Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2475
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2475, 364 aa
1>>>pF1KE2475 364 - 364 aa - 364 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6721+/-0.000841; mu= 14.2391+/- 0.051
mean_var=65.0879+/-13.102, 0's: 0 Z-trim(106.2): 41 B-trim: 185 in 1/52
Lambda= 0.158973
statistics sampled from 8815 (8856) to 8815 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.659), E-opt: 0.2 (0.272), width: 16
Scan time: 2.250
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4490.1 ECI2 gene_id:10455|Hs108|chr6 ( 364) 2387 556.2 1.5e-158
CCDS43420.2 ECI2 gene_id:10455|Hs108|chr6 ( 394) 2387 556.3 1.7e-158
CCDS47364.1 CDYL gene_id:9425|Hs108|chr6 ( 412) 645 156.7 3.2e-38
CCDS4491.2 CDYL gene_id:9425|Hs108|chr6 ( 544) 645 156.8 4.1e-38
CCDS14802.1 CDY1 gene_id:9085|Hs108|chrY ( 540) 643 156.3 5.6e-38
CCDS35487.1 CDY1B gene_id:253175|Hs108|chrY ( 540) 643 156.3 5.6e-38
CCDS14801.1 CDY1 gene_id:9085|Hs108|chrY ( 554) 635 154.5 2.1e-37
CCDS35486.1 CDY1B gene_id:253175|Hs108|chrY ( 554) 635 154.5 2.1e-37
CCDS35473.1 CDY2B gene_id:203611|Hs108|chrY ( 541) 620 151.0 2.2e-36
CCDS14789.1 CDY2A gene_id:9426|Hs108|chrY ( 541) 620 151.0 2.2e-36
CCDS32493.1 CDYL2 gene_id:124359|Hs108|chr16 ( 506) 594 145.1 1.3e-34
CCDS33014.1 ECH1 gene_id:1891|Hs108|chr19 ( 328) 284 73.9 2.2e-13
CCDS7084.1 ECHDC3 gene_id:79746|Hs108|chr10 ( 303) 283 73.7 2.4e-13
CCDS7154.1 ACBD5 gene_id:91452|Hs108|chr10 ( 490) 255 67.3 3.2e-11
CCDS73079.1 ACBD5 gene_id:91452|Hs108|chr10 ( 523) 255 67.3 3.4e-11
CCDS44368.1 ACBD5 gene_id:91452|Hs108|chr10 ( 525) 255 67.3 3.4e-11
CCDS7681.1 ECHS1 gene_id:1892|Hs108|chr10 ( 290) 250 66.1 4.4e-11
>>CCDS4490.1 ECI2 gene_id:10455|Hs108|chr6 (364 aa)
initn: 2387 init1: 2387 opt: 2387 Z-score: 2959.8 bits: 556.2 E(32554): 1.5e-158
Smith-Waterman score: 2387; 100.0% identity (100.0% similar) in 364 aa overlap (1-364:1-364)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MNRTAMRASQKDFENSMNQVKLLKKDPGNEVKLKLYALYKQATEGPCNMPKPGVFDLINK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MNRTAMRASQKDFENSMNQVKLLKKDPGNEVKLKLYALYKQATEGPCNMPKPGVFDLINK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 AKWDAWNALGSLPKEAARQNYVDLVSSLSPSLESSSQVEPGTDRKSTGFETLVVTSEDGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 AKWDAWNALGSLPKEAARQNYVDLVSSLSPSLESSSQVEPGTDRKSTGFETLVVTSEDGI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 TKIMFNRPKKKNAINTEMYHEIMRALKAASKDDSIITVLTGNGDYYSSGNDLTNFTDIPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 TKIMFNRPKKKNAINTEMYHEIMRALKAASKDDSIITVLTGNGDYYSSGNDLTNFTDIPP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 GGVEEKAKNNAVLLREFVGCFIDFPKPLIAVVNGPAVGISVTLLGLFDAVYASDRATFHT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 GGVEEKAKNNAVLLREFVGCFIDFPKPLIAVVNGPAVGISVTLLGLFDAVYASDRATFHT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 PFSHLGQSPEGCSSYTFPKIMSPAKATEMLIFGKKLTAGEACAQGLVTEVFPDSTFQKEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PFSHLGQSPEGCSSYTFPKIMSPAKATEMLIFGKKLTAGEACAQGLVTEVFPDSTFQKEV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 WTRLKAFAKLPPNALRISKEVIRKREREKLHAVNAEECNVLQGRWLSDECTNAVVNFLSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 WTRLKAFAKLPPNALRISKEVIRKREREKLHAVNAEECNVLQGRWLSDECTNAVVNFLSR
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 KSKL
::::
CCDS44 KSKL
>>CCDS43420.2 ECI2 gene_id:10455|Hs108|chr6 (394 aa)
initn: 2387 init1: 2387 opt: 2387 Z-score: 2959.2 bits: 556.3 E(32554): 1.7e-158
Smith-Waterman score: 2387; 100.0% identity (100.0% similar) in 364 aa overlap (1-364:31-394)
10 20 30
pF1KE2 MNRTAMRASQKDFENSMNQVKLLKKDPGNE
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MAMAYLAWRLARRSCPSSLQVTSFPVVQLHMNRTAMRASQKDFENSMNQVKLLKKDPGNE
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE2 VKLKLYALYKQATEGPCNMPKPGVFDLINKAKWDAWNALGSLPKEAARQNYVDLVSSLSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VKLKLYALYKQATEGPCNMPKPGVFDLINKAKWDAWNALGSLPKEAARQNYVDLVSSLSP
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE2 SLESSSQVEPGTDRKSTGFETLVVTSEDGITKIMFNRPKKKNAINTEMYHEIMRALKAAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 SLESSSQVEPGTDRKSTGFETLVVTSEDGITKIMFNRPKKKNAINTEMYHEIMRALKAAS
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE2 KDDSIITVLTGNGDYYSSGNDLTNFTDIPPGGVEEKAKNNAVLLREFVGCFIDFPKPLIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 KDDSIITVLTGNGDYYSSGNDLTNFTDIPPGGVEEKAKNNAVLLREFVGCFIDFPKPLIA
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE2 VVNGPAVGISVTLLGLFDAVYASDRATFHTPFSHLGQSPEGCSSYTFPKIMSPAKATEML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VVNGPAVGISVTLLGLFDAVYASDRATFHTPFSHLGQSPEGCSSYTFPKIMSPAKATEML
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KE2 IFGKKLTAGEACAQGLVTEVFPDSTFQKEVWTRLKAFAKLPPNALRISKEVIRKREREKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 IFGKKLTAGEACAQGLVTEVFPDSTFQKEVWTRLKAFAKLPPNALRISKEVIRKREREKL
310 320 330 340 350 360
340 350 360
pF1KE2 HAVNAEECNVLQGRWLSDECTNAVVNFLSRKSKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 HAVNAEECNVLQGRWLSDECTNAVVNFLSRKSKL
370 380 390
>>CCDS47364.1 CDYL gene_id:9425|Hs108|chr6 (412 aa)
initn: 612 init1: 612 opt: 645 Z-score: 799.7 bits: 156.7 E(32554): 3.2e-38
Smith-Waterman score: 645; 39.0% identity (76.4% similar) in 254 aa overlap (109-361:155-408)
80 90 100 110 120 130
pF1KE2 QNYVDLVSSLSPSLESSSQVEPGTDRKSTGFETLVVTSEDGITKIMFN-RPKKKNAINTE
.. .:: ..::.:.:... . ...:..: :
CCDS47 SKRKFIDDRRDQPFDKRLRFSVRQTESAYRYRDIVVRKQDGFTHILLSTKSSENNSLNPE
130 140 150 160 170 180
140 150 160 170 180 190
pF1KE2 MYHEIMRALKAASKDDSIITVLTGNGDYYSSGNDLTNFTDIPPGGVEEKAKNNAVLLREF
...:.. ::..:. ::: ...:.. :. . : :. : .... . : .:.:
CCDS47 VMREVQSALSTAAADDSKLVLLSAVGSVFCCGLDFIYFIRRLTDDRKRESTKMAEAIRNF
190 200 210 220 230 240
200 210 220 230 240 250
pF1KE2 VGCFIDFPKPLIAVVNGPAVGISVTLLGLFDAVYASDRATFHTPFSHLGQSPEGCSSYTF
:. ::.: ::.:..:::::.:.....: : :.:.:...: :.::.. .::::.:::. :
CCDS47 VNTFIQFKKPIIVAVNGPAIGLGASILPLCDVVWANEKAWFQTPYTTFGQSPDGCSTVMF
250 260 270 280 290 300
260 270 280 290 300 310
pF1KE2 PKIMSPAKATEMLIFGKKLTAGEACAQGLVTEVFPDSTFQKEVWTRLKAFAKLPPNALRI
::::. :.:.:::. :.:::: :::..:::..:: .:: .:: .:.: .:. : .:.
CCDS47 PKIMGGASANEMLLSGRKLTAQEACGKGLVSQVFWPGTFTQEVMVRIKELASCNPVVLEE
310 320 330 340 350 360
320 330 340 350 360
pF1KE2 SKEVIRKREREKLHAVNAEECNVLQGRWLSDECTNAVVNFLSRKSKL
:: ..: . .:. .: .::.::. : : . ......:.::
CCDS47 SKALVRCNMKMELEQANERECEVLKKIWGSAQGMDSMLKYLQRKIDEF
370 380 390 400 410
>>CCDS4491.2 CDYL gene_id:9425|Hs108|chr6 (544 aa)
initn: 612 init1: 612 opt: 645 Z-score: 797.7 bits: 156.8 E(32554): 4.1e-38
Smith-Waterman score: 645; 39.0% identity (76.4% similar) in 254 aa overlap (109-361:287-540)
80 90 100 110 120 130
pF1KE2 QNYVDLVSSLSPSLESSSQVEPGTDRKSTGFETLVVTSEDGITKIMFN-RPKKKNAINTE
.. .:: ..::.:.:... . ...:..: :
CCDS44 SKRKFIDDRRDQPFDKRLRFSVRQTESAYRYRDIVVRKQDGFTHILLSTKSSENNSLNPE
260 270 280 290 300 310
140 150 160 170 180 190
pF1KE2 MYHEIMRALKAASKDDSIITVLTGNGDYYSSGNDLTNFTDIPPGGVEEKAKNNAVLLREF
...:.. ::..:. ::: ...:.. :. . : :. : .... . : .:.:
CCDS44 VMREVQSALSTAAADDSKLVLLSAVGSVFCCGLDFIYFIRRLTDDRKRESTKMAEAIRNF
320 330 340 350 360 370
200 210 220 230 240 250
pF1KE2 VGCFIDFPKPLIAVVNGPAVGISVTLLGLFDAVYASDRATFHTPFSHLGQSPEGCSSYTF
:. ::.: ::.:..:::::.:.....: : :.:.:...: :.::.. .::::.:::. :
CCDS44 VNTFIQFKKPIIVAVNGPAIGLGASILPLCDVVWANEKAWFQTPYTTFGQSPDGCSTVMF
380 390 400 410 420 430
260 270 280 290 300 310
pF1KE2 PKIMSPAKATEMLIFGKKLTAGEACAQGLVTEVFPDSTFQKEVWTRLKAFAKLPPNALRI
::::. :.:.:::. :.:::: :::..:::..:: .:: .:: .:.: .:. : .:.
CCDS44 PKIMGGASANEMLLSGRKLTAQEACGKGLVSQVFWPGTFTQEVMVRIKELASCNPVVLEE
440 450 460 470 480 490
320 330 340 350 360
pF1KE2 SKEVIRKREREKLHAVNAEECNVLQGRWLSDECTNAVVNFLSRKSKL
:: ..: . .:. .: .::.::. : : . ......:.::
CCDS44 SKALVRCNMKMELEQANERECEVLKKIWGSAQGMDSMLKYLQRKIDEF
500 510 520 530 540
>>CCDS14802.1 CDY1 gene_id:9085|Hs108|chrY (540 aa)
initn: 613 init1: 569 opt: 643 Z-score: 795.3 bits: 156.3 E(32554): 5.6e-38
Smith-Waterman score: 643; 33.9% identity (67.5% similar) in 342 aa overlap (28-361:196-536)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MNRTAMRASQKDFENSMNQVKLLKKDPGNEVKLKLYALYKQ------ATEGPCNMPK
: . : ... :..: :. . . .
CCDS14 AADQQDTVVFKVTEGKLLRDPLSRPGAEQTGIQNKTQIHPLMSQMSGSVTASMATGSATR
170 180 190 200 210 220
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 PGVFDLINKAKWDAWNALG-SLPKEAARQNYVDLVSSLSPSLESSSQVEPGTDRKSTGFE
:. ::. .. . . :.:. . : . : .: ... . :. :: ..
CCDS14 KGIVVLIDPLAANGTTDMHTSVPRVKGGQRNITDDSRDQPFIKKMHFTIRLTESAST-YR
230 240 250 260 270 280
120 130 140 150 160
pF1KE2 TLVVTSEDGITKIMFN-RPKKKNAINTEMYHEIMRALKAASKDDSIITVLTGNGDYYSSG
.:: .:::.:.:... : .:::.:::. .::. ::..:. ::: ...... :. . :
CCDS14 DIVVKKEDGFTQIVLSTRSTEKNALNTEVIKEIVNALNSAAADDSKLVLFSAAGSVFCCG
290 300 310 320 330 340
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 NDLTNFTDIPPGGVEEKAKNNAVLLREFVGCFIDFPKPLIAVVNGPAVGISVTLLGLFDA
:. :. .. . . . . ...::. ::.: ::... :::::.:.....: : :
CCDS14 LDFGYFVKHLRNNRNTASLEMVDTIKNFVNTFIQFKKPIVVSVNGPAIGLGASILPLCDL
350 360 370 380 390 400
230 240 250 260 270 280
pF1KE2 VYASDRATFHTPFSHLGQSPEGCSSYTFPKIMSPAKATEMLIFGKKLTAGEACAQGLVTE
:.:...: :.::.. .::::.:::: ::::.:. :.:.:::: :.:::: ::::.:::..
CCDS14 VWANEKAWFQTPYTTFGQSPDGCSSITFPKMMGKASANEMLIAGRKLTAREACAKGLVSQ
410 420 430 440 450 460
290 300 310 320 330 340
pF1KE2 VFPDSTFQKEVWTRLKAFAKLPPNALRISKEVIRKREREKLHAVNAEECNVLQGRWLSDE
:: .:: .:: ..: .:. : .:. : ..: . .:. .: .::.::. : : .
CCDS14 VFLTGTFTQEVMIQIKELASYNPIVLEECKALVRCNIKLELEQANERECEVLRKIWSSAQ
470 480 490 500 510 520
350 360
pF1KE2 CTNAVVNFLSRKSKL
....... :
CCDS14 GIESMLKYVENKIDEF
530 540
>>CCDS35487.1 CDY1B gene_id:253175|Hs108|chrY (540 aa)
initn: 613 init1: 569 opt: 643 Z-score: 795.3 bits: 156.3 E(32554): 5.6e-38
Smith-Waterman score: 643; 33.9% identity (67.5% similar) in 342 aa overlap (28-361:196-536)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MNRTAMRASQKDFENSMNQVKLLKKDPGNEVKLKLYALYKQ------ATEGPCNMPK
: . : ... :..: :. . . .
CCDS35 AADQQDTVVFKVTEGKLLRDPLSRPGAEQTGIQNKTQIHPLMSQMSGSVTASMATGSATR
170 180 190 200 210 220
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 PGVFDLINKAKWDAWNALG-SLPKEAARQNYVDLVSSLSPSLESSSQVEPGTDRKSTGFE
:. ::. .. . . :.:. . : . : .: ... . :. :: ..
CCDS35 KGIVVLIDPLAANGTTDMHTSVPRVKGGQRNITDDSRDQPFIKKMHFTIRLTESAST-YR
230 240 250 260 270 280
120 130 140 150 160
pF1KE2 TLVVTSEDGITKIMFN-RPKKKNAINTEMYHEIMRALKAASKDDSIITVLTGNGDYYSSG
.:: .:::.:.:... : .:::.:::. .::. ::..:. ::: ...... :. . :
CCDS35 DIVVKKEDGFTQIVLSTRSTEKNALNTEVIKEIVNALNSAAADDSKLVLFSAAGSVFCCG
290 300 310 320 330 340
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 NDLTNFTDIPPGGVEEKAKNNAVLLREFVGCFIDFPKPLIAVVNGPAVGISVTLLGLFDA
:. :. .. . . . . ...::. ::.: ::... :::::.:.....: : :
CCDS35 LDFGYFVKHLRNNRNTASLEMVDTIKNFVNTFIQFKKPIVVSVNGPAIGLGASILPLCDL
350 360 370 380 390 400
230 240 250 260 270 280
pF1KE2 VYASDRATFHTPFSHLGQSPEGCSSYTFPKIMSPAKATEMLIFGKKLTAGEACAQGLVTE
:.:...: :.::.. .::::.:::: ::::.:. :.:.:::: :.:::: ::::.:::..
CCDS35 VWANEKAWFQTPYTTFGQSPDGCSSITFPKMMGKASANEMLIAGRKLTAREACAKGLVSQ
410 420 430 440 450 460
290 300 310 320 330 340
pF1KE2 VFPDSTFQKEVWTRLKAFAKLPPNALRISKEVIRKREREKLHAVNAEECNVLQGRWLSDE
:: .:: .:: ..: .:. : .:. : ..: . .:. .: .::.::. : : .
CCDS35 VFLTGTFTQEVMIQIKELASYNPIVLEECKALVRCNIKLELEQANERECEVLRKIWSSAQ
470 480 490 500 510 520
350 360
pF1KE2 CTNAVVNFLSRKSKL
....... :
CCDS35 GIESMLKYVENKIDEF
530 540
>>CCDS14801.1 CDY1 gene_id:9085|Hs108|chrY (554 aa)
initn: 613 init1: 569 opt: 635 Z-score: 785.2 bits: 154.5 E(32554): 2.1e-37
Smith-Waterman score: 635; 35.1% identity (67.7% similar) in 328 aa overlap (28-347:196-522)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MNRTAMRASQKDFENSMNQVKLLKKDPGNEVKLKLYALYKQ------ATEGPCNMPK
: . : ... :..: :. . . .
CCDS14 AADQQDTVVFKVTEGKLLRDPLSRPGAEQTGIQNKTQIHPLMSQMSGSVTASMATGSATR
170 180 190 200 210 220
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 PGVFDLINKAKWDAWNALG-SLPKEAARQNYVDLVSSLSPSLESSSQVEPGTDRKSTGFE
:. ::. .. . . :.:. . : . : .: ... . :. :: ..
CCDS14 KGIVVLIDPLAANGTTDMHTSVPRVKGGQRNITDDSRDQPFIKKMHFTIRLTESAST-YR
230 240 250 260 270 280
120 130 140 150 160
pF1KE2 TLVVTSEDGITKIMFN-RPKKKNAINTEMYHEIMRALKAASKDDSIITVLTGNGDYYSSG
.:: .:::.:.:... : .:::.:::. .::. ::..:. ::: ...... :. . :
CCDS14 DIVVKKEDGFTQIVLSTRSTEKNALNTEVIKEIVNALNSAAADDSKLVLFSAAGSVFCCG
290 300 310 320 330 340
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 NDLTNFTDIPPGGVEEKAKNNAVLLREFVGCFIDFPKPLIAVVNGPAVGISVTLLGLFDA
:. :. .. . . . . ...::. ::.: ::... :::::.:.....: : :
CCDS14 LDFGYFVKHLRNNRNTASLEMVDTIKNFVNTFIQFKKPIVVSVNGPAIGLGASILPLCDL
350 360 370 380 390 400
230 240 250 260 270 280
pF1KE2 VYASDRATFHTPFSHLGQSPEGCSSYTFPKIMSPAKATEMLIFGKKLTAGEACAQGLVTE
:.:...: :.::.. .::::.:::: ::::.:. :.:.:::: :.:::: ::::.:::..
CCDS14 VWANEKAWFQTPYTTFGQSPDGCSSITFPKMMGKASANEMLIAGRKLTAREACAKGLVSQ
410 420 430 440 450 460
290 300 310 320 330 340
pF1KE2 VFPDSTFQKEVWTRLKAFAKLPPNALRISKEVIRKREREKLHAVNAEECNVLQGRWLSDE
:: .:: .:: ..: .:. : .:. : ..: . .:. .: .::.::. : :
CCDS14 VFLTGTFTQEVMIQIKELASYNPIVLEECKALVRCNIKLELEQANERECEVLRKIWSSAQ
470 480 490 500 510 520
350 360
pF1KE2 CTNAVVNFLSRKSKL
CCDS14 GIESMLKIPLLGYKAAFPPRKTQNDQRWCP
530 540 550
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CCDS35 GIESMLKYVENKIDEF
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CCDS14 GIESMLKYVENKIDEF
530 540
364 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]