FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2776, 405 aa
1>>>pF1KE2776 405 - 405 aa - 405 aa
Library: human.CCDS.faa
18921897 residues in 33420 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6786+/-0.00108; mu= 16.2671+/- 0.065
mean_var=131.9373+/-24.017, 0's: 0 Z-trim(108.3): 86 B-trim: 25 in 1/49
Lambda= 0.111658
statistics sampled from 10183 (10258) to 10183 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.676), E-opt: 0.2 (0.307), width: 16
Scan time: 1.310
The best scores are: opt bits E(33420)
CCDS47587.1 EGFR gene_id:1956|Hs109|chr7 ( 405) 2824 466.7 1.8e-131
CCDS5516.1 EGFR gene_id:1956|Hs109|chr7 ( 628) 2815 465.4 6.6e-131
CCDS5515.1 EGFR gene_id:1956|Hs109|chr7 ( 705) 2815 465.5 7.1e-131
CCDS5514.1 EGFR gene_id:1956|Hs109|chr7 (1210) 2815 465.8 9.9e-131
CCDS87507.1 EGFR gene_id:1956|Hs109|chr7 (1091) 1614 272.3 1.6e-72
CCDS87506.1 EGFR gene_id:1956|Hs109|chr7 (1165) 1614 272.3 1.7e-72
CCDS42811.1 ERBB4 gene_id:2066|Hs109|chr2 (1292) 1353 230.3 8.2e-60
CCDS2394.1 ERBB4 gene_id:2066|Hs109|chr2 (1308) 1353 230.3 8.2e-60
CCDS31833.1 ERBB3 gene_id:2065|Hs109|chr12 (1342) 1233 211.0 5.5e-54
CCDS77017.1 ERBB2 gene_id:2064|Hs109|chr17 ( 603) 948 164.7 2.2e-40
CCDS77016.1 ERBB2 gene_id:2064|Hs109|chr17 (1055) 948 165.0 3.1e-40
CCDS45667.1 ERBB2 gene_id:2064|Hs109|chr17 (1225) 948 165.0 3.4e-40
CCDS74052.1 ERBB2 gene_id:2064|Hs109|chr17 (1240) 948 165.1 3.5e-40
CCDS32642.1 ERBB2 gene_id:2064|Hs109|chr17 (1255) 948 165.1 3.5e-40
CCDS42487.1 INSR gene_id:3643|Hs109|chr19 (1370) 444 83.9 1e-15
CCDS12176.1 INSR gene_id:3643|Hs109|chr19 (1382) 444 83.9 1e-15
CCDS73785.1 IGF1R gene_id:3480|Hs109|chr15 (1366) 391 75.4 3.8e-13
CCDS10378.1 IGF1R gene_id:3480|Hs109|chr15 (1367) 391 75.4 3.8e-13
CCDS44918.1 ERBB3 gene_id:2065|Hs109|chr12 ( 183) 341 66.3 2.8e-11
>>CCDS47587.1 EGFR gene_id:1956|Hs109|chr7 (405 aa)
initn: 2824 init1: 2824 opt: 2824 Z-score: 2473.9 bits: 466.7 E(33420): 1.8e-131
Smith-Waterman score: 2824; 100.0% identity (100.0% similar) in 405 aa overlap (1-405:1-405)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 VLSNYDANKTGLKELPMRNLQEILHGAVRFSNNPALCNVESIQWRDIVSSDFLSNMSMDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VLSNYDANKTGLKELPMRNLQEILHGAVRFSNNPALCNVESIQWRDIVSSDFLSNMSMDF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 QNHLGSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QNHLGSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 TGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 VTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KE2 NCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGLS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGLS
370 380 390 400
>>CCDS5516.1 EGFR gene_id:1956|Hs109|chr7 (628 aa)
initn: 2904 init1: 2815 opt: 2815 Z-score: 2463.9 bits: 465.4 E(33420): 6.6e-131
Smith-Waterman score: 2815; 99.8% identity (100.0% similar) in 404 aa overlap (1-404:1-404)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 VLSNYDANKTGLKELPMRNLQEILHGAVRFSNNPALCNVESIQWRDIVSSDFLSNMSMDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VLSNYDANKTGLKELPMRNLQEILHGAVRFSNNPALCNVESIQWRDIVSSDFLSNMSMDF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 QNHLGSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 QNHLGSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 TGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 VTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KE2 NCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGLS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS55 NCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGFLLIQAWPENRTDLHAF
370 380 390 400 410 420
CCDS55 ENLEIIRGRTKQHGQFSLAVVSLNITSLGLRSLKEISDGDVIISGNKNLCYANTINWKKL
430 440 450 460 470 480
>>CCDS5515.1 EGFR gene_id:1956|Hs109|chr7 (705 aa)
initn: 2904 init1: 2815 opt: 2815 Z-score: 2463.3 bits: 465.5 E(33420): 7.1e-131
Smith-Waterman score: 2815; 99.8% identity (100.0% similar) in 404 aa overlap (1-404:1-404)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 VLSNYDANKTGLKELPMRNLQEILHGAVRFSNNPALCNVESIQWRDIVSSDFLSNMSMDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VLSNYDANKTGLKELPMRNLQEILHGAVRFSNNPALCNVESIQWRDIVSSDFLSNMSMDF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 QNHLGSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 QNHLGSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 TGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 VTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KE2 NCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGLS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS55 NCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGFLLIQAWPENRTDLHAF
370 380 390 400 410 420
CCDS55 ENLEIIRGRTKQHGQFSLAVVSLNITSLGLRSLKEISDGDVIISGNKNLCYANTINWKKL
430 440 450 460 470 480
>>CCDS5514.1 EGFR gene_id:1956|Hs109|chr7 (1210 aa)
initn: 2904 init1: 2815 opt: 2815 Z-score: 2460.7 bits: 465.8 E(33420): 9.9e-131
Smith-Waterman score: 2815; 99.8% identity (100.0% similar) in 404 aa overlap (1-404:1-404)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 VLSNYDANKTGLKELPMRNLQEILHGAVRFSNNPALCNVESIQWRDIVSSDFLSNMSMDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VLSNYDANKTGLKELPMRNLQEILHGAVRFSNNPALCNVESIQWRDIVSSDFLSNMSMDF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 QNHLGSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 QNHLGSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 TGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 VTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KE2 NCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGLS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS55 NCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGFLLIQAWPENRTDLHAF
370 380 390 400 410 420
CCDS55 ENLEIIRGRTKQHGQFSLAVVSLNITSLGLRSLKEISDGDVIISGNKNLCYANTINWKKL
430 440 450 460 470 480
>>CCDS87507.1 EGFR gene_id:1956|Hs109|chr7 (1091 aa)
initn: 2571 init1: 1600 opt: 1614 Z-score: 1415.6 bits: 272.3 E(33420): 1.6e-72
Smith-Waterman score: 2394; 88.6% identity (88.9% similar) in 404 aa overlap (1-404:1-359)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 VLSNYDANKTGLKELPMRNLQEILHGAVRFSNNPALCNVESIQWRDIVSSDFLSNMSMDF
::::::::::::::::::::: :
CCDS87 VLSNYDANKTGLKELPMRNLQ----G----------------------------------
130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 QNHLGSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 -------QKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGC
150 160 170 180 190
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 TGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 TGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYV
200 210 220 230 240 250
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 VTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 VTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFK
260 270 280 290 300 310
370 380 390 400
pF1KE2 NCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGLS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS87 NCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGFLLIQAWPENRTDLHAF
320 330 340 350 360 370
CCDS87 ENLEIIRGRTKQHGQFSLAVVSLNITSLGLRSLKEISDGDVIISGNKNLCYANTINWKKL
380 390 400 410 420 430
>>CCDS87506.1 EGFR gene_id:1956|Hs109|chr7 (1165 aa)
initn: 2513 init1: 1600 opt: 1614 Z-score: 1415.3 bits: 272.3 E(33420): 1.7e-72
Smith-Waterman score: 2394; 88.6% identity (88.9% similar) in 404 aa overlap (1-404:1-359)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 VLSNYDANKTGLKELPMRNLQEILHGAVRFSNNPALCNVESIQWRDIVSSDFLSNMSMDF
::::::::::::::::::::: :
CCDS87 VLSNYDANKTGLKELPMRNLQ----G----------------------------------
130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 QNHLGSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 -------QKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGC
150 160 170 180 190
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 TGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 TGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYV
200 210 220 230 240 250
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 VTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 VTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFK
260 270 280 290 300 310
370 380 390 400
pF1KE2 NCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGLS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS87 NCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGFLLIQAWPENRTDLHAF
320 330 340 350 360 370
CCDS87 ENLEIIRGRTKQHGQFSLAVVSLNITSLGLRSLKEISDGDVIISGNKNLCYANTINWKKL
380 390 400 410 420 430
>>CCDS42811.1 ERBB4 gene_id:2066|Hs109|chr2 (1292 aa)
initn: 1085 init1: 775 opt: 1353 Z-score: 1187.5 bits: 230.3 E(33420): 8.2e-60
Smith-Waterman score: 1353; 45.6% identity (77.8% similar) in 406 aa overlap (1-404:1-401)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
:.:. :. . ..::.: . . . ..:: :: :::..:. .:... .:.....::::
CCDS42 MKPA-TGLWVWVSLLVA-AGTVQPSDSQSVCAGTENKLSSLSDLEQQYRALRKYYENCEV
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]