Result of FASTA (omim) for
pFN21AE2261
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2261, 726 aa
1>>>pF1KE2261 726 - 726 aa - 726 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.9552+/-0.000392; mu= -0.8306+/- 0.025
mean_var=234.4383+/-49.278, 0's: 0 Z-trim(120.7): 47 B-trim: 2326 in 2/59
Lambda= 0.083764
statistics sampled from 36250 (36303) to 36250 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.735), E-opt: 0.2 (0.426), width: 16
Scan time: 10.800
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001231 (OMIM: 143055) cyclin-T1 isoform a [Homo ( 726) 4834 597.4 6.5e-170
XP_016875686 (OMIM: 143055) PREDICTED: cyclin-T1 i ( 646) 4287 531.3 4.7e-150
NP_490595 (OMIM: 603862) cyclin-T2 isoform b [Homo ( 730) 1543 199.7 3.4e-50
NP_001232 (OMIM: 603862) cyclin-T2 isoform a [Homo ( 663) 1540 199.3 4.1e-50
NP_001264771 (OMIM: 143055) cyclin-T1 isoform b [H ( 184) 1180 155.5 1.7e-37
NP_001307677 (OMIM: 603862) cyclin-T2 isoform d [H ( 586) 742 102.9 3.9e-21
XP_016860718 (OMIM: 603862) PREDICTED: cyclin-T2 i ( 586) 742 102.9 3.9e-21
XP_016860720 (OMIM: 603862) PREDICTED: cyclin-T2 i ( 519) 739 102.5 4.6e-21
XP_016860717 (OMIM: 603862) PREDICTED: cyclin-T2 i ( 642) 727 101.1 1.5e-20
XP_016860716 (OMIM: 603862) PREDICTED: cyclin-T2 i ( 709) 727 101.1 1.6e-20
XP_016860719 (OMIM: 603862) PREDICTED: cyclin-T2 i ( 555) 675 94.8 1e-18
NP_001307678 (OMIM: 603862) cyclin-T2 isoform e [H ( 555) 675 94.8 1e-18
XP_016860721 (OMIM: 603862) PREDICTED: cyclin-T2 i ( 488) 672 94.4 1.2e-18
NP_001092872 (OMIM: 603544) cyclin-K [Homo sapiens ( 580) 485 71.8 8.7e-12
XP_011535577 (OMIM: 603544) PREDICTED: cyclin-K is ( 580) 485 71.8 8.7e-12
XP_005268211 (OMIM: 603544) PREDICTED: cyclin-K is ( 580) 485 71.8 8.7e-12
XP_016860722 (OMIM: 603862) PREDICTED: cyclin-T2 i ( 398) 449 67.4 1.3e-10
NP_112199 (OMIM: 613482) cyclin-L2 isoform A [Homo ( 520) 355 56.1 4.3e-07
NP_001295114 (OMIM: 613384) cyclin-L1 isoform 2 [H ( 428) 342 54.5 1.1e-06
XP_006713773 (OMIM: 613384) PREDICTED: cyclin-L1 i ( 493) 342 54.5 1.2e-06
NP_064703 (OMIM: 613384) cyclin-L1 isoform 1 [Homo ( 526) 342 54.5 1.3e-06
XP_005277977 (OMIM: 300707,300708) PREDICTED: cycl ( 238) 253 43.6 0.0011
NP_001034666 (OMIM: 613482) cyclin-L2 isoform B [H ( 226) 252 43.4 0.0012
NP_689487 (OMIM: 300707,300708) cyclin-related pro ( 248) 249 43.1 0.0017
>>NP_001231 (OMIM: 143055) cyclin-T1 isoform a [Homo sap (726 aa)
initn: 4834 init1: 4834 opt: 4834 Z-score: 3171.5 bits: 597.4 E(85289): 6.5e-170
Smith-Waterman score: 4834; 100.0% identity (100.0% similar) in 726 aa overlap (1-726:1-726)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MEGERKNNNKRWYFTREQLENSPSRRFGVDPDKELSYRQQAANLLQDMGQRLNVSQLTIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MEGERKNNNKRWYFTREQLENSPSRRFGVDPDKELSYRQQAANLLQDMGQRLNVSQLTIN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 TAIVYMHRFYMIQSFTQFPGNSVAPAALFLAAKVEEQPKKLEHVIKVAHTCLHPQESLPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TAIVYMHRFYMIQSFTQFPGNSVAPAALFLAAKVEEQPKKLEHVIKVAHTCLHPQESLPD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 TRSEAYLQQVQDLVILESIILQTLGFELTIDHPHTHVVKCTQLVRASKDLAQTSYFMATN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TRSEAYLQQVQDLVILESIILQTLGFELTIDHPHTHVVKCTQLVRASKDLAQTSYFMATN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 SLHLTTFSLQYTPPVVACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDATVTLELLDELTHE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SLHLTTFSLQYTPPVVACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDATVTLELLDELTHE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 FLQILEKTPNRLKRIWNWRACEAAKKTKADDRGTDEKTSEQTILNMISQSSSDTTIAGLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FLQILEKTPNRLKRIWNWRACEAAKKTKADDRGTDEKTSEQTILNMISQSSSDTTIAGLM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 SMSTSTTSAVPSLPVSEESSSNLTSVEMLPGKRWLSSQPSFKLEPTQGHRTSENLALTGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SMSTSTTSAVPSLPVSEESSSNLTSVEMLPGKRWLSSQPSFKLEPTQGHRTSENLALTGV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 DHSLPQDGSNAFISQKQNSKSVPSAKVSLKEYRAKHAEELAAQKRQLENMEANVKSQYAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DHSLPQDGSNAFISQKQNSKSVPSAKVSLKEYRAKHAEELAAQKRQLENMEANVKSQYAY
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 AAQNLLSHHDSHSSVILKMPIEGSENPERPFLEKADKTALKMRIPVAGGDKAASSKPEEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AAQNLLSHHDSHSSVILKMPIEGSENPERPFLEKADKTALKMRIPVAGGDKAASSKPEEI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 KMRIKVHAAADKHNSVEDSVTKSREHKEKHKTHPSNHHHHHNHHSHKHSHSQLPVGTGNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KMRIKVHAAADKHNSVEDSVTKSREHKEKHKTHPSNHHHHHNHHSHKHSHSQLPVGTGNK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 RPGDPKHSSQTSNLAHKTYSLSSSFSSSSSTRKRGPSEETGGAVFDHPAKIAKSTKSSSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RPGDPKHSSQTSNLAHKTYSLSSSFSSSSSTRKRGPSEETGGAVFDHPAKIAKSTKSSSL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 NFSFPSLPTMGQMPGHSSDTSGLSFSQPSCKTRVPHSKLDKGPTGANGHNTTQTIDYQDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NFSFPSLPTMGQMPGHSSDTSGLSFSQPSCKTRVPHSKLDKGPTGANGHNTTQTIDYQDT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 VNMLHSLLSAQGVQPTQPTAFEFVRPYSDYLNPRSGGISSRSGNTDKPRPPPLPSEPPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VNMLHSLLSAQGVQPTQPTAFEFVRPYSDYLNPRSGGISSRSGNTDKPRPPPLPSEPPPP
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 LPPLPK
::::::
NP_001 LPPLPK
>>XP_016875686 (OMIM: 143055) PREDICTED: cyclin-T1 isofo (646 aa)
initn: 4287 init1: 4287 opt: 4287 Z-score: 2815.0 bits: 531.3 E(85289): 4.7e-150
Smith-Waterman score: 4287; 100.0% identity (100.0% similar) in 645 aa overlap (82-726:2-646)
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 LNVSQLTINTAIVYMHRFYMIQSFTQFPGNSVAPAALFLAAKVEEQPKKLEHVIKVAHTC
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MSVAPAALFLAAKVEEQPKKLEHVIKVAHTC
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 LHPQESLPDTRSEAYLQQVQDLVILESIILQTLGFELTIDHPHTHVVKCTQLVRASKDLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LHPQESLPDTRSEAYLQQVQDLVILESIILQTLGFELTIDHPHTHVVKCTQLVRASKDLA
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 QTSYFMATNSLHLTTFSLQYTPPVVACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDATVTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QTSYFMATNSLHLTTFSLQYTPPVVACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDATVTL
100 110 120 130 140 150
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 ELLDELTHEFLQILEKTPNRLKRIWNWRACEAAKKTKADDRGTDEKTSEQTILNMISQSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ELLDELTHEFLQILEKTPNRLKRIWNWRACEAAKKTKADDRGTDEKTSEQTILNMISQSS
160 170 180 190 200 210
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 SDTTIAGLMSMSTSTTSAVPSLPVSEESSSNLTSVEMLPGKRWLSSQPSFKLEPTQGHRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SDTTIAGLMSMSTSTTSAVPSLPVSEESSSNLTSVEMLPGKRWLSSQPSFKLEPTQGHRT
220 230 240 250 260 270
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 SENLALTGVDHSLPQDGSNAFISQKQNSKSVPSAKVSLKEYRAKHAEELAAQKRQLENME
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SENLALTGVDHSLPQDGSNAFISQKQNSKSVPSAKVSLKEYRAKHAEELAAQKRQLENME
280 290 300 310 320 330
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 ANVKSQYAYAAQNLLSHHDSHSSVILKMPIEGSENPERPFLEKADKTALKMRIPVAGGDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ANVKSQYAYAAQNLLSHHDSHSSVILKMPIEGSENPERPFLEKADKTALKMRIPVAGGDK
340 350 360 370 380 390
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 AASSKPEEIKMRIKVHAAADKHNSVEDSVTKSREHKEKHKTHPSNHHHHHNHHSHKHSHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AASSKPEEIKMRIKVHAAADKHNSVEDSVTKSREHKEKHKTHPSNHHHHHNHHSHKHSHS
400 410 420 430 440 450
540 550 560 570 580 590
pF1KE2 QLPVGTGNKRPGDPKHSSQTSNLAHKTYSLSSSFSSSSSTRKRGPSEETGGAVFDHPAKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QLPVGTGNKRPGDPKHSSQTSNLAHKTYSLSSSFSSSSSTRKRGPSEETGGAVFDHPAKI
460 470 480 490 500 510
600 610 620 630 640 650
pF1KE2 AKSTKSSSLNFSFPSLPTMGQMPGHSSDTSGLSFSQPSCKTRVPHSKLDKGPTGANGHNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AKSTKSSSLNFSFPSLPTMGQMPGHSSDTSGLSFSQPSCKTRVPHSKLDKGPTGANGHNT
520 530 540 550 560 570
660 670 680 690 700 710
pF1KE2 TQTIDYQDTVNMLHSLLSAQGVQPTQPTAFEFVRPYSDYLNPRSGGISSRSGNTDKPRPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TQTIDYQDTVNMLHSLLSAQGVQPTQPTAFEFVRPYSDYLNPRSGGISSRSGNTDKPRPP
580 590 600 610 620 630
720
pF1KE2 PLPSEPPPPLPPLPK
:::::::::::::::
XP_016 PLPSEPPPPLPPLPK
640
>>NP_490595 (OMIM: 603862) cyclin-T2 isoform b [Homo sap (730 aa)
initn: 1716 init1: 1458 opt: 1543 Z-score: 1022.1 bits: 199.7 E(85289): 3.4e-50
Smith-Waterman score: 1846; 47.6% identity (68.3% similar) in 744 aa overlap (6-673:5-728)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MEGERKNNNKRWYFTREQLENSPSRRFGVDPDKELSYRQQAANLLQDMGQRLNVSQLTIN
.. ..::.::::::::.:::: ::. ::::: :::::::.:.:::::::::::::
NP_490 MASGRGASSRWFFTREQLENTPSRRCGVEADKELSCRQQAANLIQEMGQRLNVSQLTIN
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 TAIVYMHRFYMIQSFTQFPGNSVAPAALFLAAKVEEQPKKLEHVIKVAHTCLHPQESLPD
::::::::::: .:::.: : .. .::::::::::: .::::::::::.:::: : : :
NP_490 TAIVYMHRFYMHHSFTKFNKNIISSTALFLAAKVEEQARKLEHVIKVAHACLHPLEPLLD
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 TRSEAYLQQVQDLVILESIILQTLGFELTIDHPHTHVVKCTQLVRASKDLAQTSYFMATN
:. .:::::.:.:::::.:.:::::::.::.:::: ::::::::::::::::::::::::
NP_490 TKCDAYLQQTQELVILETIMLQTLGFEITIEHPHTDVVKCTQLVRASKDLAQTSYFMATN
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 SLHLTTFSLQYTPPVVACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDATVTLELLDELTHE
::::::: ::: : :.:::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::
NP_490 SLHLTTFCLQYKPTVIACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDPTVTLELLDELTHE
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 FLQILEKTPNRLKRIWNWRACEAAKKTKADDRGTDEKTSEQTILNMISQSSSDTTIAGLM
:::::::::::::.: :::: .::.: :.: . .. ..... .: : .
NP_490 FLQILEKTPNRLKKIRNWRANQAARKPKVDGQVSETPLLGSSLVQNSILVDSVTGVPTNP
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340
pF1KE2 SMSTSTTSAVPS-LPVSE--------ESSSNL---------TSVEMLPGKRWLSSQPSFK
:.. .::: :. .:.. ..:.:: :: . ..: . : : .
NP_490 SFQKPSTSAFPAPVPLNSGNISVQDSHTSDNLSMLATGMPSTSYGLSSHQEWPQHQDSAR
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KE2 LEPTQGHRTSENLALTGVDHSLPQDGSNAFISQKQNSKSVPSAKVSLK-EYR-----AKH
: ... .:. . . .. : : .. : .. . : . :.: :: .::
NP_490 TEQLYSQKQETSLSGSQYNINFQQGPSISLHSGLHHRPDKISDHSSVKQEYTHKAGSSKH
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430
pF1KE2 AEELAA---------------QKRQLENMEANVKSQYAYAAQNLLSHHD------SHSSV
... .::.::... .:...: ::: .:.. : :::
NP_490 HGPISTTPGIIPQKMSLDKYREKRKLETLDLDVRDHYI-AAQVEQQHKQGQSQAASSSSV
420 430 440 450 460 470
440 450 460 470 480 490
pF1KE2 I----LKMPIEGSENPERPFLEKADKT-ALKMRIPVAGGDKAASSKPEEIKMRIKVHAAA
.:.:: : :. . .: .:. .::.:::. ::.::. ::.::.::: ...
NP_490 TSPIKMKIPIA---NTEKYMADKKEKSGSLKLRIPIPPTDKSASK--EELKMKIKV-SSS
480 490 500 510 520 530
500 510 520 530 540
pF1KE2 DKHNSVEDSVTKS--------REHKEKHKTHPSNHHHHHNHHSHKHSHSQLPVGTGNKRP
..:.: ... :: :.:::::: :::..:: :::::::. .:..
NP_490 ERHSSSDEGSGKSKHSSPHISRDHKEKHKEHPSSRHHTS---SHKHSHSH----SGSSSG
540 550 560 570 580
550 560 570 580 590
pF1KE2 GDPKHSSQ--TSNLAHKTYSLSSS--FSSSSSTRKRGPSEETGGAVFDHPAKIAKSTKSS
:. :::.. .. .. .:::. :::::.::: ... : .: .:..::.:::
NP_490 GS-KHSADGIPPTVLRSPVGLSSDGISSSSSSSRKR---LHVNDASHNHHSKMSKSSKSS
590 600 610 620 630 640
600 610 620 630 640 650
pF1KE2 SLNFSFPSLPTMGQ-MPGHSSDTSGLSFSQPSCKTRVPHS------KLDKGPTGANGHN-
. . : : .. : . .:.: . : .: .. :::: :. .:: .
NP_490 GSSSSSSS--SVKQYISSHNSVFNHPLPPPPPVTYQVGYGHLSTLVKLDKKPVETNGPDA
650 660 670 680 690
660 670 680 690 700
pF1KE2 ------TTQTIDYQDTVNMLHSLLSAQGVQPTQPTAFEFVRPYSDYLNPRSGGISSRSGN
..: .::.:: .:: :::::::.
NP_490 NHEYSTSSQHMDYKDTFDMLDSLLSAQGMNM
700 710 720 730
>>NP_001232 (OMIM: 603862) cyclin-T2 isoform a [Homo sap (663 aa)
initn: 1724 init1: 1458 opt: 1540 Z-score: 1020.7 bits: 199.3 E(85289): 4.1e-50
Smith-Waterman score: 1761; 49.6% identity (70.2% similar) in 655 aa overlap (6-598:5-641)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MEGERKNNNKRWYFTREQLENSPSRRFGVDPDKELSYRQQAANLLQDMGQRLNVSQLTIN
.. ..::.::::::::.:::: ::. ::::: :::::::.:.:::::::::::::
NP_001 MASGRGASSRWFFTREQLENTPSRRCGVEADKELSCRQQAANLIQEMGQRLNVSQLTIN
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 TAIVYMHRFYMIQSFTQFPGNSVAPAALFLAAKVEEQPKKLEHVIKVAHTCLHPQESLPD
::::::::::: .:::.: : .. .::::::::::: .::::::::::.:::: : : :
NP_001 TAIVYMHRFYMHHSFTKFNKNIISSTALFLAAKVEEQARKLEHVIKVAHACLHPLEPLLD
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 TRSEAYLQQVQDLVILESIILQTLGFELTIDHPHTHVVKCTQLVRASKDLAQTSYFMATN
:. .:::::.:.:::::.:.:::::::.::.:::: ::::::::::::::::::::::::
NP_001 TKCDAYLQQTQELVILETIMLQTLGFEITIEHPHTDVVKCTQLVRASKDLAQTSYFMATN
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 SLHLTTFSLQYTPPVVACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDATVTLELLDELTHE
::::::: ::: : :.:::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::
NP_001 SLHLTTFCLQYKPTVIACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDPTVTLELLDELTHE
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 FLQILEKTPNRLKRIWNWRACEAAKKTKADDRGTDEKTSEQTILNMISQSSSDTTIAGLM
:::::::::::::.: :::: .::.: :.: . .. ..... .: : .
NP_001 FLQILEKTPNRLKKIRNWRANQAARKPKVDGQVSETPLLGSSLVQNSILVDSVTGVPTNP
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340
pF1KE2 SMSTSTTSAVPS-LPVSE--------ESSSNL---------TSVEMLPGKRWLSSQPSFK
:.. .::: :. .:.. ..:.:: :: . ..: . : : .
NP_001 SFQKPSTSAFPAPVPLNSGNISVQDSHTSDNLSMLATGMPSTSYGLSSHQEWPQHQDSAR
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KE2 LEPTQGHRTSENLALTGVDHSLPQDGSNAFISQKQNSKSVPSAKVSLK-EYR-----AKH
: ... .:. . . .. : : .. : .. . : . :.: :: .::
NP_001 TEQLYSQKQETSLSGSQYNINFQQGPSISLHSGLHHRPDKISDHSSVKQEYTHKAGSSKH
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430
pF1KE2 AEELAA---------------QKRQLENMEANVKSQYAYAAQNLLSHHD------SHSSV
... .::.::... .:...: ::: .:.. : :::
NP_001 HGPISTTPGIIPQKMSLDKYREKRKLETLDLDVRDHYI-AAQVEQQHKQGQSQAASSSSV
420 430 440 450 460 470
440 450 460 470 480 490
pF1KE2 I----LKMPIEGSENPERPFLEKADKT-ALKMRIPVAGGDKAASSKPEEIKMRIKVHAAA
.:.:: : :. . .: .:. .::.:::. ::.::. ::.::.::: ...
NP_001 TSPIKMKIPI---ANTEKYMADKKEKSGSLKLRIPIPPTDKSASK--EELKMKIKV-SSS
480 490 500 510 520 530
500 510 520 530 540
pF1KE2 DKHNSVEDSVTKS--------REHKEKHKTHPSNHHHHHNHHSHKHSHSQLPVGTGNKRP
..:.: ... :: :.:::::: :::..:: .:. :.:::: :...
NP_001 ERHSSSDEGSGKSKHSSPHISRDHKEKHKEHPSSRHHTSSHK-HSHSHS----GSSS---
540 550 560 570 580
550 560 570 580 590
pF1KE2 GDPKHSSQ--TSNLAHKTYSLSSS--FSSSSSTRKRGPSEETGGAVFDHPAKIAKSTKSS
: :::.. .. .. .:::. :::::.::: ... : .: .:..::.:::
NP_001 GGSKHSADGIPPTVLRSPVGLSSDGISSSSSSSRKR---LHVNDASHNHHSKMSKSSKSS
590 600 610 620 630 640
600 610 620 630 640 650
pF1KE2 SLNFSFPSLPTMGQMPGHSSDTSGLSFSQPSCKTRVPHSKLDKGPTGANGHNTTQTIDYQ
NP_001 GGLRTSQHPRETGQEASGDQRS
650 660
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MEGERKNNNKRWYFTREQLENSPSRRFGVDPDKELSYRQQAANLLQDMGQRLNVSQLTIN
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pF1KE2 TAIVYMHRFYMIQSFTQFPGNSVAPAALFLAAKVEEQPKKLEHVIKVAHTCLHPQESLPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TAIVYMHRFYMIQSFTQFPGNSVAPAALFLAAKVEEQPKKLEHVIKVAHTCLHPQESLPD
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TRSEAYLQQVQDLVILESIILQTLGFELTIDHPHTHVVKCTQLVRASKDLAQTSYFMATN
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pF1KE2 SLHLTTFSLQYTPPVVACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDATVTLELLDELTHE
NP_001 RTDT
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.: .::::::::::::::::::::: :::
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: :.:::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::
NP_001 PTVIACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDPTVTLELLDELTHEFLQILEKTPNRL
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pF1KE2 KRIWNWRACEAAKKTKADDRGTDEKTSEQTILNMISQSSSDTTIAGLMSMSTSTTSAVPS
:.: :::: .::.: :.: . .. ..... .: : . :.. .::: :.
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.:.. ..:.:: :: . ..: . : : . : ... .
NP_001 PVPLNSGNISVQDSHTSDNLSMLATGMPSTSYGLSSHQEWPQHQDSARTEQLYSQKQETS
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pF1KE2 LALTGVDHSLPQDGSNAFISQKQNSKSVPSAKVSLK-EYR-----AKHAEELAA------
:. . . .. : : .. : .. . : . :.: :: .:: ...
NP_001 LSGSQYNINFQQGPSISLHSGLHHRPDKISDHSSVKQEYTHKAGSSKHHGPISTTPGIIP
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pF1KE2 ---------QKRQLENMEANVKSQYAYAAQNLLSHHD------SHSSVI----LKMPIEG
.::.::... .:...: ::: .:.. : ::: .:.::
NP_001 QKMSLDKYREKRKLETLDLDVRDHYI-AAQVEQQHKQGQSQAASSSSVTSPIKMKIPIA-
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pF1KE2 SENPERPFLEKADKT-ALKMRIPVAGGDKAASSKPEEIKMRIKVHAAADKHNSVEDSVTK
: :. . .: .:. .::.:::. ::.::. ::.::.::: .....:.: ... :
NP_001 --NTEKYMADKKEKSGSLKLRIPIPPTDKSASK--EELKMKIKV-SSSERHSSSDEGSGK
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pF1KE2 S--------REHKEKHKTHPSNHHHHHNHHSHKHSHSQLPVGTGNKRPGDPKHSSQ--TS
: :.:::::: :::..:: :::::::. .:.. : :::..
NP_001 SKHSSPHISRDHKEKHKEHPSSRHHTS---SHKHSHSH----SGSSS-GGSKHSADGIPP
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pF1KE2 NLAHKTYSLSSS--FSSSSSTRKRGPSEETGGAVFDHPAKIAKSTKSSSLNFSFPSLPTM
.. .. .:::. :::::.::: ... : .: .:..::.:::. . : : ..
NP_001 TVLRSPVGLSSDGISSSSSSSRKR---LHVNDASHNHHSKMSKSSKSSGSSSS--SSSSV
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pF1KE2 GQ-MPGHSSDTSGLSFSQPSCKTRVPHS------KLDKGPTGANGHN-------TTQTID
: . .:.: . : .: .. :::: :. .:: . ..: .:
NP_001 KQYISSHNSVFNHPLPPPPPVTYQVGYGHLSTLVKLDKKPVETNGPDANHEYSTSSQHMD
510 520 530 540 550 560
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pF1KE2 YQDTVNMLHSLLSAQGVQPTQPTAFEFVRPYSDYLNPRSGGISSRSGNTDKPRPPPLPSE
:.:: .:: :::::::.
NP_001 YKDTFDMLDSLLSAQGMNM
570 580
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Smith-Waterman score: 1045; 39.7% identity (62.0% similar) in 587 aa overlap (163-673:18-584)
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pF1KE2 LVILESIILQTLGFELTIDHPHTHVVKCTQLVRASKDLAQTSYFMATNSLHLTTFSLQYT
.: .::::::::::::::::::::: :::
XP_016 MLLKIFSSIENDGALVIFVSTSKDLAQTSYFMATNSLHLTTFCLQYK
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pF1KE2 PPVVACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDATVTLELLDELTHEFLQILEKTPNRL
: :.:::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::
XP_016 PTVIACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDPTVTLELLDELTHEFLQILEKTPNRL
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pF1KE2 KRIWNWRACEAAKKTKADDRGTDEKTSEQTILNMISQSSSDTTIAGLMSMSTSTTSAVPS
:.: :::: .::.: :.: . .. ..... .: : . :.. .::: :.
XP_016 KKIRNWRANQAARKPKVDGQVSETPLLGSSLVQNSILVDSVTGVPTNPSFQKPSTSAFPA
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pF1KE2 -LPVSE--------ESSSNL---------TSVEMLPGKRWLSSQPSFKLEPTQGHRTSEN
.:.. ..:.:: :: . ..: . : : . : ... .
XP_016 PVPLNSGNISVQDSHTSDNLSMLATGMPSTSYGLSSHQEWPQHQDSARTEQLYSQKQETS
170 180 190 200 210 220
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pF1KE2 LALTGVDHSLPQDGSNAFISQKQNSKSVPSAKVSLK-EYR-----AKHAEELAA------
:. . . .. : : .. : .. . : . :.: :: .:: ...
XP_016 LSGSQYNINFQQGPSISLHSGLHHRPDKISDHSSVKQEYTHKAGSSKHHGPISTTPGIIP
230 240 250 260 270 280
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pF1KE2 ---------QKRQLENMEANVKSQYAYAAQNLLSHHD------SHSSVI----LKMPIEG
.::.::... .:...: ::: .:.. : ::: .:.::
XP_016 QKMSLDKYREKRKLETLDLDVRDHYI-AAQVEQQHKQGQSQAASSSSVTSPIKMKIPIA-
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pF1KE2 SENPERPFLEKADKT-ALKMRIPVAGGDKAASSKPEEIKMRIKVHAAADKHNSVEDSVTK
: :. . .: .:. .::.:::. ::.::. ::.::.::: .....:.: ... :
XP_016 --NTEKYMADKKEKSGSLKLRIPIPPTDKSASK--EELKMKIKV-SSSERHSSSDEGSGK
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: :.:::::: :::..:: :::::::. .:.. : :::..
XP_016 SKHSSPHISRDHKEKHKEHPSSRHHTS---SHKHSHSH----SGSSS-GGSKHSADGIPP
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.. .. .:::. :::::.::: ... : .: .:..::.:::. . : : ..
XP_016 TVLRSPVGLSSDGISSSSSSSRKR---LHVNDASHNHHSKMSKSSKSSGSSSS--SSSSV
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: . .:.: . : .: .. :::: :. .:: . ..: .:
XP_016 KQYISSHNSVFNHPLPPPPPVTYQVGYGHLSTLVKLDKKPVETNGPDANHEYSTSSQHMD
510 520 530 540 550 560
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pF1KE2 YQDTVNMLHSLLSAQGVQPTQPTAFEFVRPYSDYLNPRSGGISSRSGNTDKPRPPPLPSE
:.:: .:: :::::::.
XP_016 YKDTFDMLDSLLSAQGMNM
570 580
>>XP_016860720 (OMIM: 603862) PREDICTED: cyclin-T2 isofo (519 aa)
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pF1KE2 LVILESIILQTLGFELTIDHPHTHVVKCTQLVRASKDLAQTSYFMATNSLHLTTFSLQYT
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XP_016 MLLKIFSSIENDGALVIFVSTSKDLAQTSYFMATNSLHLTTFCLQYK
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pF1KE2 PPVVACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDATVTLELLDELTHEFLQILEKTPNRL
: :.:::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::
XP_016 PTVIACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDPTVTLELLDELTHEFLQILEKTPNRL
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pF1KE2 KRIWNWRACEAAKKTKADDRGTDEKTSEQTILNMISQSSSDTTIAGLMSMSTSTTSAVPS
:.: :::: .::.: :.: . .. ..... .: : . :.. .::: :.
XP_016 KKIRNWRANQAARKPKVDGQVSETPLLGSSLVQNSILVDSVTGVPTNPSFQKPSTSAFPA
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.:.. ..:.:: :: . ..: . : : . : ... .
XP_016 PVPLNSGNISVQDSHTSDNLSMLATGMPSTSYGLSSHQEWPQHQDSARTEQLYSQKQETS
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pF1KE2 LALTGVDHSLPQDGSNAFISQKQNSKSVPSAKVSLK-EYR-----AKHAEELAA------
:. . . .. : : .. : .. . : . :.: :: .:: ...
XP_016 LSGSQYNINFQQGPSISLHSGLHHRPDKISDHSSVKQEYTHKAGSSKHHGPISTTPGIIP
230 240 250 260 270 280
410 420 430 440
pF1KE2 ---------QKRQLENMEANVKSQYAYAAQNLLSHHD------SHSSVI----LKMPIEG
.::.::... .:...: ::: .:.. : ::: .:.::
XP_016 QKMSLDKYREKRKLETLDLDVRDHYI-AAQVEQQHKQGQSQAASSSSVTSPIKMKIPIA-
290 300 310 320 330 340
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pF1KE2 SENPERPFLEKADKT-ALKMRIPVAGGDKAASSKPEEIKMRIKVHAAADKHNSVEDSVTK
: :. . .: .:. .::.:::. ::.::. ::.::.::: .....:.: ... :
XP_016 --NTEKYMADKKEKSGSLKLRIPIPPTDKSASK--EELKMKIKV-SSSERHSSSDEGSGK
350 360 370 380 390 400
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pF1KE2 S--------REHKEKHKTHPSNHHHHHNHHSHKHSHSQLPVGTGNKRPGDPKHSSQ--TS
: :.:::::: :::..:: :::::::. .:.. : :::..
XP_016 SKHSSPHISRDHKEKHKEHPSSRHH---TSSHKHSHSH----SGSSS-GGSKHSADGIPP
410 420 430 440 450
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pF1KE2 NLAHKTYSLSSS--FSSSSSTRKRGPSEETGGAVFDHPAKIAKSTKSSSLNFSFPSLPTM
.. .. .:::. :::::.::: ... : .: .:..::.:::
XP_016 TVLRSPVGLSSDGISSSSSSSRKR---LHVNDASHNHHSKMSKSSKSSGGLRTSQHPRET
460 470 480 490 500
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pF1KE2 GQMPGHSSDTSGLSFSQPSCKTRVPHSKLDKGPTGANGHNTTQTIDYQDTVNMLHSLLSA
XP_016 GQEASGDQRS
510
>>XP_016860717 (OMIM: 603862) PREDICTED: cyclin-T2 isofo (642 aa)
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.. ..::.::::::::.:::: ::. ::::: :::::::.:.:::::::::::::
XP_016 MASGRGASSRWFFTREQLENTPSRRCGVEADKELSCRQQAANLIQEMGQRLNVSQLTIN
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pF1KE2 TAIVYMHRFYMIQSFTQFPGNSVAPAALFLAAKVEEQPKKLEHVIKVAHTCLHPQESLPD
::::::::::: .:::.: : .. .::::::::::: .::::::::::.:::: : : :
XP_016 TAIVYMHRFYMHHSFTKFNKNIISSTALFLAAKVEEQARKLEHVIKVAHACLHPLEPLLD
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pF1KE2 TRSEAYLQQVQDLVILESIILQTLGFELTIDHPHTHVVKCTQLVRASKDLAQTSYFMATN
:. .:::::.:.:::::.:.:::: :::::::::::::::
XP_016 TKCDAYLQQTQELVILETIMLQTL---------------------ASKDLAQTSYFMATN
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pF1KE2 SLHLTTFSLQYTPPVVACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDATVTLELLDELTHE
::::::: ::: : :.:::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::
XP_016 SLHLTTFCLQYKPTVIACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDPTVTLELLDELTHE
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pF1KE2 FLQILEKTPNRLKRIWNWRACEAAKKTKADDRGTDEKTSEQTILNMISQSSSDTTIAGLM
:::::::::::::.: :::: .::.: :.: . .. ..... .: : .
XP_016 FLQILEKTPNRLKKIRNWRANQAARKPKVDGQVSETPLLGSSLVQNSILVDSVTGVPTNP
220 230 240 250 260 270
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pF1KE2 SMSTSTTSAVPS-LPVSE--------ESSSNL---------TSVEMLPGKRWLSSQPSFK
:.. .::: :. .:.. ..:.:: :: . ..: . : : .
XP_016 SFQKPSTSAFPAPVPLNSGNISVQDSHTSDNLSMLATGMPSTSYGLSSHQEWPQHQDSAR
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390
pF1KE2 LEPTQGHRTSENLALTGVDHSLPQDGSNAFISQKQNSKSVPSAKVSLK-EYR-----AKH
: ... .:. . . .. : : .. : .. . : . :.: :: .::
XP_016 TEQLYSQKQETSLSGSQYNINFQQGPSISLHSGLHHRPDKISDHSSVKQEYTHKAGSSKH
340 350 360 370 380 390
400 410 420 430
pF1KE2 AEELAA---------------QKRQLENMEANVKSQYAYAAQNLLSHHD------SHSSV
... .::.::... .:...: ::: .:.. : :::
XP_016 HGPISTTPGIIPQKMSLDKYREKRKLETLDLDVRDHYI-AAQVEQQHKQGQSQAASSSSV
400 410 420 430 440 450
440 450 460 470 480 490
pF1KE2 I----LKMPIEGSENPERPFLEKADKT-ALKMRIPVAGGDKAASSKPEEIKMRIKVHAAA
.:.:: : :. . .: .:. .::.:::. ::.::. ::.::.::: ...
XP_016 TSPIKMKIPI---ANTEKYMADKKEKSGSLKLRIPIPPTDKSASK--EELKMKIKV-SSS
460 470 480 490 500 510
500 510 520 530 540
pF1KE2 DKHNSVEDSVTKS--------REHKEKHKTHPSNHHHHHNHHSHKHSHSQLPVGTGNKRP
..:.: ... :: :.:::::: :::..:: .:. :.:::: :...
XP_016 ERHSSSDEGSGKSKHSSPHISRDHKEKHKEHPSSRHHTSSHK-HSHSHS----GSSS---
520 530 540 550 560
550 560 570 580 590
pF1KE2 GDPKHSSQ--TSNLAHKTYSLSSS--FSSSSSTRKRGPSEETGGAVFDHPAKIAKSTKSS
: :::.. .. .. .:::. :::::.::: ... : .: .:..::.:::
XP_016 GGSKHSADGIPPTVLRSPVGLSSDGISSSSSSSRKR---LHVNDASHNHHSKMSKSSKSS
570 580 590 600 610 620
600 610 620 630 640 650
pF1KE2 SLNFSFPSLPTMGQMPGHSSDTSGLSFSQPSCKTRVPHSKLDKGPTGANGHNTTQTIDYQ
XP_016 GGLRTSQHPRETGQEASGDQRS
630 640
>>XP_016860716 (OMIM: 603862) PREDICTED: cyclin-T2 isofo (709 aa)
initn: 1574 init1: 673 opt: 727 Z-score: 489.3 bits: 101.1 E(85289): 1.6e-20
Smith-Waterman score: 1666; 45.2% identity (65.6% similar) in 744 aa overlap (6-673:5-707)
10 20 30 40 50 60
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.. ..::.::::::::.:::: ::. ::::: :::::::.:.:::::::::::::
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]