Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2685
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2685, 456 aa
1>>>pF1KE2685 456 - 456 aa - 456 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.4313+/-0.00106; mu= -6.1886+/- 0.064
mean_var=469.5344+/-96.218, 0's: 0 Z-trim(117.0): 35 B-trim: 191 in 1/52
Lambda= 0.059189
statistics sampled from 17623 (17656) to 17623 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.809), E-opt: 0.2 (0.542), width: 16
Scan time: 3.530
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS53995.1 HS3ST4 gene_id:9951|Hs108|chr16 ( 456) 3155 283.3 3.4e-76
CCDS11165.1 HS3ST3A1 gene_id:9955|Hs108|chr17 ( 406) 1436 136.5 4.9e-32
CCDS11167.1 HS3ST3B1 gene_id:9953|Hs108|chr17 ( 390) 1433 136.2 5.7e-32
CCDS10606.1 HS3ST2 gene_id:9956|Hs108|chr16 ( 367) 1431 136.0 6.1e-32
CCDS45381.2 HS3ST6 gene_id:64711|Hs108|chr16 ( 342) 1367 130.5 2.6e-30
CCDS34517.1 HS3ST5 gene_id:222537|Hs108|chr6 ( 346) 840 85.5 9.2e-17
CCDS3408.1 HS3ST1 gene_id:9957|Hs108|chr4 ( 307) 789 81.1 1.7e-15
>>CCDS53995.1 HS3ST4 gene_id:9951|Hs108|chr16 (456 aa)
initn: 3155 init1: 3155 opt: 3155 Z-score: 1481.3 bits: 283.3 E(32554): 3.4e-76
Smith-Waterman score: 3155; 99.8% identity (100.0% similar) in 456 aa overlap (1-456:1-456)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MARWPAPPPPPPPPPPLAAPPPPGASAKGPPARKLLFMCTLSLSVTYLCYSLLGGSGSLQ
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CCDS53 MARWPAPPPPPPPPPPLAAPPPPGASAKGPPARKLLFMCTLSLSVTYLCYSLLGGSGSLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 FPLALQESPGAAAEPPPSPPPPSLLPTPVRLGAPSQPPAPPPLDNASHGEPPEPPEQPAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 FPLALQESPGAAAEPPPSPPPPSLLPTPVRLGAPSQPPAPPPLDNASHGEPPEPPEQPAA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 PGTDGWGLPSGGGGARDAWLRTPLAPSEMITAQSALPEREAQESSTTDEDLAGRRAANGS
:::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PGTDGWGLPSGGGGAQDAWLRTPLAPSEMITAQSALPEREAQESSTTDEDLAGRRAANGS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 SERGGAVSTPDYGEKKLPQALIIGVKKGGTRALLEAIRVHPDVRAVGVEPHFFDRNYEKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SERGGAVSTPDYGEKKLPQALIIGVKKGGTRALLEAIRVHPDVRAVGVEPHFFDRNYEKG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 LEWYRNVMPKTLDGQITMEKTPSYFVTNEAPKRIHSMAKDIKLIVVVRNPVTRAISDYTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LEWYRNVMPKTLDGQITMEKTPSYFVTNEAPKRIHSMAKDIKLIVVVRNPVTRAISDYTQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 TLSKKPEIPTFEVLAFKNRTLGLIDASWSAIRIGIYALHLENWLQYFPLSQILFVSGERL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 TLSKKPEIPTFEVLAFKNRTLGLIDASWSAIRIGIYALHLENWLQYFPLSQILFVSGERL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 IVDPAGEMAKVQDFLGLKRVVTEKHFYFNKTKGFPCLKKPEDSSAPRCLGKSKGRTHPRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 IVDPAGEMAKVQDFLGLKRVVTEKHFYFNKTKGFPCLKKPEDSSAPRCLGKSKGRTHPRI
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE2 DPDVIHRLRKFYKPFNLMFYQMTGQDFQWEQEEGDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 DPDVIHRLRKFYKPFNLMFYQMTGQDFQWEQEEGDK
430 440 450
>>CCDS11165.1 HS3ST3A1 gene_id:9955|Hs108|chr17 (406 aa)
initn: 1456 init1: 1412 opt: 1436 Z-score: 688.6 bits: 136.5 E(32554): 4.9e-32
Smith-Waterman score: 1455; 64.2% identity (80.4% similar) in 352 aa overlap (122-450:59-405)
100 110 120 130 140
pF1KE2 GAPSQPPAPPPLDNASHGEPPEPPEQPAAPGTDGWGLPSGG---GGARD--AWLRTPLAP
: . : :.:: :: :. .: : :
CCDS11 LCSLLTSLYVFYCLAERCQTLSGPVVGLSGGGEEAGAPGGGVLAGGPRELAVW---PAAA
30 40 50 60 70 80
150 160 170 180 190
pF1KE2 SEMITAQSALPE---------REAQESSTTDEDLAGRRAANGSSERGGAVS-TP------
.. : ::. :. : .. .:. : .. :.: :..:. .:
CCDS11 QRKRLLQ--LPQWRRRRPPAPRDDGEEAAWEEESPGLSGGPGGSGAGSTVAEAPPGTLAL
90 100 110 120 130 140
200 210 220 230 240
pF1KE2 --DYGEKKLPQALIIGVKKGGTRALLEAIRVHPDVRAVGVEPHFFDRNYEKGLEWYRNVM
: : :.::::.:::::::::::::: .::::::::::.:::::::.:.::: :::..:
CCDS11 LLDEGSKQLPQAIIIGVKKGGTRALLEFLRVHPDVRAVGAEPHFFDRSYDKGLAWYRDLM
150 160 170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 PKTLDGQITMEKTPSYFVTNEAPKRIHSMAKDIKLIVVVRNPVTRAISDYTQTLSKKPEI
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CCDS11 PRTLDGQITMEKTPSYFVTREAPARISAMSKDTKLIVVVRDPVTRAISDYTQTLSKRPDI
210 220 230 240 250 260
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 PTFEVLAFKNRTLGLIDASWSAIRIGIYALHLENWLQYFPLSQILFVSGERLIVDPAGEM
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CCDS11 PTFESLTFKNRTAGLIDTSWSAIQIGIYAKHLEHWLRHFPIRQMLFVSGERLISDPAGEL
270 280 290 300 310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 AKVQDFLGLKRVVTEKHFYFNKTKGFPCLKKPEDSSAPRCLGKSKGRTHPRIDPDVIHRL
..:::::::::..:.:::::::::::::::: : :: :.::::.::::::.:: .:..::
CCDS11 GRVQDFLGLKRIITDKHFYFNKTKGFPCLKKAEGSSRPHCLGKTKGRTHPEIDREVVRRL
330 340 350 360 370 380
430 440 450
pF1KE2 RKFYKPFNLMFYQMTGQDFQWEQEEGDK
:.::.:::: ::::::.:: :.
CCDS11 REFYRPFNLKFYQMTGHDFGWDG
390 400
>>CCDS11167.1 HS3ST3B1 gene_id:9953|Hs108|chr17 (390 aa)
initn: 1548 init1: 1412 opt: 1433 Z-score: 687.5 bits: 136.2 E(32554): 5.7e-32
Smith-Waterman score: 1469; 55.4% identity (70.6% similar) in 442 aa overlap (10-450:20-390)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MARWPAPPPPPPPPPPLAAPPPPGASAKGPPARKLLFMCTLSLSVTYLCY
: ::::: ::.:. :.: ..::
CCDS11 MGQRLSGGRSCLDVPGRLLPQPPPPP-------------PPVRR-----KLALLFAMLCV
10 20 30 40
60 70 80 90 100
pF1KE2 SLLGGSGSLQFPLALQESPGAAAEPPPSPPPPSLLPTPVRLGAPSQPPAPPP-LDNASHG
: . : :. : : .:: ::. :. :: : .: :
CCDS11 WLY---------MFLYSCAGSCAAAP------GLL----LLGSGSRAAHDPPALATAPDG
50 60 70 80
110 120 130 140 150 160
pF1KE2 EPPEPPEQPAAPGTDGWGLPSGGGGARDAWLRTPLAPSEMITAQSALPEREAQESSTTDE
::. : . :: :. :::: .. .. .: ::... : .
CCDS11 TPPRLPFR--AP-------PA-----------TPLASGKEMAEGAASPEEQSPEVPDSPS
90 100 110 120
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 DLAGRRAANGSSERGGAVSTPDYGEKKLPQALIIGVKKGGTRALLEAIRVHPDVRAVGVE
... ...:: :.::::.:::::::::::::: .::::::::::.:
CCDS11 PISSFFSGSGS--------------KQLPQAIIIGVKKGGTRALLEFLRVHPDVRAVGAE
130 140 150 160
230 240 250 260 270 280
pF1KE2 PHFFDRNYEKGLEWYRNVMPKTLDGQITMEKTPSYFVTNEAPKRIHSMAKDIKLIVVVRN
::::::.:.::: :::..::.::::::::::::::::: ::: :: .:.:: :::::::.
CCDS11 PHFFDRSYDKGLAWYRDLMPRTLDGQITMEKTPSYFVTREAPARISAMSKDTKLIVVVRD
170 180 190 200 210 220
290 300 310 320 330 340
pF1KE2 PVTRAISDYTQTLSKKPEIPTFEVLAFKNRTLGLIDASWSAIRIGIYALHLENWLQYFPL
:::::::::::::::.:.::::: :.::::: ::::.:::::.::::: :::.::..::.
CCDS11 PVTRAISDYTQTLSKRPDIPTFESLTFKNRTAGLIDTSWSAIQIGIYAKHLEHWLRHFPI
230 240 250 260 270 280
350 360 370 380 390 400
pF1KE2 SQILFVSGERLIVDPAGEMAKVQDFLGLKRVVTEKHFYFNKTKGFPCLKKPEDSSAPRCL
:.::::::::: :::::...:::::::::..:.:::::::::::::::: : :: :.::
CCDS11 RQMLFVSGERLISDPAGELGRVQDFLGLKRIITDKHFYFNKTKGFPCLKKAEGSSRPHCL
290 300 310 320 330 340
410 420 430 440 450
pF1KE2 GKSKGRTHPRIDPDVIHRLRKFYKPFNLMFYQMTGQDFQWEQEEGDK
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CCDS11 GKTKGRTHPEIDREVVRRLREFYRPFNLKFYQMTGHDFGWD
350 360 370 380 390
>>CCDS10606.1 HS3ST2 gene_id:9956|Hs108|chr16 (367 aa)
initn: 1543 init1: 1427 opt: 1431 Z-score: 686.9 bits: 136.0 E(32554): 6.1e-32
Smith-Waterman score: 1451; 56.9% identity (72.4% similar) in 427 aa overlap (29-450:10-367)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MARWPAPPPPPPPPPPLAAPPPPGASAKGPP----ARKLLFMCTLSLSVTYLCYSLLGGS
::: ::.::: ::::: ::::::.:
CCDS10 MAYRVLGRAGPPQPRRARRLLFAFTLSLSCTYLCYSFLCCC
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 GSLQFPLALQESPGAAAEPPPSPPPPSLLPTPVRLGAPSQPPAPPPLDNASHGEPPEP-P
.: : . :: .: : .:: . :... .: : :
CCDS10 DDL----------GRS----------RLLGAPRCLRGPSAG-GQKLLQKSRPCDPSGPTP
50 60 70 80
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 EQPAAPGTDGWGLPSGGGGARDAWLRTPLAPSEMITAQSALPEREAQESSTTDEDLAGRR
.:.::. ::. .:.: : :
CCDS10 SEPSAPS----------------------APA------AAVP--------------APR-
90
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 AANGSSERGGAVSTPDYGEKKLPQALIIGVKKGGTRALLEAIRVHPDVRAVGVEPHFFDR
.::.. : .: : :.::::::.:::::::::.:: :::::::::.:.:::::::
CCDS10 -LSGSNHSG----SPKLGTKRLPQALIVGVKKGGTRAVLEFIRVHPDVRALGTEPHFFDR
100 110 120 130 140 150
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 NYEKGLEWYRNVMPKTLDGQITMEKTPSYFVTNEAPKRIHSMAKDIKLIVVVRNPVTRAI
:: .::.:::..::.::..:::.:::::::::.:::.:: .:..: ::::::::::::::
CCDS10 NYGRGLDWYRSLMPRTLESQITLEKTPSYFVTQEAPRRIFNMSRDTKLIVVVRNPVTRAI
160 170 180 190 200 210
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 SDYTQTLSKKPEIPTFEVLAFKNRTLGLIDASWSAIRIGIYALHLENWLQYFPLSQILFV
:::::::::::.::::: :.:.::::::.:.::.:::::.:.::::.:::::::.:: ::
CCDS10 SDYTQTLSKKPDIPTFEGLSFRNRTLGLVDVSWNAIRIGMYVLHLESWLQYFPLAQIHFV
220 230 240 250 260 270
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 SGERLIVDPAGEMAKVQDFLGLKRVVTEKHFYFNKTKGFPCLKKPEDSSAPRCLGKSKGR
::::::.::::::..::::::.:: .:.:::::::::::::::: :.: ::::::::::
CCDS10 SGERLITDPAGEMGRVQDFLGIKRFITDKHFYFNKTKGFPCLKKTESSLLPRCLGKSKGR
280 290 300 310 320 330
420 430 440 450
pF1KE2 THPRIDPDVIHRLRKFYKPFNLMFYQMTGQDFQWEQEEGDK
:: .:::.:: .::.::.:.:. ::. .::::.::
CCDS10 THVQIDPEVIDQLREFYRPYNIKFYETVGQDFRWE
340 350 360
>>CCDS45381.2 HS3ST6 gene_id:64711|Hs108|chr16 (342 aa)
initn: 1470 init1: 682 opt: 1367 Z-score: 657.7 bits: 130.5 E(32554): 2.6e-30
Smith-Waterman score: 1371; 61.0% identity (78.9% similar) in 341 aa overlap (122-449:3-341)
100 110 120 130 140
pF1KE2 GAPSQPPAPPPLDNASHGEPPEPPEQPAAPGTDGWGLPSGGG-GA---RDAWLRTPLAPS
:. : : .::: :: . : ::. ::
CCDS45 MAGSGGLGGGAGGGQGAGAGQGAALRASRAPM
10 20 30
150 160 170 180 190
pF1KE2 EMIT------AQSALPEREAQESSTTDEDLAGRRAANGSSERGGAVSTP---DYGEKKLP
... ::: : .. . . ..: .: :: . : :....:
CCDS45 LLVALVLGAYCLCALPGR-CPPAARAPAPAPAPSEPSSSVHRPGAPGLPLASGPGRRRFP
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KE2 QALIIGVKKGGTRALLEAIRVHPDVRAVGVEPHFFDRNYEKGLEWYRNVMPKTLDGQITM
::::.:::::::::::: .:.::::::.: ::::::: ::.:: :::..::.::::::::
CCDS45 QALIVGVKKGGTRALLEFLRLHPDVRALGSEPHFFDRCYERGLAWYRSLMPRTLDGQITM
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300 310
pF1KE2 EKTPSYFVTNEAPKRIHSMAKDIKLIVVVRNPVTRAISDYTQTLSKKPEIPTFEVLAFKN
::::::::: :::.:::.:. : :::::::::::::::::.::::: : .:.:..:::..
CCDS45 EKTPSYFVTREAPRRIHAMSPDTKLIVVVRNPVTRAISDYAQTLSKTPGLPSFRALAFRH
160 170 180 190 200 210
320 330 340 350 360 370
pF1KE2 RTLGLIDASWSAIRIGIYALHLENWLQYFPLSQILFVSGERLIVDPAGEMAKVQDFLGLK
:: .:..:::.:::.:: ::..::.:::::..::::::::. :::::...::::::::
CCDS45 -GLGPVDTAWSAVRIGLYAQHLDHWLRYFPLSHFLFVSGERLVSDPAGEVGRVQDFLGLK
220 230 240 250 260 270
380 390 400 410 420 430
pF1KE2 RVVTEKHFYFNKTKGFPCLKKPEDSSAPRCLGKSKGRTHPRIDPDVIHRLRKFYKPFNLM
::::.:::::: ::::::::: . .: :::::::::: :::. ...::..::.:::
CCDS45 RVVTDKHFYFNATKGFPCLKKAQGGSRPRCLGKSKGRPHPRVPQALVRRLQEFYRPFNRR
280 290 300 310 320 330
440 450
pF1KE2 FYQMTGQDFQWEQEEGDK
::::::::: :
CCDS45 FYQMTGQDFGWG
340
>>CCDS34517.1 HS3ST5 gene_id:222537|Hs108|chr6 (346 aa)
initn: 847 init1: 289 opt: 840 Z-score: 414.4 bits: 85.5 E(32554): 9.2e-17
Smith-Waterman score: 840; 44.2% identity (70.3% similar) in 317 aa overlap (143-449:39-345)
120 130 140 150 160
pF1KE2 EPPEQPAAPGTDGWGLPSGGGGARDAWLRTPLAPSEM----ITAQSALPEREAQESSTTD
:. : : .:. .: : : .
CCDS34 LRQKLLVLGSLAVGSLLYLVARVGSLDRLQPICPIEGRLGGARTQAEFPLRALQFKRGLL
10 20 30 40 50 60
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 EDLAGRRAANGSSERGGAVSTPDYGEKKLPQALIIGVKKGGTRALLEAIRVHPDVRAVGV
... : .:.:.:. : : ..::.:.::::.::::::::: . .:: : ..
CCDS34 HEF---RKGNASKEQ---VRLHDL-VQQLPKAIIIGVRKGGTRALLEMLNLHPAVVKASQ
70 80 90 100 110 120
230 240 250 260 270 280
pF1KE2 EPHFFD--RNYEKGLEWYRNVMPKTLDGQITMEKTPSYFVTNEAPKRIHSMAKDIKLIVV
: :::: .:: ::.::::. :: . :::.::.:.::.:.:.:.::..: ..:::...
CCDS34 EIHFFDNDENYGKGIEWYRKKMPFSYPQQITIEKSPAYFITEEVPERIYKMNSSIKLLII
130 140 150 160 170 180
290 300 310 320 330 340
pF1KE2 VRNPVTRAISDYTQTLS----KKPEIPTFEVLAFKNRTLGLIDASWSAIRIGIYALHLEN
::.:.:::::::::.: :. :: ::. : ......:.: .::. :::
CCDS34 VREPTTRAISDYTQVLEGKERKNKTYYKFEKLAIDPNTCE-VNTKYKAVRTSIYTKHLER
190 200 210 220 230 240
350 360 370 380 390 400
pF1KE2 WLQYFPLSQILFVSGERLIVDPAGEMAKVQDFLGLKRVVTEKHFYFNKTKGFPCLKKPED
::.:::. :. :.:.:::..: :. :. ::.: ... ..::: :.:: ::. .
CCDS34 WLKYFPIEQFHVVDGDRLITEPLPELQLVEKFLNLPPRISQYNLYFNATRGFYCLR--FN
250 260 270 280 290
410 420 430 440 450
pF1KE2 SSAPRCLGKSKGRTHPRIDPDVIHRLRKFYKPFNLMFYQMTGQDFQWEQEEGDK
.::. :::: ::..::.:: .::::..::: :::.::. ..:
CCDS34 IIFNKCLAGSKGRIHPEVDPSVITKLRKFFHPFNQKFYQITGRTLNWP
300 310 320 330 340
>>CCDS3408.1 HS3ST1 gene_id:9957|Hs108|chr4 (307 aa)
initn: 582 init1: 213 opt: 789 Z-score: 391.5 bits: 81.1 E(32554): 1.7e-15
Smith-Waterman score: 789; 40.1% identity (73.8% similar) in 309 aa overlap (149-449:10-306)
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 AAPGTDGWGLPSGGGGARDAWLRTPLAPSEMITAQSAL-PEREAQESSTTDEDLAGRRAA
...:: : : : :. ...: :.:.
CCDS34 MAALLLGAVLLVAQPQLVPSRPAE---LGQQELL-RKAG
10 20 30
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 NGSSE-RGGAVSTPDYGEKKLPQALIIGVKKGGTRALLEAIRVHPDVRAVGVEPHFFD--
. ... : :.. :. . ..:::..::::.::::::::: . .:::: :. : ::::
CCDS34 TLQDDVRDGVA--PNGSAQQLPQTIIIGVRKGGTRALLEMLSLHPDVAAAENEVHFFDWE
40 50 60 70 80 90
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 RNYEKGLEWYRNVMPKTLDGQITMEKTPSYFVTNEAPKRIHSMAKDIKLIVVVRNPVTRA
..: .:: :: . :: . :.:.::::.::.. ..:.:..:: .:.:....:.: :.
CCDS34 EHYSHGLGWYLSQMPFSWPHQLTVEKTPAYFTSPKVPERVYSMNPSIRLLLILRDPSERV
100 110 120 130 140 150
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 ISDYTQT----LSKKPEIPTFEVLAFKNRTLGLIDASWSAIRIGIYALHLENWLQYFPLS
.:::::. ..:. :..: . .. : ......:. ..: .:..:::..:::
CCDS34 LSDYTQVFYNHMQKHKPYPSIEEFLVRD---GRLNVDYKALNRSLYHVHMQNWLRFFPLR
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360 370 380 390 400 410
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