Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2367
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2367, 2145 aa
1>>>pF1KE2367 2145 - 2145 aa - 2145 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.4515+/-0.00113; mu= 1.1963+/- 0.068
mean_var=271.2131+/-55.810, 0's: 0 Z-trim(110.5): 81 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.077879
statistics sampled from 11553 (11625) to 11553 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.669), E-opt: 0.2 (0.357), width: 16
Scan time: 6.570
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS33876.1 MED12L gene_id:116931|Hs108|chr3 (2145) 14389 1632.0 0
CCDS43970.1 MED12 gene_id:9968|Hs108|chrX (2177) 2175 259.7 1e-67
>>CCDS33876.1 MED12L gene_id:116931|Hs108|chr3 (2145 aa)
initn: 14389 init1: 14389 opt: 14389 Z-score: 8745.9 bits: 1632.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 14389; 100.0% identity (100.0% similar) in 2145 aa overlap (1-2145:1-2145)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MAAFGLLSYEQRPLKRPRLGPPDVYPQDPKQKEDELTAVNVKQGFNNQPAFTGDEHGSAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MAAFGLLSYEQRPLKRPRLGPPDVYPQDPKQKEDELTAVNVKQGFNNQPAFTGDEHGSAR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 NIVINPSKIGAYFSSILAEKLKLNTFQDTGKKKPQVNAKDNYWLVTARSQSAIHSWFSDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 NIVINPSKIGAYFSSILAEKLKLNTFQDTGKKKPQVNAKDNYWLVTARSQSAIHSWFSDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 AGNKPLSILAKKVPILSKKEDVFAYLAKYSVPMVRATWLIKMTCAYYSAISEAKIKKRQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 AGNKPLSILAKKVPILSKKEDVFAYLAKYSVPMVRATWLIKMTCAYYSAISEAKIKKRQA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 PDPNLEWTQISTRYLREQLAKISDFYHMASSTGDGPVPVPPEVEQAMKQWEYNEKLAFHM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PDPNLEWTQISTRYLREQLAKISDFYHMASSTGDGPVPVPPEVEQAMKQWEYNEKLAFHM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 FQEGMLEKHEYLTWILDVLEKIRPMDDDLLKLLLPLMLQYSDEFVQSAYLSRRLAYFCAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 FQEGMLEKHEYLTWILDVLEKIRPMDDDLLKLLLPLMLQYSDEFVQSAYLSRRLAYFCAR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 RLSLLLSDSPNLLAAHSPHMMIGPNNSSIGAPSPGPPGPGMSPVQLAFSDFLSCAQHGPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RLSLLLSDSPNLLAAHSPHMMIGPNNSSIGAPSPGPPGPGMSPVQLAFSDFLSCAQHGPL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 VYGLSCMLQTVTLCCPSALVWNYSTNENKSANPGSPLDLLQVAPSSLPMPGGNTAFNQQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 VYGLSCMLQTVTLCCPSALVWNYSTNENKSANPGSPLDLLQVAPSSLPMPGGNTAFNQQV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 RARIYEVEQQIKQRGRAVEVRWSFDKCQESTAGVTISRVLHTLEVLDRHCFDRTDSSNSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RARIYEVEQQIKQRGRAVEVRWSFDKCQESTAGVTISRVLHTLEVLDRHCFDRTDSSNSM
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 ETLYHKIFWANQNKDNQEVAPNDEAVVTLLCEWAVSCKRSGKHRAMAVAKLLEKRQAEIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ETLYHKIFWANQNKDNQEVAPNDEAVVTLLCEWAVSCKRSGKHRAMAVAKLLEKRQAEIE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 AERCGESEVLDEKESISSSSLAGSSLPVFQNVLLRFLDTQAPSLSDPNSECEKVEFVNLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 AERCGESEVLDEKESISSSSLAGSSLPVFQNVLLRFLDTQAPSLSDPNSECEKVEFVNLV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 LLFCEFIRHDVFSHDAYMCTLISRGDLSVTASTRPRSPVGENADEHYSKDHDVKMEIFSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LLFCEFIRHDVFSHDAYMCTLISRGDLSVTASTRPRSPVGENADEHYSKDHDVKMEIFSP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 MPGESCENANTSLGRRMSVNCEKLVKREKPRELIFPSNYDLLRHLQYATHFPIPLDESSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MPGESCENANTSLGRRMSVNCEKLVKREKPRELIFPSNYDLLRHLQYATHFPIPLDESSS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE2 HECNQRTILLYGVGKERDEARHQLKKITKDILKILNKKSTTETGVGDEGQKARKNKQETF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 HECNQRTILLYGVGKERDEARHQLKKITKDILKILNKKSTTETGVGDEGQKARKNKQETF
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE2 PTLETVFTKLQLLSYFDQHQVTSQISNNVLEQITSFASGTSYHLPLAHHIQLIFDLMEPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PTLETVFTKLQLLSYFDQHQVTSQISNNVLEQITSFASGTSYHLPLAHHIQLIFDLMEPA
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE2 LNINGLIDFAIQLLNELSVVEAELLLKSSSLAGSYTTGLCVCIVAVLRRYHSCLILNPDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LNINGLIDFAIQLLNELSVVEAELLLKSSSLAGSYTTGLCVCIVAVLRRYHSCLILNPDQ
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE2 TAQVFEGLCGVVKHVVNPSECSSPERCILAYLYDLYVSCSHLRSKFGDLFSSACSKVKQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TAQVFEGLCGVVKHVVNPSECSSPERCILAYLYDLYVSCSHLRSKFGDLFSSACSKVKQT
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE2 IYNNVMPANSNLRWDPDFMMDFIENPSARSINYSMLGKILSDNAANRYSFVCNTLMNVCM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 IYNNVMPANSNLRWDPDFMMDFIENPSARSINYSMLGKILSDNAANRYSFVCNTLMNVCM
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KE2 GHQDAGRINDIANFSSELTACCTVLSSEWLGVLKALCCSSNHVWGFNDVLCTVDVSDLSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GHQDAGRINDIANFSSELTACCTVLSSEWLGVLKALCCSSNHVWGFNDVLCTVDVSDLSF
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KE2 HDSLATFIAILIARQCFSLEDVVQHVALPSLLAAACGDADAEPGARMTCRLLLHLFRAPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 HDSLATFIAILIARQCFSLEDVVQHVALPSLLAAACGDADAEPGARMTCRLLLHLFRAPQ
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KE2 ACFLPQATGKPFPGIRSSCDRHLLAAAHNSIEVGAVFAVLKAIMMLGDAKIGNNSVSSLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ACFLPQATGKPFPGIRSSCDRHLLAAAHNSIEVGAVFAVLKAIMMLGDAKIGNNSVSSLK
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KE2 NDDFTMRGLRCDGNADDIWTASQNPKSCGKSISIETANLREYARYVLRTICQQEWVGEHC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 NDDFTMRGLRCDGNADDIWTASQNPKSCGKSISIETANLREYARYVLRTICQQEWVGEHC
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KE2 LKEPERLCTDKELILDPVLSNMQAQKLLQLICYPHGIKECTEGDNLQRQHIKRILQNLEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LKEPERLCTDKELILDPVLSNMQAQKLLQLICYPHGIKECTEGDNLQRQHIKRILQNLEQ
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KE2 WTLRQSWLELQLMIKQCLKDPGSGSVAEMNNLLDNIAKATIEVFQQSADLNNSSNSGMSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 WTLRQSWLELQLMIKQCLKDPGSGSVAEMNNLLDNIAKATIEVFQQSADLNNSSNSGMSL
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KE2 FNPNSIGSADTSSTRQNGIKTFLSSSERRGVWLVAPLIARLPTSVQGRVLKAAGEELEKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 FNPNSIGSADTSSTRQNGIKTFLSSSERRGVWLVAPLIARLPTSVQGRVLKAAGEELEKG
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KE2 QHLGSSSKKERDRQKQKSMSLLSQQPFLSLVLTCLKGQDEQREGLLTSLQNQVNQILSNW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QHLGSSSKKERDRQKQKSMSLLSQQPFLSLVLTCLKGQDEQREGLLTSLQNQVNQILSNW
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KE2 REERYQDDIKARQMMHEALQLRLNLVGGMFDTVQRSTQWTTDWALLLLQIITSGTVDMHT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 REERYQDDIKARQMMHEALQLRLNLVGGMFDTVQRSTQWTTDWALLLLQIITSGTVDMHT
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KE2 NNELFTTVLDMLGVLINGTLASDLSNASPGGSEENKRAYMNLVKKLKKELGDKRSESIDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 NNELFTTVLDMLGVLINGTLASDLSNASPGGSEENKRAYMNLVKKLKKELGDKRSESIDK
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KE2 VRQLLPLPKQTCDVITCEPMGSLIDTKGNKIAGFDSIDKKQGLQVSTKQKVSPWDLFEGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 VRQLLPLPKQTCDVITCEPMGSLIDTKGNKIAGFDSIDKKQGLQVSTKQKVSPWDLFEGQ
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KE2 KNPAPLSWAWFGTVRVDRRVIKYEEQHHLLLYHTHPMPKPRSYYLQPLPLPPEEEEEEPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 KNPAPLSWAWFGTVRVDRRVIKYEEQHHLLLYHTHPMPKPRSYYLQPLPLPPEEEEEEPT
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1750 1760 1770 1780 1790 1800
pF1KE2 SPVSQEPERKSAELSDQGKTTTDEEKKTKGRKRKTKSSSRVDEYPQSNIYRVPPNYSPIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SPVSQEPERKSAELSDQGKTTTDEEKKTKGRKRKTKSSSRVDEYPQSNIYRVPPNYSPIS
1750 1760 1770 1780 1790 1800
1810 1820 1830 1840 1850 1860
pF1KE2 SQMMHHPQSTLWGYNLVGQPQQPGFFLQNQSLTPGGSRLDPAGSFVPTNTKQALSNMLQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SQMMHHPQSTLWGYNLVGQPQQPGFFLQNQSLTPGGSRLDPAGSFVPTNTKQALSNMLQR
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1870 1880 1890 1900 1910 1920
pF1KE2 RSGAMMQPPSLHAITSQQQLIQMKLLQQQQQQRLLRQAQTRPFQQGQPGDQAALFAAQAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RSGAMMQPPSLHAITSQQQLIQMKLLQQQQQQRLLRQAQTRPFQQGQPGDQAALFAAQAR
1870 1880 1890 1900 1910 1920
1930 1940 1950 1960 1970 1980
pF1KE2 PSPQLPQYPGLQQAQTMPQGYTMYGTQMPLQQTSQQQAGSVVLSPSYNSRAYPAAHSNPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PSPQLPQYPGLQQAQTMPQGYTMYGTQMPLQQTSQQQAGSVVLSPSYNSRAYPAAHSNPV
1930 1940 1950 1960 1970 1980
1990 2000 2010 2020 2030 2040
pF1KE2 LMERLRQIQQQPSGYVQQQASPYLQPLTGSQRLNHQALQQSPLVGGGIDAVLTSAHPNLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LMERLRQIQQQPSGYVQQQASPYLQPLTGSQRLNHQALQQSPLVGGGIDAVLTSAHPNLP
1990 2000 2010 2020 2030 2040
2050 2060 2070 2080 2090 2100
pF1KE2 SVPLPQDPMRPRQPQVRQQQRLLQMQQPQQPQPQQPPQPQQSSQSQSQTLGLQAMQPQQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SVPLPQDPMRPRQPQVRQQQRLLQMQQPQQPQPQQPPQPQQSSQSQSQTLGLQAMQPQQP
2050 2060 2070 2080 2090 2100
2110 2120 2130 2140
pF1KE2 LFPRQGLQQTQQQQQTAALVRQLQKQLSSNQPQQGVTPYGHPSHF
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LFPRQGLQQTQQQQQTAALVRQLQKQLSSNQPQQGVTPYGHPSHF
2110 2120 2130 2140
>>CCDS43970.1 MED12 gene_id:9968|Hs108|chrX (2177 aa)
initn: 7659 init1: 1845 opt: 2175 Z-score: 1329.2 bits: 259.7 E(32554): 1e-67
Smith-Waterman score: 8245; 59.6% identity (78.5% similar) in 2245 aa overlap (1-2140:1-2175)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MAAFGLLSYEQRPLKRPRLGPPDVYPQDPKQKEDELTAVNVKQGFNNQPAFTGDEHGSAR
:::::.::::.:::::::::::::::::::::::::::.::::::::::: .:::::::.
CCDS43 MAAFGILSYEHRPLKRPRLGPPDVYPQDPKQKEDELTALNVKQGFNNQPAVSGDEHGSAK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 NIVINPSKIGAYFSSILAEKLKLNTFQDTGKKKPQVNAKDNYWLVTARSQSAIHSWFSDL
:. .::.::.. ::::.::::. ::. :::..::::: :::.:::::::::::..::.::
CCDS43 NVSFNPAKISSNFSSIIAEKLRCNTLPDTGRRKPQVNQKDNFWLVTARSQSAINTWFTDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 AGNKPLSILAKKVPILSKKEDVFAYLAKYSVPMVRATWLIKMTCAYYSAISEAKIKKRQA
::.:::. :::::::.::::.::.:::::.::..::.::::::::::.::::.:.:::..
CCDS43 AGTKPLTQLAKKVPIFSKKEEVFGYLAKYTVPVMRAAWLIKMTCAYYAAISETKVKKRHV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KE2 PDPNLEWTQISTRYLREQLAKISDFYHM--ASSTGDGPV--PVPPEVEQAMKQWEYNEKL
:: .::::: :.:: ::: :....:. :.: : : . :.: .:: :..::.:.:::
CCDS43 -DPFMEWTQIITKYLWEQLQKMAEYYRPGPAGSGGCGSTIGPLPHDVEVAIRQWDYTEKL
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 AFHMFQEGMLEKHEYLTWILDVLEKIRPMDDDLLKLLLPLMLQYSDEFVQSAYLSRRLAY
:. :::.:::..::.:::.:. .::::: .:.::::::::.:.:: ::::::::::::::
CCDS43 AMFMFQDGMLDRHEFLTWVLECFEKIRPGEDELLKLLLPLLLRYSGEFVQSAYLSRRLAY
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 FCARRLSLLLSDSPNLLAAHSPHMMIGPNNSSIGAPSPGPPGPGMSPVQLAFSDFLSCAQ
::.:::.: :. ...:: :.. . ..:.. . .:.: : : . :::.: : :
CCDS43 FCTRRLALQLDG----VSSHSSHVISAQSTSTLPT-TPAPQPPTSSTPSTPFSDLLMCPQ
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 HGPLVYGLSCMLQTVTLCCPSALVWNYSTNENKSANPGSPLDLLQVAPSSLPMPGGNTAF
: :::.::::.:::. :::::::::.:: .... . ::::: : .:::.:::: ::.::
CCDS43 HRPLVFGLSCILQTILLCCPSALVWHYSLTDSR-IKTGSPLDHLPIAPSNLPMPEGNSAF
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 NQQVRARIYEVEQQIKQRGRAVEVRWSFDKCQESTAGVTISRVLHTLEVLDRHCFDRTDS
.:::::.. :.:::::.::.:::::::::::::.::: ::.:::::::::: : :.:.:
CCDS43 TQQVRAKLREIEQQIKERGQAVEVRWSFDKCQEATAGFTIGRVLHTLEVLDSHSFERSDF
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 SNSMETLYHKIFWANQNKDNQEVAPNDEAVVTLLCEWAVSCKRSGKHRAMAVAKLLEKRQ
:::...: ..:: . .::..:.. .:.:::.:::::::::::::.::::.:::::::::
CCDS43 SNSLDSLCNRIFGLGPSKDGHEISSDDDAVVSLLCEWAVSCKRSGRHRAMVVAKLLEKRQ
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KE2 AEIEAERCGESEVLDEKESISSSSLAGSSLPVFQNVLLRFLDTQAPSLSDPNSECEKVEF
::::::::::::. ::: ::.:.::.. : :.::.:::.::::::: :.:: :: :.:::
CCDS43 AEIEAERCGESEAADEKGSIASGSLSAPSAPIFQDVLLQFLDTQAPMLTDPRSESERVEF
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640
pF1KE2 VNLVLLFCEFIRHDVFSHDAYMCTLISRGDLSVTA-STRPRSPVGENAD--EH-------
::::::::.::::::::. : :::::::::. : . :: :: . :: ::
CCDS43 FNLVLLFCELIRHDVFSHNMYTCTLISRGDLAFGAPGPRPPSPFDDPADDPEHKEAEGSS
600 610 620 630 640 650
650 660 670 680
pF1KE2 --------YSKDHDVK---------ME-----IFSP-MPGESCENANTSLGRRMSVNCEK
:.. :. :: .::: :: ::. .. .. .: ::
CCDS43 SSKLEDPGLSESMDIDPSSSVLFEDMEKPDFSLFSPTMP---CEGKGSPSPEKPDV--EK
660 670 680 690 700
690 700 710 720 730 740
pF1KE2 LVKREKPRELIFPSN---YDLLRHLQYATHFPIPLDESSSHECNQRTILLYGVGKERDEA
:: :.: : . :: ::.::::::::: .:: ::::::: ..:.::::.::.:
CCDS43 EVK-PPPKEKIEGTLGVLYDQPRHVQYATHFPIPQEESCSHECNQRLVVLFGVGKQRDDA
710 720 730 740 750 760
750 760 770 780
pF1KE2 RHQLKKITKDILKILNKKSTTETGV----------------GDEGQKARKNKQETFPTLE
:: .:::::::::.::.:.:.:: :..::: :.:. :.::: :
CCDS43 RHAIKKITKDILKVLNRKGTAETDQLAPIVPLNPGDLTFLGGEDGQKRRRNRPEAFPTAE
770 780 790 800 810 820
790 800 810 820 830 840
pF1KE2 TVFTKLQLLSYFDQHQVTSQISNNVLEQITSFASGTSYHLPLAHHIQLIFDLMEPALNIN
.:.:.: ::..::::::.:.: :::::::::: : ::::::..:.:.:::::: .:.:.
CCDS43 DIFAKFQHLSHYDQHQVTAQVSRNVLEQITSFALGMSYHLPLVQHVQFIFDLMEYSLSIS
830 840 850 860 870 880
850 860 870 880 890 900
pF1KE2 GLIDFAIQLLNELSVVEAELLLKSSSLAGSYTTGLCVCIVAVLRRYHSCLILNPDQTAQV
:::::::::::::::::::::::::.:.:::::.::.:::::::.::.::::: :: :::
CCDS43 GLIDFAIQLLNELSVVEAELLLKSSDLVGSYTTSLCLCIVAVLRHYHACLILNQDQMAQV
890 900 910 920 930 940
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]