Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3583
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3583, 418 aa
1>>>pF1KE3583 418 - 418 aa - 418 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9448+/-0.00096; mu= 9.4123+/- 0.058
mean_var=95.0008+/-18.901, 0's: 0 Z-trim(106.9): 60 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.131586
statistics sampled from 9183 (9241) to 9183 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.653), E-opt: 0.2 (0.284), width: 16
Scan time: 3.030
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12547.1 PSMC4 gene_id:5704|Hs108|chr19 ( 418) 2693 521.6 5.6e-148
CCDS46076.1 PSMC4 gene_id:5704|Hs108|chr19 ( 387) 2227 433.1 2.2e-121
CCDS32139.1 PSMC1 gene_id:5700|Hs108|chr14 ( 440) 1311 259.2 5.6e-69
CCDS81837.1 PSMC1 gene_id:5700|Hs108|chr14 ( 367) 1296 256.3 3.4e-68
CCDS56043.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 ( 398) 1052 210.0 3.2e-54
CCDS11645.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 ( 406) 1052 210.0 3.3e-54
CCDS9710.2 PSMC6 gene_id:5706|Hs108|chr14 ( 403) 1029 205.7 6.7e-53
CCDS7935.1 PSMC3 gene_id:5702|Hs108|chr11 ( 439) 1018 203.6 3.1e-52
CCDS5731.1 PSMC2 gene_id:5701|Hs108|chr7 ( 433) 960 192.6 6.3e-49
CCDS6573.1 VCP gene_id:7415|Hs108|chr9 ( 806) 654 134.6 3.4e-31
CCDS11859.1 AFG3L2 gene_id:10939|Hs108|chr18 ( 797) 630 130.0 8e-30
CCDS58062.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 667) 605 125.2 1.8e-28
CCDS10977.1 SPG7 gene_id:6687|Hs108|chr16 ( 795) 584 121.3 3.4e-27
CCDS1542.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 750) 572 119.0 1.6e-26
CCDS58063.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 765) 572 119.0 1.6e-26
CCDS1541.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 856) 572 119.0 1.8e-26
CCDS3730.1 SPATA5 gene_id:166378|Hs108|chr4 ( 893) 558 116.3 1.2e-25
CCDS4877.1 PEX6 gene_id:5190|Hs108|chr6 ( 980) 542 113.3 1e-24
CCDS64710.1 PEX1 gene_id:5189|Hs108|chr7 (1226) 537 112.4 2.4e-24
CCDS5627.1 PEX1 gene_id:5189|Hs108|chr7 (1283) 537 112.4 2.5e-24
CCDS58072.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 ( 683) 523 109.7 9e-24
CCDS7151.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 ( 716) 523 109.7 9.4e-24
CCDS7152.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 ( 773) 523 109.7 1e-23
CCDS6343.1 ATAD2 gene_id:29028|Hs108|chr8 (1390) 527 110.5 1e-23
CCDS5510.1 FIGNL1 gene_id:63979|Hs108|chr7 ( 674) 520 109.1 1.3e-23
CCDS46227.1 ATAD2B gene_id:54454|Hs108|chr2 (1458) 512 107.7 7.7e-23
CCDS31956.1 KATNAL1 gene_id:84056|Hs108|chr13 ( 490) 499 105.1 1.6e-22
CCDS5217.1 KATNA1 gene_id:11104|Hs108|chr6 ( 491) 499 105.1 1.6e-22
CCDS32828.1 KATNAL2 gene_id:83473|Hs108|chr18 ( 466) 490 103.4 4.9e-22
CCDS11983.1 VPS4B gene_id:9525|Hs108|chr18 ( 444) 486 102.6 7.9e-22
CCDS7386.1 ATAD1 gene_id:84896|Hs108|chr10 ( 361) 474 100.3 3.2e-21
CCDS1779.1 SPAST gene_id:6683|Hs108|chr2 ( 584) 475 100.5 4.3e-21
CCDS1778.1 SPAST gene_id:6683|Hs108|chr2 ( 616) 475 100.5 4.5e-21
CCDS45517.1 VPS4A gene_id:27183|Hs108|chr16 ( 437) 461 97.8 2.1e-20
CCDS42354.1 NSF gene_id:4905|Hs108|chr17 ( 744) 433 92.6 1.4e-18
CCDS2221.2 FIGN gene_id:55137|Hs108|chr2 ( 759) 396 85.6 1.8e-16
CCDS81877.1 SPATA5L1 gene_id:79029|Hs108|chr15 ( 620) 377 81.9 1.8e-15
CCDS10123.1 SPATA5L1 gene_id:79029|Hs108|chr15 ( 753) 377 82.0 2.2e-15
CCDS10978.1 SPG7 gene_id:6687|Hs108|chr16 ( 489) 369 80.4 4.2e-15
CCDS56456.1 KATNA1 gene_id:11104|Hs108|chr6 ( 311) 339 74.6 1.4e-13
>>CCDS12547.1 PSMC4 gene_id:5704|Hs108|chr19 (418 aa)
initn: 2693 init1: 2693 opt: 2693 Z-score: 2770.1 bits: 521.6 E(32554): 5.6e-148
Smith-Waterman score: 2693; 100.0% identity (100.0% similar) in 418 aa overlap (1-418:1-418)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MEEIGILVEKAQDEIPALSVSRPQTGLSFLGPEPEDLEDLYSRYKKLQQELEFLEVQEEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MEEIGILVEKAQDEIPALSVSRPQTGLSFLGPEPEDLEDLYSRYKKLQQELEFLEVQEEY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 IKDEQKNLKKEFLHAQEEVKRIQSIPLVIGQFLEAVDQNTAIVGSTTGSNYYVRILSTID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 IKDEQKNLKKEFLHAQEEVKRIQSIPLVIGQFLEAVDQNTAIVGSTTGSNYYVRILSTID
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 RELLKPNASVALHKHSNALVDVLPPEADSSIMMLTSDQKPDVMYADIGGMDIQKQEVREA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 RELLKPNASVALHKHSNALVDVLPPEADSSIMMLTSDQKPDVMYADIGGMDIQKQEVREA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 VELPLTHFELYKQIGIDPPRGVLMYGPPGCGKTMLAKAVAHHTTAAFIRVVGSEFVQKYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VELPLTHFELYKQIGIDPPRGVLMYGPPGCGKTMLAKAVAHHTTAAFIRVVGSEFVQKYL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 GEGPRMVRDVFRLAKENAPAIIFIDEIDAIATKRFDAQTGADREVQRILLELLNQMDGFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GEGPRMVRDVFRLAKENAPAIIFIDEIDAIATKRFDAQTGADREVQRILLELLNQMDGFD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 QNVNVKVIMATNRADTLDPALLRPGRLDRKIEFPLPDRRQKRLIFSTITSKMNLSEEVDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QNVNVKVIMATNRADTLDPALLRPGRLDRKIEFPLPDRRQKRLIFSTITSKMNLSEEVDL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE3 EDYVARPDKISGADINSICQESGMLAVRENRYIVLAKDFEKAYKTVIKKDEQEHEFYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EDYVARPDKISGADINSICQESGMLAVRENRYIVLAKDFEKAYKTVIKKDEQEHEFYK
370 380 390 400 410
>>CCDS46076.1 PSMC4 gene_id:5704|Hs108|chr19 (387 aa)
initn: 2208 init1: 2208 opt: 2227 Z-score: 2292.6 bits: 433.1 E(32554): 2.2e-121
Smith-Waterman score: 2425; 92.6% identity (92.6% similar) in 418 aa overlap (1-418:1-387)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MEEIGILVEKAQDEIPALSVSRPQTGLSFLGPEPEDLEDLYSRYKKLQQELEFLEVQEEY
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MEEIGILVEKAQDEIPALSVSRPQTGLSFLGPEPEDLEDLYSRYK---------------
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 IKDEQKNLKKEFLHAQEEVKRIQSIPLVIGQFLEAVDQNTAIVGSTTGSNYYVRILSTID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 ----------------EEVKRIQSIPLVIGQFLEAVDQNTAIVGSTTGSNYYVRILSTID
50 60 70 80
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 RELLKPNASVALHKHSNALVDVLPPEADSSIMMLTSDQKPDVMYADIGGMDIQKQEVREA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 RELLKPNASVALHKHSNALVDVLPPEADSSIMMLTSDQKPDVMYADIGGMDIQKQEVREA
90 100 110 120 130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 VELPLTHFELYKQIGIDPPRGVLMYGPPGCGKTMLAKAVAHHTTAAFIRVVGSEFVQKYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 VELPLTHFELYKQIGIDPPRGVLMYGPPGCGKTMLAKAVAHHTTAAFIRVVGSEFVQKYL
150 160 170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 GEGPRMVRDVFRLAKENAPAIIFIDEIDAIATKRFDAQTGADREVQRILLELLNQMDGFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 GEGPRMVRDVFRLAKENAPAIIFIDEIDAIATKRFDAQTGADREVQRILLELLNQMDGFD
210 220 230 240 250 260
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 QNVNVKVIMATNRADTLDPALLRPGRLDRKIEFPLPDRRQKRLIFSTITSKMNLSEEVDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 QNVNVKVIMATNRADTLDPALLRPGRLDRKIEFPLPDRRQKRLIFSTITSKMNLSEEVDL
270 280 290 300 310 320
370 380 390 400 410
pF1KE3 EDYVARPDKISGADINSICQESGMLAVRENRYIVLAKDFEKAYKTVIKKDEQEHEFYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 EDYVARPDKISGADINSICQESGMLAVRENRYIVLAKDFEKAYKTVIKKDEQEHEFYK
330 340 350 360 370 380
>>CCDS32139.1 PSMC1 gene_id:5700|Hs108|chr14 (440 aa)
initn: 1255 init1: 1226 opt: 1311 Z-score: 1351.8 bits: 259.2 E(32554): 5.6e-69
Smith-Waterman score: 1311; 50.7% identity (83.2% similar) in 369 aa overlap (46-412:64-432)
20 30 40 50 60 70
pF1KE3 PALSVSRPQTGLSFLGPEPEDLEDLYSRYKKLQQELEFLEVQEEYIKDEQ--KNLKKEFL
::.. ..: ..::.:.... : :...
CCDS32 GKKKKKTKGPDAASKLPLVTPHTQCRLKLLKLERIKDYLLMEEEFIRNQEQMKPLEEKQE
40 50 60 70 80 90
80 90 100 110 120 130
pF1KE3 HAQEEVKRIQSIPLVIGQFLEAVDQNTAIVGSTTGSNYYVRILSTIDRELLKPNASVALH
. . .: ... :. .: . : .:.: :::....::..:: ::: .:..::.:. :: :.
CCDS32 EERSKVDDLRGTPMSVGTLEEIIDDNHAIVSTSVGSEHYVSILSFVDKDLLEPGCSVLLN
100 110 120 130 140 150
140 150 160 170 180 190
pF1KE3 KHSNALVDVLPPEADSSIMMLTSDQKPDVMYADIGGMDIQKQEVREAVELPLTHFELYKQ
.. .:.. :: ..: . .. .. :. ::::::.: : ::..:.::::::: : :..
CCDS32 HKVHAVIGVLMDDTDPLVTVMKVEKAPQETYADIGGLDNQIQEIKESVELPLTHPEYYEE
160 170 180 190 200 210
200 210 220 230 240 250
pF1KE3 IGIDPPRGVLMYGPPGCGKTMLAKAVAHHTTAAFIRVVGSEFVQKYLGEGPRMVRDVFRL
.:: ::.::..::::: :::.::::::..:.:.:.::::::..:::::.::..::..::.
CCDS32 MGIKPPKGVILYGPPGTGKTLLAKAVANQTSATFLRVVGSELIQKYLGDGPKLVRELFRV
220 230 240 250 260 270
260 270 280 290 300 310
pF1KE3 AKENAPAIIFIDEIDAIATKRFDAQTGADREVQRILLELLNQMDGFDQNVNVKVIMATNR
:.:.::.:.::::::::.:::.:...:..::.:: .::::::.::::. .:::::::::
CCDS32 AEEHAPSIVFIDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTMLELLNQLDGFDSRGDVKVIMATNR
280 290 300 310 320 330
320 330 340 350 360 370
pF1KE3 ADTLDPALLRPGRLDRKIEFPLPDRRQKRLIFSTITSKMNLSEEVDLEDYVARPDKISGA
.::::::.::::.::::::::::.. :. ::. ::.:.:...: :.: . : .:::
CCDS32 IETLDPALIRPGRIDRKIEFPLPDEKTKKRIFQIHTSRMTLADDVTLDDLIMAKDDLSGA
340 350 360 370 380 390
380 390 400 410
pF1KE3 DINSICQESGMLAVRENRYIVLAKDFEKAYKTVIKKDEQEHEFYK
::..:: :.:..:.:: :. : .::.:. ..:. : ..
CCDS32 DIKAICTEAGLMALRERRMKVTNEDFKKSKENVLYKKQEGTPEGLYL
400 410 420 430 440
>>CCDS81837.1 PSMC1 gene_id:5700|Hs108|chr14 (367 aa)
initn: 1255 init1: 1226 opt: 1296 Z-score: 1337.7 bits: 256.3 E(32554): 3.4e-68
Smith-Waterman score: 1296; 51.3% identity (83.6% similar) in 359 aa overlap (56-412:1-359)
30 40 50 60 70 80
pF1KE3 GLSFLGPEPEDLEDLYSRYKKLQQELEFLEVQEEYIKDEQ--KNLKKEFLHAQEEVKRIQ
..::.:.... : :... . . .: ..
CCDS81 MEEEFIRNQEQMKPLEEKQEEERSKVDDLR
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KE3 SIPLVIGQFLEAVDQNTAIVGSTTGSNYYVRILSTIDRELLKPNASVALHKHSNALVDVL
. :. .: . : .:.: :::....::..:: ::: .:..::.:. :: :... .:.. ::
CCDS81 GTPMSVGTLEEIIDDNHAIVSTSVGSEHYVSILSFVDKDLLEPGCSVLLNHKVHAVIGVL
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KE3 PPEADSSIMMLTSDQKPDVMYADIGGMDIQKQEVREAVELPLTHFELYKQIGIDPPRGVL
..: . .. .. :. ::::::.: : ::..:.::::::: : :...:: ::.::.
CCDS81 MDDTDPLVTVMKVEKAPQETYADIGGLDNQIQEIKESVELPLTHPEYYEEMGIKPPKGVI
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KE3 MYGPPGCGKTMLAKAVAHHTTAAFIRVVGSEFVQKYLGEGPRMVRDVFRLAKENAPAIIF
.::::: :::.::::::..:.:.:.::::::..:::::.::..::..::.:.:.::.:.:
CCDS81 LYGPPGTGKTLLAKAVANQTSATFLRVVGSELIQKYLGDGPKLVRELFRVAEEHAPSIVF
160 170 180 190 200 210
270 280 290 300 310 320
pF1KE3 IDEIDAIATKRFDAQTGADREVQRILLELLNQMDGFDQNVNVKVIMATNRADTLDPALLR
:::::::.:::.:...:..::.:: .::::::.::::. .::::::::: .::::::.:
CCDS81 IDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTMLELLNQLDGFDSRGDVKVIMATNRIETLDPALIR
220 230 240 250 260 270
330 340 350 360 370 380
pF1KE3 PGRLDRKIEFPLPDRRQKRLIFSTITSKMNLSEEVDLEDYVARPDKISGADINSICQESG
:::.::::::::::.. :. ::. ::.:.:...: :.: . : .:::::..:: :.:
CCDS81 PGRIDRKIEFPLPDEKTKKRIFQIHTSRMTLADDVTLDDLIMAKDDLSGADIKAICTEAG
280 290 300 310 320 330
390 400 410
pF1KE3 MLAVRENRYIVLAKDFEKAYKTVIKKDEQEHEFYK
..:.:: :. : .::.:. ..:. : ..
CCDS81 LMALRERRMKVTNEDFKKSKENVLYKKQEGTPEGLYL
340 350 360
>>CCDS56043.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 (398 aa)
initn: 1003 init1: 1003 opt: 1052 Z-score: 1086.8 bits: 210.0 E(32554): 3.2e-54
Smith-Waterman score: 1054; 43.5% identity (71.8% similar) in 379 aa overlap (48-414:14-390)
20 30 40 50 60 70
pF1KE3 LSVSRPQTGLSFLGPEPEDLEDLYSRYKKLQQELEFLEVQEEYIKDEQKNLKKEFLHAQ-
: : .: . ..:...::.. :.::
CCDS56 MELEEGKAGSGLRQYYLSKIEELQLIVNDKSQNLRR--LQAQR
10 20 30 40
80 90 100 110 120
pF1KE3 -----------EEVKRIQSIPLVIGQFLEAVDQNTAIVGSTTGSNYYVRILSTIDRELLK
::.. .: .:. ..:.:.. ..: ... : . ..:: . .
CCDS56 NELNAKVRLLREELQLLQEQGSYVGEVVRAMDKKKVLVKVHPEGKFVVDVDKNIDINDVT
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 PNASVALHKHSNALVDVLPPEADSSIMMLTSDQKPDVMYADIGGMDIQKQEVREAVELPL
:: :::.. : .: .:: ..: . .. .. :: : :::.: : .:..:..:::.
CCDS56 PNCRVALRNDSYTLHKILPNKVDPLVSLMMVEKVPDSTYEMIGGLDKQIKEIKEVIELPV
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 THFELYKQIGIDPPRGVLMYGPPGCGKTMLAKAVAHHTTAAFIRVVGSEFVQKYLGEGPR
: ::.. .:: :.:::.::::: :::.::.:::::: .:::: :::.:::..::: :
CCDS56 KHPELFEALGIAQPKGVLLYGPPGTGKTLLARAVAHHTDCTFIRVSGSELVQKFIGEGAR
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 MVRDVFRLAKENAPAIIFIDEIDAIATKRFDAQTGADREVQRILLELLNQMDGFDQNVNV
:::..: .:.:.::.:::.::::.:...:... .:.: :::: .::::::.:::. . :.
CCDS56 MVRELFVMAREHAPSIIFMDEIDSIGSSRLEGGSGGDSEVQRTMLELLNQLDGFEATKNI
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 KVIMATNRADTLDPALLRPGRLDRKIEFPLPDRRQKRLIFSTITSKMNLSEEVDLEDYVA
:::::::: : :: :::::::.::::::: :... . :.. . ::::.. ..:. .
CCDS56 KVIMATNRIDILDSALLRPGRIDRKIEFPPPNEEARLDILKIHSRKMNLTRGINLRKIAE
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410
pF1KE3 RPDKISGADINSICQESGMLAVRENRYIVLAKDFEKAYKTVIKKDEQEHEFYK
:::.....: :.:: :.:: : : .::: : :..:: ...
CCDS56 LMPGASGAEVKGVCTEAGMYALRERRVHVTQEDFEMAVAKVMQKDSEKNMSIKKLWK
350 360 370 380 390
>>CCDS11645.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 (406 aa)
initn: 1045 init1: 1003 opt: 1052 Z-score: 1086.7 bits: 210.0 E(32554): 3.3e-54
Smith-Waterman score: 1073; 42.5% identity (70.8% similar) in 400 aa overlap (27-414:1-398)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MEEIGILVEKAQDEIPALSVSRPQTGLSFLGPEPEDLEDLYSRYKKLQQELEFLEVQEEY
... ::: .::. . : : .: .
CCDS11 MALDGPEQMELEEGKAGSGLRQYYLSKIEELQLI
10 20 30
70 80 90 100
pF1KE3 IKDEQKNLKKEFLHAQ------------EEVKRIQSIPLVIGQFLEAVDQNTAIVGSTTG
..:...::.. :.:: ::.. .: .:. ..:.:.. ..:
CCDS11 VNDKSQNLRR--LQAQRNELNAKVRLLREELQLLQEQGSYVGEVVRAMDKKKVLVKVHPE
40 50 60 70 80 90
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 SNYYVRILSTIDRELLKPNASVALHKHSNALVDVLPPEADSSIMMLTSDQKPDVMYADIG
... : . ..:: . . :: :::.. : .: .:: ..: . .. .. :: : ::
CCDS11 GKFVVDVDKNIDINDVTPNCRVALRNDSYTLHKILPNKVDPLVSLMMVEKVPDSTYEMIG
100 110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 GMDIQKQEVREAVELPLTHFELYKQIGIDPPRGVLMYGPPGCGKTMLAKAVAHHTTAAFI
:.: : .:..:..:::. : ::.. .:: :.:::.::::: :::.::.:::::: .::
CCDS11 GLDKQIKEIKEVIELPVKHPELFEALGIAQPKGVLLYGPPGTGKTLLARAVAHHTDCTFI
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 RVVGSEFVQKYLGEGPRMVRDVFRLAKENAPAIIFIDEIDAIATKRFDAQTGADREVQRI
:: :::.:::..::: ::::..: .:.:.::.:::.::::.:...:... .:.: ::::
CCDS11 RVSGSELVQKFIGEGARMVRELFVMAREHAPSIIFMDEIDSIGSSRLEGGSGGDSEVQRT
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 LLELLNQMDGFDQNVNVKVIMATNRADTLDPALLRPGRLDRKIEFPLPDRRQKRLIFSTI
.::::::.:::. . :.:::::::: : :: :::::::.::::::: :... . :..
CCDS11 MLELLNQLDGFEATKNIKVIMATNRIDILDSALLRPGRIDRKIEFPPPNEEARLDILKIH
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KE3 TSKMNLSEEVDLEDYVARPDKISGADINSICQESGMLAVRENRYIVLAKDFEKAYKTVIK
. ::::.. ..:. . :::.....: :.:: :.:: : : .::: : :..
CCDS11 SRKMNLTRGINLRKIAELMPGASGAEVKGVCTEAGMYALRERRVHVTQEDFEMAVAKVMQ
340 350 360 370 380 390
410
pF1KE3 KDEQEHEFYK
:: ...
CCDS11 KDSEKNMSIKKLWK
400
>>CCDS9710.2 PSMC6 gene_id:5706|Hs108|chr14 (403 aa)
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Smith-Waterman score: 1029; 41.6% identity (72.9% similar) in 387 aa overlap (33-418:17-401)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 EIGILVEKAQDEIPALSVSRPQTGLSFLGPEPEDLEDLYSRYKKLQQELEFLEVQEEYIK
.:.: . : . ::: .. : .. . . ..
CCDS97 MAIPGIPYERRLLIMADPRD-KALQDYRKKLLEHKE-IDGRLKELR
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 DEQKNLKKEFLHAQEEVKRIQSIPLVIGQFLEAVDQNTAIVGSTTGSNYYVRILSTIDRE
.. :.: :.. ......: .::. ..:. :. . .. :: .:.: : : .:.
CCDS97 EQLKELTKQYEKSENDLKALQSVGQIVGEVLKQLTEEKFIVKATNGPRYVVGCRRQLDKS
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 LLKPNASVALHKHSNALVDVLPPEADSSIMMLTSDQKPDVMYADIGGMDIQKQEVREAVE
:::.. ::: . ... :: :.: .. .. .. .: :..:::.. : .:.::..:
CCDS97 KLKPGTRVALDMTTLTIMRYLPREVDPLVYNMSHEDPGNVSYSEIGGLSEQIRELREVIE
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 LPLTHFELYKQIGIDPPRGVLMYGPPGCGKTMLAKAVAHHTTAAFIRVVGSEFVQKYLGE
::::. ::....:: ::.: :.::::: :::.::.::: . :..::.: .:.::.::
CCDS97 LPLTNPELFQRVGIIPPKGCLLYGPPGTGKTLLARAVASQLDCNFLKVVSSSIVDKYIGE
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 GPRMVRDVFRLAKENAPAIIFIDEIDAIATKRFDAQTGADREVQRILLELLNQMDGFDQN
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CCDS97 SARLIREMFNYARDHQPCIIFMDEIDAIGGRRFSEGTSADREIQRTLMELLNQMDGFDTL
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 VNVKVIMATNRADTLDPALLRPGRLDRKIEFPLPDRRQKRLIFSTITSKMNLSEEVDLED
::.:::::: :::::::::::::::::.. ::... . :.. .. .. :.: :
CCDS97 HRVKMIMATNRPDTLDPALLRPGRLDRKIHIDLPNEQARLDILKIHAGPITKHGEIDYEA
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410
pF1KE3 YVARPDKISGADINSICQESGMLAVRENRYIVLAKDFEKAYKTVIKKDEQEHEF-YK
: : ..:::. ..: :.::.:.: .. .:. .:: :: . : . . : .. ::
CCDS97 IVKLSDGFNGADLRNVCTEAGMFAIRADHDFVVQEDFMKAVRKVADSKKLESKLDYKPV
350 360 370 380 390 400
>>CCDS7935.1 PSMC3 gene_id:5702|Hs108|chr11 (439 aa)
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Smith-Waterman score: 1049; 40.2% identity (72.5% similar) in 400 aa overlap (38-417:39-438)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 VEKAQDEIPALSVSRPQTGLSFLGPEPEDLEDLYSRYKKLQQELEFLEVQEEYIKDEQKN
:.. .: . :..:..... . . : .
CCDS79 SPVTRQEKMATVWDEAEQDGIGEEVLKMSTEEIIQRTRLLDSEIKIMKSEVLRVTHELQA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100
pF1KE3 LKKEFLHAQEEVKRIQSIPLVIGQFLEA--VDQNT------------------AIVGSTT
.: .. . .:..: ...: .... .: :: : :.. ..:
CCDS79 MKDKIKENSEKIKVNKTLPYLVSNVIELLDVDPNDQEEDGANIDLDSQRKGKCAVIKTST
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 GSNYYVRILSTIDRELLKPNASVALHKHSNALVDVLPPEADSSIMMLTSDQKPDVMYADI
..:.. ... .: : :::. :...: : ....:: : :: . . :..: .:.::
CCDS79 RQTYFLPVIGLVDAEKLKPGDLVGVNKDSYLILETLPTEYDSRVKAMEVDERPTEQYSDI
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 GGMDIQKQEVREAVELPLTHFELYKQIGIDPPRGVLMYGPPGCGKTMLAKAVAHHTTAAF
::.: : ::. ::. ::..: : ....::.::.::::::::: :::.::.: : .: :.:
CCDS79 GGLDKQIQELVEAIVLPMNHKEKFENLGIQPPKGVLMYGPPGTGKTLLARACAAQTKATF
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 IRVVGSEFVQKYLGEGPRMVRDVFRLAKENAPAIIFIDEIDAIATKRFDAQTGADREVQR
....: ..:: ..:.: ..:::.: ::::.::.::::::.:::.:::::.. ..::::::
CCDS79 LKLAGPQLVQMFIGDGAKLVRDAFALAKEKAPSIIFIDELDAIGTKRFDSEKAGDREVQR
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 ILLELLNQMDGFDQNVNVKVIMATNRADTLDPALLRPGRLDRKIEFPLPDRRQKRLIFST
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CCDS79 TMLELLNQLDGFQPNTQVKVIAATNRVDILDPALLRSGRLDRKIEFPMPNEEARARIMQI
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KE3 ITSKMNLSEEVDLEDYVARPDKISGADINSICQESGMLAVRENRYIVLAKDFEKAYKTVI
. :::.: .:. :. . : ..::. ...: :.::.:.:.. . .:. .. :
CCDS79 HSRKMNVSPDVNYEELARCTDDFNGAQCKAVCVEAGMIALRRGATELTHEDYMEGILEVQ
370 380 390 400 410 420
410
pF1KE3 KKDEQEHEFYK
: . . ..:
CCDS79 AKKKANLQYYA
430
>>CCDS5731.1 PSMC2 gene_id:5701|Hs108|chr7 (433 aa)
initn: 955 init1: 955 opt: 960 Z-score: 991.8 bits: 192.6 E(32554): 6.3e-49
Smith-Waterman score: 964; 41.8% identity (70.2% similar) in 383 aa overlap (38-408:38-418)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 VEKAQDEIPALSVSRPQTGLSFLGPEPEDLEDLYSRY-KKLQQELEFL--EVQE-EYIKD
.. ::: :....... : ...: ::.
CCDS57 DQRKTKEDEKDDKPIRALDEGDIALLKTYGQSTYSRQIKQVEDDIQQLLKKINELTGIKE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KE3 EQKNLKKEFL-HAQEEVKRIQS-IPLVIGQFLEAVDQNTA----IVGSTTGSNYYVRILS
. .: : . . .:: :: ... . .. .. :.. ... : . .
CCDS57 SDTGLAPPALWDLAADKQTLQSEQPLQVARCTKIINADSEDPKYIINVKQFAKFVVDLSD
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 TIDRELLKPNASVALHKHSNALVDVLPPEADSSIMMLTSDQKPDVMYADIGGMDIQKQEV
. .. . :.. ... . :::. : .. :. ..:::: :.:.:: : ...
CCDS57 QVAPTDIEEGMRVGVDRNKYQIHIPLPPKIDPTVTMMQVEEKPDVTYSDVGGCKEQIEKL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 REAVELPLTHFELYKQIGIDPPRGVLMYGPPGCGKTMLAKAVAHHTTAAFIRVVGSEFVQ
::.:: :: : : . ..::.::.:::..:::: :::. :.:::..: : ::::.:::.::
CCDS57 REVVETPLLHPERFVNLGIEPPKGVLLFGPPGTGKTLCARAVANRTDACFIRVIGSELVQ
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 KYLGEGPRMVRDVFRLAKENAPAIIFIDEIDAIATKRFDAQTGADREVQRILLELLNQMD
::.::: ::::..:..:. . .::.::::::. ::: .:.: :::: .:::.::.:
CCDS57 KYVGEGARMVRELFEMARTKKACLIFFDEIDAIGGARFDDGAGGDNEVQRTMLELINQLD
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 GFDQNVNVKVIMATNRADTLDPALLRPGRLDRKIEFPLPDRRQKRLIFSTITSKMNLSEE
::: :.::.::::: :::::::.::::::::::: ::: . . ::. . .:.. ..
CCDS57 GFDPRGNIKVLMATNRPDTLDPALMRPGRLDRKIEFSLPDLEGRTHIFKIHARSMSVERD
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 VDLEDYVAR--PDKISGADINSICQESGMLAVRENRYIVLAKDFEKAYKTVIKKDEQEHE
. .: .:: :.. .::.: :.: :.::.:.: : :. ::: .: . :::
CCDS57 IRFE-LLARLCPNS-TGAEIRSVCTEAGMFAIRARRKIATEKDFLEAVNKVIKSYAKFSA
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 FYK
CCDS57 TPRYMTYN
430
>>CCDS6573.1 VCP gene_id:7415|Hs108|chr9 (806 aa)
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pF1KE3 ALHKHSNALVDVLPPEADSSIMMLTSDQKPDVMYADIGGMDIQKQEVREAVELPLTHFEL
.: : :::: : ...: ::::: : :
CCDS65 PSPYCIVAPDTVIHCEGEPIKREDEEESLNEVGYDDIGGCRKQLAQIKEMVELPLRHPAL
170 180 190 200 210 220
200 210 220 230 240 250
pF1KE3 YKQIGIDPPRGVLMYGPPGCGKTMLAKAVAHHTTAAFIRVVGSEFVQKYLGEGPRMVRDV
.: ::. ::::.:.::::: :::..:.:::..: : :. . : :...: ::. .: .
CCDS65 FKAIGVKPPRGILLYGPPGTGKTLIARAVANETGAFFFLINGPEIMSKLAGESESNLRKA
230 240 250 260 270 280
260 270 280 290 300 310
pF1KE3 FRLAKENAPAIIFIDEIDAIATKRFDAQTGADREVQRILLELLNQMDGFDQNVNVKVIMA
:. :..::::::::::.:::: :: .. ..: ::. .::. :::. : ..: :. :
CCDS65 FEEAEKNAPAIIFIDELDAIAPKREKTHGEVER---RIVSQLLTLMDGLKQRAHVIVMAA
290 300 310 320 330 340
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pF1KE3 TNRADTLDPALLRPGRLDRKIEFPLPDRRQKRLIFSTITSKMNLSEEVDLEDYVARPDKI
::: ...:::: : ::.::.... .:: . :.. :..:.:...::::. . .
CCDS65 TNRPNSIDPALRRFGRFDREVDIGIPDATGRLEILQIHTKNMKLADDVDLEQVANETHGH
350 360 370 380 390 400
380 390 400 410
pF1KE3 SGADINSICQESGMLAVRENRYIVLAKDFEKAYKTVIKKDEQEHEFYK
:::. ..:.:... :.:.. .. .:
CCDS65 VGADLAALCSEAALQAIRKKMDLIDLEDETIDAEVMNSLAVTMDDFRWALSQSNPSALRE
410 420 430 440 450 460
>--
initn: 1284 init1: 632 opt: 654 Z-score: 673.5 bits: 134.6 E(32554): 3.4e-31
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90 100 110 120 130 140
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::: :... . .:.. :: ..
CCDS65 HVGADLAALCSEAALQAIRKKMDLIDLEDETIDAEVMN-SLAVTMDDFRWAL-----SQS
410 420 430 440 450
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. : . : . :.: . ::::.. :.:..: :. :. : . . ..:. : .:::.:::
CCDS65 NPSALRETVVEVPQVTWEDIGGLEDVKRELQELVQYPVEHPDKFLKFGMTPSKGVLFYGP
460 470 480 490 500 510
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pF1KE3 PGCGKTMLAKAVAHHTTAAFIRVVGSEFVQKYLGEGPRMVRDVFRLAKENAPAIIFIDEI
::::::.::::.:.. : :: . : :.. ..::. ::..: :.. :: ..:.::.
CCDS65 PGCGKTLLAKAIANECQANFISIKGPELLTMWFGESEANVREIFDKARQAAPCVLFFDEL
520 530 540 550 560 570
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:.:: : . ..:.. ..:..:::.. . :: .: :::: : .:::.::::::
CCDS65 DSIAKARGGNIGDGGGAADRVINQILTEMDGMSTKKNVFIIGATNRPDIIDPAILRPGRL
580 590 600 610 620 630
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pF1KE3 DRKIEFPLPDRRQKRLIFSTITSKMNLSEEVDLEDYVARPDKISGADINSICQESGMLAV
:. : .::::.... :... : ....:::: . . .::::.. :::.. ::.
CCDS65 DQLIYIPLPDEKSRVAILKANLRKSPVAKDVDLEFLAKMTNGFSGADLTEICQRACKLAI
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::.
CCDS65 RESIESEIRRERERQTNPSAMEVEEDDPVPEIRRDHFEEAMRFARRSVSDNDIRKYEMFA
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