Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3109
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3109, 278 aa
1>>>pF1KE3109 278 - 278 aa - 278 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.7209+/-0.000785; mu= 18.3076+/- 0.048
mean_var=72.9597+/-14.724, 0's: 0 Z-trim(109.3): 188 B-trim: 336 in 1/49
Lambda= 0.150153
statistics sampled from 10597 (10807) to 10597 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.716), E-opt: 0.2 (0.332), width: 16
Scan time: 2.480
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11816.1 RAB40B gene_id:10966|Hs108|chr17 ( 278) 1869 413.8 6.8e-116
CCDS35353.1 RAB40AL gene_id:282808|Hs108|chrX ( 278) 1641 364.4 5e-101
CCDS35357.1 RAB40A gene_id:142684|Hs108|chrX ( 277) 1613 358.4 3.3e-99
CCDS10413.1 RAB40C gene_id:57799|Hs108|chr16 ( 281) 1571 349.3 1.8e-96
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 511 119.5 2e-27
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 509 119.1 2.6e-27
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 503 117.8 6.6e-27
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 497 116.5 1.6e-26
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 493 115.6 2.9e-26
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 482 113.2 1.5e-25
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 471 110.8 7.9e-25
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 455 107.4 8.7e-24
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 451 106.5 1.7e-23
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 450 106.3 1.9e-23
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 442 104.6 6.4e-23
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 428 101.6 5.7e-22
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 418 99.5 2.7e-21
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 416 99.0 3.3e-21
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 415 98.7 3.7e-21
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 410 97.7 7.9e-21
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 409 97.4 9.3e-21
CCDS81812.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 166) 400 95.4 2.9e-20
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 399 95.3 4.1e-20
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 399 95.3 4.2e-20
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 397 94.8 5.5e-20
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 395 94.4 7e-20
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 395 94.4 7.8e-20
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 392 93.7 1.2e-19
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 389 93.0 1.5e-19
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 389 93.1 1.8e-19
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 387 92.6 2.3e-19
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 387 92.6 2.4e-19
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 385 92.2 3.3e-19
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 381 91.4 6.1e-19
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 381 91.4 6.2e-19
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 371 89.2 2.7e-18
CCDS75442.1 RAB44 gene_id:401258|Hs108|chr6 (1021) 376 90.9 3.9e-18
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 367 88.3 4.9e-18
CCDS53836.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 152) 365 87.8 5.3e-18
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 362 87.2 1e-17
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 360 86.8 1.4e-17
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 359 86.6 1.7e-17
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 357 86.2 2.2e-17
CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 357 86.2 2.3e-17
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 350 84.6 6.4e-17
CCDS56275.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 155) 348 84.1 6.9e-17
CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 352 85.6 1.1e-16
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 345 83.6 1.4e-16
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 340 82.5 2.9e-16
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 340 82.5 2.9e-16
>>CCDS11816.1 RAB40B gene_id:10966|Hs108|chr17 (278 aa)
initn: 1869 init1: 1869 opt: 1869 Z-score: 2194.2 bits: 413.8 E(32554): 6.8e-116
Smith-Waterman score: 1869; 100.0% identity (100.0% similar) in 278 aa overlap (1-278:1-278)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSALGSPVRAYDFLLKFLLVGDSDVGKGEILASLQDGAAESPYGHPAGIDYKTTTILLDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MSALGSPVRAYDFLLKFLLVGDSDVGKGEILASLQDGAAESPYGHPAGIDYKTTTILLDG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 RRVKLQLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFDGIDRWIKEIDEHAPGVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RRVKLQLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFDGIDRWIKEIDEHAPGVP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KILVGNRLHLAFKRQVPTEQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNITESFTELARIVLLRHGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KILVGNRLHLAFKRQVPTEQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNITESFTELARIVLLRHGM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 DRLWRPSKVLSLQDLCCRAVVSCTPVHLVDKLPLPIALRSHLKSFSMANGLNARMMHGGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DRLWRPSKVLSLQDLCCRAVVSCTPVHLVDKLPLPIALRSHLKSFSMANGLNARMMHGGS
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KE3 YSLTTSSTHKRSSLRKVKLVRPPQSPPKNCTRNSCKIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 YSLTTSSTHKRSSLRKVKLVRPPQSPPKNCTRNSCKIS
250 260 270
>>CCDS35353.1 RAB40AL gene_id:282808|Hs108|chrX (278 aa)
initn: 1641 init1: 1641 opt: 1641 Z-score: 1927.2 bits: 364.4 E(32554): 5e-101
Smith-Waterman score: 1641; 88.8% identity (95.3% similar) in 278 aa overlap (1-278:1-278)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSALGSPVRAYDFLLKFLLVGDSDVGKGEILASLQDGAAESPYGHPAGIDYKTTTILLDG
::: ::: .::::::::::::: ::::.::: :::::.:::::.: .:::::::::::::
CCDS35 MSAPGSPDQAYDFLLKFLLVGDRDVGKSEILESLQDGTAESPYSHLGGIDYKTTTILLDG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 RRVKLQLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFDGIDRWIKEIDEHAPGVP
.::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:::::.:.:::::::
CCDS35 QRVKLKLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFEGMDRWIKKIEEHAPGVP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KILVGNRLHLAFKRQVPTEQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNITESFTELARIVLLRHGM
::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::: .
CCDS35 KILVGNRLHLAFKRQVPREQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNIIESFTELARIVLLRHRL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 DRLWRPSKVLSLQDLCCRAVVSCTPVHLVDKLPLPIALRSHLKSFSMANGLNARMMHGGS
. : ::::::::::::::..::::::::::::::::::::::::::::.:::::::.: :
CCDS35 NWLGRPSKVLSLQDLCCRTIVSCTPVHLVDKLPLPIALRSHLKSFSMAKGLNARMMRGLS
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KE3 YSLTTSSTHKRSSLRKVKLVRPPQSPPKNCTRNSCKIS
:::::::::::::: :::.: :::::::::::::::::
CCDS35 YSLTTSSTHKRSSLCKVKIVCPPQSPPKNCTRNSCKIS
250 260 270
>>CCDS35357.1 RAB40A gene_id:142684|Hs108|chrX (277 aa)
initn: 1472 init1: 1472 opt: 1613 Z-score: 1894.5 bits: 358.4 E(32554): 3.3e-99
Smith-Waterman score: 1613; 88.1% identity (94.6% similar) in 278 aa overlap (1-278:1-277)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSALGSPVRAYDFLLKFLLVGDSDVGKGEILASLQDGAAESPYGHPAGIDYKTTTILLDG
::: ::: .::::::::::::: ::::.::: :::::::::::.: .:::::::::::::
CCDS35 MSAPGSPDQAYDFLLKFLLVGDRDVGKSEILESLQDGAAESPYSHLGGIDYKTTTILLDG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 RRVKLQLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFDGIDRWIKEIDEHAPGVP
.::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:::::.:.:::::::
CCDS35 QRVKLKLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFEGMDRWIKKIEEHAPGVP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KILVGNRLHLAFKRQVPTEQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNITESFTELARIVLLRHGM
::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::: :
CCDS35 KILVGNRLHLAFKRQVPREQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNIIESFTELARIVLLRHRM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 DRLWRPSKVLSLQDLCCRAVVSCTPVHLVDKLPLPIALRSHLKSFSMANGLNARMMHGGS
. : ::::::::::::::..::::::::::::::: .:::::::::::.:::::::.: :
CCDS35 NWLGRPSKVLSLQDLCCRTIVSCTPVHLVDKLPLPSTLRSHLKSFSMAKGLNARMMRGLS
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KE3 YSLTTSSTHKRSSLRKVKLVRPPQSPPKNCTRNSCKIS
:::::::::: ::: ::..: :::::::::::::::::
CCDS35 YSLTTSSTHK-SSLCKVEIVCPPQSPPKNCTRNSCKIS
250 260 270
>>CCDS10413.1 RAB40C gene_id:57799|Hs108|chr16 (281 aa)
initn: 1570 init1: 1438 opt: 1571 Z-score: 1845.2 bits: 349.3 E(32554): 1.8e-96
Smith-Waterman score: 1571; 78.6% identity (94.0% similar) in 281 aa overlap (1-278:1-281)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSALGSPVRAYDFLLKFLLVGDSDVGKGEILASLQDGAAESPYGHPAGIDYKTTTILLDG
:.. ::::..::.:::::::::::::::::: :::::::::::.. :::::::::::::
CCDS10 MGSQGSPVKSYDYLLKFLLVGDSDVGKGEILESLQDGAAESPYAYSNGIDYKTTTILLDG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 RRVKLQLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFDGIDRWIKEIDEHAPGVP
:::::.:::::::::::::::::::::::..:::::.:::::::::::::::::::::::
CCDS10 RRVKLELWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGILLVYDITNRWSFDGIDRWIKEIDEHAPGVP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KILVGNRLHLAFKRQVPTEQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNITESFTELARIVLLRHGM
.::::::::::::::::::::.::::. .::::::::::::. ::::::.::::.::::
CCDS10 RILVGNRLHLAFKRQVPTEQARAYAEKNCMTFFEVSPLCNFNVIESFTELSRIVLMRHGM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 DRLWRPSKVLSLQDLCCRAVVSCTPVHLVDKLPLPIALRSHLKSFSMANGLNARMMHGGS
...:::..:.:::::::::.::::::::.::::::....:::::::::::.:: :::: :
CCDS10 EKIWRPNRVFSLQDLCCRAIVSCTPVHLIDKLPLPVTIKSHLKSFSMANGMNAVMMHGRS
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KE3 YSLTTSST---HKRSSLRKVKLVRPPQSPPKNCTRNSCKIS
:::.... : .::.. : .:::::::.::.:..::::
CCDS10 YSLASGAGGGGSKGNSLKRSKSIRPPQSPPQNCSRSNCKIS
250 260 270 280
>>CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 (212 aa)
initn: 507 init1: 344 opt: 511 Z-score: 605.8 bits: 119.5 E(32554): 2e-27
Smith-Waterman score: 511; 44.0% identity (71.0% similar) in 193 aa overlap (9-195:3-193)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSALGSPVRAYDFLLKFLLVGDSDVGKGEILASLQDGAAESPYGHPAGIDYKTTTILLDG
. :: :...::.::: ::: .: . :. .: . :.:.: :: .::
CCDS76 MAKQYDVLFRLLLIGDSGVGKTCLLCRFTDNEFHSSHISTIGVDFKMKTIEVDG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE3 RRVKLQLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFDGIDRWIKEIDEHAP-GV
.:..:.:::.:: :. :: ..: : :::..:::::... :.. : .:....::.:: ::
CCDS76 IKVRIQIWDTAGQERYQTITKQYYRRAQGIFLVYDISSERSYQHIMKWVSDVDEYAPEGV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 PKILVGNRLHLAFKRQVPTEQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNITESFTELARIVLLRH-
:::.::. :::: ::.: :.. :. :.:.: :.:: ::::.:...:: :
CCDS76 QKILIGNKADEEQKRQVGREQGQQLAKEYGMDFYETSACTNLNIKESFTRLTELVLQAHR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 ----GMDRLWRPSKVLSLQDLCCRAVVSCTPVHLVDKLPLPIALRSHLKSFSMANGLNAR
:. :. : :. :.: .:
CCDS76 KELEGL-RM-RASNELALAELEEEEGKPEGPANSSKTCWC
180 190 200 210
>>CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 (203 aa)
initn: 506 init1: 350 opt: 509 Z-score: 603.7 bits: 119.1 E(32554): 2.6e-27
Smith-Waterman score: 509; 44.6% identity (72.0% similar) in 175 aa overlap (9-182:3-177)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSALGSPVRAYDFLLKFLLVGDSDVGKGEILASLQDGAAESPYGHPAGIDYKTTTILLDG
.::: :.:.::.::: ::: .. . . .. : :::.: :. ..:
CCDS10 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTYISTIGIDFKIRTVDIEG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE3 RRVKLQLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFDGIDRWIKEIDEHAP-GV
...:::.:::.:: :: :: .: :::.:.::::::... ::..:. :.: : :.: ::
CCDS10 KKIKLQVWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSIKENASAGV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 PKILVGNRLHLAFKRQVPTEQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNITESFTELARIVLLRHG
..:.::. . ::.: :::. :.. :. :::.: ..:. :.:. ::: .::. :
CCDS10 ERLLLGNKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLARDILLKSG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 MDRLWRPSKVLSLQDLCCRAVVSCTPVHLVDKLPLPIALRSHLKSFSMANGLNARMMHGG
:
CCDS10 GRRSGNGNKPPSTDLKTCDKKNTNKCSLG
180 190 200
>>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa)
initn: 499 init1: 394 opt: 503 Z-score: 596.6 bits: 117.8 E(32554): 6.6e-27
Smith-Waterman score: 503; 45.7% identity (72.0% similar) in 175 aa overlap (9-182:3-175)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSALGSPVRAYDFLLKFLLVGDSDVGKGEILASLQDGAAESPYGHPAGIDYKTTTILLDG
..::.:.:.::.::: ::: .: ... : .: . :::.: :: :::
CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE3 RRVKLQLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFDGIDRWIKEIDEHAPG-V
.:.:::.:::.:: :: :: .: :::.:..:::::.:. :::.: ::..:.::: . :
CCDS12 KRIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASADV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 PKILVGNRLHLAFKRQVPTEQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNITESFTELARIVLLRHG
:...::. . :::: :... : :. :.:.: :.:. ..: ::: . .
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::.
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CCDS17 VKEPNSENVDISSGGGVTGWKSKCC
180 190 200
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CCDS10 KKIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEHASSDV
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CCDS10 ERMILGNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLARDIMTKLN
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CCDS10 RKMNDSNSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
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CCDS46 KTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENV
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CCDS46 NKLLVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKKRMG
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]