FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE2162, 283 aa
  1>>>pF1KE2162 283 - 283 aa - 283 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4272+/-0.00107; mu= 13.1809+/- 0.064
 mean_var=51.1201+/-10.073, 0's: 0 Z-trim(100.6): 33  B-trim: 0 in 0/48
 Lambda= 0.179382
 statistics sampled from 6175 (6186) to 6175 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.559), E-opt: 0.2 (0.19), width:  16
 Scan time:  1.690

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS4168.1 VDAC1 gene_id:7416|Hs108|chr5           ( 283) 1843 485.1 2.4e-137
CCDS7348.1 VDAC2 gene_id:7417|Hs108|chr10          ( 294) 1484 392.2 2.3e-109
CCDS53544.1 VDAC2 gene_id:7417|Hs108|chr10         ( 309) 1484 392.2 2.4e-109
CCDS6131.1 VDAC3 gene_id:7419|Hs108|chr8           ( 283) 1318 349.3 1.9e-96
CCDS47850.1 VDAC3 gene_id:7419|Hs108|chr8          ( 284) 1308 346.7 1.1e-95


>>CCDS4168.1 VDAC1 gene_id:7416|Hs108|chr5                (283 aa)
 initn: 1843 init1: 1843 opt: 1843  Z-score: 2579.3  bits: 485.1 E(32554): 2.4e-137
Smith-Waterman score: 1843; 100.0% identity (100.0% similar) in 283 aa overlap (1-283:1-283)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MAVPPTYADLGKSARDVFTKGYGFGLIKLDLKTKSENGLEFTSSGSANTETTKVTGSLET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MAVPPTYADLGKSARDVFTKGYGFGLIKLDLKTKSENGLEFTSSGSANTETTKVTGSLET
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 KYRWTEYGLTFTEKWNTDNTLGTEITVEDQLARGLKLTFDSSFSPNTGKKNAKIKTGYKR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KYRWTEYGLTFTEKWNTDNTLGTEITVEDQLARGLKLTFDSSFSPNTGKKNAKIKTGYKR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 EHINLGCDMDFDIAGPSIRGALVLGYEGWLAGYQMNFETAKSRVTQSNFAVGYKTDEFQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EHINLGCDMDFDIAGPSIRGALVLGYEGWLAGYQMNFETAKSRVTQSNFAVGYKTDEFQL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 HTNVNDGTEFGGSIYQKVNKKLETAVNLAWTAGNSNTRFGIAAKYQIDPDACFSAKVNNS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 HTNVNDGTEFGGSIYQKVNKKLETAVNLAWTAGNSNTRFGIAAKYQIDPDACFSAKVNNS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280   
pF1KE2 SLIGLGYTQTLKPGIKLTLSALLDGKNVNAGGHKLGLGLEFQA
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SLIGLGYTQTLKPGIKLTLSALLDGKNVNAGGHKLGLGLEFQA
              250       260       270       280   

>>CCDS7348.1 VDAC2 gene_id:7417|Hs108|chr10               (294 aa)
 initn: 1510 init1: 1474 opt: 1484  Z-score: 2076.9  bits: 392.2 E(32554): 2.3e-109
Smith-Waterman score: 1484; 74.6% identity (95.4% similar) in 283 aa overlap (1-283:12-294)

                          10        20        30        40         
pF1KE2            MAVPPTYADLGKSARDVFTKGYGFGLIKLDLKTKSENGLEFTSSGSANT
                  : .::.::::::.:::.:.::.::::.:::.:::: .:.::..:::.::
CCDS73 MATHGQTCARPMCIPPSYADLGKAARDIFNKGFGFGLVKLDVKTKSCSGVEFSTSGSSNT
               10        20        30        40        50        60

      50        60        70        80        90       100         
pF1KE2 ETTKVTGSLETKYRWTEYGLTFTEKWNTDNTLGTEITVEDQLARGLKLTFDSSFSPNTGK
       .: ::::.:::::.: ::::::::::::::::::::..:::. .:::::::..:::::::
CCDS73 DTGKVTGTLETKYKWCEYGLTFTEKWNTDNTLGTEIAIEDQICQGLKLTFDTTFSPNTGK
               70        80        90       100       110       120

     110       120       130       140       150       160         
pF1KE2 KNAKIKTGYKREHINLGCDMDFDIAGPSIRGALVLGYEGWLAGYQMNFETAKSRVTQSNF
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CCDS73 KSGKIKSSYKRECINLGCDVDFDFAGPAIHGSAVFGYEGWLAGYQMTFDSAKSKLTRNNF
              130       140       150       160       170       180

     170       180       190       200       210       220         
pF1KE2 AVGYKTDEFQLHTNVNDGTEFGGSIYQKVNKKLETAVNLAWTAGNSNTRFGIAAKYQIDP
       ::::.: .::::::::::::::::::::: . :.:.::::::.:.. ::::::::::.::
CCDS73 AVGYRTGDFQLHTNVNDGTEFGGSIYQKVCEDLDTSVNLAWTSGTNCTRFGIAAKYQLDP
              190       200       210       220       230       240

     230       240       250       260       270       280   
pF1KE2 DACFSAKVNNSSLIGLGYTQTLKPGIKLTLSALLDGKNVNAGGHKLGLGLEFQA
        : .:::::::::::.::::::.::.:::::::.:::..::::::.::.::..:
CCDS73 TASISAKVNNSSLIGVGYTQTLRPGVKLTLSALVDGKSINAGGHKVGLALELEA
              250       260       270       280       290    

>>CCDS53544.1 VDAC2 gene_id:7417|Hs108|chr10              (309 aa)
 initn: 1510 init1: 1474 opt: 1484  Z-score: 2076.6  bits: 392.2 E(32554): 2.4e-109
Smith-Waterman score: 1484; 74.6% identity (95.4% similar) in 283 aa overlap (1-283:27-309)

                                         10        20        30    
pF1KE2                           MAVPPTYADLGKSARDVFTKGYGFGLIKLDLKTK
                                 : .::.::::::.:::.:.::.::::.:::.:::
CCDS53 MSWCNELRLPALKQHSIGRGLESHITMCIPPSYADLGKAARDIFNKGFGFGLVKLDVKTK
               10        20        30        40        50        60

           40        50        60        70        80        90    
pF1KE2 SENGLEFTSSGSANTETTKVTGSLETKYRWTEYGLTFTEKWNTDNTLGTEITVEDQLARG
       : .:.::..:::.::.: ::::.:::::.: ::::::::::::::::::::..:::. .:
CCDS53 SCSGVEFSTSGSSNTDTGKVTGTLETKYKWCEYGLTFTEKWNTDNTLGTEIAIEDQICQG
               70        80        90       100       110       120

          100       110       120       130       140       150    
pF1KE2 LKLTFDSSFSPNTGKKNAKIKTGYKREHINLGCDMDFDIAGPSIRGALVLGYEGWLAGYQ
       ::::::..::::::::..:::..:::: ::::::.:::.:::.:.:. :.::::::::::
CCDS53 LKLTFDTTFSPNTGKKSGKIKSSYKRECINLGCDVDFDFAGPAIHGSAVFGYEGWLAGYQ
              130       140       150       160       170       180

          160       170       180       190       200       210    
pF1KE2 MNFETAKSRVTQSNFAVGYKTDEFQLHTNVNDGTEFGGSIYQKVNKKLETAVNLAWTAGN
       :.:..:::..:..::::::.: .::::::::::::::::::::: . :.:.::::::.:.
CCDS53 MTFDSAKSKLTRNNFAVGYRTGDFQLHTNVNDGTEFGGSIYQKVCEDLDTSVNLAWTSGT
              190       200       210       220       230       240

          220       230       240       250       260       270    
pF1KE2 SNTRFGIAAKYQIDPDACFSAKVNNSSLIGLGYTQTLKPGIKLTLSALLDGKNVNAGGHK
       . ::::::::::.:: : .:::::::::::.::::::.::.:::::::.:::..::::::
CCDS53 NCTRFGIAAKYQLDPTASISAKVNNSSLIGVGYTQTLRPGVKLTLSALVDGKSINAGGHK
              250       260       270       280       290       300

          280   
pF1KE2 LGLGLEFQA
       .::.::..:
CCDS53 VGLALELEA
                

>>CCDS6131.1 VDAC3 gene_id:7419|Hs108|chr8                (283 aa)
 initn: 1343 init1: 1316 opt: 1318  Z-score: 1845.1  bits: 349.3 E(32554): 1.9e-96
Smith-Waterman score: 1318; 67.5% identity (91.9% similar) in 283 aa overlap (1-283:1-283)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MAVPPTYADLGKSARDVFTKGYGFGLIKLDLKTKSENGLEFTSSGSANTETTKVTGSLET
       :   ::: ::::.:.:::.::::::..:.:::::: .:.::..:: : :.: :..:.:::
CCDS61 MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTKSCSGVEFSTSGHAYTDTGKASGNLET
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 KYRWTEYGLTFTEKWNTDNTLGTEITVEDQLARGLKLTFDSSFSPNTGKKNAKIKTGYKR
       ::.  .::::::.::::::::::::. :..::.:::::.:. : ::::::..:.:..:::
CCDS61 KYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEGLKLTLDTIFVPNTGKKSGKLKASYKR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 EHINLGCDMDFDIAGPSIRGALVLGYEGWLAGYQMNFETAKSRVTQSNFAVGYKTDEFQL
       . ...: ..:.:..::.: :  ::..:::::::::.:.::::...:.:::.:::. .:::
CCDS61 DCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQMSFDTAKSKLSQNNFALGYKAADFQL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 HTNVNDGTEFGGSIYQKVNKKLETAVNLAWTAGNSNTRFGIAAKYQIDPDACFSAKVNNS
       ::.::::::::::::::::.:.::..:::::::..::::::::::..:  . .::::::.
CCDS61 HTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGSNNTRFGIAAKYMLDCRTSLSAKVNNA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280   
pF1KE2 SLIGLGYTQTLKPGIKLTLSALLDGKNVNAGGHKLGLGLEFQA
       :::::::::::.::.:::::::.:::: .:::::.:::.:..:
CCDS61 SLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHKVGLGFELEA
              250       260       270       280   

>>CCDS47850.1 VDAC3 gene_id:7419|Hs108|chr8               (284 aa)
 initn: 1329 init1: 1134 opt: 1308  Z-score: 1831.0  bits: 346.7 E(32554): 1.1e-95
Smith-Waterman score: 1308; 67.3% identity (91.5% similar) in 284 aa overlap (1-283:1-284)

               10        20        30         40        50         
pF1KE2 MAVPPTYADLGKSARDVFTKGYGFGLIKLDLKTKSENG-LEFTSSGSANTETTKVTGSLE
       :   ::: ::::.:.:::.::::::..:.:::::: .: .::..:: : :.: :..:.::
CCDS47 MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTKSCSGVMEFSTSGHAYTDTGKASGNLE
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KE2 TKYRWTEYGLTFTEKWNTDNTLGTEITVEDQLARGLKLTFDSSFSPNTGKKNAKIKTGYK
       :::.  .::::::.::::::::::::. :..::.:::::.:. : ::::::..:.:..::
CCDS47 TKYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEGLKLTLDTIFVPNTGKKSGKLKASYK
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KE2 REHINLGCDMDFDIAGPSIRGALVLGYEGWLAGYQMNFETAKSRVTQSNFAVGYKTDEFQ
       :. ...: ..:.:..::.: :  ::..:::::::::.:.::::...:.:::.:::. .::
CCDS47 RDCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQMSFDTAKSKLSQNNFALGYKAADFQ
              130       140       150       160       170       180

     180       190       200       210       220       230         
pF1KE2 LHTNVNDGTEFGGSIYQKVNKKLETAVNLAWTAGNSNTRFGIAAKYQIDPDACFSAKVNN
       :::.::::::::::::::::.:.::..:::::::..::::::::::..:  . .::::::
CCDS47 LHTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGSNNTRFGIAAKYMLDCRTSLSAKVNN
              190       200       210       220       230       240

     240       250       260       270       280   
pF1KE2 SSLIGLGYTQTLKPGIKLTLSALLDGKNVNAGGHKLGLGLEFQA
       .:::::::::::.::.:::::::.:::: .:::::.:::.:..:
CCDS47 ASLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHKVGLGFELEA
              250       260       270       280    




283 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]