Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2571
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2571, 1326 aa
1>>>pF1KE2571 1326 - 1326 aa - 1326 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.7456+/-0.0012; mu= 3.0194+/- 0.072
mean_var=246.0094+/-49.719, 0's: 0 Z-trim(108.2): 33 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.081771
statistics sampled from 10066 (10083) to 10066 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.649), E-opt: 0.2 (0.31), width: 16
Scan time: 4.780
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS54973.1 CARMIL1 gene_id:55604|Hs108|chr6 (1371) 7619 913.5 0
CCDS32054.1 CARMIL3 gene_id:90668|Hs108|chr14 (1372) 2824 347.8 1.2e-94
CCDS81998.1 CARMIL2 gene_id:146206|Hs108|chr16 (1372) 2088 261.0 1.6e-68
CCDS45513.1 CARMIL2 gene_id:146206|Hs108|chr16 (1435) 1233 160.1 3.9e-38
>>CCDS54973.1 CARMIL1 gene_id:55604|Hs108|chr6 (1371 aa)
initn: 7690 init1: 7590 opt: 7619 Z-score: 4869.9 bits: 913.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 8403; 96.7% identity (96.7% similar) in 1358 aa overlap (1-1313:1-1358)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MTEESSDVPRELIESIKDVIGRKIKISVKKKVKLEVKGDKVENKVLVLTSCRAFLVTARI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MTEESSDVPRELIESIKDVIGRKIKISVKKKVKLEVKGDKVENKVLVLTSCRAFLVTARI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 PTKLELTFSYLEIHGVVCSKSAQMIVETEKCSISMKMASPEDVSEVLAHIGTCLRKIFPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PTKLELTFSYLEIHGVVCSKSAQMIVETEKCSISMKMASPEDVSEVLAHIGTCLRKIFPG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 LSPVRIMKKVSMEPSERLASLQALWDSQTVAEQGPCGGFSQMYACVCDWLGFSYREEVQW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LSPVRIMKKVSMEPSERLASLQALWDSQTVAEQGPCGGFSQMYACVCDWLGFSYREEVQW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 DVDTIYLTQDTRELNLQDFSHLDHRDLIPIIAALEYNQWFTKLSSKDLKLSTDVCEQILR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DVDTIYLTQDTRELNLQDFSHLDHRDLIPIIAALEYNQWFTKLSSKDLKLSTDVCEQILR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 VVSRSNRLEELVLENAGLRTDFAQKLASALAHNPNSGLHTINLAGNPLEDRGVSSLSIQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VVSRSNRLEELVLENAGLRTDFAQKLASALAHNPNSGLHTINLAGNPLEDRGVSSLSIQF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 AKLPKGLKHLNLSKTSLSPKGVNSLSQSLSANPLTASTLVHLDLSGNVLRGDDLSHMYNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 AKLPKGLKHLNLSKTSLSPKGVNSLSQSLSANPLTASTLVHLDLSGNVLRGDDLSHMYNF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 LAQPNAIVHLDLSNTECSLDMVCGALLRGCLQYLAVLNLSRTVFSHRKGKEVPPSFKQFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LAQPNAIVHLDLSNTECSLDMVCGALLRGCLQYLAVLNLSRTVFSHRKGKEVPPSFKQFF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 SSSLALMHINLSGTKLSPEPLKALLLGLACNHNLKGVSLDLSNCELRSGGAQVLEGCIAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SSSLALMHINLSGTKLSPEPLKALLLGLACNHNLKGVSLDLSNCELRSGGAQVLEGCIAE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 IHNITSLDISDNGLESDLSTLIVWLSKNRSIQHLALGKNFNNMKSKNLTPVLDNLVQMIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 IHNITSLDISDNGLESDLSTLIVWLSKNRSIQHLALGKNFNNMKSKNLTPVLDNLVQMIQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 DEESPLQSLSLADSKLKTEVTIIINALGSNTSLTKVDISGNGMGDMGAKMLAKALQINTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DEESPLQSLSLADSKLKTEVTIIINALGSNTSLTKVDISGNGMGDMGAKMLAKALQINTK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 LRTVIWDKNNITAQGFQDIAVAMEKNYTLRFMPIPMYDASQALKTNPEKTEDALQKIENY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LRTVIWDKNNITAQGFQDIAVAMEKNYTLRFMPIPMYDASQALKTNPEKTEDALQKIENY
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 LLRNHETRKYLQEQAYRLQQGIVTSTTQQMIDRICVKVQDHLNSLRNCGGDAIQEDLKSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LLRNHETRKYLQEQAYRLQQGIVTSTTQQMIDRICVKVQDHLNSLRNCGGDAIQEDLKSA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE2 ERLMRDAKNSKTLLPNLYHVGGASWAGASGLLSSPIQETLESMAGEVTRVVDEQLKALLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ERLMRDAKNSKTLLPNLYHVGGASWAGASGLLSSPIQETLESMAGEVTRVVDEQLKALLE
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE2 SMVDAAENLCPNVMKKAHIRQDLIHASTEKISIPRTFVKNVLLEQSGIDILNKISEVKLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SMVDAAENLCPNVMKKAHIRQDLIHASTEKISIPRTFVKNVLLEQSGIDILNKISEVKLT
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE2 VASFLSDRIVDEILDALSHCHHKLADHFSRRGKTLPQQESLEIELAEEKPVKRSIITVEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VASFLSDRIVDEILDALSHCHHKLADHFSRRGKTLPQQESLEIELAEEKPVKRSIITVEE
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE2 LTEIERLEDLDTCMMTPKSKRKSIHSRMLRPVSRAFEMEFDLDKALEEVPIHIEDPPFPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LTEIERLEDLDTCMMTPKSKRKSIHSRMLRPVSRAFEMEFDLDKALEEVPIHIEDPPFPS
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE2 LRQEKRSSGFISELPSEEGKKLEHFTKLRPKRNKKQQPTQAAVCAANIVSQDGEQNGLMG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LRQEKRSSGFISELPSEEGKKLEHFTKLRPKRNKKQQPTQAAVCAANIVSQDGEQNGLMG
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KE2 RVDEGVDEFFTKKVTKMDSKKWSTRGSESHELNEGGDEKKKRDSRKSSGFLNLIKSRSKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 RVDEGVDEFFTKKVTKMDSKKWSTRGSESHELNEGGDEKKKRDSRKSSGFLNLIKSRSKS
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KE2 ERPPTILMTEEPSSPKGAVRSPPVDCPRKDTKAAEHNGNSERIEEIKTPDSFEESQGEEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ERPPTILMTEEPSSPKGAVRSPPVDCPRKDTKAAEHNGNSERIEEIKTPDSFEESQGEEI
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170
pF1KE2 GKVERSDSKSSPQAGRRYGVQVMGSGLLAEMKAKQE------------------------
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GKVERSDSKSSPQAGRRYGVQVMGSGLLAEMKAKQEKRAACAQKKLGNDAVSQDSSSPAL
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1180 1190 1200 1210
pF1KE2 ---------------------NRFGLGTPEKNTKAEPKAEAGSRSRSSSSTPTSPKPLLQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SGVERSDGGGAVPKLHPGLPENRFGLGTPEKNTKAEPKAEAGSRSRSSSSTPTSPKPLLQ
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1220 1230 1240 1250 1260 1270
pF1KE2 SPKPSLAARPVIPQKPRTASRPDDIPDSPSSPKVALLPPVLKKVPSDKERDGQSSPQPSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SPKPSLAARPVIPQKPRTASRPDDIPDSPSSPKVALLPPVLKKVPSDKERDGQSSPQPSP
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1280 1290 1300 1310 1320
pF1KE2 RTFSQEVSRRSWGQQAQEYQEQKQRSSSKDGHQGSKSNDSGEEAEKEFIFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 RTFSQEVSRRSWGQQAQEYQEQKQRSSSKDGHQGSKSNDSGEEAEKEFIFV
1330 1340 1350 1360 1370
>>CCDS32054.1 CARMIL3 gene_id:90668|Hs108|chr14 (1372 aa)
initn: 2179 init1: 827 opt: 2824 Z-score: 1812.8 bits: 347.8 E(32554): 1.2e-94
Smith-Waterman score: 2975; 40.6% identity (69.0% similar) in 1361 aa overlap (1-1322:1-1323)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MTEESSDVPRELIESIKDVIGRKIKISVKKKVKLEVKGDKVENKVLVLTSCRAFLVTARI
:.. : .. ::: .::. ... .. ...::::.: : :..::.::: : : ..
CCDS32 MAKPSVELTRELQDSIRRCLSQGAVLQ-QHHVKLETKPKKFEDRVLALTSWRLHLFLLKV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 PTKLELTFSYLEIHGVVCSKSAQMIVETEKCSISMKMASPEDVSEVLAHIGTCLRKIFPG
:.:.: .:. :::.. .. :..::::. .::.. : :.:..: :... : :. ::
CCDS32 PAKVESSFNVLEIRAFNTLSQNQILVETERGMVSMRLPSAESVDQVTRHVSSALSKVCPG
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 LSPVRIMKKVSMEPSERLASLQALWDSQTVAEQGPCGGFSQMYACVCDWLGFSYREEVQW
: .... . . : . . ...: . .. :::::. :: .::. :. ::::::
CCDS32 --PGCLIRRGNADTPEGPRDTSPNSETSTSTTHSVCGGFSETYAALCDYNGLHCREEVQW
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 DVDTIYLTQDTRELNLQDFSHLDHRDLIPIIAALEYNQWFTKLSSKDLKLSTDVCEQILR
:::::: ..:.::.:: :::::. ::: ..::: :::::::: :::.:...: ::.:.
CCDS32 DVDTIYHAEDNREFNLLDFSHLESRDLALMVAALAYNQWFTKLYCKDLRLGSEVLEQVLH
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 VVSRSNRLEELVLENAGLRTDFAQKLASALAHNPNSGLHTINLAGNPLEDRGVSSLSIQF
..:.:. ::::::.::::.:::.::::.....: . ::...:. ::.::.: ::: :.
CCDS32 TLSKSGSLEELVLDNAGLKTDFVQKLAGVFGENGSCVLHALTLSHNPIEDKGFLSLSQQL
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350
pF1KE2 AKLPKGLKHLNLSKTSLSPKGVNSLSQSLSANPLTASTLVHLDLSGN--VLRGDDLSHMY
.:.:: .: :.::..::.:...:.:...::: ::.: .:::: : .: :. . .:
CCDS32 LCFPSGLTKLCLAKTAISPRGLQALGQTFGANPAFASSLRYLDLSKNPGLLATDEANALY
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 NFLAQPNAIVHLDLSNTECSLDMVCGALLRGCLQYLAVLNLSRTVFSHRKGKEVPPSFKQ
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CCDS32 SFLAQPNALVHLDLSGTDCVIDLLLGALLHGCCSHLTYLNLARNSCSHRKGREAPPAFKQ
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 FFSSSLALMHINLSGTKLSPEPLKALLLGLACNHNLKGVSLDLSNCELRSGGAQVLEGCI
::::. .: :.:::.::: : :.::: ::. : .:. . ::::.:::::.:::.:. .
CCDS32 FFSSAYTLSHVNLSATKLPLEALRALLQGLSLNSHLSDLHLDLSSCELRSAGAQALQEQL
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 AEIHNITSLDISDNGLESDLSTLIVWLSKNRSIQHLALGKNFNNMKSKNLTPVLDNLVQM
. . . :::.::::..::: ::. :.::.:..:: :::::: .:.:.: .: .:::.
CCDS32 GAVTCVGSLDLSDNGFDSDLLTLVPALGKNKSLKHLFLGKNFN-VKAKTLEEILHKLVQL
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KE2 IQDEESPLQSLSLADSKLKTEVTIIINALGSNTSLTKVDISGNGMGDMGAKMLAKALQIN
::.:. :::::.:::.:: ...:.:::::::: :.:::.::::: :.:::::.::::::
CCDS32 IQEEDCSLQSLSVADSRLKLRTSILINALGSNTCLAKVDLSGNGMEDIGAKMLSKALQIN
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KE2 TKLRTVIWDKNNITAQGFQDIAVAMEKNYTLRFMPIPMYDASQALKTNPEKTEDALQKIE
..:::..::.:: .: :: ::: :.:.:.::::: .:. : ::: .. ::.:::. :::.
CCDS32 SSLRTILWDRNNTSALGFLDIARALESNHTLRFMSFPVSDISQAYRSAPERTEDVWQKIQ
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KE2 NYLLRNHETRKYLQEQAYRLQQGIVTSTTQQMIDRICVKVQDHLNSLRNCGGDAIQEDLK
:.::.... ::::.:::::.:::...::..:.: .::... .:: : . .:..:
CCDS32 WCLVRNNHSQTCPQEQAFRLQQGLVTSSAEQMLQRLCGRVQEEVRALRLCPLEPVQDELL
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KE2 SAERLMRDAKNSKTLLPNLYHVGGASWAGASGLLSSPIQETLESMAGEVTRVVDEQLKAL
:. :..:::::..:.:.::..: . . .: :... :::.:.::...::..:...
CCDS32 YARDLIKDAKNSRALFPSLYELGHV--LANDG----PVRQRLESVASEVSKAVDKELQVI
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KE2 LESMVDAAENLCPNVMKKAHIRQDLIHASTEKISIPRTFVKNVLLEQSGIDILNKISEVK
:::::. ...::: .:. :. .. .. .:....::.:....::::.: :: ::..:::
CCDS32 LESMVSLTQELCPVAMRVAEGHNKMLSNVAERVTVPRNFIRGALLEQAGQDIQNKLDEVK
780 790 800 810 820 830
840 850 860 870 880 890
pF1KE2 LTVASFLSDRIVDEILDALSHCHHKLADHFSR-RGKTLPQQESLEIELAEEKPVKRSIIT
:.:...:.. ::::::. : : :..:: :... : . : . . . :.
CCDS32 LSVVTYLTSSIVDEILQELYHSHKSLARHLTQLRTLSDPPGCPGQGQDLSSRGRGRNH-D
840 850 860 870 880
900 910 920 930 940 950
pF1KE2 VEELTEIERLEDLDTCMMTPKSKRKSIHSRMLRPVSRAF--EMEFDLDKALEEVPIHIED
:: :. : ..:: : :.:: : .:::: :: :... : .. :
CCDS32 HEETTDDELGTNIDT-MAIKKQKR----CRKIRPVS-AFISGSPQDMESQLGNLGI----
890 900 910 920 930
960 970 980 990 1000
pF1KE2 PP--FPSLR-QEKRSSGF---ISELPSEEGKKLEHFTKLRPK--RNKKQQPTQAAVCAAN
:: : .: .. .:: .::::.. : ::.: :. ::. :. : . .. : .
CCDS32 PPGWFSGLGGSQPTASGSWEGLSELPTH-GYKLRHQTQGRPRPPRTTPPGPGRPSMPAPG
940 950 960 970 980 990
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KE2 IVSQDGEQNGLMGRVDEGVDEFFTKKVTKMDSKKWSTRGSESHELNEGGDEKKKRDSRKS
..::. :.:::...::...: . .:. : . :.:. .. :.
CCDS32 ----TRQENGMATRLDEGLEDFFSRRVLEESSSYPRTLRTVRPGLSEAPLPPLQKKRRR-
1000 1010 1020 1030 1040 1050
1070 1080 1090 1100 1110 1120
pF1KE2 SGFLNLIKSRS-KSER----PPTILMTEEPSSPKGAVRSPPVDCPRKDTKAAEHNGNSER
:.... . :: :..: : : :. : : . .::: : . . . . :
CCDS32 -GLFHFRRPRSFKGDRGPGSPTTGLLLPPPPPPPPTQESPPSPDPPSLGNNSSPCWSPE-
1060 1070 1080 1090 1100 1110
1130 1140 1150 1160 1170
pF1KE2 IEEIKTPDSFEESQG----EEIGKVERSDSKSSPQAGRRYGVQVMGSGLLAEMKAK----
:: . .: ..: ...: ....: : .: : .: . .::
CCDS32 -EESSLLPGFGGGRGPSFRRKMGTEGSEPGEGGPAPGTAQQPRVHGVALPGLERAKGWSF
1120 1130 1140 1150 1160 1170
1180 1190 1200 1210 1220
pF1KE2 QENRFGLGTPEKNTKAEPKAEAGSRSRSSSST-PTS--PKPLLQSPKPSLAA--RPVIPQ
. .: : : :.. : ...: .. :::... : : : : :: :::..: :
CCDS32 DGKREGPG-PDQ----EGSTQAWQKRRSSDDAGPGSWKPPPPPQSTKPSFSAMRRAEATW
1180 1190 1200 1210 1220
1230 1240 1250 1260 1270 1280
pF1KE2 KPRTASRPDDIPDSPSSPKV--------ALLPPVLKKVPSDKERDGQSSPQPSPRTFSQE
. : :. .::: . .:.: . . : .: .: : :. .
CCDS32 HIAEESAPNHSCQSPSPASQDGEEEKEGTLFPERTLPARNAKLQDPALAPWP-PKPVA--
1230 1240 1250 1260 1270 1280
1290 1300 1310 1320
pF1KE2 VSRRSWGQQAQEYQEQKQRSSSKDGHQGSKSNDSGEEAEKEFIFV
: : : .:. . ... : . . :... ..:
CCDS32 VPRGRQPPQEPGVREEAEAGDAAPGVNKPRLRLSSQQDQEEPEVQGPPDPGRRTAPLKPK
1290 1300 1310 1320 1330 1340
CCDS32 RTRRAQSCDKLEPDRRRPPDPTGTSEPGTD
1350 1360 1370
>>CCDS81998.1 CARMIL2 gene_id:146206|Hs108|chr16 (1372 aa)
initn: 1790 init1: 986 opt: 2088 Z-score: 1343.6 bits: 261.0 E(32554): 1.6e-68
Smith-Waterman score: 2216; 33.7% identity (63.0% similar) in 1341 aa overlap (30-1275:23-1333)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MTEESSDVPRELIESIKDVIGRKIKISVKKKVKLEVK----GD-KVENKVLVLTSCRAFL
:.:.: .: :. :.:.::.: ::.:
CCDS81 MAQTPDGISCELRGEITRFLWPKEVELLLKTWLPGEGAVQNHVLALLRWRAYL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 V-TARIPTKLELTFSYLEIHGVVCSKSA-QMIVETEKCS-ISMKMASPEDVSEVLAHIGT
. :. .: ... ::::::..... ... :. : :. . ... . . .. :...
CCDS81 LHTTCLPLRVDCTFSYLEVQAMALQETPPQVTFELESLRELVLEFPGVAALEQLAQHVAA
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 CLRKIFPGLSPVRIMKKVSMEPSERLASLQALWDSQTVAEQGPCGGFSQMYACVCDWLGF
..:.:: . ..... . :. :: :. :... .::::: . : .::. ::
CCDS81 AIKKVFPRSTLGKLFRRPT--PASMLARLERSSPSESTDPCSPCGGFLETYEALCDYNGF
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 SYREEVQWDVDTIYLTQDTRELNLQDFSHLDHRDLIPIIAALEYNQWFTKLSSKDLKLST
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CCDS81 PFREEIQWDVDTIYHRQGCRHFSLGDFSHLGSRDLALSVAALSYNLWFRCLSCVDMKLSL
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