Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3219
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3219, 495 aa
1>>>pF1KE3219 495 - 495 aa - 495 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.0573+/-0.000416; mu= 2.7326+/- 0.026
mean_var=309.9554+/-63.527, 0's: 0 Z-trim(120.8): 1920 B-trim: 153 in 1/57
Lambda= 0.072849
statistics sampled from 34144 (36433) to 34144 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.76), E-opt: 0.2 (0.427), width: 16
Scan time: 10.990
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_005262526 (OMIM: 314997) PREDICTED: zinc finger ( 510) 709 88.3 5.7e-17
NP_009062 (OMIM: 314997) zinc finger protein 75D i ( 510) 709 88.3 5.7e-17
XP_011529693 (OMIM: 314997) PREDICTED: zinc finger ( 510) 709 88.3 5.7e-17
XP_011520948 (OMIM: 601473) PREDICTED: zinc finger ( 500) 687 86.0 2.8e-16
XP_011529616 (OMIM: 300627) PREDICTED: zinc finger ( 398) 564 72.9 1.9e-12
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XP_011529615 (OMIM: 300627) PREDICTED: zinc finger ( 403) 564 72.9 1.9e-12
NP_689908 (OMIM: 300627) zinc finger protein 449 [ ( 518) 564 73.1 2.2e-12
XP_011529614 (OMIM: 300627) PREDICTED: zinc finger ( 518) 564 73.1 2.2e-12
XP_006718372 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 592) 565 73.2 2.2e-12
XP_016873758 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 592) 565 73.2 2.2e-12
XP_011518659 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 592) 565 73.2 2.2e-12
XP_005253186 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 592) 565 73.2 2.2e-12
XP_005253185 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 606) 565 73.2 2.3e-12
NP_037381 (OMIM: 605015) zinc finger protein 214 [ ( 606) 565 73.2 2.3e-12
XP_006718371 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 606) 565 73.2 2.3e-12
XP_011518657 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 617) 565 73.3 2.3e-12
XP_016882569 (OMIM: 194545) PREDICTED: endothelial ( 489) 562 72.8 2.5e-12
NP_067039 (OMIM: 194545) endothelial zinc finger p ( 489) 562 72.8 2.5e-12
XP_011525495 (OMIM: 194545) PREDICTED: endothelial ( 549) 562 72.9 2.7e-12
XP_016882567 (OMIM: 194545) PREDICTED: endothelial ( 549) 562 72.9 2.7e-12
XP_016882568 (OMIM: 194545) PREDICTED: endothelial ( 549) 562 72.9 2.7e-12
XP_011524764 (OMIM: 616798) PREDICTED: zinc finger ( 771) 565 73.4 2.7e-12
XP_011524765 (OMIM: 616798) PREDICTED: zinc finger ( 859) 565 73.4 2.9e-12
NP_065879 (OMIM: 616798) zinc finger protein 28 ho ( 868) 565 73.4 2.9e-12
NP_001035893 (OMIM: 603436) zinc finger protein 20 ( 554) 557 72.4 3.8e-12
NP_003447 (OMIM: 603436) zinc finger protein 205 [ ( 554) 557 72.4 3.8e-12
NP_001265087 (OMIM: 603436) zinc finger protein 20 ( 554) 557 72.4 3.8e-12
XP_005255615 (OMIM: 603436) PREDICTED: zinc finger ( 554) 557 72.4 3.8e-12
NP_001007089 (OMIM: 314993) zinc finger protein 18 ( 620) 556 72.3 4.5e-12
NP_008893 (OMIM: 314993) zinc finger protein 182 i ( 639) 556 72.3 4.5e-12
NP_001171570 (OMIM: 314993) zinc finger protein 18 ( 639) 556 72.3 4.5e-12
XP_005259469 (OMIM: 604749) PREDICTED: zinc finger ( 734) 554 72.2 5.8e-12
NP_004225 (OMIM: 604749) zinc finger protein 235 [ ( 738) 554 72.2 5.8e-12
NP_078915 (OMIM: 610847) zinc finger protein 322 [ ( 402) 546 71.1 6.9e-12
NP_001229727 (OMIM: 610847) zinc finger protein 32 ( 402) 546 71.1 6.9e-12
NP_001229728 (OMIM: 610847) zinc finger protein 32 ( 402) 546 71.1 6.9e-12
NP_001229726 (OMIM: 610847) zinc finger protein 32 ( 402) 546 71.1 6.9e-12
XP_005259272 (OMIM: 604086) PREDICTED: zinc finger ( 538) 548 71.4 7.3e-12
NP_001247416 (OMIM: 604086) zinc finger protein 15 ( 538) 548 71.4 7.3e-12
NP_003436 (OMIM: 604086) zinc finger protein 155 i ( 538) 548 71.4 7.3e-12
NP_001247415 (OMIM: 604086) zinc finger protein 15 ( 538) 548 71.4 7.3e-12
NP_932355 (OMIM: 604086) zinc finger protein 155 i ( 538) 548 71.4 7.3e-12
XP_016881832 (OMIM: 614275) PREDICTED: zinc finger ( 434) 546 71.1 7.3e-12
XP_016881831 (OMIM: 614275) PREDICTED: zinc finger ( 434) 546 71.1 7.3e-12
XP_011525580 (OMIM: 604086) PREDICTED: zinc finger ( 549) 548 71.4 7.4e-12
XP_016882737 (OMIM: 604086) PREDICTED: zinc finger ( 549) 548 71.4 7.4e-12
NP_001247417 (OMIM: 604086) zinc finger protein 15 ( 549) 548 71.4 7.4e-12
XP_011525581 (OMIM: 604086) PREDICTED: zinc finger ( 549) 548 71.4 7.4e-12
>>XP_005262526 (OMIM: 314997) PREDICTED: zinc finger pro (510 aa)
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Smith-Waterman score: 709; 30.3% identity (55.1% similar) in 492 aa overlap (17-490:22-500)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MAANWTLSWGQGGPCNSPGSDTPRSVASPETQLGNHDRNPETWHMNFRMFSCPEE
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pF1KE3 SDPIQALRKLTELCHLWLRPDLHTKEQILDMLVMEQFMISMPQELQVLVKVNGVQSCKD-
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XP_005 TGPLETISQLQKLCHQWLRPEIHSKEQILEMLVLEQFLSILPKETQNWVQKHHPQNVKQA
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120 130 140 150 160
pF1KE3 ---LEDLLRNNRRPKKWSIVNLLGKEYLMLNSDVEMAEAPA----SVRDDPRDVSSQ--W
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. : : . : . .. : . : :. .: . .: : ... :. . :
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pF1KE3 E-KDLKEN-REENPGLSSPEPQLPKSPNLVRAKEGKEPQKRASVENVDADTPSACVVERE
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pF1KE3 QRTHSGEKPYKCPTCQKAFRQLGTFKRHLKTHRETTSQ
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XP_005 QRTHTGEQPYTCSLCKRNFSRRSSLLRHQKLHRRREACLVSPN
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>>NP_009062 (OMIM: 314997) zinc finger protein 75D isofo (510 aa)
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Smith-Waterman score: 709; 30.3% identity (55.1% similar) in 492 aa overlap (17-490:22-500)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MAANWTLSWGQGGPCNSPGSDTPRSVASPETQLGNHDRNPETWHMNFRMFSCPEE
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pF1KE3 SDPIQALRKLTELCHLWLRPDLHTKEQILDMLVMEQFMISMPQELQVLVKVNGVQSCKD-
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NP_009 TGPLETISQLQKLCHQWLRPEIHSKEQILEMLVLEQFLSILPKETQNWVQKHHPQNVKQA
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pF1KE3 ---LEDLLRNNRRPKKWSIVNLLGKEYLMLNSDVEMAEAPA----SVRDDPRDVSSQ--W
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pF1KE3 AS-SVNQMHPGTGQARREQQILPRVAALSRRQGEDFLLHKSID---ITGDPNSPRPKQTL
. : : . : . .. : . : :. .: . .: : ... :. . :
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pF1KE3 E-KDLKEN-REENPGLSSPEPQLPKSPNLVRAKEGKEPQKRASVENVDADTPSACVVERE
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NP_009 QRTHTGEQPYTCSLCKRNFSRRSSLLRHQKLHRRREACLVSPN
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>>XP_011529693 (OMIM: 314997) PREDICTED: zinc finger pro (510 aa)
initn: 700 init1: 512 opt: 709 Z-score: 425.7 bits: 88.3 E(85289): 5.7e-17
Smith-Waterman score: 709; 30.3% identity (55.1% similar) in 492 aa overlap (17-490:22-500)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MAANWTLSWGQGGPCNSPGSDTPRSVASPETQLGNHDRNPETWHMNFRMFSCPEE
. :: : : . . .. .::. .: : :
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pF1KE3 SDPIQALRKLTELCHLWLRPDLHTKEQILDMLVMEQFMISMPQELQVLVKVNGVQSCKD-
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pF1KE3 ---LEDLLRNNRRPKKWSIVNLLGKEYLMLNSDVEMAEAPA----SVRDDPRDVSSQ--W
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XP_011 LVLVEFLQREPDGTKNEVTAHELGKEAVLLGGT---AVAPGFKWKPAEPQPMGVFQKEYW
130 140 150 160 170
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pF1KE3 AS-SVNQMHPGTGQARREQQILPRVAALSRRQGEDFLLHKSID---ITGDPNSPRPKQTL
. : : . : . .. : . : :. .: . .: : ... :. . :
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pF1KE3 E-KDLKEN-REENPGLSSPEPQLPKSPNLVRAKEGKEPQKRASVENVDADTPSACVVERE
.:. ::. : .: . . . : ... : : . :
XP_011 TFEDVAVYFSEEEWQLLNPLEKTLYNDVMQDIYETVISLGLKLKNDTGNDHPIS--VSTS
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pF1KE3 ALTHSGNRGDALNLSSPKRSKPDASSISQEEPQGEATPVG--NRESPGQAEINPVHSPGP
. :: . .:. : : .....:.: :.. : .: : . . .:.
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pF1KE3 AGPVSHPDGQEAKALPPFACDVCNKSFKYFSQLSIHRRSHTGDRPFQCDLCRKRFLQPSD
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XP_011 LPKLMDLHGKGPTGEKPFKCQECGKSFRVSSDLIKHHRIHTGEKPYKCQQCDRRFRWSSD
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pF1KE3 LRVHQRVHTGERPYMCDVCQKRFAHESTLQGHKRIHTGERPFKCKYCSKVFSHKGNLNVH
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pF1KE3 QRTHSGEKPYKCPTCQKAFRQLGTFKRHLKTHRETTSQ
::::.::.:: : :.. : . ... :: : ::
XP_011 QRTHTGEQPYTCSLCKRNFSRRSSLLRHQKLHRRREACLVSPN
470 480 490 500 510
>>XP_011520948 (OMIM: 601473) PREDICTED: zinc finger pro (500 aa)
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pF1KE3 MAANWTLSWGQGGPCNSPGSDTPRSVASPETQLGNHDRNPETWHMNFRM
: :: .... .: : :. : . :: ::
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:. : . : .:. :: :::::::.:..:.:::::..::.:::. .:.: :. .. .
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:: .. :... .: . :. :. :::: ..:. : ::: .: : . :.
XP_011 QSIEEAVALVEHLQRESGQTWNGVAVHELGKEAVLLG---ETAEA-SSFGLKPTE-SQPV
120 130 140 150 160
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pF1KE3 ASSVNQMHPGTGQARREQQILPRVAALSRRQGEDFLLHKSIDITGDPNSPRPKQTLEKDL
. : .. .: .. .:: ::: :: . . . : .: : .
XP_011 GVSQDEEFWNTYEGLQEQ--------LSRNT------HKETEPVYERAVPT-QQILA--F
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pF1KE3 KENREENPGLSSPEPQLPKSPNLVRAKE-----GKE------PQKRASVENVDADTPSAC
:. . . .:: ::.: .:. .: ..: : ..: ..: .. .
XP_011 PEQTNTKDWTVTPEHVLPESQSLLTFEEVAMYFSQEEWELLDPTQKALYNDVMQENYETV
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. : .. . . ..::. . . .:. ::.. :: : :... . ...
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:. :. .. . . . : :: :. :.:.:. :.: :.: :
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>>XP_011529615 (OMIM: 300627) PREDICTED: zinc finger pro (403 aa)
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pF1KE3 REQQILPRVAALSRRQGEDFLLHKSIDITGDPNSPRPKQTLEKDLKENREENPGLSSPEP
::. : :: .. .: ::::: : .. :
XP_011 QEAPVAEAWIPQAGPPELNYGATGECQNFLDPGYPLPKLDMNFSL-ENREE-PWVK--EL
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XP_011 RCHNCGKSFSRLTALTLHQRTHTEERPFKCNYCGKSFRQRPSLVIHLRIHTGEKPYKCTH
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pF1KE3 SPKRSKPD------ASSISQEEPQ-GEATPVGNRESPGQAEINPVHSPGPAGPVSHPDGQ
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XP_011 NQWETPPEDLQTDLAKLVDQQNPTLGETPENSNLEEP----LNP-----------KPHKK
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pF1KE3 EAKALPPFACDVCNKSFKYFSQLSIHRRSHTGDRPFQCDLCRKRFLQPSDLRVHQRVHTG
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XP_011 KSPGEKPHRCPQCGKCFARKSQLTGHQRIHSGEEPHKCPECGKRFLRSSDLYRHQRLHTG
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XP_011 RCHNCGKSFSRLTALTLHQRTHTEERPFKCNYCGKSFRQRPSLVIHLRIHTGEKPYKCTH
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