Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3305
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3305, 796 aa
1>>>pF1KE3305 796 - 796 aa - 796 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7543+/-0.00061; mu= 13.3884+/- 0.037
mean_var=127.8539+/-28.086, 0's: 0 Z-trim(107.8): 291 B-trim: 602 in 1/53
Lambda= 0.113427
statistics sampled from 15577 (15911) to 15577 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.508), E-opt: 0.2 (0.187), width: 16
Scan time: 11.210
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011511916 (OMIM: 605403) PREDICTED: toll-like r ( 796) 5261 873.9 0
XP_011511914 (OMIM: 605403) PREDICTED: toll-like r ( 796) 5261 873.9 0
NP_006059 (OMIM: 605403) toll-like receptor 6 prec ( 796) 5261 873.9 0
XP_005262694 (OMIM: 605403) PREDICTED: toll-like r ( 796) 5261 873.9 0
XP_011511915 (OMIM: 605403) PREDICTED: toll-like r ( 796) 5261 873.9 0
XP_011512047 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 3649 610.1 1.2e-173
XP_016864060 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 3649 610.1 1.2e-173
XP_016864061 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 3649 610.1 1.2e-173
NP_003254 (OMIM: 601194,613223) toll-like receptor ( 786) 3649 610.1 1.2e-173
XP_005262719 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 3649 610.1 1.2e-173
XP_011512045 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 3649 610.1 1.2e-173
XP_011512046 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 3649 610.1 1.2e-173
XP_011512044 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 3649 610.1 1.2e-173
XP_011512064 (OMIM: 606270) PREDICTED: toll-like r ( 811) 2475 418.0 8.3e-116
NP_001017388 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 ( 811) 2475 418.0 8.3e-116
NP_112218 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 iso ( 811) 2475 418.0 8.3e-116
NP_001182036 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 ( 811) 2475 418.0 8.3e-116
NP_001182035 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 ( 811) 2475 418.0 8.3e-116
XP_011512063 (OMIM: 606270) PREDICTED: toll-like r ( 811) 2475 418.0 8.3e-116
NP_001182037 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 ( 797) 2459 415.3 5e-115
XP_011512062 (OMIM: 606270) PREDICTED: toll-like r ( 797) 2459 415.3 5e-115
NP_001305719 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 1174 205.1 9.9e-52
XP_016864063 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 1174 205.1 9.9e-52
XP_016864064 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 1174 205.1 9.9e-52
NP_001305720 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 1174 205.1 9.9e-52
XP_016864062 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 1174 205.1 9.9e-52
NP_003255 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-like r ( 784) 1174 205.1 9.9e-52
XP_016864065 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 1174 205.1 9.9e-52
XP_011530517 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 1174 205.1 9.9e-52
NP_001305725 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 1174 205.1 9.9e-52
NP_001305724 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 1174 205.1 9.9e-52
NP_001305716 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 1174 205.1 9.9e-52
NP_001305722 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 1174 205.1 9.9e-52
XP_011530518 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 1174 205.1 9.9e-52
NP_001305718 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 1174 205.1 9.9e-52
NP_619542 (OMIM: 300366) toll-like receptor 8 isof (1041) 487 92.7 8.6e-18
XP_011543832 (OMIM: 300366) PREDICTED: toll-like r (1059) 487 92.7 8.7e-18
NP_057694 (OMIM: 300366) toll-like receptor 8 isof (1059) 487 92.7 8.7e-18
XP_011543831 (OMIM: 300366) PREDICTED: toll-like r (1059) 487 92.7 8.7e-18
NP_057646 (OMIM: 300365) toll-like receptor 7 prec (1049) 443 85.5 1.3e-15
NP_003257 (OMIM: 603030,611488) toll-like receptor ( 799) 425 82.5 7.9e-15
NP_612564 (OMIM: 603030,611488) toll-like receptor ( 839) 425 82.5 8.2e-15
XP_016864066 (OMIM: 603029,609423) PREDICTED: toll ( 627) 414 80.6 2.3e-14
XP_016857697 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 406 79.4 7.2e-14
XP_005273299 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 406 79.4 7.2e-14
XP_005273298 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 406 79.4 7.2e-14
XP_005273300 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 406 79.4 7.2e-14
XP_006711568 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 406 79.4 7.2e-14
XP_006711569 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 406 79.4 7.2e-14
XP_006711567 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 406 79.4 7.2e-14
>>XP_011511916 (OMIM: 605403) PREDICTED: toll-like recep (796 aa)
initn: 5261 init1: 5261 opt: 5261 Z-score: 4664.1 bits: 873.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5261; 99.9% identity (99.9% similar) in 796 aa overlap (1-796:1-796)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MTKDKEPIVKSFHFVCLMIIIVGTRIQFSDGNEFAVDKSKRGLIHVPKDLPLKTKVLDMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MTKDKEPIVKSFHFVCLMIIIVGTRIQFSDGNEFAVDKSKRGLIHVPKDLPLKTKVLDMS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 QNYIAELQVSDMSFLSELTVLRLSHNRIQLLDLSVFKFNQDLEYLDLSHNQLQKISCHPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QNYIAELQVSDMSFLSELTVLRLSHNRIQLLDLSVFKFNQDLEYLDLSHNQLQKISCHPI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 VSFRHLDLSFNDFKALPICKEFGNLSQLNFLGLSAMKLQKLDLLPIAHLHLSYILLDLRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VSFRHLDLSFNDFKALPICKEFGNLSQLNFLGLSAMKLQKLDLLPIAHLHLSYILLDLRN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 YYIKENETESLQILNAKTLHLVFHPTSLFAIQVNISVNTLGCLQLTNIKLNDDNCQVFIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YYIKENETESLQILNAKTLHLVFHPTSLFAIQVNISVNTLGCLQLTNIKLNDDNCQVFIK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 FLSELTRGPTLLNFTLNHIETTWKCLVRVFQFLWPKPVEYLNIYNLTIIESIREEDFTYS
:::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FLSELTRGSTLLNFTLNHIETTWKCLVRVFQFLWPKPVEYLNIYNLTIIESIREEDFTYS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 KTTLKALTIEHITNQVFLFSQTALYTVFSEMNIMMLTISDTPFIHMLCPHAPSTFKFLNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KTTLKALTIEHITNQVFLFSQTALYTVFSEMNIMMLTISDTPFIHMLCPHAPSTFKFLNF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 TQNVFTDSIFEKCSTLVKLETLILQKNGLKDLFKVGLMTKDMPSLEILDVSWNSLESGRH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TQNVFTDSIFEKCSTLVKLETLILQKNGLKDLFKVGLMTKDMPSLEILDVSWNSLESGRH
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 KENCTWVESIVVLNLSSNMLTDSVFRCLPPRIKVLDLHSNKIKSVPKQVVKLEALQELNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KENCTWVESIVVLNLSSNMLTDSVFRCLPPRIKVLDLHSNKIKSVPKQVVKLEALQELNV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 AFNSLTDLPGCGSFSSLSVLIIDHNSVSHPSADFFQSCQKMRSIKAGDNPFQCTCELREF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AFNSLTDLPGCGSFSSLSVLIIDHNSVSHPSADFFQSCQKMRSIKAGDNPFQCTCELREF
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 VKNIDQVSSEVLEGWPDSYKCDYPESYRGSPLKDFHMSELSCNITLLIVTIGATMLVLAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VKNIDQVSSEVLEGWPDSYKCDYPESYRGSPLKDFHMSELSCNITLLIVTIGATMLVLAV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 TVTSLCIYLDLPWYLRMVCQWTQTRRRARNIPLEELQRNLQFHAFISYSEHDSAWVKSEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TVTSLCIYLDLPWYLRMVCQWTQTRRRARNIPLEELQRNLQFHAFISYSEHDSAWVKSEL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 VPYLEKEDIQICLHERNFVPGKSIVENIINCIEKSYKSIFVLSPNFVQSEWCHYELYFAH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VPYLEKEDIQICLHERNFVPGKSIVENIINCIEKSYKSIFVLSPNFVQSEWCHYELYFAH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 HNLFHEGSNNLILILLEPIPQNSIPNKYHKLKALMTQRTYLQWPKEKSKRGLFWANIRAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 HNLFHEGSNNLILILLEPIPQNSIPNKYHKLKALMTQRTYLQWPKEKSKRGLFWANIRAA
730 740 750 760 770 780
790
pF1KE3 FNMKLTLVTENNDVKS
::::::::::::::::
XP_011 FNMKLTLVTENNDVKS
790
>>XP_011511914 (OMIM: 605403) PREDICTED: toll-like recep (796 aa)
initn: 5261 init1: 5261 opt: 5261 Z-score: 4664.1 bits: 873.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5261; 99.9% identity (99.9% similar) in 796 aa overlap (1-796:1-796)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MTKDKEPIVKSFHFVCLMIIIVGTRIQFSDGNEFAVDKSKRGLIHVPKDLPLKTKVLDMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MTKDKEPIVKSFHFVCLMIIIVGTRIQFSDGNEFAVDKSKRGLIHVPKDLPLKTKVLDMS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 QNYIAELQVSDMSFLSELTVLRLSHNRIQLLDLSVFKFNQDLEYLDLSHNQLQKISCHPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QNYIAELQVSDMSFLSELTVLRLSHNRIQLLDLSVFKFNQDLEYLDLSHNQLQKISCHPI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 VSFRHLDLSFNDFKALPICKEFGNLSQLNFLGLSAMKLQKLDLLPIAHLHLSYILLDLRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VSFRHLDLSFNDFKALPICKEFGNLSQLNFLGLSAMKLQKLDLLPIAHLHLSYILLDLRN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 YYIKENETESLQILNAKTLHLVFHPTSLFAIQVNISVNTLGCLQLTNIKLNDDNCQVFIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YYIKENETESLQILNAKTLHLVFHPTSLFAIQVNISVNTLGCLQLTNIKLNDDNCQVFIK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 FLSELTRGPTLLNFTLNHIETTWKCLVRVFQFLWPKPVEYLNIYNLTIIESIREEDFTYS
:::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FLSELTRGSTLLNFTLNHIETTWKCLVRVFQFLWPKPVEYLNIYNLTIIESIREEDFTYS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 KTTLKALTIEHITNQVFLFSQTALYTVFSEMNIMMLTISDTPFIHMLCPHAPSTFKFLNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KTTLKALTIEHITNQVFLFSQTALYTVFSEMNIMMLTISDTPFIHMLCPHAPSTFKFLNF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 TQNVFTDSIFEKCSTLVKLETLILQKNGLKDLFKVGLMTKDMPSLEILDVSWNSLESGRH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TQNVFTDSIFEKCSTLVKLETLILQKNGLKDLFKVGLMTKDMPSLEILDVSWNSLESGRH
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 KENCTWVESIVVLNLSSNMLTDSVFRCLPPRIKVLDLHSNKIKSVPKQVVKLEALQELNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KENCTWVESIVVLNLSSNMLTDSVFRCLPPRIKVLDLHSNKIKSVPKQVVKLEALQELNV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 AFNSLTDLPGCGSFSSLSVLIIDHNSVSHPSADFFQSCQKMRSIKAGDNPFQCTCELREF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AFNSLTDLPGCGSFSSLSVLIIDHNSVSHPSADFFQSCQKMRSIKAGDNPFQCTCELREF
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 VKNIDQVSSEVLEGWPDSYKCDYPESYRGSPLKDFHMSELSCNITLLIVTIGATMLVLAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VKNIDQVSSEVLEGWPDSYKCDYPESYRGSPLKDFHMSELSCNITLLIVTIGATMLVLAV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 TVTSLCIYLDLPWYLRMVCQWTQTRRRARNIPLEELQRNLQFHAFISYSEHDSAWVKSEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TVTSLCIYLDLPWYLRMVCQWTQTRRRARNIPLEELQRNLQFHAFISYSEHDSAWVKSEL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 VPYLEKEDIQICLHERNFVPGKSIVENIINCIEKSYKSIFVLSPNFVQSEWCHYELYFAH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VPYLEKEDIQICLHERNFVPGKSIVENIINCIEKSYKSIFVLSPNFVQSEWCHYELYFAH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 HNLFHEGSNNLILILLEPIPQNSIPNKYHKLKALMTQRTYLQWPKEKSKRGLFWANIRAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 HNLFHEGSNNLILILLEPIPQNSIPNKYHKLKALMTQRTYLQWPKEKSKRGLFWANIRAA
730 740 750 760 770 780
790
pF1KE3 FNMKLTLVTENNDVKS
::::::::::::::::
XP_011 FNMKLTLVTENNDVKS
790
>>NP_006059 (OMIM: 605403) toll-like receptor 6 precurso (796 aa)
initn: 5261 init1: 5261 opt: 5261 Z-score: 4664.1 bits: 873.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5261; 99.9% identity (99.9% similar) in 796 aa overlap (1-796:1-796)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MTKDKEPIVKSFHFVCLMIIIVGTRIQFSDGNEFAVDKSKRGLIHVPKDLPLKTKVLDMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 MTKDKEPIVKSFHFVCLMIIIVGTRIQFSDGNEFAVDKSKRGLIHVPKDLPLKTKVLDMS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 QNYIAELQVSDMSFLSELTVLRLSHNRIQLLDLSVFKFNQDLEYLDLSHNQLQKISCHPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 QNYIAELQVSDMSFLSELTVLRLSHNRIQLLDLSVFKFNQDLEYLDLSHNQLQKISCHPI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 VSFRHLDLSFNDFKALPICKEFGNLSQLNFLGLSAMKLQKLDLLPIAHLHLSYILLDLRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 VSFRHLDLSFNDFKALPICKEFGNLSQLNFLGLSAMKLQKLDLLPIAHLHLSYILLDLRN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 YYIKENETESLQILNAKTLHLVFHPTSLFAIQVNISVNTLGCLQLTNIKLNDDNCQVFIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 YYIKENETESLQILNAKTLHLVFHPTSLFAIQVNISVNTLGCLQLTNIKLNDDNCQVFIK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 FLSELTRGPTLLNFTLNHIETTWKCLVRVFQFLWPKPVEYLNIYNLTIIESIREEDFTYS
:::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 FLSELTRGSTLLNFTLNHIETTWKCLVRVFQFLWPKPVEYLNIYNLTIIESIREEDFTYS
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pF1KE3 YYIKENETESLQILNAKTLHLVFHPTSLFAIQVNISVNTLGCLQLTNIK--LNDDNCQVF
: .... :.:: .:...::.:: .. : . ...::.:.. :.:.::: :.:..:. :
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...:..: .: : :.:::.:::::. ..:..:..: : :..: :. . .. .::
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:: :.::::.:......:: : :. .: .::.::: .:.: : ..::::: : : :
XP_011 YSGTSLKALSIHQVVSDVFGFPQSYIYEIFSNMNIKNFTVSGTRMVHMLCPSKISPFLHL
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.:..:..::..::.:. :..::::::: : ::.: :.. :: .: ::. ::.: ::.
XP_011 DFSNNLLTDTVFENCGHLTELETLILQMNQLKELSKIAEMTTQMKSLQQLDISQNSVSYD
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..: .:.:..:.. ::.:::.:::..::::::::::::::::::::.:::::::::::::
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::.: :::: .::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KE3 AHHNLFHEGSNNLILILLEPIPQNSIPNKYHKLKALMTQRTYLQWPKEKSKRGLFWANIR
:::::::::::.::::::::::: :::..:::::.::..::::.::::::::::::::.:
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::.:.:::
XP_011 AAINIKLTEQAKK
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pF1KE3 MTKDKEPIVKSFHFVCLMIIIVGTRIQFSDGNEFAVDKSKRGLIHVPKDLPLKTKVLDMS
:::. ....:. :::.:. .:: ::.:: ::::::::: :: .:..:
XP_016 MTSIFHFAIIFMLILQIRIQLSEESEFLVDRSKNGLIHVPKDLSQKTTILNIS
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::::.:: .::. ::.: .: .:::::: ::.:::::::.:::::::::.: ::::::
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:...::::::: : ::::::::::.:::.:::::. .:.: ..::::::..: .:: : .
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: .... :.:: .:...::.:: .. : . ...::.:.. :.:.::: :.:..:. :
XP_016 TYGEKEDPEGLQDFNTESLHIVFPTNKEFHFILDVSVKTVANLELSNIKCVLEDNKCSYF
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...:..: .: : :.:::.:::::. ..:..:..: : :..: :. . .. .::
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