Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3323
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3323, 917 aa
1>>>pF1KE3323 917 - 917 aa - 917 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.1774+/-0.000422; mu= 6.7031+/- 0.027
mean_var=267.3867+/-54.878, 0's: 0 Z-trim(120.8): 12 B-trim: 968 in 1/54
Lambda= 0.078434
statistics sampled from 36411 (36423) to 36411 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.734), E-opt: 0.2 (0.427), width: 16
Scan time: 15.700
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001188263 (OMIM: 189901) GC-rich sequence DNA-b ( 612) 1170 146.1 4.9e-34
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NP_003194 (OMIM: 189901) GC-rich sequence DNA-bind ( 781) 1170 146.2 5.8e-34
XP_005264577 (OMIM: 189901) PREDICTED: GC-rich seq ( 789) 1170 146.2 5.9e-34
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XP_016860276 (OMIM: 189901) PREDICTED: GC-rich seq ( 424) 300 47.5 0.00016
XP_011531377 (OMIM: 189901) PREDICTED: GC-rich seq ( 424) 300 47.5 0.00016
>>NP_001188263 (OMIM: 189901) GC-rich sequence DNA-bindi (612 aa)
initn: 1328 init1: 550 opt: 1170 Z-score: 732.0 bits: 146.1 E(85289): 4.9e-34
Smith-Waterman score: 1338; 34.7% identity (68.6% similar) in 663 aa overlap (255-915:3-610)
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 IHAARKKRQMARELGDFTPHDNEPGKGRLVREDENDASDDEDDDEKRRIVFSVKEKSQRQ
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NP_001 MKRESEDDP-ESEPDDHEKRIPFTLRPQTLRQ
10 20 30
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 KIAEEIGIEGSDDDALVTGEQDEELSRWEQEQIRKGINIPQVQASQPAEVNMYYQNTYQT
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NP_001 RMAEE-SI-SRNEETSEESQEDEKQDTWEQQQMRKAVKIIEER-----DIDLSCGN----
40 50 60 70 80
350 360 370 380 390 400
pF1KE3 MPYGSSYGIPYSYTAYGSSDAKSQKTDNTVPFKTPSNEMTPVTIDLVKKQLKDRLDSMKE
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NP_001 ---GSS---------------KVKKFDTSISF--P-----PVNLEIIKKQLNTRLTLLQE
90 100 110
410 420 430 440 450 460
pF1KE3 LHKTNRQQHEKHLQSRVDSTRAIERLEGSSGGIGERYKFLQEMRGYVQDLLECFSEKVPL
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NP_001 THRSHLREYEKYVQDVKSSKSTIQNLESSSNQ-ALNCKFYKSMKIYVENLIDCLNEKIIN
120 130 140 150 160 170
470 480 490 500 510 520
pF1KE3 INELESAIHQLYKQRASRLVQRRQDDIKDESSEFSSHSNKALMAPNLDSFGRDRALYQEH
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NP_001 IQEIESSMHALLLKQAMTFMKRRQDELKHESTYLQQLSRKDETSTS-GNFSVD-----EK
180 190 200 210 220
530 540 550 560 570 580
pF1KE3 AKRRIAEREARRTRRRQAREQTGKMADHLEGLSSDDEETSTDITNFNLEKDRISKESGKV
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NP_001 TQWILEEIESRRTKRRQARVLSGN-CNHQEGTSSDDELPSAEMIDFQKSQGDILQKQKKV
230 240 250 260 270 280
590 600 610 620 630 640
pF1KE3 FEDVLESFYSIDCIKSQFEAWRSKYYTSYKDAYIGLCLPKLFNPLIRLQLLTWTPLEAKC
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NP_001 FEEVQDDFCNIQNILLKFQQWREKFPDSYYEAFISLCIPKLLNPLIRVQLIDWNPLKLES
290 300 310 320 330 340
650 660 670 680 690 700
pF1KE3 RDFENMLWFESLLFY--GCEEREQEKDDVDVALLPTIVEKVILPKLTVIAENMWDPFSTT
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NP_001 TGLKEMPWFKSVEEFMDSSVEDSKKESSSDKKVLSAIINKTIIPRLTDFVEFLWDPLSTS
350 360 370 380 390 400
710 720 730 740 750 760
pF1KE3 QTSRMVGITLKLINGYPSVVNAENKNTQVYLKALLLRMRRTLDDDVFMPLYPKNVLENKN
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NP_001 QTTSLITHCRVILEEHSTCENEVSKSRQDLLKSIVSRMKKAVEDDVFIPLYPKSAVENKT
410 420 430 440 450 460
770 780 790 800 810 820
pF1KE3 SGPYLFFQRQFWSSVKLLGNFLQWYGIFSNKTLQELSIDGLLNRYILMAFQNSEYGDDSI
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NP_001 SPHSKFQERQFWSGLKLFRNILLWNGLLTDDTLQELGLGKLLNRYLIIALLNATPGPDVV
470 480 490 500 510 520
830 840 850 860 870 880
pF1KE3 KKAQNVINCFPKQWFMNLKGERTISQLENFCRYLVHLADTIYRNSIGCSDVEKRNARENI
:: ..: :.:..:: : . .: ::::: ..:.. : . :. . :...
NP_001 KKCNQVAACLPEKWFENSAMRTSIPQLENFIQFLLQSAHKLSRSEF----------RDEV
530 540 550 560 570
890 900 910
pF1KE3 KQIVKLLASVRALDHAMSVASDHNVKEFKSLIEGK
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NP_001 EEIILILVKIKALNQAESFIGEHHLDHLKSLIKED
580 590 600 610
>>XP_011531376 (OMIM: 189901) PREDICTED: GC-rich sequenc (706 aa)
initn: 1309 init1: 550 opt: 1170 Z-score: 731.2 bits: 146.2 E(85289): 5.4e-34
Smith-Waterman score: 1277; 32.3% identity (64.3% similar) in 753 aa overlap (170-915:15-704)
140 150 160 170 180 190
pF1KE3 KEDLEKSKIKTELNSSAESEQPLDKTGHVKDTNQEDGVIIS--EHGED-EMDMESEKEEE
:... ::. : : : :. . . :::
XP_011 MAHRPKRTFRQRAADSSDSDGAEESPAEPGAPRELPVPGSAEEE
10 20 30 40
200 210 220 230 240 250
pF1KE3 KPKTGGAFSNALSSLNVLRPGEIPDAAFIHAARKKRQMARELGDFTPHDNEPGKGRL--V
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XP_011 PPSGGGRAQVAGLPHRVRGPR---GRGRVWASSRRATKA------APRADEGSESRTLDV
50 60 70 80 90
260 270 280 290 300 310
pF1KE3 REDENDASDDEDDDEKRRIVFSVKEKSQRQKIAEEIGIEGSDDDALVTGEQDEELSRWEQ
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XP_011 STDEEDKIHHSSESKDDQGLSSDSSSSLGEK--ELSSTVSRNEETSEESQEDEKQDTWEQ
100 110 120 130 140 150
320 330 340 350 360 370
pF1KE3 EQIRKGINIPQVQASQPAEVNMYYQNTYQTMPYGSSYGIPYSYTAYGSSDAKSQKTDNTV
.:.::...: . . .... : ::: : .: :...
XP_011 QQMRKAVKIIEER-----DIDLSCGN-------GSS---------------KVKKFDTSI
160 170 180
380 390 400 410 420 430
pF1KE3 PFKTPSNEMTPVTIDLVKKQLKDRLDSMKELHKTNRQQHEKHLQSRVDSTRAIERLEGSS
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XP_011 SF--P-----PVNLEIIKKQLNTRLTLLQETHRSHLREYEKYVQDVKSSKSTIQNLESSS
190 200 210 220 230
440 450 460 470 480 490
pF1KE3 GGIGERYKFLQEMRGYVQDLLECFSEKVPLINELESAIHQLYKQRASRLVQRRQDDIKDE
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XP_011 NQ-ALNCKFYKSMKIYVENLIDCLNEKIINIQEIESSMHALLLKQAMTFMKRRQDELKHE
240 250 260 270 280 290
500 510 520 530 540 550
pF1KE3 SSEFSSHSNKALMAPNLDSFGRDRALYQEHAKRRIAEREARRTRRRQAREQTGKMADHLE
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XP_011 STYLQQLSRKDETSTS-GNFSVD-----EKTQWILEEIESRRTKRRQARVLSGN-CNHQE
300 310 320 330 340 350
560 570 580 590 600 610
pF1KE3 GLSSDDEETSTDITNFNLEKDRISKESGKVFEDVLESFYSIDCIKSQFEAWRSKYYTSYK
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XP_011 GTSSDDELPSAEMIDFQKSQGDILQKQKKVFEEVQDDFCNIQNILLKFQQWREKFPDSYY
360 370 380 390 400 410
620 630 640 650 660 670
pF1KE3 DAYIGLCLPKLFNPLIRLQLLTWTPLEAKCRDFENMLWFESLLFY--GCEEREQEKDDVD
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XP_011 EAFISLCIPKLLNPLIRVQLIDWNPLKLESTGLKEMPWFKSVEEFMDSSVEDSKKESSSD
420 430 440 450 460 470
680 690 700 710 720 730
pF1KE3 VALLPTIVEKVILPKLTVIAENMWDPFSTTQTSRMVGITLKLINGYPSVVNAENKNTQVY
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XP_011 KKVLSAIINKTIIPRLTDFVEFLWDPLSTSQTTSLITHCRVILEEHSTCENEVSKSRQDL
480 490 500 510 520 530
740 750 760 770 780 790
pF1KE3 LKALLLRMRRTLDDDVFMPLYPKNVLENKNSGPYLFFQRQFWSSVKLLGNFLQWYGIFSN
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XP_011 LKSIVSRMKKAVEDDVFIPLYPKSAVENKTSPHSKFQERQFWSGLKLFRNILLWNGLLTD
540 550 560 570 580 590
800 810 820 830 840 850
pF1KE3 KTLQELSIDGLLNRYILMAFQNSEYGDDSIKKAQNVINCFPKQWFMNLKGERTISQLENF
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XP_011 DTLQELGLGKLLNRYLIIALLNATPGPDVVKKCNQVAACLPEKWFENSAMRTSIPQLENF
600 610 620 630 640 650
860 870 880 890 900 910
pF1KE3 CRYLVHLADTIYRNSIGCSDVEKRNARENIKQIVKLLASVRALDHAMSVASDHNVKEFKS
..:.. : . :. . :.....:. .:....::..: : ..:.. ..::
XP_011 IQFLLQSAHKLSRSEF----------RDEVEEIILILVKIKALNQAESFIGEHHLDHLKS
660 670 680 690 700
pF1KE3 LIEGK
::.
XP_011 LIKED
>>NP_003194 (OMIM: 189901) GC-rich sequence DNA-binding (781 aa)
initn: 1483 init1: 550 opt: 1170 Z-score: 730.7 bits: 146.2 E(85289): 5.8e-34
Smith-Waterman score: 1447; 33.9% identity (68.0% similar) in 741 aa overlap (179-915:95-779)
150 160 170 180 190 200
pF1KE3 KTELNSSAESEQPLDKTGHVKDTNQEDGVIISEHGEDEMDMESEKEEEKPKTGGAFSNAL
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NP_003 RGRGRVWASSRRATKAAPRADEGSESRTLDVSTDEEDKIHHSSESKDDQGLSSDS-SSSL
70 80 90 100 110 120
210 220 230 240 250 260
pF1KE3 SSLNVLRPGEIPDAAFIHAARKKRQMARELGDFTPHD--NEPGKGRLVREDENDASDDED
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NP_003 GEKELSSTVKIPDAAFIQAARRKRELARAQDDYISLDVQHTSSISGMKRESEDDPESEPD
130 140 150 160 170 180
270 280 290 300 310 320
pF1KE3 DDEKRRIVFSVKEKSQRQKIAEEIGIEGSDDDALVTGEQDEELSRWEQEQIRKGINIPQV
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NP_003 DHEKR-IPFTLRPQTLRQRMAEE-SI-SRNEETSEESQEDEKQDTWEQQQMRKAVKIIEE
190 200 210 220 230 240
330 340 350 360 370 380
pF1KE3 QASQPAEVNMYYQNTYQTMPYGSSYGIPYSYTAYGSSDAKSQKTDNTVPFKTPSNEMTPV
. .... . :....: .: :... : : ::
NP_003 R-----DIDL----------------------SCGNGSSKVKKFDTSISF--P-----PV
250 260
390 400 410 420 430 440
pF1KE3 TIDLVKKQLKDRLDSMKELHKTNRQQHEKHLQSRVDSTRAIERLEGSSGGIGERYKFLQE
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NP_003 NLEIIKKQLNTRLTLLQETHRSHLREYEKYVQDVKSSKSTIQNLESSSNQ-ALNCKFYKS
270 280 290 300 310 320
450 460 470 480 490 500
pF1KE3 MRGYVQDLLECFSEKVPLINELESAIHQLYKQRASRLVQRRQDDIKDESSEFSSHSNKAL
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NP_003 MKIYVENLIDCLNEKIINIQEIESSMHALLLKQAMTFMKRRQDELKHESTYLQQLSRKDE
330 340 350 360 370 380
510 520 530 540 550 560
pF1KE3 MAPNLDSFGRDRALYQEHAKRRIAEREARRTRRRQAREQTGKMADHLEGLSSDDEETSTD
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NP_003 TSTS-GNFSVD-----EKTQWILEEIESRRTKRRQARVLSGN-CNHQEGTSSDDELPSAE
390 400 410 420 430
570 580 590 600 610 620
pF1KE3 ITNFNLEKDRISKESGKVFEDVLESFYSIDCIKSQFEAWRSKYYTSYKDAYIGLCLPKLF
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NP_003 MIDFQKSQGDILQKQKKVFEEVQDDFCNIQNILLKFQQWREKFPDSYYEAFISLCIPKLL
440 450 460 470 480 490
630 640 650 660 670 680
pF1KE3 NPLIRLQLLTWTPLEAKCRDFENMLWFESLLFY--GCEEREQEKDDVDVALLPTIVEKVI
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NP_003 NPLIRVQLIDWNPLKLESTGLKEMPWFKSVEEFMDSSVEDSKKESSSDKKVLSAIINKTI
500 510 520 530 540 550
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pF1KE3 LPKLTVIAENMWDPFSTTQTSRMVGITLKLINGYPSVVNAENKNTQVYLKALLLRMRRTL
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NP_003 IPRLTDFVEFLWDPLSTSQTTSLITHCRVILEEHSTCENEVSKSRQDLLKSIVSRMKKAV
560 570 580 590 600 610
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pF1KE3 DDDVFMPLYPKNVLENKNSGPYLFFQRQFWSSVKLLGNFLQWYGIFSNKTLQELSIDGLL
.::::.:::::...:::.: : .:::::..::. :.: : :.... :::::.. ::
NP_003 EDDVFIPLYPKSAVENKTSPHSKFQERQFWSGLKLFRNILLWNGLLTDDTLQELGLGKLL
620 630 640 650 660 670
810 820 830 840 850 860
pF1KE3 NRYILMAFQNSEYGDDSIKKAQNVINCFPKQWFMNLKGERTISQLENFCRYLVHLADTIY
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NP_003 NRYLIIALLNATPGPDVVKKCNQVAACLPEKWFENSAMRTSIPQLENFIQFLLQSAHKLS
680 690 700 710 720 730
870 880 890 900 910
pF1KE3 RNSIGCSDVEKRNARENIKQIVKLLASVRALDHAMSVASDHNVKEFKSLIEGK
:. . :.....:. .:....::..: : ..:.. ..::::.
NP_003 RSEF----------RDEVEEIILILVKIKALNQAESFIGEHHLDHLKSLIKED
740 750 760 770 780
>>XP_005264577 (OMIM: 189901) PREDICTED: GC-rich sequenc (789 aa)
initn: 1483 init1: 550 opt: 1170 Z-score: 730.6 bits: 146.2 E(85289): 5.9e-34
Smith-Waterman score: 1445; 34.3% identity (67.9% similar) in 750 aa overlap (171-915:97-787)
150 160 170 180 190 200
pF1KE3 EDLEKSKIKTELNSSAESEQPLDKTGHVKDTNQEDGVIISEHGEDEMDMESEKEEEKPKT
:..:: . : ...:.. . :.. .
XP_005 RGRVWASSRRATKAAPRADEGSESRTLDVSTDEEDKIHHSSESKDDQGLSSDSSSSLGEK
70 80 90 100 110 120
210 220 230 240 250
pF1KE3 GGAFSNALSSLNVLRPG-EIPDAAFIHAARKKRQMARELGDFTPHD--NEPGKGRLVRED
.:...:: : :. .:::::::.:::.::..:: :. : . . . . ::.
XP_005 --ELSSTVSS--SLFPSVKIPDAAFIQAARRKRELARAQDDYISLDVQHTSSISGMKRES
130 140 150 160 170 180
260 270 280 290 300 310
pF1KE3 ENDASDDEDDDEKRRIVFSVKEKSQRQKIAEEIGIEGSDDDALVTGEQDEELSRWEQEQI
:.: ..: ::...:: :... .. ::..::: .: . .... ...::. . :::.:.
XP_005 EDDP-ESEPDDHEKRIPFTLRPQTLRQRMAEE-SI-SRNEETSEESQEDEKQDTWEQQQM
190 200 210 220 230
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pF1KE3 RKGINIPQVQASQPAEVNMYYQNTYQTMPYGSSYGIPYSYTAYGSSDAKSQKTDNTVPFK
::...: . . .... : ::: : .: :... :
XP_005 RKAVKIIEER-----DIDLSCGN-------GSS---------------KVKKFDTSISF-
240 250 260 270
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pF1KE3 TPSNEMTPVTIDLVKKQLKDRLDSMKELHKTNRQQHEKHLQSRVDSTRAIERLEGSSGGI
: ::.....::::. :: ..: :... ...::..:. .: .:. ::.::.
XP_005 -P-----PVNLEIIKKQLNTRLTLLQETHRSHLREYEKYVQDVKSSKSTIQNLESSSNQ-
280 290 300 310 320
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pF1KE3 GERYKFLQEMRGYVQDLLECFSEKVPLINELESAIHQLYKQRASRLVQRRQDDIKDESSE
. :: . :. ::..:..:..::. :.:.::..: : ..: ...::::..: ::.
XP_005 ALNCKFYKSMKIYVENLIDCLNEKIINIQEIESSMHALLLKQAMTFMKRRQDELKHESTY
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pF1KE3 FSSHSNKALMAPNLDSFGRDRALYQEHAKRRIAEREARRTRRRQAREQTGKMADHLEGLS
... : : . . .:. : :... . : :.:::.::::: .:. .: :: :
XP_005 LQQLSRKDETSTS-GNFSVD-----EKTQWILEEIESRRTKRRQARVLSGN-CNHQEGTS
390 400 410 420 430
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pF1KE3 SDDEETSTDITNFNLEKDRISKESGKVFEDVLESFYSIDCIKSQFEAWRSKYYTSYKDAY
:::: :... .:. . : ... ::::.: ..: .:. : .:. :: :. :: .:.
XP_005 SDDELPSAEMIDFQKSQGDILQKQKKVFEEVQDDFCNIQNILLKFQQWREKFPDSYYEAF
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pF1KE3 IGLCLPKLFNPLIRLQLLTWTPLEAKCRDFENMLWFESLLFY--GCEEREQEKDDVDVAL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]