Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3338
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3338, 975 aa
1>>>pF1KE3338 975 - 975 aa - 975 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.6725+/-0.0016; mu= -20.1898+/- 0.095
mean_var=650.5649+/-135.863, 0's: 0 Z-trim(110.8): 136 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.050284
statistics sampled from 11786 (11872) to 11786 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.655), E-opt: 0.2 (0.365), width: 16
Scan time: 4.680
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS35084.1 RNF20 gene_id:56254|Hs108|chr9 ( 975) 6183 464.8 3.7e-130
CCDS55994.1 RNF40 gene_id:9810|Hs108|chr16 ( 901) 1825 148.6 5.1e-35
CCDS10691.1 RNF40 gene_id:9810|Hs108|chr16 (1001) 1804 147.2 1.6e-34
>>CCDS35084.1 RNF20 gene_id:56254|Hs108|chr9 (975 aa)
initn: 6183 init1: 6183 opt: 6183 Z-score: 2450.3 bits: 464.8 E(32554): 3.7e-130
Smith-Waterman score: 6183; 100.0% identity (100.0% similar) in 975 aa overlap (1-975:1-975)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSGIGNKRAAGEPGTSMPPEKKAAVEDSGTTVETIKLGGVSSTEELDIRTLQTKNRKLAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MSGIGNKRAAGEPGTSMPPEKKAAVEDSGTTVETIKLGGVSSTEELDIRTLQTKNRKLAE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 MLDQRQAIEDELREHIEKLERRQATDDASLLIVNRYWSQFDENIRIILKRYDLEQGLGDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MLDQRQAIEDELREHIEKLERRQATDDASLLIVNRYWSQFDENIRIILKRYDLEQGLGDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 LTERKALVVPEPEPDSDSNQERKDDRERGEGQEPAFSFLATLASSSSEEMESQLQERVES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 LTERKALVVPEPEPDSDSNQERKDDRERGEGQEPAFSFLATLASSSSEEMESQLQERVES
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 SRRAVSQIVTVYDKLQEKVELLSRKLNSGDNLIVEEAVQELNSFLAQENMRLQELTDLLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SRRAVSQIVTVYDKLQEKVELLSRKLNSGDNLIVEEAVQELNSFLAQENMRLQELTDLLQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 EKHRTMSQEFSKLQSKVETAESRVSVLESMIDDLQWDIDKIRKREQRLNRHLAEVLERVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 EKHRTMSQEFSKLQSKVETAESRVSVLESMIDDLQWDIDKIRKREQRLNRHLAEVLERVN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 SKGYKVYGAGSSLYGGTITINARKFEEMNAELEENKELAQNRLCELEKLRQDFEEVTTQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SKGYKVYGAGSSLYGGTITINARKFEEMNAELEENKELAQNRLCELEKLRQDFEEVTTQN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 EKLKVELRSAVEQVVKETPEYRCMQSQFSVLYNESLQLKAHLDEARTLLHGTRGTHQHQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 EKLKVELRSAVEQVVKETPEYRCMQSQFSVLYNESLQLKAHLDEARTLLHGTRGTHQHQV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 ELIERDEVSLHKKLRTEVIQLEDTLAQVRKEYEMLRIEFEQTLAANEQAGPINREMRHLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 ELIERDEVSLHKKLRTEVIQLEDTLAQVRKEYEMLRIEFEQTLAANEQAGPINREMRHLI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 SSLQNHNHQLKGEVLRYKRKLREAQSDLNKTRLRSGSALLQSQSSTEDPKDEPAELKPDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SSLQNHNHQLKGEVLRYKRKLREAQSDLNKTRLRSGSALLQSQSSTEDPKDEPAELKPDS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 EDLSSQSSASKASQEDANEIKSKRDEEERERERREKEREREREREKEKEREREKQKLKES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 EDLSSQSSASKASQEDANEIKSKRDEEERERERREKEREREREREKEKEREREKQKLKES
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 EKERDSAKDKEKGKHDDGRKKEAEIIKQLKIELKKAQESQKEMKLLLDMYRSAPKEQRDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 EKERDSAKDKEKGKHDDGRKKEAEIIKQLKIELKKAQESQKEMKLLLDMYRSAPKEQRDK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 VQLMAAEKKSKAELEDLRQRLKDLEDKEKKENKKMADEDALRKIRAVEEQIEYLQKKLAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 VQLMAAEKKSKAELEDLRQRLKDLEDKEKKENKKMADEDALRKIRAVEEQIEYLQKKLAM
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 AKQEEEALLSEMDVTGQAFEDMQEQNIRLMQQLREKDDANFKLMSERIKSNQIHKLLKEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 AKQEEEALLSEMDVTGQAFEDMQEQNIRLMQQLREKDDANFKLMSERIKSNQIHKLLKEE
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE3 KEELADQVLTLKTQVDAQLQVVRKLEEKEHLLQSNIGTGEKELGLRTQALEMNKRKAMEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 KEELADQVLTLKTQVDAQLQVVRKLEEKEHLLQSNIGTGEKELGLRTQALEMNKRKAMEA
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE3 AQLADDLKAQLELAQKKLHDFQDEIVENSVTKEKDMFNFKRAQEDISRLRRKLETTKKPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 AQLADDLKAQLELAQKKLHDFQDEIVENSVTKEKDMFNFKRAQEDISRLRRKLETTKKPD
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE3 NVPKCDEILMEEIKDYKARLTCPCCNMRKKDAVLTKCFHVFCFECVKTRYDTRQRKCPKC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 NVPKCDEILMEEIKDYKARLTCPCCNMRKKDAVLTKCFHVFCFECVKTRYDTRQRKCPKC
910 920 930 940 950 960
970
pF1KE3 NAAFGANDFHRIYIG
:::::::::::::::
CCDS35 NAAFGANDFHRIYIG
970
>>CCDS55994.1 RNF40 gene_id:9810|Hs108|chr16 (901 aa)
initn: 2924 init1: 1767 opt: 1825 Z-score: 742.2 bits: 148.6 E(32554): 5.1e-35
Smith-Waterman score: 3013; 53.2% identity (72.5% similar) in 1005 aa overlap (1-974:1-900)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MSGIGNKRAAGEPGTSMPPEKKAAVEDSGTT--VETIKLGGVSSTEELDIRTLQTKNRKL
::: :::::::. : : ::::: . :.. :: .: :.:::.:::::.:...:: ::.::
CCDS55 MSGPGNKRAAGD-GGSGPPEKKLSREEKTTTTLIEPIRLGGISSTEEMDLKVLQFKNKKL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 AEMLDQRQAIEDELREHIEKLERRQATDDASLLIVNRYWSQFDENIRIILKRYDLEQGLG
:: :.:::: ::::::.:::::.:::::::.::::::::.:.::... .:. .. ::
CCDS55 AERLEQRQACEDELRERIEKLEKRQATDDATLLIVNRYWAQLDETVEALLRCHE-SQGEL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 DLLTERKALV-------VPEPEPDSDSNQERKDDRERGEGQEPAFSFLATLASSSSEEME
. : . .: ::: .. .. . : .:::..:...:..:::::.:
CCDS55 SSAPEAPGTQEGPTCDGTPLPEPGTSELRDPLLMQLRPPLSEPALAFVVALGASSSEEVE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 SQLQERVESSRRAVSQIVTVYDKLQEKVELLSRKLNS-GDNLIVEEAVQELNSFLAQENM
.:: :.: :. :::..: . :.::..:: : ... : ::. . ::.: . :..::
CCDS55 LELQGRMEFSKAAVSRVVEASDRLQRRVEELCQRVYSRGDSEPLSEAAQAHTRELGRENR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 RLQELTDLLQEKHRTMSQEFSKLQSKVETAESRVSVLESMIDDLQWDIDKIRKREQRLNR
:::.:. :::::. .: :.:.::.:: .::..: .:. ..::::::.:.:::::.::.
CCDS55 RLQDLATQLQEKHHRISLEYSELQDKVTSAETKVLEMETTVEDLQWDIEKLRKREQKLNK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 HLAEVLERVNSKGYKVYGAGSSLYGGTITINARKFEEMNAELEENKELAQNRLCELEKLR
::::.::..:: :: : :..:.. :: ::.. .:
CCDS55 HLAEALEQLNS-GYYVSGSSSGFQGGQITLSMQK--------------------------
300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 QDFEEVTTQNEKLKVELRSAVEQVVKETPEYRCMQSQFSVLYNESLQLKAHLDEARTLLH
CCDS55 ------------------------------------------------------------
420 430 440 450 460 470
pF1KE3 GTRGTHQHQVELIERDEVSLHKKLRTEVIQLEDTLAQVRKEYEMLRIEFEQTLAANEQAG
::..:.::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::
CCDS55 --------------SDELGLQKKLRTEVIQLEDTLAQVRKEYEMLRIEFEQNLAANEQAG
340 350 360 370
480 490 500 510 520
pF1KE3 PINREMRHLISSLQNHNHQLKGEVLRYKRKLREAQSDLNKTRLR-SGSALLQSQSSTEDP
::::::::::::::::::::::.. ::::::::.:....: : . :::: .: . :
CCDS55 PINREMRHLISSLQNHNHQLKGDAQRYKRKLREVQAEIGKLRAQASGSA--HSTPNLGHP
380 390 400 410 420 430
530 540 550 560 570
pF1KE3 KDE----PAELK----------PDSEDLSSQ---SSASKASQEDANEIKSKRDEEE-RER
.: :: : ::.. . .... .: . . . :..: .
CCDS55 EDSGVSAPAPGKEEGGPGPVSTPDNRKEMAPVPGTTTTTTSVKKEELVPSEEDFQGITPG
440 450 460 470 480 490
580 590 600 610 620
pF1KE3 ERREKERERERE-REKEKEREREKQKLKESEKERD-SAKDKEKGKHDDGRKKEAEIIKQL
. . : :: : : :.. :::: .: : :.::.: .. ..::.:..: :
CCDS55 AQGPSSRGREPEARPKRELREREGPSLGPPPVASALSRADREKAKVEETKRKESELLKGL
500 510 520 530 540 550
630 640 650 660 670 680
pF1KE3 KIELKKAQESQKEMKLLLDMYRSAPKEQRDKVQLMAAEKKSKAELEDLRQRLKDLEDKEK
. :::::::::::::::::::.::::::::::::::::.:.:::...::.:...::....
CCDS55 RAELKKAQESQKEMKLLLDMYKSAPKEQRDKVQLMAAERKAKAEVDELRSRIRELEERDR
560 570 580 590 600 610
690 700 710 720 730 740
pF1KE3 KENKKMADEDALRKIRAVEEQIEYLQKKLAMAKQEEEALLSEMDVTGQAFEDMQEQNIRL
.:.::.:::::::.:: .:::::.::.::. .::::::::::::::::::::::::: ::
CCDS55 RESKKIADEDALRRIRQAEEQIEHLQRKLGATKQEEEALLSEMDVTGQAFEDMQEQNGRL
620 630 640 650 660 670
750 760 770 780 790 800
pF1KE3 MQQLREKDDANFKLMSERIKSNQIHKLLKEEKEELADQVLTLKTQVDAQLQVVRKLEEKE
.:::::::::::::::::::.:::::::.:::.::..::: ::.:::::: .:.::::::
CCDS55 LQQLREKDDANFKLMSERIKANQIHKLLREEKDELGEQVLGLKSQVDAQLLTVQKLEEKE
680 690 700 710 720 730
810 820 830 840 850 860
pF1KE3 HLLQSNIGTGEKELGLRTQALEMNKRKAMEAAQLADDLKAQLELAQKKLHDFQDEIVENS
. ::...: :::: ::.::::.:::::.::::::.:::.::: .: .:...: ..:.
CCDS55 RALQGSLGGVEKELTLRSQALELNKRKAVEAAQLAEDLKVQLEHVQTRLREIQPCLAESR
740 750 760 770 780 790
870 880 890 900 910 920
pF1KE3 VTKEKDMFNFKRAQEDISRLRRKLETTKKPDNVPKCDEILMEEIKDYKARLTCPCCNMRK
...::. ::.::::::::::::::: .: . ::::.::::.::::::::::: ::
CCDS55 AAREKESFNLKRAQEDISRLRRKLEKQRKVEVYADADEILQEEIKEYKARLTCPCCNTRK
800 810 820 830 840 850
930 940 950 960 970
pF1KE3 KDAVLTKCFHVFCFECVKTRYDTRQRKCPKCNAAFGANDFHRIYIG
:::::::::::::::::. ::..::::::::::::::.:::::::
CCDS55 KDAVLTKCFHVFCFECVRGRYEARQRKCPKCNAAFGAHDFHRIYIS
860 870 880 890 900
>>CCDS10691.1 RNF40 gene_id:9810|Hs108|chr16 (1001 aa)
initn: 3082 init1: 1767 opt: 1804 Z-score: 733.3 bits: 147.2 E(32554): 1.6e-34
Smith-Waterman score: 3581; 58.9% identity (81.0% similar) in 1005 aa overlap (1-974:1-1000)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MSGIGNKRAAGEPGTSMPPEKKAAVEDSGTT--VETIKLGGVSSTEELDIRTLQTKNRKL
::: :::::::. : : ::::: . :.. :: .: :.:::.:::::.:...:: ::.::
CCDS10 MSGPGNKRAAGD-GGSGPPEKKLSREEKTTTTLIEPIRLGGISSTEEMDLKVLQFKNKKL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 AEMLDQRQAIEDELREHIEKLERRQATDDASLLIVNRYWSQFDENIRIILKRYDLEQGLG
:: :.:::: ::::::.:::::.:::::::.::::::::.:.::... .:. .. ::
CCDS10 AERLEQRQACEDELRERIEKLEKRQATDDATLLIVNRYWAQLDETVEALLRCHE-SQGEL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 DLLTERKALV-------VPEPEPDSDSNQERKDDRERGEGQEPAFSFLATLASSSSEEME
. : . .: ::: .. .. . : .:::..:...:..:::::.:
CCDS10 SSAPEAPGTQEGPTCDGTPLPEPGTSELRDPLLMQLRPPLSEPALAFVVALGASSSEEVE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 SQLQERVESSRRAVSQIVTVYDKLQEKVELLSRKLNS-GDNLIVEEAVQELNSFLAQENM
.:: :.: :. :::..: . :.::..:: : ... : ::. . ::.: . :..::
CCDS10 LELQGRMEFSKAAVSRVVEASDRLQRRVEELCQRVYSRGDSEPLSEAAQAHTRELGRENR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 RLQELTDLLQEKHRTMSQEFSKLQSKVETAESRVSVLESMIDDLQWDIDKIRKREQRLNR
:::.:. :::::. .: :.:.::.:: .::..: .:. ..::::::.:.:::::.::.
CCDS10 RLQDLATQLQEKHHRISLEYSELQDKVTSAETKVLEMETTVEDLQWDIEKLRKREQKLNK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 HLAEVLERVNSKGYKVYGAGSSLYGGTITINARKFEEMNAELEENKELAQNRLCELEKLR
::::.::..:: :: : :..:.. :: ::.. .::: .:::::::.:::..:. :::::.
CCDS10 HLAEALEQLNS-GYYVSGSSSGFQGGQITLSMQKFEMLNAELEENQELANSRMAELEKLQ
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 QDFEEVTTQNEKLKVELRSAVEQVVKETPEYRCMQSQFSVLYNESLQLKAHLDEARTLLH
... .. ::.::: ::: :.::.:: ::: .:.:::.:::::::.:..::::: ::
CCDS10 AELQGAVRTNERLKVALRSLPEEVVRETGEYRMLQAQFSLLYNESLQVKTQLDEARGLLL
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE3 GTRGTHQHQVELIERDEVSLHKKLRTEVIQLEDTLAQVRKEYEMLRIEFEQTLAANEQAG
.:...: ...: .: ::..:.::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::
CCDS10 ATKNSHLRHIEHMESDELGLQKKLRTEVIQLEDTLAQVRKEYEMLRIEFEQNLAANEQAG
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520
pF1KE3 PINREMRHLISSLQNHNHQLKGEVLRYKRKLREAQSDLNKTRLR-SGSALLQSQSSTEDP
::::::::::::::::::::::.. ::::::::.:....: : . :::: .: . :
CCDS10 PINREMRHLISSLQNHNHQLKGDAQRYKRKLREVQAEIGKLRAQASGSA--HSTPNLGHP
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570
pF1KE3 KDE----PAELK----------PDSEDLSSQ---SSASKASQEDANEIKSKRDEEE-RER
.: :: : ::.. . .... .: . . . :..: .
CCDS10 EDSGVSAPAPGKEEGGPGPVSTPDNRKEMAPVPGTTTTTTSVKKEELVPSEEDFQGITPG
540 550 560 570 580 590
580 590 600 610 620
pF1KE3 ERREKERERERE-REKEKEREREKQKLKESEKERD-SAKDKEKGKHDDGRKKEAEIIKQL
. . : :: : : :.. :::: .: : :.::.: .. ..::.:..: :
CCDS10 AQGPSSRGREPEARPKRELREREGPSLGPPPVASALSRADREKAKVEETKRKESELLKGL
600 610 620 630 640 650
630 640 650 660 670 680
pF1KE3 KIELKKAQESQKEMKLLLDMYRSAPKEQRDKVQLMAAEKKSKAELEDLRQRLKDLEDKEK
. :::::::::::::::::::.::::::::::::::::.:.:::...::.:...::....
CCDS10 RAELKKAQESQKEMKLLLDMYKSAPKEQRDKVQLMAAERKAKAEVDELRSRIRELEERDR
660 670 680 690 700 710
690 700 710 720 730 740
pF1KE3 KENKKMADEDALRKIRAVEEQIEYLQKKLAMAKQEEEALLSEMDVTGQAFEDMQEQNIRL
.:.::.:::::::.:: .:::::.::.::. .::::::::::::::::::::::::: ::
CCDS10 RESKKIADEDALRRIRQAEEQIEHLQRKLGATKQEEEALLSEMDVTGQAFEDMQEQNGRL
720 730 740 750 760 770
750 760 770 780 790 800
pF1KE3 MQQLREKDDANFKLMSERIKSNQIHKLLKEEKEELADQVLTLKTQVDAQLQVVRKLEEKE
.:::::::::::::::::::.:::::::.:::.::..::: ::.:::::: .:.::::::
CCDS10 LQQLREKDDANFKLMSERIKANQIHKLLREEKDELGEQVLGLKSQVDAQLLTVQKLEEKE
780 790 800 810 820 830
810 820 830 840 850 860
pF1KE3 HLLQSNIGTGEKELGLRTQALEMNKRKAMEAAQLADDLKAQLELAQKKLHDFQDEIVENS
. ::...: :::: ::.::::.:::::.::::::.:::.::: .: .:...: ..:.
CCDS10 RALQGSLGGVEKELTLRSQALELNKRKAVEAAQLAEDLKVQLEHVQTRLREIQPCLAESR
840 850 860 870 880 890
870 880 890 900 910 920
pF1KE3 VTKEKDMFNFKRAQEDISRLRRKLETTKKPDNVPKCDEILMEEIKDYKARLTCPCCNMRK
...::. ::.::::::::::::::: .: . ::::.::::.::::::::::: ::
CCDS10 AAREKESFNLKRAQEDISRLRRKLEKQRKVEVYADADEILQEEIKEYKARLTCPCCNTRK
900 910 920 930 940 950
930 940 950 960 970
pF1KE3 KDAVLTKCFHVFCFECVKTRYDTRQRKCPKCNAAFGANDFHRIYIG
:::::::::::::::::. ::..::::::::::::::.:::::::
CCDS10 KDAVLTKCFHVFCFECVRGRYEARQRKCPKCNAAFGAHDFHRIYIS
960 970 980 990 1000
975 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 05:53:58 2016 done: Sun Nov 6 05:53:59 2016
Total Scan time: 4.680 Total Display time: 0.090
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]