Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2086
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2086, 760 aa
1>>>pF1KE2086 760 - 760 aa - 760 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7544+/-0.00115; mu= 17.9620+/- 0.069
mean_var=74.9709+/-14.801, 0's: 0 Z-trim(102.5): 18 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.148125
statistics sampled from 6963 (6975) to 6963 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.562), E-opt: 0.2 (0.214), width: 16
Scan time: 3.920
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS33049.1 ERCC2 gene_id:2068|Hs108|chr19 ( 760) 4988 1076.1 0
CCDS46112.1 ERCC2 gene_id:2068|Hs108|chr19 ( 405) 2556 556.3 3.5e-158
CCDS11631.1 BRIP1 gene_id:83990|Hs108|chr17 (1249) 594 137.2 1.5e-31
CCDS13530.3 RTEL1 gene_id:51750|Hs108|chr20 (1243) 532 124.0 1.5e-27
CCDS13531.1 RTEL1 gene_id:51750|Hs108|chr20 (1219) 517 120.8 1.3e-26
CCDS63331.1 RTEL1 gene_id:51750|Hs108|chr20 (1300) 517 120.8 1.4e-26
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CCDS41767.1 DDX11 gene_id:1663|Hs108|chr12 ( 906) 409 97.6 9.1e-20
CCDS74751.1 RTEL1 gene_id:51750|Hs108|chr20 ( 996) 377 90.8 1.1e-17
CCDS44856.1 DDX11 gene_id:1663|Hs108|chr12 ( 970) 309 76.3 2.6e-13
CCDS8721.1 DDX11 gene_id:1663|Hs108|chr12 ( 856) 280 70.1 1.7e-11
>>CCDS33049.1 ERCC2 gene_id:2068|Hs108|chr19 (760 aa)
initn: 4988 init1: 4988 opt: 4988 Z-score: 5757.9 bits: 1076.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4988; 99.7% identity (100.0% similar) in 760 aa overlap (1-760:1-760)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MKLNVDGLLVYFPYDYIYPEQFSYMRELKRTLDAKGHGVLEMPSGTGKTVSLLALIMAYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MKLNVDGLLVYFPYDYIYPEQFSYMRELKRTLDAKGHGVLEMPSGTGKTVSLLALIMAYQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 RAYPLEVTKLIYCSRTVPEIEKVIEELRKLLNFYEKQEGEKLPFLGLALSSRKNLCIHPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RAYPLEVTKLIYCSRTVPEIEKVIEELRKLLNFYEKQEGEKLPFLGLALSSRKNLCIHPE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 VTPLRFGKDVDGKCHSLTASYVRAQYQHDTSLPHCRFYEEFDAHGREVPLPAGIYNLDDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 VTPLRFGKDVDGKCHSLTASYVRAQYQHDTSLPHCRFYEEFDAHGREVPLPAGIYNLDDL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 KALGRRQGWCPYFLARYSILHANVVVYSYHYLLDPKIADLVSKELARKAVVVFDEAHNID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 KALGRRQGWCPYFLARYSILHANVVVYSYHYLLDPKIADLVSKELARKAVVVFDEAHNID
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 NVCIDSMSVNLTRRTLDRCQGNLETLQKTVLRIKETDEQRLRDEYRRLVEGLREASAARE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 NVCIDSMSVNLTRRTLDRCQGNLETLQKTVLRIKETDEQRLRDEYRRLVEGLREASAARE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 TDAHLANPVLPNEVLQEAVPGSIRTAEHFLGFLRRLLEYVKWRLRVQHVVQESPPAFLSG
:::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TDAHLANPVLPDEVLQEAVPGSIRTAEHFLGFLRRLLEYVKWRLRVQHVVQESPPAFLSG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 LAQRVCIQRKPLRFCAERLRSLLHTLEITDLADFSPLTLLANFATLVSTYAKGFTIIIEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LAQRVCIQRKPLRFCAERLRSLLHTLEITDLADFSPLTLLANFATLVSTYAKGFTIIIEP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 FDDRTPTIANPILHFSCMDASLAIKPVFERFQSVIITSGTLSPLDIYPKILDFHPVTMAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 FDDRTPTIANPILHFSCMDASLAIKPVFERFQSVIITSGTLSPLDIYPKILDFHPVTMAT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 FTMTLARVCLCPMIIGRGNDQVAISSKFETREDIAVIRNYGNLLLEMSAVVPDGIVAFFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 FTMTLARVCLCPMIIGRGNDQVAISSKFETREDIAVIRNYGNLLLEMSAVVPDGIVAFFT
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 SYQYMESTVASWYEQGILENIQRNKLLFIETQDGAETSVALEKYQEACENGRGAILLSVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SYQYMESTVASWYEQGILENIQRNKLLFIETQDGAETSVALEKYQEACENGRGAILLSVA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 RGKVSEGIDFVHHYGRAVIMFGVPYVYTQSRILKARLEYLRDQFQIRENDFLTFDAMRHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RGKVSEGIDFVHHYGRAVIMFGVPYVYTQSRILKARLEYLRDQFQIRENDFLTFDAMRHA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 AQCVGRAIRGKTDYGLMVFADKRFARGDKRGKLPRWIQEHLTDANLNLTVDEGVQVAKYF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 AQCVGRAIRGKTDYGLMVFADKRFARGDKRGKLPRWIQEHLTDANLNLTVDEGVQVAKYF
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760
pF1KE2 LRQMAQPFHREDQLGLSLLSLEQLESEETLQRIEQIAQQL
::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::
CCDS33 LRQMAQPFHREDQLGLSLLSLEQLESEETLKRIEQIAQQL
730 740 750 760
>>CCDS46112.1 ERCC2 gene_id:2068|Hs108|chr19 (405 aa)
initn: 2556 init1: 2556 opt: 2556 Z-score: 2953.4 bits: 556.3 E(32554): 3.5e-158
Smith-Waterman score: 2556; 99.7% identity (100.0% similar) in 389 aa overlap (25-413:1-389)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MKLNVDGLLVYFPYDYIYPEQFSYMRELKRTLDAKGHGVLEMPSGTGKTVSLLALIMAYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MRELKRTLDAKGHGVLEMPSGTGKTVSLLALIMAYQ
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 RAYPLEVTKLIYCSRTVPEIEKVIEELRKLLNFYEKQEGEKLPFLGLALSSRKNLCIHPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 RAYPLEVTKLIYCSRTVPEIEKVIEELRKLLNFYEKQEGEKLPFLGLALSSRKNLCIHPE
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 VTPLRFGKDVDGKCHSLTASYVRAQYQHDTSLPHCRFYEEFDAHGREVPLPAGIYNLDDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 VTPLRFGKDVDGKCHSLTASYVRAQYQHDTSLPHCRFYEEFDAHGREVPLPAGIYNLDDL
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 KALGRRQGWCPYFLARYSILHANVVVYSYHYLLDPKIADLVSKELARKAVVVFDEAHNID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 KALGRRQGWCPYFLARYSILHANVVVYSYHYLLDPKIADLVSKELARKAVVVFDEAHNID
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 NVCIDSMSVNLTRRTLDRCQGNLETLQKTVLRIKETDEQRLRDEYRRLVEGLREASAARE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 NVCIDSMSVNLTRRTLDRCQGNLETLQKTVLRIKETDEQRLRDEYRRLVEGLREASAARE
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 TDAHLANPVLPNEVLQEAVPGSIRTAEHFLGFLRRLLEYVKWRLRVQHVVQESPPAFLSG
:::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 TDAHLANPVLPDEVLQEAVPGSIRTAEHFLGFLRRLLEYVKWRLRVQHVVQESPPAFLSG
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 LAQRVCIQRKPLRFCAERLRSLLHTLEITDLADFSPLTLLANFATLVSTYAKGFTIIIEP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 LAQRVCIQRKPLRFCAERLRSLLHTLEITDLADFSPLTLLANFATLVSTYAKGQAQHCGS
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 FDDRTPTIANPILHFSCMDASLAIKPVFERFQSVIITSGTLSPLDIYPKILDFHPVTMAT
CCDS46 SRNQKRSHP
400
>>CCDS11631.1 BRIP1 gene_id:83990|Hs108|chr17 (1249 aa)
initn: 544 init1: 133 opt: 594 Z-score: 679.9 bits: 137.2 E(32554): 1.5e-31
Smith-Waterman score: 638; 26.5% identity (54.2% similar) in 672 aa overlap (66-701:242-868)
40 50 60 70 80 90
pF1KE2 GHGVLEMPSGTGKTVSLLALIMAYQRAYPLEVTKLIYCSRTVPEIEKVIEELRKLLNFYE
.. :. . .:: .: .. .:::.
CCDS11 GHCSRCCCSTKQGNSQESSNTIKKDHTGKSKIPKIYFGTRTHKQIAQITRELRR-----T
220 230 240 250 260
100 110 120 130 140 150
pF1KE2 KQEGEKLPFLGLALSSRKNLCIHPEVTPLRFGKDVDGKCHSLTASYVRAQYQHDTSLPHC
: .:. :::: . :.::::. :... :: : . .. : :
CCDS11 AYSG--VPM--TILSSRDHTCVHPEVVG-NFNRNE--KCMELLDG------KNGKS---C
270 280 290 300 310
160 170 180 190 200 210
pF1KE2 RFYEEFDAHGREVPLPA--GI---YNLDDLKALGRRQGWCPYFLARYSILHANVVVYSYH
::. . . : . :. .....: .::.. :::. :: : :... :.
CCDS11 YFYHGVHKISDQHTLQTFQGMCKAWDIEELVSLGKKLKACPYYTARELIQDADIIFCPYN
320 330 340 350 360 370
220 230 240 250 260 270
pF1KE2 YLLDPKIADLVSKELARKAVVVFDEAHNIDNVCIDSMSVNLTRRTLDRCQGNLETLQKTV
:::: .: . .. .: .. ::..::::::.. .: : ..:. : . .:... ..
CCDS11 YLLDAQIRESMDLNL-KEQVVILDEAHNIEDCARESASYSVTEVQLRFARDELDSMVNNN
380 390 400 410 420
280 290 300 310 320
pF1KE2 LRIKETDEQRLRDEYRRLVEGLREASAAR--ETDAHLANPVLP-NEVLQEAVPGSIRTAE
.: : :.. :: :.. : ::.: : : . : . ::.: .: ::
CCDS11 IRKK--DHEPLRAVCCSLINWL-EANAEYLVERDYESACKIWSGNEMLLTLHKMGITTAT
430 440 450 460 470 480
330 340 350 360 370
pF1KE2 ------HFLGFLRRLLE----YVKWRLRVQHVVQESPPAFLSGLAQRV-CIQRKPLRFCA
:: . :.. . : : . : :.. : .:.:: . . . :. ::
CCDS11 FPILQGHFSAVLQKEEKISPIYGKEEAREVPVISASTQIMLKGLFMVLDYLFRQNSRFAD
490 500 510 520 530 540
380 390 400 410 420 430
pF1KE2 ERLRSLLHTLEITDLADFSPLTLLANFATLVSTYAKGFTIIIEPFDDRTPTIANPILHFS
. .. .: :. :.: .:. .. . : .:.:
CCDS11 DYKIAIQQTYSWTNQIDISD--------------KNGLLVLPKNKKRSRQKTAVHVLNFW
550 560 570 580 590
440 450 460 470 480 490
pF1KE2 CMDASLAIKPVFERFQSVIITSGTLSPLDIYPKILDFHPVTMATFTMTLA--RVCLCPMI
:.. ..:.. . . :....:::::::. . . : .:::. : .. ..
CCDS11 CLNPAVAFSDINGKVQTIVLTSGTLSPMKSFSSELG------VTFTIQLEANHIIKNSQV
600 610 620 630 640
500 510 520 530 540 550
pF1KE2 ----IGRGNDQVAISSKFETREDIAVIRNYGNLLLEMSAVVPDGIVAFFTSYQYMESTVA
:: : . . :.. : . . : ::: . .: .::. :. ::. .:.
CCDS11 WVGTIGSGPKGRNLCATFQNTETFEFQDEVGALLLSVCQTVSQGILCFLPSYKLLEKLKE
650 660 670 680 690 700
560 570 580 590 600
pF1KE2 SWYEQGILENIQRNKLLFIETQDGAETSVA--LEKYQEACE-NGR--GAILLSVARGKVS
: :. .:.. : ...: : : .:. :. : .: . .:. ::.:..: :::::
CCDS11 RWLSTGLWHNLELVKTVIVEPQGGEKTNFDELLQVYYDAIKYKGEKDGALLVAVCRGKVS
710 720 730 740 750 760
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 EGIDFVHHYGRAVIMFGVPYVYTQSRILKARLEYLRDQFQIRE----NDFLTFDAMRHAA
::.:: .:::: .:.:. ... .. . .: . ..: .. ..:.:
CCDS11 EGLDFSDDNARAVITIGIPFPNVKDLQVELKRQYNDHHSKLRGLLPGRQWYEIQAYRALN
770 780 790 800 810 820
670 680 690 700 710
pF1KE2 QCVGRAIRGKTDYGLMVFADKRFARGDKR--GKLPRWIQEHLTDANLNLTVDEGVQVAKY
: .:: :: ..:.: ....: :: . .: . : .:.....
CCDS11 QALGRCIRHRNDWGALILVDDRFRNNPSRYISGLSKWVRQQIQHHSTFESALESLAEFSK
830 840 850 860 870 880
720 730 740 750 760
pF1KE2 FLRQMAQPFHREDQLGLSLLSLEQLESEETLQRIEQIAQQL
CCDS11 KHQKVLNVSIKDRTNIQDNESTLEVTSLKYSTSPYLLEAASHLSPENFVEDEAKICVQEL
890 900 910 920 930 940
>>CCDS13530.3 RTEL1 gene_id:51750|Hs108|chr20 (1243 aa)
initn: 790 init1: 154 opt: 532 Z-score: 608.3 bits: 124.0 E(32554): 1.5e-27
Smith-Waterman score: 688; 25.4% identity (52.7% similar) in 792 aa overlap (18-730:18-786)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MKLNVDGLLVYFPYDYIYPEQFSYMRELKRTLDAKGHGVLEMPSGTGKTVSLLALIMAY-
: : :: .. . :. : .:.:: :.:::::. :: .:.
CCDS13 MPKIVLNGVTVDFPFQPYKCQQEYMTKVLECLQQKVNGILESPTGTGKTLCLLCTTLAWR
10 20 30 40 50 60
60 70 80
pF1KE2 -------------QRA----YP---------------------LEVTKLIYCSRTVPEIE
.:: .: .. :.:: ::: ..
CCDS13 EHLRDGISARKIAERAQGELFPDRALSSWGNAAAAAGDPIACYTDIPKIIYASRTHSQLT
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120
pF1KE2 KVIEELRKLLNFYEKQEGEKLPFLGLA----------------LSSRKNLCIHPEVTPLR
.::.:::. . :... : : : :.::..::::::: .
CCDS13 QVINELRN--TSYRSRCRATLWVLETAPPRPTVLSPTRPKVCVLGSREQLCIHPEVKKQE
130 140 150 160 170
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 FGKDVDGKCHSLTASYVRAQYQHDTSLPHCRFYEEFDAHGREVPLPAGIYNLDDLKALGR
.. :.. .:: :. :.::.. . .. : : . : ...:: :
CCDS13 SNHLQIHLCRKKVAS--RS----------CHFYNNVEEKSLEQELASPILDIEDLVKSGS
180 190 200 210 220
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 RQGWCPYFLARYSILHANVVVYSYHYLLDPKIADLVSKELARKAVVVFDEAHNIDNVCID
.. :::.:.: .:... . :.:::: : . .: . .::.::::::....: .
CCDS13 KHRVCPYYLSRNLKQQADIIFMPYNYLLDAKSRRAHNIDL-KGTVVIFDEAHNVEKMCEE
230 240 250 260 270 280
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 SMSVNLTRRTLDRCQGNLETLQKTVLRIKETDEQRLRDEYRRLVEGLREASAARETDAHL
: : .:: . : .. . . . . : . . :: . : :.:
CCDS13 SASFDLTPHDLASGLDVIDQVLEEQTKAAQQGEPHPEFSADSPSPGL---NMELEDIAKL
290 300 310 320 330 340
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 ANPVLPNEVLQEAV--PGSIRTAEHFLGFLRRLLEYVKWRLRVQHVVQESPPAFLSGLAQ
.: : .:: ::. . . ... .:. .. .... . .: ... ::
CCDS13 KMILLRLEGAIDAVELPGDDSGVTKPGSYIFELFAEAQITFQTKGCILDSLDQIIQHLAG
350 360 370 380 390 400
370 380 390 400 410
pF1KE2 RVCIQRKPLRFCAERLRSLLHTLEITDLADFSP-----LTLLANFATLVSTYAKGFTIII
:. . . . ..: .... . .: .. :: : : .. . . : :
CCDS13 RAGVFTNTAGL--QKLADIIQIVFSVDPSEGSPGSPAGLGALQSYKVHIHPDA-GHRRTA
410 420 430 440 450
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 EPFDDRTPTIA---NPILHFSCMDASLAIKPVFER-FQSVIITSGTLSPLDIYPKILDF-
. : . : : . .: . :.. . ... . .. .:.:.:::::.:.. . ...
CCDS13 QRSDAWSTTAARKRGKVLSYWCFSPGHSMHELVRQGVRSLILTSGTLAPVSSFALEMQIP
460 470 480 490 500 510
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 HPVTMATFTMTLARVCLCPMIIGRGNDQVAISSKFETREDIAVIRNYGNLLLEMSAVVPD
:: . . . . . .. :: : . .:: :. : . . . :. : ... :::
CCDS13 FPVCLEN-PHIIDKHQIWVGVVPRGPDGAQLSSAFDRRFSEECLSSLGKALGNIARVVPY
520 530 540 550 560 570
540 550 560 570 580 590
pF1KE2 GIVAFFTSYQYMESTVASWYEQGILENIQRNKLLFIETQDGAETSVALEKYQE--ACENG
:.. :: :: ::... : . . .... : ::.: .. . : .. : : ..
CCDS13 GLLIFFPSYPVMEKSLEFWRARDLARKMEALKPLFVEPRSKGSFSETISAYYARVAAPGS
580 590 600 610 620 630
600 610 620 630 640
pF1KE2 RGAILLSVARGKVSEGIDFVHHYGRAVIMFGVPYVYTQSRILKARLEYLRD---------
:: .:.: :::.:::.:: ::.::. :.:: .. . ....: .
CCDS13 TGATFLAVCRGKASEGLDFSDTNGRGVIVTGLPYPPRMDPRVVLKMQFLDEMKGQGGAGG
640 650 660 670 680 690
650 660 670 680 690 700
pF1KE2 QFQIRENDFLTFDAMRHAAQCVGRAIRGKTDYGLMVFADKRFARGDKRGKLPRWIQEHL-
:: . ... .: : . : .::.:: . ::: . . :.::: .: :..:: :.. :.
CCDS13 QF-LSGQEWYRQQASRAVNQAIGRVIRHRQDYGAVFLCDHRFAFADARAQLPSWVRPHVR
700 710 720 730 740 750
710 720 730 740 750 760
pF1KE2 TDANLNLTVDEGVQVAKYFLRQMAQPFHREDQLGLSLLSLEQLESEETLQRIEQIAQQL
. :.. .. . .: . : : : :
CCDS13 VYDNFGHVIRDVAQFFRVAERTMPAPAPRATAPSVRGEDAVSEAKSPGPFFSTRKAKSLD
760 770 780 790 800 810
>>CCDS13531.1 RTEL1 gene_id:51750|Hs108|chr20 (1219 aa)
initn: 790 init1: 154 opt: 517 Z-score: 591.1 bits: 120.8 E(32554): 1.3e-26
Smith-Waterman score: 729; 25.9% identity (53.7% similar) in 792 aa overlap (2-730:3-762)
10 20 30 40 50
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... :: :. . . . ..: .... . .: .. :: : : .. . . :
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... :: . . . . . .. :: : . .:: :. : . . . :. : .
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]