Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3524
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3524, 570 aa
1>>>pF1KE3524 570 - 570 aa - 570 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8015+/-0.00088; mu= 13.6787+/- 0.053
mean_var=134.3515+/-27.552, 0's: 0 Z-trim(111.3): 48 B-trim: 278 in 1/52
Lambda= 0.110650
statistics sampled from 12242 (12286) to 12242 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.72), E-opt: 0.2 (0.377), width: 16
Scan time: 3.740
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13646.1 SIM2 gene_id:6493|Hs108|chr21 ( 667) 3524 574.1 1.9e-163
CCDS5045.1 SIM1 gene_id:6492|Hs108|chr6 ( 766) 2245 370.0 6.1e-102
CCDS9754.1 HIF1A gene_id:3091|Hs108|chr14 ( 735) 939 161.5 3.4e-39
CCDS9753.1 HIF1A gene_id:3091|Hs108|chr14 ( 826) 939 161.5 3.7e-39
CCDS58324.1 HIF1A gene_id:3091|Hs108|chr14 ( 850) 939 161.5 3.8e-39
CCDS1825.1 EPAS1 gene_id:2034|Hs108|chr2 ( 870) 818 142.2 2.5e-33
CCDS12682.1 HIF3A gene_id:64344|Hs108|chr19 ( 667) 777 135.6 1.9e-31
CCDS12681.2 HIF3A gene_id:64344|Hs108|chr19 ( 669) 777 135.6 1.9e-31
CCDS9645.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14 ( 901) 543 98.3 4.2e-20
CCDS55912.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14 ( 903) 543 98.3 4.2e-20
CCDS53892.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14 ( 920) 543 98.3 4.3e-20
CCDS53891.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14 ( 933) 543 98.3 4.3e-20
CCDS42580.2 HIF3A gene_id:64344|Hs108|chr19 ( 600) 494 90.4 7e-18
CCDS8138.1 NPAS4 gene_id:266743|Hs108|chr11 ( 802) 378 71.9 3.3e-12
CCDS12694.1 NPAS1 gene_id:4861|Hs108|chr19 ( 590) 361 69.1 1.7e-11
>>CCDS13646.1 SIM2 gene_id:6493|Hs108|chr21 (667 aa)
initn: 3524 init1: 3524 opt: 3524 Z-score: 3047.9 bits: 574.1 E(32554): 1.9e-163
Smith-Waterman score: 3524; 100.0% identity (100.0% similar) in 525 aa overlap (1-525:1-525)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MKEKSKNAAKTRREKENGEFYELAKLLPLPSAITSQLDKASIIRLTTSYLKMRAVFPEGL
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CCDS13 MKEKSKNAAKTRREKENGEFYELAKLLPLPSAITSQLDKASIIRLTTSYLKMRAVFPEGL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 GDAWGQPSRAGPLDGVAKELGSHLLQTLDGFVFVVASDGKIMYISETASVHLGLSQVELT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GDAWGQPSRAGPLDGVAKELGSHLLQTLDGFVFVVASDGKIMYISETASVHLGLSQVELT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 GNSIYEYIHPSDHDEMTAVLTAHQPLHHHLLQEYEIERSFFLRMKCVLAKRNAGLTCSGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GNSIYEYIHPSDHDEMTAVLTAHQPLHHHLLQEYEIERSFFLRMKCVLAKRNAGLTCSGY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 KVIHCSGYLKIRQYMLDMSLYDSCYQIVGLVAVGQSLPPSAITEIKLYSNMFMFRASLDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KVIHCSGYLKIRQYMLDMSLYDSCYQIVGLVAVGQSLPPSAITEIKLYSNMFMFRASLDL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 KLIFLDSRVTEVTGYEPQDLIEKTLYHHVHGCDVFHLRYAHHLLLVKGQVTTKYYRLLSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KLIFLDSRVTEVTGYEPQDLIEKTLYHHVHGCDVFHLRYAHHLLLVKGQVTTKYYRLLSK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 RGGWVWVQSYATVVHNSRSSRPHCIVSVNYVLTEIEYKELQLSLEQVSTAKSQDSWRTAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RGGWVWVQSYATVVHNSRSSRPHCIVSVNYVLTEIEYKELQLSLEQVSTAKSQDSWRTAL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 STSQETRKLVKPKNTKMKTKLRTNPYPPQQYSSFQMDKLECGQLGNWRASPPASAAAPPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 STSQETRKLVKPKNTKMKTKLRTNPYPPQQYSSFQMDKLECGQLGNWRASPPASAAAPPE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 LQPHSESSDLLYTPSYSLPFSYHYGHFPLDSHVFSSKKPMLPAKFGQPQGSPCEVARFFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LQPHSESSDLLYTPSYSLPFSYHYGHFPLDSHVFSSKKPMLPAKFGQPQGSPCEVARFFL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 STLPASGECQWHYANPLVPSSSSPAKNPPEPPANTARHSLVPSYEGGSGLLVGKVGGLRT
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 STLPASGECQWHYANPLVPSSSSPAKNPPEPPANTARHSLVPSYEAPAAAVRRFGEDTAP
490 500 510 520 530 540
550 560 570
pF1KE3 AGSRSSHGGGWQMETEPSRFGQTCPLSASK
CCDS13 PSFPSCGHYREEPALGPAKAARQAARDGARLALARAAPECCAPPTPEAPGAPAQLPFVLL
550 560 570 580 590 600
>>CCDS5045.1 SIM1 gene_id:6492|Hs108|chr6 (766 aa)
initn: 2166 init1: 2070 opt: 2245 Z-score: 1943.7 bits: 370.0 E(32554): 6.1e-102
Smith-Waterman score: 2245; 69.2% identity (84.7% similar) in 510 aa overlap (1-504:1-503)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MKEKSKNAAKTRREKENGEFYELAKLLPLPSAITSQLDKASIIRLTTSYLKMRAVFPEGL
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CCDS50 MKEKSKNAARTRREKENSEFYELAKLLPLPSAITSQLDKASIIRLTTSYLKMRVVFPEGL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 GDAWGQPSRAGPLDGVAKELGSHLLQTLDGFVFVVASDGKIMYISETASVHLGLSQVELT
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CCDS50 GEAWGHSSRTSPLDNVGRELGSHLLQTLDGFIFVVAPDGKIMYISETASVHLGLSQVELT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 GNSIYEYIHPSDHDEMTAVLTAHQPLHHHLLQEYEIERSFFLRMKCVLAKRNAGLTCSGY
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CCDS50 GNSIYEYIHPADHDEMTAVLTAHQPYHSHFVQEYEIERSFFLRMKCVLAKRNAGLTCGGY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 KVIHCSGYLKIRQYMLDMSLYDSCYQIVGLVAVGQSLPPSAITEIKLYSNMFMFRASLDL
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CCDS50 KVIHCSGYLKIRQYSLDMSPFDGCYQNVGLVAVGHSLPPSAVTEIKLHSNMFMFRASLDM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 KLIFLDSRVTEVTGYEPQDLIEKTLYHHVHGCDVFHLRYAHHLLLVKGQVTTKYYRLLSK
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CCDS50 KLIFLDSRVAELTGYEPQDLIEKTLYHHVHGCDTFHLRCAHHLLLVKGQVTTKYYRFLAK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 RGGWVWVQSYATVVHNSRSSRPHCIVSVNYVLTEIEYKELQLSLEQVSTAKSQDSWRTAL
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CCDS50 HGGWVWVQSYATIVHNSRSSRPHCIVSVNYVLTDTEYKGLQLSLDQISASKPAFSYTSSS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE3 S-TSQETRKLVKPKNTKMKTKLRTNPYPPQQYSSFQMDKLECGQLGNWRASPPASAAAP-
. : ..:: .: . .. :.: ::.::: :::.:. .. : . ..: .:: ...:.:
CCDS50 TPTMTDNRKGAKSRLSSSKSKSRTSPYP--QYSGFHTERSESDHDSQWGGSPLTDTASPQ
370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE3 ---PELQPHSESSDLLYTPSYSLPFSYHYGHFPLDSHVFSSKKPMLPAKFGQPQGSPCEV
: .: :. . ..: : :: : :: . .. . .:. ::.
CCDS50 LLDPADRPGSQHDASCAYRQFSDRSSLCYG-FALDHSRLVEERHFHTQAC---EGGRCEA
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE3 ARFFLSTLPASGECQWHYANPLVP-SSSSPAKNPPEPPANTARHSLVPSYEGGSGLLVGK
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CCDS50 GRYFLGT-PQAGREPWWGSRAALPLTKASPESREAYENSMPHIASVHRIHGRGHWDEDSV
480 490 500 510 520 530
>>CCDS9754.1 HIF1A gene_id:3091|Hs108|chr14 (735 aa)
initn: 972 init1: 436 opt: 939 Z-score: 817.2 bits: 161.5 E(32554): 3.4e-39
Smith-Waterman score: 939; 39.9% identity (71.6% similar) in 391 aa overlap (2-385:19-394)
10 20 30 40
pF1KE3 MKEKSKNAAKTRREKENGEFYELAKLLPLPSAITSQLDKASII
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CCDS97 MEGAGGANDKKKISSERRKEKSRDAARSRRSKESEVFYELAHQLPLPHNVSSHLDKASVM
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 RLTTSYLKMRAVFPEGLGDAWGQPSRAGPLDGVAKELGSHLLQTLDGFVFVVASDGKIMY
::: :::..: .. : : : . ... :..:::::.:...:: ..:
CCDS97 RLTISYLRVRKLLDAGDLDIE---------DDMKAQMNCFYLKALDGFVMVLTDDGDMIY
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 ISETASVHLGLSQVELTGNSIYEYIHPSDHDEMTAVLTAHQPLHHHLLQEYEIERSFFLR
::.... ..::.: ::::.:.... :: ::.:: .:: .. : .. .: . .::::::
CCDS97 ISDNVNKYMGLTQFELTGHSVFDFTHPCDHEEMREMLTHRNGLVKKG-KEQNTQRSFFLR
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210
pF1KE3 MKCVLAKRN--AGLTCSGYKVIHCSGYLKIRQYMLDMSLYDSCYQ---IVGLVAVGQSLP
:::.:..:. .. . .::.::.:.... : . . . :. .. :: . . .:
CCDS97 MKCTLTSRGRTMNIKSATWKVLHCTGHIHV--YDTNSNQPQCGYKKPPMTCLVLICEPIP
180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 -PSAITEIKLYSNMFMFRASLDLKLIFLDSRVTEVTGYEPQDLIEKTLYHHVHGCDVFHL
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CCDS97 HPSNI-EIPLDSKTFLSRHSLDMKFSYCDERITELMGYEPEELLGRSIYEYYHALDSDHL
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 RYAHHLLLVKGQVTTKYYRLLSKRGGWVWVQSYATVVHNSRSSRPHCIVSVNYVLTEIEY
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CCDS97 TKTHHDMFTKGQVTTGQYRMLAKRGGYVWVETQATVIYNTKNSQPQCIVCVNYVVSGIIQ
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 KELQLSLEQVSTA-KSQDSWRTALSTSQETRKLVKPKNTKMKTKLRTNPYPPQQYSSFQM
..: .::.:. . : .: . .. .: :. . .... ::. .:
CCDS97 HDLIFSLQQTECVLKPVES--SDMKMTQLFTKVESEDTSSLFDKLKKEPDALTLLAPAAG
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KE3 DKLECGQLGNWRASPPASAAAPPELQPHSESSDLLYTPSYSLPFSYHYGHFPLDSHVFSS
CCDS97 DTIISLDFGSNDTETDDQQLEEVPLYNDVMLPSPNEKLQNINLAMSPLPTAETPKPLRSS
410 420 430 440 450 460
>>CCDS9753.1 HIF1A gene_id:3091|Hs108|chr14 (826 aa)
initn: 972 init1: 436 opt: 939 Z-score: 816.5 bits: 161.5 E(32554): 3.7e-39
Smith-Waterman score: 939; 39.9% identity (71.6% similar) in 391 aa overlap (2-385:19-394)
10 20 30 40
pF1KE3 MKEKSKNAAKTRREKENGEFYELAKLLPLPSAITSQLDKASII
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CCDS97 MEGAGGANDKKKISSERRKEKSRDAARSRRSKESEVFYELAHQLPLPHNVSSHLDKASVM
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 RLTTSYLKMRAVFPEGLGDAWGQPSRAGPLDGVAKELGSHLLQTLDGFVFVVASDGKIMY
::: :::..: .. : : : . ... :..:::::.:...:: ..:
CCDS97 RLTISYLRVRKLLDAGDLDIE---------DDMKAQMNCFYLKALDGFVMVLTDDGDMIY
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 ISETASVHLGLSQVELTGNSIYEYIHPSDHDEMTAVLTAHQPLHHHLLQEYEIERSFFLR
::.... ..::.: ::::.:.... :: ::.:: .:: .. : .. .: . .::::::
CCDS97 ISDNVNKYMGLTQFELTGHSVFDFTHPCDHEEMREMLTHRNGLVKKG-KEQNTQRSFFLR
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210
pF1KE3 MKCVLAKRN--AGLTCSGYKVIHCSGYLKIRQYMLDMSLYDSCYQ---IVGLVAVGQSLP
:::.:..:. .. . .::.::.:.... : . . . :. .. :: . . .:
CCDS97 MKCTLTSRGRTMNIKSATWKVLHCTGHIHV--YDTNSNQPQCGYKKPPMTCLVLICEPIP
180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 -PSAITEIKLYSNMFMFRASLDLKLIFLDSRVTEVTGYEPQDLIEKTLYHHVHGCDVFHL
:: : :: : :. :. : :::.:. . : :.::. ::::..:. ...:.. :. : ::
CCDS97 HPSNI-EIPLDSKTFLSRHSLDMKFSYCDERITELMGYEPEELLGRSIYEYYHALDSDHL
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 RYAHHLLLVKGQVTTKYYRLLSKRGGWVWVQSYATVVHNSRSSRPHCIVSVNYVLTEIEY
.:: ...:::::: ::.:.::::.:::.. :::..:...:.:.::: ::::.. :
CCDS97 TKTHHDMFTKGQVTTGQYRMLAKRGGYVWVETQATVIYNTKNSQPQCIVCVNYVVSGIIQ
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 KELQLSLEQVSTA-KSQDSWRTALSTSQETRKLVKPKNTKMKTKLRTNPYPPQQYSSFQM
..: .::.:. . : .: . .. .: :. . .... ::. .:
CCDS97 HDLIFSLQQTECVLKPVES--SDMKMTQLFTKVESEDTSSLFDKLKKEPDALTLLAPAAG
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KE3 DKLECGQLGNWRASPPASAAAPPELQPHSESSDLLYTPSYSLPFSYHYGHFPLDSHVFSS
CCDS97 DTIISLDFGSNDTETDDQQLEEVPLYNDVMLPSPNEKLQNINLAMSPLPTAETPKPLRSS
410 420 430 440 450 460
>>CCDS58324.1 HIF1A gene_id:3091|Hs108|chr14 (850 aa)
initn: 972 init1: 436 opt: 939 Z-score: 816.3 bits: 161.5 E(32554): 3.8e-39
Smith-Waterman score: 939; 39.9% identity (71.6% similar) in 391 aa overlap (2-385:43-418)
10 20 30
pF1KE3 MKEKSKNAAKTRREKENGEFYELAKLLPLPS
::::..::..:: ::. :::::. ::::
CCDS58 VFLKEGLGNSKPEELEEIRIENGRISSERRKEKSRDAARSRRSKESEVFYELAHQLPLPH
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 AITSQLDKASIIRLTTSYLKMRAVFPEGLGDAWGQPSRAGPLDGVAKELGSHLLQTLDGF
..:.:::::..::: :::..: .. : : : . ... :..::::
CCDS58 NVSSHLDKASVMRLTISYLRVRKLLDAGDLDIE---------DDMKAQMNCFYLKALDGF
80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 VFVVASDGKIMYISETASVHLGLSQVELTGNSIYEYIHPSDHDEMTAVLTAHQPLHHHLL
:.:...:: ..:::.... ..::.: ::::.:.... :: ::.:: .:: .. : ..
CCDS58 VMVLTDDGDMIYISDNVNKYMGLTQFELTGHSVFDFTHPCDHEEMREMLTHRNGLVKKG-
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200
pF1KE3 QEYEIERSFFLRMKCVLAKRN--AGLTCSGYKVIHCSGYLKIRQYMLDMSLYDSCYQ---
.: . .:::::::::.:..:. .. . .::.::.:.... : . . . :.
CCDS58 KEQNTQRSFFLRMKCTLTSRGRTMNIKSATWKVLHCTGHIHV--YDTNSNQPQCGYKKPP
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KE3 IVGLVAVGQSLP-PSAITEIKLYSNMFMFRASLDLKLIFLDSRVTEVTGYEPQDLIEKTL
.. :: . . .: :: : :: : :. :. : :::.:. . : :.::. ::::..:. ...
CCDS58 MTCLVLICEPIPHPSNI-EIPLDSKTFLSRHSLDMKFSYCDERITELMGYEPEELLGRSI
250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KE3 YHHVHGCDVFHLRYAHHLLLVKGQVTTKYYRLLSKRGGWVWVQSYATVVHNSRSSRPHCI
:.. :. : :: .:: ...:::::: ::.:.::::.:::.. :::..:...:.:.::
CCDS58 YEYYHALDSDHLTKTHHDMFTKGQVTTGQYRMLAKRGGYVWVETQATVIYNTKNSQPQCI
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KE3 VSVNYVLTEIEYKELQLSLEQVSTA-KSQDSWRTALSTSQETRKLVKPKNTKMKTKLRTN
: ::::.. : ..: .::.:. . : .: . .. .: :. . .... ::. .
CCDS58 VCVNYVVSGIIQHDLIFSLQQTECVLKPVES--SDMKMTQLFTKVESEDTSSLFDKLKKE
360 370 380 390 400 410
390 400 410 420 430 440
pF1KE3 PYPPQQYSSFQMDKLECGQLGNWRASPPASAAAPPELQPHSESSDLLYTPSYSLPFSYHY
:
CCDS58 PDALTLLAPAAGDTIISLDFGSNDTETDDQQLEEVPLYNDVMLPSPNEKLQNINLAMSPL
420 430 440 450 460 470
>>CCDS1825.1 EPAS1 gene_id:2034|Hs108|chr2 (870 aa)
initn: 820 init1: 382 opt: 818 Z-score: 711.8 bits: 142.2 E(32554): 2.5e-33
Smith-Waterman score: 843; 33.0% identity (65.9% similar) in 455 aa overlap (2-439:16-460)
10 20 30 40
pF1KE3 MKEKSKNAAKTRREKENGEFYELAKLLPLPSAITSQLDKASIIRLT
::::..::. :: ::. :::::. :::: ...:.::::::.::.
CCDS18 MTADKEKKRSSSERRKEKSRDAARCRRSKETEVFYELAHELPLPHSVSSHLDKASIMRLA
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 TSYLKMRAVFPEGLGDAWGQPSRAGPLDGVAKELGSHLLQTLDGFVFVVASDGKIMYISE
:.:. . . :... .. . : ... . :..:.::. ::..:: ....::
CCDS18 ISFLRTHKL----LSSVCSENESEAEAD---QQMDNLYLKALEGFIAVVTQDGDMIFLSE
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 TASVHLGLSQVELTGNSIYEYIHPSDHDEMTAVLTAHQPLHH-HLLQEYEIERSFFLRMK
. : .::.::::::.::... :: ::.:. :. .. . ... ::.::.:::
CCDS18 NISKFMGLTQVELTGHSIFDFTHPCDHEEIRENLSLKNGSGFGKKSKDMSTERDFFMRMK
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210
pF1KE3 CVLAKRN--AGLTCSGYKVIHCSGYLKIRQYMLDMSLYDS-C-YQ---IVGLVAVGQSLP
:....:. ..: . .::.::.: .:. . . ..: : :. . :. . . .
CCDS18 CTVTNRGRTVNLKSATWKVLHCTGQVKVYN---NCPPHNSLCGYKEPLLSCLIIMCEPIQ
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 PSAITEIKLYSNMFMFRASLDLKLIFLDSRVTEVTGYEPQDLIEKTLYHHVHGCDVFHLR
. .: : :. :. : :.:.:. . :.:.::. ::.:..:. .. :. :. : ..
CCDS18 HPSHMDIPLDSKTFLSRHSMDMKFTYCDDRITELIGYHPEELLGRSAYEFYHALDSENMT
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 YAHHLLLVKGQVTTKYYRLLSKRGGWVWVQSYATVVHNSRSSRPHCIVSVNYVLTEIEYK
.:. : .::::.. ::.:.:.::.::... .::..: :. .:.::. :::::.::: .
CCDS18 KSHQNLCTKGQVVSGQYRMLAKHGGYVWLETQGTVIYNPRNLQPQCIMCVNYVLSEIEKN
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 ELQLSLEQVSTAKSQDSWRTALSTSQETRKLVKPKNTKMKTKLRTNPYPPQQYSSFQMDK
.. .:..:. . . .. . :. :.. . :::. .: : . :
CCDS18 DVVFSMDQTESLFKPHLMAMNSIFDSSGKGAVSEKSNFLFTKLKEEPEELAQLAPTPGDA
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440
pF1KE3 LECGQLGNW---RASPPASAAAPP------ELQPHSESSDLLYTPSYSLPFSYHYGHFPL
. ..:: ..: ..: :: ::. :: .:. :....:
CCDS18 IISLDFGNQNFEESSAYGKAILPPSQPWATELRSHSTQSEAGSLPAFTVPQAAAPGSTTP
420 430 440 450 460 470
450 460 470 480 490 500
pF1KE3 DSHVFSSKKPMLPAKFGQPQGSPCEVARFFLSTLPASGECQWHYANPLVPSSSSPAKNPP
CCDS18 SATSSSSSCSTPNSPEDYYTSLDNDLKIEVIEKLFAMDTEAKDQCSTQTDFNELDLETLA
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10 20 30 40
pF1KE3 MKEKSKNAAKTRREKENGEFYELAKLLPLPSAITSQLDKASIIRLTTS
::::..::..:: .:. .:.::. ::. .....::::::.::: :
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50 60 70 80 90 100
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::.:. . : :.: . .: :::. :..:.:::.:....: . :.::.
CCDS12 YLRMHRLCAAG---EWNQVGAGGEPLDAC-------YLKALEGFVMVLTAEGDMAYLSEN
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.: ::::::.:: :.::...::: :..:. .:: .: : .. . : :: : :::: .
CCDS12 VSKHLGLSQLELIGHSIFDFIHPCDQEELQDALTPQQTLSRRKV-EAPTERCFSLRMKST
120 130 140 150 160
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pF1KE3 LAKRNA--GLTCSGYKVIHCSGYLKIRQYMLDMSLY---DSCYQIVGLVAVGQSLPPSAI
:..:. .: . .::..:::... . . : :: . :: . ...: .
CCDS12 LTSRGRTLNLKAATWKVLNCSGHMRAYKPPAQTSPAGSPDSEPPLQCLVLICEAIPHPGS
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 TEIKLYSNMFMFRASLDLKLIFLDSRVTEVTGYEPQDLIEKTLYHHVHGCDVFHLRYAHH
: : . :. : :::.:. . :.:..::.:: :.::: . :...:. : . . :
CCDS12 LEPPLGRGAFLSRHSLDMKFTYCDDRIAEVAGYSPDDLIGCSAYEYIHALDSDAVSKSIH
230 240 250 260 270 280
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pF1KE3 LLLVKGQVTTKYYRLLSKRGGWVWVQSYATVVHNSRSSRPHCIVSVNYVLTEIEYKELQL
:: :::..: ::.:.. ::..:.:. :::: ..:. . . :: :.......: . :
CCDS12 TLLSKGQAVTGQYRFLARSGGYLWTQTQATVVSGGRGPQSESIVCVHFLISQVEETGVVL
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KE3 SLEQVSTAKSQDSWRTALS---TSQETRKLVKPKNTKMKTKLRTNPYP-------PQQYS
::::. . . : : : : . .: : . .. . :. :...
CCDS12 SLEQTEQHSRRPIQRGAPSQKDTPNPGDSLDTP-GPRILAFLHPPSLSEAALAADPRRFC
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pF1KE3 SFQMDKLECGQL--GNWRASP-----------PASAAAPPELQPHSESSDLLYTPSY---
: .. .: : .. :.: : :: : :: .:. :.: .
CCDS12 SPDLRRLLGPILDGASVAATPSTPLATRHPQSPLSADLPDELPVGTENVHRLFTSGKDTE
410 420 430 440 450 460
440 450 460 470 480
pF1KE3 -------------SLPFSYHYGHFPLDSHVFSSKKPMLPAKFGQPQGS-PCEVARFFLST
.: . . .. .:. . . .:: . .: :. : :: : .
CCDS12 AVETDLDIAQDADALDLEMLAPYISMDDDFQLNASEQLPRAYHRPLGAVPRPRARSFHGL
470 480 490 500 510 520
490 500 510 520 530
pF1KE3 LPASGEC----QWHYANPLVPSSSSPAKNPPE---PPANTARHSLVPSYEGGSGLLVGKV
: . : .: ..: . : :::... : : :.. ...:. : :
CCDS12 SPPALEPSLLPRWG-SDPRL-SCSSPSRGDPSASSPMAGARKRTLAQSSEDEDEGVELLG
530 540 550 560 570 580
540 550 560 570
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CCDS12 VRPPKRSPSPEHENFLLFPLSLSFLLTGGPAPGSLQDPSTPLLNLNEPLGLGPSLLSPYS
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10 20 30 40
pF1KE3 MKEKSKNAAKTRREKENGEFYELAKLLPLPSAITSQLDKASIIRLT
::::..::..:: .:. .:.::. ::. .....::::::.:::
CCDS12 MALGLQRARSTTELRKEKSRDAARSRRSQETEVLYQLAHTLPFARGVSAHLDKASIMRLT
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pF1KE3 TSYLKMRAVFPEGLGDAWGQPSRAG-PLDGVAKELGSHLLQTLDGFVFVVASDGKIMYIS
:::.:. . : :.: . .: :::. :..:.:::.:....: . :.:
CCDS12 ISYLRMHRLCAAG---EWNQVGAGGEPLDAC-------YLKALEGFVMVLTAEGDMAYLS
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 ETASVHLGLSQVELTGNSIYEYIHPSDHDEMTAVLTAHQPLHHHLLQEYEIERSFFLRMK
:..: ::::::.:: :.::...::: :..:. .:: .: : .. . : :: : ::::
CCDS12 ENVSKHLGLSQLELIGHSIFDFIHPCDQEELQDALTPQQTLSRRKV-EAPTERCFSLRMK
120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 CVLAKRNA--GLTCSGYKVIHCSGYLKIRQYMLDMSLY---DSCYQIVGLVAVGQSLPPS
.:..:. .: . .::..:::... . . : :: . :: . ...:
CCDS12 STLTSRGRTLNLKAATWKVLNCSGHMRAYKPPAQTSPAGSPDSEPPLQCLVLICEAIPHP
170 180 190 200 210 220
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pF1KE3 AITEIKLYSNMFMFRASLDLKLIFLDSRVTEVTGYEPQDLIEKTLYHHVHGCDVFHLRYA
. : : . :. : :::.:. . :.:..::.:: :.::: . :...:. : . .
CCDS12 GSLEPPLGRGAFLSRHSLDMKFTYCDDRIAEVAGYSPDDLIGCSAYEYIHALDSDAVSKS
230 240 250 260 270 280
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pF1KE3 HHLLLVKGQVTTKYYRLLSKRGGWVWVQSYATVVHNSRSSRPHCIVSVNYVLTEIEYKEL
: :: :::..: ::.:.. ::..:.:. :::: ..:. . . :: :.......: .
CCDS12 IHTLLSKGQAVTGQYRFLARSGGYLWTQTQATVVSGGRGPQSESIVCVHFLISQVEETGV
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
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:::::. . . : : : : . .: : . .. . :. :..
CCDS12 VLSLEQTEQHSRRPIQRGAPSQKDTPNPGDSLDTP-GPRILAFLHPPSLSEAALAADPRR
350 360 370 380 390 400
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. : .. .: : .. :.: : :: : :: .:. :.: .
CCDS12 FCSPDLRRLLGPILDGASVAATPSTPLATRHPQSPLSADLPDELPVGTENVHRLFTSGKD
410 420 430 440 450 460
440 450 460 470 480
pF1KE3 ---------------SLPFSYHYGHFPLDSHVFSSKKPMLPAKFGQPQGS-PCEVARFFL
.: . . .. .:. . . .:: . .: :. : :: :
CCDS12 TEAVETDLDIAQDADALDLEMLAPYISMDDDFQLNASEQLPRAYHRPLGAVPRPRARSFH
470 480 490 500 510 520
490 500 510 520 530
pF1KE3 STLPASGEC----QWHYANPLVPSSSSPAKNPPE---PPANTARHSLVPSYEGGSGLLVG
. : . : .: ..: . : :::... : : :.. ...:. : :
CCDS12 GLSPPALEPSLLPRWG-SDPRL-SCSSPSRGDPSASSPMAGARKRTLAQSSEDEDEGVEL
530 540 550 560 570 580
540 550 560 570
pF1KE3 KVGGLRTAGSRSSHGGGWQMETEPSRFGQTCPLSASK
CCDS12 LGVRPPKRSPSPEHENFLLFPLSLSFLLTGGPAPGSLQDPSTPLLNLNEPLGLGPSLLSP
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pF1KE3 DGFVFVVASDGKIMYISETASVHLGLSQVELTGNSIYEYIHPSDHDEMTAVLTAHQPLHH
:::::.. ..::..:::::.:..::::::::::.:...:.::.:: ::. : . : .
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pF1KE3 HLLQE---------------------------------YEIERSFFLRMKCVLAKRNAGL
::.. .:::::.::: .:.::.. .
CCDS96 GLLSQGTAEDGASSASSSSQSETPEPVESTSPSLLTTDNTLERSFFIRMKSTLTKRGVHI
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pF1KE3 TCSGYKVIHCSGYLKIRQYMLDMSLYDSCYQIVGLVAVGQSLPPSAITEIKLYSNMFMFR
::::::: .: :..: . : ::.:::.:...::: .:.:... .::. :
CCDS96 KSSGYKVIHITGRLRLRVSLSHGRTVPS--QIMGLVVVAHALPPPTINEVRIDCHMFVTR
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240 250 260 270 280 290
pF1KE3 ASLDLKLIFLDSRVTEVTGYEPQDLIEKTLYHHVHGCDVFHLRYAHHLLLVKGQVTTKYY
...::..:. ..:... : :.. : :: .:. :: .:..: :: ::: .::::
CCDS96 VNMDLNIIYCENRISDYMDLTPVDIVGKRCYHFIHAEDVEGIRHSHLDLLNKGQCVTKYY
310 320 330 340 350 360
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 RLLSKRGGWVWVQSYATVVHNSRSSRPHCIVSVNYVLTEIEYKELQLSLEQVS--TAKSQ
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CCDS96 RWMQKNGGYIWIQSSATIAINAKNANEKNIIWVNYLLSNPEYKDTPMDIAQLPHLPEKTS
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360 370 380 390 400
pF1KE3 DSWRTA--LSTSQETRKLVKP-KNTKM-----KTKLRTNPYPPQQYSSFQMDK-LECGQL
.: .:. : :..: ... .:.: ... .: : .. :. :. ..:..
CCDS96 ESSETSDSESDSKDTSGITEDNENSKSDEKGNQSENSEDPEPDRKKSGNACDNDMNCNDD
430 440 450 460 470 480
410 420 430 440 450 460
pF1KE3 GNWRASPPASAAAPPELQPHSESSDLLYTPSYSLPFSYHYGHFPLDSHVFSSKKPMLPAK
:. ..:
CCDS96 GHSSSNPDSRDSDDSFEHSDFENPKAGEDGFGALGAMQIKVERYVESESDLRLQNCESLT
490 500 510 520 530 540
>>CCDS55912.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14 (903 aa)
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10 20 30 40
pF1KE3 MKEKSKNAAKTRREKENGEFYELAKLLPLPSAITSQLDKASIIRLTTS
::::::::::::.::::::::::::::: :
CCDS55 QDPSRRERLQALRKEKSRDAARSRRGKENFEFYELAKLLPLPAAITSQLDKASIIRLTIS
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80
pF1KE3 YLKMRAVFPEGLGDAW-----GQPS-----------RAGP----LDGVAKELGSHLLQTL
::::: .: : : : : .: .. .::::.::.:
CCDS55 YLKMRDFANQG-DPPWNLRMEGPPPNTSVKVIGAQRRRSPSALAIEVFEAHLGSHILQSL
70 80 90 100 110 120
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pF1KE3 DGFVFVVASDGKIMYISETASVHLGLSQVELTGNSIYEYIHPSDHDEMTAVLTAHQPLHH
:::::.. ..::..:::::.:..::::::::::.:...:.::.:: ::. : . : .
CCDS55 DGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVELTGSSVFDYVHPGDHVEMAEQLGMKLPPGR
130 140 150 160 170 180
150 160 170
pF1KE3 HLLQE---------------------------------YEIERSFFLRMKCVLAKRNAGL
::.. .:::::.::: .:.::.. .
CCDS55 GLLSQGTAEDGASSASSSSQSETPEPVESTSPSLLTTDNTLERSFFIRMKSTLTKRGVHI
190 200 210 220 230 240
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 TCSGYKVIHCSGYLKIRQYMLDMSLYDSCYQIVGLVAVGQSLPPSAITEIKLYSNMFMFR
::::::: .: :..: . : ::.:::.:...::: .:.:... .::. :
CCDS55 KSSGYKVIHITGRLRLRVSLSHGRTVPS--QIMGLVVVAHALPPPTINEVRIDCHMFVTR
250 260 270 280 290 300
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pF1KE3 ASLDLKLIFLDSRVTEVTGYEPQDLIEKTLYHHVHGCDVFHLRYAHHLLLVKGQVTTKYY
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CCDS55 VNMDLNIIYCENRISDYMDLTPVDIVGKRCYHFIHAEDVEGIRHSHLDLLNKGQCVTKYY
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pF1KE3 RLLSKRGGWVWVQSYATVVHNSRSSRPHCIVSVNYVLTEIEYKELQLSLEQVS--TAKSQ
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CCDS55 RWMQKNGGYIWIQSSATIAINAKNANEKNIIWVNYLLSNPEYKDTPMDIAQLPHLPEKTS
370 380 390 400 410 420
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pF1KE3 DSWRTA--LSTSQETRKLVKP-KNTKM-----KTKLRTNPYPPQQYSSFQMDK-LECGQL
.: .:. : :..: ... .:.: ... .: : .. :. :. ..:..
CCDS55 ESSETSDSESDSKDTSGITEDNENSKSDEKGNQSENSEDPEPDRKKSGNACDNDMNCNDD
430 440 450 460 470 480
410 420 430 440 450 460
pF1KE3 GNWRASPPASAAAPPELQPHSESSDLLYTPSYSLPFSYHYGHFPLDSHVFSSKKPMLPAK
:. ..:
CCDS55 GHSSSNPDSRDSDDSFEHSDFENPKAGEDGFGALGAMQIKVERYVESESDLRLQNCESLT
490 500 510 520 530 540
570 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 13:54:48 2016 done: Fri Nov 4 13:54:49 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]