FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3429, 655 aa 1>>>pF1KE3429 655 - 655 aa - 655 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.4538+/-0.000997; mu= 7.5700+/- 0.060 mean_var=239.5827+/-50.080, 0's: 0 Z-trim(111.8): 79 B-trim: 0 in 0/54 Lambda= 0.082860 statistics sampled from 12577 (12648) to 12577 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.72), E-opt: 0.2 (0.389), width: 16 Scan time: 4.210 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS47415.1 SRPK1 gene_id:6732|Hs108|chr6 ( 655) 4386 537.8 1.8e-152 CCDS34724.1 SRPK2 gene_id:6733|Hs108|chr7 ( 699) 1527 196.0 1.5e-49 CCDS5735.1 SRPK2 gene_id:6733|Hs108|chr7 ( 688) 1522 195.4 2.2e-49 CCDS55537.1 SRPK3 gene_id:26576|Hs108|chrX ( 533) 1346 174.3 4e-43 CCDS55538.1 SRPK3 gene_id:26576|Hs108|chrX ( 566) 1346 174.3 4.1e-43 CCDS35441.1 SRPK3 gene_id:26576|Hs108|chrX ( 567) 1337 173.2 8.7e-43 >>CCDS47415.1 SRPK1 gene_id:6732|Hs108|chr6 (655 aa) initn: 4386 init1: 4386 opt: 4386 Z-score: 2850.7 bits: 537.8 E(32554): 1.8e-152 Smith-Waterman score: 4386; 100.0% identity (100.0% similar) in 655 aa overlap (1-655:1-655) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MERKVLALQARKKRTKAKKDKAQRKSETQHRGSAPHSESDLPEQEEEILGSDDDEQEDPN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 MERKVLALQARKKRTKAKKDKAQRKSETQHRGSAPHSESDLPEQEEEILGSDDDEQEDPN 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 DYCKGGYHLVKIGDLFNGRYHVIRKLGWGHFSTVWLSWDIQGKKFVAMKVVKSAEHYTET :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 DYCKGGYHLVKIGDLFNGRYHVIRKLGWGHFSTVWLSWDIQGKKFVAMKVVKSAEHYTET 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 ALDEIRLLKSVRNSDPNDPNREMVVQLLDDFKISGVNGTHICMVFEVLGHHLLKWIIKSN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 ALDEIRLLKSVRNSDPNDPNREMVVQLLDDFKISGVNGTHICMVFEVLGHHLLKWIIKSN 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 YQGLPLPCVKKIIQQVLQGLDYLHTKCRIIHTDIKPENILLSVNEQYIRRLAAEATEWQR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 YQGLPLPCVKKIIQQVLQGLDYLHTKCRIIHTDIKPENILLSVNEQYIRRLAAEATEWQR 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 SGAPPPSGSAVSTAPQPKPADKMSKNKKKKLKKKQKRQAELLEKRMQEIEEMEKESGPGQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 SGAPPPSGSAVSTAPQPKPADKMSKNKKKKLKKKQKRQAELLEKRMQEIEEMEKESGPGQ 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 KRPNKQEESESPVERPLKENPPNKMTQEKLEESSTIGQDQTLMERDTEGGAAEINCNGVI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 KRPNKQEESESPVERPLKENPPNKMTQEKLEESSTIGQDQTLMERDTEGGAAEINCNGVI 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 EVINYTQNSNNETLRHKEDLHNANDCDVQNLNQESSFLSSQNGDSSTSQETDSCTPITSE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 EVINYTQNSNNETLRHKEDLHNANDCDVQNLNQESSFLSSQNGDSSTSQETDSCTPITSE 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE3 VSDTMVCQSSSTVGQSFSEQHISQLQESIRAEIPCEDEQEQEHNGPLDNKGKSTAGNFLV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 VSDTMVCQSSSTVGQSFSEQHISQLQESIRAEIPCEDEQEQEHNGPLDNKGKSTAGNFLV 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE3 NPLEPKNAEKLKVKIADLGNACWVHKHFTEDIQTRQYRSLEVLIGSGYNTPADIWSTACM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 NPLEPKNAEKLKVKIADLGNACWVHKHFTEDIQTRQYRSLEVLIGSGYNTPADIWSTACM 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KE3 AFELATGDYLFEPHSGEEYTRDEDHIALIIELLGKVPRKLIVAGKYSKEFFTKKGDLKHI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 AFELATGDYLFEPHSGEEYTRDEDHIALIIELLGKVPRKLIVAGKYSKEFFTKKGDLKHI 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 pF1KE3 TKLKPWGLFEVLVEKYEWSQEEAAGFTDFLLPMLELIPEKRATAAECLRHPWLNS ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 TKLKPWGLFEVLVEKYEWSQEEAAGFTDFLLPMLELIPEKRATAAECLRHPWLNS 610 620 630 640 650 >>CCDS34724.1 SRPK2 gene_id:6733|Hs108|chr7 (699 aa) initn: 2620 init1: 1515 opt: 1527 Z-score: 1003.2 bits: 196.0 E(32554): 1.5e-49 Smith-Waterman score: 2603; 58.3% identity (76.7% similar) in 709 aa overlap (3-655:4-699) 10 20 30 40 pF1KE3 MERKVLALQARKKRTKAKKDKAQRKSETQHRGS-------------APHSESDLPEQEE :::::.::::.: :..: .: : :... : . :: :: CCDS34 MSSRKVLAIQARKRRP--KREKHPKKPEPQQKAPLVPPPPPPPPPPPPPLPDPTPPEPEE 10 20 30 40 50 50 60 70 80 90 100 pF1KE3 EILGSDDDEQEDPNDYCKGGYHLVKIGDLFNGRYHVIRKLGWGHFSTVWLSWDIQGKKFV :::::::.::::: :::::::: ::::::::::::::::::::::::::: ::.:::.:: CCDS34 EILGSDDEEQEDPADYCKGGYHPVKIGDLFNGRYHVIRKLGWGHFSTVWLCWDMQGKRFV 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 pF1KE3 AMKVVKSAEHYTETALDEIRLLKSVRNSDPNDPNREMVVQLLDDFKISGVNGTHICMVFE ::::::::.::::::::::.::: ::.:::.:::..:::::.:::::::.:: :.::::: CCDS34 AMKVVKSAQHYTETALDEIKLLKCVRESDPSDPNKDMVVQLIDDFKISGMNGIHVCMVFE 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KE3 VLGHHLLKWIIKSNYQGLPLPCVKKIIQQVLQGLDYLHTKCRIIHTDIKPENILLSVNEQ :::::::::::::::::::. :::.::.::::::::::.::.::::::::::::. :.. 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CCDS34 DCPNPEEYNLDEPNAESDYTYSSSYEQFNGELPNGRHKIPESQFPEFSTSLFSGSLEPVA 420 430 440 450 460 470 430 440 450 460 470 480 pF1KE3 CQSSSTVGQSFSEQHISQLQESIRAEIPCEDEQEQ---EHNGPLDNKGKSTAGNFLVNPL : : . :. ..::. :. : .:... .: : :.:. :...::::: CCDS34 CGSVLSEGSPLTEQEESS---------PSHDRSRTVSASSTGDLP-KAKTRAADLLVNPL 480 490 500 510 520 490 500 510 520 530 540 pF1KE3 EPKNAEKLKVKIADLGNACWVHKHFTEDIQTRQYRSLEVLIGSGYNTPADIWSTACMAFE .:.::.:..:::::::::::::::::::::::::::.:::::.::.:::::::::::::: CCDS34 DPRNADKIRVKIADLGNACWVHKHFTEDIQTRQYRSIEVLIGAGYSTPADIWSTACMAFE 530 540 550 560 570 580 550 560 570 580 590 600 pF1KE3 LATGDYLFEPHSGEEYTRDEDHIALIIELLGKVPRKLIVAGKYSKEFFTKKGDLKHITKL ::::::::::::::.:.::::::: ::::::..::.. ..::::.:::...:.:.::::: CCDS34 LATGDYLFEPHSGEDYSRDEDHIAHIIELLGSIPRHFALSGKYSREFFNRRGELRHITKL 590 600 610 620 630 640 610 620 630 640 650 pF1KE3 KPWGLFEVLVEKYEWSQEEAAGFTDFLLPMLELIPEKRATAAECLRHPWLNS :::.::.:::::: : .:.:: :::::.::::..:::::.:.:::::::::: CCDS34 KPWSLFDVLVEKYGWPHEDAAQFTDFLIPMLEMVPEKRASAGECLRHPWLNS 650 660 670 680 690 >>CCDS5735.1 SRPK2 gene_id:6733|Hs108|chr7 (688 aa) initn: 2559 init1: 1515 opt: 1522 Z-score: 1000.1 bits: 195.4 E(32554): 2.2e-49 Smith-Waterman score: 2553; 59.9% identity (78.5% similar) in 664 aa overlap (35-655:36-688) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 VLALQARKKRTKAKKDKAQRKSETQHRGSAPHSESDLPEQEEEILGSDDDEQEDPNDYCK : . :: :::::::::.::::: :::: CCDS57 EKSSSSERPEPQQKAPLVPPPPPPPPPPPPPLPDPTPPEPEEEILGSDDEEQEDPADYCK 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 GGYHLVKIGDLFNGRYHVIRKLGWGHFSTVWLSWDIQGKKFVAMKVVKSAEHYTETALDE :::: ::::::::::::::::::::::::::: ::.:::.::::::::::.::::::::: CCDS57 GGYHPVKIGDLFNGRYHVIRKLGWGHFSTVWLCWDMQGKRFVAMKVVKSAQHYTETALDE 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 IRLLKSVRNSDPNDPNREMVVQLLDDFKISGVNGTHICMVFEVLGHHLLKWIIKSNYQGL :.::: ::.:::.:::..:::::.:::::::.:: :.::::::::::::::::::::::: CCDS57 IKLLKCVRESDPSDPNKDMVVQLIDDFKISGMNGIHVCMVFEVLGHHLLKWIIKSNYQGL 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 PLPCVKKIIQQVLQGLDYLHTKCRIIHTDIKPENILLSVNEQYIRRLAAEATEWQRSGAP :. :::.::.::::::::::.::.::::::::::::. :.. :.::.::::::::..::: CCDS57 PVRCVKSIIRQVLQGLDYLHSKCKIIHTDIKPENILMCVDDAYVRRMAAEATEWQKAGAP 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 PPSGSAVSTAPQPKPADKMSKNKKKKLKKKQKRQAELLEKRMQEIEEMEKES-------G :::::::::::: :: :.::::::::::::::::::::::.:::::.:.:. . CCDS57 PPSGSAVSTAPQQKPIGKISKNKKKKLKKKQKRQAELLEKRLQEIEELEREAERKIIEEN 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 pF1KE3 PGQKRPNKQEESESPVERPLKENPPNKMTQEKLEESSTIGQDQTL--------MERDTEG . :......: : :: . .. .. . ... ..:: .:.: . CCDS57 ITSAAPSNDQDGEYCPEVKLKTTGLEEAAEAETAKDNGEAEDQEEKEDAEKENIEKDEDD 310 320 330 340 350 360 350 360 370 380 390 pF1KE3 GAAEI-----------NCNGVIEVINYT--QNSNNETLRHKEDLHNANDCDVQNLNQESS :. . :: :: .. :. ..: .:: : .. .... : ::. CCDS57 VDQELANIDPTWIESPKTNGHIENGPFSLEQQLDDED-DDEEDCPNPEEYNLDEPNAESD 370 380 390 400 410 420 400 410 420 430 440 pF1KE3 FLSSQ-----NGDSST-------SQETDSCTPITSEVSDTMVCQSSSTVGQSFSEQHISQ . :. ::. . :: . : . : . ..: : . :. ..::. :. CCDS57 YTYSSSYEQFNGELPNGRHKIPESQFPEFSTSLFSGSLEPVACGSVLSEGSPLTEQEESS 430 440 450 460 470 480 450 460 470 480 490 500 pF1KE3 LQESIRAEIPCEDEQEQ---EHNGPLDNKGKSTAGNFLVNPLEPKNAEKLKVKIADLGNA : .:... .: : :.:. :...:::::.:.::.:..::::::::: CCDS57 ---------PSHDRSRTVSASSTGDLP-KAKTRAADLLVNPLDPRNADKIRVKIADLGNA 490 500 510 520 530 510 520 530 540 550 560 pF1KE3 CWVHKHFTEDIQTRQYRSLEVLIGSGYNTPADIWSTACMAFELATGDYLFEPHSGEEYTR ::::::::::::::::::.:::::.::.::::::::::::::::::::::::::::.:.: CCDS57 CWVHKHFTEDIQTRQYRSIEVLIGAGYSTPADIWSTACMAFELATGDYLFEPHSGEDYSR 540 550 560 570 580 590 570 580 590 600 610 620 pF1KE3 DEDHIALIIELLGKVPRKLIVAGKYSKEFFTKKGDLKHITKLKPWGLFEVLVEKYEWSQE :::::: ::::::..::.. ..::::.:::...:.:.::::::::.::.:::::: : .: CCDS57 DEDHIAHIIELLGSIPRHFALSGKYSREFFNRRGELRHITKLKPWSLFDVLVEKYGWPHE 600 610 620 630 640 650 630 640 650 pF1KE3 EAAGFTDFLLPMLELIPEKRATAAECLRHPWLNS .:: :::::.::::..:::::.:.:::::::::: CCDS57 DAAQFTDFLIPMLEMVPEKRASAGECLRHPWLNS 660 670 680 >>CCDS55537.1 SRPK3 gene_id:26576|Hs108|chrX (533 aa) initn: 2302 init1: 1345 opt: 1346 Z-score: 887.8 bits: 174.3 E(32554): 4e-43 Smith-Waterman score: 2114; 54.0% identity (70.5% similar) in 633 aa overlap (22-654:21-532) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MERKVLALQARKKRTKAKKDKAQRKSETQHRGSAPHSESDLPEQEEEILGSDDDEQEDPN .: . . :: . .:.. . .:::::.:::::. CCDS55 MSASTGGGGDSGGSGGSSSSSQASCGPESSGSELALATPVPQMLQGLLGSDDEEQEDPK 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 DYCKGGYHLVKIGDLFNGRYHVIRKLGWGHFSTVWLSWDIQGKKFVAMKVVKSAEHYTET :::::::: :::::.:::::::.::::::::::::: :::: :.:::.:::::: ::::: CCDS55 DYCKGGYHPVKIGDVFNGRYHVVRKLGWGHFSTVWLCWDIQRKRFVALKVVKSAGHYTET 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 ALDEIRLLKSVRNSDPNDPNREMVVQLLDDFKISGVNGTHICMVFEVLGHHLLKWIIKSN :.:::.::: ::.:::.::.:: .:::.:::.::::::.:.:::.:::::.::::::::: CCDS55 AVDEIKLLKCVRDSDPSDPKRETIVQLIDDFRISGVNGVHVCMVLEVLGHQLLKWIIKSN 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 YQGLPLPCVKKIIQQVLQGLDYLHTKCRIIHTDIKPENILLSVNEQYIRRLAAEATEWQR :::::.::::.:..:::.:::::::::.::::::::::::: :.. :::::::::::::. CCDS55 YQGLPVPCVKSIVRQVLHGLDYLHTKCKIIHTDIKPENILLCVGDAYIRRLAAEATEWQQ 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 SGAPPPSGSAVSTAPQPKPADKMSKNKKKKLKKKQKRQAELLEKRMQEIEEMEKESGPGQ .:::::: : :::::: . :.::::.::...:.:.: .:::.:.......: CCDS55 AGAPPPSRSIVSTAPQEVLTGKLSKNKRKKMRRKRKQQKRLLEERLRDLQRLEA------ 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 KRPNKQEESESPVERPLKENPPNKMTQEKLEESSTIGQDQTLMERDTEGGAAEINCNGVI :: :.. CCDS55 ------------------------------------------MEAATQA----------- 300 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 EVINYTQNSNNETLRHKEDLHNANDCDVQNLNQESSFLSSQNGDSSTSQETDSCTPITSE :.: : ..:..::: CCDS55 ---------------------------------EDSGLRLDGGSGSTS------------ 310 430 440 450 460 470 480 pF1KE3 VSDTMVCQSSSTVGQSFSEQHISQLQESIRAEIPCEDEQEQEHNGPLDNKGKSTAGNFLV ::. :. :: : :. : ...: .: :. . :.:.:: CCDS55 --------SSGFSGSLFSPASCSILSGS---------SNQRETGGLLSPSTPFGASNLLV 320 330 340 350 490 500 510 520 530 540 pF1KE3 NPLEPKNAEKLKVKIADLGNACWVHKHFTEDIQTRQYRSLEVLIGSGYNTPADIWSTACM :::::.::.:.:.:::::::::::::::::::::::::..:::::. :. :::::::::: CCDS55 NPLEPQNADKIKIKIADLGNACWVHKHFTEDIQTRQYRAVEVLIGAEYGPPADIWSTACM 360 370 380 390 400 410 550 560 570 580 590 600 pF1KE3 AFELATGDYLFEPHSGEEYTRDEDHIALIIELLGKVPRKLIVAGKYSKEFFTKKGDLKHI :::::::::::::::::.:.::::::: :.:::: .: . ..:.::.:::...:.:.:: CCDS55 AFELATGDYLFEPHSGEDYSRDEDHIAHIVELLGDIPPAFALSGRYSREFFNRRGELRHI 420 430 440 450 460 470 610 620 630 640 650 pF1KE3 TKLKPWGLFEVLVEKYEWSQEEAAGFTDFLLPMLELIPEKRATAAECLRHPWLNS .:: :::.:::.::::: :.:. :. :::::.: ::::::.::.::.::::: CCDS55 HNLKHWGLYEVLMEKYEWPLEQATQFSAFLLPMMEYIPEKRASAADCLQHPWLNP 480 490 500 510 520 530 >>CCDS55538.1 SRPK3 gene_id:26576|Hs108|chrX (566 aa) initn: 2302 init1: 1345 opt: 1346 Z-score: 887.5 bits: 174.3 E(32554): 4.1e-43 Smith-Waterman score: 2177; 54.7% identity (73.3% similar) in 633 aa overlap (22-654:21-565) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MERKVLALQARKKRTKAKKDKAQRKSETQHRGSAPHSESDLPEQEEEILGSDDDEQEDPN .: . . :: . .:.. . .:::::.:::::. CCDS55 MSASTGGGGDSGGSGGSSSSSQASCGPESSGSELALATPVPQMLQGLLGSDDEEQEDPK 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 DYCKGGYHLVKIGDLFNGRYHVIRKLGWGHFSTVWLSWDIQGKKFVAMKVVKSAEHYTET :::::::: :::::.:::::::.::::::::::::: :::: :.:::.:::::: ::::: CCDS55 DYCKGGYHPVKIGDVFNGRYHVVRKLGWGHFSTVWLCWDIQRKRFVALKVVKSAGHYTET 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 ALDEIRLLKSVRNSDPNDPNREMVVQLLDDFKISGVNGTHICMVFEVLGHHLLKWIIKSN :.:::.::: ::.:::.::.:: .:::.:::.::::::.:.:::.:::::.::::::::: CCDS55 AVDEIKLLKCVRDSDPSDPKRETIVQLIDDFRISGVNGVHVCMVLEVLGHQLLKWIIKSN 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 YQGLPLPCVKKIIQQVLQGLDYLHTKCRIIHTDIKPENILLSVNEQYIRRLAAEATEWQR :::::.::::.:..:::.:::::::::.::::::::::::: :.. :::::::::::::. CCDS55 YQGLPVPCVKSIVRQVLHGLDYLHTKCKIIHTDIKPENILLCVGDAYIRRLAAEATEWQQ 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 SGAPPPSGSAVSTAPQPKPADKMSKNKKKKLKKKQKRQAELLEKRMQEIEEMEKESGPGQ .:::::: : :::::: . :.::::.::...:.:.: .:::.:.......: CCDS55 AGAPPPSRSIVSTAPQEVLTGKLSKNKRKKMRRKRKQQKRLLEERLRDLQRLEAM----- 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 KRPNKQEESESPVERPLKENPPNKMTQEKLEESSTIGQDQTLMERDTEGGAAEINCNGVI :..: ..:. : .::.. . .: CCDS55 -------------------------------EAATQAEDSGLR---LDGGSGSTSSSGC- 300 310 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 EVINYTQNSNNETLRHKEDLHNANDCDVQNLNQESSFLSSQNGDSSTSQETDSCTPITSE : .. .. : : .: .: .: .. 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