FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2075, 739 aa
1>>>pF1KE2075 739 - 739 aa - 739 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3175+/-0.00154; mu= 10.4148+/- 0.091
mean_var=160.1628+/-32.865, 0's: 0 Z-trim(102.3): 159 B-trim: 3 in 1/48
Lambda= 0.101343
statistics sampled from 6728 (6906) to 6728 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.556), E-opt: 0.2 (0.212), width: 16
Scan time: 3.780
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS773.1 VCAM1 gene_id:7412|Hs108|chr1 ( 739) 4801 715.5 7.4e-206
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CCDS774.1 VCAM1 gene_id:7412|Hs108|chr1 ( 647) 2309 351.1 3.2e-96
CCDS30956.1 HMCN1 gene_id:83872|Hs108|chr1 (5635) 401 72.9 1.5e-11
>>CCDS773.1 VCAM1 gene_id:7412|Hs108|chr1 (739 aa)
initn: 4801 init1: 4801 opt: 4801 Z-score: 3809.3 bits: 715.5 E(32554): 7.4e-206
Smith-Waterman score: 4801; 100.0% identity (100.0% similar) in 739 aa overlap (1-739:1-739)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 TQIDSPLNGKVTNEGTTSTLTMNPVSFGNEHSYLCTATCESRKLEKGIQVEIYSFPKDPE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 IHLSGPLEAGKPITVKCSVADVYPFDRLEIDLLKGDHLMKSQEFLEDADRKSLETKSLEV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 TFTPVIEDIGKVLVCRAKLHIDEMDSVPTVRQAVKELQVYISPKNTVISVNPSTKLQEGG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 SVTMTCSSEGLPAPEIFWSKKLDNGNLQHLSGNATLTLIAMRMEDSGIYVCEGVNLIGKN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 RKEVELIVQEKPFTVEISPGPRIAAQIGDSVMLTCSVMGCESPSFSWRTQIDSPLSGKVR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 SEGTNSTLTLSPVSFENEHSYLCTVTCGHKKLEKGIQVELYSFPRDPEIEMSGGLVNGSS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 VTVSCKVPSVYPLDRLEIELLKGETILENIEFLEDTDMKSLENKSLEMTFIPTIEDTGKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 VTVSCKVPSVYPLDRLEIELLKGETILENIEFLEDTDMKSLENKSLEMTFIPTIEDTGKA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 LVCQAKLHIDDMEFEPKQRQSTQTLYVNVAPRDTTVLVSPSSILEEGSSVNMTCLSQGFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 LVCQAKLHIDDMEFEPKQRQSTQTLYVNVAPRDTTVLVSPSSILEEGSSVNMTCLSQGFP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 APKILWSRQLPNGELQPLSENATLTLISTKMEDSGVYLCEGINQAGRSRKEVELIIQVTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 APKILWSRQLPNGELQPLSENATLTLISTKMEDSGVYLCEGINQAGRSRKEVELIIQVTP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 KDIKLTAFPSESVKEGDTVIISCTCGNVPETWIILKKKAETGDTVLKSIDGAYTIRKAQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 KDIKLTAFPSESVKEGDTVIISCTCGNVPETWIILKKKAETGDTVLKSIDGAYTIRKAQL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 KDAGVYECESKNKVGSQLRSLTLDVQGRENNKDYFSPELLVLYFASSLIIPAIGMIIYFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 KDAGVYECESKNKVGSQLRSLTLDVQGRENNKDYFSPELLVLYFASSLIIPAIGMIIYFA
670 680 690 700 710 720
730
pF1KE2 RKANMKGSYSLVEAQKSKV
:::::::::::::::::::
CCDS77 RKANMKGSYSLVEAQKSKV
730
>>CCDS55617.1 VCAM1 gene_id:7412|Hs108|chr1 (677 aa)
initn: 4366 init1: 4055 opt: 4062 Z-score: 3225.8 bits: 607.4 E(32554): 2.3e-173
Smith-Waterman score: 4246; 91.6% identity (91.6% similar) in 739 aa overlap (1-739:1-677)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MPGKMVVILGASNILWIMFAASQAFKIETTPESRYLAQIGDSVSLTCSTTGCESPFFSWR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MPGKMVVILGASNILWIMFAASQAFKIETTPESRYLAQIGDSVSLTCSTTG---------
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 TQIDSPLNGKVTNEGTTSTLTMNPVSFGNEHSYLCTATCESRKLEKGIQVEIYSFPKDPE
:::::::
CCDS55 -----------------------------------------------------SFPKDPE
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 IHLSGPLEAGKPITVKCSVADVYPFDRLEIDLLKGDHLMKSQEFLEDADRKSLETKSLEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 IHLSGPLEAGKPITVKCSVADVYPFDRLEIDLLKGDHLMKSQEFLEDADRKSLETKSLEV
60 70 80 90 100 110
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 TFTPVIEDIGKVLVCRAKLHIDEMDSVPTVRQAVKELQVYISPKNTVISVNPSTKLQEGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TFTPVIEDIGKVLVCRAKLHIDEMDSVPTVRQAVKELQVYISPKNTVISVNPSTKLQEGG
120 130 140 150 160 170
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 SVTMTCSSEGLPAPEIFWSKKLDNGNLQHLSGNATLTLIAMRMEDSGIYVCEGVNLIGKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 SVTMTCSSEGLPAPEIFWSKKLDNGNLQHLSGNATLTLIAMRMEDSGIYVCEGVNLIGKN
180 190 200 210 220 230
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 RKEVELIVQEKPFTVEISPGPRIAAQIGDSVMLTCSVMGCESPSFSWRTQIDSPLSGKVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RKEVELIVQEKPFTVEISPGPRIAAQIGDSVMLTCSVMGCESPSFSWRTQIDSPLSGKVR
240 250 260 270 280 290
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 SEGTNSTLTLSPVSFENEHSYLCTVTCGHKKLEKGIQVELYSFPRDPEIEMSGGLVNGSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 SEGTNSTLTLSPVSFENEHSYLCTVTCGHKKLEKGIQVELYSFPRDPEIEMSGGLVNGSS
300 310 320 330 340 350
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 VTVSCKVPSVYPLDRLEIELLKGETILENIEFLEDTDMKSLENKSLEMTFIPTIEDTGKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VTVSCKVPSVYPLDRLEIELLKGETILENIEFLEDTDMKSLENKSLEMTFIPTIEDTGKA
360 370 380 390 400 410
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 LVCQAKLHIDDMEFEPKQRQSTQTLYVNVAPRDTTVLVSPSSILEEGSSVNMTCLSQGFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LVCQAKLHIDDMEFEPKQRQSTQTLYVNVAPRDTTVLVSPSSILEEGSSVNMTCLSQGFP
420 430 440 450 460 470
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 APKILWSRQLPNGELQPLSENATLTLISTKMEDSGVYLCEGINQAGRSRKEVELIIQVTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 APKILWSRQLPNGELQPLSENATLTLISTKMEDSGVYLCEGINQAGRSRKEVELIIQVTP
480 490 500 510 520 530
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 KDIKLTAFPSESVKEGDTVIISCTCGNVPETWIILKKKAETGDTVLKSIDGAYTIRKAQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KDIKLTAFPSESVKEGDTVIISCTCGNVPETWIILKKKAETGDTVLKSIDGAYTIRKAQL
540 550 560 570 580 590
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 KDAGVYECESKNKVGSQLRSLTLDVQGRENNKDYFSPELLVLYFASSLIIPAIGMIIYFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KDAGVYECESKNKVGSQLRSLTLDVQGRENNKDYFSPELLVLYFASSLIIPAIGMIIYFA
600 610 620 630 640 650
730
pF1KE2 RKANMKGSYSLVEAQKSKV
:::::::::::::::::::
CCDS55 RKANMKGSYSLVEAQKSKV
660 670
>>CCDS774.1 VCAM1 gene_id:7412|Hs108|chr1 (647 aa)
initn: 2925 init1: 2199 opt: 2309 Z-score: 1840.9 bits: 351.1 E(32554): 3.2e-96
Smith-Waterman score: 3986; 87.4% identity (87.6% similar) in 739 aa overlap (1-739:1-647)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MPGKMVVILGASNILWIMFAASQAFKIETTPESRYLAQIGDSVSLTCSTTGCESPFFSWR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 MPGKMVVILGASNILWIMFAASQAFKIETTPESRYLAQIGDSVSLTCSTTGCESPFFSWR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 TQIDSPLNGKVTNEGTTSTLTMNPVSFGNEHSYLCTATCESRKLEKGIQVEIYSFPKDPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 TQIDSPLNGKVTNEGTTSTLTMNPVSFGNEHSYLCTATCESRKLEKGIQVEIYSFPKDPE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 IHLSGPLEAGKPITVKCSVADVYPFDRLEIDLLKGDHLMKSQEFLEDADRKSLETKSLEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 IHLSGPLEAGKPITVKCSVADVYPFDRLEIDLLKGDHLMKSQEFLEDADRKSLETKSLEV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 TFTPVIEDIGKVLVCRAKLHIDEMDSVPTVRQAVKELQVYISPKNTVISVNPSTKLQEGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 TFTPVIEDIGKVLVCRAKLHIDEMDSVPTVRQAVKELQVYISPKNTVISVNPSTKLQEGG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 SVTMTCSSEGLPAPEIFWSKKLDNGNLQHLSGNATLTLIAMRMEDSGIYVCEGVNLIGKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 SVTMTCSSEGLPAPEIFWSKKLDNGNLQHLSGNATLTLIAMRMEDSGIYVCEGVNLIGKN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 RKEVELIVQEKPFTVEISPGPRIAAQIGDSVMLTCSVMGCESPSFSWRTQIDSPLSGKVR
:::::::::
CCDS77 RKEVELIVQ---------------------------------------------------
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 SEGTNSTLTLSPVSFENEHSYLCTVTCGHKKLEKGIQVELYSFPRDPEIEMSGGLVNGSS
.::::::::::::::::::
CCDS77 -----------------------------------------AFPRDPEIEMSGGLVNGSS
310 320
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 VTVSCKVPSVYPLDRLEIELLKGETILENIEFLEDTDMKSLENKSLEMTFIPTIEDTGKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 VTVSCKVPSVYPLDRLEIELLKGETILENIEFLEDTDMKSLENKSLEMTFIPTIEDTGKA
330 340 350 360 370 380
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 LVCQAKLHIDDMEFEPKQRQSTQTLYVNVAPRDTTVLVSPSSILEEGSSVNMTCLSQGFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 LVCQAKLHIDDMEFEPKQRQSTQTLYVNVAPRDTTVLVSPSSILEEGSSVNMTCLSQGFP
390 400 410 420 430 440
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 APKILWSRQLPNGELQPLSENATLTLISTKMEDSGVYLCEGINQAGRSRKEVELIIQVTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 APKILWSRQLPNGELQPLSENATLTLISTKMEDSGVYLCEGINQAGRSRKEVELIIQVTP
450 460 470 480 490 500
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 KDIKLTAFPSESVKEGDTVIISCTCGNVPETWIILKKKAETGDTVLKSIDGAYTIRKAQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 KDIKLTAFPSESVKEGDTVIISCTCGNVPETWIILKKKAETGDTVLKSIDGAYTIRKAQL
510 520 530 540 550 560
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 KDAGVYECESKNKVGSQLRSLTLDVQGRENNKDYFSPELLVLYFASSLIIPAIGMIIYFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 KDAGVYECESKNKVGSQLRSLTLDVQGRENNKDYFSPELLVLYFASSLIIPAIGMIIYFA
570 580 590 600 610 620
730
pF1KE2 RKANMKGSYSLVEAQKSKV
:::::::::::::::::::
CCDS77 RKANMKGSYSLVEAQKSKV
630 640
>>CCDS30956.1 HMCN1 gene_id:83872|Hs108|chr1 (5635 aa)
initn: 370 init1: 126 opt: 401 Z-score: 320.8 bits: 72.9 E(32554): 1.5e-11
Smith-Waterman score: 494; 24.5% identity (51.3% similar) in 731 aa overlap (5-697:592-1270)
10 20 30
pF1KE2 MPGKMVVILGASNILWIMFAASQAFKIETTPESR
:: :.:. ....... :. . :...
CCDS30 LAEPARIRTLANLSLELKSVKFNDAGEYHCMVSSEGGSSAASVFLTVQEPPKVTVMPKNQ
570 580 590 600 610 620
40 50 60 70 80 90
pF1KE2 YLAQIGDSVSLTCSTTGCESPFFSWRTQIDSPLNG----KVTNEGTTSTLTMNPVSFGNE
.. :. ::. ::.:: .: ..: : : . : ..:..:: . : . :
CCDS30 SFTG-GSEVSIMCSATGYPKPKIAW-TVNDMFIVGSHRYRMTSDGTLFIKNAAPKDAGI-
630 640 650 660 670
100 110 120 130 140 150
pF1KE2 HSYLCTATCESRKLEKGIQVEIYSFPKDPEIHLSGPLEAGKPITVKCSVADVYPFDRLEI
: : :. . ... .. :: .. . : ...:... . : ..
CCDS30 --YGCLASNSAGTDKQNSTLRYIEAPKLMVVQSELLVALGDITVMECKTSGIPPP---QV
680 690 700 710 720 730
160 170 180 190 200 210
pF1KE2 DLLKGDHLMKSQEFLEDADRKSLETKSLEVTFTPVIEDIGKVLVCRAKLHIDEMDSVPTV
.::: .. . :: .: :.. : . : : .: : :.:
CCDS30 KWFKGDLELRPSTFLIIDPLLGL----LKIQETQDL-DAGDY-TCVA---INEAG-----
740 750 760 770
220 230 240 250 260
pF1KE2 RQAVKELQVYISPKNTVISVNPSTKLQEGGSVTMTCSSEGLPAPEIFWSKKLDN------
.:. .. . .. . :. ..... :..::. : .: : : : : ..:::
CCDS30 -RATGKITLDVGSPPVFIQEPADVSMEIGSNVTLPCYVQGYPEPTIKW-RRLDNMPIFSR
780 790 800 810 820 830
270 280 290 300 310
pF1KE2 ----GNLQHLSGNATLTLIAMRMEDSGIYVCEGVNLIGKNRKEVELIVQE--KPFTVEIS
.....: .: : .. . :.: :.::. : .:: ..:. . : :. :.
CCDS30 PFSVSSISQLRTGA-LFILNLWASDKGTYICEAENQFGKIQSETTVTVTGLVAPL---IG
840 850 860 870 880 890
320 330 340 350 360 370
pF1KE2 PGPRIAAQI-GDSVMLTCSVM-GCESPSFSWRTQ----IDSPLSGKVRSEGTNSTLTLSP
.: .: : :... : :... : : : . ...: :::.:. : .
CCDS30 ISPSVANVIEGQQLTLPCTLLAGNPIPERRWIKNSAMLLQNPYI-TVRSDGS---LHIER
900 910 920 930 940
380 390 400 410 420 430
pF1KE2 VSFENEHSYLCTVTCGHKKLEKGIQVELYSFPRDPEIEMSGGLVNGSSVTVSCKVPSVYP
:.... : :... .: .: .. .: . .. . ..: ::. ::. : :
CCDS30 VQLQDGGEYTCVASNVAGTNNKTTSVVVHVLPTIQHGQQILSTIEGIPVTLPCKA-SGNP
950 960 970 980 990 1000
440 450 460 470 480 490
pF1KE2 LDRLEIELLKGETI-LENIEFLEDTDMKSLENKSLEMTFIPTIEDTGKALVCQAKLHIDD
. : ::: : . .: .: :: : : :..:. :: : .
CCDS30 KPSV-IWSKKGELISTSSAKFSAGAD-GSLYVVS------PGGEESGE-YVCTAT---NT
1010 1020 1030 1040 1050
500 510 520 530 540
pF1KE2 MEFEPKQRQSTQTLYVNVAPR---DTTVLVSPSSI---LEEGSSVNMTCLSQGFPAPKIL
. .. : : : : :: : : . . . . : :.. : ...: : :
CCDS30 AGYAKRKVQ----LTVYVRPRVFGDQRGLSQDKPVEISVLAGEEVTLPCEVKSLPPPIIT
1060 1070 1080 1090 1100 1110
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 WSR--QL--PNGELQPLSENATLTLISTKMEDSGVYLCEGINQAGRSRKEVELIIQVTPK
:.. :: : . . . .... . :. :::.::: . : :: . :.: ..: ::
CCDS30 WAKETQLISPFSPRHTFLPSGSMKITETRTSDSGMYLCVATNIAGNVTQAVKLNVHVPPK
1120 1130 1140 1150 1160 1170
610 620 630 640 650
pF1KE2 DIKLTAFPSE-SVKEGDTVIISCTCGNVPETWIILKKKAET----GDTVLKSIDGAYTIR
. :.. .:. :. : : :. ..: : .: . : :. ... ::. .:
CCDS30 ---IQRGPKHLKVQVGQRVDIPCNAQGTPLPVITWSKGGSTMLVDGEHHVSNPDGTLSID
1180 1190 1200 1210 1220
660 670 680 690 700 710
pF1KE2 KAQLKDAGVYECESKNKVGSQLRSLTLDVQGRENNKDYFSPELLVLYFASSLIIPAIGMI
.: .:::.: : . : .:.. .:: :: . .: :
CCDS30 QATPSDAGIYTCVATNIAGTDETEITLHVQEPPTVEDLEPPYNTTFQERVANQRIEFPCP
1230 1240 1250 1260 1270 1280
720 730
pF1KE2 IYFARKANMKGSYSLVEAQKSKV
CCDS30 AKGTPKPTIKWLHNGRELTGREPGISILEDGTLLVIASVTPYDNGEYICVAVNEAGTTER
1290 1300 1310 1320 1330 1340
>--
initn: 370 init1: 126 opt: 450 Z-score: 359.5 bits: 80.1 E(32554): 1.1e-13
Smith-Waterman score: 513; 22.5% identity (54.4% similar) in 671 aa overlap (47-685:1848-2474)
20 30 40 50 60 70
pF1KE2 IMFAASQAFKIETTPESRYLAQIGDSVSLTCSTTGCESPFFSWRTQIDSPLN---GKVTN
: ..: .: ..: . :.:.: :..
CCDS30 FEVTVHVPPTIKSSGLSERVVVKYKPVALQCIANGIPNPSITW-LKDDQPVNTAQGNLKI
1820 1830 1840 1850 1860 1870
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