Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3272
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3272, 675 aa
1>>>pF1KE3272 675 - 675 aa - 675 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3610+/-0.000313; mu= 15.4873+/- 0.020
mean_var=100.5109+/-21.064, 0's: 0 Z-trim(117.9): 57 B-trim: 1789 in 1/53
Lambda= 0.127929
statistics sampled from 30269 (30327) to 30269 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.704), E-opt: 0.2 (0.356), width: 16
Scan time: 11.600
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001139110 (OMIM: 609491) G-protein-signaling mo ( 675) 4554 851.1 0
XP_011516800 (OMIM: 609491) PREDICTED: G-protein-s ( 707) 4400 822.7 0
XP_016870087 (OMIM: 609491) PREDICTED: G-protein-s ( 681) 3069 577.0 7.7e-164
NP_056412 (OMIM: 609491) G-protein-signaling modul ( 457) 2652 500.0 8.2e-141
XP_011539604 (OMIM: 604213,609245) PREDICTED: G-pr ( 684) 2399 453.4 1.3e-126
NP_001307968 (OMIM: 604213,609245) G-protein-signa ( 684) 2399 453.4 1.3e-126
NP_001307967 (OMIM: 604213,609245) G-protein-signa ( 684) 2399 453.4 1.3e-126
XP_016856587 (OMIM: 604213,609245) PREDICTED: G-pr ( 684) 2399 453.4 1.3e-126
XP_011539603 (OMIM: 604213,609245) PREDICTED: G-pr ( 684) 2399 453.4 1.3e-126
XP_016856586 (OMIM: 604213,609245) PREDICTED: G-pr ( 684) 2399 453.4 1.3e-126
NP_037428 (OMIM: 604213,609245) G-protein-signalin ( 684) 2399 453.4 1.3e-126
XP_006710652 (OMIM: 604213,609245) PREDICTED: G-pr ( 665) 2392 452.1 3.1e-126
XP_011539605 (OMIM: 604213,609245) PREDICTED: G-pr ( 458) 1844 350.8 6.4e-96
XP_016870088 (OMIM: 609491) PREDICTED: G-protein-s ( 166) 1162 224.7 2.2e-58
NP_001186932 (OMIM: 609491) G-protein-signaling mo ( 166) 1162 224.7 2.2e-58
NP_001139111 (OMIM: 609491) G-protein-signaling mo ( 166) 1162 224.7 2.2e-58
XP_011528324 (OMIM: 615098) PREDICTED: tetratricop (1390) 454 94.6 2.7e-18
XP_011528323 (OMIM: 615098) PREDICTED: tetratricop (1390) 454 94.6 2.7e-18
XP_011528322 (OMIM: 615098) PREDICTED: tetratricop (1400) 454 94.6 2.7e-18
XP_011528321 (OMIM: 615098) PREDICTED: tetratricop (1412) 454 94.6 2.7e-18
XP_006724234 (OMIM: 615098) PREDICTED: tetratricop (2363) 454 94.7 4.1e-18
XP_016884162 (OMIM: 615098) PREDICTED: tetratricop (2451) 454 94.8 4.2e-18
XP_011528320 (OMIM: 615098) PREDICTED: tetratricop (2455) 454 94.8 4.2e-18
XP_005261462 (OMIM: 615098) PREDICTED: tetratricop (2473) 454 94.8 4.3e-18
NP_001138890 (OMIM: 615098) tetratricopeptide repe (2481) 454 94.8 4.3e-18
XP_005253100 (OMIM: 208150,601592,616326) PREDICTE ( 371) 198 47.0 0.00015
XP_005253099 (OMIM: 208150,601592,616326) PREDICTE ( 394) 195 46.5 0.00023
NP_005046 (OMIM: 208150,601592,616326) 43 kDa rece ( 412) 195 46.5 0.00024
XP_011518554 (OMIM: 208150,601592,616326) PREDICTE ( 503) 195 46.5 0.00029
NP_116034 (OMIM: 208150,601592,616326) 43 kDa rece ( 353) 188 45.1 0.00052
>>NP_001139110 (OMIM: 609491) G-protein-signaling modula (675 aa)
initn: 4554 init1: 4554 opt: 4554 Z-score: 4543.7 bits: 851.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4554; 100.0% identity (100.0% similar) in 675 aa overlap (1-675:1-675)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MAGPAPPAADELPGPAARRLYSRMEASCLELALEGERLCKAGDFKTGVAFFEAAVQVGTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAGPAPPAADELPGPAARRLYSRMEASCLELALEGERLCKAGDFKTGVAFFEAAVQVGTE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 DLKTLSAIYSQLGNAYFYLKEHGRALEYHKHDLLLARTIGDRMGEAKASGNLGNTLKVLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DLKTLSAIYSQLGNAYFYLKEHGRALEYHKHDLLLARTIGDRMGEAKASGNLGNTLKVLG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 RFDEAAVCCQRHLSIAQEQGDKVGEARALYNIGNVYHAKGKQLSWNAANATQDPGHLPPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RFDEAAVCCQRHLSIAQEQGDKVGEARALYNIGNVYHAKGKQLSWNAANATQDPGHLPPD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 VRETLCKASEFYERNLSLVKELGDRAAQGRAYGNLGNTHYLLGNFTEATTFHKERLAIAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VRETLCKASEFYERNLSLVKELGDRAAQGRAYGNLGNTHYLLGNFTEATTFHKERLAIAK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 EFGDKAAERRAYSNLGNAHVFLGRFDVAAEYYKKTLQLSRQLRDQAVEAQACYSLGNTYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EFGDKAAERRAYSNLGNAHVFLGRFDVAAEYYKKTLQLSRQLRDQAVEAQACYSLGNTYT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 LLQDYERAAEYHLRHLLIAQELADRVGEGRACWSLGNAYVSMGRPAQALTFAKKHLQISQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LLQDYERAAEYHLRHLLIAQELADRVGEGRACWSLGNAYVSMGRPAQALTFAKKHLQISQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 EIGDRHGELTARMNVAQLQLVLGRLTSPAASEKPDLAGYEAQGARPKRTQRLSAETWDLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EIGDRHGELTARMNVAQLQLVLGRLTSPAASEKPDLAGYEAQGARPKRTQRLSAETWDLL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 RLPLEREQNGDSHHSGDWRGPSRDSLPLPVRSRKYQEGPDAERRPREGSHSPLDSADVRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RLPLEREQNGDSHHSGDWRGPSRDSLPLPVRSRKYQEGPDAERRPREGSHSPLDSADVRV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 HVPRTSIPRAPSSDEECFFDLLTKFQSSRMDDQRCPLDDGQAGAAEATAAPTLEDRIAQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HVPRTSIPRAPSSDEECFFDLLTKFQSSRMDDQRCPLDDGQAGAAEATAAPTLEDRIAQP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 SMTASPQTEEFFDLIASSQSRRLDDQRASVGSLPGLRITHSNAGHLRGHGEPQEPGDDFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SMTASPQTEEFFDLIASSQSRRLDDQRASVGSLPGLRITHSNAGHLRGHGEPQEPGDDFF
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 NMLIKYQSSRIDDQRCPPPDVLPRGPTMPDEDFFSLIQRVQAKRMDEQRVDLAGGPEQGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NMLIKYQSSRIDDQRCPPPDVLPRGPTMPDEDFFSLIQRVQAKRMDEQRVDLAGGPEQGA
610 620 630 640 650 660
670
pF1KE3 GGPPEPQQQCQPGAS
:::::::::::::::
NP_001 GGPPEPQQQCQPGAS
670
>>XP_011516800 (OMIM: 609491) PREDICTED: G-protein-signa (707 aa)
initn: 4400 init1: 4400 opt: 4400 Z-score: 4389.8 bits: 822.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4400; 100.0% identity (100.0% similar) in 653 aa overlap (23-675:55-707)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MAGPAPPAADELPGPAARRLYSRMEASCLELALEGERLCKAGDFKTGVAFFE
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YGAPRPRPLLLPVGLELWLYVQKMRNLQRKRMEASCLELALEGERLCKAGDFKTGVAFFE
30 40 50 60 70 80
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 AAVQVGTEDLKTLSAIYSQLGNAYFYLKEHGRALEYHKHDLLLARTIGDRMGEAKASGNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AAVQVGTEDLKTLSAIYSQLGNAYFYLKEHGRALEYHKHDLLLARTIGDRMGEAKASGNL
90 100 110 120 130 140
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 GNTLKVLGRFDEAAVCCQRHLSIAQEQGDKVGEARALYNIGNVYHAKGKQLSWNAANATQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GNTLKVLGRFDEAAVCCQRHLSIAQEQGDKVGEARALYNIGNVYHAKGKQLSWNAANATQ
150 160 170 180 190 200
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 DPGHLPPDVRETLCKASEFYERNLSLVKELGDRAAQGRAYGNLGNTHYLLGNFTEATTFH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DPGHLPPDVRETLCKASEFYERNLSLVKELGDRAAQGRAYGNLGNTHYLLGNFTEATTFH
210 220 230 240 250 260
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 KERLAIAKEFGDKAAERRAYSNLGNAHVFLGRFDVAAEYYKKTLQLSRQLRDQAVEAQAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KERLAIAKEFGDKAAERRAYSNLGNAHVFLGRFDVAAEYYKKTLQLSRQLRDQAVEAQAC
270 280 290 300 310 320
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 YSLGNTYTLLQDYERAAEYHLRHLLIAQELADRVGEGRACWSLGNAYVSMGRPAQALTFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YSLGNTYTLLQDYERAAEYHLRHLLIAQELADRVGEGRACWSLGNAYVSMGRPAQALTFA
330 340 350 360 370 380
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 KKHLQISQEIGDRHGELTARMNVAQLQLVLGRLTSPAASEKPDLAGYEAQGARPKRTQRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KKHLQISQEIGDRHGELTARMNVAQLQLVLGRLTSPAASEKPDLAGYEAQGARPKRTQRL
390 400 410 420 430 440
420 430 440 450 460 470
pF1KE3 SAETWDLLRLPLEREQNGDSHHSGDWRGPSRDSLPLPVRSRKYQEGPDAERRPREGSHSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SAETWDLLRLPLEREQNGDSHHSGDWRGPSRDSLPLPVRSRKYQEGPDAERRPREGSHSP
450 460 470 480 490 500
480 490 500 510 520 530
pF1KE3 LDSADVRVHVPRTSIPRAPSSDEECFFDLLTKFQSSRMDDQRCPLDDGQAGAAEATAAPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LDSADVRVHVPRTSIPRAPSSDEECFFDLLTKFQSSRMDDQRCPLDDGQAGAAEATAAPT
510 520 530 540 550 560
540 550 560 570 580 590
pF1KE3 LEDRIAQPSMTASPQTEEFFDLIASSQSRRLDDQRASVGSLPGLRITHSNAGHLRGHGEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LEDRIAQPSMTASPQTEEFFDLIASSQSRRLDDQRASVGSLPGLRITHSNAGHLRGHGEP
570 580 590 600 610 620
600 610 620 630 640 650
pF1KE3 QEPGDDFFNMLIKYQSSRIDDQRCPPPDVLPRGPTMPDEDFFSLIQRVQAKRMDEQRVDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QEPGDDFFNMLIKYQSSRIDDQRCPPPDVLPRGPTMPDEDFFSLIQRVQAKRMDEQRVDL
630 640 650 660 670 680
660 670
pF1KE3 AGGPEQGAGGPPEPQQQCQPGAS
:::::::::::::::::::::::
XP_011 AGGPEQGAGGPPEPQQQCQPGAS
690 700
>>XP_016870087 (OMIM: 609491) PREDICTED: G-protein-signa (681 aa)
initn: 4379 init1: 3069 opt: 3069 Z-score: 3062.4 bits: 577.0 E(85289): 7.7e-164
Smith-Waterman score: 4325; 95.7% identity (95.7% similar) in 681 aa overlap (24-675:1-681)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MAGPAPPAADELPGPAARRLYSRMEASCLELALEGERLCKAGDFKTGVAFFEAAVQVGTE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MEASCLELALEGERLCKAGDFKTGVAFFEAAVQVGTE
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 DLKTLSAIYSQLGNAYFYLKEHGRALEYHKHDLLLARTIGDRMGEAKASGNLGNTLKVLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DLKTLSAIYSQLGNAYFYLKEHGRALEYHKHDLLLARTIGDRMGEAKASGNLGNTLKVLG
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 RFDEAAVCCQRHLSIAQEQGDKVGEARALYNIGNVYHAKGKQLSWNAANATQDPGHLPPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RFDEAAVCCQRHLSIAQEQGDKVGEARALYNIGNVYHAKGKQLSWNAANATQDPGHLPPD
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 VRETLCKASEFYERNLSLVKELGDRAAQGRAYGNLGNTHYLLGNFTEATTFHKERLAIAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VRETLCKASEFYERNLSLVKELGDRAAQGRAYGNLGNTHYLLGNFTEATTFHKERLAIAK
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 EFGDKAAERRAYSNLGNAHVFLGRFDVAAEYYKKTLQLSRQLRDQAVEAQACYSLGNTYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EFGDKAAERRAYSNLGNAHVFLGRFDVAAEYYKKTLQLSRQLRDQAVEAQACYSLGNTYT
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 LLQDYERAAEYHLRHLLIAQELADRVGEGRACWSLGNAYVSMGRPAQALTFAKKHLQISQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LLQDYERAAEYHLRHLLIAQELADRVGEGRACWSLGNAYVSMGRPAQALTFAKKHLQISQ
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 EIGDRHGELTARMNVAQLQLVLGRLTSPAASEKPDLAGYEAQGARPKRTQRLSAETWDLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EIGDRHGELTARMNVAQLQLVLGRLTSPAASEKPDLAGYEAQGARPKRTQRLSAETWDLL
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 RLPLEREQNGDSHHSGDWRGPSRDSLPLPVRSRKYQEGPDAERRPREGSHSPLDSADVRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RLPLEREQNGDSHHSGDWRGPSRDSLPLPVRSRKYQEGPDAERRPREGSHSPLDSADVRV
400 410 420 430 440 450
490 500 510
pF1KE3 HVPRT-----------------------------SIPRAPSSDEECFFDLLTKFQSSRMD
::::: ::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HVPRTVGVFDGRSRPRGRRAWQLRPNSTASQRGQSIPRAPSSDEECFFDLLTKFQSSRMD
460 470 480 490 500 510
520 530 540 550 560 570
pF1KE3 DQRCPLDDGQAGAAEATAAPTLEDRIAQPSMTASPQTEEFFDLIASSQSRRLDDQRASVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DQRCPLDDGQAGAAEATAAPTLEDRIAQPSMTASPQTEEFFDLIASSQSRRLDDQRASVG
520 530 540 550 560 570
580 590 600 610 620 630
pF1KE3 SLPGLRITHSNAGHLRGHGEPQEPGDDFFNMLIKYQSSRIDDQRCPPPDVLPRGPTMPDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SLPGLRITHSNAGHLRGHGEPQEPGDDFFNMLIKYQSSRIDDQRCPPPDVLPRGPTMPDE
580 590 600 610 620 630
640 650 660 670
pF1KE3 DFFSLIQRVQAKRMDEQRVDLAGGPEQGAGGPPEPQQQCQPGAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DFFSLIQRVQAKRMDEQRVDLAGGPEQGAGGPPEPQQQCQPGAS
640 650 660 670 680
>>NP_056412 (OMIM: 609491) G-protein-signaling modulator (457 aa)
initn: 2652 init1: 2652 opt: 2652 Z-score: 2649.0 bits: 500.0 E(85289): 8.2e-141
Smith-Waterman score: 2652; 100.0% identity (100.0% similar) in 403 aa overlap (1-403:1-403)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MAGPAPPAADELPGPAARRLYSRMEASCLELALEGERLCKAGDFKTGVAFFEAAVQVGTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 MAGPAPPAADELPGPAARRLYSRMEASCLELALEGERLCKAGDFKTGVAFFEAAVQVGTE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 DLKTLSAIYSQLGNAYFYLKEHGRALEYHKHDLLLARTIGDRMGEAKASGNLGNTLKVLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 DLKTLSAIYSQLGNAYFYLKEHGRALEYHKHDLLLARTIGDRMGEAKASGNLGNTLKVLG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 RFDEAAVCCQRHLSIAQEQGDKVGEARALYNIGNVYHAKGKQLSWNAANATQDPGHLPPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 RFDEAAVCCQRHLSIAQEQGDKVGEARALYNIGNVYHAKGKQLSWNAANATQDPGHLPPD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 VRETLCKASEFYERNLSLVKELGDRAAQGRAYGNLGNTHYLLGNFTEATTFHKERLAIAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 VRETLCKASEFYERNLSLVKELGDRAAQGRAYGNLGNTHYLLGNFTEATTFHKERLAIAK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 EFGDKAAERRAYSNLGNAHVFLGRFDVAAEYYKKTLQLSRQLRDQAVEAQACYSLGNTYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 EFGDKAAERRAYSNLGNAHVFLGRFDVAAEYYKKTLQLSRQLRDQAVEAQACYSLGNTYT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 LLQDYERAAEYHLRHLLIAQELADRVGEGRACWSLGNAYVSMGRPAQALTFAKKHLQISQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 LLQDYERAAEYHLRHLLIAQELADRVGEGRACWSLGNAYVSMGRPAQALTFAKKHLQISQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]