FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2699, 918 aa 1>>>pF1KE2699 918 - 918 aa - 918 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5737+/-0.00115; mu= 19.1179+/- 0.070 mean_var=60.0958+/-12.429, 0's: 0 Z-trim(101.9): 54 B-trim: 318 in 1/49 Lambda= 0.165444 statistics sampled from 6672 (6726) to 6672 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.551), E-opt: 0.2 (0.207), width: 16 Scan time: 4.140 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS42913.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 918) 6102 1465.6 0 CCDS82658.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 920) 5778 1388.3 0 CCDS82659.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 949) 5771 1386.6 0 CCDS33530.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 905) 3017 729.3 8e-210 CCDS82656.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 934) 3010 727.6 2.6e-209 CCDS5048.1 GRIK2 gene_id:2898|Hs108|chr6 ( 908) 2731 661.0 2.8e-189 CCDS5049.1 GRIK2 gene_id:2898|Hs108|chr6 ( 869) 2721 658.6 1.4e-188 CCDS55045.1 GRIK2 gene_id:2898|Hs108|chr6 ( 892) 2721 658.6 1.5e-188 CCDS416.1 GRIK3 gene_id:2899|Hs108|chr1 ( 919) 2616 633.6 5.2e-181 CCDS77305.1 GRIK5 gene_id:2901|Hs108|chr19 ( 981) 1937 471.5 3.4e-132 CCDS12595.1 GRIK5 gene_id:2901|Hs108|chr19 ( 980) 1935 471.0 4.7e-132 CCDS8433.1 GRIK4 gene_id:2900|Hs108|chr11 ( 956) 1863 453.8 6.9e-127 CCDS14605.1 GRIA3 gene_id:2892|Hs108|chrX ( 894) 1815 442.4 1.8e-123 CCDS14604.1 GRIA3 gene_id:2892|Hs108|chrX ( 894) 1812 441.6 3e-123 CCDS47318.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 906) 1631 398.4 3.1e-110 CCDS58988.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 916) 1631 398.4 3.1e-110 CCDS58989.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 837) 1629 398.0 4e-110 CCDS4322.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 906) 1629 398.0 4.3e-110 CCDS58987.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 916) 1629 398.0 4.3e-110 CCDS8333.1 GRIA4 gene_id:2893|Hs108|chr11 ( 902) 1615 394.6 4.3e-109 CCDS43275.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4 ( 836) 1607 392.7 1.5e-108 CCDS3797.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4 ( 883) 1607 392.7 1.6e-108 CCDS43274.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4 ( 883) 1606 392.5 1.9e-108 CCDS41706.1 GRIA4 gene_id:2893|Hs108|chr11 ( 884) 1605 392.2 2.2e-108 CCDS58986.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 826) 1599 390.8 5.6e-108 CCDS31236.1 GRID1 gene_id:2894|Hs108|chr10 (1009) 877 218.5 5.1e-56 CCDS43910.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 885) 846 211.1 7.6e-54 CCDS7031.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 938) 829 207.0 1.3e-52 CCDS7032.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 901) 827 206.5 1.8e-52 CCDS55355.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 906) 787 197.0 1.4e-49 CCDS55354.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 943) 770 192.9 2.3e-48 CCDS8662.1 GRIN2B gene_id:2904|Hs108|chr12 (1484) 688 173.4 2.8e-42 CCDS45407.1 GRIN2A gene_id:2903|Hs108|chr16 (1281) 652 164.8 9.3e-40 CCDS10539.1 GRIN2A gene_id:2903|Hs108|chr16 (1464) 652 164.8 1.1e-39 CCDS12719.1 GRIN2D gene_id:2906|Hs108|chr19 (1336) 640 162.0 7e-39 CCDS62330.1 GRIN2C gene_id:2905|Hs108|chr17 ( 873) 628 159.0 3.5e-38 CCDS32724.1 GRIN2C gene_id:2905|Hs108|chr17 (1233) 619 156.9 2.1e-37 CCDS6758.1 GRIN3A gene_id:116443|Hs108|chr9 (1115) 605 153.6 2e-36 CCDS32861.1 GRIN3B gene_id:116444|Hs108|chr19 (1043) 566 144.3 1.2e-33 CCDS41707.1 GRIA4 gene_id:2893|Hs108|chr11 ( 433) 452 117.0 8e-26 CCDS68758.1 GRID2 gene_id:2895|Hs108|chr4 ( 912) 393 103.0 2.8e-21 CCDS3637.1 GRID2 gene_id:2895|Hs108|chr4 (1007) 393 103.0 3e-21 >>CCDS42913.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 (918 aa) initn: 6102 init1: 6102 opt: 6102 Z-score: 7859.9 bits: 1465.6 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 6102; 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CCDS55 FIVLAAGLVLSVFVAVGEFLYKSKKNAQLEKRAKTKLPQDYVFLPILESVSISTVLSSSP 830 840 850 860 870 880 900 910 pF1KE2 CGKLIREERGIRKQSSVHTV CCDS55 SSSSLSSCS 890 >>CCDS416.1 GRIK3 gene_id:2899|Hs108|chr1 (919 aa) initn: 2618 init1: 1831 opt: 2616 Z-score: 3363.1 bits: 633.6 E(32554): 5.2e-181 Smith-Waterman score: 4436; 75.0% identity (90.0% similar) in 871 aa overlap (13-872:5-859) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MEHGTLLAQPGLWTRDTS-----WALLYFLCYILPQT--APQVLRIGGIFETVE--NEPV : : : :: : . .:.. :.:.::::::: .. : : CCDS41 MTAPWRRLRSLVWEYWAGLLVCAFWIPDSRGMPHVIRIGGIFEYADGPNAQV 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 -NVEELAFKFAVTSINRNRTLMPNTTLTYDIQRINLFDSFEASRRACDQLALGVAALFGP :.:: ::.:... :::::::.::::::::::::.. :::::...:::::::::.:.::: CCDS41 MNAEEHAFRFSANIINRNRTLLPNTTLTYDIQRIHFHDSFEATKKACDQLALGVVAIFGP 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 SHSSSVSAVQSICNALEVPHIQTRWKHPSVDNKDLFYINLYPDYAAISRAILDLVLYYNW :..: ..::::::::::::::: :::: .:::: ::.:::::::..:.:::::: : .: CCDS41 SQGSCTNAVQSICNALEVPHIQLRWKHHPLDNKDTFYVNLYPDYASLSHAILDLVQYLKW 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 KTVTVVYEDSTGLIRLQELIKAPSRYNIKIKIRQLPSGNKDAKPLLKEMKKGKEFYVIFD ...::::.:::::::::::: :::::::..:::::: . :..:::::::.:.:: .::: CCDS41 RSATVVYDDSTGLIRLQELIMAPSRYNIRLKIRQLPIDSDDSRPLLKEMKRGREFRIIFD 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 CSHETAAEILKQILFMGMMTEYYHYFFTTLDLFALDLELYRYSGVNMTGFRLLNIDNPHV ::: ::.:::: . :::::::::..::::::.::::: :::::::.::::.::.::::: CCDS41 CSHTMAAQILKQAMAMGMMTEYYHFIFTTLDLYALDLEPYRYSGVNLTGFRILNVDNPHV 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 SSIIEKWSMERLQAPPRPETGLLDGMMTTEAALMYDAVYMVAIASHRASQLTVSSLQCHR :.:.:::::::::: :: :.:::::.: :.:::.::::..:.. .:: :.::.:::::: CCDS41 SAIVEKWSMERLQAAPRSESGLLDGVMMTDAALLYDAVHIVSVCYQRAPQMTVNSLQCHR 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE2 HKPWRLGPRFMNLIKEARWDGLTGHITFNKTNGLRKDFDLDIISLKEEGTEKAAGEVSKH :: ::.: ::::.::::.:.::::.:.::::.::: :::::::::::.: :: CCDS41 HKAWRFGGRFMNFIKEAQWEGLTGRIVFNKTSGLRTDFDLDIISLKEDGLEK-------- 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KE2 LYKVWKKIGIWNSNSGLNMTDSNKDKSSNITDSLANRTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLY .:.:. .:::.:. : .. :.::::.::.:::::.::::.::.::::. :: CCDS41 -------VGVWSPADGLNITEVAKGRGPNVTDSLTNRSLIVTTVLEEPFVMFRKSDRTLY 410 420 430 440 450 480 490 500 510 520 530 pF1KE2 GNDRFEGYCLDLLKELSNILGFIYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVA :::::::::.::::::..:::: :...:: :::::::.:::.:::::::::::.:::::: CCDS41 GNDRFEGYCIDLLKELAHILGFSYEIRLVEDGKYGAQDDKGQWNGMVKELIDHKADLAVA 460 470 480 490 500 510 540 550 560 570 580 590 pF1KE2 PLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKPNGTNPGVFSFLNPLSPDIWMYVLLACLGVS :::::.::::.:::::::::::.::::::::::::.::::::::::::::::::: :::: CCDS41 PLTITHVREKAIDFSKPFMTLGVSILYRKPNGTNPSVFSFLNPLSPDIWMYVLLAYLGVS 520 530 540 550 560 570 600 610 620 630 640 650 pF1KE2 CVLFVIARFTPYEWYNPHPCNPDSDVVENNFTLLNSFWFGVGALMQQGSELMPKALSTRI :::::::::.:::::. ::::: :.:::::::::::::::.:.::::::::::::::::: CCDS41 CVLFVIARFSPYEWYDAHPCNPGSEVVENNFTLLNSFWFGMGSLMQQGSELMPKALSTRI 580 590 600 610 620 630 660 670 680 690 700 710 pF1KE2 VGGIWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMESPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFK .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.:::::: CCDS41 IGGIWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMESPIDSADDLAKQTKIEYGAVKDGATMTFFK 640 650 660 670 680 690 720 730 740 750 760 770 pF1KE2 KSKISTYEKMWAFMSSRQQTALVRNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQI ::::::.:::::::::. .:::.:..:::::.::.:::::::::.:::::::::::::: CCDS41 KSKISTFEKMWAFMSSKP-SALVKNNEEGIQRALTADYALLMESTTIEYVTQRNCNLTQI 700 710 720 730 740 750 780 790 800 810 820 830 pF1KE2 GGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCPEEDNKEASAL ::::::::::.:::.:::::::::::::::::: :::.::::::::.:::::.::::::: CCDS41 GGLIDSKGYGIGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEDKLHIMKEKWWRGSGCPEEENKEASAL 760 770 780 790 800 810 840 850 860 870 880 pF1KE2 GVENIGGIFIVLAAGLVLSVFVAIGEFIYKSRKNNDIEQ-AFCFFYGLQCKQTHPTNSTS :...::::::::::::::::.::.:::.:: ::. . :: .:: CCDS41 GIQKIGGIFIVLAAGLVLSVLVAVGEFVYKLRKTAEREQRSFCSTVADEIRFSLTCQRRV 820 830 840 850 860 870 890 900 910 pF1KE2 GTTLSTDLECGKLIREERGIRKQSSVHTV CCDS41 KHKPQPPMMVKTDAVINMHTFNDRRLPGKDSMACSTSLAPVFP 880 890 900 910 >>CCDS77305.1 GRIK5 gene_id:2901|Hs108|chr19 (981 aa) initn: 2255 init1: 1117 opt: 1937 Z-score: 2486.8 bits: 471.5 E(32554): 3.4e-132 Smith-Waterman score: 2369; 43.8% identity (72.6% similar) in 873 aa overlap (21-884:5-854) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MEHGTLLAQPGLWTRDTSWALLYFLCYILPQTAPQVLRIGGIFETVENEPV--NVEELAF :: .: . . . ::: . .... : :.::. CCDS77 MPAELLLLLIVAFASPSCQVLSSLRMAAILDDQTVCGRGERLAL 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 KFAVTSINRNRTLMPNTTLTYDIQRINLFDSFEASRRACDQLALGVAALFGPSHS-SSVS .: .:: . .. . :: ... ...:.. :. : ::....::: : .:.: CCDS77 ALAREQINGIIEVPAKARVEVDIFELQRDSQYETTDTMCQILPKGVVSVLGPSSSPASAS 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 AVQSICNALEVPHIQTRWKH-PSVDNKDLFYINLYPDYAAISRAILDLVLYYNWKTVTVV .:. ::. :.:::.. .. : .. . ..:::. .: :. .. .:. ..... CCDS77 TVSHICGEKEIPHIKVGPEETPRLQYLRFASVSLYPSNEDVSLAVSRILKSFNYPSASLI 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 YEDSTGLIRLQELIKAPSRYNIKIKIRQLPSGNKDAKPLLKEMKKGKEFYVIFDCSHETA . :.::.::... . ...:.: . ..: :::::.. : .:.: . . CCDS77 CAKAECLLRLEELVRGFLISKETLSVRMLDD-SRDPTPLLKEIRDDKVSTIIIDANASIS 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 AEILKQILFMGMMTEYYHYFFTTLDLFALDLELYRYSGVNMTGFRLLNIDNPHVSSIIEK ::.. .:: . .:.:..::.:. : :. .. :. :: ..: ..: .... CCDS77 HLILRKASELGMTSAFYKYILTTMDFPILHLDGIVEDSSNILGFSMFNTSHPFYPEFVRS 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 WSMERLQAPPRPETGLLDGMMTTEAALMYDAVYMVAIAS---HRASQLTVSSLQCHRHKP .: . :.. : . ::::.:::..:. : .:.... :. : : . CCDS77 LNMSWRE---NCEASTYLGPALS-AALMFDAVHVVVSAVRELNRSQEIGVKPLACTSANI 290 300 310 320 330 360 370 380 390 400 410 pF1KE2 WRLGPRFMNLIKEARWDGLTGHITFNKTNGLRKDFDLDIISLKEEGTEKAAGEVSKHLYK : : .:: .. ...:::::.. :: ..: : .. : :. ...: : CCDS77 WPHGTSLMNYLRMVEYDGLTGRVEFN-SKGQRTNYTLRILEKSRQG----------H--- 340 350 360 370 380 420 430 440 450 460 470 pF1KE2 VWKKIGIWNSNSGLNMTDSNKDKSSNITDSLANRTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGND ..::.: :: : :. .. : :....:::.::.::::::.:::: : . . : ::. CCDS77 --REIGVWYSNRTLAMNATTLDI--NLSQTLANKTLVVTTILENPYVMRRPNFQALSGNE 390 400 410 420 430 440 480 490 500 510 520 530 pF1KE2 RFEGYCLDLLKELSNILGFIYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLT ::::.:.:.:.::...: : : ..:: :: ::: . .: :.::: :::...:::::: .: CCDS77 RFEGFCVDMLRELAELLRFRYRLRLVEDGLYGAPEPNGSWTGMVGELINRKADLAVAAFT 450 460 470 480 490 500 540 550 560 570 580 590 pF1KE2 ITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKPNGTNPGVFSFLNPLSPDIWMYVLLACLGVSCVL :: ::::::::::::::::::::: : .:: ::::.:.:: .:...::: :.::::: CCDS77 ITAEREKVIDFSKPFMTLGISILYRVHMGRKPGYFSFLDPFSPAVWLFMLLAYLAVSCVL 510 520 530 540 550 560 600 610 620 630 640 650 pF1KE2 FVIARFTPYEWYNPHPC-NPDSDVVENNFTLLNSFWFGVGALMQQGSELMPKALSTRIVG :. ::..:::::::::: ..::..:: ::.:: ::..::::::.::.::::: :. CCDS77 FLAARLSPYEWYNPHPCLRARPHILENQYTLGNSLWFPVGGFMQQGSEIMPRALSTRCVS 570 580 590 600 610 620 660 670 680 690 700 710 pF1KE2 GIWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMESPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKS :.:: :::::::::::::::::::.::: :..:::::: ::.::::... :::::::..: CCDS77 GVWWAFTLIIISSYTANLAAFLTVQRMEVPVESADDLADQTNIEYGTIHAGSTMTFFQNS 630 640 650 660 670 680 720 730 740 750 760 770 pF1KE2 KISTYEKMWAFMSSRQQTALVRNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGG . .::..:: .:.:.: ...:....::: :::.. ::.:.::: :: . ::::::::: CCDS77 RYQTYQRMWNYMQSKQPSVFVKSTEEGIARVLNSRYAFLLESTMNEYHRRLNCNLTQIGG 690 700 710 720 730 740 780 790 800 810 820 830 pF1KE2 LIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCPEEDNKEASALGV :.:.::::.: :.:::.::.::.:::::::...:...:.:::.:. ::.:....:..::. CCDS77 LLDTKGYGIGMPLGSPFRDEITLAILQLQENNRLEILKRKWWEGGRCPKEEDHRAKGLGM 750 760 770 780 790 800 840 850 860 870 880 890 pF1KE2 ENIGGIFIVLAAGLVLSVFVAIGEFIYKSRKNNDIEQAFCFF-YGLQCKQTHPTNSTSGT :::::::::: ::...::::. :::...:.. . :.. . . ::. : CCDS77 ENIGGIFIVLICGLIIAVFVAVMEFIWSTRRSAESEETPALHPAACQCSALGPRTPLKEP 810 820 830 840 850 860 900 910 pF1KE2 TLSTDLECGKLIREERGIRKQSSVHTV CCDS77 SMLLVKVPSTRVQVAFSRTSLRQVCPFLLQHQLSSLYWIQATNVQICCHFSSLKPSPDLT 870 880 890 900 910 920 918 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Thu Jul 6 13:35:07 2017 done: Thu Jul 6 13:35:08 2017 Total Scan time: 4.140 Total Display time: 0.370 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]