FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3256, 597 aa
1>>>pF1KE3256 597 - 597 aa - 597 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5210+/-0.000781; mu= 18.0464+/- 0.047
mean_var=76.4450+/-15.236, 0's: 0 Z-trim(109.2): 171 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.146690
statistics sampled from 10516 (10700) to 10516 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.698), E-opt: 0.2 (0.329), width: 16
Scan time: 3.280
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS9680.1 KLHL28 gene_id:54813|Hs108|chr14 ( 571) 594 135.3 2.1e-31
CCDS76675.1 KLHL28 gene_id:54813|Hs108|chr14 ( 585) 594 135.3 2.1e-31
CCDS55479.1 KLHL13 gene_id:90293|Hs108|chrX ( 613) 583 133.0 1.1e-30
CCDS55481.1 KLHL13 gene_id:90293|Hs108|chrX ( 639) 583 133.0 1.1e-30
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CCDS55480.1 KLHL13 gene_id:90293|Hs108|chrX ( 658) 583 133.0 1.2e-30
CCDS44132.1 IPP gene_id:3652|Hs108|chr1 ( 582) 573 130.8 4.6e-30
CCDS30702.1 IPP gene_id:3652|Hs108|chr1 ( 584) 573 130.9 4.6e-30
CCDS82974.1 KLHL2 gene_id:11275|Hs108|chr4 ( 496) 540 123.8 5.1e-28
CCDS58958.1 ENC1 gene_id:8507|Hs108|chr5 ( 516) 535 122.8 1.1e-27
CCDS10935.1 GAN gene_id:8139|Hs108|chr16 ( 597) 513 118.2 3.1e-26
CCDS9376.1 KBTBD6 gene_id:89890|Hs108|chr13 ( 674) 509 117.3 6.2e-26
CCDS34478.1 KLHL31 gene_id:401265|Hs108|chr6 ( 634) 505 116.5 1.1e-25
CCDS76909.1 KLHL36 gene_id:79786|Hs108|chr16 ( 553) 499 115.2 2.3e-25
>>CCDS30575.1 KLHL21 gene_id:9903|Hs108|chr1 (597 aa)
initn: 4142 init1: 4142 opt: 4142 Z-score: 4735.0 bits: 886.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4142; 100.0% identity (100.0% similar) in 597 aa overlap (1-597:1-597)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MERPAPLAVLPFSDPAHALSLLRGLSQLRAERKFLDVTLEAAGGRDFPAHRAVLAAASPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 MERPAPLAVLPFSDPAHALSLLRGLSQLRAERKFLDVTLEAAGGRDFPAHRAVLAAASPY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 FRAMFAGQLRESRAERVRLHGVPPDMLQLLLDFSYTGRVAVSGDNAEPLLRAADLLQFPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 FRAMFAGQLRESRAERVRLHGVPPDMLQLLLDFSYTGRVAVSGDNAEPLLRAADLLQFPA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 VKEACGAFLQQQLDLANCLDMQDFAEAFSCSGLASAAQRFILRHVGELGAEQLERLPLAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 VKEACGAFLQQQLDLANCLDMQDFAEAFSCSGLASAAQRFILRHVGELGAEQLERLPLAR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 LLRYLRDDGLCVPKEEAAYQLALRWVRADPPRRAAHWPQLLEAVRLPFVRRFYLLAHVEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 LLRYLRDDGLCVPKEEAAYQLALRWVRADPPRRAAHWPQLLEAVRLPFVRRFYLLAHVEA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 EPLVARCPPCLRLLREARDFQAARYDRHDRGPCPRMRPRPSTGLAEILVLVGGCDQDCDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 EPLVARCPPCLRLLREARDFQAARYDRHDRGPCPRMRPRPSTGLAEILVLVGGCDQDCDE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 LVTVDCYNPQTGQWRYLAEFPDHLGGGYSIVALGNDIYVTGGSDGSRLYDCVWRYNSSVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 LVTVDCYNPQTGQWRYLAEFPDHLGGGYSIVALGNDIYVTGGSDGSRLYDCVWRYNSSVN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 EWAEVAPMLKAREYHSSSVLDGLLYVVAADSTERYDHTTDSWEALQPMTYPMDNCSTTAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 EWAEVAPMLKAREYHSSSVLDGLLYVVAADSTERYDHTTDSWEALQPMTYPMDNCSTTAC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 RGRLYAIGSLAGKETMVMQCYDPDTDLWSLVDCGQLPPWSFAPKTATLNGLMYFVRDDSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 RGRLYAIGSLAGKETMVMQCYDPDTDLWSLVDCGQLPPWSFAPKTATLNGLMYFVRDDSA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 EVDVYNPTRNEWDKIPSMNQVHVGGSLAVLGGKLYVSGGYDNTFELSDVVEAYDPETRAW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 EVDVYNPTRNEWDKIPSMNQVHVGGSLAVLGGKLYVSGGYDNTFELSDVVEAYDPETRAW
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590
pF1KE3 SVVGRLPEPTFWHGSVSIFRQFMPQTFSGGRGFELDSGSDDMDPGRPRPPRDPDELH
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 SVVGRLPEPTFWHGSVSIFRQFMPQTFSGGRGFELDSGSDDMDPGRPRPPRDPDELH
550 560 570 580 590
>>CCDS46555.2 KLHL30 gene_id:377007|Hs108|chr2 (578 aa)
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Smith-Waterman score: 1245; 39.1% identity (63.9% similar) in 573 aa overlap (10-559:8-562)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MERPAPLAVLPFSDPAHALSLLRGLSQLRAERKFLDVTLEAAGGRDFPAHRAVLAAASPY
: : :.:: ..: ::..::.. :. :::: .:::..: ::..:: .:::
CCDS46 MVRNVDDLDFHLPSHAQDMLDGLQRLRSQPKLADVTL-LVGGRELPCHRGLLALSSPY
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 FRAMFAGQLRESRAERVRLHGVPPDMLQLLLDFSYTGRVAVSGDNAEPLLRAADLLQFPA
:.:::::.. :: . ::.:. : : .. :.:: ::::.... :.: : :.: :.::.
CCDS46 FHAMFAGDFAESFSARVELRDVEPAVVGQLVDFVYTGRLTITQGNVEALTRTAARLHFPS
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KE3 VKEACGAFLQQQLDLANCLDMQDFAEAFSCSGLASAAQRFILRHVGELGAEQLE--RLPL
:...:: .:::::: :::: . .:.: . :.:. : : ::. : :.. : .::
CCDS46 VQKVCGRYLQQQLDAANCLGICEFGEQQGLLGVAAKAWAF-LRENFEAVAREDEFLQLPR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 ARLLRYLRDDGLCVPKEEAAYQLALRWVRADPPRRAAHWPQLLEAVRLPFVRRFYLLAHV
::. : : : : :.. . .:::: :: :::: :.:: :.: : : . .
CCDS46 ERLVTCLAGDLLQVQPEQSRLEALMRWVRHDPQARAAHLPELLSLVHLDAVPRPCVQQLL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 EAEPLVARCPPCLRLLREARDFQAARYDRHDRGPCPRMRPRPSTGLAEILVLVGGCDQDC
.:::. . : .:: . :: .: .. : :.::.::: .
CCDS46 ASEPLIQESEAC----------RAALSQGHDGAPLALQQK-----LEEVLVVVGGQALEE
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340
pF1KE3 DE--------LVTVDCYNPQTGQWRYLAEFPDHLGGGYSIVALGNDIYVTGGSDGSRL--
.: : . :: .. .: : .:::. :.:..::.:.::::::: :..
CCDS46 EEAGEEPTPGLGNFAFYNSKAKRWMALPDFPDYHKWGFSLAALNNNIYVTGGSRGTKTDT
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KE3 --YDCVWRYNSSVNEWAEVAPMLKAREYHSSSVLDGLLYVVAADS-----TERYDHTTDS
.: . . : :::::: : :.:..:.: .::... . .: :: :::
CCDS46 WSTTQAWCFPLKEASWKPVAPMLKPRTNHASAALNGEIYVIGGTTLDVVEVESYDPYTDS
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KE3 WEALQPMTYPMDNCSTTACRGRLYAIGSLAGK-ETMVMQCYDPDTDLWSLVDCGQLPPWS
: ..: ..: :...:::::: .:: : : .....:::.: :: ::.. :: .
CCDS46 WTPVSPALKYVSNFSAAGCRGRLYLVGSSACKYNALALQCYNPVTDAWSVIASPFLPKYL
410 420 430 440 450 460
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pF1KE3 FAPKTATLNGLMYFVRDDSAEVDVYNPTRNEWDKIPSMNQVHVGGSLAVLGGKLYVSGGY
.:. :.:.: .:.. :.. .: ::.: : :.:. :....: .:.:. :: :::.::
CCDS46 SSPRCAALHGELYLIGDNTKKVYVYDPGANLWQKVQSQHSLHENGALVPLGDALYVTGGR
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570
pF1KE3 DNTFELSDV---VEAYDPETRAWSVVGRLPEPTFWHGSVSIFRQFMPQTFSGGRGFELDS
. .: .: .:::: .:. : ::. ..::. ..:
CCDS46 WQGME-GDYHVEMEAYDTVRDTWTRHGALPRLWLYHGASTVFLDVSKWTQPSGPTQEH
530 540 550 560 570
580 590
pF1KE3 GSDDMDPGRPRPPRDPDELH
>>CCDS3246.1 KLHL24 gene_id:54800|Hs108|chr3 (600 aa)
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Smith-Waterman score: 1096; 34.3% identity (65.0% similar) in 560 aa overlap (13-560:44-592)
10 20 30 40
pF1KE3 MERPAPLAVLPFSDPAHALSLLRGLSQLRAERKFLDVTLEAA
: .:: ..:. ....: : : :: . .
CCDS32 LGVRDSPATKRKVFEMDPKSLTGHEFFDFSSGSSHAENILQIFNEFRDSRLFTDVII-CV
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50 60 70 80 90 100
pF1KE3 GGRDFPAHRAVLAAASPYFRAMFAGQLRESRAERVRLHGVPPDMLQLLLDFSYTGRVAVS
:..:: :::::.: : :::::: .. :::: :...:. . .. .:.. :::.: ..
CCDS32 EGKEFPCHRAVLSACSSYFRAMFCNDHRESREMLVEINGILAEAMECFLQYVYTGKVKIT
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 GDNAEPLLRAADLLQFPAVKEACGAFLQQQLDLANCLDMQDFAEAFSCSGLASAAQRFIL
.:.. :.....:.:. ....::. ::..::: ::: .: ::.. : . : . . : :
CCDS32 TENVQYLFETSSLFQISVLRDACAKFLEEQLDPCNCLGIQRFADTHSLKTLFTKCKNFAL
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 RHVGELGA-EQLERLPLARLLRYLRDDGLCVPKEEAAYQLALRWV-RADPPRRAAHWPQL
. ... :.. .: .:. :. .: : . ::: ... ..::: :: :: .:
CCDS32 QTFEDVSQHEEFLELDKDELIDYICSDELVIGKEEMVFEAVMRWVYRAVDLRRPL-LHEL
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 LEAVRLPFVRRFYLLAHVEAEPLVARCPPCLRLLREARDFQAARYDRHDRGPCPRMRPRP
: ::::... :.. ::.. :. : : .::.::: .. . . :: :::
CCDS32 LTHVRLPLLHPNYFVQTVEVDQLIQNSPECYQLLHEARRYHILGNEMMS----PRTRPRR
260 270 280 290 300
290 300 310 320 330
pF1KE3 STGLAEILVLVGGCDQDCD-ELVTVDCYNPQTGQWRYLAEFPDHLGGGYSIVALGNDIYV
::: .:..:.::::.. .: ..::.: ::.:. ::..:. . :.. :: ::: :
CCDS32 STGYSEVIVVVGGCERVGGFNLPYTECYDPVTGEWKSLAKLPEFTKSEYAVCALRNDILV
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 TGGSDGSRLYDCVWRYNSSVNEWAEVAPMLKAREYHSSSVLDGLLYVVAA-------DST
.:: .:: : :: :::..: : .:: . :.: :. .:: : .:::.. .:.
CCDS32 SGGRINSR--D-VWIYNSQLNIWIRVASLNKGRWRHKMAVLLGKVYVVGGYDGQNRLSSV
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KE3 ERYDHTTDSWEALQPMTYPMDNCSTTACRGRLYAIGSLAGKETMV--MQCYDPDTDLWSL
: :: .. : . :. ... ..:.: :.:..::. .: .: :::.:. : :
CCDS32 ECYDSFSNRWTEVAPLKEAVSSPAVTSCVGKLFVIGGGPDDNTCSDKVQSYDPETNSWLL
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KE3 VDCGQLPPWSFAPKTATLNGLMYFVRDDSAEVDVYNPTRNEWDKIPSMNQVHVGGSLAVL
. .: . ...::.:.: . . . :.:... : .. . . . . ...:
CCDS32 R--AAIPIAKRCITAVSLNNLIYVAGGLTKAIYCYDPVEDYWMHVQNTFSRQENCGMSVC
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KE3 GGKLYVSGGYDNTFELSDVVEAYDPETRAWSVVGRLPEPTFWHGSVSIFRQFMPQTFSGG
.::.:. :: .. : .:.. ::: : . :. .:.:. .:: :.: :
CCDS32 NGKIYILGGRRENGEATDTILCYDPATSIITGVAAMPRPVSYHGCVTIHRYNEKCFKL
550 560 570 580 590 600
580 590
pF1KE3 RGFELDSGSDDMDPGRPRPPRDPDELH
>>CCDS30550.1 KLHL17 gene_id:339451|Hs108|chr1 (642 aa)
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Smith-Waterman score: 962; 33.9% identity (63.7% similar) in 540 aa overlap (17-540:74-604)
10 20 30 40
pF1KE3 MERPAPLAVLPFSDPAHALSLLRGLSQLRAERKFLDVTLEAAGGRD
: . . ..:..: . . :..:..:. ..
CCDS30 PRQARPAAPMEGAVQLLSREGHSVAHNSKRHYHDAFVAMSRMRQRGLLCDIVLHVAA-KE
50 60 70 80 90 100
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 FPAHRAVLAAASPYFRAMFAGQLRESRAERVRLHGVPPDMLQLLLDFSYTGRVAVSGDNA
. ::..:::. ::::.:::.... ::: .: :: . :. :. :..:.::....:. :.
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110 120 130 140 150 160
pF1KE3 EPLLRAADLLQFPAVKEACGAFLQQQLDLANCLDMQDFAEAFSCSGLASAAQRFILRHVG
. :: ::.:::. .:..:: :: .::: .::: .. ::.: ::: : .::.:..:.:
CCDS30 QTLLPAASLLQLNGVRDACCKFLLSQLDPSNCLGIRGFADAHSCSDLLKAAHRYVLQHFV
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170 180 190 200 210 220
pF1KE3 ELG-AEQLERLPLARLLRYLRDDGLCVPKEEAAYQLALRWVRADPPRRAAHWPQLLEAVR
... .:.. ::: ..:. . .:.: ::.:: .:. .: ::. : : : :.:.. ::
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230 240 250 260 270 280
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::.. : .::.::.:: :: . : : :: :: :. .: : : ::: : .
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290 300 310 320 330 340
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.: ::: . . :: :. .: .:. .: . . . ...:.:: .:..::
CCDS30 PVLFAVGGGSL---FAIHGDCEAYDTRTDRWHVVASMSTRRAR-VGVAAVGNRLYAVGGY
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350 360 370 380 390
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::. : :. .: : . : : . ..: :::: ... .:.::::
CCDS30 DGTSDLATVESYDPVTNTWQPEVSMGTRRSCLGVAALHGLLYSAGGYDGASCLNSAERYD
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400 410 420 430 440 450
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: .: .. :. ... : :::.:. .... ... :.:....:: : ..
CCDS30 PLTGTWTSVAAMSTRRRYVRVATLDGNLYAVGGYDSSSHLATVEKYEPQVNVWSPV-ASM
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460 470 480 490 500 510
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: : : .:.:.: .: . : .. :. :.: . :... :: . .:...
CCDS30 LSRRSSAG-VAVLEGALYVAGGNDGTSCLNSVERYSPKAGAWESVAPMNIRRSTHDLVAM
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520 530 540 550 560 570
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: ::. :: :.. :... : :.:.: :
CCDS30 DGWLYAVGGNDGSSSLNSI-EKYNPRTNKWVAASCMFTRRSSVGVAVLELLNFPPPSSPT
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: : : .:. . : . :. .. :: .:.
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. ::.: ..:.. . :::..:.: ::::::::.:.: ::: .: .. . ..::.::
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.::....: :.. :: :: :::. ..::: ::..::: .::: .. ::.. :: :
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CCDS13 LRIADKFTQHNFQEVMESEEFMLLPANQLIDIISSDELNVRSEEQVFNAVMAWVKYSIQE
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: . ::.:. ::::.. .:.. : ..::. : :. ::... .:
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CCDS13 GPRTRPRKPIRCGEVLFAVGGWCSGD--AISSVERYDPQTNEWRMVASMSKRRCGVGVSV
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: . .:..:: ::: . : ::. ..:.:. .::: : . .:: :.::.:..
CCDS13 --LDDLLYAVGGHDGSSYLNSVERYDPKTNQWSSDVAPTSTCRTSVGVAVLGGFLYAVGG
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.. .:::: ..: . :. . .... : :::.:. : . ... :
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450 460 470 480 490
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.:. . : . : . : :. . ..: : :::..:. . ::: :.:.
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. .:.. . : .:::..:.:.. ::.:.: :. ..:..::.. .: . :
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560 570 580 590
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CCDS13 GVGVIKMTHCESHIW
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. : : .:. :: .. .:. :: .:: :: . : ::: :.
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. :. . :: :. . .::.: .:.:.. ...::.: . .:. . :. :
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: .:::.. .: : .: . : : .:. :: .. .:. :: .::
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:: . : ::: :. .... :. .:..: .:.. . .....: . .::.
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:: :: . . : :: ... :. . :: :. . .::.: .:.:.. ...:
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:.:. . ..: :::.: . .: :. :.: . : . ::.
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CCDS33 MEHFMEVIRNQEFVLLPASEIAKLLASDDMNIPNEETILNALLTWVRHDLEQRRKDLSKL
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CCDS33 ST--VGTLFAVGGMDSTKGA-TSIEKYDLRTNMWTPVANMNGRRLQ-FGVAVLDDKLYVV
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CCDS33 GGRDGLKTLNTVECYNPKTKTWSVMPPMSTHRHGLGVAVLEGPMYAVGGHDGWSYLNTVE
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:.: . .:. . :. : .. .... :.:::.:. :. . ..:.:: :. :.:
CCDS33 RWDPQARQWNFVATMSTPRSTVGVAVLSGKLYAVGGRDGSSCLKSVECFDPHTNKWTL--
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:.:. . ..: :::.: . .: :. :.: . : . ::.
CCDS33 CAQMSKRRGGVGVTTWNGLLYAIGGHDAPASNLTSRLSDCVERYDPKTDMWTAVASMSIS
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CCDS33 RDAVGVCLLGDKLYAVGGYDGQAYL-NTVEAYDPQTNEWTQVAPLCLGRAGACVVTVKL
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. ..: . :. ::::. : . : ::: ::::.
CCDS33 MVEDGAEELEDLVHFSVSELPSRGYGVMEEIRRQGKLCDVTLKI-GDHKFSAHRIVLAAS
10 20 30 40 50
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CCDS33 IPYFHAMFTNDMMECKQDEIVMQGMDPSALEALINFAYNGNLAIDQQNVQSLLMGASFLQ
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