Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3481
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3481, 1663 aa
1>>>pF1KE3481 1663 - 1663 aa - 1663 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4936+/-0.000529; mu= 23.1089+/- 0.033
mean_var=73.8565+/-14.679, 0's: 0 Z-trim(107.4): 55 B-trim: 171 in 1/52
Lambda= 0.149238
statistics sampled from 15424 (15476) to 15424 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.528), E-opt: 0.2 (0.181), width: 16
Scan time: 16.580
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000055 (OMIM: 120700,611378,612925,613779) comp (1663) 10950 2368.5 0
NP_001002029 (OMIM: 120820,614379) complement C4-B (1744) 1076 242.6 2.3e-62
NP_001239133 (OMIM: 120810,614374,614380) compleme (1698) 1057 238.5 3.8e-61
XP_016885778 (OMIM: 120810,614374,614380) PREDICTE (1744) 1057 238.5 3.9e-61
NP_009224 (OMIM: 120810,614374,614380) complement (1744) 1057 238.5 3.9e-61
XP_016870592 (OMIM: 120900,609536,615749) PREDICTE (1560) 965 218.7 3.2e-55
XP_016870591 (OMIM: 120900,609536,615749) PREDICTE (1681) 965 218.7 3.4e-55
XP_011517282 (OMIM: 120900,609536,615749) PREDICTE (1681) 965 218.7 3.4e-55
NP_001304092 (OMIM: 120900,609536,615749) compleme (1682) 965 218.7 3.4e-55
XP_016870593 (OMIM: 120900,609536,615749) PREDICTE (1171) 913 207.4 6e-52
NP_001304093 (OMIM: 120900,609536,615749) compleme ( 902) 785 179.8 9.6e-44
NP_001269353 (OMIM: 610627) alpha-2-macroglobulin- ( 963) 752 172.7 1.4e-41
NP_001726 (OMIM: 120900,609536,615749) complement (1676) 674 156.1 2.5e-36
XP_005248716 (OMIM: 608859) PREDICTED: CD109 antig (1445) 673 155.8 2.6e-36
NP_598000 (OMIM: 608859) CD109 antigen isoform 1 p (1445) 673 155.8 2.6e-36
XP_016865772 (OMIM: 608859) PREDICTED: CD109 antig (1205) 614 143.1 1.5e-32
NP_001153060 (OMIM: 608859) CD109 antigen isoform (1368) 614 143.1 1.6e-32
XP_011533775 (OMIM: 608859) PREDICTED: CD109 antig (1432) 614 143.1 1.7e-32
XP_016875253 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z (1488) 581 136.0 2.4e-30
NP_002855 (OMIM: 176420) pregnancy zone protein pr (1482) 576 134.9 5.1e-30
XP_011519107 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z (1499) 566 132.8 2.3e-29
XP_016875252 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z (1500) 566 132.8 2.3e-29
XP_011519106 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z (1500) 566 132.8 2.3e-29
XP_006719119 (OMIM: 103950,104300,614036) PREDICTE (1512) 543 127.8 7.1e-28
NP_000005 (OMIM: 103950,104300,614036) alpha-2-mac (1474) 542 127.6 8e-28
NP_001153059 (OMIM: 608859) CD109 antigen isoform (1428) 515 121.8 4.4e-26
XP_011519109 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z ( 831) 479 113.9 6.1e-24
XP_016875256 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z ( 939) 479 113.9 6.7e-24
XP_011519108 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z (1045) 479 114.0 7.4e-24
XP_016874359 (OMIM: 610627) PREDICTED: alpha-2-mac (1454) 440 105.6 3.2e-21
NP_653271 (OMIM: 610627) alpha-2-macroglobulin-lik (1454) 440 105.6 3.2e-21
XP_016874357 (OMIM: 610627) PREDICTED: alpha-2-mac (1466) 375 91.7 5.3e-17
XP_016874358 (OMIM: 610627) PREDICTED: alpha-2-mac (1466) 375 91.7 5.3e-17
XP_011518869 (OMIM: 610627) PREDICTED: alpha-2-mac (1467) 375 91.7 5.3e-17
XP_011518868 (OMIM: 610627) PREDICTED: alpha-2-mac (1467) 375 91.7 5.3e-17
XP_016875255 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z (1268) 363 89.0 2.8e-16
XP_016875254 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z (1417) 353 86.9 1.4e-15
XP_011526227 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1189) 258 66.4 1.7e-09
XP_011526223 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1815) 258 66.5 2.4e-09
XP_011526225 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1815) 258 66.5 2.4e-09
XP_011526226 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1815) 258 66.5 2.4e-09
XP_011526224 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1815) 258 66.5 2.4e-09
XP_016882083 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1817) 258 66.5 2.4e-09
XP_011526222 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1858) 258 66.5 2.5e-09
XP_011526221 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1862) 258 66.5 2.5e-09
XP_011526220 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1887) 258 66.5 2.5e-09
XP_011526219 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1920) 258 66.5 2.6e-09
NP_056507 (OMIM: 608841) C3 and PZP-like alpha-2-m (1932) 258 66.5 2.6e-09
>>NP_000055 (OMIM: 120700,611378,612925,613779) compleme (1663 aa)
initn: 10950 init1: 10950 opt: 10950 Z-score: 12730.5 bits: 2368.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 10950; 100.0% identity (100.0% similar) in 1663 aa overlap (1-1663:1-1663)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MGPTSGPSLLLLLLTHLPLALGSPMYSIITPNILRLESEETMVLEAHDAQGDVPVTVTVH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MGPTSGPSLLLLLLTHLPLALGSPMYSIITPNILRLESEETMVLEAHDAQGDVPVTVTVH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 DFPGKKLVLSSEKTVLTPATNHMGNVTFTIPANREFKSEKGRNKFVTVQATFGTQVVEKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DFPGKKLVLSSEKTVLTPATNHMGNVTFTIPANREFKSEKGRNKFVTVQATFGTQVVEKV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 VLVSLQSGYLFIQTDKTIYTPGSTVLYRIFTVNHKLLPVGRTVMVNIENPEGIPVKQDSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VLVSLQSGYLFIQTDKTIYTPGSTVLYRIFTVNHKLLPVGRTVMVNIENPEGIPVKQDSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 SSQNQLGVLPLSWDIPELVNMGQWKIRAYYENSPQQVFSTEFEVKEYVLPSFEVIVEPTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SSQNQLGVLPLSWDIPELVNMGQWKIRAYYENSPQQVFSTEFEVKEYVLPSFEVIVEPTE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 KFYYIYNEKGLEVTITARFLYGKKVEGTAFVIFGIQDGEQRISLPESLKRIPIEDGSGEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KFYYIYNEKGLEVTITARFLYGKKVEGTAFVIFGIQDGEQRISLPESLKRIPIEDGSGEV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 VLSRKVLLDGVQNPRAEDLVGKSLYVSATVILHSGSDMVQAERSGIPIVTSPYQIHFTKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VLSRKVLLDGVQNPRAEDLVGKSLYVSATVILHSGSDMVQAERSGIPIVTSPYQIHFTKT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 PKYFKPGMPFDLMVFVTNPDGSPAYRVPVAVQGEDTVQSLTQGDGVAKLSINTHPSQKPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 PKYFKPGMPFDLMVFVTNPDGSPAYRVPVAVQGEDTVQSLTQGDGVAKLSINTHPSQKPL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 SITVRTKKQELSEAEQATRTMQALPYSTVGNSNNYLHLSVLRTELRPGETLNVNFLLRMD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SITVRTKKQELSEAEQATRTMQALPYSTVGNSNNYLHLSVLRTELRPGETLNVNFLLRMD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 RAHEAKIRYYTYLIMNKGRLLKAGRQVREPGQDLVVLPLSITTDFIPSFRLVAYYTLIGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RAHEAKIRYYTYLIMNKGRLLKAGRQVREPGQDLVVLPLSITTDFIPSFRLVAYYTLIGA
490 500 510 520 530 540
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pF1KE3 SGQREVVADSVWVDVKDSCVGSLVVKSGQSEDRQPVPGQQMTLKIEGDHGARVVLVAVDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SGQREVVADSVWVDVKDSCVGSLVVKSGQSEDRQPVPGQQMTLKIEGDHGARVVLVAVDK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 GVFVLNKKNKLTQSKIWDVVEKADIGCTPGSGKDYAGVFSDAGLTFTSSSGQQTAQRAEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GVFVLNKKNKLTQSKIWDVVEKADIGCTPGSGKDYAGVFSDAGLTFTSSSGQQTAQRAEL
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pF1KE3 QCPQPAARRRRSVQLTEKRMDKVGKYPKELRKCCEDGMRENPMRFSCQRRTRFISLGEAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QCPQPAARRRRSVQLTEKRMDKVGKYPKELRKCCEDGMRENPMRFSCQRRTRFISLGEAC
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pF1KE3 KKVFLDCCNYITELRRQHARASHLGLARSNLDEDIIAEENIVSRSEFPESWLWNVEDLKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KKVFLDCCNYITELRRQHARASHLGLARSNLDEDIIAEENIVSRSEFPESWLWNVEDLKE
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pF1KE3 PPKNGISTKLMNIFLKDSITTWEILAVSMSDKKGICVADPFEVTVMQDFFIDLRLPYSVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 PPKNGISTKLMNIFLKDSITTWEILAVSMSDKKGICVADPFEVTVMQDFFIDLRLPYSVV
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850 860 870 880 890 900
pF1KE3 RNEQVEIRAVLYNYRQNQELKVRVELLHNPAFCSLATTKRRHQQTVTIPPKSSLSVPYVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RNEQVEIRAVLYNYRQNQELKVRVELLHNPAFCSLATTKRRHQQTVTIPPKSSLSVPYVI
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pF1KE3 VPLKTGLQEVEVKAAVYHHFISDGVRKSLKVVPEGIRMNKTVAVRTLDPERLGREGVQKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VPLKTGLQEVEVKAAVYHHFISDGVRKSLKVVPEGIRMNKTVAVRTLDPERLGREGVQKE
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pF1KE3 DIPPADLSDQVPDTESETRILLQGTPVAQMTEDAVDAERLKHLIVTPSGCGEQNMIGMTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DIPPADLSDQVPDTESETRILLQGTPVAQMTEDAVDAERLKHLIVTPSGCGEQNMIGMTP
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pF1KE3 TVIAVHYLDETEQWEKFGLEKRQGALELIKKGYTQQLAFRQPSSAFAAFVKRAPSTWLTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TVIAVHYLDETEQWEKFGLEKRQGALELIKKGYTQQLAFRQPSSAFAAFVKRAPSTWLTA
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pF1KE3 YVVKVFSLAVNLIAIDSQVLCGAVKWLILEKQKPDGVFQEDAPVIHQEMIGGLRNNNEKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YVVKVFSLAVNLIAIDSQVLCGAVKWLILEKQKPDGVFQEDAPVIHQEMIGGLRNNNEKD
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KE3 MALTAFVLISLQEAKDICEEQVNSLPGSITKAGDFLEANYMNLQRSYTVAIAGYALAQMG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MALTAFVLISLQEAKDICEEQVNSLPGSITKAGDFLEANYMNLQRSYTVAIAGYALAQMG
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KE3 RLKGPLLNKFLTTAKDKNRWEDPGKQLYNVEATSYALLALLQLKDFDFVPPVVRWLNEQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RLKGPLLNKFLTTAKDKNRWEDPGKQLYNVEATSYALLALLQLKDFDFVPPVVRWLNEQR
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KE3 YYGGGYGSTQATFMVFQALAQYQKDAPDHQELNLDVSLQLPSRSSKITHRIHWESASLLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YYGGGYGSTQATFMVFQALAQYQKDAPDHQELNLDVSLQLPSRSSKITHRIHWESASLLR
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pF1KE3 SEETKENEGFTVTAEGKGQGTLSVVTMYHAKAKDQLTCNKFDLKVTIKPAPETEKRPQDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SEETKENEGFTVTAEGKGQGTLSVVTMYHAKAKDQLTCNKFDLKVTIKPAPETEKRPQDA
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pF1KE3 KNTMILEICTRYRGDQDATMSILDISMMTGFAPDTDDLKQLANGVDRYISKYELDKAFSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KNTMILEICTRYRGDQDATMSILDISMMTGFAPDTDDLKQLANGVDRYISKYELDKAFSD
1390 1400 1410 1420 1430 1440
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pF1KE3 RNTLIIYLDKVSHSEDDCLAFKVHQYFNVELIQPGAVKVYAYYNLEESCTRFYHPEKEDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RNTLIIYLDKVSHSEDDCLAFKVHQYFNVELIQPGAVKVYAYYNLEESCTRFYHPEKEDG
1450 1460 1470 1480 1490 1500
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pF1KE3 KLNKLCRDELCRCAEENCFIQKSDDKVTLEERLDKACEPGVDYVYKTRLVKVQLSNDFDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KLNKLCRDELCRCAEENCFIQKSDDKVTLEERLDKACEPGVDYVYKTRLVKVQLSNDFDE
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1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KE3 YIMAIEQTIKSGSDEVQVGQQRTFISPIKCREALKLEEKKHYLMWGLSSDFWGEKPNLSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YIMAIEQTIKSGSDEVQVGQQRTFISPIKCREALKLEEKKHYLMWGLSSDFWGEKPNLSY
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1630 1640 1650 1660
pF1KE3 IIGKDTWVEHWPEEDECQDEENQKQCQDLGAFTESMVVFGCPN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 IIGKDTWVEHWPEEDECQDEENQKQCQDLGAFTESMVVFGCPN
1630 1640 1650 1660
>>NP_001002029 (OMIM: 120820,614379) complement C4-B pre (1744 aa)
initn: 1458 init1: 298 opt: 1076 Z-score: 1240.7 bits: 242.6 E(85289): 2.3e-62
Smith-Waterman score: 2289; 31.0% identity (61.5% similar) in 1606 aa overlap (121-1607:132-1688)
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 PANREFKSEKGRNKFVTVQATFGTQVVEKVVLVSLQSGYLFIQTDKTIYTPGSTVLYRIF
.: : . :.::.:::. ::.::. : ::.:
NP_001 LLRGPEVQLVAHSPWLKDSLSRTTNIQGINLLFSSRRGHLFLQTDQPIYNPGQRVRYRVF
110 120 130 140 150 160
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 TVNHKLLPVGRTVMVNIENPEGIPVKQDSLSSQNQLGVLPLSWDIPELVNMGQWKIRAYY
....:. : :. : .:: .:. :.. . . ... .. ::.. . : ::: : .
NP_001 ALDQKMRPSTDTITVMVENSHGLRVRKKEVYMPS--SIFQDDFVIPDISEPGTWKISARF
170 180 190 200 210
220 230 240 250 260
pF1KE3 ENSPQQVFSTEFEVKEYVLPSFEVIVEPTEKFYYIYNEKG----LEVTITARFLYGKKVE
.. .. ::.::::.::::.::: . : . :: . : ... : ::..::: :.
NP_001 SDGLESNSSTQFEVKKYVLPNFEVKITPGKP--YILTVPGHLDEMQLDIQARYIYGKPVQ
220 230 240 250 260 270
270 280 290 300 310 320
pF1KE3 GTAFVIFGIQDGEQRISLPESLK-RIPIEDGSGEVVLSRKVLLDGVQ--NPRAEDLVGKS
:.:.: ::. : . . .. ..:. . . .:.... ::. . :... : :: :
NP_001 GVAYVRFGLLDEDGKKTFFRGLESQTKLVNGQSHISLSKAEFQDALEKLNMGITDLQGLR
280 290 300 310 320 330
330 340 350 360 370 380
pF1KE3 LYVSATVILHSGSDMVQAERSGIPIVTSPYQIHFTKTPKYFKPGMPFDLMVFVTNPDGSP
:::.:..: :..: .:: .. .:.::... ..:: ... :: :: :...: . .:::
NP_001 LYVAAAIIESPGGEMEEAELTSWYFVSSPFSLDLSKTKRHLVPGAPFLLQALVREMSGSP
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