Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2731
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2731, 324 aa
1>>>pF1KE2731 324 - 324 aa - 324 aa
Library: human.CCDS.faa
18921897 residues in 33420 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6040+/-0.0012; mu= -0.5031+/- 0.068
mean_var=347.3714+/-80.646, 0's: 0 Z-trim(109.8): 554 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.068814
statistics sampled from 10546 (11274) to 10546 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.704), E-opt: 0.2 (0.337), width: 16
Scan time: 1.870
The best scores are: opt bits E(33420)
CCDS5462.1 CDK13 gene_id:8621|Hs109|chr7 (1452) 2093 222.9 1.3e-57
CCDS5461.1 CDK13 gene_id:8621|Hs109|chr7 (1512) 2093 222.9 1.3e-57
CCDS45666.1 CDK12 gene_id:51755|Hs109|chr17 (1481) 1746 188.4 3e-47
CCDS11337.1 CDK12 gene_id:51755|Hs109|chr17 (1490) 1746 188.4 3.1e-47
CCDS6879.1 CDK9 gene_id:1025|Hs109|chr9 ( 372) 802 93.9 2.2e-19
CCDS5628.1 CDK6 gene_id:1021|Hs109|chr7 ( 326) 582 72.0 7.6e-13
CCDS8953.1 CDK4 gene_id:1019|Hs109|chr12 ( 303) 550 68.8 6.6e-12
CCDS32514.2 CDK10 gene_id:8558|Hs109|chr16 ( 272) 528 66.5 2.8e-11
CCDS11206.1 MAPK7 gene_id:5598|Hs109|chr17 ( 816) 532 67.6 4.1e-11
CCDS3999.1 CDK7 gene_id:1022|Hs109|chr5 ( 346) 516 65.5 7.4e-11
>>CCDS5462.1 CDK13 gene_id:8621|Hs109|chr7 (1452 aa)
initn: 2093 init1: 2093 opt: 2093 Z-score: 1148.1 bits: 222.9 E(33420): 1.3e-57
Smith-Waterman score: 2093; 100.0% identity (100.0% similar) in 312 aa overlap (1-312:615-926)
10 20 30
pF1KE2 MLPEDKEADSLRGNISVKAVKKEVEKKLRC
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 KPLTPSIGAKEKEQHVALVTSTLPPLPLPPMLPEDKEADSLRGNISVKAVKKEVEKKLRC
590 600 610 620 630 640
40 50 60 70 80 90
pF1KE2 LLADLPLPPELPGGDDLSKSPEEKKTATQLHSKRRPKICGPRYGETKEKDIDWGKRCVDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LLADLPLPPELPGGDDLSKSPEEKKTATQLHSKRRPKICGPRYGETKEKDIDWGKRCVDK
650 660 670 680 690 700
100 110 120 130 140 150
pF1KE2 FDIIGIIGEGTYGQVYKARDKDTGEMVALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLTHQSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 FDIIGIIGEGTYGQVYKARDKDTGEMVALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLTHQSI
710 720 730 740 750 760
160 170 180 190 200 210
pF1KE2 INMKEIVTDKEDALDFKKDKGAFYLVFEYMDHDLMGLLESGLVHFNENHIKSFMRQLMEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 INMKEIVTDKEDALDFKKDKGAFYLVFEYMDHDLMGLLESGLVHFNENHIKSFMRQLMEG
770 780 790 800 810 820
220 230 240 250 260 270
pF1KE2 LDYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNRGQIKLADFGLARLYSSEESRPYTNKVITLWYRPPEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LDYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNRGQIKLADFGLARLYSSEESRPYTNKVITLWYRPPEL
830 840 850 860 870 880
280 290 300 310 320
pF1KE2 LLGEERYTPAIDVWSCGCILGELFTKKPIFQANQELAQLELIRHEENEVSDKQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LLGEERYTPAIDVWSCGCILGELFTKKPIFQANQELAQLELISRICGSPCPAVWPDVIKL
890 900 910 920 930 940
CCDS54 PYFNTMKPKKQYRRKLREEFVFIPAAALDLFDYMLALDPSKRCTAEQALQCEFLRDVEPS
950 960 970 980 990 1000
>>CCDS5461.1 CDK13 gene_id:8621|Hs109|chr7 (1512 aa)
initn: 2093 init1: 2093 opt: 2093 Z-score: 1147.9 bits: 222.9 E(33420): 1.3e-57
Smith-Waterman score: 2093; 100.0% identity (100.0% similar) in 312 aa overlap (1-312:615-926)
10 20 30
pF1KE2 MLPEDKEADSLRGNISVKAVKKEVEKKLRC
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 KPLTPSIGAKEKEQHVALVTSTLPPLPLPPMLPEDKEADSLRGNISVKAVKKEVEKKLRC
590 600 610 620 630 640
40 50 60 70 80 90
pF1KE2 LLADLPLPPELPGGDDLSKSPEEKKTATQLHSKRRPKICGPRYGETKEKDIDWGKRCVDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LLADLPLPPELPGGDDLSKSPEEKKTATQLHSKRRPKICGPRYGETKEKDIDWGKRCVDK
650 660 670 680 690 700
100 110 120 130 140 150
pF1KE2 FDIIGIIGEGTYGQVYKARDKDTGEMVALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLTHQSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 FDIIGIIGEGTYGQVYKARDKDTGEMVALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLTHQSI
710 720 730 740 750 760
160 170 180 190 200 210
pF1KE2 INMKEIVTDKEDALDFKKDKGAFYLVFEYMDHDLMGLLESGLVHFNENHIKSFMRQLMEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 INMKEIVTDKEDALDFKKDKGAFYLVFEYMDHDLMGLLESGLVHFNENHIKSFMRQLMEG
770 780 790 800 810 820
220 230 240 250 260 270
pF1KE2 LDYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNRGQIKLADFGLARLYSSEESRPYTNKVITLWYRPPEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LDYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNRGQIKLADFGLARLYSSEESRPYTNKVITLWYRPPEL
830 840 850 860 870 880
280 290 300 310 320
pF1KE2 LLGEERYTPAIDVWSCGCILGELFTKKPIFQANQELAQLELIRHEENEVSDKQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LLGEERYTPAIDVWSCGCILGELFTKKPIFQANQELAQLELISRICGSPCPAVWPDVIKL
890 900 910 920 930 940
CCDS54 PYFNTMKPKKQYRRKLREEFVFIPAAALDLFDYMLALDPSKRCTAEQALQCEFLRDVEPS
950 960 970 980 990 1000
>>CCDS45666.1 CDK12 gene_id:51755|Hs109|chr17 (1481 aa)
initn: 1673 init1: 1577 opt: 1746 Z-score: 961.8 bits: 188.4 E(33420): 3e-47
Smith-Waterman score: 1746; 83.2% identity (90.5% similar) in 315 aa overlap (1-312:635-948)
10 20 30
pF1KE2 MLPEDKEADSLRGNISVKAVKKEVEKKLRC
.:: : . :: . .. : :::: :.. :
CCDS45 VQVSVKTQVSVTAAIPHLKTSTLPPLPLPPLLPGDDDMDSPKETLPSKPVKKEKEQRTRH
610 620 630 640 650 660
40 50 60 70 80
pF1KE2 LLADLPLPPELPGGDDLSK--SPEEKK-TATQLHSKRRPKICGPRYGETKEKDIDWGKRC
::.:::::::::::: :: ::: : : : :.::::: ::::: .. . ::::::
CCDS45 LLTDLPLPPELPGGD-LSPPDSPEPKAITPPQQPYKKRPKICCPRYGERRQTESDWGKRC
670 680 690 700 710 720
90 100 110 120 130 140
pF1KE2 VDKFDIIGIIGEGTYGQVYKARDKDTGEMVALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLTH
:::::::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::::::::::::::::: :
CCDS45 VDKFDIIGIIGEGTYGQVYKAKDKDTGELVALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLIH
730 740 750 760 770 780
150 160 170 180 190 200
pF1KE2 QSIINMKEIVTDKEDALDFKKDKGAFYLVFEYMDHDLMGLLESGLVHFNENHIKSFMRQL
.:..:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.::::::.::
CCDS45 RSVVNMKEIVTDKQDALDFKKDKGAFYLVFEYMDHDLMGLLESGLVHFSEDHIKSFMKQL
790 800 810 820 830 840
210 220 230 240 250 260
pF1KE2 MEGLDYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNRGQIKLADFGLARLYSSEESRPYTNKVITLWYRP
::::.::::::::::::::::::::: ::::::::::::::.::::::::::::::::::
CCDS45 MEGLEYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNSGQIKLADFGLARLYNSEESRPYTNKVITLWYRP
850 860 870 880 890 900
270 280 290 300 310 320
pF1KE2 PELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGELFTKKPIFQANQELAQLELIRHEENEVSDKQI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::
CCDS45 PELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGELFTKKPIFQANLELAQLELISRLCGSPCPAVWPDV
910 920 930 940 950 960
CCDS45 IKLPYFNTMKPKKQYRRRLREEFSFIPSAALDLLDHMLTLDPSKRCTAEQTLQSDFLKDV
970 980 990 1000 1010 1020
>>CCDS11337.1 CDK12 gene_id:51755|Hs109|chr17 (1490 aa)
initn: 1673 init1: 1577 opt: 1746 Z-score: 961.8 bits: 188.4 E(33420): 3.1e-47
Smith-Waterman score: 1746; 83.2% identity (90.5% similar) in 315 aa overlap (1-312:635-948)
10 20 30
pF1KE2 MLPEDKEADSLRGNISVKAVKKEVEKKLRC
.:: : . :: . .. : :::: :.. :
CCDS11 VQVSVKTQVSVTAAIPHLKTSTLPPLPLPPLLPGDDDMDSPKETLPSKPVKKEKEQRTRH
610 620 630 640 650 660
40 50 60 70 80
pF1KE2 LLADLPLPPELPGGDDLSK--SPEEKK-TATQLHSKRRPKICGPRYGETKEKDIDWGKRC
::.:::::::::::: :: ::: : : : :.::::: ::::: .. . ::::::
CCDS11 LLTDLPLPPELPGGD-LSPPDSPEPKAITPPQQPYKKRPKICCPRYGERRQTESDWGKRC
670 680 690 700 710 720
90 100 110 120 130 140
pF1KE2 VDKFDIIGIIGEGTYGQVYKARDKDTGEMVALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLTH
:::::::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::::::::::::::::: :
CCDS11 VDKFDIIGIIGEGTYGQVYKAKDKDTGELVALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLIH
730 740 750 760 770 780
150 160 170 180 190 200
pF1KE2 QSIINMKEIVTDKEDALDFKKDKGAFYLVFEYMDHDLMGLLESGLVHFNENHIKSFMRQL
.:..:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.::::::.::
CCDS11 RSVVNMKEIVTDKQDALDFKKDKGAFYLVFEYMDHDLMGLLESGLVHFSEDHIKSFMKQL
790 800 810 820 830 840
210 220 230 240 250 260
pF1KE2 MEGLDYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNRGQIKLADFGLARLYSSEESRPYTNKVITLWYRP
::::.::::::::::::::::::::: ::::::::::::::.::::::::::::::::::
CCDS11 MEGLEYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNSGQIKLADFGLARLYNSEESRPYTNKVITLWYRP
850 860 870 880 890 900
270 280 290 300 310 320
pF1KE2 PELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGELFTKKPIFQANQELAQLELIRHEENEVSDKQI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::
CCDS11 PELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGELFTKKPIFQANLELAQLELISRLCGSPCPAVWPDV
910 920 930 940 950 960
CCDS11 IKLPYFNTMKPKKQYRRRLREEFSFIPSAALDLLDHMLTLDPSKRCTAEQTLQSDFLKDV
970 980 990 1000 1010 1020
>>CCDS6879.1 CDK9 gene_id:1025|Hs109|chr9 (372 aa)
initn: 792 init1: 277 opt: 802 Z-score: 461.7 bits: 93.9 E(33420): 2.2e-19
Smith-Waterman score: 802; 53.1% identity (81.6% similar) in 228 aa overlap (88-312:16-241)
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 TQLHSKRRPKICGPRYGETKEKDIDWGKRCVDKFDIIGIIGEGTYGQVYKARDKDTGEMV
:.:.. .. ::.::.:.:.::: . ::. :
CCDS68 MAKQYDSVECPFCDEVSKYEKLAKIGQGTFGEVFKARHRKTGQKV
10 20 30 40
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 ALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLTHQSIINMKEIVTDKEDALDFKKDKGAFYLVF
::::: ..::::::::::.::::::. : :....:. :: : : ... ::..::::
CCDS68 ALKKVLMENEKEGFPITALREIKILQLLKHENVVNLIEICRTK--ASPYNRCKGSIYLVF
50 60 70 80 90 100
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 EYMDHDLMGLLESGLVHFNENHIKSFMRQLMEGLDYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNRGQI
.. .::: ::: . ::.:. ..:: :..:..:: : :....::::.: .:.:.. : .
CCDS68 DFCEHDLAGLLSNVLVKFTLSEIKRVMQMLLNGLYYIHRNKILHRDMKAANVLITRDGVL
110 120 130 140 150 160
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 KLADFGLARLYS-SEESRP--YTNKVITLWYRPPELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGELF
::::::::: .: ...:.: :::.:.:::::::::::::. : : ::.:. :::..:..
CCDS68 KLADFGLARAFSLAKNSQPNRYTNRVVTLWYRPPELLLGERDYGPPIDLWGAGCIMAEMW
170 180 190 200 210 220
300 310 320
pF1KE2 TKKPIFQANQELAQLELIRHEENEVSDKQI
:..::.:.: : :: ::
CCDS68 TRSPIMQGNTEQHQLALISQLCGSITPEVWPNVDNYELYEKLELVKGQKRKVKDRLKAYV
230 240 250 260 270 280
>>CCDS5628.1 CDK6 gene_id:1021|Hs109|chr7 (326 aa)
initn: 444 init1: 201 opt: 582 Z-score: 344.3 bits: 72.0 E(33420): 7.6e-13
Smith-Waterman score: 582; 42.2% identity (72.8% similar) in 232 aa overlap (86-309:8-228)
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 TATQLHSKRRPKICGPRYGETKEKDIDWGKRCVDKFDIIGIIGEGTYGQVYKARD-KDTG
: .... .. ::::.::.:.:::: :. :
CCDS56 MEKDGLCRADQQYECVAEIGEGAYGKVFKARDLKNGG
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 EMVALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLT---HQSIINMKEIVTDKEDALDFKKDKG
..::::.::... .::.:...:::. .::.: : ... . .. : .. . :
CCDS56 RFVALKRVRVQTGEEGMPLSTIREVAVLRHLETFEHPNVVRLFDVCTVSRTDRETK----
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220
pF1KE2 AFYLVFEYMDHDLMGLL----ESGLVHFNENHIKSFMRQLMEGLDYCHKKNFLHRDIKCS
. ::::..:.:: : : :. . ::..: ::..:::. :.. .:::.: .
CCDS56 -LTLVFEHVDQDLTTYLDKVPEPGV---PTETIKDMMFQLLRGLDFLHSHRVVHRDLKPQ
100 110 120 130 140
230 240 250 260 270 280
pF1KE2 NILLNNRGQIKLADFGLARLYSSEESRPYTNKVITLWYRPPELLLGEERYTPAIDVWSCG
:::... ::::::::::::.:: . . :. :.::::: ::.:: :: .:.:: :
CCDS56 NILVTSSGQIKLADFGLARIYSFQMA--LTSVVVTLWYRAPEVLLQSSYATP-VDLWSVG
150 160 170 180 190 200
290 300 310 320
pF1KE2 CILGELFTKKPIFQANQELAQLELIRHEENEVSDKQI
::..:.: .::.:...... ::
CCDS56 CIFAEMFRRKPLFRGSSDVDQLGKILDVIGLPGEEDWPRDVALPRQAFHSKSAQPIEKFV
210 220 230 240 250 260
>>CCDS8953.1 CDK4 gene_id:1019|Hs109|chr12 (303 aa)
initn: 510 init1: 195 opt: 550 Z-score: 327.5 bits: 68.8 E(33420): 6.6e-12
Smith-Waterman score: 550; 41.0% identity (69.6% similar) in 227 aa overlap (90-309:5-223)
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 LHSKRRPKICGPRYGETKEKDIDWGKRCVDKFDIIGIIGEGTYGQVYKARDKDTGEMVAL
... .. :: :.:: :::::: .:..:::
CCDS89 MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARDPHSGHFVAL
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 KKVRLDNEKEG---FPITAIREIKILRQLT---HQSIINMKEIVTDKEDALDFKKDKGAF
:.::. : : .::...::. .::.: : ... . .. . .. ..:
CCDS89 KSVRVPNGGGGGGGLPISTVREVALLRRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIK-----V
40 50 60 70 80
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 YLVFEYMDHDLMGLLESGLVH-FNENHIKSFMRQLMEGLDYCHKKNFLHRDIKCSNILLN
::::..:.:: :... . . ::..:::...:::. : . ..:::.: :::..
CCDS89 TLVFEHVDQDLRTYLDKAPPPGLPAETIKDLMRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVT
90 100 110 120 130 140
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 NRGQIKLADFGLARLYSSEESRPYTNKVITLWYRPPELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGE
. : .:::::::::.:: . . : :.::::: ::.:: :: .:.:: :::..:
CCDS89 SGGTVKLADFGLARIYSYQMA--LTPVVVTLWYRAPEVLLQSTYATP-VDMWSVGCIFAE
150 160 170 180 190 200
300 310 320
pF1KE2 LFTKKPIFQANQELAQLELIRHEENEVSDKQI
.: .::.: .:.: ::
CCDS89 MFRRKPLFCGNSEADQLGKIFDLIGLPPEDDWPRDVSLPRGAFPPRGPRPVQSVVPEMEE
210 220 230 240 250 260
>>CCDS32514.2 CDK10 gene_id:8558|Hs109|chr16 (272 aa)
initn: 536 init1: 229 opt: 528 Z-score: 316.2 bits: 66.5 E(33420): 2.8e-11
Smith-Waterman score: 528; 42.3% identity (77.8% similar) in 189 aa overlap (124-312:1-180)
100 110 120 130 140 150
pF1KE2 IGIIGEGTYGQVYKARDKDTGEMVALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLTHQSIINM
.:.::.:.::...::: .: .: : .:...
CCDS32 MDKEKDGIPISSLREITLLLRLRHPNIVEL
10 20 30
160 170 180 190 200 210
pF1KE2 KEIVTDKEDALDFKKDKGAFYLVFEYMDHDLMGLLESGLVHFNENHIKSFMRQLMEGLDY
::.:. .. :. ...::. : ..:: .:::. . :.: ..: .. :...::.:
CCDS32 KEVVVGNH--LE------SIFLVMGYCEQDLASLLENMPTPFSEAQVKCIVLQVLRGLQY
40 50 60 70 80
220 230 240 250 260 270
pF1KE2 CHKKNFLHRDIKCSNILLNNRGQIKLADFGLARLYSSEESRPYTNKVITLWYRPPELLLG
:.. ..:::.: ::.:....: .: ::::::: :. .:.: ::.::::: ::::::
CCDS32 LHRNFIIHRDLKVSNLLMTDKGCVKTADFGLARAYGVP-VKPMTPKVVTLWYRAPELLLG
90 100 110 120 130 140
280 290 300 310 320
pF1KE2 EERYTPAIDVWSCGCILGELFTKKPIFQANQELAQLELIRHEENEVSDKQI
: .::.:. ::::.::....:.. ...:. :..::
CCDS32 TTTQTTSIDMWAVGCILAELLAHRPLLPGTSEIHQIDLIVQLLGTPSENIWPGFSKLPLV
150 160 170 180 190 200
CCDS32 GQYSLRKQPYNNLKHKFPWLSEAGLRLLHFLFMYDPKKRATAGDCLESSYFKEKPLRLPI
210 220 230 240 250 260
>>CCDS11206.1 MAPK7 gene_id:5598|Hs109|chr17 (816 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KE2 KEADSLRGNISVKAVKKEVEKKLRCLLADLPLPPELPGGDDLSKSPEEKKTATQLHSKRR
:: : :.: : : : :.
CCDS11 MAEPLKEE--DGEDGSAEPPGPVKAEPAHTA--
10 20
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 PKICGPRYGETKEKDIDWGKRCVDKFDIIGIIGEGTYGQVYKARDKDTGEMVALKKVRLD
.. . . : ...: :...:: ::.:.:: : .:: . ::..::.::.
CCDS11 ASVAAKNLALLKARSFDVTFDVGDEYEIIETIGNGAYGVVSSARRRLTGQQVAIKKIPNA
30 40 50 60 70 80
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 NEKEGFPITAIREIKILRQLTHQSIINMKEIVTDKEDALDFKKDKGAFYLVFEYMDHDLM
. ..::.:::... :..:: .:.:. .:: . :.:.. :. ::
CCDS11 FDVVTNAKRTLRELKILKHFKHDNIIAIKDILRPTVPYGEFK----SVYVVLDLMESDLH
90 100 110 120 130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 GLLESGLVHFNENHIKSFMRQLMEGLDYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNRGQIKLADFGLA
...:. .. .:.. :. ::..:: : :. . .:::.: ::.:.:. ..:..:::.:
CCDS11 QIIHSSQ-PLTLEHVRYFLYQLLRGLKYMHSAQVIHRDLKPSNLLVNENCELKIGDFGMA
150 160 170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 R-LYSSEESRPY--TNKVITLWYRPPELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGELFTKKPIFQA
: : .: . : :. : : ::: :::.:. ..:: :::.:: :::.::..... .: .
CCDS11 RGLCTSPAEHQYFMTEYVATRWYRAPELMLSLHEYTQAIDLWSVGCIFGEMLARRQLFPG
210 220 230 240 250 260
310 320
pF1KE2 NQELAQLELIRHEENEVSDKQI
.. . ::.::
CCDS11 KNYVHQLQLIMMVLGTPSPAVIQAVGAERVRAYIQSLPPRQPVPWETVYPGADRQALSLL
270 280 290 300 310 320
>>CCDS3999.1 CDK7 gene_id:1022|Hs109|chr5 (346 aa)
initn: 575 init1: 228 opt: 516 Z-score: 308.6 bits: 65.5 E(33420): 7.4e-11
Smith-Waterman score: 579; 38.8% identity (73.8% similar) in 237 aa overlap (90-323:11-236)
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 LHSKRRPKICGPRYGETKEKDIDWGKRCVDKFDIIGIIGEGTYGQVYKARDKDTGEMVAL
... . ..::: .. :::::::.:...::.
CCDS39 MALDVKSRAKRYEKLDFLGEGQFATVYKARDKNTNQIVAI
10 20 30 40
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 KKVRLDNE---KEGFPITAIREIKILRQLTHQSIINMKEIVTDKEDALDFKKDKGAFYLV
::..: .. :.:. ::.::::.:..:.: .::.. :: :. . ::
CCDS39 KKIKLGHRSEAKDGINRTALREIKLLQELSHPNIIGL----------LDAFGHKSNISLV
50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 FEYMDHDLMGLLESGLVHFNENHIKSFMRQLMEGLDYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNRGQ
:..:. :: ..... . .. .:::..: . ..::.: :.. .::::.: .:.::.. :
CCDS39 FDFMETDLEVIIKDNSLVLTPSHIKAYMLMTLQGLEYLHQHWILHRDLKPNNLLLDENGV
100 110 120 130 140 150
240 250 260 270 280 290
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.::::::::. ..: .: ::..:.: ::: ::::.: . : ..:.:. ::::.::. .
CCDS39 LKLADFGLAKSFGSP-NRAYTHQVVTRWYRAPELLFGARMYGVGVDMWAVGCILAELLLR
160 170 180 190 200
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pF1KE2 KPIFQANQELAQLELIRHEENEVSDKQI
:.. ....: :: : . . ...:
CCDS39 VPFLPGDSDLDQLTRIFETLGTPTEEQWPDMCSLPDYVTFKSFPGIPLHHIFSAAGDDLL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]