FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE2787, 577 aa
  1>>>pF1KE2787     577 - 577 aa - 577 aa
Library: human.CCDS.faa
  18921897 residues in 33420 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4502+/-0.000897; mu= 19.1008+/- 0.054
 mean_var=82.1017+/-17.091, 0's: 0 Z-trim(107.2): 13  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.141546
 statistics sampled from 9534 (9540) to 9534 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.626), E-opt: 0.2 (0.285), width:  16
 Scan time:  1.660

The best scores are:                                      opt bits E(33420)
CCDS9264.1 SLC15A4 gene_id:121260|Hs109|chr12      ( 577) 3805 787.0       0
CCDS7998.1 SLC15A3 gene_id:51296|Hs109|chr11       ( 581) 1656 348.2 1.7e-95


>>CCDS9264.1 SLC15A4 gene_id:121260|Hs109|chr12           (577 aa)
 initn: 3805 init1: 3805 opt: 3805  Z-score: 4199.8  bits: 787.0 E(33420):    0
Smith-Waterman score: 3805; 100.0% identity (100.0% similar) in 577 aa overlap (1-577:1-577)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MEGSGGGAGERAPLLGARRAAAAAAAAGAFAGRRAACGAVLLTELLERAAFYGITSNLVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 MEGSGGGAGERAPLLGARRAAAAAAAAGAFAGRRAACGAVLLTELLERAAFYGITSNLVL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 FLNGAPFCWEGAQASEALLLFMGLTYLGSPFGGWLADARLGRARAILLSLALYLLGMLAF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 FLNGAPFCWEGAQASEALLLFMGLTYLGSPFGGWLADARLGRARAILLSLALYLLGMLAF
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 PLLAAPATRAALCGSARLLNCTAPGPDAAARCCSPATFAGLVLVGLGVATVKANITPFGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 PLLAAPATRAALCGSARLLNCTAPGPDAAARCCSPATFAGLVLVGLGVATVKANITPFGA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 DQVKDRGPEATRRFFNWFYWSINLGAILSLGGIAYIQQNVSFVTGYAIPTVCVGLAFVVF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 DQVKDRGPEATRRFFNWFYWSINLGAILSLGGIAYIQQNVSFVTGYAIPTVCVGLAFVVF
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE2 LCGQSVFITKPPDGSAFTDMFKILTYSCCSQKRSGERQSNGEGIGVFQQSSKQSLFDSCK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 LCGQSVFITKPPDGSAFTDMFKILTYSCCSQKRSGERQSNGEGIGVFQQSSKQSLFDSCK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE2 MSHGGPFTEEKVEDVKALVKIVPVFLALIPYWTVYFQMQTTYVLQSLHLRIPEISNITTT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 MSHGGPFTEEKVEDVKALVKIVPVFLALIPYWTVYFQMQTTYVLQSLHLRIPEISNITTT
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE2 PHTLPAAWLTMFDAVLILLLIPLKDKLVDPILRRHGLLPSSLKRIAVGMFFVMCSAFAAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 PHTLPAAWLTMFDAVLILLLIPLKDKLVDPILRRHGLLPSSLKRIAVGMFFVMCSAFAAG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE2 ILESKRLNLVKEKTINQTIGNVVYHAADLSLWWQVPQYLLIGISEIFASIAGLEFAYSAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 ILESKRLNLVKEKTINQTIGNVVYHAADLSLWWQVPQYLLIGISEIFASIAGLEFAYSAA
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE2 PKSMQSAIMGLFFFFSGVGSFVGSGLLALVSIKAIGWMSSHTDFGNINGCYLNYYFFLLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 PKSMQSAIMGLFFFFSGVGSFVGSGLLALVSIKAIGWMSSHTDFGNINGCYLNYYFFLLA
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       
pF1KE2 AIQGATLLLFLIISVKYDHHRDHQRSRANGVPTSRRA
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 AIQGATLLLFLIISVKYDHHRDHQRSRANGVPTSRRA
              550       560       570       

>>CCDS7998.1 SLC15A3 gene_id:51296|Hs109|chr11            (581 aa)
 initn: 1414 init1: 523 opt: 1656  Z-score: 1828.0  bits: 348.2 E(33420): 1.7e-95
Smith-Waterman score: 1831; 50.8% identity (75.0% similar) in 587 aa overlap (9-570:14-581)

                    10          20        30        40        50   
pF1KE2      MEGSGGGAGERAPLL--GARRAAAAAAAAGAFAGRRAACGAVLLTELLERAAFYG
                    ::: :::  :::         :    :::: .::::.:.::::::.:
CCDS79 MPAPRAREQPRVPGERQPLLPRGAR---------GPRRWRRAAGAAVLLVEMLERAAFFG
               10        20                 30        40        50 

            60        70        80        90       100       110   
pF1KE2 ITSNLVLFLNGAPFCWEGAQASEALLLFMGLTYLGSPFGGWLADARLGRARAILLSLALY
       .:.::::.::.. : : : ::..: :.:.: .:: .: ::::::. ::: ::. ::: ::
CCDS79 VTANLVLYLNSTNFNWTGEQATRAALVFLGASYLLAPVGGWLADVYLGRYRAVALSLLLY
              60        70        80        90       100       110 

           120       130         140          150        160       
pF1KE2 LLGMLAFPLLAAPATRAALCGS--ARLLN--CTAPG-PDAAAR-CCSPATFAGLVLVGLG
       : .   .:  : :  :...::   :  :.  : . : : ..    :.:. .:::.:.::.
CCDS79 LAASGLLPATAFPDGRSSFCGEMPASPLGPACPSAGCPRSSPSPYCAPVLYAGLLLLGLA
             120       130       140       150       160       170 

       170       180       190       200       210       220       
pF1KE2 VATVKANITPFGADQVKDRGPEATRRFFNWFYWSINLGAILSLGGIAYIQQNVSFVTGYA
       ...:..:.: :::::: : : .:::::::::::::::::.:::  .:.::::.::. ::.
CCDS79 ASSVRSNLTSFGADQVMDLGRDATRRFFNWFYWSINLGAVLSLLVVAFIQQNISFLLGYS
             180       190       200       210       220       230 

       230       240       250       260       270       280       
pF1KE2 IPTVCVGLAFVVFLCGQSVFITKPPDGSAFTDMFKILTYSCCSQKRSGERQSNGEGIGVF
       ::. :::::: .:: .  ::::::: ::  ..:.:.   .:: :    .:.:  .     
CCDS79 IPVGCVGLAFFIFLFATPVFITKPPMGSQVSSMLKLALQNCCPQLW--QRHSARD-----
             240       250       260       270         280         

       290       300       310       320       330       340       
pF1KE2 QQSSKQSLFDSCKMSHGGPFTEEKVEDVKALVKIVPVFLALIPYWTVYFQMQTTYVLQSL
       .: ..  .. . .  . :   .: . . ..::::.::...:.::: ::::::.:::::.:
CCDS79 RQCAR--VLADERSPQPGASPQEDIANFQVLVKILPVMVTLVPYWMVYFQMQSTYVLQGL
            290       300       310       320       330       340  

       350                  360       370       380       390      
pF1KE2 HLRIPEI-----SNITT------TPHTLPAAWLTMFDAVLILLLIPLKDKLVDPILRRHG
       ::.::.:     .::..      . .:.: ::: . ..:..:.:.::::.:.::.: :  
CCDS79 HLHIPNIFPANPANISVALRAQGSSYTIPEAWLLLANVVVVLILVPLKDRLIDPLLLRCK
            350       360       370       380       390       400  

        400       410       420       430        440       450     
pF1KE2 LLPSSLKRIAVGMFFVMCSAFAAGILESKRLNLVKE-KTINQTIGNVVYHAADLSLWWQV
       ::::.:...:.:::: . :...::.:: .::. ... .:..: ::.:.:.:: ::.:::.
CCDS79 LLPSALQKMALGMFFGFTSVIVAGVLEMERLHYIHHNETVSQQIGEVLYNAAPLSIWWQI
            410       420       430       440       450       460  

         460       470       480       490       500       510     
pF1KE2 PQYLLIGISEIFASIAGLEFAYSAAPKSMQSAIMGLFFFFSGVGSFVGSGLLALVSIKAI
       ::::::::::::::: ::::::: ::.:::.::::.:: .:::::..::.:.::.:. . 
CCDS79 PQYLLIGISEIFASIPGLEFAYSEAPRSMQGAIMGIFFCLSGVGSLLGSSLVALLSLPG-
            470       480       490       500       510       520  

         520       530       540       550       560            570
pF1KE2 GWMSSHTDFGNINGCYLNYYFFLLAAIQGATLLLFLIISVKYDHHRD----HQR-SRANG
       ::.    ::::::.: .. ::::::.::..: :::. :. .:..  .    :.: ::  :
CCDS79 GWLHCPKDFGNINNCRMDLYFFLLAGIQAVTALLFVWIAGRYERASQGPASHSRFSRDRG
             530       540       550       560       570       580 

              
pF1KE2 VPTSRRA




577 residues in 1 query   sequences
18921897 residues in 33420 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]