Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3141
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3141, 351 aa
1>>>pF1KE3141 351 - 351 aa - 351 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7565+/-0.000908; mu= 9.5814+/- 0.055
mean_var=93.3470+/-18.608, 0's: 0 Z-trim(107.4): 28 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.132747
statistics sampled from 9503 (9525) to 9503 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.66), E-opt: 0.2 (0.293), width: 16
Scan time: 2.170
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10144.1 TMOD2 gene_id:29767|Hs108|chr15 ( 351) 2226 436.4 1.7e-122
CCDS10145.1 TMOD3 gene_id:29766|Hs108|chr15 ( 352) 1739 343.1 2e-94
CCDS45260.1 TMOD2 gene_id:29767|Hs108|chr15 ( 315) 1397 277.6 9.6e-75
CCDS6726.1 TMOD1 gene_id:7111|Hs108|chr9 ( 359) 1362 270.9 1.1e-72
CCDS988.1 TMOD4 gene_id:29765|Hs108|chr1 ( 345) 1254 250.3 1.8e-66
CCDS47693.1 LMOD2 gene_id:442721|Hs108|chr7 ( 547) 607 126.4 5.5e-29
CCDS46862.1 LMOD3 gene_id:56203|Hs108|chr3 ( 560) 538 113.2 5.4e-25
CCDS53457.1 LMOD1 gene_id:25802|Hs108|chr1 ( 600) 536 112.8 7.4e-25
>>CCDS10144.1 TMOD2 gene_id:29767|Hs108|chr15 (351 aa)
initn: 2226 init1: 2226 opt: 2226 Z-score: 2312.6 bits: 436.4 E(32554): 1.7e-122
Smith-Waterman score: 2226; 100.0% identity (100.0% similar) in 351 aa overlap (1-351:1-351)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MALPFQKELEKYKNIDEDELLGKLSEEELKQLENVLDDLDPESAMLPAGFRQKDQTQKAA
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CCDS10 MALPFQKELEKYKNIDEDELLGKLSEEELKQLENVLDDLDPESAMLPAGFRQKDQTQKAA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 TGPFDREHLLMYLEKEALEQKDREDFVPFTGEKKGRVFIPKEKPIETRKEEKVTLDPELE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TGPFDREHLLMYLEKEALEQKDREDFVPFTGEKKGRVFIPKEKPIETRKEEKVTLDPELE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 EALASASDTELYDLAAVLGVHNLLNNPKFDEETANNKGGKGPVRNVVKGEKVKPVFEEPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EALASASDTELYDLAAVLGVHNLLNNPKFDEETANNKGGKGPVRNVVKGEKVKPVFEEPP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 NPTNVEISLQQMKANDPSLQEVNLNNIKNIPIPTLREFAKALETNTHVKKFSLAATRSND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NPTNVEISLQQMKANDPSLQEVNLNNIKNIPIPTLREFAKALETNTHVKKFSLAATRSND
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 PVAIAFADMLKVNKTLTSLNIESNFITGTGILALVEALKENDTLTEIKIDNQRQQLGTAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PVAIAFADMLKVNKTLTSLNIESNFITGTGILALVEALKENDTLTEIKIDNQRQQLGTAV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KE3 EMEIAQMLEENSRILKFGYQFTKQGPRTRVAAAITKNNDLVRKKRVEADRR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EMEIAQMLEENSRILKFGYQFTKQGPRTRVAAAITKNNDLVRKKRVEADRR
310 320 330 340 350
>>CCDS10145.1 TMOD3 gene_id:29766|Hs108|chr15 (352 aa)
initn: 1805 init1: 962 opt: 1739 Z-score: 1808.6 bits: 343.1 E(32554): 2e-94
Smith-Waterman score: 1739; 75.9% identity (92.3% similar) in 352 aa overlap (1-351:1-352)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MALPFQKELEKYKNIDEDELLGKLSEEELKQLENVLDDLDPESAMLPAGFRQKDQTQKAA
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CCDS10 MALPFRKDLEKYKDLDEDELLGNLSETELKQLETVLDDLDPENALLPAGFRQKNQTSKST
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 TGPFDREHLLMYLEKEALEQKDREDFVPFTGEKKGRVFIPKEKPIETRKEEKVTLDPELE
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CCDS10 TGPFDREHLLSYLEKEALEHKDREDYVPYTGEKKGKIFIPKQKPVQTFTEEKVSLDPELE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE3 EALASASDTELYDLAAVLGVHNLLNNPKFDEETANNKG-GKGPVRNVVKGEKVKPVFEEP
:::.::::::: ::::.::.:::..: :: . ....: . :::::::. :::.::
CCDS10 EALTSASDTELCDLAAILGMHNLITNTKFCNIMGSSNGVDQEHFSNVVKGEKILPVFDEP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 PNPTNVEISLQQMKANDPSLQEVNLNNIKNIPIPTLREFAKALETNTHVKKFSLAATRSN
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CCDS10 PNPTNVEESLKRTKENDAHLVEVNLNNIKNIPIPTLKDFAKALETNTHVKCFSLAATRSN
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 DPVAIAFADMLKVNKTLTSLNIESNFITGTGILALVEALKENDTLTEIKIDNQRQQLGTA
:::: :::.:::::::: :::.:::::::.:::::..::..:.::.:.::::::::::::
CCDS10 DPVATAFAEMLKVNKTLKSLNVESNFITGVGILALIDALRDNETLAELKIDNQRQQLGTA
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 VEMEIAQMLEENSRILKFGYQFTKQGPRTRVAAAITKNNDLVRKKRVEADRR
::.:.:.:::::. :::::::::.::::::.: :::::::::::.:::.:..
CCDS10 VELEMAKMLEENTNILKFGYQFTQQGPRTRAANAITKNNDLVRKRRVEGDHQ
310 320 330 340 350
>>CCDS45260.1 TMOD2 gene_id:29767|Hs108|chr15 (315 aa)
initn: 1988 init1: 1349 opt: 1397 Z-score: 1455.4 bits: 277.6 E(32554): 9.6e-75
Smith-Waterman score: 1920; 89.7% identity (89.7% similar) in 351 aa overlap (1-351:1-315)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MALPFQKELEKYKNIDEDELLGKLSEEELKQLENVLDDLDPESAMLPAGFRQKDQTQKAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MALPFQKELEKYKNIDEDELLGKLSEEELKQLENVLDDLDPESAMLPAGFRQKDQTQKAA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 TGPFDREHLLMYLEKEALEQKDREDFVPFTGEKKGRVFIPKEKPIETRKEEKVTLDPELE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TGPFDREHLLMYLEKEALEQKDREDFVPFTGEKKGRVFIPKEKPIETRKEEKVTLDPELE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 EALASASDTELYDLAAVLGVHNLLNNPKFDEETANNKGGKGPVRNVVKGEKVKPVFEEPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 EALASASDTELYDLAAVLGVHNLLNNPKFDEETANNKGGKGPVRNVVKGEKVKPVFEEPP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 NPTNVEISLQQMKANDPSLQEVNLNNIKNIPIPTLREFAKALETNTHVKKFSLAATRSND
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 NPTNVEISLQQMKANDPSLQEVNLNNIK--------------------------------
190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 PVAIAFADMLKVNKTLTSLNIESNFITGTGILALVEALKENDTLTEIKIDNQRQQLGTAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 ----AFADMLKVNKTLTSLNIESNFITGTGILALVEALKENDTLTEIKIDNQRQQLGTAV
210 220 230 240 250 260
310 320 330 340 350
pF1KE3 EMEIAQMLEENSRILKFGYQFTKQGPRTRVAAAITKNNDLVRKKRVEADRR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 EMEIAQMLEENSRILKFGYQFTKQGPRTRVAAAITKNNDLVRKKRVEADRR
270 280 290 300 310
>>CCDS6726.1 TMOD1 gene_id:7111|Hs108|chr9 (359 aa)
initn: 1394 init1: 1177 opt: 1362 Z-score: 1418.2 bits: 270.9 E(32554): 1.1e-72
Smith-Waterman score: 1362; 59.8% identity (85.9% similar) in 348 aa overlap (3-349:1-346)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MALPFQKELEKYKNIDEDELLGKLSEEELKQLENVLDDLDPESAMLPAGFRQKDQTQKAA
. ...:::::...::::.:: :.::::. ::: ::.:::..:.::::.:::::: ::
CCDS67 MSYRRELEKYRDLDEDEILGALTEEELRTLENELDELDPDNALLPAGLRQKDQTTKAP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 TGPFDREHLLMYLEKEALEQKDREDFVPFTGEKKGRVFIPKEKPIETRKEEKVTLDPELE
:::: ::.:: .:::.: : :::::.::.::::.:.:..::.::.. : .:::.::::
CCDS67 TGPFKREELLDHLEKQAKEFKDREDLVPYTGEKRGKVWVPKQKPLDPVLE-SVTLEPELE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KE3 EALASASDTELYDLAAVLGVHNLLNNPKFDEETANNK-GGKGPVRNVVKGEKVKPVFEEP
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CCDS67 EALANASDAELCDIAAILGMHTLMSNQQYYQALSSSSIMNKEGLNSVIKPTQYKPVPDEE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 PNPTNVEISLQQMKANDPSLQEVNLNNIKNIPIPTLREFAKALETNTHVKKFSLAATRSN
:: :.:: .:...: :::.:.:::::::.:::::::. .:.::. :..:::::...::::
CCDS67 PNSTDVEETLERIKNNDPKLEEVNLNNIRNIPIPTLKAYAEALKENSYVKKFSIVGTRSN
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 DPVAIAFADMLKVNKTLTSLNIESNFITGTGILALVEALKENDTLTEIKIDNQRQQLGTA
:::: :.:.::: ::.: .::.:::::.:.::: ::::: : .:.:.::::: : ::.
CCDS67 DPVAYALAEMLKENKVLKTLNVESNFISGAGILRLVEALPYNTSLVEMKIDNQSQPLGNK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 VEMEIAQMLEENSRILKFGYQFTKQGPRTRVAAAITKNNDLVRKKRVEADRR
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CCDS67 VEMEIVSMLEKNATLLKFGYHFTQQGPRLRASNAMMNNNDLVRKRRL-ADLTGPIIPKCR
300 310 320 330 340 350
CCDS67 SGV
>>CCDS988.1 TMOD4 gene_id:29765|Hs108|chr1 (345 aa)
initn: 1258 init1: 706 opt: 1254 Z-score: 1306.7 bits: 250.3 E(32554): 1.8e-66
Smith-Waterman score: 1254; 54.6% identity (83.5% similar) in 346 aa overlap (5-345:4-343)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MALPFQKELEKYKNIDEDELLGKLSEEELKQLENVLDDLDPESAMLPAGFRQKDQTQKAA
.:::::::..:::::.: :: :::.::. :...:::. .::::.::.:::.:.
CCDS98 MSSYQKELEKYRDIDEDEILRTLSPEELEQLDCELQEMDPENMLLPAGLRQRDQTKKSP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 TGPFDREHLLMYLEKEALEQKDREDFVPFTGEKKGRVFIPKEKPIETRKEEKVTLDPELE
:::.::: ::.:::..::: :.:.:.:::::::::. .: .. : . ::..::.::::
CCDS98 TGPLDREALLQYLEQQALEVKERDDLVPFTGEKKGKPYIQPKREIPA--EEQITLEPELE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KE3 EALASASDTELYDLAAVLGVHNLLNNPKFDE-----ETANNKGGKGPVRNVVKGEKVKPV
:::: :.:.:. :.::.: ...:..: .. . : :..: . .::. .: :::
CCDS98 EALAHATDAEMCDIAAILDMYTLMSNKQYYDALCSGEICNTEG----ISSVVQPDKYKPV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 FEEPPNPTNVEISLQQMKANDPSLQEVNLNNIKNIPIPTLREFAKALETNTHVKKFSLAA
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CCDS98 PDEPPNPTNIEEILKRVRSNDKELEEVNLNNIQDIPIPMLSELCEAMKANTYVRSFSLVA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 TRSNDPVAIAFADMLKVNKTLTSLNIESNFITGTGILALVEALKENDTLTEIKIDNQRQQ
:::.::.: : ::::. :..: :::::::::..::..:...:..:: ::::...:::::
CCDS98 TRSGDPIANAVADMLRENRSLQSLNIESNFISSTGLMAVLKAVRENATLTELRVDNQRQW
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 LGTAVEMEIAQMLEENSRILKFGYQFTKQGPRTRVAAAITKNNDLVRKKRVEADRR
: :::::.: .::. :..:::.::.::::.:.: :.:.::.: :...
CCDS98 PGDAVEMEMATVLEQCPSIVRFGYHFTQQGPRARAAQAMTRNNELRRQQKKR
300 310 320 330 340
>>CCDS47693.1 LMOD2 gene_id:442721|Hs108|chr7 (547 aa)
initn: 719 init1: 565 opt: 607 Z-score: 633.8 bits: 126.4 E(32554): 5.5e-29
Smith-Waterman score: 814; 40.5% identity (71.8% similar) in 365 aa overlap (5-351:6-365)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MALPFQKELEKYKNIDEDELLGKLSEEELKQLENVLDDLDPESAMLPAGFRQKDQTQKA
... : ::..:::::::..:: ::::.:: :.:..:. ::.:.:::. :.:.
CCDS47 MSTFGYRRGLSKYESIDEDELLASLSAEELKELERELEDIEPDRN-LPVGLRQKSLTEKT
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE3 ATGPFDREHLLMYLEKEA--LEQKDREDFVPFTGEKKGR-----VFIPKEKPIE----TR
:: :.:: :. : :::. : .:.: ..: : . .: ... . :.
CCDS47 PTGTFSREALMAYWEKESQKLLEKERLGECGKVAEDKEESEEELIFTESNSEVSEEVYTE
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 KEEKVTLDPELEEALASASDTELYDLAAVLGVHNLLNNPKFDEETANNKGGKGPVRNV--
.::. . . : :: :: : . .. :... .: . . .... : :. ..:.
CCDS47 EEEEESQEEEEEED----SDEEERTIETAKGINGTVNYDSVNSDNSKPKIFKSQIENINL
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 ---VKGEKVK-PVFEEP-PNPTNVEISLQQMKANDPSLQEVNLNNIKNIPIPTLREFAKA
.:.... :. .: ::: .: .:...:.:::. :::::::.:: :: .::.:
CCDS47 TNGSNGRNTESPAAIHPCGNPTVIEDALDKIKSNDPDTTEVNLNNIENITTQTLTRFAEA
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 LETNTHVKKFSLAATRSNDPVAIAFADMLKVNKTLTSLNIESNFITGTGILALVEALKEN
:. :: :: :::: :...: .:.:.:.:::::. .:..:.::::::: ::::...::..:
CCDS47 LKDNTVVKTFSLANTHADDSAAMAIAEMLKVNEHITNVNVESNFITGKGILAIMRALQHN
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 DTLTEIKIDNQRQQLGTAVEMEIAQMLEENSRILKFGYQFTKQGPRTRVAAAITKNNDLV
.:::... :::. .:. :::::...:.::. .:..::.: ::: ... .:.: :
CCDS47 TVLTELRFHNQRHIMGSQVEMEIVKLLKENTTLLRLGYHFELPGPRMSMTSILTRNMDKQ
300 310 320 330 340 350
350
pF1KE3 RKKRVEADRR
:.::.. ...
CCDS47 RQKRLQEQKQQEGYDGGPNLRTKVWQRGTPSSSPYVSPRHSPWSSPKLPKKVQTVRSRPL
360 370 380 390 400 410
>>CCDS46862.1 LMOD3 gene_id:56203|Hs108|chr3 (560 aa)
initn: 726 init1: 522 opt: 538 Z-score: 562.3 bits: 113.2 E(32554): 5.4e-25
Smith-Waterman score: 597; 34.7% identity (61.4% similar) in 383 aa overlap (24-351:27-407)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MALPFQKELEKYKNIDEDELLGKLSEEELKQLENVLDDLDPESAMLPAGFRQKDQTQ
:: ::::.:.. .. . :. . ::.:. :::::.
CCDS46 MSEHSRNSDQEELLDEEINEDEILANLSAEELKELQSEMEVMAPDPS-LPVGMIQKDQTD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE3 KAATGPFDREHLL--MYLEKEALEQKDREDFVPFTG--------------EKKGRVFIP-
: :: :... :. :: :: : .. .:. :: : ::... .
CCDS46 KPPTGNFNHKSLVDYMYWEK-ASRRMLEEERVPVTFVKSEEKTQEEHEEIEKRNKNMAQY
60 70 80 90 100 110
110 120 130
pF1KE3 -KEK----PIETRKEEKVT-----LDPELEEALASASDTELYDLA-------------AV
::: . ...: : . : : :: . .: : : . :
CCDS46 LKEKLNNEIVANKRESKGSSNIQETDEEDEEEEDDDDDDEGEDDGEESEETNREEEGKAK
120 130 140 150 160 170
140 150 160 170 180
pF1KE3 LGVHNLLNN---------------PKFDEETANNKGGKGPVRNVVKGEKVKPVFEEPPNP
..: :: :. .:.. .. . : . .. .: . :
CCDS46 EQIRNCENNCQQVTDKAFKEQRDRPEAQEQSEKKISKLDPKKLALDTSFLKVSTRPSGNQ
180 190 200 210 220 230
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 TNVEISLQQMKANDPSLQEVNLNNIKNIPIPTLREFAKALETNTHVKKFSLAATRSNDPV
:... ::.... :::...:.:::::.::: : .:..:.. : :.: :::: . ... :
CCDS46 TDLDGSLRRVRKNDPDMKELNLNNIENIPKEMLLDFVNAMKKNKHIKTFSLANVGADENV
240 250 260 270 280 290
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 AIAFADMLKVNKTLTSLNIESNFITGTGILALVEALKENDTLTEIKIDNQRQQLGTAVEM
:.:.:.::. :...:.:::::::::: ::.:... :. :.::::... :::..:: .::
CCDS46 AFALANMLRENRSITTLNIESNFITGKGIVAIMRCLQFNETLTELRFHNQRHMLGHHAEM
300 310 320 330 340 350
310 320 330 340 350
pF1KE3 EIAQMLEENSRILKFGYQFTKQGPRTRVAAAITKNNDLVRKKRVEADRR
:::..:. :. .::.::.: ::: :. .:.:.: :.:: : ...
CCDS46 EIARLLKANNTLLKMGYHFELPGPRMVVTNLLTRNQDKQRQKRQEEQKQQQLKEQKKLIA
360 370 380 390 400 410
CCDS46 MLENGLGLPPGMWELLGGPKPDSRMQEFFQPPPPRPPNPQNVPFSQRSEMMKKPSQAPKY
420 430 440 450 460 470
>>CCDS53457.1 LMOD1 gene_id:25802|Hs108|chr1 (600 aa)
initn: 648 init1: 516 opt: 536 Z-score: 559.7 bits: 112.8 E(32554): 7.4e-25
Smith-Waterman score: 545; 35.0% identity (61.2% similar) in 369 aa overlap (4-351:125-484)
10 20 30
pF1KE3 MALPFQKELEKYKNIDEDELLGKLSEEELKQLE
: . :.: . :.:: :: : :. :. :
CCDS53 KTDAKNGEERGRDASKKALGPRRDSDLGKEPKRGGLKKSFSRDRDEAGGK-SGEKPKE-E
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