
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CCDS85 MGEMEQLRQEAEQLKKQIADARKACADVTLAELVSGLEVVGRVQMRTRRTLRGHLAKIYA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 MHWATDSKLLVSASQDGKLIVWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNFVACGGLDNM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 MHWATDSKLLVSASQDGKLIVWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNFVACGGLDNM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 CSIYNLKSREGNVKVSRELSAHTGYLSCCRFLDDNNIVTSSGDTTCALWDIETGQQKTVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 CSIYNLKSREGNVKVSRELSAHTGYLSCCRFLDDNNIVTSSGDTTCALWDIETGQQKTVF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 VGHTGDCMSLAVSPDFNLFISGACDASAKLWDVREGTCRQTFTGHESDINAICFFPNGEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 VGHTGDCMSLAVSPDFNLFISGACDASAKLWDVREGTCRQTFTGHESDINAICFFPNGEA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 ICTGSDDASCRLFDLRADQELICFSHESIICSITSVAFSLSGRLLFAGYDDFNCNVWDSM
:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 ICTGSDDASCRLFDLRADQELICFSHESIICGITSVAFSLSGRLLFAGYDDFNCNVWDSM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KE3 KSERVGILSGHDNRVSCLGVTADGMAVATGSWDSFLKIWN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 KSERVGILSGHDNRVSCLGVTADGMAVATGSWDSFLKIWN
310 320 330 340
>>CCDS73427.1 GNB3 gene_id:2784|Hs108|chr12 (339 aa)
initn: 1237 init1: 1237 opt: 2289 Z-score: 2027.0 bits: 383.5 E(32554): 1.4e-106
Smith-Waterman score: 2289; 99.4% identity (99.7% similar) in 340 aa overlap (1-340:1-339)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MGEMEQLRQEAEQLKKQIADARKACADVTLAELVSGLEVVGRVQMRTRRTLRGHLAKIYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 MGEMEQLRQEAEQLKKQIADARKACADVTLAELVSGLEVVGRVQMRTRRTLRGHLAKIYA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 MHWATDSKLLVSASQDGKLIVWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNFVACGGLDNM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 MHWATDSKLLVSASQDGKLIVWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNFVACGGLDNM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 CSIYNLKSREGNVKVSRELSAHTGYLSCCRFLDDNNIVTSSGDTTCALWDIETGQQKTVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::
CCDS73 CSIYNLKSREGNVKVSRELSAHTGYLSCCRFLDDNNIVTSSGDTT-ALWDIETGQQKTVF
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 VGHTGDCMSLAVSPDFNLFISGACDASAKLWDVREGTCRQTFTGHESDINAICFFPNGEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 VGHTGDCMSLAVSPDFNLFISGACDASAKLWDVREGTCRQTFTGHESDINAICFFPNGEA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 ICTGSDDASCRLFDLRADQELICFSHESIICSITSVAFSLSGRLLFAGYDDFNCNVWDSM
:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 ICTGSDDASCRLFDLRADQELICFSHESIICGITSVAFSLSGRLLFAGYDDFNCNVWDSM
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340
pF1KE3 KSERVGILSGHDNRVSCLGVTADGMAVATGSWDSFLKIWN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 KSERVGILSGHDNRVSCLGVTADGMAVATGSWDSFLKIWN
300 310 320 330
>>CCDS34.1 GNB1 gene_id:2782|Hs108|chr1 (340 aa)
initn: 2019 init1: 2019 opt: 2019 Z-score: 1790.1 bits: 339.6 E(32554): 2.2e-93
Smith-Waterman score: 2019; 82.9% identity (96.8% similar) in 340 aa overlap (1-340:1-340)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MGEMEQLRQEAEQLKKQIADARKACADVTLAELVSGLEVVGRVQMRTRRTLRGHLAKIYA
:.:..::::::::::.:: ::::::::.::........ :::.:::::::::::::::::
CCDS34 MSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 MHWATDSKLLVSASQDGKLIVWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNFVACGGLDNM
:::.:::.::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::.::::::::.
CCDS34 MHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 CSIYNLKSREGNVKVSRELSAHTGYLSCCRFLDDNNIVTSSGDTTCALWDIETGQQKTVF
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CCDS34 CSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 VGHTGDCMSLAVSPDFNLFISGACDASAKLWDVREGTCRQTFTGHESDINAICFFPNGEA
.::::: :::...:: ::.:::::::::::::::: :::::::::::::::::::::.:
CCDS34 TGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 ICTGSDDASCRLFDLRADQELICFSHESIICSITSVAFSLSGRLLFAGYDDFNCNVWDSM
. ::::::.::::::::::::. .::..:::.::::.:: :::::.::::::::::::..
CCDS34 FATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDAL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KE3 KSERVGILSGHDNRVSCLGVTADGMAVATGSWDSFLKIWN
:..:.:.:.:::::::::::: ::::::::::::::::::
CCDS34 KADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN
310 320 330 340
>>CCDS5703.1 GNB2 gene_id:2783|Hs108|chr7 (340 aa)
initn: 1962 init1: 1962 opt: 1962 Z-score: 1740.2 bits: 330.4 E(32554): 1.3e-90
Smith-Waterman score: 1962; 80.6% identity (94.4% similar) in 340 aa overlap (1-340:1-340)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MGEMEQLRQEAEQLKKQIADARKACADVTLAELVSGLEVVGRVQMRTRRTLRGHLAKIYA
:.:.::::::::::..:: ::::::.: ::.....::. :::.:::::::::::::::::
CCDS57 MSELEQLRQEAEQLRNQIRDARKACGDSTLTQITAGLDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 MHWATDSKLLVSASQDGKLIVWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNFVACGGLDNM
:::.:::.::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS57 MHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNFVACGGLDNI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 CSIYNLKSREGNVKVSRELSAHTGYLSCCRFLDDNNIVTSSGDTTCALWDIETGQQKTVF
::::.::.:::::.::::: .::::::::::::::.:.:::::::::::::::::: . :
CCDS57 CSIYSLKTREGNVRVSRELPGHTGYLSCCRFLDDNQIITSSGDTTCALWDIETGQQTVGF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 VGHTGDCMSLAVSPDFNLFISGACDASAKLWDVREGTCRQTFTGHESDINAICFFPNGEA
.::.:: :::...:: :.::::::: ::::::.. ::::: ::::::::. ::::: :
CCDS57 AGHSGDVMSLSLAPDGRTFVSGACDASIKLWDVRDSMCRQTFIGHESDINAVAFFPNGYA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 ICTGSDDASCRLFDLRADQELICFSHESIICSITSVAFSLSGRLLFAGYDDFNCNVWDSM
. ::::::.::::::::::::. .::..:::.::::::: :::::.:::::::::.::.:
CCDS57 FTTGSDDATCRLFDLRADQELLMYSHDNIICGITSVAFSRSGRLLLAGYDDFNCNIWDAM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KE3 KSERVGILSGHDNRVSCLGVTADGMAVATGSWDSFLKIWN
:..:.:.:.:::::::::::: ::::::::::::::::::
CCDS57 KGDRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN
310 320 330 340
>>CCDS3230.1 GNB4 gene_id:59345|Hs108|chr3 (340 aa)
initn: 1952 init1: 1952 opt: 1952 Z-score: 1731.4 bits: 328.8 E(32554): 4.1e-90
Smith-Waterman score: 1952; 79.4% identity (95.0% similar) in 340 aa overlap (1-340:1-340)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MGEMEQLRQEAEQLKKQIADARKACADVTLAELVSGLEVVGRVQMRTRRTLRGHLAKIYA
:.:.::::::::::..:: :::::: :.::....:... :::.:::::::::::::::::
CCDS32 MSELEQLRQEAEQLRNQIQDARKACNDATLVQITSNMDSVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 MHWATDSKLLVSASQDGKLIVWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNFVACGGLDNM
:::. ::.::::::::::::.::::::::.::::::::::::::::::::.::::::::.
CCDS32 MHWGYDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKMHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 CSIYNLKSREGNVKVSRELSAHTGYLSCCRFLDDNNIVTSSGDTTCALWDIETGQQKTVF
:::::::.:::::.::::: .:::::::::::::..:::::::::::::::::.:: :.:
CCDS32 CSIYNLKTREGNVRVSRELPGHTGYLSCCRFLDDSQIVTSSGDTTCALWDIETAQQTTTF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 VGHTGDCMSLAVSPDFNLFISGACDASAKLWDVREGTCRQTFTGHESDINAICFFPNGEA
.::.:: :::..:::. :.:::::::.::::.:.: :::.:::: :::::. ::::: :
CCDS32 TGHSGDVMSLSLSPDMRTFVSGACDASSKLWDIRDGMCRQSFTGHVSDINAVSFFPNGYA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 ICTGSDDASCRLFDLRADQELICFSHESIICSITSVAFSLSGRLLFAGYDDFNCNVWDSM
. ::::::.::::::::::::. .::..:::.::::::: :::::.::::::::::::..
CCDS32 FATGSDDATCRLFDLRADQELLLYSHDNIICGITSVAFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDTL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KE3 KSERVGILSGHDNRVSCLGVTADGMAVATGSWDSFLKIWN
:..:.:.:.:::::::::::: ::::::::::::::.:::
CCDS32 KGDRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLRIWN
310 320 330 340
>>CCDS72685.1 GNB1 gene_id:2782|Hs108|chr1 (240 aa)
initn: 1461 init1: 1461 opt: 1461 Z-score: 1302.8 bits: 249.0 E(32554): 3e-66
Smith-Waterman score: 1461; 83.8% identity (96.2% similar) in 240 aa overlap (101-340:1-240)
80 90 100 110 120 130
pF1KE3 VSASQDGKLIVWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNFVACGGLDNMCSIYNLKSRE
::::::::::.::::::::.:::::::.::
CCDS72 MTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTRE
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KE3 GNVKVSRELSAHTGYLSCCRFLDDNNIVTSSGDTTCALWDIETGQQKTVFVGHTGDCMSL
:::.:::::..::::::::::::::.:::::::::::::::::::: :.:.::::: :::
CCDS72 GNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSL
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KE3 AVSPDFNLFISGACDASAKLWDVREGTCRQTFTGHESDINAICFFPNGEAICTGSDDASC
...:: ::.:::::::::::::::: :::::::::::::::::::::.:. ::::::.:
CCDS72 SLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATC
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300 310
pF1KE3 RLFDLRADQELICFSHESIICSITSVAFSLSGRLLFAGYDDFNCNVWDSMKSERVGILSG
:::::::::::. .::..:::.::::.:: :::::.::::::::::::..:..:.:.:.:
CCDS72 RLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAG
160 170 180 190 200 210
320 330 340
pF1KE3 HDNRVSCLGVTADGMAVATGSWDSFLKIWN
::::::::::: ::::::::::::::::::
CCDS72 HDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN
220 230 240
>>CCDS45261.1 GNB5 gene_id:10681|Hs108|chr15 (353 aa)
initn: 1270 init1: 617 opt: 1234 Z-score: 1101.4 bits: 212.2 E(32554): 5e-55
Smith-Waterman score: 1234; 51.9% identity (76.2% similar) in 341 aa overlap (4-339:12-352)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MGEMEQLRQEAEQLKKQIADARKACADVTLAELVSGLEVVGRVQMRTRRTLR
. .:..:::.:: .. . : :: : ... .:..:. :.:::::.
CCDS45 MATEGLHENETLASLKSEAESLKGKLEEERAKLHDVELHQVAERVEALGQFVMKTRRTLK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 GHLAKIYAMHWATDSKLLVSASQDGKLIVWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNFV
:: :. : : :.. .::.:::::.:::::.:::: ::. . .:::.::::::: .
CCDS45 GHGNKVLCMDWCKDKRRIVSSSQDGKVIVWDSFTTNKEHAVTMPCTWVMACAYAPSGCAI
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KE3 ACGGLDNMCSIYNLK-SREGNVKVSRE-LSAHTGYLSCCRFLD-DNNIVTSSGDTTCALW
::::::: ::.: : ... :. .... .. ::.::: : : . : .:.:.::: :::::
CCDS45 ACGGLDNKCSVYPLTFDKNENMAAKKKSVAMHTNYLSACSFTNSDMQILTASGDGTCALW
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 DIETGQQKTVFVGHTGD--CMSLAVSPDFNLFISGACDASAKLWDVREGTCRQTFTGHES
:.:.:: : :: .: :..:: : : :.::.:: .: .::.: : : :.: :::
CCDS45 DVESGQLLQSFHGHGADVLCLDLAPSETGNTFVSGGCDKKAMVWDMRSGQCVQAFETHES
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 DINAICFFPNGEAICTGSDDASCRLFDLRADQELICFSHESIICSITSVAFSLSGRLLFA
:::.. ..:.:.:. .:::::.:::.:::::.:. .:.:::: . .:: ::::::::::
CCDS45 DINSVRYYPSGDAFASGSDDATCRLYDLRADREVAIYSKESIIFGASSVDFSLSGRLLFA
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 GYDDFNCNVWDSMKSERVGILSGHDNRVSCLGVTADGMAVATGSWDSFLKIWN
::.:.. :::: .:. ::.:: ::.:::: : :. :: : .:::: :..:
CCDS45 GYNDYTINVWDVLKGSRVSILFGHENRVSTLRVSPDGTAFCSGSWDHTLRVWA
310 320 330 340 350
>>CCDS10149.1 GNB5 gene_id:10681|Hs108|chr15 (395 aa)
initn: 1270 init1: 617 opt: 1234 Z-score: 1100.7 bits: 212.3 E(32554): 5.4e-55
Smith-Waterman score: 1234; 51.9% identity (76.2% similar) in 341 aa overlap (4-339:54-394)
10 20 30
pF1KE3 MGEMEQLRQEAEQLKKQIADARKACADVTLAEL
. .:..:::.:: .. . : :: : ..
CCDS10 RPVFKKSQQLSYCSTCAEIMATEGLHENETLASLKSEAESLKGKLEEERAKLHDVELHQV
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 VSGLEVVGRVQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWATDSKLLVSASQDGKLIVWDSYTTNKVHAI
. .:..:. :.:::::.:: :. : : :.. .::.:::::.:::::.:::: ::.
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