Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3143
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3143, 353 aa
1>>>pF1KE3143 353 - 353 aa - 353 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9111+/-0.00101; mu= 5.8389+/- 0.061
mean_var=178.1219+/-37.181, 0's: 0 Z-trim(110.0): 67 B-trim: 84 in 1/50
Lambda= 0.096098
statistics sampled from 11219 (11282) to 11219 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.691), E-opt: 0.2 (0.347), width: 16
Scan time: 2.840
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS273.1 TRIM63 gene_id:84676|Hs108|chr1 ( 353) 2363 339.7 2.3e-93
CCDS6185.1 TRIM55 gene_id:84675|Hs108|chr8 ( 452) 1449 213.0 3.9e-55
CCDS6187.1 TRIM55 gene_id:84675|Hs108|chr8 ( 540) 1449 213.1 4.5e-55
CCDS6184.1 TRIM55 gene_id:84675|Hs108|chr8 ( 548) 1449 213.1 4.5e-55
CCDS1746.2 TRIM54 gene_id:57159|Hs108|chr2 ( 358) 1437 211.3 1e-54
CCDS6186.1 TRIM55 gene_id:84675|Hs108|chr8 ( 241) 1020 153.3 1.9e-37
CCDS1745.2 TRIM54 gene_id:57159|Hs108|chr2 ( 400) 937 142.0 8.3e-34
>>CCDS273.1 TRIM63 gene_id:84676|Hs108|chr1 (353 aa)
initn: 2363 init1: 2363 opt: 2363 Z-score: 1789.7 bits: 339.7 E(32554): 2.3e-93
Smith-Waterman score: 2363; 100.0% identity (100.0% similar) in 353 aa overlap (1-353:1-353)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MDYKSSLIQDGNPMENLEKQLICPICLEMFTKPVVILPCQHNLCRKCANDIFQAANPYWT
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CCDS27 MDYKSSLIQDGNPMENLEKQLICPICLEMFTKPVVILPCQHNLCRKCANDIFQAANPYWT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 SRGSSVSMSGGRFRCPTCRHEVIMDRHGVYGLQRNLLVENIIDIYKQECSSRPLQKGSHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 SRGSSVSMSGGRFRCPTCRHEVIMDRHGVYGLQRNLLVENIIDIYKQECSSRPLQKGSHP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 MCKEHEDEKINIYCLTCEVPTCSMCKVFGIHKACEVAPLQSVFQGQKTELNNCISMLVAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 MCKEHEDEKINIYCLTCEVPTCSMCKVFGIHKACEVAPLQSVFQGQKTELNNCISMLVAG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 NDRVQTIITQLEDSRRVTKENSHQVKEELSQKFDTLYAILDEKKSELLQRITQEQEKKLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 NDRVQTIITQLEDSRRVTKENSHQVKEELSQKFDTLYAILDEKKSELLQRITQEQEKKLS
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250 260 270 280 290 300
pF1KE3 FIEALIQQYQEQLDKSTKLVETAIQSLDEPGGATFLLTAKQLIKSIVEASKGCQLGKTEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 FIEALIQQYQEQLDKSTKLVETAIQSLDEPGGATFLLTAKQLIKSIVEASKGCQLGKTEQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KE3 GFENMDFFTLDLEHIADALRAIDFGTDEEEEEFIEEEDQEEEESTEGKEEGHQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 GFENMDFFTLDLEHIADALRAIDFGTDEEEEEFIEEEDQEEEESTEGKEEGHQ
310 320 330 340 350
>>CCDS6185.1 TRIM55 gene_id:84675|Hs108|chr8 (452 aa)
initn: 864 init1: 820 opt: 1449 Z-score: 1103.3 bits: 213.0 E(32554): 3.9e-55
Smith-Waterman score: 1449; 60.4% identity (84.3% similar) in 351 aa overlap (1-351:5-345)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MDYKSSLIQDGNPMENLEKQLICPICLEMFTKPVVILPCQHNLCRKCANDIFQAAN
..::: . .. . :.:::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.:
CCDS61 MSASLNYKS-FSKEQQTMDNLEKQLICPICLEMFTKPVVILPCQHNLCRKCASDIFQASN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 PYWTSRGSSVSMSGGRFRCPTCRHEVIMDRHGVYGLQRNLLVENIIDIYKQECSSRPLQK
:: .::... ::::::::.:::::..:::::::::::::::::::::::: :.:: .:
CCDS61 PYLPTRGGTTMASGGRFRCPSCRHEVVLDRHGVYGLQRNLLVENIIDIYKQE-STRPEKK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 GSHPMCKEHEDEKINIYCLTCEVPTCSMCKVFGIHKACEVAPLQSVFQGQKTELNNCISM
...:::.:::.:.::::::.:::::::.::::: :: :.:::: ::: ::.::.. :..
CCDS61 SDQPMCEEHEEERINIYCLNCEVPTCSLCKVFGAHKDCQVAPLTHVFQRQKSELSDGIAI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 LVAGNDRVQTIITQLEDSRRVTKENSHQVKEELSQKFDTLYAILDEKKSELLQRITQEQE
::..::::: .:.::::. .. .: .. :.:: .::: ::.::.:.:.:. : ::. ::
CCDS61 LVGSNDRVQGVISQLEDTCKTIEECCRKQKQELCEKFDYLYGILEERKNEMTQVITRTQE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 KKLSFIEALIQQYQEQLDKSTKLVETAIQSLDEPGGATFLLTAKQLIKSIVEASKGCQLG
.:: ..:::..:...:.. .::::..:: .::: :.:: .:: :.:.: ::::. :.
CCDS61 EKLEHVRALIKKYSDHLENVSKLVESGIQFMDEPEMAVFLQNAKTLLKKISEASKAFQME
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 KTEQGFENMDFFTLDLEHIADALRAIDFGTDEEEEEFIEEEDQEEEESTEGKEEGHQ
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CCDS61 KIEHGYENMNHFTVNLNREEKIIREIDF--------YREDEDEEEEEGGEGEKEGEGEVG
300 310 320 330 340 350
CCDS61 GEAVEVEEVENVQTEFPGEDENPEKASELSQVELQAAPGALPVSSPEPPPALPPAADAPV
360 370 380 390 400 410
>>CCDS6187.1 TRIM55 gene_id:84675|Hs108|chr8 (540 aa)
initn: 843 init1: 820 opt: 1449 Z-score: 1102.3 bits: 213.1 E(32554): 4.5e-55
Smith-Waterman score: 1449; 60.4% identity (84.3% similar) in 351 aa overlap (1-351:5-345)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MDYKSSLIQDGNPMENLEKQLICPICLEMFTKPVVILPCQHNLCRKCANDIFQAAN
..::: . .. . :.:::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.:
CCDS61 MSASLNYKS-FSKEQQTMDNLEKQLICPICLEMFTKPVVILPCQHNLCRKCASDIFQASN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 PYWTSRGSSVSMSGGRFRCPTCRHEVIMDRHGVYGLQRNLLVENIIDIYKQECSSRPLQK
:: .::... ::::::::.:::::..:::::::::::::::::::::::: :.:: .:
CCDS61 PYLPTRGGTTMASGGRFRCPSCRHEVVLDRHGVYGLQRNLLVENIIDIYKQE-STRPEKK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 GSHPMCKEHEDEKINIYCLTCEVPTCSMCKVFGIHKACEVAPLQSVFQGQKTELNNCISM
...:::.:::.:.::::::.:::::::.::::: :: :.:::: ::: ::.::.. :..
CCDS61 SDQPMCEEHEEERINIYCLNCEVPTCSLCKVFGAHKDCQVAPLTHVFQRQKSELSDGIAI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 LVAGNDRVQTIITQLEDSRRVTKENSHQVKEELSQKFDTLYAILDEKKSELLQRITQEQE
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CCDS61 LVGSNDRVQGVISQLEDTCKTIEECCRKQKQELCEKFDYLYGILEERKNEMTQVITRTQE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 KKLSFIEALIQQYQEQLDKSTKLVETAIQSLDEPGGATFLLTAKQLIKSIVEASKGCQLG
.:: ..:::..:...:.. .::::..:: .::: :.:: .:: :.:.: ::::. :.
CCDS61 EKLEHVRALIKKYSDHLENVSKLVESGIQFMDEPEMAVFLQNAKTLLKKISEASKAFQME
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 KTEQGFENMDFFTLDLEHIADALRAIDFGTDEEEEEFIEEEDQEEEESTEGKEEGHQ
: :.:.:::. ::..:.. .: ::: . :.::.::::. ::..::
CCDS61 KIEHGYENMNHFTVNLNREEKIIREIDF--------YREDEDEEEEEGGEGEKEGEGEVG
300 310 320 330 340 350
CCDS61 GEAVEVEEVENVQTEFPGEDENPEKASELSQVELQAAPGALPVSSPEPPPALPPAADAPV
360 370 380 390 400 410
>>CCDS6184.1 TRIM55 gene_id:84675|Hs108|chr8 (548 aa)
initn: 843 init1: 820 opt: 1449 Z-score: 1102.2 bits: 213.1 E(32554): 4.5e-55
Smith-Waterman score: 1449; 60.4% identity (84.3% similar) in 351 aa overlap (1-351:5-345)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MDYKSSLIQDGNPMENLEKQLICPICLEMFTKPVVILPCQHNLCRKCANDIFQAAN
..::: . .. . :.:::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.:
CCDS61 MSASLNYKS-FSKEQQTMDNLEKQLICPICLEMFTKPVVILPCQHNLCRKCASDIFQASN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 PYWTSRGSSVSMSGGRFRCPTCRHEVIMDRHGVYGLQRNLLVENIIDIYKQECSSRPLQK
:: .::... ::::::::.:::::..:::::::::::::::::::::::: :.:: .:
CCDS61 PYLPTRGGTTMASGGRFRCPSCRHEVVLDRHGVYGLQRNLLVENIIDIYKQE-STRPEKK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 GSHPMCKEHEDEKINIYCLTCEVPTCSMCKVFGIHKACEVAPLQSVFQGQKTELNNCISM
...:::.:::.:.::::::.:::::::.::::: :: :.:::: ::: ::.::.. :..
CCDS61 SDQPMCEEHEEERINIYCLNCEVPTCSLCKVFGAHKDCQVAPLTHVFQRQKSELSDGIAI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 LVAGNDRVQTIITQLEDSRRVTKENSHQVKEELSQKFDTLYAILDEKKSELLQRITQEQE
::..::::: .:.::::. .. .: .. :.:: .::: ::.::.:.:.:. : ::. ::
CCDS61 LVGSNDRVQGVISQLEDTCKTIEECCRKQKQELCEKFDYLYGILEERKNEMTQVITRTQE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 KKLSFIEALIQQYQEQLDKSTKLVETAIQSLDEPGGATFLLTAKQLIKSIVEASKGCQLG
.:: ..:::..:...:.. .::::..:: .::: :.:: .:: :.:.: ::::. :.
CCDS61 EKLEHVRALIKKYSDHLENVSKLVESGIQFMDEPEMAVFLQNAKTLLKKISEASKAFQME
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 KTEQGFENMDFFTLDLEHIADALRAIDFGTDEEEEEFIEEEDQEEEESTEGKEEGHQ
: :.:.:::. ::..:.. .: ::: . :.::.::::. ::..::
CCDS61 KIEHGYENMNHFTVNLNREEKIIREIDF--------YREDEDEEEEEGGEGEKEGEGEVG
300 310 320 330 340 350
CCDS61 GEAVEVEEVENVQTEFPGEDENPEKASELSQVELQAAPGALPVSSPEPPPALPPAADAPV
360 370 380 390 400 410
>>CCDS1746.2 TRIM54 gene_id:57159|Hs108|chr2 (358 aa)
initn: 783 init1: 783 opt: 1437 Z-score: 1095.7 bits: 211.3 E(32554): 1e-54
Smith-Waterman score: 1437; 60.7% identity (83.5% similar) in 346 aa overlap (7-350:10-352)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MDYKSSLIQDGNPMENLEKQLICPICLEMFTKPVVILPCQHNLCRKCANDIFQAANP
:. :.. :.:::::::::::::::.:::::::::::::::::::.:::.::
CCDS17 MNFTVGFKPLLGDAHSMDNLEKQLICPICLEMFSKPVVILPCQHNLCRKCANDVFQASNP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 YWTSRGSSVSMSGGRFRCPTCRHEVIMDRHGVYGLQRNLLVENIIDIYKQECSSRPLQKG
: ::::.. ::::::::.:::::..:::::::::::::::::::::::: :::::..
CCDS17 LWQSRGSTTVSSGGRFRCPSCRHEVVLDRHGVYGLQRNLLVENIIDIYKQE-SSRPLHSK
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 S--HPMCKEHEDEKINIYCLTCEVPTCSMCKVFGIHKACEVAPLQSVFQGQKTELNNCIS
. : ::.:::.::::::::.:::::::.::::: :: :::::: .... ::.::.. :.
CCDS17 AEQHLMCEEHEEEKINIYCLSCEVPTCSLCKVFGAHKDCEVAPLPTIYKRQKSELSDGIA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 MLVAGNDRVQTIITQLEDSRRVTKENSHQVKEELSQKFDTLYAILDEKKSELLQRITQEQ
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CCDS17 MLVAGNDRVQAVITQMEEVCQTIEDNSRRQKQLLNQRFESLCAVLEERKGELLQALAREQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 EKKLSFIEALIQQYQEQLDKSTKLVETAIQSLDEPGGATFLLTAKQLIKSIVEASKGCQL
:.::. ...::.:: ..:. :.::::.::::..:: : .: ::.::... ::
CCDS17 EEKLQRVRGLIRQYGDHLEASSKLVESAIQSMEEPQMALYLQQAKELINKVGAMSKVELA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 GKTEQGFENMDFFTLDLEHIADALRAIDFGTDEEEEEFIEEEDQEEEESTEGKEEGHQ
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CCDS17 GRPEPGYESMEQFTVRVEHVAEMLRTIDFQPGASGEE--EEVAPDGEEGSAGPEEERPDG
300 310 320 330 340 350
CCDS17 P
>>CCDS6186.1 TRIM55 gene_id:84675|Hs108|chr8 (241 aa)
initn: 992 init1: 593 opt: 1020 Z-score: 785.6 bits: 153.3 E(32554): 1.9e-37
Smith-Waterman score: 1020; 72.2% identity (91.2% similar) in 194 aa overlap (1-194:5-196)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MDYKSSLIQDGNPMENLEKQLICPICLEMFTKPVVILPCQHNLCRKCANDIFQAAN
..::: . .. . :.:::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.:
CCDS61 MSASLNYKS-FSKEQQTMDNLEKQLICPICLEMFTKPVVILPCQHNLCRKCASDIFQASN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 PYWTSRGSSVSMSGGRFRCPTCRHEVIMDRHGVYGLQRNLLVENIIDIYKQECSSRPLQK
:: .::... ::::::::.:::::..:::::::::::::::::::::::: :.:: .:
CCDS61 PYLPTRGGTTMASGGRFRCPSCRHEVVLDRHGVYGLQRNLLVENIIDIYKQE-STRPEKK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 GSHPMCKEHEDEKINIYCLTCEVPTCSMCKVFGIHKACEVAPLQSVFQGQKTELNNCISM
...:::.:::.:.::::::.:::::::.::::: :: :.:::: ::: ::.::.. :..
CCDS61 SDQPMCEEHEEERINIYCLNCEVPTCSLCKVFGAHKDCQVAPLTHVFQRQKSELSDGIAI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 LVAGNDRVQTIITQLEDSRRVTKENSHQVKEELSQKFDTLYAILDEKKSELLQRITQEQE
::..::::: .:.::::.
CCDS61 LVGSNDRVQGVISQLEDTCKTIEIGFEAPPLQGQAAAPASGSGADSEPARHIFSFSWLNS
180 190 200 210 220 230
>>CCDS1745.2 TRIM54 gene_id:57159|Hs108|chr2 (400 aa)
initn: 1391 init1: 641 opt: 937 Z-score: 720.4 bits: 142.0 E(32554): 8.3e-34
Smith-Waterman score: 1333; 54.9% identity (75.3% similar) in 381 aa overlap (7-341:10-387)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MDYKSSLIQDGNPMENLEKQLICPICLEMFTKPVVILPCQHNLCRKCANDIFQAANP
:. :.. :.:::::::::::::::.:::::::::::::::::::.:::.::
CCDS17 MNFTVGFKPLLGDAHSMDNLEKQLICPICLEMFSKPVVILPCQHNLCRKCANDVFQASNP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 YWTSRGSSVSMSGGRFRCPTCRHEVIMDRHGVYGLQRNLLVENIIDIYKQECSSRPLQKG
: ::::.. ::::::::.:::::..:::::::::::::::::::::::: :::::..
CCDS17 LWQSRGSTTVSSGGRFRCPSCRHEVVLDRHGVYGLQRNLLVENIIDIYKQE-SSRPLHSK
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KE3 S--HPMCKEHEDEKINIYCLTCEVPTCSMCKVFGIHKACEVAPLQSVFQGQK--------
. : ::.:::.::::::::.:::::::.::::: :: :::::: .... ::
CCDS17 AEQHLMCEEHEEEKINIYCLSCEVPTCSLCKVFGAHKDCEVAPLPTIYKRQKKQDLTLLP
120 130 140 150 160 170
170 180 190
pF1KE3 ----------------------------------TELNNCISMLVAGNDRVQTIITQLED
.::.. :.::::::::::..:::.:.
CCDS17 RLECSGTNTTYCSLDLPSSSDPPILASQNTKIIDSELSDGIAMLVAGNDRVQAVITQMEE
180 190 200 210 220 230
200 210 220 230 240 250
pF1KE3 SRRVTKENSHQVKEELSQKFDTLYAILDEKKSELLQRITQEQEKKLSFIEALIQQYQEQL
.. ..::.. :. :.:.:..: :.:.:.:.:::: ...:::.::. ...::.:: ..:
CCDS17 VCQTIEDNSRRQKQLLNQRFESLCAVLEERKGELLQALAREQEEKLQRVRGLIRQYGDHL
240 250 260 270 280 290
260 270 280 290 300 310
pF1KE3 DKSTKLVETAIQSLDEPGGATFLLTAKQLIKSIVEASKGCQLGKTEQGFENMDFFTLDLE
. :.::::.::::..:: : .: ::.::... :: :. : :.:.:. ::. .:
CCDS17 EASSKLVESAIQSMEEPQMALYLQQAKELINKVGAMSKVELAGRPEPGYESMEQFTVRVE
300 310 320 330 340 350
320 330 340 350
pF1KE3 HIADALRAIDF--GTDEEEEEFIEEEDQEEEESTEGKEEGHQ
:.:. ::.::: :.. :::: : ::
CCDS17 HVAEMLRTIDFQPGASGEEEEVAP--DGEEGSAGPEEERPDGP
360 370 380 390 400
353 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 19:26:03 2016 done: Sun Nov 6 19:26:03 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]