Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2405
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2405, 393 aa
1>>>pF1KE2405 393 - 393 aa - 393 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5605+/-0.00095; mu= 11.3069+/- 0.057
mean_var=109.6564+/-22.458, 0's: 0 Z-trim(107.5): 83 B-trim: 488 in 1/52
Lambda= 0.122478
statistics sampled from 9504 (9587) to 9504 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.666), E-opt: 0.2 (0.294), width: 16
Scan time: 3.000
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8437.1 CRTAM gene_id:56253|Hs108|chr11 ( 393) 2539 459.5 2.3e-129
CCDS76489.1 CRTAM gene_id:56253|Hs108|chr11 ( 194) 1114 207.6 8.2e-54
CCDS53711.1 CADM1 gene_id:23705|Hs108|chr11 ( 414) 320 67.5 2.6e-11
CCDS8373.1 CADM1 gene_id:23705|Hs108|chr11 ( 442) 320 67.5 2.7e-11
CCDS73397.1 CADM1 gene_id:23705|Hs108|chr11 ( 443) 320 67.5 2.7e-11
CCDS73398.1 CADM1 gene_id:23705|Hs108|chr11 ( 453) 320 67.5 2.8e-11
CCDS44251.1 CADM3 gene_id:57863|Hs108|chr1 ( 398) 319 67.3 2.8e-11
CCDS73399.1 CADM1 gene_id:23705|Hs108|chr11 ( 471) 320 67.5 2.9e-11
CCDS1182.1 CADM3 gene_id:57863|Hs108|chr1 ( 432) 319 67.3 3e-11
>>CCDS8437.1 CRTAM gene_id:56253|Hs108|chr11 (393 aa)
initn: 2539 init1: 2539 opt: 2539 Z-score: 2435.9 bits: 459.5 E(32554): 2.3e-129
Smith-Waterman score: 2539; 100.0% identity (100.0% similar) in 393 aa overlap (1-393:1-393)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MWWRVLSLLAWFPLQEASLTNHTETITVEEGQTLTLKCVTSLRKNSSLQWLTPSGFTIFL
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CCDS84 MWWRVLSLLAWFPLQEASLTNHTETITVEEGQTLTLKCVTSLRKNSSLQWLTPSGFTIFL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 NEYPALKNSKYQLLHHSANQLSITVPNVTLQDEGVYKCLHYSDSVSTKEVKVIVLATPFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 NEYPALKNSKYQLLHHSANQLSITVPNVTLQDEGVYKCLHYSDSVSTKEVKVIVLATPFK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 PILEASVIRKQNGEEHVVLMCSTMRSKPPPQITWLLGNSMEVSGGTLHEFETDGKKCNTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 PILEASVIRKQNGEEHVVLMCSTMRSKPPPQITWLLGNSMEVSGGTLHEFETDGKKCNTT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 STLIIHTYGKNSTVDCIIRHRGLQGRKLVAPFRFEDLVTDEETASDALERNSLSSQDPQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 STLIIHTYGKNSTVDCIIRHRGLQGRKLVAPFRFEDLVTDEETASDALERNSLSSQDPQQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 PTSTVSVTEDSSTSEIDKEEKEQTTQDPDLTTEANPQYLGLARKKSGILLLTLVSFLIFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 PTSTVSVTEDSSTSEIDKEEKEQTTQDPDLTTEANPQYLGLARKKSGILLLTLVSFLIFI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 LFIIVQLFIMKLRKAHVIWKKENEVSEHTLESYRSRSNNEETSSEEKNGQSSHPMRCMNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 LFIIVQLFIMKLRKAHVIWKKENEVSEHTLESYRSRSNNEETSSEEKNGQSSHPMRCMNY
310 320 330 340 350 360
370 380 390
pF1KE2 ITKLYSEAKTKRKENVQHSKLEEKHIQVPESIV
:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 ITKLYSEAKTKRKENVQHSKLEEKHIQVPESIV
370 380 390
>>CCDS76489.1 CRTAM gene_id:56253|Hs108|chr11 (194 aa)
initn: 1137 init1: 1105 opt: 1114 Z-score: 1079.6 bits: 207.6 E(32554): 8.2e-54
Smith-Waterman score: 1114; 96.8% identity (97.3% similar) in 187 aa overlap (208-393:8-194)
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 NTTSTLIIHTYGKNSTVDCIIRHRGLQGRKLVAPFRFED-LVTDEETASDALERNSLSSQ
.:: : : ::::::::::::::::::::
CCDS76 MWVKLLSIVAEFCFSPFLVTDEETASDALERNSLSSQ
10 20 30
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 DPQQPTSTVSVTEDSSTSEIDKEEKEQTTQDPDLTTEANPQYLGLARKKSGILLLTLVSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 DPQQPTSTVSVTEDSSTSEIDKEEKEQTTQDPDLTTEANPQYLGLARKKSGILLLTLVSF
40 50 60 70 80 90
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 LIFILFIIVQLFIMKLRKAHVIWKKENEVSEHTLESYRSRSNNEETSSEEKNGQSSHPMR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 LIFILFIIVQLFIMKLRKAHVIWKKENEVSEHTLESYRSRSNNEETSSEEKNGQSSHPMR
100 110 120 130 140 150
360 370 380 390
pF1KE2 CMNYITKLYSEAKTKRKENVQHSKLEEKHIQVPESIV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 CMNYITKLYSEAKTKRKENVQHSKLEEKHIQVPESIV
160 170 180 190
>>CCDS53711.1 CADM1 gene_id:23705|Hs108|chr11 (414 aa)
initn: 264 init1: 226 opt: 320 Z-score: 316.6 bits: 67.5 E(32554): 2.6e-11
Smith-Waterman score: 320; 30.1% identity (62.8% similar) in 183 aa overlap (23-205:49-229)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MWWRVLSLLAWFPLQEASLTNHTETITVEEGQTLTLKCVTSLRKNSSLQWLT
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CCDS53 AAPPGLRLRLLLLLFSAAALIPTGDGQNLFTKDVTVIEGEVATISCQVNKSDDSVIQLLN
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 PSGFTIFLNEYPALKNSKYQLLHHSANQLSITVPNVTLQDEGVYKCLHYSDSVSTKEVKV
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CCDS53 PNRQTIYFRDFRPLKDSRFQLLNFSSSELKVSLTNVSISDEGRYFCQLYTDPPQESYTTI
80 90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 IVLATPFKPILEASVIRKQNGEEHVVLMCSTMRSKPPPQITWLLGNSMEVSGGTLHEFET
::. : . ... . .::: . . :..: ::: : :. ::. :..: . : .
CCDS53 TVLVPPRNLMIDIQKDTAVEGEE-IEVNCTAMASKPATTIRWFKGNT-ELKGKSEVEEWS
140 150 160 170 180 190
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 DGKKCNTTSTLIIHTYGKNSTVDCIIRHRGLQGRKLVAPFRFEDLVTDEETASDALERNS
: .. : .: . : : ..: .. :
CCDS53 DMYTVTSQLMLKVHKEDDGVPVICQVEHPAVTGNLQTQRYLEVQYKPQVHIQMTYPLQGL
200 210 220 230 240 250
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 LSSQDPQQPTSTVSVTEDSSTSEIDKEEKEQTTQDPDLTTEANPQYLGLARKKSGILLLT
CCDS53 TREGDALELTCEAIGKPQPVMVTWVRVDDEMPQHAVLSGPNLFINNLNKTDNGTYRCEAS
260 270 280 290 300 310
>>CCDS8373.1 CADM1 gene_id:23705|Hs108|chr11 (442 aa)
initn: 264 init1: 226 opt: 320 Z-score: 316.2 bits: 67.5 E(32554): 2.7e-11
Smith-Waterman score: 320; 30.1% identity (62.8% similar) in 183 aa overlap (23-205:49-229)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MWWRVLSLLAWFPLQEASLTNHTETITVEEGQTLTLKCVTSLRKNSSLQWLT
:. .:: ::.. :..: .. .: .: :.
CCDS83 AAPPGLRLRLLLLLFSAAALIPTGDGQNLFTKDVTVIEGEVATISCQVNKSDDSVIQLLN
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 PSGFTIFLNEYPALKNSKYQLLHHSANQLSITVPNVTLQDEGVYKCLHYSDSVSTKEVKV
:. ::.. .. ::.:..:::. :...:.... ::...::: : : :.: . . . .
CCDS83 PNRQTIYFRDFRPLKDSRFQLLNFSSSELKVSLTNVSISDEGRYFCQLYTDPPQESYTTI
80 90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 IVLATPFKPILEASVIRKQNGEEHVVLMCSTMRSKPPPQITWLLGNSMEVSGGTLHEFET
::. : . ... . .::: . . :..: ::: : :. ::. :..: . : .
CCDS83 TVLVPPRNLMIDIQKDTAVEGEE-IEVNCTAMASKPATTIRWFKGNT-ELKGKSEVEEWS
140 150 160 170 180 190
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 DGKKCNTTSTLIIHTYGKNSTVDCIIRHRGLQGRKLVAPFRFEDLVTDEETASDALERNS
: .. : .: . : : ..: .. :
CCDS83 DMYTVTSQLMLKVHKEDDGVPVICQVEHPAVTGNLQTQRYLEVQYKPQVHIQMTYPLQGL
200 210 220 230 240 250
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 LSSQDPQQPTSTVSVTEDSSTSEIDKEEKEQTTQDPDLTTEANPQYLGLARKKSGILLLT
CCDS83 TREGDALELTCEAIGKPQPVMVTWVRVDDEMPQHAVLSGPNLFINNLNKTDNGTYRCEAS
260 270 280 290 300 310
>>CCDS73397.1 CADM1 gene_id:23705|Hs108|chr11 (443 aa)
initn: 264 init1: 226 opt: 320 Z-score: 316.1 bits: 67.5 E(32554): 2.7e-11
Smith-Waterman score: 320; 30.1% identity (62.8% similar) in 183 aa overlap (23-205:49-229)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MWWRVLSLLAWFPLQEASLTNHTETITVEEGQTLTLKCVTSLRKNSSLQWLT
:. .:: ::.. :..: .. .: .: :.
CCDS73 AAPPGLRLRLLLLLFSAAALIPTGDGQNLFTKDVTVIEGEVATISCQVNKSDDSVIQLLN
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 PSGFTIFLNEYPALKNSKYQLLHHSANQLSITVPNVTLQDEGVYKCLHYSDSVSTKEVKV
:. ::.. .. ::.:..:::. :...:.... ::...::: : : :.: . . . .
CCDS73 PNRQTIYFRDFRPLKDSRFQLLNFSSSELKVSLTNVSISDEGRYFCQLYTDPPQESYTTI
80 90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 IVLATPFKPILEASVIRKQNGEEHVVLMCSTMRSKPPPQITWLLGNSMEVSGGTLHEFET
::. : . ... . .::: . . :..: ::: : :. ::. :..: . : .
CCDS73 TVLVPPRNLMIDIQKDTAVEGEE-IEVNCTAMASKPATTIRWFKGNT-ELKGKSEVEEWS
140 150 160 170 180 190
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 DGKKCNTTSTLIIHTYGKNSTVDCIIRHRGLQGRKLVAPFRFEDLVTDEETASDALERNS
: .. : .: . : : ..: .. :
CCDS73 DMYTVTSQLMLKVHKEDDGVPVICQVEHPAVTGNLQTQRYLEVQYKPQVHIQMTYPLQGL
200 210 220 230 240 250
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 LSSQDPQQPTSTVSVTEDSSTSEIDKEEKEQTTQDPDLTTEANPQYLGLARKKSGILLLT
CCDS73 TREGDALELTCEAIGKPQPVMVTWVRVDDEMPQHAVLSGPNLFINNLNKTDNGTYRCEAS
260 270 280 290 300 310
>>CCDS73398.1 CADM1 gene_id:23705|Hs108|chr11 (453 aa)
initn: 264 init1: 226 opt: 320 Z-score: 316.0 bits: 67.5 E(32554): 2.8e-11
Smith-Waterman score: 320; 30.1% identity (62.8% similar) in 183 aa overlap (23-205:49-229)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MWWRVLSLLAWFPLQEASLTNHTETITVEEGQTLTLKCVTSLRKNSSLQWLT
:. .:: ::.. :..: .. .: .: :.
CCDS73 AAPPGLRLRLLLLLFSAAALIPTGDGQNLFTKDVTVIEGEVATISCQVNKSDDSVIQLLN
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 PSGFTIFLNEYPALKNSKYQLLHHSANQLSITVPNVTLQDEGVYKCLHYSDSVSTKEVKV
:. ::.. .. ::.:..:::. :...:.... ::...::: : : :.: . . . .
CCDS73 PNRQTIYFRDFRPLKDSRFQLLNFSSSELKVSLTNVSISDEGRYFCQLYTDPPQESYTTI
80 90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 IVLATPFKPILEASVIRKQNGEEHVVLMCSTMRSKPPPQITWLLGNSMEVSGGTLHEFET
::. : . ... . .::: . . :..: ::: : :. ::. :..: . : .
CCDS73 TVLVPPRNLMIDIQKDTAVEGEE-IEVNCTAMASKPATTIRWFKGNT-ELKGKSEVEEWS
140 150 160 170 180 190
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 DGKKCNTTSTLIIHTYGKNSTVDCIIRHRGLQGRKLVAPFRFEDLVTDEETASDALERNS
: .. : .: . : : ..: .. :
CCDS73 DMYTVTSQLMLKVHKEDDGVPVICQVEHPAVTGNLQTQRYLEVQYKPQVHIQMTYPLQGL
200 210 220 230 240 250
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 LSSQDPQQPTSTVSVTEDSSTSEIDKEEKEQTTQDPDLTTEANPQYLGLARKKSGILLLT
CCDS73 TREGDALELTCEAIGKPQPVMVTWVRVDDEMPQHAVLSGPNLFINNLNKTDNGTYRCEAS
260 270 280 290 300 310
>>CCDS44251.1 CADM3 gene_id:57863|Hs108|chr1 (398 aa)
initn: 276 init1: 237 opt: 319 Z-score: 315.9 bits: 67.3 E(32554): 2.8e-11
Smith-Waterman score: 319; 31.8% identity (64.6% similar) in 198 aa overlap (27-219:39-232)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MWWRVLSLLAWFPLQEASLTNHTETITVEEGQTLTLKCVTSLRKNSSLQWLTPSGF
:: : :..::: .. ...::::: .:.
CCDS44 LLLLLLFACCWAPGGANLSQDDSQPWTSDETVVAGGTVVLKCQVKDHEDSSLQWSNPAQQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 TIFLNEYPALKNSKYQLLHHSANQLSITVPNVTLQDEGVYKCLHYSDSVSTKEVKVIVLA
:....: ::.... ::. . ..:::.. ::.: ::: : : .. : : . : ::.
CCDS44 TLYFGEKRALRDNRIQLVTSTPHELSISISNVALADEGEYTCSIFTMPVRTAKSLVTVLG
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 TPFKPILEA--SVIRKQNGEEHVVLMCSTMRSKPPPQITWLLGNSMEVSG-GTLHEFETD
: :::. . : .:.. . ..: :.. ::: ..:: :.. :. : : . . .
CCDS44 IPQKPIITGYKSSLREK---DTATLNCQSSGSKPAARLTWRKGDQ-ELHGEPTRIQEDPN
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 GKKCNTTSTLIIHTYGKN--STVDCIIRHRGLQGRKLVAPFRFEDLVTDEETASDALERN
:: ...:.. ... .. ... : . :..:.: . :.: : :
CCDS44 GKTFTVSSSVTFQVTREDDGASIVCSVNHESLKGADRSTSQRIEVLYTPTAMIRPDPPHP
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 SLSSQDPQQPTSTVSVTEDSSTSEIDKEEKEQTTQDPDLTTEANPQYLGLARKKSGILLL
CCDS44 REGQKLLLHCEGRGNPVPQQYLWEKEGSVPPLKMTQESALIFPFLNKSDSGTYGCTATSN
250 260 270 280 290 300
>>CCDS73399.1 CADM1 gene_id:23705|Hs108|chr11 (471 aa)
initn: 264 init1: 226 opt: 320 Z-score: 315.8 bits: 67.5 E(32554): 2.9e-11
Smith-Waterman score: 320; 30.1% identity (62.8% similar) in 183 aa overlap (23-205:49-229)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MWWRVLSLLAWFPLQEASLTNHTETITVEEGQTLTLKCVTSLRKNSSLQWLT
:. .:: ::.. :..: .. .: .: :.
CCDS73 AAPPGLRLRLLLLLFSAAALIPTGDGQNLFTKDVTVIEGEVATISCQVNKSDDSVIQLLN
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 PSGFTIFLNEYPALKNSKYQLLHHSANQLSITVPNVTLQDEGVYKCLHYSDSVSTKEVKV
:. ::.. .. ::.:..:::. :...:.... ::...::: : : :.: . . . .
CCDS73 PNRQTIYFRDFRPLKDSRFQLLNFSSSELKVSLTNVSISDEGRYFCQLYTDPPQESYTTI
80 90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 IVLATPFKPILEASVIRKQNGEEHVVLMCSTMRSKPPPQITWLLGNSMEVSGGTLHEFET
::. : . ... . .::: . . :..: ::: : :. ::. :..: . : .
CCDS73 TVLVPPRNLMIDIQKDTAVEGEE-IEVNCTAMASKPATTIRWFKGNT-ELKGKSEVEEWS
140 150 160 170 180 190
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 DGKKCNTTSTLIIHTYGKNSTVDCIIRHRGLQGRKLVAPFRFEDLVTDEETASDALERNS
: .. : .: . : : ..: .. :
CCDS73 DMYTVTSQLMLKVHKEDDGVPVICQVEHPAVTGNLQTQRYLEVQYKPQVHIQMTYPLQGL
200 210 220 230 240 250
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 LSSQDPQQPTSTVSVTEDSSTSEIDKEEKEQTTQDPDLTTEANPQYLGLARKKSGILLLT
CCDS73 TREGDALELTCEAIGKPQPVMVTWVRVDDEMPQHAVLSGPNLFINNLNKTDNGTYRCEAS
260 270 280 290 300 310
>>CCDS1182.1 CADM3 gene_id:57863|Hs108|chr1 (432 aa)
initn: 276 init1: 237 opt: 319 Z-score: 315.3 bits: 67.3 E(32554): 3e-11
Smith-Waterman score: 319; 31.8% identity (64.6% similar) in 198 aa overlap (27-219:73-266)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MWWRVLSLLAWFPLQEASLTNHTETITVEEGQTLTLKCVTSLRKNSSLQWLTPSGF
:: : :..::: .. ...::::: .:.
CCDS11 APLDEAISSTVWSSPDMLASQDSQPWTSDETVVAGGTVVLKCQVKDHEDSSLQWSNPAQQ
50 60 70 80 90 100
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 TIFLNEYPALKNSKYQLLHHSANQLSITVPNVTLQDEGVYKCLHYSDSVSTKEVKVIVLA
:....: ::.... ::. . ..:::.. ::.: ::: : : .. : : . : ::.
CCDS11 TLYFGEKRALRDNRIQLVTSTPHELSISISNVALADEGEYTCSIFTMPVRTAKSLVTVLG
110 120 130 140 150 160
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 TPFKPILEA--SVIRKQNGEEHVVLMCSTMRSKPPPQITWLLGNSMEVSG-GTLHEFETD
: :::. . : .:.. . ..: :.. ::: ..:: :.. :. : : . . .
CCDS11 IPQKPIITGYKSSLREK---DTATLNCQSSGSKPAARLTWRKGDQ-ELHGEPTRIQEDPN
170 180 190 200 210
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 GKKCNTTSTLIIHTYGKN--STVDCIIRHRGLQGRKLVAPFRFEDLVTDEETASDALERN
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CCDS11 GKTFTVSSSVTFQVTREDDGASIVCSVNHESLKGADRSTSQRIEVLYTPTAMIRPDPPHP
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