Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2573
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2573, 775 aa
1>>>pF1KE2573 775 - 775 aa - 775 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1103+/-0.000816; mu= 18.4718+/- 0.050
mean_var=110.8057+/-21.810, 0's: 0 Z-trim(111.6): 23 B-trim: 9 in 1/50
Lambda= 0.121841
statistics sampled from 12463 (12478) to 12463 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.717), E-opt: 0.2 (0.383), width: 16
Scan time: 4.690
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2443.1 CHPF gene_id:79586|Hs108|chr2 ( 775) 5259 935.4 0
CCDS56169.1 CHPF gene_id:79586|Hs108|chr2 ( 613) 4173 744.5 1.2e-214
CCDS64803.1 CHPF2 gene_id:54480|Hs108|chr7 ( 764) 2330 420.6 4.8e-117
CCDS34779.1 CHPF2 gene_id:54480|Hs108|chr7 ( 772) 2330 420.6 4.8e-117
CCDS10390.1 CHSY1 gene_id:22856|Hs108|chr15 ( 802) 470 93.6 1.3e-18
>>CCDS2443.1 CHPF gene_id:79586|Hs108|chr2 (775 aa)
initn: 5259 init1: 5259 opt: 5259 Z-score: 4997.3 bits: 935.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5259; 99.9% identity (100.0% similar) in 775 aa overlap (1-775:1-775)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MRASLLLSVLRPAGPVAVGISLGFTLSLLSVTWVEEPCGPGPPQPGDSELPPRGNTNAAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 MRASLLLSVLRPAGPVAVGISLGFTLSLLSVTWVEEPCGPGPPQPGDSELPPRGNTNAAR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 RPNSVQPGAEREKPGAGEGAGENWEPRVLPYHPAQPGQAAKKAVRTRYISTELGIRQRLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 RPNSVQPGAEREKPGAGEGAGENWEPRVLPYHPAQPGQAAKKAVRTRYISTELGIRQRLL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 VAVLTSQTTLPTLGVAVNRTLGHRLERVVFLTGARGRRAPPGMAVVTLGEERPIGHLHLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 VAVLTSQTTLPTLGVAVNRTLGHRLERVVFLTGARGRRAPPGMAVVTLGEERPIGHLHLA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 LRHLLEQHGDDFDWFFLVPDTTYTEAHGLARLTGHLSLASAAHLYLGRPQDFIGGEPTPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 LRHLLEQHGDDFDWFFLVPDTTYTEAHGLARLTGHLSLASAAHLYLGRPQDFIGGEPTPG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 RYCHGGFGVLLSRMLLQQLRPHLEGCRNDIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHEGVHY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 RYCHGGFGVLLSRMLLQQLRPHLEGCRNDIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHEGVHY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 SHLELSPGEPVQEGDPHFRSALTAHPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWEIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 SHLELSPGEPVQEGDPHFRSALTAHPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWEIQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 NTSHLAVDGDRAAAWPVGIPAPSRPASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGADRA
::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 NTSHLAVDGDQAAAWPVGIPAPSRPASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGADRA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 DVADVLGTALEELNRRYHPALRLQKQQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGRRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 DVADVLGTALEELNRRYHPALRLQKQQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGRRP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 LTRRVQLLRPLSRVEILPVPYVTEASRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGDAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 LTRRVQLLRPLSRVEILPVPYVTEASRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGDAA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 AALTLLLLYEPRQAQRVAHADVFAPVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLMDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 AALTLLLLYEPRQAQRVAHADVFAPVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLMDL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 LSKKHPLDTLFLLAGPDTVLTPDFLNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGPGPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 LSKKHPLDTLFLLAGPDTVLTPDFLNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGPGPP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 ELGRDTGRFDRQAASEACFYNSDYVAARGRLAAASEQEEELLESLDVYELFLHFSSLHVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 ELGRDTGRFDRQAASEACFYNSDYVAARGRLAAASEQEEELLESLDVYELFLHFSSLHVL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770
pF1KE2 RAVEPALLQRYRAQTCSARLSEDLYHRCLQSVLEGLGSRTQLAMLLFEQEQGNST
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 RAVEPALLQRYRAQTCSARLSEDLYHRCLQSVLEGLGSRTQLAMLLFEQEQGNST
730 740 750 760 770
>>CCDS56169.1 CHPF gene_id:79586|Hs108|chr2 (613 aa)
initn: 4173 init1: 4173 opt: 4173 Z-score: 3967.0 bits: 744.5 E(32554): 1.2e-214
Smith-Waterman score: 4173; 99.8% identity (100.0% similar) in 613 aa overlap (163-775:1-613)
140 150 160 170 180 190
pF1KE2 LGVAVNRTLGHRLERVVFLTGARGRRAPPGMAVVTLGEERPIGHLHLALRHLLEQHGDDF
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MAVVTLGEERPIGHLHLALRHLLEQHGDDF
10 20 30
200 210 220 230 240 250
pF1KE2 DWFFLVPDTTYTEAHGLARLTGHLSLASAAHLYLGRPQDFIGGEPTPGRYCHGGFGVLLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DWFFLVPDTTYTEAHGLARLTGHLSLASAAHLYLGRPQDFIGGEPTPGRYCHGGFGVLLS
40 50 60 70 80 90
260 270 280 290 300 310
pF1KE2 RMLLQQLRPHLEGCRNDIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHEGVHYSHLELSPGEPVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 RMLLQQLRPHLEGCRNDIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHEGVHYSHLELSPGEPVQ
100 110 120 130 140 150
320 330 340 350 360 370
pF1KE2 EGDPHFRSALTAHPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWEIQNTSHLAVDGDRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:
CCDS56 EGDPHFRSALTAHPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWEIQNTSHLAVDGDQA
160 170 180 190 200 210
380 390 400 410 420 430
pF1KE2 AAWPVGIPAPSRPASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGADRADVADVLGTALEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 AAWPVGIPAPSRPASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGADRADVADVLGTALEE
220 230 240 250 260 270
440 450 460 470 480 490
pF1KE2 LNRRYHPALRLQKQQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGRRPLTRRVQLLRPLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LNRRYHPALRLQKQQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGRRPLTRRVQLLRPLS
280 290 300 310 320 330
500 510 520 530 540 550
pF1KE2 RVEILPVPYVTEASRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGDAAAALTLLLLYEPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 RVEILPVPYVTEASRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGDAAAALTLLLLYEPR
340 350 360 370 380 390
560 570 580 590 600 610
pF1KE2 QAQRVAHADVFAPVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLMDLLSKKHPLDTLFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 QAQRVAHADVFAPVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLMDLLSKKHPLDTLFL
400 410 420 430 440 450
620 630 640 650 660 670
pF1KE2 LAGPDTVLTPDFLNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGPGPPELGRDTGRFDRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LAGPDTVLTPDFLNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGPGPPELGRDTGRFDRQ
460 470 480 490 500 510
680 690 700 710 720 730
pF1KE2 AASEACFYNSDYVAARGRLAAASEQEEELLESLDVYELFLHFSSLHVLRAVEPALLQRYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 AASEACFYNSDYVAARGRLAAASEQEEELLESLDVYELFLHFSSLHVLRAVEPALLQRYR
520 530 540 550 560 570
740 750 760 770
pF1KE2 AQTCSARLSEDLYHRCLQSVLEGLGSRTQLAMLLFEQEQGNST
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 AQTCSARLSEDLYHRCLQSVLEGLGSRTQLAMLLFEQEQGNST
580 590 600 610
>>CCDS64803.1 CHPF2 gene_id:54480|Hs108|chr7 (764 aa)
initn: 2574 init1: 1003 opt: 2330 Z-score: 2214.9 bits: 420.6 E(32554): 4.8e-117
Smith-Waterman score: 2798; 56.2% identity (78.1% similar) in 790 aa overlap (6-775:1-764)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MRASLLLSVLRPAGPVAVGISLGFTLSLLSVTWVEEPCGPGPPQPGDSELPPRGNTNAAR
.::. :: : . .: .:::: :.:.. : : : . :. .. .
CCDS64 MLSLARPPLPPT---GLRTSLSLLRVSWIQ---GEGE----DPCVEAVGERGGPQ
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 RPNSVQPGAEREKPGAGEGAGENWEPRVLPYHPAQPGQAAKKAVRTRYISTELGIRQRLL
:.: : . . . :...::..::. .:.. ::..:::::.:::: :.:::
CCDS64 NPDS------RARL---DQSDEDFKPRIVPYY-RDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRERLL
50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 VAVLTSQTTLPTLGVAVNRTLGHRLERVVFLTGARGRRAPPGMAVVTLGEERPIGHLHLA
::::::..:: ::.::::::..:.. :....:: :: ::: :: ::. :.::: . .
CCDS64 VAVLTSRATLSTLAVAVNRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVSHGDERPAWLMSET
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230
pF1KE2 LRHLLEQHGDDFDWFFLVPDTTYTEAHGLARLTGHLSLASAAHLYLGRPQDFIG-GEPTP
:::: . : :.::::.. : ::..: :: :.::::. . ::::: ..::: ::
CCDS64 LRHLHTHFGADYDWFFIMQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQ--DLYLGRAEEFIGAGEQ--
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 GRYCHGGFGVLLSRMLLQQLRPHLEGCRNDIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHEGVH
.:::::::: :::: :: .:::::.:::.::.:::::::::::..:. ::::...:.: .
CCDS64 ARYCHGGFGYLLSRSLLLRLRPHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQ
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 YSHLELSPG-EPVQEGDPHFRSALTAHPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWE
: .::. . .: .::. : ::...::: . . ::.::: :. ::::.:.::..:: .
CCDS64 YRSFELAKNRDPEKEGSSAFLSAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQ
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 IQNTSHLAVDGDRAAAWPVGIPAPSRPASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGAD
:.: . :. .:. . .::::.::: : :::::: ::::::::.::::::.:.:::.::.
CCDS64 IRNLTVLTPEGEAGLSWPVGLPAPFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGAS
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 RADVADVLGTALEELNRRYHPALRLQKQQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGR
::::.:.: ::::.:::::.: ::.:::.:.:::::::::::::::::: :: .: .: :
CCDS64 RADVGDALETALEQLNRRYQPRLRFQKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHR
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 RPLTRRVQLLRPLSRVEILPVPYVTEASRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGD
: :.:::.::::::::::::.::::::.:. ..::: .:: ::.::::::. .::: .
CCDS64 RALARRVSLLRPLSRVEILPMPYVTEATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPRE
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KE2 AAAALTLLLLYEPRQAQRVAHADVFAPVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLM
: :::::.: ::.. : : : : ::: .::::::.::.:. ::.:.. ::: .:::
CCDS64 HAL-LTLLLVYGPREGGRGA-PDPFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLM
520 530 540 550 560
600 610 620 630 640 650
pF1KE2 DLLSKKHPLDTLFLLAGPDTVLTPDFLNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGP-
:..:::::.::::.:. : :. ::::::.::::::::::.::: :.::..: ..:
CCDS64 DVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPGPEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPP
570 580 590 600 610 620
660 670 680 690 700
pF1KE2 GPPELGRDT---------------GRFDRQAASEACFYNSDYVAARGRLAA--ASEQEEE
::: : : :::::::..:.::::.::.:::.:::. :...:::
CCDS64 GPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPIGGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEE
630 640 650 660 670 680
710 720 730 740 750 760
pF1KE2 LLESLDVYELFLHFSSLHVLRAVEPALLQRYRAQTCSARLSEDLYHRCLQSVLEGLGSRT
::.:.:...::.::.::..:::::.:.:.. . :: ::::.::::: : :::::.:.
CCDS64 ALEGLEVMDVFLRFSGLHLFRAVEPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRA
690 700 710 720 730 740
770
pF1KE2 QLAMLLFEQEQGNST
:::: ::::::.:::
CCDS64 QLAMALFEQEQANST
750 760
>>CCDS34779.1 CHPF2 gene_id:54480|Hs108|chr7 (772 aa)
initn: 2695 init1: 1003 opt: 2330 Z-score: 2214.8 bits: 420.6 E(32554): 4.8e-117
Smith-Waterman score: 2869; 56.9% identity (78.7% similar) in 795 aa overlap (1-775:1-772)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MRASLLLSVLRPAGPVAVGISLGFTLSLLSVTWVEEPCGPGPPQPGDSELPPRGNTNAAR
:: : ::..:::: :. .:.::: .:::: :.:.. : : : . :. .. .
CCDS34 MRLSSLLALLRPALPLILGLSLGCSLSLLRVSWIQ---GEGE----DPCVEAVGERGGPQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 RPNSVQPGAEREKPGAGEGAGENWEPRVLPYHPAQPGQAAKKAVRTRYISTELGIRQRLL
:.: : . .. :...::..::. .:.. ::..:::::.:::: :.:::
CCDS34 NPDS------RARLDQSD---EDFKPRIVPYY-RDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRERLL
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 VAVLTSQTTLPTLGVAVNRTLGHRLERVVFLTGARGRRAPPGMAVVTLGEERPIGHLHLA
::::::..:: ::.::::::..:.. :....:: :: ::: :: ::. :.::: . .
CCDS34 VAVLTSRATLSTLAVAVNRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVSHGDERPAWLMSET
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230
pF1KE2 LRHLLEQHGDDFDWFFLVPDTTYTEAHGLARLTGHLSLASAAHLYLGRPQDFIG-GEPTP
:::: . : :.::::.. : ::..: :: :.::::. . ::::: ..::: :: .
CCDS34 LRHLHTHFGADYDWFFIMQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQ--DLYLGRAEEFIGAGEQA-
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 GRYCHGGFGVLLSRMLLQQLRPHLEGCRNDIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHEGVH
:::::::: :::: :: .:::::.:::.::.:::::::::::..:. ::::...:.: .
CCDS34 -RYCHGGFGYLLSRSLLLRLRPHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQ
230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 YSHLELSPG-EPVQEGDPHFRSALTAHPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWE
: .::. . .: .::. : ::...::: . . ::.::: :. ::::.:.::..:: .
CCDS34 YRSFELAKNRDPEKEGSSAFLSAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQ
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 IQNTSHLAVDGDRAAAWPVGIPAPSRPASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGAD
:.: . :. .:. . .::::.::: : :::::: ::::::::.::::::.:.:::.::.
CCDS34 IRNLTVLTPEGEAGLSWPVGLPAPFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGAS
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 RADVADVLGTALEELNRRYHPALRLQKQQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGR
::::.:.: ::::.:::::.: ::.:::.:.:::::::::::::::::: :: .: .: :
CCDS34 RADVGDALETALEQLNRRYQPRLRFQKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHR
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 RPLTRRVQLLRPLSRVEILPVPYVTEASRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGD
: :.:::.::::::::::::.::::::.:. ..::: .:: ::.::::::. .::: .
CCDS34 RALARRVSLLRPLSRVEILPMPYVTEATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPRE
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KE2 AAAALTLLLLYEPRQAQRVAHADVFAPVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLM
: :::::.: ::.. : : : : ::: .::::::.::.:. ::.:.. ::: .:::
CCDS34 HAL-LTLLLVYGPREGGRGA-PDPFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLM
520 530 540 550 560 570
600 610 620 630 640 650
pF1KE2 DLLSKKHPLDTLFLLAGPDTVLTPDFLNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGP-
:..:::::.::::.:. : :. ::::::.::::::::::.::: :.::..: ..:
CCDS34 DVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPGPEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPP
580 590 600 610 620 630
660 670 680 690 700
pF1KE2 GPPELGRDT---------------GRFDRQAASEACFYNSDYVAARGRLAA--ASEQEEE
::: : : :::::::..:.::::.::.:::.:::. :...:::
CCDS34 GPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPIGGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEE
640 650 660 670 680 690
710 720 730 740 750 760
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::.:.:...::.::.::..:::::.:.:.. . :: ::::.::::: : :::::.:.
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