Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3163
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3163, 381 aa
1>>>pF1KE3163 381 - 381 aa - 381 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5416+/-0.000394; mu= 10.9313+/- 0.025
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Lambda= 0.130313
statistics sampled from 23896 (23988) to 23896 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.657), E-opt: 0.2 (0.281), width: 16
Scan time: 8.580
The best scores are: opt bits E(85289)
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>>XP_016857693 (OMIM: 604128) PREDICTED: transcription e (327 aa)
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pF1KE3 AREIEEHVFTLYSKNIKKYKTCIRSKVANLKNPRNSHLQQNLLSGTTSPREFAEMTVMEM
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310 320
>>XP_016857691 (OMIM: 604128) PREDICTED: transcription e (466 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MISAHRKLCLPGSSNSPASAFRVAGTTAVKMSDKNQIAARASLIEQLMSKRNFEDLGNHL
:...... :. .:......: : . :
XP_016 MGQEEELLRIAKKLEKMVARKNTEGALDLL
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pF1KE3 TELETIYVTKEHLQETDVVRAVYRVLKNCPSVALKKKAKCLLSKWKAVYKQTHSKARNSP
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. : : : : :: : .: ::.:.: ::: ... . . ...
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pF1KE3 AREIEEHVFTLYSKNIKKYKTCIRSKVANLKNPRNSHLQQNLLSGTTSPREFAEMTVMEM
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pF1KE3 ANKELKQLRASYTESCIQEHYLPQVIDGTQTNKIKCRRCEKYNCKVTVIDRGTLFLPSWV
:. ::..:: ..:. :.:: . .. :: :. ..: .:.: :: . :
XP_016 ASDELRELRNAMTQEAIREHQMAKT-GGTTTDLFQCSKCKKKNCTY-----------NQV
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pF1KE3 RNSNPDEQMMTYVICNECGEQWYHSKWVCW
.. . :: : :.:.:::::..: ... ::
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:...... :. .:......: : . :
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..:: . . . ::... : . : : .: : : ... .:
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..:.. :. : .:. . : : : . : : : : :: : .:
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::.:.: ::: ... . . ...: :::.:.. ... ::.. .::...:::.:
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: : : ... .:..:.. :. : .:. . : : : . : : :
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]