FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2205, 591 aa 1>>>pF1KE2205 591 - 591 aa - 591 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.0759+/-0.0006; mu= -8.8019+/- 0.037 mean_var=346.4004+/-70.030, 0's: 0 Z-trim(114.7): 27 B-trim: 0 in 0/54 Lambda= 0.068910 statistics sampled from 24645 (24667) to 24645 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.632), E-opt: 0.2 (0.289), width: 16 Scan time: 11.310 The best scores are: opt bits E(85289) NP_004111 (OMIM: 600412) guanylate-binding protein ( 591) 3857 398.3 3.7e-110 NP_002044 (OMIM: 600411) guanylate-binding protein ( 592) 3026 315.7 2.7e-85 NP_060754 (OMIM: 600413) guanylate-binding protein ( 595) 2950 308.2 5.1e-83 XP_005270800 (OMIM: 600413) PREDICTED: guanylate-b ( 516) 2507 264.1 8.3e-70 XP_011539535 (OMIM: 600413) PREDICTED: guanylate-b ( 516) 2507 264.1 8.3e-70 NP_001306108 (OMIM: 600413) guanylate-binding prot ( 516) 2507 264.1 8.3e-70 NP_443174 (OMIM: 611467) guanylate-binding protein ( 586) 2457 259.1 2.9e-68 NP_001127958 (OMIM: 611467) guanylate-binding prot ( 586) 2457 259.1 2.9e-68 NP_997281 (OMIM: 612468) guanylate-binding protein ( 638) 2153 229.0 3.8e-59 NP_443173 (OMIM: 612466) guanylate-binding protein ( 640) 2107 224.4 9.2e-58 NP_001306109 (OMIM: 600413) guanylate-binding prot ( 461) 2097 223.3 1.4e-57 XP_016856502 (OMIM: 600413) PREDICTED: guanylate-b ( 461) 2097 223.3 1.4e-57 XP_011539137 (OMIM: 612467) PREDICTED: guanylate-b ( 633) 2098 223.5 1.7e-57 NP_940862 (OMIM: 612467) guanylate-binding protein ( 633) 2098 223.5 1.7e-57 XP_006710637 (OMIM: 600413) PREDICTED: guanylate-b ( 568) 2023 216.0 2.7e-55 NP_001306110 (OMIM: 600413) guanylate-binding prot ( 544) 1997 213.4 1.6e-54 NP_001307186 (OMIM: 612467) guanylate-binding prot ( 503) 1463 160.3 1.4e-38 XP_016856503 (OMIM: 600413) PREDICTED: guanylate-b ( 380) 1381 152.0 3.3e-36 XP_011539536 (OMIM: 600413) PREDICTED: guanylate-b ( 514) 1381 152.1 4.1e-36 >>NP_004111 (OMIM: 600412) guanylate-binding protein 2 [ (591 aa) initn: 3857 init1: 3857 opt: 3857 Z-score: 2098.8 bits: 398.3 E(85289): 3.7e-110 Smith-Waterman score: 3857; 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NP_001 KNKGFSVASTVQSHTKGIWIWCVPHPNWPNHTLVLLDTEGLGDVEKADNKNDIQIFALAL 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 LLSSTFVYNSMGTINQQAMDQLHYVTELTDRIKANSSPGNNSVDDSADFVSFFPAFVWTL :::::::::... :.: :.: :: :::::: .:: .:: . :.: :: .:::: .:::: NP_001 LLSSTFVYNTVNKIDQGAIDLLHNVTELTDLLKARNSPDLDRVEDPADSASFFPDLVWTL 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 RDFTLELEVDGEPITADDYLELSLKLRKGTDKKSKSFNDPRLCIRKFFPKRKCFVFDWPA ::: : ::.::. .: :.::: ::. ..:.:.. ..:: :::::.:::::.:::.:: :: NP_001 RDFCLGLEIDGQLVTPDEYLENSLRPKQGSDQRVQNFNLPRLCIQKFFPKKKCFIFDLPA 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 PKKYLAHLEQLKEEELNPDFIEQVAEFCSYILSHSNVKTLSGGIPVNGPRLESLVLTYVN .: ::.:: : ..::.:.:..::.::::::.::: .::: ::: ::: ::..::::::: NP_001 HQKKLAQLETLPDDELEPEFVQQVTEFCSYIFSHSMTKTLPGGIMVNGSRLKNLVLTYVN 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE2 AISSGDLPCMENAVLALAQIENSAAVEKAIAHYEQQMGQKVQLPTETLQELLDLHRDSER :::::::::.::::::::: ::::::.::::::.:::::::::: ::::::::::: ::: NP_001 AISSGDLPCIENAVLALAQRENSAAVQKAIAHYDQQMGQKVQLPMETLQELLDLHRTSER 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE2 EAIEVFMKNSFKDVDQMFQRKLGAQLEARRDDFCKQNSKASSDCCMALLQDIFGPLEEDV :::::::::::::::: ::..: . :.:...:.::.: .:::: : :::.:::::::: : NP_001 EAIEVFMKNSFKDVDQSFQKELETLLDAKQNDICKRNLEASSDYCSALLKDIFGPLEEAV 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE2 KQGTFSKPGGYRLFTQKLQELKNKYYQVPRKGIQAKEVLKKYLESKEDVADALLQTDQSL ::: .:::::. :: :: .::: :::. :::::::.:::.:::.:::.:. :.:::::.: NP_001 KQGIYSKPGGHNLFIQKTEELKAKYYREPRKGIQAEEVLQKYLKSKESVSHAILQTDQAL 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE2 SEKEKAIEVERIKAESAEAAKKMLEEIQKKNEEMMEQKEKSYQEHVKQLTEKMERDRAQL .: :: . ..:::. .: . : ::..::.::...:. .::.:.: :: . . NP_001 TETEKKKKEAQVKAEAEKAEAQRLAAIQRQNEQMMQERERLHQEQVRQ----MEIAKQNW 490 500 510 520 530 550 560 570 580 590 pF1KE2 MAEQEKTLALKLQEQERLLKEGFENESKRLQKDIWDIQMRSKSLEPICNIL .:::.: ..::: :. :. ... : ... : .. .: : .: NP_001 LAEQQKMQEQQMQEQAAQLSTTFQAQNRSLLSELQHAQRTVNNDDP-CVLL 540 550 560 570 580 >>NP_997281 (OMIM: 612468) guanylate-binding protein 7 [ (638 aa) initn: 2260 init1: 1180 opt: 2153 Z-score: 1182.8 bits: 229.0 E(85289): 3.8e-59 Smith-Waterman score: 2153; 56.7% identity (81.6% similar) in 575 aa overlap (1-574:1-575) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MAPEINLPGPMSLIDNTKGQLVVNPEALKILSAITQPVVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG :: ::..:::. : .::::.:::: :::.::::::::::::::::::::::::::::::: NP_997 MASEIHMPGPVCLTENTKGHLVVNSEALEILSAITQPVVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 KKNGFSLGSTVKSHTKGIWMWCVPHPKKPEHTLVLLDTEGLGDIEKGDNENDSWIFALAI :..:: :: ::::.::::::::::::.::.:::.:::::::::.::.: ..::::::::. 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NP_997 NDKKLLLHVEEVREDQLDSNFQMQSENFCSYIFTHAKTKTLREGILVTGNRLGMLVETYL 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 NAISSGDLPCMENAVLALAQIENSAAVEKAIAHYEQQMGQKVQLPTETLQELLDLHRDSE .::.:: ::.:::. .::: ::::::..: :: :::.:.:..::.:::::::.: : NP_997 DAINSGATPCLENAMAVLAQCENSAAVQRAANHYSQQMAQQVRFPTDTLQELLDVHAVCE 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 410 pF1KE2 REAIEVFMKNSFKDVDQMFQRKLGAQLEARRDDFCKQNSKASSDCCMALLQDIFGPLEED :::: :::. :::: .: ::.:: .: ...:: :: .::. :.: :. . : :. NP_997 REAIAVFMEYSFKDKSQEFQKKLVDTMEKKKEDFVLQNEEASAKYCQAELKRLSELLTES 370 380 390 400 410 420 420 430 440 450 460 470 pF1KE2 VKQGTFSKPGGYRLFTQKLQELKNKYYQVPRKGIQAKEVLKKYLESKEDVADALLQTDQS ...::: :::. .. . ..... : :::::..: :::...:.:. . ...::.:.. NP_997 ISRGTFFVPGGHNIYLEAKKKIEQDYTLVPRKGVKADEVLQSFLQSQVVIEESILQSDKA 430 440 450 460 470 480 480 490 500 510 520 530 pF1KE2 LSEKEKAIEVERIKAESAEAAKKMLEEIQKKNEEMMEQKEKSYQEHVKQLTEKMERDRAQ :. :::: ... : :.:: ...:.. ::....::: .:.:.::.. :: .::::.: . NP_997 LTAGEKAIAAKQAKKEAAEKEQELLRQKQKEQQQMMEAQERSFQENIAQLKKKMEREREN 490 500 510 520 530 540 540 550 560 570 580 590 pF1KE2 LMAEQEKTLALKLQEQERLLKEGFENESKRLQKDIWDIQMRSKSLEPICNIL : : .: :. :.. :.:: :::.. . :...: NP_997 YMRELRKMLSHKMKVLEELLTEGFKEIFESLNEEINRLKEQIEAAENEEPSVFSQILDVA 550 560 570 580 590 600 NP_997 GSIFIAALPGAAKLVDLGMKILSSLCNRLRNPGKKIIS 610 620 630 >>NP_443173 (OMIM: 612466) guanylate-binding protein 4 [ (640 aa) initn: 2168 init1: 1080 opt: 2107 Z-score: 1158.0 bits: 224.4 E(85289): 9.2e-58 Smith-Waterman score: 2107; 55.0% identity (82.1% similar) in 575 aa overlap (10-583:25-599) 10 20 30 40 pF1KE2 MAPEINLPGPMSLIDNTKGQLVVNPEALKILSAITQPVVVVAIVG :. :..: . ::.:: .::.::. :.:::::::::: NP_443 MGERTLHAAVPTPGYPESESIMMAPICLVENQEEQLTVNSKALEILDKISQPVVVVAIVG 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KE2 LYRTGKSYLMNKLAGKKNGFSLGSTVKSHTKGIWMWCVPHPKKPEHTLVLLDTEGLGDIE :::::::::::.::::.::: :::::.:.::::::::::: .::.:::::::::::::.: NP_443 LYRTGKSYLMNRLAGKRNGFPLGSTVQSETKGIWMWCVPHLSKPNHTLVLLDTEGLGDVE 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 pF1KE2 KGDNENDSWIFALAILLSSTFVYNSMGTINQQAMDQLHYVTELTDRIKANSSPGNNSVDD :.. .:::::::::.::::.:::::..:::.::..::::::::.. :.:.: : . ..: NP_443 KSNPKNDSWIFALAVLLSSSFVYNSVSTINHQALEQLHYVTELAELIRAKSCPRPDEAED 130 140 150 160 170 180 170 180 190 200 210 220 pF1KE2 SADFVSFFPAFVWTLRDFTLELEVDGEPITADDYLELSLKLRKGTDKKSKSFNDPRLCIR :..:.:::: :.::.:::::::..::.::: :.::: .::: : . : .. : :: ::: NP_443 SSEFASFFPDFIWTVRDFTLELKLDGNPITEDEYLENALKLIPGKNPKIQNSNMPRECIR 190 200 210 220 230 240 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 KFFPKRKCFVFDWPA-PKKYLAHLEQLKEEELNPDFIEQVAEFCSYILSHSNVKTLSGGI .:: :::::::: :. :.:: :.... ::.:. :. : .:::::..:...::: :: NP_443 HFFRKRKCFVFDRPTNDKQYLNHMDEVPEENLERHFLMQSDNFCSYIFTHAKTKTLREGI 250 260 270 280 290 300 290 300 310 320 330 340 pF1KE2 PVNGPRLESLVLTYVNAISSGDLPCMENAVLALAQIENSAAVEKAIAHYEQQMGQKVQLP :.: :: .::.:::.::.:: .::.:::: ::::.:: :::..: :: :::.:...:: NP_443 IVTGKRLGTLVVTYVDAINSGAVPCLENAVTALAQLENPAAVQRAADHYSQQMAQQLRLP 310 320 330 340 350 360 350 360 370 380 390 400 pF1KE2 TETLQELLDLHRDSEREAIEVFMKNSFKDVDQMFQRKLGAQLEARRDDFCKQNSKASSDC :.:::::::.: ::::: :::..:::: .. ::.:: .: .. :: :: .::. NP_443 TDTLQELLDVHAACEREAIAVFMEHSFKDENHEFQKKLVDTIEKKKGDFVLQNEEASAKY 370 380 390 400 410 420 410 420 430 440 450 460 pF1KE2 CMALLQDIFGPLEEDVKQGTFSKPGGYRLFTQKLQELKNKYYQVPRKGIQAKEVLKKYLE :.: :. . : :.. .: :: :::. :. .. .... : :::::..:.:::...:. 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