Result of FASTA (omim) for
pFN21AE2606
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2606, 706 aa
1>>>pF1KE2606 706 - 706 aa - 706 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9647+/-0.000449; mu= 21.9462+/- 0.028
mean_var=67.0150+/-13.498, 0's: 0 Z-trim(109.4): 52 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.156671
statistics sampled from 17523 (17554) to 17523 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.545), E-opt: 0.2 (0.206), width: 16
Scan time: 9.390
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_065161 (OMIM: 606106) choline transporter-like ( 706) 4778 1089.7 0
NP_001138528 (OMIM: 606106) choline transporter-li ( 704) 4702 1072.5 0
XP_005260054 (OMIM: 606106) PREDICTED: choline tra ( 711) 4684 1068.4 0
XP_005260056 (OMIM: 606106) PREDICTED: choline tra ( 709) 4608 1051.3 0
NP_079533 (OMIM: 606107) choline transporter-like ( 710) 2350 540.9 6.4e-153
NP_001171516 (OMIM: 606107) choline transporter-li ( 634) 2023 466.9 1e-130
NP_001171515 (OMIM: 606107) choline transporter-li ( 668) 1937 447.5 7.7e-125
XP_016870049 (OMIM: 606105) PREDICTED: choline tra ( 624) 689 165.4 6e-40
NP_001273659 (OMIM: 606105) choline transporter-li ( 652) 689 165.4 6.2e-40
NP_001317660 (OMIM: 606105) choline transporter-li ( 654) 689 165.4 6.3e-40
NP_536856 (OMIM: 606105) choline transporter-like ( 657) 689 165.4 6.3e-40
XP_006717092 (OMIM: 606105) PREDICTED: choline tra ( 672) 689 165.4 6.4e-40
XP_006717091 (OMIM: 606105) PREDICTED: choline tra ( 675) 689 165.4 6.4e-40
XP_005251912 (OMIM: 606105) PREDICTED: choline tra ( 719) 689 165.5 6.7e-40
XP_006717090 (OMIM: 606105) PREDICTED: choline tra ( 737) 689 165.5 6.9e-40
>>NP_065161 (OMIM: 606106) choline transporter-like prot (706 aa)
initn: 4778 init1: 4778 opt: 4778 Z-score: 5832.3 bits: 1089.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4778; 99.9% identity (100.0% similar) in 706 aa overlap (1-706:1-706)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGDERPHYYGKHGTPQKYDPTFKGPIYNRGCTDIICCVFLLLAIVGYVAVGIIAWTHGDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 MGDERPHYYGKHGTPQKYDPTFKGPIYNRGCTDIICCVFLLLAIVGYVAVGIIAWTHGDP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 RKVIYPTDSRGEFCGQKGTKNENKPYLFYFNIVKCASPLVLLEFQCPTPQICVEKCPDRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 RKVIYPTDSRGEFCGQKGTKNENKPYLFYFNIVKCASPLVLLEFQCPTPQICVEKCPDRY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 LTYLNARSSRDFEYYKQFCVPGFKNNKGVAEVLRDGDCPAVLIPSKPLARRCFPAIHAYK
:::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LTYLNARSSRDFEYYKQFCVPGFKNNKGVAEVLQDGDCPAVLIPSKPLARRCFPAIHAYK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 GVLMVGNETTYEDGHGSRKNITDLVEGAKKANGVLEARQLAMRIFEDYTVSWYWIIIGLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 GVLMVGNETTYEDGHGSRKNITDLVEGAKKANGVLEARQLAMRIFEDYTVSWYWIIIGLV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 IAMAMSLLFIILLRFLAGIMVWVMIIMVILVLGYGIFHCYMEYSRLRGEAGSDVSLVDLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 IAMAMSLLFIILLRFLAGIMVWVMIIMVILVLGYGIFHCYMEYSRLRGEAGSDVSLVDLG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 FQTDFRVYLHLRQTWLAFMIILSILEVIIILLLIFLRKRILIAIALIKEASRAVGYVMCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 FQTDFRVYLHLRQTWLAFMIILSILEVIIILLLIFLRKRILIAIALIKEASRAVGYVMCS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 LLYPLVTFFLLCLCIAYWASTAVFLSTSNEAVYKIFDDSPCPFTAKTCNPETFPSSNESR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LLYPLVTFFLLCLCIAYWASTAVFLSTSNEAVYKIFDDSPCPFTAKTCNPETFPSSNESR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 QCPNARCQFAFYGGESGYHRALLGLQIFNAFMFFWLANFVLALGQVTLAGAFASYYWALR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 QCPNARCQFAFYGGESGYHRALLGLQIFNAFMFFWLANFVLALGQVTLAGAFASYYWALR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 KPDDLPAFPLFSAFGRALRYHTGSLAFGALILAIVQIIRVILEYLDQRLKAAENKFAKCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 KPDDLPAFPLFSAFGRALRYHTGSLAFGALILAIVQIIRVILEYLDQRLKAAENKFAKCL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 MTCLKCCFWCLEKFIKFLNRNAYIMIAIYGTNFCTSARNAFFLLMRNIIRVAVLDKVTDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 MTCLKCCFWCLEKFIKFLNRNAYIMIAIYGTNFCTSARNAFFLLMRNIIRVAVLDKVTDF
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 LFLLGKLLIVGSVGILAFFFFTHRIRIVQDTAPPLNYYWVPILTVIVGSYLIAHGFFSVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LFLLGKLLIVGSVGILAFFFFTHRIRIVQDTAPPLNYYWVPILTVIVGSYLIAHGFFSVY
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700
pF1KE2 GMCVDTLFLCFLEDLERNDGSAERPYFMSSTLKKLLNKTNKKAAES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 GMCVDTLFLCFLEDLERNDGSAERPYFMSSTLKKLLNKTNKKAAES
670 680 690 700
>>NP_001138528 (OMIM: 606106) choline transporter-like p (704 aa)
initn: 4691 init1: 4691 opt: 4702 Z-score: 5739.5 bits: 1072.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4702; 98.9% identity (99.3% similar) in 706 aa overlap (1-706:1-704)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGDERPHYYGKHGTPQKYDPTFKGPIYNRGCTDIICCVFLLLAIVGYVAVGIIAWTHGDP
: ::: . : .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MEDERKN--GAYGTPQKYDPTFKGPIYNRGCTDIICCVFLLLAIVGYVAVGIIAWTHGDP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 RKVIYPTDSRGEFCGQKGTKNENKPYLFYFNIVKCASPLVLLEFQCPTPQICVEKCPDRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RKVIYPTDSRGEFCGQKGTKNENKPYLFYFNIVKCASPLVLLEFQCPTPQICVEKCPDRY
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 LTYLNARSSRDFEYYKQFCVPGFKNNKGVAEVLRDGDCPAVLIPSKPLARRCFPAIHAYK
:::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LTYLNARSSRDFEYYKQFCVPGFKNNKGVAEVLQDGDCPAVLIPSKPLARRCFPAIHAYK
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 GVLMVGNETTYEDGHGSRKNITDLVEGAKKANGVLEARQLAMRIFEDYTVSWYWIIIGLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GVLMVGNETTYEDGHGSRKNITDLVEGAKKANGVLEARQLAMRIFEDYTVSWYWIIIGLV
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 IAMAMSLLFIILLRFLAGIMVWVMIIMVILVLGYGIFHCYMEYSRLRGEAGSDVSLVDLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IAMAMSLLFIILLRFLAGIMVWVMIIMVILVLGYGIFHCYMEYSRLRGEAGSDVSLVDLG
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 FQTDFRVYLHLRQTWLAFMIILSILEVIIILLLIFLRKRILIAIALIKEASRAVGYVMCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FQTDFRVYLHLRQTWLAFMIILSILEVIIILLLIFLRKRILIAIALIKEASRAVGYVMCS
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 LLYPLVTFFLLCLCIAYWASTAVFLSTSNEAVYKIFDDSPCPFTAKTCNPETFPSSNESR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LLYPLVTFFLLCLCIAYWASTAVFLSTSNEAVYKIFDDSPCPFTAKTCNPETFPSSNESR
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 QCPNARCQFAFYGGESGYHRALLGLQIFNAFMFFWLANFVLALGQVTLAGAFASYYWALR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QCPNARCQFAFYGGESGYHRALLGLQIFNAFMFFWLANFVLALGQVTLAGAFASYYWALR
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 KPDDLPAFPLFSAFGRALRYHTGSLAFGALILAIVQIIRVILEYLDQRLKAAENKFAKCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KPDDLPAFPLFSAFGRALRYHTGSLAFGALILAIVQIIRVILEYLDQRLKAAENKFAKCL
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 MTCLKCCFWCLEKFIKFLNRNAYIMIAIYGTNFCTSARNAFFLLMRNIIRVAVLDKVTDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MTCLKCCFWCLEKFIKFLNRNAYIMIAIYGTNFCTSARNAFFLLMRNIIRVAVLDKVTDF
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 LFLLGKLLIVGSVGILAFFFFTHRIRIVQDTAPPLNYYWVPILTVIVGSYLIAHGFFSVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LFLLGKLLIVGSVGILAFFFFTHRIRIVQDTAPPLNYYWVPILTVIVGSYLIAHGFFSVY
600 610 620 630 640 650
670 680 690 700
pF1KE2 GMCVDTLFLCFLEDLERNDGSAERPYFMSSTLKKLLNKTNKKAAES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GMCVDTLFLCFLEDLERNDGSAERPYFMSSTLKKLLNKTNKKAAES
660 670 680 690 700
>>XP_005260054 (OMIM: 606106) PREDICTED: choline transpo (711 aa)
initn: 4684 init1: 4684 opt: 4684 Z-score: 5717.5 bits: 1068.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4684; 98.7% identity (99.1% similar) in 698 aa overlap (1-698:1-698)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGDERPHYYGKHGTPQKYDPTFKGPIYNRGCTDIICCVFLLLAIVGYVAVGIIAWTHGDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MGDERPHYYGKHGTPQKYDPTFKGPIYNRGCTDIICCVFLLLAIVGYVAVGIIAWTHGDP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 RKVIYPTDSRGEFCGQKGTKNENKPYLFYFNIVKCASPLVLLEFQCPTPQICVEKCPDRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RKVIYPTDSRGEFCGQKGTKNENKPYLFYFNIVKCASPLVLLEFQCPTPQICVEKCPDRY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 LTYLNARSSRDFEYYKQFCVPGFKNNKGVAEVLRDGDCPAVLIPSKPLARRCFPAIHAYK
:::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LTYLNARSSRDFEYYKQFCVPGFKNNKGVAEVLQDGDCPAVLIPSKPLARRCFPAIHAYK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 GVLMVGNETTYEDGHGSRKNITDLVEGAKKANGVLEARQLAMRIFEDYTVSWYWIIIGLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GVLMVGNETTYEDGHGSRKNITDLVEGAKKANGVLEARQLAMRIFEDYTVSWYWIIIGLV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 IAMAMSLLFIILLRFLAGIMVWVMIIMVILVLGYGIFHCYMEYSRLRGEAGSDVSLVDLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 IAMAMSLLFIILLRFLAGIMVWVMIIMVILVLGYGIFHCYMEYSRLRGEAGSDVSLVDLG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 FQTDFRVYLHLRQTWLAFMIILSILEVIIILLLIFLRKRILIAIALIKEASRAVGYVMCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 FQTDFRVYLHLRQTWLAFMIILSILEVIIILLLIFLRKRILIAIALIKEASRAVGYVMCS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 LLYPLVTFFLLCLCIAYWASTAVFLSTSNEAVYKIFDDSPCPFTAKTCNPETFPSSNESR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LLYPLVTFFLLCLCIAYWASTAVFLSTSNEAVYKIFDDSPCPFTAKTCNPETFPSSNESR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 QCPNARCQFAFYGGESGYHRALLGLQIFNAFMFFWLANFVLALGQVTLAGAFASYYWALR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QCPNARCQFAFYGGESGYHRALLGLQIFNAFMFFWLANFVLALGQVTLAGAFASYYWALR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 KPDDLPAFPLFSAFGRALRYHTGSLAFGALILAIVQIIRVILEYLDQRLKAAENKFAKCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KPDDLPAFPLFSAFGRALRYHTGSLAFGALILAIVQIIRVILEYLDQRLKAAENKFAKCL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 MTCLKCCFWCLEKFIKFLNRNAYIMIAIYGTNFCTSARNAFFLLMRNIIRVAVLDKVTDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MTCLKCCFWCLEKFIKFLNRNAYIMIAIYGTNFCTSARNAFFLLMRNIIRVAVLDKVTDF
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 LFLLGKLLIVGSVGILAFFFFTHRIRIVQDTAPPLNYYWVPILTVIVGSYLIAHGFFSVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LFLLGKLLIVGSVGILAFFFFTHRIRIVQDTAPPLNYYWVPILTVIVGSYLIAHGFFSVY
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700
pF1KE2 GMCVDTLFLCFLEDLERNDGSAERPYFMSSTLKKLLNKTNKKAAES
::::::::::: ::::::::: ::::::: :. .: :
XP_005 GMCVDTLFLCFCEDLERNDGSQERPYFMSPELRDILLKGSAEEGKRAEAEE
670 680 690 700 710
>>XP_005260056 (OMIM: 606106) PREDICTED: choline transpo (709 aa)
initn: 4588 init1: 4588 opt: 4608 Z-score: 5624.6 bits: 1051.3 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4608; 97.7% identity (98.4% similar) in 698 aa overlap (1-698:1-696)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGDERPHYYGKHGTPQKYDPTFKGPIYNRGCTDIICCVFLLLAIVGYVAVGIIAWTHGDP
: ::: . : .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MEDERKN--GAYGTPQKYDPTFKGPIYNRGCTDIICCVFLLLAIVGYVAVGIIAWTHGDP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 RKVIYPTDSRGEFCGQKGTKNENKPYLFYFNIVKCASPLVLLEFQCPTPQICVEKCPDRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RKVIYPTDSRGEFCGQKGTKNENKPYLFYFNIVKCASPLVLLEFQCPTPQICVEKCPDRY
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 LTYLNARSSRDFEYYKQFCVPGFKNNKGVAEVLRDGDCPAVLIPSKPLARRCFPAIHAYK
:::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LTYLNARSSRDFEYYKQFCVPGFKNNKGVAEVLQDGDCPAVLIPSKPLARRCFPAIHAYK
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 GVLMVGNETTYEDGHGSRKNITDLVEGAKKANGVLEARQLAMRIFEDYTVSWYWIIIGLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GVLMVGNETTYEDGHGSRKNITDLVEGAKKANGVLEARQLAMRIFEDYTVSWYWIIIGLV
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 IAMAMSLLFIILLRFLAGIMVWVMIIMVILVLGYGIFHCYMEYSRLRGEAGSDVSLVDLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 IAMAMSLLFIILLRFLAGIMVWVMIIMVILVLGYGIFHCYMEYSRLRGEAGSDVSLVDLG
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 FQTDFRVYLHLRQTWLAFMIILSILEVIIILLLIFLRKRILIAIALIKEASRAVGYVMCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 FQTDFRVYLHLRQTWLAFMIILSILEVIIILLLIFLRKRILIAIALIKEASRAVGYVMCS
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 LLYPLVTFFLLCLCIAYWASTAVFLSTSNEAVYKIFDDSPCPFTAKTCNPETFPSSNESR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LLYPLVTFFLLCLCIAYWASTAVFLSTSNEAVYKIFDDSPCPFTAKTCNPETFPSSNESR
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 QCPNARCQFAFYGGESGYHRALLGLQIFNAFMFFWLANFVLALGQVTLAGAFASYYWALR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QCPNARCQFAFYGGESGYHRALLGLQIFNAFMFFWLANFVLALGQVTLAGAFASYYWALR
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 KPDDLPAFPLFSAFGRALRYHTGSLAFGALILAIVQIIRVILEYLDQRLKAAENKFAKCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KPDDLPAFPLFSAFGRALRYHTGSLAFGALILAIVQIIRVILEYLDQRLKAAENKFAKCL
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 MTCLKCCFWCLEKFIKFLNRNAYIMIAIYGTNFCTSARNAFFLLMRNIIRVAVLDKVTDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MTCLKCCFWCLEKFIKFLNRNAYIMIAIYGTNFCTSARNAFFLLMRNIIRVAVLDKVTDF
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 LFLLGKLLIVGSVGILAFFFFTHRIRIVQDTAPPLNYYWVPILTVIVGSYLIAHGFFSVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LFLLGKLLIVGSVGILAFFFFTHRIRIVQDTAPPLNYYWVPILTVIVGSYLIAHGFFSVY
600 610 620 630 640 650
670 680 690 700
pF1KE2 GMCVDTLFLCFLEDLERNDGSAERPYFMSSTLKKLLNKTNKKAAES
::::::::::: ::::::::: ::::::: :. .: :
XP_005 GMCVDTLFLCFCEDLERNDGSQERPYFMSPELRDILLKGSAEEGKRAEAEE
660 670 680 690 700
>>NP_079533 (OMIM: 606107) choline transporter-like prot (710 aa)
initn: 2047 init1: 1178 opt: 2350 Z-score: 2866.4 bits: 540.9 E(85289): 6.4e-153
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NP_001 KSLLKILGKKNEAPPDNKKRKK
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660
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:.:... : : :.. . . .:: :: . : :. .. .
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: : .:: : .::.:.. : . ... : : .: :.
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... .: .::: :..: :..:...:.: :.:: :. ..::. :: :.:.. ::.::
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::: ...::.::: :: .:::::::..:: .:..: .:::... : ::...:::.:::
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:.:. ........ :: . :: :.. : . ..:.:: :.:.: : ::.:::
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:: : . :::: : ..:...: ...... : :.
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... :: :..::::.:: : : :.:... : : :.. . .
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.:: :: . : :. .. . .: ..: .. .. . :: . .:.. :
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. .:: : . .. . . .. . ..: . .::. ...
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]