Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2622
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2622, 349 aa
1>>>pF1KE2622 349 - 349 aa - 349 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9799+/-0.000989; mu= 7.6958+/- 0.059
mean_var=136.0524+/-27.355, 0's: 0 Z-trim(107.7): 135 B-trim: 5 in 1/53
Lambda= 0.109957
statistics sampled from 9601 (9760) to 9601 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.669), E-opt: 0.2 (0.3), width: 16
Scan time: 1.880
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12610.1 CEACAM8 gene_id:1088|Hs108|chr19 ( 349) 2327 380.9 8.6e-106
CCDS12585.1 CEACAM6 gene_id:4680|Hs108|chr19 ( 344) 1792 296.0 3e-80
CCDS54272.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 368) 1778 293.8 1.5e-79
CCDS54273.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 430) 1778 293.9 1.7e-79
CCDS46089.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 464) 1725 285.5 6e-77
CCDS12609.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 526) 1725 285.5 6.6e-77
CCDS54274.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 461) 1722 285.0 8.3e-77
CCDS77302.1 CEACAM5 gene_id:1048|Hs108|chr19 ( 701) 1614 268.0 1.6e-71
CCDS12584.1 CEACAM5 gene_id:1048|Hs108|chr19 ( 702) 1614 268.0 1.6e-71
CCDS77314.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 333) 1281 215.0 7.4e-56
CCDS33039.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19 ( 326) 1277 214.3 1.1e-55
CCDS12616.1 PSG2 gene_id:5670|Hs108|chr19 ( 335) 1274 213.8 1.6e-55
CCDS62695.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19 ( 326) 1270 213.2 2.4e-55
CCDS82360.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 326) 1262 211.9 5.9e-55
CCDS12617.1 PSG5 gene_id:5673|Hs108|chr19 ( 335) 1262 211.9 6e-55
CCDS12614.2 PSG11 gene_id:5680|Hs108|chr19 ( 335) 1255 210.8 1.3e-54
CCDS77312.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 333) 1242 208.8 5.4e-54
CCDS12583.1 CEACAM7 gene_id:1087|Hs108|chr19 ( 265) 1056 179.2 3.5e-45
CCDS12611.1 PSG3 gene_id:5671|Hs108|chr19 ( 428) 777 135.1 1.1e-31
CCDS77310.1 PSG7 gene_id:5676|Hs108|chr19 ( 297) 762 132.6 4.1e-31
CCDS46090.1 PSG8 gene_id:440533|Hs108|chr19 ( 297) 752 131.0 1.2e-30
CCDS46091.1 PSG8 gene_id:440533|Hs108|chr19 ( 419) 752 131.1 1.6e-30
CCDS33037.1 PSG8 gene_id:440533|Hs108|chr19 ( 426) 744 129.9 3.9e-30
CCDS12613.1 PSG6 gene_id:5675|Hs108|chr19 ( 435) 742 129.5 5e-30
CCDS33038.1 PSG6 gene_id:5675|Hs108|chr19 ( 424) 740 129.2 6.1e-30
CCDS59392.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 417) 737 128.7 8.4e-30
CCDS54275.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 419) 734 128.3 1.2e-29
CCDS46093.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19 ( 419) 732 127.9 1.5e-29
CCDS12615.2 PSG11 gene_id:5680|Hs108|chr19 ( 213) 727 126.9 1.5e-29
CCDS12612.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 426) 729 127.5 2.1e-29
CCDS74380.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 428) 725 126.8 3.2e-29
CCDS12618.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 426) 713 124.9 1.2e-28
CCDS46087.1 CEACAM21 gene_id:90273|Hs108|chr19 ( 292) 683 120.0 2.4e-27
CCDS46086.1 CEACAM21 gene_id:90273|Hs108|chr19 ( 293) 678 119.3 4.2e-27
CCDS62685.1 CEACAM3 gene_id:1084|Hs108|chr19 ( 212) 651 114.9 6.4e-26
CCDS12586.2 CEACAM3 gene_id:1084|Hs108|chr19 ( 252) 651 114.9 7.3e-26
CCDS77311.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 240) 645 114.0 1.4e-25
CCDS54278.1 CEACAM16 gene_id:388551|Hs108|chr19 ( 425) 571 102.4 7.2e-22
CCDS33033.1 CEACAM4 gene_id:1089|Hs108|chr19 ( 244) 506 91.9 6e-19
CCDS74392.1 CEACAM20 gene_id:125931|Hs108|chr19 ( 584) 406 76.3 6.9e-14
CCDS74393.1 CEACAM20 gene_id:125931|Hs108|chr19 ( 596) 406 76.3 7.1e-14
>>CCDS12610.1 CEACAM8 gene_id:1088|Hs108|chr19 (349 aa)
initn: 2327 init1: 2327 opt: 2327 Z-score: 2012.8 bits: 380.9 E(32554): 8.6e-106
Smith-Waterman score: 2327; 100.0% identity (100.0% similar) in 349 aa overlap (1-349:1-349)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGPISAPSCRWRIPWQGLLLTASLFTFWNPPTTAQLTIEAVPSNAAEGKEVLLLVHNLPQ
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CCDS12 MGPISAPSCRWRIPWQGLLLTASLFTFWNPPTTAQLTIEAVPSNAAEGKEVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 DPRGYNWYKGETVDANRRIIGYVISNQQITPGPAYSNRETIYPNASLLMRNVTRNDTGSY
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CCDS12 DPRGYNWYKGETVDANRRIIGYVISNQQITPGPAYSNRETIYPNASLLMRNVTRNDTGSY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 TLQVIKLNLMSEEVTGQFSVHPETPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQNTTYLWWV
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CCDS12 TLQVIKLNLMSEEVTGQFSVHPETPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQNTTYLWWV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 NGQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDVGPYECEIQNPASANFSDPVTLNVLYGPDAP
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CCDS12 NGQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDVGPYECEIQNPASANFSDPVTLNVLYGPDAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 TISPSDTYYHAGVNLNLSCHAASNPPSQYSWSVNGTFQQYTQKLFIPNITTKNSGSYACH
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CCDS12 TISPSDTYYHAGVNLNLSCHAASNPPSQYSWSVNGTFQQYTQKLFIPNITTKNSGSYACH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KE2 TTNSATGRNRTTVRMITVSDALVQGSSPGLSARATVSIMIGVLARVALI
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CCDS12 TTNSATGRNRTTVRMITVSDALVQGSSPGLSARATVSIMIGVLARVALI
310 320 330 340
>>CCDS12585.1 CEACAM6 gene_id:4680|Hs108|chr19 (344 aa)
initn: 1706 init1: 1706 opt: 1792 Z-score: 1554.2 bits: 296.0 E(32554): 3e-80
Smith-Waterman score: 1792; 78.2% identity (89.4% similar) in 349 aa overlap (1-349:1-344)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGPISAPSCRWRIPWQGLLLTASLFTFWNPPTTAQLTIEAVPSNAAEGKEVLLLVHNLPQ
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CCDS12 MGPPSAPPCRLHVPWKEVLLTASLLTFWNPPTTAKLTIESTPFNVAEGKEVLLLAHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 DPRGYNWYKGETVDANRRIIGYVISNQQITPGPAYSNRETIYPNASLLMRNVTRNDTGSY
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CCDS12 NRIGYSWYKGERVDGNSLIVGYVIGTQQATPGPAYSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 TLQVIKLNLMSEEVTGQFSVHPETPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQNTTYLWWV
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CCDS12 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPEVQNTTYLWWV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 NGQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDVGPYECEIQNPASANFSDPVTLNVLYGPDAP
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CCDS12 NGQSLPVSPRLQLSNGNMTLTLLSVKRNDAGSYECEIQNPASANRSDPVTLNVLYGPDVP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 TISPSDTYYHAGVNLNLSCHAASNPPSQYSWSVNGTFQQYTQKLFIPNITTKNSGSYACH
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CCDS12 TISPSKANYRPGENLNLSCHAASNPPAQYSWFINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYMCQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KE2 TTNSATGRNRTTVRMITVSDALVQGSSPGLSARATVSIMIGVLARVALI
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CCDS12 AHNSATGLNRTTVTMITVS-----GSAPVLSAVATVGITIGVLARVALI
310 320 330 340
>>CCDS54272.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (368 aa)
initn: 1837 init1: 1727 opt: 1778 Z-score: 1541.8 bits: 293.8 E(32554): 1.5e-79
Smith-Waterman score: 1778; 76.9% identity (90.9% similar) in 350 aa overlap (1-349:1-348)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGPISAPSCRWRIPWQGLLLTASLFTFWNPPTTAQLTIEAVPSNAAEGKEVLLLVHNLPQ
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CCDS54 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 DPRGYNWYKGETVDANRRIIGYVISNQQITPGPAYSNRETIYPNASLLMRNVTRNDTGSY
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CCDS54 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 TLQVIKLNLMSEEVTGQFSVHPETPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQNTTYLWWV
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CCDS54 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
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190 200 210 220 230 240
pF1KE2 NGQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDVGPYECEIQNPASANFSDPVTLNVLYGPDAP
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CCDS54 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
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250 260 270 280 290 300
pF1KE2 TISPSDTYYHAGVNLNLSCHAASNPPSQYSWSVNGTFQQYTQKLFIPNITTKNSGSYACH
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CCDS54 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
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310 320 330 340
pF1KE2 TTNSATGRNRTTVRMITVSD-ALVQGSSPGLSARATVSIMIGVLARVALI
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CCDS54 ANNSVTGCNRTTVKTIIVTDNALPQEN--GLSPGAIAGIVIGVVALVALIAVALACFLHF
310 320 330 340 350
CCDS54 GKTGSSGPLQ
360
>>CCDS54273.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (430 aa)
initn: 1837 init1: 1727 opt: 1778 Z-score: 1540.8 bits: 293.9 E(32554): 1.7e-79
Smith-Waterman score: 1778; 76.9% identity (90.9% similar) in 350 aa overlap (1-349:1-348)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGPISAPSCRWRIPWQGLLLTASLFTFWNPPTTAQLTIEAVPSNAAEGKEVLLLVHNLPQ
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CCDS54 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 DPRGYNWYKGETVDANRRIIGYVISNQQITPGPAYSNRETIYPNASLLMRNVTRNDTGSY
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CCDS54 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
70 80 90 100 110 120
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pF1KE2 TLQVIKLNLMSEEVTGQFSVHPETPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQNTTYLWWV
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CCDS54 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
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190 200 210 220 230 240
pF1KE2 NGQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDVGPYECEIQNPASANFSDPVTLNVLYGPDAP
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CCDS54 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
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250 260 270 280 290 300
pF1KE2 TISPSDTYYHAGVNLNLSCHAASNPPSQYSWSVNGTFQQYTQKLFIPNITTKNSGSYACH
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CCDS54 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KE2 TTNSATGRNRTTVRMITVSD-ALVQGSSPGLSARATVSIMIGVLARVALI
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CCDS54 ANNSVTGCNRTTVKTIIVTDNALPQEN--GLSPGAIAGIVIGVVALVALIAVALACFLHF
310 320 330 340 350
CCDS54 GKTGRASDQRDLTEHKPSVSNHTQDHSNDPPNKMNEVTYSTLNFEAQQPTQPTSASPSLT
360 370 380 390 400 410
>>CCDS46089.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (464 aa)
initn: 1831 init1: 1721 opt: 1725 Z-score: 1494.9 bits: 285.5 E(32554): 6e-77
Smith-Waterman score: 1725; 76.1% identity (90.7% similar) in 335 aa overlap (1-335:1-335)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGPISAPSCRWRIPWQGLLLTASLFTFWNPPTTAQLTIEAVPSNAAEGKEVLLLVHNLPQ
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CCDS46 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 DPRGYNWYKGETVDANRRIIGYVISNQQITPGPAYSNRETIYPNASLLMRNVTRNDTGSY
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CCDS46 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 TLQVIKLNLMSEEVTGQFSVHPETPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQNTTYLWWV
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CCDS46 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
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pF1KE2 NGQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDVGPYECEIQNPASANFSDPVTLNVLYGPDAP
:.:::::::::::::::::::::::::::.::::::::::.::: :::::::: ::::.:
CCDS46 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
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pF1KE2 TISPSDTYYHAGVNLNLSCHAASNPPSQYSWSVNGTFQQYTQKLFIPNITTKNSGSYACH
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CCDS46 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KE2 TTNSATGRNRTTVRMITVSDALVQGSSPGLSARATVSIMIGVLARVALI
..::.:: :::::. : :.. ..: ..: :
CCDS46 ANNSVTGCNRTTVKTIIVTELSPVVAKPQIKASKTTVTGDKDSVNLTCSTNDTGISIRWF
310 320 330 340 350 360
CCDS46 FKNQSLPSSERMKLSQGNTTLSINPVKREDAGTYWCEVFNPISKNQSDPIMLNVNYNALP
370 380 390 400 410 420
>>CCDS12609.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (526 aa)
initn: 1831 init1: 1721 opt: 1725 Z-score: 1494.2 bits: 285.5 E(32554): 6.6e-77
Smith-Waterman score: 1725; 76.1% identity (90.7% similar) in 335 aa overlap (1-335:1-335)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGPISAPSCRWRIPWQGLLLTASLFTFWNPPTTAQLTIEAVPSNAAEGKEVLLLVHNLPQ
:: .::: : :.:::::::::::.:::::::::::: :..: :.:::::::::::::::
CCDS12 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
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pF1KE2 DPRGYNWYKGETVDANRRIIGYVISNQQITPGPAYSNRETIYPNASLLMRNVTRNDTGSY
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CCDS12 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]