Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3515
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3515, 968 aa
1>>>pF1KE3515 968 - 968 aa - 968 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4173+/-0.000347; mu= 13.5753+/- 0.022
mean_var=165.2308+/-32.714, 0's: 0 Z-trim(120.2): 40 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.099777
statistics sampled from 35106 (35147) to 35106 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.728), E-opt: 0.2 (0.412), width: 16
Scan time: 14.910
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000288 (OMIM: 173910,613095) polycystin-2 [Homo ( 968) 6466 943.4 0
XP_011530331 (OMIM: 173910,613095) PREDICTED: poly ( 728) 4803 703.9 7.5e-202
XP_011530332 (OMIM: 173910,613095) PREDICTED: poly ( 688) 4535 665.3 3e-190
XP_011530330 (OMIM: 173910,613095) PREDICTED: poly ( 893) 3463 511.1 1e-143
NP_057196 (OMIM: 604532) polycystic kidney disease ( 805) 2496 371.9 7.5e-102
NP_001240766 (OMIM: 604532) polycystic kidney dise ( 758) 2471 368.3 8.7e-101
XP_016872364 (OMIM: 604532) PREDICTED: polycystic ( 710) 2321 346.6 2.6e-94
XP_011538625 (OMIM: 604532) PREDICTED: polycystic ( 710) 2321 346.6 2.6e-94
XP_011538627 (OMIM: 604532) PREDICTED: polycystic ( 687) 2293 342.6 4.2e-93
XP_016864832 (OMIM: 604669) PREDICTED: polycystic ( 604) 1929 290.2 2.3e-77
NP_001287850 (OMIM: 604669) polycystic kidney dise ( 624) 1927 289.9 2.8e-77
NP_055201 (OMIM: 604669) polycystic kidney disease ( 613) 1922 289.1 4.6e-77
XP_011541620 (OMIM: 604669) PREDICTED: polycystic ( 590) 1850 278.8 5.9e-74
XP_016864833 (OMIM: 604669) PREDICTED: polycystic ( 564) 1803 272.0 6.2e-72
XP_011541623 (OMIM: 604669) PREDICTED: polycystic ( 564) 1803 272.0 6.2e-72
XP_016872365 (OMIM: 604532) PREDICTED: polycystic ( 649) 1488 226.7 3.1e-58
NP_001245378 (OMIM: 604669) polycystic kidney dise ( 523) 1231 189.6 3.6e-47
XP_016864834 (OMIM: 604669) PREDICTED: polycystic ( 550) 1170 180.9 1.6e-44
NP_001245377 (OMIM: 604669) polycystic kidney dise ( 602) 840 133.4 3.5e-30
NP_001265354 (OMIM: 607894) polycystic kidney dise (1774) 723 117.0 9.1e-25
NP_443124 (OMIM: 607894) polycystic kidney disease (2459) 723 117.1 1.2e-24
NP_006062 (OMIM: 604670) polycystic kidney disease (2253) 390 69.1 2.9e-10
XP_005255427 (OMIM: 173900,601313) PREDICTED: poly (3288) 374 66.9 1.9e-09
XP_016878774 (OMIM: 173900,601313) PREDICTED: poly (3327) 374 67.0 1.9e-09
XP_011520839 (OMIM: 173900,601313) PREDICTED: poly (3329) 374 67.0 1.9e-09
XP_011520837 (OMIM: 173900,601313) PREDICTED: poly (3603) 374 67.0 2e-09
XP_011520836 (OMIM: 173900,601313) PREDICTED: poly (4241) 374 67.0 2.3e-09
XP_011520834 (OMIM: 173900,601313) PREDICTED: poly (4287) 374 67.0 2.3e-09
NP_000287 (OMIM: 173900,601313) polycystin-1 isofo (4302) 374 67.1 2.3e-09
NP_001009944 (OMIM: 173900,601313) polycystin-1 is (4303) 374 67.1 2.3e-09
XP_011520832 (OMIM: 173900,601313) PREDICTED: poly (4311) 374 67.1 2.3e-09
XP_011520831 (OMIM: 173900,601313) PREDICTED: poly (4320) 374 67.1 2.3e-09
XP_011520830 (OMIM: 173900,601313) PREDICTED: poly (4321) 374 67.1 2.3e-09
XP_016867287 (OMIM: 609721) PREDICTED: polycystic (2920) 339 61.9 5.7e-08
NP_612152 (OMIM: 609721) polycystic kidney disease (2849) 326 60.0 2.1e-07
NP_853514 (OMIM: 607895) polycystic kidney disease (1732) 277 52.7 1.9e-05
>>NP_000288 (OMIM: 173910,613095) polycystin-2 [Homo sap (968 aa)
initn: 6466 init1: 6466 opt: 6466 Z-score: 5036.9 bits: 943.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6466; 100.0% identity (100.0% similar) in 968 aa overlap (1-968:1-968)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MVNSSRVQPQQPGDAKRPPAPRAPDPGRLMAGCAAVGASLAAPGGLCEQRGLEIEMQRIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MVNSSRVQPQQPGDAKRPPAPRAPDPGRLMAGCAAVGASLAAPGGLCEQRGLEIEMQRIR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 QAAARDPPAGAAASPSPPLSSCSRQAWSRDNPGFEAEEEEEEVEGEEGGMVVEMDVEWRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QAAARDPPAGAAASPSPPLSSCSRQAWSRDNPGFEAEEEEEEVEGEEGGMVVEMDVEWRP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 GSRRSAASSAVSSVGARSRGLGGYHGAGHPSGRRRRREDQGPPCPSPVGGGDPLHRHLPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GSRRSAASSAVSSVGARSRGLGGYHGAGHPSGRRRRREDQGPPCPSPVGGGDPLHRHLPL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 EGQPPRVAWAERLVRGLRGLWGTRLMEESSTNREKYLKSVLRELVTYLLFLIVLCILTYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 EGQPPRVAWAERLVRGLRGLWGTRLMEESSTNREKYLKSVLRELVTYLLFLIVLCILTYG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 MMSSNVYYYTRMMSQLFLDTPVSKTEKTNFKTLSSMEDFWKFTEGSLLDGLYWKMQPSNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MMSSNVYYYTRMMSQLFLDTPVSKTEKTNFKTLSSMEDFWKFTEGSLLDGLYWKMQPSNQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 TEADNRSFIFYENLLLGVPRIRQLRVRNGSCSIPQDLRDEIKECYDVYSVSSEDRAPFGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TEADNRSFIFYENLLLGVPRIRQLRVRNGSCSIPQDLRDEIKECYDVYSVSSEDRAPFGP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 RNGTAWIYTSEKDLNGSSHWGIIATYSGAGYYLDLSRTREETAAQVASLKKNVWLDRGTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RNGTAWIYTSEKDLNGSSHWGIIATYSGAGYYLDLSRTREETAAQVASLKKNVWLDRGTR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 ATFIDFSVYNANINLFCVVRLLVEFPATGGVIPSWQFQPLKLIRYVTTFDFFLAACEIIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ATFIDFSVYNANINLFCVVRLLVEFPATGGVIPSWQFQPLKLIRYVTTFDFFLAACEIIF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 CFFIFYYVVEEILEIRIHKLHYFRSFWNCLDVVIVVLSVVAIGINIYRTSNVEVLLQFLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 CFFIFYYVVEEILEIRIHKLHYFRSFWNCLDVVIVVLSVVAIGINIYRTSNVEVLLQFLE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 DQNTFPNFEHLAYWQIQFNNIAAVTVFFVWIKLFKFINFNRTMSQLSTTMSRCAKDLFGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DQNTFPNFEHLAYWQIQFNNIAAVTVFFVWIKLFKFINFNRTMSQLSTTMSRCAKDLFGF
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 AIMFFIIFLAYAQLAYLVFGTQVDDFSTFQECIFTQFRIILGDINFAEIEEANRVLGPIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 AIMFFIIFLAYAQLAYLVFGTQVDDFSTFQECIFTQFRIILGDINFAEIEEANRVLGPIY
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 FTTFVFFMFFILLNMFLAIINDTYSEVKSDLAQQKAEMELSDLIRKGYHKALVKLKLKKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FTTFVFFMFFILLNMFLAIINDTYSEVKSDLAQQKAEMELSDLIRKGYHKALVKLKLKKN
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 TVDDISESLRQGGGKLNFDELRQDLKGKGHTDAEIEAIFTKYDQDGDQELTEHEHQQMRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TVDDISESLRQGGGKLNFDELRQDLKGKGHTDAEIEAIFTKYDQDGDQELTEHEHQQMRD
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE3 DLEKEREDLDLDHSSLPRPMSSRSFPRSLDDSEEDDDEDSGHSSRRRGSISSGVSYEEFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DLEKEREDLDLDHSSLPRPMSSRSFPRSLDDSEEDDDEDSGHSSRRRGSISSGVSYEEFQ
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE3 VLVRRVDRMEHSIGSIVSKIDAVIVKLEIMERAKLKRREVLGRLLDGVAEDERLGRDSEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VLVRRVDRMEHSIGSIVSKIDAVIVKLEIMERAKLKRREVLGRLLDGVAEDERLGRDSEI
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE3 HREQMERLVREELERWESDDAASQISHGLGTPVGLNGQPRPRSSRPSSSQSTEGMEGAGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 HREQMERLVREELERWESDDAASQISHGLGTPVGLNGQPRPRSSRPSSSQSTEGMEGAGG
910 920 930 940 950 960
pF1KE3 NGSSNVHV
::::::::
NP_000 NGSSNVHV
>>XP_011530331 (OMIM: 173910,613095) PREDICTED: polycyst (728 aa)
initn: 4803 init1: 4803 opt: 4803 Z-score: 3744.8 bits: 703.9 E(85289): 7.5e-202
Smith-Waterman score: 4803; 100.0% identity (100.0% similar) in 728 aa overlap (241-968:1-728)
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 TNREKYLKSVLRELVTYLLFLIVLCILTYGMMSSNVYYYTRMMSQLFLDTPVSKTEKTNF
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MMSSNVYYYTRMMSQLFLDTPVSKTEKTNF
10 20 30
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 KTLSSMEDFWKFTEGSLLDGLYWKMQPSNQTEADNRSFIFYENLLLGVPRIRQLRVRNGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KTLSSMEDFWKFTEGSLLDGLYWKMQPSNQTEADNRSFIFYENLLLGVPRIRQLRVRNGS
40 50 60 70 80 90
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 CSIPQDLRDEIKECYDVYSVSSEDRAPFGPRNGTAWIYTSEKDLNGSSHWGIIATYSGAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 CSIPQDLRDEIKECYDVYSVSSEDRAPFGPRNGTAWIYTSEKDLNGSSHWGIIATYSGAG
100 110 120 130 140 150
400 410 420 430 440 450
pF1KE3 YYLDLSRTREETAAQVASLKKNVWLDRGTRATFIDFSVYNANINLFCVVRLLVEFPATGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YYLDLSRTREETAAQVASLKKNVWLDRGTRATFIDFSVYNANINLFCVVRLLVEFPATGG
160 170 180 190 200 210
460 470 480 490 500 510
pF1KE3 VIPSWQFQPLKLIRYVTTFDFFLAACEIIFCFFIFYYVVEEILEIRIHKLHYFRSFWNCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VIPSWQFQPLKLIRYVTTFDFFLAACEIIFCFFIFYYVVEEILEIRIHKLHYFRSFWNCL
220 230 240 250 260 270
520 530 540 550 560 570
pF1KE3 DVVIVVLSVVAIGINIYRTSNVEVLLQFLEDQNTFPNFEHLAYWQIQFNNIAAVTVFFVW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DVVIVVLSVVAIGINIYRTSNVEVLLQFLEDQNTFPNFEHLAYWQIQFNNIAAVTVFFVW
280 290 300 310 320 330
580 590 600 610 620 630
pF1KE3 IKLFKFINFNRTMSQLSTTMSRCAKDLFGFAIMFFIIFLAYAQLAYLVFGTQVDDFSTFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IKLFKFINFNRTMSQLSTTMSRCAKDLFGFAIMFFIIFLAYAQLAYLVFGTQVDDFSTFQ
340 350 360 370 380 390
640 650 660 670 680 690
pF1KE3 ECIFTQFRIILGDINFAEIEEANRVLGPIYFTTFVFFMFFILLNMFLAIINDTYSEVKSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ECIFTQFRIILGDINFAEIEEANRVLGPIYFTTFVFFMFFILLNMFLAIINDTYSEVKSD
400 410 420 430 440 450
700 710 720 730 740 750
pF1KE3 LAQQKAEMELSDLIRKGYHKALVKLKLKKNTVDDISESLRQGGGKLNFDELRQDLKGKGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LAQQKAEMELSDLIRKGYHKALVKLKLKKNTVDDISESLRQGGGKLNFDELRQDLKGKGH
460 470 480 490 500 510
760 770 780 790 800 810
pF1KE3 TDAEIEAIFTKYDQDGDQELTEHEHQQMRDDLEKEREDLDLDHSSLPRPMSSRSFPRSLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TDAEIEAIFTKYDQDGDQELTEHEHQQMRDDLEKEREDLDLDHSSLPRPMSSRSFPRSLD
520 530 540 550 560 570
820 830 840 850 860 870
pF1KE3 DSEEDDDEDSGHSSRRRGSISSGVSYEEFQVLVRRVDRMEHSIGSIVSKIDAVIVKLEIM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DSEEDDDEDSGHSSRRRGSISSGVSYEEFQVLVRRVDRMEHSIGSIVSKIDAVIVKLEIM
580 590 600 610 620 630
880 890 900 910 920 930
pF1KE3 ERAKLKRREVLGRLLDGVAEDERLGRDSEIHREQMERLVREELERWESDDAASQISHGLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ERAKLKRREVLGRLLDGVAEDERLGRDSEIHREQMERLVREELERWESDDAASQISHGLG
640 650 660 670 680 690
940 950 960
pF1KE3 TPVGLNGQPRPRSSRPSSSQSTEGMEGAGGNGSSNVHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TPVGLNGQPRPRSSRPSSSQSTEGMEGAGGNGSSNVHV
700 710 720
>>XP_011530332 (OMIM: 173910,613095) PREDICTED: polycyst (688 aa)
initn: 4535 init1: 4535 opt: 4535 Z-score: 3536.7 bits: 665.3 E(85289): 3e-190
Smith-Waterman score: 4535; 100.0% identity (100.0% similar) in 687 aa overlap (282-968:2-688)
260 270 280 290 300 310
pF1KE3 MMSQLFLDTPVSKTEKTNFKTLSSMEDFWKFTEGSLLDGLYWKMQPSNQTEADNRSFIFY
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MFTEGSLLDGLYWKMQPSNQTEADNRSFIFY
10 20 30
320 330 340 350 360 370
pF1KE3 ENLLLGVPRIRQLRVRNGSCSIPQDLRDEIKECYDVYSVSSEDRAPFGPRNGTAWIYTSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ENLLLGVPRIRQLRVRNGSCSIPQDLRDEIKECYDVYSVSSEDRAPFGPRNGTAWIYTSE
40 50 60 70 80 90
380 390 400 410 420 430
pF1KE3 KDLNGSSHWGIIATYSGAGYYLDLSRTREETAAQVASLKKNVWLDRGTRATFIDFSVYNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KDLNGSSHWGIIATYSGAGYYLDLSRTREETAAQVASLKKNVWLDRGTRATFIDFSVYNA
100 110 120 130 140 150
440 450 460 470 480 490
pF1KE3 NINLFCVVRLLVEFPATGGVIPSWQFQPLKLIRYVTTFDFFLAACEIIFCFFIFYYVVEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NINLFCVVRLLVEFPATGGVIPSWQFQPLKLIRYVTTFDFFLAACEIIFCFFIFYYVVEE
160 170 180 190 200 210
500 510 520 530 540 550
pF1KE3 ILEIRIHKLHYFRSFWNCLDVVIVVLSVVAIGINIYRTSNVEVLLQFLEDQNTFPNFEHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ILEIRIHKLHYFRSFWNCLDVVIVVLSVVAIGINIYRTSNVEVLLQFLEDQNTFPNFEHL
220 230 240 250 260 270
560 570 580 590 600 610
pF1KE3 AYWQIQFNNIAAVTVFFVWIKLFKFINFNRTMSQLSTTMSRCAKDLFGFAIMFFIIFLAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AYWQIQFNNIAAVTVFFVWIKLFKFINFNRTMSQLSTTMSRCAKDLFGFAIMFFIIFLAY
280 290 300 310 320 330
620 630 640 650 660 670
pF1KE3 AQLAYLVFGTQVDDFSTFQECIFTQFRIILGDINFAEIEEANRVLGPIYFTTFVFFMFFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AQLAYLVFGTQVDDFSTFQECIFTQFRIILGDINFAEIEEANRVLGPIYFTTFVFFMFFI
340 350 360 370 380 390
680 690 700 710 720 730
pF1KE3 LLNMFLAIINDTYSEVKSDLAQQKAEMELSDLIRKGYHKALVKLKLKKNTVDDISESLRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LLNMFLAIINDTYSEVKSDLAQQKAEMELSDLIRKGYHKALVKLKLKKNTVDDISESLRQ
400 410 420 430 440 450
740 750 760 770 780 790
pF1KE3 GGGKLNFDELRQDLKGKGHTDAEIEAIFTKYDQDGDQELTEHEHQQMRDDLEKEREDLDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GGGKLNFDELRQDLKGKGHTDAEIEAIFTKYDQDGDQELTEHEHQQMRDDLEKEREDLDL
460 470 480 490 500 510
800 810 820 830 840 850
pF1KE3 DHSSLPRPMSSRSFPRSLDDSEEDDDEDSGHSSRRRGSISSGVSYEEFQVLVRRVDRMEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DHSSLPRPMSSRSFPRSLDDSEEDDDEDSGHSSRRRGSISSGVSYEEFQVLVRRVDRMEH
520 530 540 550 560 570
860 870 880 890 900 910
pF1KE3 SIGSIVSKIDAVIVKLEIMERAKLKRREVLGRLLDGVAEDERLGRDSEIHREQMERLVRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SIGSIVSKIDAVIVKLEIMERAKLKRREVLGRLLDGVAEDERLGRDSEIHREQMERLVRE
580 590 600 610 620 630
920 930 940 950 960
pF1KE3 ELERWESDDAASQISHGLGTPVGLNGQPRPRSSRPSSSQSTEGMEGAGGNGSSNVHV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ELERWESDDAASQISHGLGTPVGLNGQPRPRSSRPSSSQSTEGMEGAGGNGSSNVHV
640 650 660 670 680
>>XP_011530330 (OMIM: 173910,613095) PREDICTED: polycyst (893 aa)
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10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MVNSSRVQPQQPGDAKRPPAPRAPDPGRLMAGCAAVGASLAAPGGLCEQRGLEIEMQRIR
10 20 30 40 50 60
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pF1KE3 QAAARDPPAGAAASPSPPLSSCSRQAWSRDNPGFEAEEEEEEVEGEEGGMVVEMDVEWRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QAAARDPPAGAAASPSPPLSSCSRQAWSRDNPGFEAEEEEEEVEGEEGGMVVEMDVEWRP
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GSRRSAASSAVSSVGARSRGLGGYHGAGHPSGRRRRREDQGPPCPSPVGGGDPLHRHLPL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EGQPPRVAWAERLVRGLRGLWGTRLMEESSTNREKYLKSVLRELVTYLLFLIVLCILTYG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MMSSNVYYYTRMMSQLFLDTPVSKTEKTNFKTLSSMEDFWKFTEGSLLDGLYWKMQPSNQ
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TEADNRSFIFYENLLLGVPRIRQLRVRNGSCSIPQDLRDEIKECYDVYSVSSEDRAPFGP
310 320 330 340 350 360
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:::::
XP_011 RNGTA-------------------------------------------------------
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 --------------------LLVEFPATGGVIPSWQFQPLKLIRYVTTFDFFLAACEIIF
370 380 390 400
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pF1KE3 CFFIFYYVVEEILEIRIHKLHYFRSFWNCLDVVIVVLSVVAIGINIYRTSNVEVLLQFLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 CFFIFYYVVEEILEIRIHKLHYFRSFWNCLDVVIVVLSVVAIGINIYRTSNVEVLLQFLE
410 420 430 440 450 460
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pF1KE3 DQNTFPNFEHLAYWQIQFNNIAAVTVFFVWIKLFKFINFNRTMSQLSTTMSRCAKDLFGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DQNTFPNFEHLAYWQIQFNNIAAVTVFFVWIKLFKFINFNRTMSQLSTTMSRCAKDLFGF
470 480 490 500 510 520
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pF1KE3 AIMFFIIFLAYAQLAYLVFGTQVDDFSTFQECIFTQFRIILGDINFAEIEEANRVLGPIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AIMFFIIFLAYAQLAYLVFGTQVDDFSTFQECIFTQFRIILGDINFAEIEEANRVLGPIY
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pF1KE3 FTTFVFFMFFILLNMFLAIINDTYSEVKSDLAQQKAEMELSDLIRKGYHKALVKLKLKKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FTTFVFFMFFILLNMFLAIINDTYSEVKSDLAQQKAEMELSDLIRKGYHKALVKLKLKKN
590 600 610 620 630 640
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TVDDISESLRQGGGKLNFDELRQDLKGKGHTDAEIEAIFTKYDQDGDQELTEHEHQQMRD
650 660 670 680 690 700
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pF1KE3 DLEKEREDLDLDHSSLPRPMSSRSFPRSLDDSEEDDDEDSGHSSRRRGSISSGVSYEEFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DLEKEREDLDLDHSSLPRPMSSRSFPRSLDDSEEDDDEDSGHSSRRRGSISSGVSYEEFQ
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pF1KE3 VLVRRVDRMEHSIGSIVSKIDAVIVKLEIMERAKLKRREVLGRLLDGVAEDERLGRDSEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VLVRRVDRMEHSIGSIVSKIDAVIVKLEIMERAKLKRREVLGRLLDGVAEDERLGRDSEI
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pF1KE3 HREQMERLVREELERWESDDAASQISHGLGTPVGLNGQPRPRSSRPSSSQSTEGMEGAGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 HREQMERLVREELERWESDDAASQISHGLGTPVGLNGQPRPRSSRPSSSQSTEGMEGAGG
830 840 850 860 870 880
pF1KE3 NGSSNVHV
::::::::
XP_011 NGSSNVHV
890
>>NP_057196 (OMIM: 604532) polycystic kidney disease 2-l (805 aa)
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pF1KE3 VSSVGARSRGLGGYHGAGHPSGRRRRREDQGPPCP---------SPVGGGDPLHRHLPLE
::: : : .: .: .. : :
NP_057 MNAVGSPEGQELQKLGSGAWDNPAYSGPPSPHGTLRVCTISSTGPLQPQPKK-P-E
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pF1KE3 GQPPRVAWAER-------LVRGLRGLWGTRLMEESSTNREKYLKSVLRELVTYLLFLIVL
.: ..:. . . .:.:::::: : :... ::: :.:..::::..:..::. .
NP_057 DEPQETAYRTQVSSCCLHICQGIRGLWGTTLTENTAENRELYIKTTLRELLVYIVFLVDI
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pF1KE3 CILTYGMMSSNVYYYTRMMSQLFLDTPVSKTEKTNFKTLSSMEDFWKFTEGSLLDGLYWK
:.::::: ::..::::..::.::: :: : : ..:...::: ::: :..: :::.:::
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pF1KE3 MQPSNQTEAD-NRSFIFYENLLLGVPRIRQLRVRNGSCSIPQDLRDEIKECYDVYSVSSE
.::. . ..:::.:::.::::::.:::.::: :: . .:.:..: :::::: ..:
NP_057 KWYNNQSLGHGSHSFIYYENMLLGVPRLRQLKVRNDSCVVHEDFREDILSCYDVYSPDKE
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pF1KE3 DRAPFGPRNGTAWIYTSEKDLNGSSHWGIIATYSGAGYYLDLSRTREETAAQVASLKKNV
.. :::: ::::: : :. .:.: :::: ...:::.:::::: .:. .: . .:....
NP_057 EQLPFGPFNGTAWTYHSQDELGGFSHWGRLTSYSGGGYYLDLPGSRQGSAEALRALQEGL
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pF1KE3 AACEIIFCFFIFYYVVEEILEIRIHKLHYFRSFWNCLDVVIVVLSVVAIGINIYRTSNVE
..::.::: ::::::::::::..::.:.:. :.:: ::.:...::.::.:..:.:: .:.
NP_057 VGCEVIFCVFIFYYVVEEILELHIHRLRYLSSIWNILDLVVILLSIVAVGFHIFRTLEVN
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pF1KE3 VLL-QFLEDQNTFPNFEHLAYWQIQFNNIAAVTVFFVWIKLFKFINFNRTMSQLSTTMSR
:. ..:.. ::. .:: ::.:: :.::. ::..::.:::.::.:.::.::.:::.:..:
NP_057 RLMGKLLQQPNTYADFEFLAFWQTQYNNMNAVNLFFAWIKIFKYISFNKTMTQLSSTLAR
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pF1KE3 CAKDLFGFAIMFFIIFLAYAQLAYLVFGTQVDDFSTFQECIFTQFRIILGDINFAEIEEA
::::..:::.::::.:.:::::.::.:::::..:::: .::::::::::::... :..:
NP_057 CAKDILGFAVMFFIVFFAYAQLGYLLFGTQVENFSTFIKCIFTQFRIILGDFDYNAIDNA
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pF1KE3 NRVLGPIYFTTFVFFMFFILLNMFLAIINDTYSEVKSDLAQQKAEMELSDLIRKGYHKAL
::.::: ::.:.:::.::.::::::::::::::::: .:: :: :..::::...::.:.:
NP_057 NRILGPAYFVTYVFFVFFVLLNMFLAIINDTYSEVKEELAGQKDELQLSDLLKQGYNKTL
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pF1KE3 VKLKLKKNTVDDISESLRQGGGKLNFDELRQDLKGKGHTDAEIE---AIFTKYDQDGDQE
..:.:.:. :.:... :. : ...:... . :. ::.. :: : :::.:.::..
NP_057 LRLRLRKERVSDVQKVLQGGEQEIQFEDFTNTLRELGHAEHEITELTATFTKFDRDGNRI
600 610 620 630 640 650
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pF1KE3 LTEHEHQQMRDDLEKEREDLDLDHSSLPRPMSSRSFPRSLDDSEEDDDEDSGHSSRRRGS
: :.:...::.:::.:: :. . .: : . : :.. :: . : :.
NP_057 LDEKEQEKMRQDLEEERVALNTEIEKLGRSIVSS--PQG----------KSGPEAARAGG
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pF1KE3 ISSGVSYEEFQVLVRRVDRMEHSIGSIVSKIDAVIVKLEIMERAKLKRREVLGRLLDGVA
:: ::: .:.::: ..: . ..::.:::: ::...::
NP_057 WVSG---EEFYMLTRRVLQLETVLEGVVSQIDAVGSKLKMLERKGWLAPSPGVKEQAIWK
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pF1KE3 EDERLGRDSEIHREQMERLVREELERWESDDAASQISHGLGTPVGLNGQPRPRSSRPSSS
NP_057 HPQPAPAVTPDPWGVQGGQESEVPYKREEEALEERRLSRGEIPTLQRS
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>>NP_001240766 (OMIM: 604532) polycystic kidney disease (758 aa)
initn: 1319 init1: 1054 opt: 2471 Z-score: 1930.4 bits: 368.3 E(85289): 8.7e-101
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pF1KE3 GGGDPLHRHLPLEGQPPRVAWAERLVRGLRGLWGTRLMEESSTNREKYLKSVLRELVTYL
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pF1KE3 LFLIVLCILTYGMMSSNVYYYTRMMSQLFLDTPVSKTEKTNFKTLSSMEDFWKFTEGSLL
.::. .:.::::: ::..::::..::.::: :: : : ..:...::: ::: :..: ::
NP_001 VFLVDICLLTYGMTSSSAYYYTKVMSELFLHTP-SDT-GVSFQAISSMADFWDFAQGPLL
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pF1KE3 DGLYWKMQPSNQTEAD-NRSFIFYENLLLGVPRIRQLRVRNGSCSIPQDLRDEIKECYDV
:.::: .::. . ..:::.:::.::::::.:::.::: :: . .:.:..: ::::
NP_001 DSLYWTKWYNNQSLGHGSHSFIYYENMLLGVPRLRQLKVRNDSCVVHEDFREDILSCYDV
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pF1KE3 YSVSSEDRAPFGPRNGTAWIYTSEKDLNGSSHWGIIATYSGAGYYLDLSRTREETAAQVA
:: ..:.. :::: ::::: : :. .:.: :::: ...:::.:::::: .:. .: .
NP_001 YSPDKEEQLPFGPFNGTAWTYHSQDELGGFSHWGRLTSYSGGGYYLDLPGSRQGSAEALR
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pF1KE3 SLKKNVWLDRGTRATFIDFSVYNANINLFCVVRLLVEFPATGGVIPSWQFQPLKLIRYVT
.:....:::::::..::::::::::::::::.::.::::::::.:::::.. .::::::.
NP_001 ALQEGLWLDRGTRVVFIDFSVYNANINLFCVLRLVVEFPATGGAIPSWQIRTVKLIRYVS
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pF1KE3 TFDFFLAACEIIFCFFIFYYVVEEILEIRIHKLHYFRSFWNCLDVVIVVLSVVAIGINIY
..:::...::.::: ::::::::::::..::.:.:. :.:: ::.:...::.::.:..:.
NP_001 NWDFFIVGCEVIFCVFIFYYVVEEILELHIHRLRYLSSIWNILDLVVILLSIVAVGFHIF
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pF1KE3 RTSNVEVLL-QFLEDQNTFPNFEHLAYWQIQFNNIAAVTVFFVWIKLFKFINFNRTMSQL
:: .:. :. ..:.. ::. .:: ::.:: :.::. ::..::.:::.::.:.::.::.::
NP_001 RTLEVNRLMGKLLQQPNTYADFEFLAFWQTQYNNMNAVNLFFAWIKIFKYISFNKTMTQL
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pF1KE3 STTMSRCAKDLFGFAIMFFIIFLAYAQLAYLVFGTQVDDFSTFQECIFTQFRIILGDINF
:.:..:::::..:::.::::.:.:::::.::.:::::..:::: .::::::::::::...
NP_001 SSTLARCAKDILGFAVMFFIVFFAYAQLGYLLFGTQVENFSTFIKCIFTQFRIILGDFDY
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pF1KE3 AEIEEANRVLGPIYFTTFVFFMFFILLNMFLAIINDTYSEVKSDLAQQKAEMELSDLIRK
:..:::.::: ::.:.:::.::.::::::::::::::::: .:: :: :..::::...
NP_001 NAIDNANRILGPAYFVTYVFFVFFVLLNMFLAIINDTYSEVKEELAGQKDELQLSDLLKQ
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pF1KE3 GYHKALVKLKLKKNTVDDISESLRQGGGKLNFDELRQDLKGKGHTDAEIE---AIFTKYD
::.:.:..:.:.:. :.:... :. : ...:... . :. ::.. :: : :::.:
NP_001 GYNKTLLRLRLRKERVSDVQKVLQGGEQEIQFEDFTNTLRELGHAEHEITELTATFTKFD
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pF1KE3 QDGDQELTEHEHQQMRDDLEKEREDLDLDHSSLPRPMSSRSFPRSLDDSEEDDDEDSGHS
.::.. : :.:...::.:::.:: :. . .: : . : :.. ::
NP_001 RDGNRILDEKEQEKMRQDLEEERVALNTEIEKLGRSIVSS--PQG----------KSGPE
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. : :. :: ::: .:.::: ..: . ..::.:::: ::...::
NP_001 AARAGGWVSG---EEFYMLTRRVLQLETVLEGVVSQIDAVGSKLKMLERKGWLAPSPGVK
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pF1KE3 LLDGVAEDERLGRDSEIHREQMERLVREELERWESDDAASQISHGLGTPVGLNGQPRPRS
NP_001 EQAIWKHPQPAPAVTPDPWGVQGGQESEVPYKREEEALEERRLSRGEIPTLQRS
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>>XP_016872364 (OMIM: 604532) PREDICTED: polycystic kidn (710 aa)
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pF1KE3 RGLWGTRLMEESSTNREKYLKSVLRELVTYLLFLIVLC-----ILTYGMMSSNVYYYTRM
:. : : : :.:::: ::..::::..
XP_016 MTSGILMKLKVSCPGCFLIVTYGMTSSSAYYYTKV
10 20 30
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pF1KE3 MSQLFLDTPVSKTEKTNFKTLSSMEDFWKFTEGSLLDGLYWKMQPSNQTEAD-NRSFIFY
::.::: :: : : ..:...::: ::: :..: :::.::: .::. . ..:::.:
XP_016 MSELFLHTP-SDT-GVSFQAISSMADFWDFAQGPLLDSLYWTKWYNNQSLGHGSHSFIYY
40 50 60 70 80 90
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pF1KE3 ENLLLGVPRIRQLRVRNGSCSIPQDLRDEIKECYDVYSVSSEDRAPFGPRNGTAWIYTSE
::.::::::.:::.::: :: . .:.:..: :::::: ..:.. :::: ::::: : :.
XP_016 ENMLLGVPRLRQLKVRNDSCVVHEDFREDILSCYDVYSPDKEEQLPFGPFNGTAWTYHSQ
100 110 120 130 140 150
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pF1KE3 KDLNGSSHWGIIATYSGAGYYLDLSRTREETAAQVASLKKNVWLDRGTRATFIDFSVYNA
.:.: :::: ...:::.:::::: .:. .: . .:....:::::::..:::::::::
XP_016 DELGGFSHWGRLTSYSGGGYYLDLPGSRQGSAEALRALQEGLWLDRGTRVVFIDFSVYNA
160 170 180 190 200 210
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pF1KE3 NINLFCVVRLLVEFPATGGVIPSWQFQPLKLIRYVTTFDFFLAACEIIFCFFIFYYVVEE
:::::::.::.::::::::.:::::.. .::::::...:::...::.::: :::::::::
XP_016 NINLFCVLRLVVEFPATGGAIPSWQIRTVKLIRYVSNWDFFIVGCEVIFCVFIFYYVVEE
220 230 240 250 260 270
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pF1KE3 ILEIRIHKLHYFRSFWNCLDVVIVVLSVVAIGINIYRTSNVEVLL-QFLEDQNTFPNFEH
:::..::.:.:. :.:: ::.:...::.::.:..:.:: .:. :. ..:.. ::. .::
XP_016 ILELHIHRLRYLSSIWNILDLVVILLSIVAVGFHIFRTLEVNRLMGKLLQQPNTYADFEF
280 290 300 310 320 330
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pF1KE3 LAYWQIQFNNIAAVTVFFVWIKLFKFINFNRTMSQLSTTMSRCAKDLFGFAIMFFIIFLA
::.:: :.::. ::..::.:::.::.:.::.::.:::.:..:::::..:::.::::.:.:
XP_016 LAFWQTQYNNMNAVNLFFAWIKIFKYISFNKTMTQLSSTLARCAKDILGFAVMFFIVFFA
340 350 360 370 380 390
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pF1KE3 YAQLAYLVFGTQVDDFSTFQECIFTQFRIILGDINFAEIEEANRVLGPIYFTTFVFFMFF
::::.::.:::::..:::: .::::::::::::... :..:::.::: ::.:.:::.::
XP_016 YAQLGYLLFGTQVENFSTFIKCIFTQFRIILGDFDYNAIDNANRILGPAYFVTYVFFVFF
400 410 420 430 440 450
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pF1KE3 ILLNMFLAIINDTYSEVKSDLAQQKAEMELSDLIRKGYHKALVKLKLKKNTVDDISESLR
.::::::::::::::::: .:: :: :..::::...::.:.:..:.:.:. :.:... :.
XP_016 VLLNMFLAIINDTYSEVKEELAGQKDELQLSDLLKQGYNKTLLRLRLRKERVSDVQKVLQ
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: ...:... . :. ::.. :: : :::.:.::.. : :.:...::.:::.::
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:. . .: : . : :.. :: . : :. :: ::: .:.:::
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]