Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2353
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2353, 333 aa
1>>>pF1KE2353 333 - 333 aa - 333 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7925+/-0.000852; mu= 13.1785+/- 0.051
mean_var=69.5294+/-14.569, 0's: 0 Z-trim(107.4): 87 B-trim: 550 in 1/48
Lambda= 0.153812
statistics sampled from 9454 (9546) to 9454 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.67), E-opt: 0.2 (0.293), width: 16
Scan time: 2.050
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1175.1 CD1C gene_id:911|Hs108|chr1 ( 333) 2312 522.0 2.6e-148
CCDS1176.1 CD1B gene_id:910|Hs108|chr1 ( 333) 1364 311.6 5.5e-85
CCDS1174.1 CD1A gene_id:909|Hs108|chr1 ( 327) 1323 302.5 3e-82
CCDS41417.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 388) 1174 269.5 3.1e-72
CCDS41418.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 376) 1158 266.0 3.5e-71
CCDS1173.1 CD1D gene_id:912|Hs108|chr1 ( 335) 1098 252.6 3.3e-67
CCDS41421.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 290) 953 220.4 1.4e-57
CCDS53387.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 289) 852 198.0 7.7e-51
CCDS41419.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 321) 828 192.7 3.4e-49
CCDS53390.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 199) 558 132.7 2.4e-31
CCDS53385.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 298) 555 132.1 5.5e-31
CCDS41420.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 187) 542 129.2 2.7e-30
CCDS53386.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 286) 539 128.6 6.2e-30
CCDS41422.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 101) 337 83.6 7.7e-17
CCDS53384.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 231) 327 81.5 7.4e-16
CCDS1342.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 341) 295 74.4 1.4e-13
CCDS75412.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 337) 277 70.4 2.3e-12
CCDS47387.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 325) 276 70.2 2.6e-12
CCDS4578.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 348) 276 70.2 2.7e-12
CCDS5680.1 AZGP1 gene_id:563|Hs108|chr7 ( 298) 272 69.3 4.4e-12
CCDS4668.1 G gene_id:3135|Hs108|chr6 ( 338) 268 68.4 9.1e-12
CCDS4580.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 260) 257 66.0 3.9e-11
>>CCDS1175.1 CD1C gene_id:911|Hs108|chr1 (333 aa)
initn: 2312 init1: 2312 opt: 2312 Z-score: 2776.1 bits: 522.0 E(32554): 2.6e-148
Smith-Waterman score: 2312; 100.0% identity (100.0% similar) in 333 aa overlap (1-333:1-333)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MLFLQFLLLALLLPGGDNADASQEHVSFHVIQIFSFVNQSWARGQGSGWLDELQTHGWDS
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CCDS11 MLFLQFLLLALLLPGGDNADASQEHVSFHVIQIFSFVNQSWARGQGSGWLDELQTHGWDS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 ESGTIIFLHNWSKGNFSNEELSDLELLFRFYLFGLTREIQDHASQDYSKYPFEVQVKAGC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ESGTIIFLHNWSKGNFSNEELSDLELLFRFYLFGLTREIQDHASQDYSKYPFEVQVKAGC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 ELHSGKSPEGFFQVAFNGLDLLSFQNTTWVPSPGCGSLAQSVCHLLNHQYEGVTETVYNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ELHSGKSPEGFFQVAFNGLDLLSFQNTTWVPSPGCGSLAQSVCHLLNHQYEGVTETVYNL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 IRSTCPRFLLGLLDAGKMYVHRQVRPEAWLSSRPSLGSGQLLLVCHASGFYPKPVWVTWM
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CCDS11 IRSTCPRFLLGLLDAGKMYVHRQVRPEAWLSSRPSLGSGQLLLVCHASGFYPKPVWVTWM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 RNEQEQLGTKHGDILPNADGTWYLQVILEVASEEPAGLSCRVRHSSLGGQDIILYWGHHF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RNEQEQLGTKHGDILPNADGTWYLQVILEVASEEPAGLSCRVRHSSLGGQDIILYWGHHF
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KE2 SMNWIALVVIVPLVILIVLVLWFKKHCSYQDIL
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CCDS11 SMNWIALVVIVPLVILIVLVLWFKKHCSYQDIL
310 320 330
>>CCDS1176.1 CD1B gene_id:910|Hs108|chr1 (333 aa)
initn: 1318 init1: 676 opt: 1364 Z-score: 1639.2 bits: 311.6 E(32554): 5.5e-85
Smith-Waterman score: 1364; 60.4% identity (81.7% similar) in 333 aa overlap (1-332:1-332)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MLFLQFLLLALLLPGGDNADASQEHVSFHVIQIFSFVNQSWARGQGSGWLDELQTHGWDS
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CCDS11 MLLLPFQLLAVLFPGGNSEHAFQGPTSFHVIQTSSFTNSTWAQTQGSGWLDDLQIHGWDS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 ESGTIIFLHNWSKGNFSNEELSDLELLFRFYLFGLTREIQDHASQDYSKYPFEVQVKAGC
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CCDS11 DSGTAIFLKPWSKGNFSDKEVAELEEIFRVYIFGFAREVQDFAGDFQMKYPFEIQGIAGC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 ELHSGKSPEGFFQVAFNGLDLLSFQNTTWVPSPGCGSLAQSVCHLLNHQYEGVTETVYNL
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CCDS11 ELHSGGAIVSFLRGALGGLDFLSVKNASCVPSPEGGSRAQKFCALII-QYQGIMETVRIL
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 IRSTCPRFLLGLLDAGKMYVHRQVRPEAWLSSRPSLGSGQLLLVCHASGFYPKPVWVTWM
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CCDS11 LYETCPRYLLGVLNAGKADLQRQVKPEAWLSSGPSPGPGRLQLVCHVSGFYPKPVWVMWM
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 RNEQEQLGTKHGDILPNADGTWYLQVILEVASEEPAGLSCRVRHSSLGGQDIILYWGHHF
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CCDS11 RGEQEQQGTQLGDILPNANWTWYLRATLDVADGEAAGLSCRVKHSSLEGQDIILYWRNPT
240 250 260 270 280 290
310 320 330
pF1KE2 SMNWIALVVIVP-LVILIVLVLWFKKHCSYQDIL
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CCDS11 SIGSIVLAIIVPSLLLLLCLALWYMRRRSYQNIP
300 310 320 330
>>CCDS1174.1 CD1A gene_id:909|Hs108|chr1 (327 aa)
initn: 1343 init1: 748 opt: 1323 Z-score: 1590.2 bits: 302.5 E(32554): 3e-82
Smith-Waterman score: 1323; 58.7% identity (80.7% similar) in 327 aa overlap (1-327:1-325)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MLFLQFLLLALLLPGGDNADASQEHVSFHVIQIFSFVNQSWARGQGSGWLDELQTHGWDS
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CCDS11 MLFLLLPLLAVL-PGDGNADGLKEPLSFHVTWIASFYNHSWKQNLVSGWLSDLQTHTWDS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 ESGTIIFLHNWSKGNFSNEELSDLELLFRFYLFGLTREIQDHASQDYSKYPFEVQVKAGC
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CCDS11 NSSTIVFLCPWSRGNFSNEEWKELETLFRIRTIRSFEGIRRYAHELQFEYPFEIQVTGGC
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 ELHSGKSPEGFFQVAFNGLDLLSFQNTTWVPSPGCGSLAQSVCHLLNHQYEGVTETVYNL
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CCDS11 ELHSGKVSGSFLQLAYQGSDFVSFQNNSWLPYPVAGNMAKHFCKVLN-QNQHENDITHNL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 IRSTCPRFLLGLLDAGKMYVHRQVRPEAWLSSRPSLGSGQLLLVCHASGFYPKPVWVTWM
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CCDS11 LSDTCPRFILGLLDAGKAHLQRQVKPEAWLSHGPSPGPGHLQLVCHVSGFYPKPVWVMWM
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 RNEQEQLGTKHGDILPNADGTWYLQVILEVASEEPAGLSCRVRHSSLGGQDIILYWGHHF
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CCDS11 RGEQEQQGTQRGDILPSADGTWYLRATLEVAAGEAADLSCRVKHSSLEGQDIVLYWEHHS
240 250 260 270 280 290
310 320 330
pF1KE2 SMNWIALVVIVPLVILIVLVLWFKKHCSYQDIL
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CCDS11 SVGFIILAVIVPLLLLIGLALWFRKRCFC
300 310 320
>>CCDS41417.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 (388 aa)
initn: 992 init1: 601 opt: 1174 Z-score: 1410.3 bits: 269.5 E(32554): 3.1e-72
Smith-Waterman score: 1174; 51.0% identity (77.8% similar) in 343 aa overlap (1-333:1-339)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MLFLQFLLLALLLPGGDNAD---------ASQEHVSFHVIQIFSFVNQSWARGQGSGWLD
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CCDS41 MLLLFLLFEGLCCPGENTAAPQALQSYHLAAEEQLSFRMLQTSSFANHSWAHSEGSGWLG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 ELQTHGWDSESGTIIFLHNWSKGNFSNEELSDLELLFRFYLFGLTREIQDHASQDYSKYP
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CCDS41 DLQTHGWDTVLGTIRFLKPWSHGNFSKQELKNLQSLFQLYFHSFIQIVQASAGQFQLEYP
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 FEVQVKAGCELHSGKSPEGFFQVAFNGLDLLSFQNTTWVPSPGCGSLAQSVCHLLNHQYE
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CCDS41 FEIQILAGCRMNA---PQIFLNMAYQGSDFLSFQGISWEPSPGAGIRAQNICKVLN-RYL
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 GVTETVYNLIRSTCPRFLLGLLDAGKMYVHRQVRPEAWLSSRPSLGSGQLLLVCHASGFY
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CCDS41 DIKEILQSLLGHTCPRFLAGLMEAGESELKRKVKPEAWLSCGPSPGPGRLQLVCHVSGFY
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 PKPVWVTWMRNEQEQLGTKHGDILPNADGTWYLQVILEVASEEPAGLSCRVRHSSLGGQD
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CCDS41 PKPVWVMWMRGEQEQRGTQRGDVLPNADETWYLRATLDVAAGEAAGLSCRVKHSSLGGHD
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330
pF1KE2 IILYWG-HHFSMNWIALVVIVPLVILIVLVLWFKKHCSYQDIL
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CCDS41 LIIHWGGYSIFLILICLTVIVTLVILVVVDSRLKKQSSNKNILSPHTPSPVFLMGANTQD
300 310 320 330 340 350
CCDS41 TKNSRHQFCLAQVSWIKNRVLKKWKTRLNQLW
360 370 380
>>CCDS41418.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 (376 aa)
initn: 992 init1: 601 opt: 1158 Z-score: 1391.3 bits: 266.0 E(32554): 3.5e-71
Smith-Waterman score: 1158; 51.2% identity (78.0% similar) in 336 aa overlap (1-326:1-332)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MLFLQFLLLALLLPGGDNAD---------ASQEHVSFHVIQIFSFVNQSWARGQGSGWLD
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CCDS41 MLLLFLLFEGLCCPGENTAAPQALQSYHLAAEEQLSFRMLQTSSFANHSWAHSEGSGWLG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 ELQTHGWDSESGTIIFLHNWSKGNFSNEELSDLELLFRFYLFGLTREIQDHASQDYSKYP
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CCDS41 DLQTHGWDTVLGTIRFLKPWSHGNFSKQELKNLQSLFQLYFHSFIQIVQASAGQFQLEYP
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 FEVQVKAGCELHSGKSPEGFFQVAFNGLDLLSFQNTTWVPSPGCGSLAQSVCHLLNHQYE
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CCDS41 FEIQILAGCRMNA---PQIFLNMAYQGSDFLSFQGISWEPSPGAGIRAQNICKVLN-RYL
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 GVTETVYNLIRSTCPRFLLGLLDAGKMYVHRQVRPEAWLSSRPSLGSGQLLLVCHASGFY
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CCDS41 DIKEILQSLLGHTCPRFLAGLMEAGESELKRKVKPEAWLSCGPSPGPGRLQLVCHVSGFY
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 PKPVWVTWMRNEQEQLGTKHGDILPNADGTWYLQVILEVASEEPAGLSCRVRHSSLGGQD
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CCDS41 PKPVWVMWMRGEQEQRGTQRGDVLPNADETWYLRATLDVAAGEAAGLSCRVKHSSLGGHD
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330
pF1KE2 IILYWG-HHFSMNWIALVVIVPLVILIVLVLWFKKHCSYQDIL
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CCDS41 LIIHWGGYSIFLILICLTVIVTLVILVVVDSRLKKQSPVFLMGANTQDTKNSRHQFCLAQ
300 310 320 330 340 350
CCDS41 VSWIKNRVLKKWKTRLNQLW
360 370
>>CCDS1173.1 CD1D gene_id:912|Hs108|chr1 (335 aa)
initn: 1098 init1: 599 opt: 1098 Z-score: 1320.2 bits: 252.6 E(32554): 3.3e-67
Smith-Waterman score: 1098; 49.7% identity (77.1% similar) in 336 aa overlap (1-333:1-335)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MLFLQFLLLALLLPGGDNADASQEHVSFHVIQIFSFVNQSWARGQGSGWLDELQTHGWDS
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CCDS11 MGCLLFLLLWALLQAWGSAEVPQRLFPLRCLQISSFANSSWTRTDGLAWLGELQTHSWSN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 ESGTIIFLHNWSKGNFSNEELSDLELLFRFYLFGLTREIQDHASQDYSKYPFEVQVKAGC
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CCDS11 DSDTVRSLKPWSQGTFSDQQWETLQHIFRVYRSSFTRDVKEFAKMLRLSYPLELQVSAGC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 ELHSGKSPEGFFQVAFNGLDLLSFQNTTWVPSPGCGSLAQSVCHLLNHQYEGVTETVYNL
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CCDS11 EVHPGNASNNFFHVAFQGKDILSFQGTSWEPTQEAPLWVNLAIQVLN-QDKWTRETVQWL
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 IRSTCPRFLLGLLDAGKMYVHRQVRPEAWLSSRPSLGSGQLLLVCHASGFYPKPVWVTWM
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CCDS11 LNGTCPQFVSGLLESGKSELKKQVKPKAWLSRGPSPGPGRLLLVCHVSGFYPKPVWVKWM
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 RNEQEQLGTKHGDILPNADGTWYLQVILEVASEEPAGLSCRVRHSSLGGQDIILYWGHHF
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CCDS11 RGEQEQQGTQPGDILPNADETWYLRATLDVVAGEAAGLSCRVKHSSLEGQDIVLYWGGSY
240 250 260 270 280 290
310 320 330
pF1KE2 -SMNWIALVVIVPLVILIVLVLW--FKKHCSYQDIL
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CCDS11 TSMGLIALAVLACLLFLLIVGFTSRFKRQTSYQGVL
300 310 320 330
>>CCDS41421.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 (290 aa)
initn: 937 init1: 419 opt: 953 Z-score: 1147.3 bits: 220.4 E(32554): 1.4e-57
Smith-Waterman score: 953; 50.2% identity (77.7% similar) in 273 aa overlap (1-264:1-269)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MLFLQFLLLALLLPGGDNAD---------ASQEHVSFHVIQIFSFVNQSWARGQGSGWLD
::.: .:. .: :: ..: :..:..::...: ::.:.:::...:::::
CCDS41 MLLLFLLFEGLCCPGENTAAPQALQSYHLAAEEQLSFRMLQTSSFANHSWAHSEGSGWLG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 ELQTHGWDSESGTIIFLHNWSKGNFSNEELSDLELLFRFYLFGLTREIQDHASQDYSKYP
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CCDS41 DLQTHGWDTVLGTIRFLKPWSHGNFSKQELKNLQSLFQLYFHSFIQIVQASAGQFQLEYP
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 FEVQVKAGCELHSGKSPEGFFQVAFNGLDLLSFQNTTWVPSPGCGSLAQSVCHLLNHQYE
::.:. :::.... :. :...:..: :.::::. .: :::: : ::..:..:: .:
CCDS41 FEIQILAGCRMNA---PQIFLNMAYQGSDFLSFQGISWEPSPGAGIRAQNICKVLN-RYL
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 GVTETVYNLIRSTCPRFLLGLLDAGKMYVHRQVRPEAWLSSRPSLGSGQLLLVCHASGFY
. : . .:. :::::: ::..::. ..:.:.:::::: :: : :.: ::::.::::
CCDS41 DIKEILQSLLGHTCPRFLAGLMEAGESELKRKVKPEAWLSCGPSPGPGRLQLVCHVSGFY
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]