Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3411
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3411, 315 aa
1>>>pF1KE3411 315 - 315 aa - 315 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7782+/-0.00133; mu= 2.5429+/- 0.075
mean_var=253.9868+/-60.234, 0's: 0 Z-trim(106.1): 691 B-trim: 75 in 1/49
Lambda= 0.080476
statistics sampled from 7963 (8775) to 7963 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.651), E-opt: 0.2 (0.27), width: 16
Scan time: 2.370
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS33184.1 CDKL4 gene_id:344387|Hs108|chr2 ( 315) 2129 261.0 8.6e-70
CCDS9699.1 CDKL1 gene_id:8814|Hs108|chr14 ( 358) 1534 192.0 5.8e-49
CCDS73637.1 CDKL1 gene_id:8814|Hs108|chr14 ( 276) 1423 179.0 3.8e-45
CCDS3570.1 CDKL2 gene_id:8999|Hs108|chr4 ( 493) 1212 154.8 1.3e-37
CCDS82933.1 CDKL2 gene_id:8999|Hs108|chr4 ( 570) 1212 154.9 1.4e-37
CCDS47265.1 CDKL3 gene_id:51265|Hs108|chr5 ( 455) 1012 131.5 1.2e-30
CCDS47264.1 CDKL3 gene_id:51265|Hs108|chr5 ( 592) 1012 131.7 1.4e-30
CCDS83458.1 CDKL5 gene_id:6792|Hs108|chrX ( 960) 947 124.4 3.5e-28
CCDS14186.1 CDKL5 gene_id:6792|Hs108|chrX (1030) 947 124.4 3.7e-28
CCDS11736.1 CDK3 gene_id:1018|Hs108|chr17 ( 305) 751 101.0 1.2e-21
CCDS44408.1 CDK1 gene_id:983|Hs108|chr10 ( 297) 723 97.7 1.1e-20
CCDS8898.1 CDK2 gene_id:1017|Hs108|chr12 ( 298) 723 97.7 1.2e-20
CCDS47748.1 CDK5 gene_id:1020|Hs108|chr7 ( 292) 713 96.6 2.5e-20
CCDS3999.1 CDK7 gene_id:1022|Hs108|chr5 ( 346) 675 92.3 6e-19
CCDS35060.1 CDK20 gene_id:23552|Hs108|chr9 ( 346) 671 91.8 8.3e-19
CCDS75398.1 MAK gene_id:4117|Hs108|chr6 ( 583) 635 87.9 2.1e-17
CCDS4516.1 MAK gene_id:4117|Hs108|chr6 ( 623) 635 87.9 2.2e-17
CCDS75399.1 MAK gene_id:4117|Hs108|chr6 ( 648) 635 87.9 2.2e-17
CCDS4949.1 ICK gene_id:22858|Hs108|chr6 ( 632) 634 87.8 2.4e-17
CCDS10984.2 CDK10 gene_id:8558|Hs108|chr16 ( 360) 628 86.8 2.7e-17
CCDS6409.2 MAPK15 gene_id:225689|Hs108|chr8 ( 544) 629 87.2 3.2e-17
CCDS53819.1 CDK17 gene_id:5128|Hs108|chr12 ( 523) 624 86.6 4.7e-17
CCDS9061.1 CDK17 gene_id:5128|Hs108|chr12 ( 523) 624 86.6 4.7e-17
CCDS14276.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX ( 496) 620 86.1 6.3e-17
CCDS48101.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX ( 502) 620 86.1 6.3e-17
CCDS55408.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX ( 570) 620 86.1 6.9e-17
CCDS44300.1 CDK18 gene_id:5129|Hs108|chr1 ( 474) 615 85.5 9.2e-17
CCDS1454.1 CDK18 gene_id:5129|Hs108|chr1 ( 504) 615 85.5 9.5e-17
CCDS75627.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7 ( 423) 600 83.7 2.9e-16
CCDS5619.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7 ( 451) 600 83.7 3e-16
CCDS75626.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7 ( 469) 600 83.7 3e-16
CCDS2350.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2 ( 384) 593 82.8 4.7e-16
CCDS58746.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2 ( 400) 593 82.8 4.8e-16
CCDS58747.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2 ( 429) 593 82.8 5.1e-16
CCDS4816.1 MAPK14 gene_id:1432|Hs108|chr6 ( 360) 576 80.8 1.8e-15
CCDS4815.1 MAPK14 gene_id:1432|Hs108|chr6 ( 360) 568 79.9 3.4e-15
CCDS72682.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1 ( 748) 564 79.8 7.4e-15
CCDS44043.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1 ( 770) 564 79.8 7.5e-15
CCDS81254.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1 ( 779) 564 79.8 7.6e-15
CCDS44042.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1 ( 780) 564 79.8 7.6e-15
CCDS72684.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1 ( 782) 564 79.8 7.6e-15
CCDS81253.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1 ( 783) 564 79.8 7.6e-15
CCDS72683.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1 ( 795) 564 79.8 7.7e-15
CCDS5628.1 CDK6 gene_id:1021|Hs108|chr7 ( 326) 542 76.8 2.6e-14
CCDS13795.1 MAPK1 gene_id:5594|Hs108|chr22 ( 360) 538 76.4 3.8e-14
CCDS14089.1 MAPK12 gene_id:6300|Hs108|chr22 ( 367) 538 76.4 3.8e-14
CCDS14090.1 MAPK11 gene_id:5600|Hs108|chr22 ( 364) 533 75.8 5.7e-14
CCDS42149.1 MAPK3 gene_id:5595|Hs108|chr16 ( 357) 529 75.3 7.8e-14
CCDS10672.1 MAPK3 gene_id:5595|Hs108|chr16 ( 379) 529 75.4 8.1e-14
CCDS4817.1 MAPK14 gene_id:1432|Hs108|chr6 ( 307) 526 74.9 9e-14
>>CCDS33184.1 CDKL4 gene_id:344387|Hs108|chr2 (315 aa)
initn: 2129 init1: 2129 opt: 2129 Z-score: 1366.4 bits: 261.0 E(32554): 8.6e-70
Smith-Waterman score: 2129; 100.0% identity (100.0% similar) in 315 aa overlap (1-315:1-315)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MEKYEKLAKTGEGSYGVVFKCRNKTSGQVVAVKKFVESEDDPVVKKIALREIRMLKQLKH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MEKYEKLAKTGEGSYGVVFKCRNKTSGQVVAVKKFVESEDDPVVKKIALREIRMLKQLKH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 PNLVNLIEVFRRKRKMHLVFEYCDHTLLNELERNPNGVADGVIKSVLWQTLQALNFCHIH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PNLVNLIEVFRRKRKMHLVFEYCDHTLLNELERNPNGVADGVIKSVLWQTLQALNFCHIH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 NCIHRDIKPENILITKQGIIKICDFGFAQILIPGDAYTDYVATRWYRAPELLVGDTQYGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 NCIHRDIKPENILITKQGIIKICDFGFAQILIPGDAYTDYVATRWYRAPELLVGDTQYGS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 SVDIWAIGCVFAELLTGQPLWPGKSDVDQLYLIIRTLGKLIPRHQSIFKSNGFFHGISIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SVDIWAIGCVFAELLTGQPLWPGKSDVDQLYLIIRTLGKLIPRHQSIFKSNGFFHGISIP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 EPEDMETLEEKFSDVHPVALNFMKGCLKMNPDDRLTCSQLLESSYFDSFQEAQIKRKARN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EPEDMETLEEKFSDVHPVALNFMKGCLKMNPDDRLTCSQLLESSYFDSFQEAQIKRKARN
250 260 270 280 290 300
310
pF1KE3 EGRNRRRQQVLPLKS
:::::::::::::::
CCDS33 EGRNRRRQQVLPLKS
310
>>CCDS9699.1 CDKL1 gene_id:8814|Hs108|chr14 (358 aa)
initn: 1514 init1: 849 opt: 1534 Z-score: 992.5 bits: 192.0 E(32554): 5.8e-49
Smith-Waterman score: 1534; 70.5% identity (88.7% similar) in 302 aa overlap (1-301:2-303)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MEKYEKLAKTGEGSYGVVFKCRNKTSGQVVAVKKFVESEDDPVVKKIALREIRMLKQLK
::::::..: :::::::::::::. .::.::.:::.:::::::.:::::::::::::::
CCDS96 MMEKYEKIGKIGEGSYGVVFKCRNRDTGQIVAIKKFLESEDDPVIKKIALREIRMLKQLK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 HPNLVNLIEVFRRKRKMHLVFEYCDHTLLNELERNPNGVADGVIKSVLWQTLQALNFCHI
:::::::.:::::::..::::::::::.:.::.: :: . ..::. ::::::.::::
CCDS96 HPNLVNLLEVFRRKRRLHLVFEYCDHTVLHELDRYQRGVPEHLVKSITWQTLQAVNFCHK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 HNCIHRDIKPENILITKQGIIKICDFGFAQILI-PGDAYTDYVATRWYRAPELLVGDTQY
:::::::.:::::::::...::.::::::..: :.: :::::::::::.::::::::::
CCDS96 HNCIHRDVKPENILITKHSVIKLCDFGFARLLTGPSDYYTDYVATRWYRSPELLVGDTQY
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 GSSVDIWAIGCVFAELLTGQPLWPGKSDVDQLYLIIRTLGKLIPRHQSIFKSNGFFHGIS
: ::.:::::::::::.: ::::::::::::::: .::: ::::::..:..: .: :..
CCDS96 GPPVDVWAIGCVFAELLSGVPLWPGKSDVDQLYLIRKTLGDLIPRHQQVFSTNQYFSGVK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 IPEPEDMETLEEKFSDVHPVALNFMKGCLKMNPDDRLTCSQLLESSYFDSFQEAQIKRKA
::.::::: :: :: .. ::...::::.:.: .:::: :::. ::....: . :
CCDS96 IPDPEDMEPLELKFPNISYPALGLLKGCLHMDPTQRLTCEQLLHHPYFENIREIEDLAKE
250 260 270 280 290 300
300 310
pF1KE3 RNEGRNRRRQQVLPLKS
.:.
CCDS96 HNKPTRKTLRKSRKHHCFTETSKLQYLPQLTGSSILPALDNKKYYCDTKKLNYRFPNI
310 320 330 340 350
>>CCDS73637.1 CDKL1 gene_id:8814|Hs108|chr14 (276 aa)
initn: 849 init1: 849 opt: 1423 Z-score: 924.1 bits: 179.0 E(32554): 3.8e-45
Smith-Waterman score: 1423; 74.1% identity (90.6% similar) in 266 aa overlap (1-265:2-267)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MEKYEKLAKTGEGSYGVVFKCRNKTSGQVVAVKKFVESEDDPVVKKIALREIRMLKQLK
::::::..: :::::::::::::. .::.::.:::.:::::::.:::::::::::::::
CCDS73 MMEKYEKIGKIGEGSYGVVFKCRNRDTGQIVAIKKFLESEDDPVIKKIALREIRMLKQLK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 HPNLVNLIEVFRRKRKMHLVFEYCDHTLLNELERNPNGVADGVIKSVLWQTLQALNFCHI
:::::::.:::::::..::::::::::.:.::.: :: . ..::. ::::::.::::
CCDS73 HPNLVNLLEVFRRKRRLHLVFEYCDHTVLHELDRYQRGVPEHLVKSITWQTLQAVNFCHK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 HNCIHRDIKPENILITKQGIIKICDFGFAQILI-PGDAYTDYVATRWYRAPELLVGDTQY
:::::::.:::::::::...::.::::::..: :.: :::::::::::.::::::::::
CCDS73 HNCIHRDVKPENILITKHSVIKLCDFGFARLLTGPSDYYTDYVATRWYRSPELLVGDTQY
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 GSSVDIWAIGCVFAELLTGQPLWPGKSDVDQLYLIIRTLGKLIPRHQSIFKSNGFFHGIS
: ::.:::::::::::.: ::::::::::::::: .::: ::::::..:..: .: :..
CCDS73 GPPVDVWAIGCVFAELLSGVPLWPGKSDVDQLYLIRKTLGDLIPRHQQVFSTNQYFSGVK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 IPEPEDMETLEEKFSDVHPVALNFMKGCLKMNPDDRLTCSQLLESSYFDSFQEAQIKRKA
::.::::: :: :: .. ::...::
CCDS73 IPDPEDMEPLELKFPNISYPALGLLKGRVPIASRTE
250 260 270
>>CCDS3570.1 CDKL2 gene_id:8999|Hs108|chr4 (493 aa)
initn: 1195 init1: 663 opt: 1212 Z-score: 788.9 bits: 154.8 E(32554): 1.3e-37
Smith-Waterman score: 1218; 53.8% identity (82.1% similar) in 318 aa overlap (1-308:1-318)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MEKYEKLAKTGEGSYGVVFKCRNKTSGQVVAVKKFVESEDDPVVKKIALREIRMLKQLKH
:::::.:. .::::::.:.::::: .:..::.:::.::.:: .:::::.:::..::::.:
CCDS35 MEKYENLGLVGEGSYGMVMKCRNKDTGRIVAIKKFLESDDDKMVKKIAMREIKLLKQLRH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 PNLVNLIEVFRRKRKMHLVFEYCDHTLLNELERNPNGVADGVIKSVLWQTLQALNFCHIH
:::::.:: ..:.. .::::. :::.:..:: :::. :... :.: .....::: :
CCDS35 ENLVNLLEVCKKKKRWYLVFEFVDHTILDDLELFPNGLDYQVVQKYLFQIINGIGFCHSH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE3 NCIHRDIKPENILITKQGIIKICDFGFAQILI-PGDAYTDYVATRWYRAPELLVGDTQYG
: :::::::::::....:..:.::::::. : ::..:::::::::::::::::::..::
CCDS35 NIIHRDIKPENILVSQSGVVKLCDFGFARTLAAPGEVYTDYVATRWYRAPELLVGDVKYG
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 SSVDIWAIGCVFAELLTGQPLWPGKSDVDQLYLIIRTLGKLIPRHQSIFKSNGFFHGISI
..::.:::::. .:.. :.::.:: ::.:::: :. ::.:::::: .:..: : :. .
CCDS35 KAVDVWAIGCLVTEMFMGEPLFPGDSDIDQLYHIMMCLGNLIPRHQELFNKNPVFAGVRL
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 PEPEDMETLEEKFSDVHPVALNFMKGCLKMNPDDRLTCSQLLESSYF--DSF-----QEA
:: .. : ::... . :.... : ::...:: : :..::. ..: :.: ::
CCDS35 PEIKEREPLERRYPKLSEVVIDLAKKCLHIDPDKRPFCAELLHHDFFQMDGFAERFSQEL
250 260 270 280 290 300
300 310
pF1KE3 QIK--RKARNEGRNRRRQQVLPLKS
:.: . ::: . ... :
CCDS35 QLKVQKDARNVSLSKKSQNRKKEKEKDDSLVEERKTLVVQDTNADPKIKDYKLFKIKGSK
310 320 330 340 350 360
>>CCDS82933.1 CDKL2 gene_id:8999|Hs108|chr4 (570 aa)
initn: 1195 init1: 663 opt: 1212 Z-score: 788.2 bits: 154.9 E(32554): 1.4e-37
Smith-Waterman score: 1218; 53.8% identity (82.1% similar) in 318 aa overlap (1-308:1-318)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MEKYEKLAKTGEGSYGVVFKCRNKTSGQVVAVKKFVESEDDPVVKKIALREIRMLKQLKH
:::::.:. .::::::.:.::::: .:..::.:::.::.:: .:::::.:::..::::.:
CCDS82 MEKYENLGLVGEGSYGMVMKCRNKDTGRIVAIKKFLESDDDKMVKKIAMREIKLLKQLRH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 PNLVNLIEVFRRKRKMHLVFEYCDHTLLNELERNPNGVADGVIKSVLWQTLQALNFCHIH
:::::.:: ..:.. .::::. :::.:..:: :::. :... :.: .....::: :
CCDS82 ENLVNLLEVCKKKKRWYLVFEFVDHTILDDLELFPNGLDYQVVQKYLFQIINGIGFCHSH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE3 NCIHRDIKPENILITKQGIIKICDFGFAQILI-PGDAYTDYVATRWYRAPELLVGDTQYG
: :::::::::::....:..:.::::::. : ::..:::::::::::::::::::..::
CCDS82 NIIHRDIKPENILVSQSGVVKLCDFGFARTLAAPGEVYTDYVATRWYRAPELLVGDVKYG
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 SSVDIWAIGCVFAELLTGQPLWPGKSDVDQLYLIIRTLGKLIPRHQSIFKSNGFFHGISI
..::.:::::. .:.. :.::.:: ::.:::: :. ::.:::::: .:..: : :. .
CCDS82 KAVDVWAIGCLVTEMFMGEPLFPGDSDIDQLYHIMMCLGNLIPRHQELFNKNPVFAGVRL
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 PEPEDMETLEEKFSDVHPVALNFMKGCLKMNPDDRLTCSQLLESSYF--DSF-----QEA
:: .. : ::... . :.... : ::...:: : :..::. ..: :.: ::
CCDS82 PEIKEREPLERRYPKLSEVVIDLAKKCLHIDPDKRPFCAELLHHDFFQMDGFAERFSQEL
250 260 270 280 290 300
300 310
pF1KE3 QIK--RKARNEGRNRRRQQVLPLKS
:.: . ::: . ... :
CCDS82 QLKVQKDARNVSLSKKSQNRKKEKEKDDSLVEERKTLVVQDTNADPKIKDYKLFKIKGSK
310 320 330 340 350 360
>>CCDS47265.1 CDKL3 gene_id:51265|Hs108|chr5 (455 aa)
initn: 455 init1: 455 opt: 1012 Z-score: 663.8 bits: 131.5 E(32554): 1.2e-30
Smith-Waterman score: 1012; 48.5% identity (79.6% similar) in 309 aa overlap (1-303:1-308)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MEKYEKLAKTGEGSYGVVFKCRNKTSGQVVAVKKFVESEDDPVVKKIALREIRMLKQLKH
:: :: :.:.::::::.:.::..:..::.::.: : : .. : .:::.:::..:::..:
CCDS47 MEMYETLGKVGEGSYGTVMKCKHKNTGQIVAIKIFYERPEQSV-NKIAMREIKFLKQFHH
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 PNLVNLIEVFRRKRKMHLVFEYCDHTLLNELERNPNGVADGVIKSVLWQTLQALNFCHIH
::::::::::.:.:.:::::. :::.:.::.. .:. . ... :.: :.:... : .
CCDS47 ENLVNLIEVFRQKKKIHLVFEFIDHTVLDELQHYCHGLESKRLRKYLFQILRAIDYLHSN
60 70 80 90 100 110
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CCDS47 ENLVNLIEVFRQKKKIHLVFEFIDHTVLDELQHYCHGLESKRLRKYLFQILRAIDYLHSN
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pF1KE3 NCIHRDIKPENILITKQGIIKICDFGFAQILI-PGDAYTDYVATRWYRAPELLVGDTQYG
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CCDS47 NIIHRDIKPENILVSQSGITKLCDFGFARTLAAPGDIYTDYVATRWYRAPELVLKDTSYG
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CCDS47 KPVDIWALGCMIIEMATGNPYLPSSSDLDLLHKIVLKVGNLSPHLQNIFSKSPIFAGVVL
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CCDS47 PQVQHPKNARKKYPKLNGLLADIVHACLQIDPADRISSSDLLHHEYFTRDGFIEKFMPEL
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CCDS47 KAKLLQEAKVNSLIKPKESSKENELRKDERKTVYTNTLLSSSVLGKEIEKEKKPKEIKVR
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CCDS14 -QRLLDRSPSRSAKRKPYHVESSTLSNRNQAGKSTALQSHHRSNSKDIQNLSVGLPRADE
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CCDS11 PNIVRLLDVVHNERKLYLVFEFLSQDLKKYMDSTPGSELPLHLIKSYLFQLLQGVSFCHS
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CCDS11 HRVIHRDLKPQNLLINELGAIKLADFGLARAFGVPLRTYTHEVVTLWYRAPEILLGSKFY
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pF1KE3 GSSVDIWAIGCVFAELLTGQPLWPGKSDVDQLYLIIRTLGKLIPRHQSIFKSNGF--FHG
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CCDS11 TTAVDIWSIGCIFAEMVTRKALFPGDSEIDQLFRIFRMLGT--PSEDTWPGVTQLPDYKG
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CCDS11 -SFPK-WTRKGLEEIVPNLEPEGRDLLMQLLQYDPSQRITAKTALAHPYFSSPEPSPAAR
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CCDS11 QYVLQRFRH
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]