Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2375
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2375, 730 aa
1>>>pF1KE2375 730 - 730 aa - 730 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5431+/-0.00104; mu= 17.2829+/- 0.063
mean_var=176.6149+/-37.610, 0's: 0 Z-trim(109.3): 105 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.096507
statistics sampled from 10669 (10769) to 10669 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.648), E-opt: 0.2 (0.331), width: 16
Scan time: 3.840
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12203.1 HNRNPM gene_id:4670|Hs108|chr19 ( 730) 4939 700.7 2e-201
CCDS12204.1 HNRNPM gene_id:4670|Hs108|chr19 ( 691) 3628 518.1 1.7e-146
CCDS32230.1 MYEF2 gene_id:50804|Hs108|chr15 ( 600) 1512 223.5 7.7e-58
CCDS73722.1 MYEF2 gene_id:50804|Hs108|chr15 ( 576) 1506 222.6 1.3e-57
>>CCDS12203.1 HNRNPM gene_id:4670|Hs108|chr19 (730 aa)
initn: 4939 init1: 4939 opt: 4939 Z-score: 3729.6 bits: 700.7 E(32554): 2e-201
Smith-Waterman score: 4939; 100.0% identity (100.0% similar) in 730 aa overlap (1-730:1-730)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MAAGVEAAAEVAATEIKMEEESGAPGVPSGNGAPGPKGEGERPAQNEKRKEKNIKRGGNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MAAGVEAAAEVAATEIKMEEESGAPGVPSGNGAPGPKGEGERPAQNEKRKEKNIKRGGNR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 FEPYANPTKRYRAFITNIPFDVKWQSLKDLVKEKVGEVTYVELLMDAEGKSRGCAVVEFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 FEPYANPTKRYRAFITNIPFDVKWQSLKDLVKEKVGEVTYVELLMDAEGKSRGCAVVEFK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 MEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGEHARRAMQKVMATTGGMGMGPGGPGMITIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGEHARRAMQKVMATTGGMGMGPGGPGMITIP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 PSILNNPNIPNEIIHALQAGRLGSTVFVANLDYKVGWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PSILNNPNIPNEIIHALQAGRLGSTVFVANLDYKVGWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 GKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFDRPMHVKMDERALPKGDFFPPERPQQLPHG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFDRPMHVKMDERALPKGDFFPPERPQQLPHG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 LGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIGPAGMGMEGIGFGINKMGGMEGPFGGGMENM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIGPAGMGMEGIGFGINKMGGMEGPFGGGMENM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 GRFGSGMNMGRINEILSNALKRGEIIAKQGGGGGGGSVPGIERMGPGIDRLGGAGMERMG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GRFGSGMNMGRINEILSNALKRGEIIAKQGGGGGGGSVPGIERMGPGIDRLGGAGMERMG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 AGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDRMGSVERMGSGIERMGPLGLDHMASSIERMGQTMERIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 AGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDRMGSVERMGSGIERMGPLGLDHMASSIERMGQTMERIG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 SGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 LERMGPVMDRMATGLERMGANNLERMGLERMGANSLERMGLERMGANSLERMGPAMGPAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LERMGPVMDRMATGLERMGANNLERMGLERMGANSLERMGLERMGANSLERMGPAMGPAL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 GAGIERMGLAMGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIFVRNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GAGIERMGLAMGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIFVRNL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 PFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMKLSGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMKLSGR
670 680 690 700 710 720
730
pF1KE2 EIDVRIDRNA
::::::::::
CCDS12 EIDVRIDRNA
730
>>CCDS12204.1 HNRNPM gene_id:4670|Hs108|chr19 (691 aa)
initn: 3625 init1: 3625 opt: 3628 Z-score: 2743.4 bits: 518.1 E(32554): 1.7e-146
Smith-Waterman score: 4581; 94.7% identity (94.7% similar) in 730 aa overlap (1-730:1-691)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MAAGVEAAAEVAATEIKMEEESGAPGVPSGNGAPGPKGEGERPAQNEKRKEKNIKRGGNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MAAGVEAAAEVAATEIKMEEESGAPGVPSGNGAPGPKGEGERPAQNEKRKEKNIKRGGNR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 FEPYANPTKRYRAFITNIPFDVKWQSLKDLVKEKVGEVTYVELLMDAEGKSRGCAVVEFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 FEPYANPTKRYRAFITNIPFDVKWQSLKDLVKEKVGEVTYVELLMDAEGKSRGCAVVEFK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 MEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGEHARRAMQKVMATTGGMGMGPGGPGMITIP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGEHARRAMQK---------------------
130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 PSILNNPNIPNEIIHALQAGRLGSTVFVANLDYKVGWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ------------------AGRLGSTVFVANLDYKVGWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKD
160 170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 GKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFDRPMHVKMDERALPKGDFFPPERPQQLPHG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFDRPMHVKMDERALPKGDFFPPERPQQLPHG
210 220 230 240 250 260
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 LGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIGPAGMGMEGIGFGINKMGGMEGPFGGGMENM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIGPAGMGMEGIGFGINKMGGMEGPFGGGMENM
270 280 290 300 310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 GRFGSGMNMGRINEILSNALKRGEIIAKQGGGGGGGSVPGIERMGPGIDRLGGAGMERMG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GRFGSGMNMGRINEILSNALKRGEIIAKQGGGGGGGSVPGIERMGPGIDRLGGAGMERMG
330 340 350 360 370 380
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 AGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDRMGSVERMGSGIERMGPLGLDHMASSIERMGQTMERIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 AGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDRMGSVERMGSGIERMGPLGLDHMASSIERMGQTMERIG
390 400 410 420 430 440
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 SGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAG
450 460 470 480 490 500
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 LERMGPVMDRMATGLERMGANNLERMGLERMGANSLERMGLERMGANSLERMGPAMGPAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LERMGPVMDRMATGLERMGANNLERMGLERMGANSLERMGLERMGANSLERMGPAMGPAL
510 520 530 540 550 560
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 GAGIERMGLAMGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIFVRNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GAGIERMGLAMGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIFVRNL
570 580 590 600 610 620
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 PFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMKLSGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMKLSGR
630 640 650 660 670 680
730
pF1KE2 EIDVRIDRNA
::::::::::
CCDS12 EIDVRIDRNA
690
>>CCDS32230.1 MYEF2 gene_id:50804|Hs108|chr15 (600 aa)
initn: 1879 init1: 1074 opt: 1512 Z-score: 1151.9 bits: 223.5 E(32554): 7.7e-58
Smith-Waterman score: 1788; 46.4% identity (64.5% similar) in 729 aa overlap (19-730:37-600)
10 20 30 40
pF1KE2 MAAGVEAAAEVAATEIKMEEESGAPGVPSGNGAPGPKGEGERPAQNEK
: :. : :... : : :... :..::
CCDS32 AEVPGATGGDSPHLQPAEPPGEPRREPHPAEAEKQQPQHSSSSN--GVKMENDESAKEEK
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KE2 R--KEKNI-KRGGNRFEPYANPTK----------RYRAFITNIPFDVKWQSLKDLVKEKV
:::. .. .:::.::.. . : :.::.:::.:.:::..:::..:::
CCDS32 SDLKEKSTGSKKANRFHPYSKDKNSGAGEKKGPNRNRVFISNIPYDMKWQAIKDLMREKV
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE2 GEVTYVELLMDAEGKSRGCAVVEFKMEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGEHARR
::::::::. :::::::::.::::: :: .::: :..::..::::::..:::::::.:::
CCDS32 GEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGENARR
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE2 AMQKVMATTGGMGMGPGGPGMITIPPSILNNPNIPNEIIHALQAGRLGSTVFVANLDYKV
:.:.. .. : . : :....::::::::::: :.: :::::::::.::::::.::
CCDS32 ALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANLDFKV
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE2 GWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFDRPMH
::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::::::
CCDS32 GWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFDRPMH
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KE2 VKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIGPAGM
::::....:. .. . . :::.::::::::::::::::.:..:: : :::.::.::
CCDS32 VKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLGPGGM
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KE2 GMEGIGFG-INKMGGMEGPFGG--GMENMGRFGSGMNMGRINEILSNALKRGEIIAKQGG
::.: ::: .:..:: : ::: .:..:: ::. .::..: : :: . ...
CCDS32 GMDGPGFGGMNRIGGGIG-FGGLEAMNSMGGFGG---VGRMGE-----LYRGAMTSSMER
370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KE2 GGGGGSVPGIERMGPGIDRLGGAGMERMGAGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDRMGSVERMG
: :.. ::.: :.: .. :.:: . .: :.:: .
CCDS32 DFGRGDI--------GINR-----------GFGDSFGRLGSAM--IGGFAGRIGSSN---
420 430 440 450
460 470 480 490 500 510
pF1KE2 SGIERMGPLGLDHMASSIERMGQTMERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERM
::: .:::. ..:::
CCDS32 -----MGP-------------------VGSGI---SGGMG--------------------
460
520 530 540 550 560 570
pF1KE2 GSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVMDRMATGLERMGANNLERMGLERM
::. : .::: ::.::
CCDS32 ----------------SMNS-VTGGMGMGLDRM---------------------------
470 480
580 590 600 610 620 630
pF1KE2 GANSLERMGLERMGANSLERMGPAMGPALGAGIERMGLAMGGGGGASFDRAIEMERGNFG
..:..:::: : :: ..:.:.:.:: ..
CCDS32 --------------SSSFDRMGP-------------------GIGAILERSIDMDRGFLS
490 500
640 650 660 670 680 690
pF1KE2 GSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIFVRNLPFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKS
: . :: : .. :. ::::::::::.::. ::.::..::::..:.::::::::
CCDS32 GPM-GS-----GMRERIGSKGNQIFVRNLPFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKS
510 520 530 540 550 560
700 710 720 730
pF1KE2 KGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMKLSGREIDVRIDRNA
::::.:.:.::: ::.:::.:::.:.::::::::.::::
CCDS32 KGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREIDVRLDRNA
570 580 590 600
>>CCDS73722.1 MYEF2 gene_id:50804|Hs108|chr15 (576 aa)
initn: 1901 init1: 1074 opt: 1506 Z-score: 1147.5 bits: 222.6 E(32554): 1.3e-57
Smith-Waterman score: 1720; 46.3% identity (62.0% similar) in 726 aa overlap (19-730:37-576)
10 20 30 40
pF1KE2 MAAGVEAAAEVAATEIKMEEESGAPGVPSGNGAPGPKGEGERPAQNEK
: :. : :... : : :... :..::
CCDS73 AEVPGATGGDSPHLQPAEPPGEPRREPHPAEAEKQQPQHSSSSN--GVKMENDESAKEEK
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KE2 R--KEKNI-KRGGNRFEPYANPTK----------RYRAFITNIPFDVKWQSLKDLVKEKV
:::. .. .:::.::.. . : :.::.:::.:.:::..:::..:::
CCDS73 SDLKEKSTGSKKANRFHPYSKDKNSGAGEKKGPNRNRVFISNIPYDMKWQAIKDLMREKV
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE2 GEVTYVELLMDAEGKSRGCAVVEFKMEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGEHARR
::::::::. :::::::::.::::: :: .::: :..::..::::::..:::::::.:::
CCDS73 GEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGENARR
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE2 AMQKVMATTGGMGMGPGGPGMITIPPSILNNPNIPNEIIHALQAGRLGSTVFVANLDYKV
:.:.. .. : . : :....::::::::::: :.: :::::::::.::::::.::
CCDS73 ALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANLDFKV
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE2 GWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFDRPMH
::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::::::
CCDS73 GWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFDRPMH
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KE2 VKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIGPAGM
::::....:. .. . . :::.::::::::::::::::.:..:: : :::.::.::
CCDS73 VKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLGPGGM
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KE2 GMEGIGFGINKMGGMEGPFGGGMENMGRFGSGMNMGRINEILSNALKRGEIIAKQGGGGG
::.: ::: ::: :: ::: :
CCDS73 GMDGPGFG-----------------------GMN--RI-----------------GGGIG
370 380
400 410 420 430 440 450
pF1KE2 GGSVPGIERMGPGIDRLGGAGMERMGAGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDRMGSVERMGSGI
: :.: : . .:: : :.
CCDS73 FG---GLEAM----NSMGGFG-------------------------------------GV
390
460 470 480 490 500 510
pF1KE2 ERMGPLGLDHMASSIERMGQTMERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERMGSG
::: : :.::.:: .: : .: . ::: : : :.:.:
CCDS73 GRMGELYRGAMTSSMER------DFGRG--DIGINRGFG--------DSFG----RLGGG
400 410 420 430
520 530 540 550 560 570
pF1KE2 VERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVMDRMATGLERMGANNLERMGLERMGAN
:: ::. : .::: ::.::
CCDS73 ---MG--------SMNS-VTGGMGMGLDRM------------------------------
440 450
580 590 600 610 620 630
pF1KE2 SLERMGLERMGANSLERMGPAMGPALGAGIERMGLAMGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSF
..:..:::: : :: ..:.:.:.:: ..: .
CCDS73 -----------SSSFDRMGP-------------------GIGAILERSIDMDRGFLSGPM
460 470 480
640 650 660 670 680 690
pF1KE2 AGSFGGAGGHAPGVARKACQIFVRNLPFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGC
:: : .. :. ::::::::::.::. ::.::..::::..:.:::::::::::
CCDS73 -GS-----GMRERIGSKGNQIFVRNLPFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGC
490 500 510 520 530 540
700 710 720 730
pF1KE2 GVVKFESPEVAERACRMMNGMKLSGREIDVRIDRNA
:.:.:.::: ::.:::.:::.:.::::::::.::::
CCDS73 GTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREIDVRLDRNA
550 560 570
730 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 13:27:56 2016 done: Sun Nov 6 13:27:57 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]