Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3414
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3414, 353 aa
1>>>pF1KE3414 353 - 353 aa - 353 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3612+/-0.00134; mu= 4.7908+/- 0.081
mean_var=411.5947+/-86.397, 0's: 0 Z-trim(111.6): 138 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.063218
statistics sampled from 12415 (12536) to 12415 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.707), E-opt: 0.2 (0.385), width: 16
Scan time: 2.730
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS43557.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7 ( 353) 2488 241.1 1e-63
CCDS5397.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7 ( 341) 2404 233.5 2.1e-61
CCDS82536.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2 ( 356) 1450 146.5 3.3e-35
CCDS2273.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2 ( 378) 1450 146.5 3.4e-35
CCDS44909.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 ( 372) 1439 145.5 6.8e-35
CCDS41793.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 ( 320) 1276 130.5 1.9e-30
CCDS31980.1 HNRNPA1L2 gene_id:144983|Hs108|chr13 ( 320) 1242 127.4 1.6e-29
CCDS4193.1 HNRNPA0 gene_id:10949|Hs108|chr5 ( 305) 939 99.8 3.2e-21
CCDS34309.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5 ( 332) 685 76.7 3.2e-14
CCDS3591.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 ( 336) 679 76.1 4.7e-14
CCDS3592.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 ( 355) 675 75.8 6.2e-14
CCDS3593.1 HNRNPDL gene_id:9987|Hs108|chr4 ( 420) 669 75.4 1e-13
CCDS34310.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5 ( 285) 597 68.5 7.7e-12
CCDS11596.1 MSI2 gene_id:124540|Hs108|chr17 ( 328) 591 68.1 1.2e-11
CCDS82168.1 MSI2 gene_id:124540|Hs108|chr17 ( 324) 579 67.0 2.6e-11
CCDS3590.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 ( 306) 576 66.7 3e-11
>>CCDS43557.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7 (353 aa)
initn: 2488 init1: 2488 opt: 2488 Z-score: 1257.3 bits: 241.1 E(32554): 1e-63
Smith-Waterman score: 2488; 100.0% identity (100.0% similar) in 353 aa overlap (1-353:1-353)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MEKTLETVPLERKKREKEQFRKLFIGGLSFETTEESLRNYYEQWGKLTDCVVMRDPASKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MEKTLETVPLERKKREKEQFRKLFIGGLSFETTEESLRNYYEQWGKLTDCVVMRDPASKR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 SRGFGFVTFSSMAEVDAAMAARPHSIDGRVVEPKRAVAREESGKPGAHVTVKKLFVGGIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 SRGFGFVTFSSMAEVDAAMAARPHSIDGRVVEPKRAVAREESGKPGAHVTVKKLFVGGIK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 EDTEEHHLRDYFEEYGKIDTIEIITDRQSGKKRGFGFVTFDDHDPVDKIVLQKYHTINGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 EDTEEHHLRDYFEEYGKIDTIEIITDRQSGKKRGFGFVTFDDHDPVDKIVLQKYHTINGH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 NAEVRKALSRQEMQEVQSSRSGRGGNFGFGDSRGGGGNFGPGPGSNFRGGSDGYGSGRGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 NAEVRKALSRQEMQEVQSSRSGRGGNFGFGDSRGGGGNFGPGPGSNFRGGSDGYGSGRGF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 GDGYNGYGGGPGGGNFGGSPGYGGGRGGYGGGGPGYGNQGGGYGGGYDNYGGGNYGSGNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 GDGYNGYGGGPGGGNFGGSPGYGGGRGGYGGGGPGYGNQGGGYGGGYDNYGGGNYGSGNY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KE3 NDFGNYNQQPSNYGPMKSGNFGGSRNMGGPYGGGNYGPGGSGGSGGYGGRSRY
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 NDFGNYNQQPSNYGPMKSGNFGGSRNMGGPYGGGNYGPGGSGGSGGYGGRSRY
310 320 330 340 350
>>CCDS5397.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7 (341 aa)
initn: 2404 init1: 2404 opt: 2404 Z-score: 1216.0 bits: 233.5 E(32554): 2.1e-61
Smith-Waterman score: 2404; 99.7% identity (100.0% similar) in 340 aa overlap (14-353:2-341)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MEKTLETVPLERKKREKEQFRKLFIGGLSFETTEESLRNYYEQWGKLTDCVVMRDPASKR
.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MEREKEQFRKLFIGGLSFETTEESLRNYYEQWGKLTDCVVMRDPASKR
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 SRGFGFVTFSSMAEVDAAMAARPHSIDGRVVEPKRAVAREESGKPGAHVTVKKLFVGGIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SRGFGFVTFSSMAEVDAAMAARPHSIDGRVVEPKRAVAREESGKPGAHVTVKKLFVGGIK
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 EDTEEHHLRDYFEEYGKIDTIEIITDRQSGKKRGFGFVTFDDHDPVDKIVLQKYHTINGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 EDTEEHHLRDYFEEYGKIDTIEIITDRQSGKKRGFGFVTFDDHDPVDKIVLQKYHTINGH
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 NAEVRKALSRQEMQEVQSSRSGRGGNFGFGDSRGGGGNFGPGPGSNFRGGSDGYGSGRGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 NAEVRKALSRQEMQEVQSSRSGRGGNFGFGDSRGGGGNFGPGPGSNFRGGSDGYGSGRGF
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 GDGYNGYGGGPGGGNFGGSPGYGGGRGGYGGGGPGYGNQGGGYGGGYDNYGGGNYGSGNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GDGYNGYGGGPGGGNFGGSPGYGGGRGGYGGGGPGYGNQGGGYGGGYDNYGGGNYGSGNY
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350
pF1KE3 NDFGNYNQQPSNYGPMKSGNFGGSRNMGGPYGGGNYGPGGSGGSGGYGGRSRY
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 NDFGNYNQQPSNYGPMKSGNFGGSRNMGGPYGGGNYGPGGSGGSGGYGGRSRY
290 300 310 320 330 340
>>CCDS82536.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2 (356 aa)
initn: 1420 init1: 1154 opt: 1450 Z-score: 745.6 bits: 146.5 E(32554): 3.3e-35
Smith-Waterman score: 1634; 71.1% identity (84.3% similar) in 356 aa overlap (15-350:7-354)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MEKTLETVPLERKKREKEQFRKLFIGGLSFETTEESLRNYYEQWGKLTDCVVMRDPASKR
.: ::.:::::::::::::..:::...:.:: :::::::::: .::
CCDS82 MEGHDPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDDSLREHFEKWGTLTDCVVMRDPQTKR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 SRGFGFVTFSSMAEVDAAMAARPHSIDGRVVEPKRAVAREESGKPGAHVTVKKLFVGGIK
::::::::.: . :::::: ::::..:::::::::::.::.: :::::.::::.::::::
CCDS82 SRGFGFVTYSCVEEVDAAMCARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSVKPGAHLTVKKIFVGGIK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 EDTEEHHLRDYFEEYGKIDTIEIITDRQSGKKRGFGFVTFDDHDPVDKIVLQKYHTINGH
:::::..::::::.::::.:::.. ::::::::::.:::::::: :::::.:::::::::
CCDS82 EDTEEYNLRDYFEKYGKIETIEVMEDRQSGKKRGFAFVTFDDHDTVDKIVVQKYHTINGH
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KE3 NAEVRKALSRQEMQEVQSSRSGRGGNFG-F----GDSRGGGGNFGPGPGSNFRGGSDGYG
: ::.::::.:::: . :.: ::::. : : :. ::::::: : . . ::: : :
CCDS82 NCEVKKALSKQEMQSAGSQR-GRGGGSGNFMGRGGNFGGGGGNFGRGGNFGGRGGYGGGG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE3 SGR----GFGDG-YNGYGGGPGGGNFGGSPGYGGGRGGYGGGGPGYGNQGGGYGGG--YD
.: : ::: :::.:: :::.::.:::.. ::::::::::::::::::::: ::
CCDS82 GGSRGSYGGGDGGYNGFGGD--GGNYGGGPGYSS-RGGYGGGGPGYGNQGGGYGGGGGYD
240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 ------NYGGGNYGSG-NYNDFGNYN-QQPSNYGPMKSGNFGGSRNMGGPYGGGNYGPGG
:.::::::.: ::::::::. :: :::::::.:.::: :. :.::::: :: :
CCDS82 GYNEGGNFGGGNYGGGGNYNDFGNYSGQQQSNYGPMKGGSFGG-RSSGSPYGGG-YGSG-
290 300 310 320 330 340
350
pF1KE3 SGGSGGYGGRSRY
:::::::.:
CCDS82 -GGSGGYGSRRF
350
>>CCDS2273.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2 (378 aa)
initn: 1420 init1: 1154 opt: 1450 Z-score: 745.3 bits: 146.5 E(32554): 3.4e-35
Smith-Waterman score: 1634; 71.1% identity (84.3% similar) in 356 aa overlap (15-350:29-376)
10 20 30 40
pF1KE3 MEKTLETVPLERKKREKEQFRKLFIGGLSFETTEESLRNYYEQWGK
.: ::.:::::::::::::..:::...:.::
CCDS22 MEVKPPPGRPQPDSGRRRRRRGEEGHDPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDDSLREHFEKWGT
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 LTDCVVMRDPASKRSRGFGFVTFSSMAEVDAAMAARPHSIDGRVVEPKRAVAREESGKPG
:::::::::: .::::::::::.: . :::::: ::::..:::::::::::.::.: :::
CCDS22 LTDCVVMRDPQTKRSRGFGFVTYSCVEEVDAAMCARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSVKPG
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 AHVTVKKLFVGGIKEDTEEHHLRDYFEEYGKIDTIEIITDRQSGKKRGFGFVTFDDHDPV
::.::::.:::::::::::..::::::.::::.:::.. ::::::::::.:::::::: :
CCDS22 AHLTVKKIFVGGIKEDTEEYNLRDYFEKYGKIETIEVMEDRQSGKKRGFAFVTFDDHDTV
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 DKIVLQKYHTINGHNAEVRKALSRQEMQEVQSSRSGRGGNFG-F----GDSRGGGGNFGP
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CCDS22 DKIVVQKYHTINGHNCEVKKALSKQEMQSAGSQR-GRGGGSGNFMGRGGNFGGGGGNFGR
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KE3 GPGSNFRGGSDGYGSGR----GFGDG-YNGYGGGPGGGNFGGSPGYGGGRGGYGGGGPGY
: . . ::: : :.: : ::: :::.:: :::.::.:::.. :::::::::::
CCDS22 GGNFGGRGGYGGGGGGSRGSYGGGDGGYNGFGGD--GGNYGGGPGYSS-RGGYGGGGPGY
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320
pF1KE3 GNQGGGYGGG--YD------NYGGGNYGSG-NYNDFGNYN-QQPSNYGPMKSGNFGGSRN
:::::::::: :: :.::::::.: ::::::::. :: :::::::.:.::: :.
CCDS22 GNQGGGYGGGGGYDGYNEGGNFGGGNYGGGGNYNDFGNYSGQQQSNYGPMKGGSFGG-RS
300 310 320 330 340 350
330 340 350
pF1KE3 MGGPYGGGNYGPGGSGGSGGYGGRSRY
:.::::: :: : :::::::.:
CCDS22 SGSPYGGG-YGSG--GGSGGYGSRRF
360 370
>>CCDS44909.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 (372 aa)
initn: 1694 init1: 1173 opt: 1439 Z-score: 740.0 bits: 145.5 E(32554): 6.8e-35
Smith-Waterman score: 1572; 66.5% identity (82.1% similar) in 358 aa overlap (15-351:8-361)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MEKTLETVPLERKKREKEQFRKLFIGGLSFETTEESLRNYYEQWGKLTDCVVMRDPASKR
.: ::.:::::::::::::.::::...:::: :::::::::: .::
CCDS44 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 SRGFGFVTFSSMAEVDAAMAARPHSIDGRVVEPKRAVAREESGKPGAHVTVKKLFVGGIK
::::::::.... :::::: ::::..:::::::::::.::.: .::::.::::.::::::
CCDS44 SRGFGFVTYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 EDTEEHHLRDYFEEYGKIDTIEIITDRQSGKKRGFGFVTFDDHDPVDKIVLQKYHTINGH
:::::::::::::.::::..:::.::: :::::::.:::::::: :::::.:::::.:::
CCDS44 EDTEEHHLRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGH
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KE3 NAEVRKALSRQEMQEVQSSRSGRGGNFGFGDSRGGG--GNFGPGPGSNFRG-----GSDG
: :::::::.::: ..::. ::.:. .:: .:::: :: . : :.:: : :: :
CCDS44 NCEVRKALSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGGFGGNDNFGRGGNFSGRGGFGGSRG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 YGSGRGFGDGYNGYGGGPGGGNFGGSPGYGGGRGGYGGGGPGYGNQGGGYGGG--YDNY-
:. : ::::::.:. : : ::.:::.:: :::.:: ::::::.::::. ::.:
CCDS44 GGGYGGSGDGYNGFGNDGGYG--GGGPGYSGGSRGYGSGGQGYGNQGSGYGGSGSYDSYN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330
pF1KE3 --GGGNYGSGN---------YNDFGNYNQQPSNYGPMKSGNFGGSRNMGGPYGGGNYGPG
:::..:.:. ::::::::.: ::.::::.::::: . ::::::. .
CCDS44 NGGGGGFGGGSGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSS--GPYGGGGQYFA
300 310 320 330 340
340 350
pF1KE3 GSGGSGGYGGRSRY
..::::: :
CCDS44 KPRNQGGYGGSSSSSSYGSGRRF
350 360 370
>>CCDS41793.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 (320 aa)
initn: 1247 init1: 1146 opt: 1276 Z-score: 660.3 bits: 130.5 E(32554): 1.9e-30
Smith-Waterman score: 1412; 64.4% identity (79.8% similar) in 337 aa overlap (15-351:8-309)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MEKTLETVPLERKKREKEQFRKLFIGGLSFETTEESLRNYYEQWGKLTDCVVMRDPASKR
.: ::.:::::::::::::.::::...:::: :::::::::: .::
CCDS41 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 SRGFGFVTFSSMAEVDAAMAARPHSIDGRVVEPKRAVAREESGKPGAHVTVKKLFVGGIK
::::::::.... :::::: ::::..:::::::::::.::.: .::::.::::.::::::
CCDS41 SRGFGFVTYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 EDTEEHHLRDYFEEYGKIDTIEIITDRQSGKKRGFGFVTFDDHDPVDKIVLQKYHTINGH
:::::::::::::.::::..:::.::: :::::::.:::::::: :::::.:::::.:::
CCDS41 EDTEEHHLRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGH
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 NAEVRKALSRQEMQEVQSSRSGRGGNFGFGDSRGGGGNFGPGPGSNFRGGSDGYGSGRGF
: :::::::.::: ..::. ::.:. :::: : :..: ::.:..: : .:
CCDS41 NCEVRKALSKQEMASASSSQRGRSGS----------GNFGGGRGGGF-GGNDNFGRGGNF
180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 GDGYNGYGGGPGGGNFGGSPGYGGGRGGYGGGGPGYGNQGGGYGGGYDNYGGGNYGSGNY
.: :: :::: : ::: :: : : :.::.:...::: :.:
CCDS41 ----SGRGG------FGGSRG-GGGYGGSGDGYNGFGNDGSNFGGG-----------GSY
230 240 250 260
310 320 330 340 350
pF1KE3 NDFGNYNQQPSNYGPMKSGNFGGSRNMGGPYGGGNYGPGGSGGSGGYGGRSRY
:::::::.: ::.::::.::::: . ::::::. . ..::::: :
CCDS41 NDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSS--GPYGGGGQYFAKPRNQGGYGGSSSSSSYGSGR
270 280 290 300 310
CCDS41 RF
320
>>CCDS31980.1 HNRNPA1L2 gene_id:144983|Hs108|chr13 (320 aa)
initn: 1108 init1: 1108 opt: 1242 Z-score: 643.5 bits: 127.4 E(32554): 1.6e-29
Smith-Waterman score: 1371; 63.2% identity (79.0% similar) in 334 aa overlap (15-348:8-306)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MEKTLETVPLERKKREKEQFRKLFIGGLSFETTEESLRNYYEQWGKLTDCVVMRDPASKR
.: ::.:::::::::::::.::::...:::: :::::::::: .::
CCDS31 MSKSASPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 SRGFGFVTFSSMAEVDAAMAARPHSIDGRVVEPKRAVAREESGKPGAHVTVKKLFVGGIK
::::::::.... :::::: . ::..:::::::::::.::.: .::::.::::.::::::
CCDS31 SRGFGFVTYATVEEVDAAMNTTPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 EDTEEHHLRDYFEEYGKIDTIEIITDRQSGKKRGFGFVTFDDHDPVDKIVLQKYHTINGH
:::::::::::::.::::..:::.::: :::::::.:::::::: :::::.:::::..::
CCDS31 EDTEEHHLRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVKGH
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 NAEVRKALSRQEMQEVQSSRSGRGGNFGFGDSRGGGGNFGPGPGSNFRGGSDGYGSGRGF
: :::::: .::: ..::. :: :. :::: : :..: ::.:..: : .:
CCDS31 NCEVRKALPKQEMASASSSQRGRRGS----------GNFGGGRGDGF-GGNDNFGRGGNF
180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 GDGYNGYGGGPGGGNFGGSPGYGGGRGGYGGGGPGYGNQGGGYGGGYDNYGGGNYGSGNY
.: :: :::: : ::: :: : : :.::.:...::: :.:
CCDS31 ----SGRGG------FGGSCG-GGGYGGSGDGYNGFGNDGSNFGGG-----------GSY
230 240 250 260
310 320 330 340 350
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CCDS31 NDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSS--GPYGGGGQYFAKPQNQGGYGVSSSSSSYGSGR
270 280 290 300 310
CCDS31 RF
320
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CCDS41 MENSQLCKLFIGGLNVQTSESGLRGHFEAFGTLTDCVVVVNPQTKR
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CCDS41 SRCFGFVTYSNVEEADAAMAASPHAVDGNTVELKRAVSREDSARPGAHAKVKKLFVGGLK
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CCDS41 GDVAEGDLIEHFSQFGTVEKAEIIADKQSGKKRGFGFVYFQNHDAADKAAVVKFHPIQGH
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CCDS41 RVEVKKAVPKEDIY------SGGGGG-GSRSSRGGRGGRGRG------GGRDQNGLSKGG
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CCDS41 GGGYNSYGGYGGGG--------GGGYNAYGGGGGG------------SSYGGSDYGNG-F
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CCDS41 GGFGSYSQHQSSYGPMKSG--GGGGGGGSSWGGRSNSGPYRGGYGGGGGYGGSSF
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...:. :.:.::::..:....:..:. ..
CCDS34 TGAAAGAGGATAAPPSGNQNGAEGDQINASKNEEDAGKMFVGGLSWDTSKKDLKDYFTKF
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CCDS34 GEVVDCTIKMDPNTGRSRGFGFILFKDAASVEKVLDQKEHRLDGRVIDPKKAMAMKKD--
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CCDS34 P-----VKKIFVGGLNPEATEEKIREYFGEFGEIEAIELPMDPKLNKRRGFVFITFKEEE
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:: :.. .:.::..: . :.. : .. .:. : . .::: : . :. ::.:: : : :
CCDS34 PVKKVLEKKFHTVSGSKCEIKVAQPKEVYQQQQYGSGGRG-NRNRGN-RGSGG--GGGGG
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230 240 250 260 270 280
pF1KE3 SNFRGGSDGYGSGRGFGDGYNGYGGGPGGGNFGGSPGYGGGRGGYGGGGPGYGNQGGGYG
.. .. ..:::. . : ::. : ::: :.. :: :: : : :::: :.
CCDS34 GQSQSWNQGYGNYWNQGYGYQ-QGYGPGYGGYDYSP-YG-----YYGYGPGYD-----YS
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: ::: .. .:. :.. :
CCDS34 QGSTNYGKSQRRGGHQNNYKPY
320 330
>>CCDS3591.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 (336 aa)
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10 20 30
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CCDS35 TQGAAAAAGSGAGTGGGTASGGTEGGSAESEGAKIDASKNEEDE-GKMFIGGLSWDTTKK
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pF1KE3 SLRNYYEQWGKLTDCVVMRDPASKRSRGFGFVTFSSMAEVDAAMAARPHSIDGRVVEPKR
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CCDS35 DLKDYFSKFGEVVDCTLKLDPITGRSRGFGFVLFKESESVDKVMDQKEHKLNGKVIDPKR
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CCDS35 AKAMK-TKEP-----VKKIFVGGLSPDTPEEKIREYFGGFGEVESIELPMDNKTNKRRGF
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CCDS35 CFITFKEEEPVKKIMEKKYHNVGLSKCEIKVAMSKEQYQQ-QQQWGSRGG-FA-GRARGR
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CCDS35 GG----GPSQNWNQGYSNYWN-QGYGNYGYNSQGYGGYGGYDYTGYNNYYG-YGDYSNQQ
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CCDS35 SGYGKVSRRGGHQNSYKPY
320 330
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18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]