FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2205, 591 aa 1>>>pF1KE2205 591 - 591 aa - 591 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.0701+/-0.00134; mu= -3.0098+/- 0.079 mean_var=285.0982+/-56.785, 0's: 0 Z-trim(107.2): 34 B-trim: 0 in 0/53 Lambda= 0.075959 statistics sampled from 9388 (9407) to 9388 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.635), E-opt: 0.2 (0.289), width: 16 Scan time: 3.690 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS719.1 GBP2 gene_id:2634|Hs108|chr1 ( 591) 3857 437.0 3.2e-122 CCDS718.1 GBP1 gene_id:2633|Hs108|chr1 ( 592) 3026 345.9 8.3e-95 CCDS717.2 GBP3 gene_id:2635|Hs108|chr1 ( 595) 2950 337.6 2.7e-92 CCDS722.1 GBP5 gene_id:115362|Hs108|chr1 ( 586) 2457 283.6 4.9e-76 CCDS720.1 GBP7 gene_id:388646|Hs108|chr1 ( 638) 2153 250.3 5.6e-66 CCDS721.1 GBP4 gene_id:115361|Hs108|chr1 ( 640) 2107 245.2 1.8e-64 CCDS723.1 GBP6 gene_id:163351|Hs108|chr1 ( 633) 2098 244.3 3.6e-64 >>CCDS719.1 GBP2 gene_id:2634|Hs108|chr1 (591 aa) initn: 3857 init1: 3857 opt: 3857 Z-score: 2307.7 bits: 437.0 E(32554): 3.2e-122 Smith-Waterman score: 3857; 100.0% identity (100.0% similar) in 591 aa overlap (1-591:1-591) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MAPEINLPGPMSLIDNTKGQLVVNPEALKILSAITQPVVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS71 MAPEINLPGPMSLIDNTKGQLVVNPEALKILSAITQPVVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 KKNGFSLGSTVKSHTKGIWMWCVPHPKKPEHTLVLLDTEGLGDIEKGDNENDSWIFALAI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS71 KKNGFSLGSTVKSHTKGIWMWCVPHPKKPEHTLVLLDTEGLGDIEKGDNENDSWIFALAI 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 LLSSTFVYNSMGTINQQAMDQLHYVTELTDRIKANSSPGNNSVDDSADFVSFFPAFVWTL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS71 LLSSTFVYNSMGTINQQAMDQLHYVTELTDRIKANSSPGNNSVDDSADFVSFFPAFVWTL 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 RDFTLELEVDGEPITADDYLELSLKLRKGTDKKSKSFNDPRLCIRKFFPKRKCFVFDWPA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS71 RDFTLELEVDGEPITADDYLELSLKLRKGTDKKSKSFNDPRLCIRKFFPKRKCFVFDWPA 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 PKKYLAHLEQLKEEELNPDFIEQVAEFCSYILSHSNVKTLSGGIPVNGPRLESLVLTYVN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS71 PKKYLAHLEQLKEEELNPDFIEQVAEFCSYILSHSNVKTLSGGIPVNGPRLESLVLTYVN 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE2 AISSGDLPCMENAVLALAQIENSAAVEKAIAHYEQQMGQKVQLPTETLQELLDLHRDSER :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS71 AISSGDLPCMENAVLALAQIENSAAVEKAIAHYEQQMGQKVQLPTETLQELLDLHRDSER 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE2 EAIEVFMKNSFKDVDQMFQRKLGAQLEARRDDFCKQNSKASSDCCMALLQDIFGPLEEDV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS71 EAIEVFMKNSFKDVDQMFQRKLGAQLEARRDDFCKQNSKASSDCCMALLQDIFGPLEEDV 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE2 KQGTFSKPGGYRLFTQKLQELKNKYYQVPRKGIQAKEVLKKYLESKEDVADALLQTDQSL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS71 KQGTFSKPGGYRLFTQKLQELKNKYYQVPRKGIQAKEVLKKYLESKEDVADALLQTDQSL 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE2 SEKEKAIEVERIKAESAEAAKKMLEEIQKKNEEMMEQKEKSYQEHVKQLTEKMERDRAQL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS71 SEKEKAIEVERIKAESAEAAKKMLEEIQKKNEEMMEQKEKSYQEHVKQLTEKMERDRAQL 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KE2 MAEQEKTLALKLQEQERLLKEGFENESKRLQKDIWDIQMRSKSLEPICNIL ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS71 MAEQEKTLALKLQEQERLLKEGFENESKRLQKDIWDIQMRSKSLEPICNIL 550 560 570 580 590 >>CCDS718.1 GBP1 gene_id:2633|Hs108|chr1 (592 aa) initn: 3079 init1: 2123 opt: 3026 Z-score: 1815.5 bits: 345.9 E(32554): 8.3e-95 Smith-Waterman score: 3026; 76.0% identity (93.6% similar) in 592 aa overlap (1-590:1-591) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MAPEINLPGPMSLIDNTKGQLVVNPEALKILSAITQPVVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG :: ::.. ::: ::.::.:.:..::::::::::::::.:::::::::::::::::::::: CCDS71 MASEIHMTGPMCLIENTNGRLMANPEALKILSAITQPMVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 KKNGFSLGSTVKSHTKGIWMWCVPHPKKPEHTLVLLDTEGLGDIEKGDNENDSWIFALAI ::.::::::::.::::::::::::::::: : :::::::::::.:::::.:::::::::. 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CCDS71 TLTEKEKEIEVERVKAESAQASAKMLQEMQRKNEQMMEQKERSYQEHLKQLTEKMENDRV 490 500 510 520 530 540 540 550 560 570 580 590 pF1KE2 QLMAEQEKTLALKLQEQERLLKEGFENESKRLQKDIWDIQMRSKSLEPICNIL ::. :::.::::::::::.::::::..::. ....: :.: . . . :.: CCDS71 QLLKEQERTLALKLQEQEQLLKEGFQKESRIMKNEIQDLQTKMRR-RKACTIS 550 560 570 580 590 >>CCDS717.2 GBP3 gene_id:2635|Hs108|chr1 (595 aa) initn: 3035 init1: 2950 opt: 2950 Z-score: 1770.5 bits: 337.6 E(32554): 2.7e-92 Smith-Waterman score: 2950; 76.5% identity (92.6% similar) in 578 aa overlap (1-578:1-578) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MAPEINLPGPMSLIDNTKGQLVVNPEALKILSAITQPVVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG :::::.. ::: ::.::.:.::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS71 MAPEIHMTGPMCLIENTNGELVANPEALKILSAITQPVVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 KKNGFSLGSTVKSHTKGIWMWCVPHPKKPEHTLVLLDTEGLGDIEKGDNENDSWIFALAI :..::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::..::::.::::::.::. 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CCDS72 TETEKKKKEAQVKAEAEKAEAQRLAAIQRQNEQMMQERERLHQEQVRQ----MEIAKQNW 490 500 510 520 530 550 560 570 580 590 pF1KE2 MAEQEKTLALKLQEQERLLKEGFENESKRLQKDIWDIQMRSKSLEPICNIL .:::.: ..::: :. :. ... : ... : .. .: : .: CCDS72 LAEQQKMQEQQMQEQAAQLSTTFQAQNRSLLSELQHAQRTVNNDDP-CVLL 540 550 560 570 580 >>CCDS720.1 GBP7 gene_id:388646|Hs108|chr1 (638 aa) initn: 2260 init1: 1180 opt: 2153 Z-score: 1298.1 bits: 250.3 E(32554): 5.6e-66 Smith-Waterman score: 2153; 56.7% identity (81.6% similar) in 575 aa overlap (1-574:1-575) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MAPEINLPGPMSLIDNTKGQLVVNPEALKILSAITQPVVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG :: ::..:::. : .::::.:::: :::.::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS72 MASEIHMPGPVCLTENTKGHLVVNSEALEILSAITQPVVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 KKNGFSLGSTVKSHTKGIWMWCVPHPKKPEHTLVLLDTEGLGDIEKGDNENDSWIFALAI :..:: :: ::::.::::::::::::.::.:::.:::::::::.::.: ..::::::::. CCDS72 KNKGFPLGCTVKSETKGIWMWCVPHPSKPNHTLILLDTEGLGDMEKSDPKSDSWIFALAV 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 LLSSTFVYNSMGTINQQAMDQLHYVTELTDRIKANSSPGNNSVDDSADFVSFFPAFVWTL ::::.::::::::::.::..:::::::::. :.:.: : . :.::..:::::: :.::. CCDS72 LLSSSFVYNSMGTINHQALEQLHYVTELTELIRAKSCPRPDEVEDSSEFVSFFPDFIWTV 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 RDFTLELEVDGEPITADDYLELSLKLRKGTDKKSKSFNDPRLCIRKFFPKRKCFVFDWPA :::::::..::.::: :.::: .::: .: . . .. : :: ::.::::.:::::: : CCDS72 RDFTLELKLDGHPITEDEYLENALKLISGKNPQIQNSNKPREWIRHFFPKQKCFVFDRPI 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 -PKKYLAHLEQLKEEELNPDFIEQVAEFCSYILSHSNVKTLSGGIPVNGPRLESLVLTYV :: : :.:...:..:. .: : .:::::..:...::: :: :.: :: :: ::. CCDS72 NDKKLLLHVEEVREDQLDSNFQMQSENFCSYIFTHAKTKTLREGILVTGNRLGMLVETYL 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 NAISSGDLPCMENAVLALAQIENSAAVEKAIAHYEQQMGQKVQLPTETLQELLDLHRDSE .::.:: ::.:::. .::: ::::::..: :: :::.:.:..::.:::::::.: : CCDS72 DAINSGATPCLENAMAVLAQCENSAAVQRAANHYSQQMAQQVRFPTDTLQELLDVHAVCE 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 410 pF1KE2 REAIEVFMKNSFKDVDQMFQRKLGAQLEARRDDFCKQNSKASSDCCMALLQDIFGPLEED :::: :::. :::: .: ::.:: .: ...:: :: .::. :.: :. . : :. CCDS72 REAIAVFMEYSFKDKSQEFQKKLVDTMEKKKEDFVLQNEEASAKYCQAELKRLSELLTES 370 380 390 400 410 420 420 430 440 450 460 470 pF1KE2 VKQGTFSKPGGYRLFTQKLQELKNKYYQVPRKGIQAKEVLKKYLESKEDVADALLQTDQS ...::: :::. .. . ..... : :::::..: :::...:.:. . ...::.:.. CCDS72 ISRGTFFVPGGHNIYLEAKKKIEQDYTLVPRKGVKADEVLQSFLQSQVVIEESILQSDKA 430 440 450 460 470 480 480 490 500 510 520 530 pF1KE2 LSEKEKAIEVERIKAESAEAAKKMLEEIQKKNEEMMEQKEKSYQEHVKQLTEKMERDRAQ :. :::: ... : :.:: ...:.. ::....::: .:.:.::.. :: .::::.: . CCDS72 LTAGEKAIAAKQAKKEAAEKEQELLRQKQKEQQQMMEAQERSFQENIAQLKKKMEREREN 490 500 510 520 530 540 540 550 560 570 580 590 pF1KE2 LMAEQEKTLALKLQEQERLLKEGFENESKRLQKDIWDIQMRSKSLEPICNIL : : .: :. :.. :.:: :::.. . :...: CCDS72 YMRELRKMLSHKMKVLEELLTEGFKEIFESLNEEINRLKEQIEAAENEEPSVFSQILDVA 550 560 570 580 590 600 CCDS72 GSIFIAALPGAAKLVDLGMKILSSLCNRLRNPGKKIIS 610 620 630 >>CCDS721.1 GBP4 gene_id:115361|Hs108|chr1 (640 aa) initn: 2168 init1: 1080 opt: 2107 Z-score: 1270.8 bits: 245.2 E(32554): 1.8e-64 Smith-Waterman score: 2107; 55.0% identity (82.1% similar) in 575 aa overlap (10-583:25-599) 10 20 30 40 pF1KE2 MAPEINLPGPMSLIDNTKGQLVVNPEALKILSAITQPVVVVAIVG :. :..: . ::.:: .::.::. :.:::::::::: CCDS72 MGERTLHAAVPTPGYPESESIMMAPICLVENQEEQLTVNSKALEILDKISQPVVVVAIVG 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KE2 LYRTGKSYLMNKLAGKKNGFSLGSTVKSHTKGIWMWCVPHPKKPEHTLVLLDTEGLGDIE :::::::::::.::::.::: :::::.:.::::::::::: .::.:::::::::::::.: CCDS72 LYRTGKSYLMNRLAGKRNGFPLGSTVQSETKGIWMWCVPHLSKPNHTLVLLDTEGLGDVE 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 pF1KE2 KGDNENDSWIFALAILLSSTFVYNSMGTINQQAMDQLHYVTELTDRIKANSSPGNNSVDD :.. .:::::::::.::::.:::::..:::.::..::::::::.. :.:.: : . ..: CCDS72 KSNPKNDSWIFALAVLLSSSFVYNSVSTINHQALEQLHYVTELAELIRAKSCPRPDEAED 130 140 150 160 170 180 170 180 190 200 210 220 pF1KE2 SADFVSFFPAFVWTLRDFTLELEVDGEPITADDYLELSLKLRKGTDKKSKSFNDPRLCIR :..:.:::: :.::.:::::::..::.::: :.::: .::: : . : .. : :: ::: CCDS72 SSEFASFFPDFIWTVRDFTLELKLDGNPITEDEYLENALKLIPGKNPKIQNSNMPRECIR 190 200 210 220 230 240 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 KFFPKRKCFVFDWPA-PKKYLAHLEQLKEEELNPDFIEQVAEFCSYILSHSNVKTLSGGI .:: :::::::: :. :.:: :.... ::.:. :. : .:::::..:...::: :: CCDS72 HFFRKRKCFVFDRPTNDKQYLNHMDEVPEENLERHFLMQSDNFCSYIFTHAKTKTLREGI 250 260 270 280 290 300 290 300 310 320 330 340 pF1KE2 PVNGPRLESLVLTYVNAISSGDLPCMENAVLALAQIENSAAVEKAIAHYEQQMGQKVQLP :.: :: .::.:::.::.:: .::.:::: ::::.:: :::..: :: :::.:...:: CCDS72 IVTGKRLGTLVVTYVDAINSGAVPCLENAVTALAQLENPAAVQRAADHYSQQMAQQLRLP 310 320 330 340 350 360 350 360 370 380 390 400 pF1KE2 TETLQELLDLHRDSEREAIEVFMKNSFKDVDQMFQRKLGAQLEARRDDFCKQNSKASSDC :.:::::::.: ::::: :::..:::: .. ::.:: .: .. :: :: .::. 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