FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3063, 219 aa 1>>>pF1KE3063 219 - 219 aa - 219 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3561+/-0.000809; mu= 14.1482+/- 0.049 mean_var=80.8187+/-15.875, 0's: 0 Z-trim(109.2): 209 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.142665 statistics sampled from 10505 (10740) to 10505 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.708), E-opt: 0.2 (0.33), width: 16 Scan time: 2.100 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 1461 309.8 8.4e-85 CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 1157 247.3 5.8e-66 CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 1131 241.9 2.3e-64 CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 1104 236.4 1.1e-62 CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 682 149.5 1.5e-36 CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 672 147.4 6.2e-36 CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 652 143.3 1e-34 CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 635 139.8 1.2e-33 CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 630 138.8 2.4e-33 CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 607 134.0 6.5e-32 CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 578 128.1 4e-30 CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 566 125.7 2.6e-29 CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 563 125.0 3.6e-29 CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 527 117.7 7e-27 CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 517 115.5 2.6e-26 CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 510 114.1 6.9e-26 CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 508 113.6 8.6e-26 CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 508 113.7 9.3e-26 CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 508 113.7 9.6e-26 CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 506 113.3 1.2e-25 CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 504 112.9 1.6e-25 CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 500 112.0 2.9e-25 CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 499 111.8 3e-25 CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 492 110.4 8.8e-25 CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 490 110.0 1.2e-24 CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 489 109.8 1.3e-24 CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 489 109.8 1.4e-24 CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 487 109.3 1.8e-24 CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 485 108.9 2.4e-24 CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 490 110.4 3.1e-24 CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 480 107.9 5e-24 CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 479 107.7 5.8e-24 CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 478 107.5 6.6e-24 CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 477 107.3 7.6e-24 CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 469 105.7 2.4e-23 CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 469 105.7 2.7e-23 CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 461 104.0 7.6e-23 CCDS75442.1 RAB44 gene_id:401258|Hs108|chr6 (1021) 469 106.2 7.9e-23 CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 460 103.8 8.6e-23 CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 460 103.8 8.6e-23 CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 455 102.8 1.8e-22 CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 453 102.4 2.4e-22 CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 450 101.6 2.8e-22 CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 450 101.8 3.7e-22 CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 447 101.1 5.1e-22 CCDS11958.1 RAB27B gene_id:5874|Hs108|chr18 ( 218) 439 99.5 1.8e-21 CCDS82514.1 WTH3DI gene_id:150786|Hs108|chr2 ( 254) 439 99.5 2e-21 CCDS10153.1 RAB27A gene_id:5873|Hs108|chr15 ( 221) 437 99.1 2.4e-21 CCDS46408.1 RAB6C gene_id:84084|Hs108|chr2 ( 254) 436 98.9 3e-21 CCDS53836.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 152) 425 96.5 9.8e-21 >>CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 (219 aa) initn: 1461 init1: 1461 opt: 1461 Z-score: 1636.0 bits: 309.8 E(32554): 8.4e-85 Smith-Waterman score: 1461; 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75.8% identity (92.7% similar) in 219 aa overlap (1-219:1-219) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK :::. : ..: .::.:::::::::::.::::::::::::::::::.:::::::::::::: CCDS56 MASVTDGKTGVKDASDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDTFTPAFVSTVGIDFK 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 VKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAAVQDWATQI :::::::.::.:::::::::::::::::::::::::::.:::::.:.::: ::::::::: CCDS56 VKTVYRHEKRVKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWATQI 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 KTYSWDNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKENINVKQVFERLV ::::::::::::::::::.:.:::::.: :. ::..:::.::::::::::.:.:.::::: CCDS56 KTYSWDNAQVILVGNKCDMEEERVVPTEKGQLLAEQLGFDFFEASAKENISVRQAFERLV 130 140 150 160 170 180 190 200 210 pF1KE3 DVICEKMNESLEPSSSSGSNGKGPAVGDAPAPQPSSCSC :.::.::..::. . : ...:. ..:.: ..::: CCDS56 DAICDKMSDSLDTDPSMLGSSKNTRLSDTPPLLQQNCSC 190 200 210 >>CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 (227 aa) initn: 1068 init1: 1068 opt: 1104 Z-score: 1238.6 bits: 236.4 E(32554): 1.1e-62 Smith-Waterman score: 1104; 73.5% identity (90.9% similar) in 219 aa overlap (1-219:9-227) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFV :::: :.. : .:..:::::::::::.::::::::::::::::::::: ::: CCDS39 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 STVGIDFKVKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAA ::::::::::::....::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.:.::: : CCDS39 STVGIDFKVKTVFKNEKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 VQDWATQIKTYSWDNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKENINV ::::.:::::::::::::::::::::.:::::. .: :..:...:::::::.:::.:::: CCDS39 VQDWSTQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQLGFEFFETSAKDNINV 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 pF1KE3 KQVFERLVDVICEKMNESLEPSSSSGSNGKGPAVGDAPAPQPSSCSC ::.::::::.::.::.:::: . . . .. . ..: : .:.: CCDS39 KQTFERLVDIICDKMSESLETDPAITAAKQNTRLKETPPPPQPNCAC 190 200 210 220 >>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa) initn: 680 init1: 680 opt: 682 Z-score: 769.8 bits: 149.5 E(32554): 1.5e-36 Smith-Waterman score: 682; 50.2% identity (78.8% similar) in 203 aa overlap (17-219:3-204) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK ...::.:::::::.:.:::: :::...:.:. .:.::.::::: CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFK 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 VKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAAVQDWATQI ..:. :::::::::::::::.:::::::::::::..:.:::.:..:: ...: .: CCDS12 IRTIELDGKRIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNI 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 KTYSWDNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKENINVKQVFERLV . .. ... ...:::::..:.: : : :..:: : :..:.:.::: ::::...: :. CCDS12 EEHASADVEKMILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLA 110 120 130 140 150 160 190 200 210 pF1KE3 DVICEKMNESLEPSSSSGSNGKGPAVGDAPAPQPSSCSC : ::...:: .: .::: .: . . : : CCDS12 RDIKAKMDKKLEGNSPQGSN-QGVKITPDQQKRSSFFRCVLL 170 180 190 200 >>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa) initn: 643 init1: 623 opt: 672 Z-score: 758.6 bits: 147.4 E(32554): 6.2e-36 Smith-Waterman score: 672; 50.8% identity (84.9% similar) in 185 aa overlap (17-201:3-187) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK ...::.:::::::.:.:::: .:::...:.:. .:.::.::::: CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFK 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 VKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAAVQDWATQI ..:. :.:::::::::::::.:::::::::::::..:.:::.:..:: ...: .: CCDS10 IRTIELDGKKIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNI 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 KTYSWDNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKENINVKQVFERLV . .. .... ...:::::..:.: : : :..:: : :..:.:.::: . ::...: :. CCDS10 EEHASSDVERMILGNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLA 110 120 130 140 150 160 190 200 210 pF1KE3 DVICEKMNESLEPSSSSGSNGKGPAVGDAPAPQPSSCSC : :.:.... :.:.:..: CCDS10 RDIMTKLNRKMNDSNSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL 170 180 190 200 >>CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 (200 aa) initn: 645 init1: 623 opt: 652 Z-score: 736.6 bits: 143.3 E(32554): 1e-34 Smith-Waterman score: 652; 50.3% identity (80.8% similar) in 193 aa overlap (15-201:2-194) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK : ...: .:::::::.:.:::: :::..::.:. .:.::.::::: CCDS17 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFK 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 VKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAAVQDWATQI .::: . :.:::::::::::::..::::.:::::::..:.:::.: .:: .. : .: CCDS17 IKTVELQGKKIKLQIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNI 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 KTYSWDNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKENINVKQVFERLV .. .... .:.:::::..:.:::: :...: . :..:::.::: :::....: :. CCDS17 DEHANEDVERMLLGNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLA 110 120 130 140 150 160 190 200 210 pF1KE3 DVICEKM------NESLEPSSSSGSNGKGPAVGDAPAPQPSSCSC . : .: .:... ::..: .: CCDS17 EDILRKTPVKEPNSENVDISSGGGVTGWKSKCC 170 180 190 200 >>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa) initn: 639 init1: 619 opt: 635 Z-score: 717.5 bits: 139.8 E(32554): 1.2e-33 Smith-Waterman score: 635; 44.9% identity (78.0% similar) in 205 aa overlap (16-219:5-205) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK . ..::.:::::::.:.:::. .:.:.:::..: ...::.:.::: CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFK 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 VKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAAVQDWATQI ..:. : :::::::::::::.::::..::::: :....::...:::: :..: .: CCDS46 IRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEI 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 KTYSWDNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKENINVKQVFERLV :. .:.. .:::::::: ..:: ....::.::. :.:.:::. ::.: : .. CCDS46 DRYASENVNKLLVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMA 110 120 130 140 150 160 190 200 210 pF1KE3 DVICEKMNESLEPSSSSGSNGKGPA-VGDAPAPQPSSCSC : ..:. :....:. :. . . ..:. : .. : CCDS46 AEIKKRMG----PGATAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC 170 180 190 200 >>CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 (201 aa) initn: 615 init1: 595 opt: 630 Z-score: 712.1 bits: 138.8 E(32554): 2.4e-33 Smith-Waterman score: 630; 45.4% identity (78.0% similar) in 205 aa overlap (16-219:2-200) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK . ..::.:::::::.:.:::. .:.:.:::..: ...::.:.::: CCDS31 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFK 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 VKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAAVQDWATQI ..:. : :::::::::::::.::::..::::: :....::...:::.: :..: .: CCDS31 IRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEI 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 KTYSWDNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKENINVKQVFERLV :. .:.. .::::: :: ..:: ....::.::. :.:.:::. ::.:.: .. CCDS31 DRYASENVNKLLVGNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMA 110 120 130 140 150 160 190 200 210 pF1KE3 DVICEKMNESLEPSSSSGSNGKGPAVG-DAPAPQPSSCSC : ..:. :...:: :. : . :. .:.. .: CCDS31 AEIKKRMG----PGAASG--GERPNLKIDSTPVKPAGGGCC 170 180 190 200 >>CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 (203 aa) initn: 601 init1: 578 opt: 607 Z-score: 686.5 bits: 134.0 E(32554): 6.5e-32 Smith-Waterman score: 607; 44.8% identity (76.8% similar) in 203 aa overlap (17-219:3-200) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK . .:..:::::::.:.:::: ...:.:.:.:. ...::.::::: CCDS10 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTYISTIGIDFK 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 VKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAAVQDWATQI ..:: . :.::::.::::::::..::::::::::::..:.:::....:: .:.: .: CCDS10 IRTVDIEGKKIKLQVWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSI 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 KTYSWDNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKENINVKQVFERLV : . ... .:.:::::.: .: : :.. .:: . :..:::.::: ..:: ..: :. CCDS10 KENASAGVERLLLGNKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLA 110 120 130 140 150 160 190 200 210 pF1KE3 DVICEKMNESLEPSSSSGSNGKGPAVGDAPAPQPSSCSC : : . . ::...: :.. . .. .: CCDS10 RDILLKSG-----GRRSGNGNKPPSTDLKTCDKKNTNKCSLG 170 180 190 200 219 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 06:03:41 2016 done: Sun Nov 6 06:03:42 2016 Total Scan time: 2.100 Total Display time: 0.000 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]