Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2035
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2035, 629 aa
1>>>pF1KE2035 629 - 629 aa - 629 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1892+/-0.00111; mu= 14.4718+/- 0.067
mean_var=74.8864+/-15.224, 0's: 0 Z-trim(102.7): 59 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.148208
statistics sampled from 7022 (7072) to 7022 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.578), E-opt: 0.2 (0.217), width: 16
Scan time: 2.670
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS637.1 IL23R gene_id:149233|Hs108|chr1 ( 629) 4195 907.0 0
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CCDS58006.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 ( 659) 307 75.7 2.3e-13
CCDS58007.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 ( 776) 307 75.7 2.6e-13
CCDS638.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 ( 862) 307 75.7 2.9e-13
CCDS47209.1 IL6ST gene_id:3572|Hs108|chr5 ( 329) 287 71.3 2.3e-12
CCDS54856.1 IL6ST gene_id:3572|Hs108|chr5 ( 857) 288 71.6 4.8e-12
CCDS3971.1 IL6ST gene_id:3572|Hs108|chr5 ( 918) 288 71.6 5.1e-12
>>CCDS637.1 IL23R gene_id:149233|Hs108|chr1 (629 aa)
initn: 4195 init1: 4195 opt: 4195 Z-score: 4846.7 bits: 907.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4195; 99.8% identity (99.8% similar) in 629 aa overlap (1-629:1-629)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MNQVTIQWDAVIALYILFSWCHGGITNINCSGHIWVEPATIFKMGMNISIYCQAAIKNCQ
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CCDS63 MNQVTIQWDAVIALYILFSWCHGGITNINCSGHIWVEPATIFKMGMNISIYCQAAIKNCQ
10 20 30 40 50 60
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pF1KE2 PRKLHFYKNGIKERFQITRINKTTARLWYKNFLEPHASMYCTAECPKHFQETLICGKDIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 PRKLHFYKNGIKERFQITRINKTTARLWYKNFLEPHASMYCTAECPKHFQETLICGKDIS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 SGYPPDIPDEVTCVIYEYSGNMTCTWNAGKLTYIDTKYVVHVKSLETEEEQQYLTSSYIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 SGYPPDIPDEVTCVIYEYSGNMTCTWNAGKLTYIDTKYVVHVKSLETEEEQQYLTSSYIN
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 ISTDSLQGGKKYLVWVQAANALGMEESKQLQIHLDDIVIPSAAVISRAETINATVPKTII
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250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 YWDSQTTIEKVSCEMRYKATTNQTWNVKEFDTNFTYVQQSEFYLEPNIKYVFQVRCQETG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 KRYWQPWSSPFFHKTPETVPQVTSKAFQHDTWNSGLTVASISTGHLTSDNRGDIGLLLGM
::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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370 380 390 400 410 420
pF1KE2 IVFAVMLSILSLIGIFNRSFRTGIKRRILLLIPKWLYEDIPNMKNSNVVKMLQENSELMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 IVFAVMLSILSLIGIFNRSFRTGIKRRILLLIPKWLYEDIPNMKNSNVVKMLQENSELMN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 NNSSEQVLYVDPMITEIKEIFIPEHKPTDYKKENTGPLETRDYPQNSLFDNTTVVYIPDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 NNSSEQVLYVDPMITEIKEIFIPEHKPTDYKKENTGPLETRDYPQNSLFDNTTVVYIPDL
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490 500 510 520 530 540
pF1KE2 NTGYKPQISNFLPEGSHLSNNNEITSLTLKPPVDSLDSGNNPRLQKHPNFAFSVSSVNSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 NTGYKPQISNFLPEGSHLSNNNEITSLTLKPPVDSLDSGNNPRLQKHPNFAFSVSSVNSL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 SNTIFLGELSLILNQGECSSPDIQNSVEEETTMLLENDSPSETIPEQTLLPDEFVSCLGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 SNTIFLGELSLILNQGECSSPDIQNSVEEETTMLLENDSPSETIPEQTLLPDEFVSCLGI
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KE2 VNEELPSINTYFPQNILESHFNRISLLEK
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 VNEELPSINTYFPQNILESHFNRISLLEK
610 620
>>CCDS72805.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 (635 aa)
initn: 226 init1: 132 opt: 307 Z-score: 353.8 bits: 75.7 E(32554): 2.2e-13
Smith-Waterman score: 307; 23.5% identity (56.0% similar) in 327 aa overlap (12-320:10-321)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MNQVTIQWDAVIALYILFSWCHGGITNINCS-GHIWVEPATIFKMGMNISIYCQAAIKNC
.:......: :. : . :.:. .. .: ...: : .
CCDS72 MAHTFRGCSLAFMFIITWLLIKAKIDACKRGDVTVKPSHVILLGSTVNITC-----SL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 QPRK--LHFYKNG--IKERFQITRINKTTARLWYKNF--LEPHASMY-CTAECPKHFQET
.::. .:. . . : .:. ::: .. .. : .... : : . .:
CCDS72 KPRQGCFHYSRRNKLILYKFD-RRINFHHGHSLNSQVTGLPLGTTLFVCKLACINS-DEI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KE2 LICGKDISSGYPPDIPDEVTCVIYEYSGNMTCTWNAGKLTYIDTKYVVHV---KSLETEE
::: .: : :. :....:. .:...:::. :. :.. :.:.... :.: ..
CCDS72 QICGAEIFVGVAPEQPQNLSCIQKGEQGTVACTWERGRDTHLYTEYTLQLSGPKNLTWQK
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 EQQYLTSSY----INISTDSLQGGKKYLVWVQAANALGMEESKQLQIHLDDIVIPSAAVI
. . . .: ::.. .: .. .. . : :.:.:: : . . ::: :
CCDS72 QCKDIYCDYLDFGINLTPESPES--NFTAKVTAVNSLGSSSSLPSTFTFLDIVRPLPPWD
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230 240 250 260 270 280
pF1KE2 SRAETINATVPKTIIYWDSQTTIEKVSCEMRYKATTNQTWNVKEFDTNFTYVQ--QSEFY
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CCDS72 IRIKFQKASVSRCTLYWRDEGLV--LLNRLRYRPSNSRLWNM----VNVTKAKGRHDLLD
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KE2 LEPNIKYVFQVRCQ-ETGKRYWQPWSSPFFHKTPETVPQVTSKAFQHDTWNSGLTVASIS
:.: .: ::. . . : :. :: . .::: :
CCDS72 LKPFTEYEFQISSKLHLYKGSWSDWSESLRAQTPEEEPTGMLDVWYMKRHIDYSRQQISL
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350 360 370 380 390 400
pF1KE2 TGHLTSDNRGDIGLLLGMIVFAVMLSILSLIGIFNRSFRTGIKRRILLLIPKWLYEDIPN
CCDS72 FWKNLSVSEARGKILHYQVTLQELTGGKAMTQNITGHTSWTTVIPRTGNWAVAVSAANSK
350 360 370 380 390 400
>>CCDS58006.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 (659 aa)
initn: 226 init1: 132 opt: 307 Z-score: 353.5 bits: 75.7 E(32554): 2.3e-13
Smith-Waterman score: 307; 23.5% identity (56.0% similar) in 327 aa overlap (12-320:10-321)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MNQVTIQWDAVIALYILFSWCHGGITNINCS-GHIWVEPATIFKMGMNISIYCQAAIKNC
.:......: :. : . :.:. .. .: ...: : .
CCDS58 MAHTFRGCSLAFMFIITWLLIKAKIDACKRGDVTVKPSHVILLGSTVNITC-----SL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 QPRK--LHFYKNG--IKERFQITRINKTTARLWYKNF--LEPHASMY-CTAECPKHFQET
.::. .:. . . : .:. ::: .. .. : .... : : . .:
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60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KE2 LICGKDISSGYPPDIPDEVTCVIYEYSGNMTCTWNAGKLTYIDTKYVVHV---KSLETEE
::: .: : :. :....:. .:...:::. :. :.. :.:.... :.: ..
CCDS58 QICGAEIFVGVAPEQPQNLSCIQKGEQGTVACTWERGRDTHLYTEYTLQLSGPKNLTWQK
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 EQQYLTSSY----INISTDSLQGGKKYLVWVQAANALGMEESKQLQIHLDDIVIPSAAVI
. . . .: ::.. .: .. .. . : :.:.:: : . . ::: :
CCDS58 QCKDIYCDYLDFGINLTPESPES--NFTAKVTAVNSLGSSSSLPSTFTFLDIVRPLPPWD
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230 240 250 260 270 280
pF1KE2 SRAETINATVPKTIIYWDSQTTIEKVSCEMRYKATTNQTWNVKEFDTNFTYVQ--QSEFY
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CCDS58 IRIKFQKASVSRCTLYWRDEGLV--LLNRLRYRPSNSRLWNM----VNVTKAKGRHDLLD
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KE2 LEPNIKYVFQVRCQ-ETGKRYWQPWSSPFFHKTPETVPQVTSKAFQHDTWNSGLTVASIS
:.: .: ::. . . : :. :: . .::: :
CCDS58 LKPFTEYEFQISSKLHLYKGSWSDWSESLRAQTPEEEPTGMLDVWYMKRHIDYSRQQISL
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350 360 370 380 390 400
pF1KE2 TGHLTSDNRGDIGLLLGMIVFAVMLSILSLIGIFNRSFRTGIKRRILLLIPKWLYEDIPN
CCDS58 FWKNLSVSEARGKILHYQVTLQELTGGKAMTQNITGHTSWTTVIPRTGNWAVAVSAANSK
350 360 370 380 390 400
>>CCDS58007.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 (776 aa)
initn: 226 init1: 132 opt: 307 Z-score: 352.4 bits: 75.7 E(32554): 2.6e-13
Smith-Waterman score: 307; 23.5% identity (56.0% similar) in 327 aa overlap (12-320:10-321)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MNQVTIQWDAVIALYILFSWCHGGITNINCS-GHIWVEPATIFKMGMNISIYCQAAIKNC
.:......: :. : . :.:. .. .: ...: : .
CCDS58 MAHTFRGCSLAFMFIITWLLIKAKIDACKRGDVTVKPSHVILLGSTVNITC-----SL
10 20 30 40 50
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pF1KE2 QPRK--LHFYKNG--IKERFQITRINKTTARLWYKNF--LEPHASMY-CTAECPKHFQET
.::. .:. . . : .:. ::: .. .. : .... : : . .:
CCDS58 KPRQGCFHYSRRNKLILYKFD-RRINFHHGHSLNSQVTGLPLGTTLFVCKLACINS-DEI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KE2 LICGKDISSGYPPDIPDEVTCVIYEYSGNMTCTWNAGKLTYIDTKYVVHV---KSLETEE
::: .: : :. :....:. .:...:::. :. :.. :.:.... :.: ..
CCDS58 QICGAEIFVGVAPEQPQNLSCIQKGEQGTVACTWERGRDTHLYTEYTLQLSGPKNLTWQK
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170 180 190 200 210 220
pF1KE2 EQQYLTSSY----INISTDSLQGGKKYLVWVQAANALGMEESKQLQIHLDDIVIPSAAVI
. . . .: ::.. .: .. .. . : :.:.:: : . . ::: :
CCDS58 QCKDIYCDYLDFGINLTPESPES--NFTAKVTAVNSLGSSSSLPSTFTFLDIVRPLPPWD
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pF1KE2 SRAETINATVPKTIIYWDSQTTIEKVSCEMRYKATTNQTWNVKEFDTNFTYVQ--QSEFY
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CCDS58 IRIKFQKASVSRCTLYWRDEGLV--LLNRLRYRPSNSRLWNM----VNVTKAKGRHDLLD
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pF1KE2 LEPNIKYVFQVRCQ-ETGKRYWQPWSSPFFHKTPETVPQVTSKAFQHDTWNSGLTVASIS
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pF1KE2 TGHLTSDNRGDIGLLLGMIVFAVMLSILSLIGIFNRSFRTGIKRRILLLIPKWLYEDIPN
CCDS58 FWKNLSVSEARGKILHYQVTLQELTGGKAMTQNITGHTSWTTVIPRTGNWAVAVSAANSK
350 360 370 380 390 400
>>CCDS638.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 (862 aa)
initn: 226 init1: 132 opt: 307 Z-score: 351.6 bits: 75.7 E(32554): 2.9e-13
Smith-Waterman score: 307; 23.5% identity (56.0% similar) in 327 aa overlap (12-320:10-321)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MNQVTIQWDAVIALYILFSWCHGGITNINCS-GHIWVEPATIFKMGMNISIYCQAAIKNC
.:......: :. : . :.:. .. .: ...: : .
CCDS63 MAHTFRGCSLAFMFIITWLLIKAKIDACKRGDVTVKPSHVILLGSTVNITC-----SL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 QPRK--LHFYKNG--IKERFQITRINKTTARLWYKNF--LEPHASMY-CTAECPKHFQET
.::. .:. . . : .:. ::: .. .. : .... : : . .:
CCDS63 KPRQGCFHYSRRNKLILYKFD-RRINFHHGHSLNSQVTGLPLGTTLFVCKLACINS-DEI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KE2 LICGKDISSGYPPDIPDEVTCVIYEYSGNMTCTWNAGKLTYIDTKYVVHV---KSLETEE
::: .: : :. :....:. .:...:::. :. :.. :.:.... :.: ..
CCDS63 QICGAEIFVGVAPEQPQNLSCIQKGEQGTVACTWERGRDTHLYTEYTLQLSGPKNLTWQK
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 EQQYLTSSY----INISTDSLQGGKKYLVWVQAANALGMEESKQLQIHLDDIVIPSAAVI
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CCDS63 QCKDIYCDYLDFGINLTPESPES--NFTAKVTAVNSLGSSSSLPSTFTFLDIVRPLPPWD
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pF1KE2 SRAETINATVPKTIIYWDSQTTIEKVSCEMRYKATTNQTWNVKEFDTNFTYVQ--QSEFY
: . .:.: . .:: .. . . ..::. .... ::. .: : .. .. .
CCDS63 IRIKFQKASVSRCTLYWRDEGLV--LLNRLRYRPSNSRLWNM----VNVTKAKGRHDLLD
230 240 250 260 270 280
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pF1KE2 LEPNIKYVFQVRCQ-ETGKRYWQPWSSPFFHKTPETVPQVTSKAFQHDTWNSGLTVASIS
:.: .: ::. . . : :. :: . .::: :
CCDS63 LKPFTEYEFQISSKLHLYKGSWSDWSESLRAQTPEEEPTGMLDVWYMKRHIDYSRQQISL
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KE2 TGHLTSDNRGDIGLLLGMIVFAVMLSILSLIGIFNRSFRTGIKRRILLLIPKWLYEDIPN
CCDS63 FWKNLSVSEARGKILHYQVTLQELTGGKAMTQNITGHTSWTTVIPRTGNWAVAVSAANSK
350 360 370 380 390 400
>>CCDS47209.1 IL6ST gene_id:3572|Hs108|chr5 (329 aa)
initn: 156 init1: 68 opt: 287 Z-score: 335.4 bits: 71.3 E(32554): 2.3e-12
Smith-Waterman score: 287; 24.4% identity (54.9% similar) in 324 aa overlap (4-308:2-314)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MNQVTIQWDAVIALYILFSWCHGGITNINCSGHIWVEPATIFKMGMNISIYCQAAIKNCQ
.:.: : ::.:... : : :.: : . . .. :.. : . ..:.
CCDS47 MLTLQTWLVQALFIFLTTESTGELLDPC-GYISPE-SPVVQLHSNFTAVC-VLKEKCM
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE2 PRKLHFYKNGI---KERF-----QITRINKTTARLWYKNFLEPHASMYCTAECPKHFQET
.: : : ..: : : ::.:.. . . .. . .. :. .....
CCDS47 DY-FHVNANYIVWKTNHFTIPKEQYTIINRTASSVTFTDIASLNIQLTCNILTFGQLEQN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KE2 LICGKDISSGYPPDIPDEVTCVIYEYSGNMTCTWNAGKLTYIDTKYVVHV-----KSLET
. : : :: ::. : ...:.. : . .: : :..:. :...:..... : .
CCDS47 -VYGITIISGLPPEKPKNLSCIVNE-GKKMRCEWDGGRETHLETNFTLKSEWATHKFADC
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 EEEQQYLTSSYINISTDSLQGGKKYLVWVQAANALGMEESKQLQIHLDDIVIPSAAVISR
. ... :: .. :: . . . :::.: :::: : . :..: . .
CCDS47 KAKRDTPTSCTVDYSTVYFVNIE---VWVEAENALGKVTSDH--INFDPVYKVKPNPPHN
180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE2 AETINATVPKTIIY--WDSQT--TIEKVSCEMRYKATTNQTWN-VKEFDTNFTYVQQSEF
.::. ..:. : . . .. .. ...:.. .::. . :: : . .
CCDS47 LSVINSEELSSILKLTWTNPSIKSVIILKYNIQYRTKDASTWSQIPPEDTASTRSSFTVQ
230 240 250 260 270 280
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pF1KE2 YLEPNIKYVFQVRC-QETGKRYWQPWSSPFFHKTPETVPQVTSKAFQHDTWNSGLTVASI
:.: .:::..:: .: :: ::. ::
CCDS47 DLKPFTEYVFRIRCMKEDGKGYWSDWSEEASGITYEDNIASF
290 300 310 320
>>CCDS54856.1 IL6ST gene_id:3572|Hs108|chr5 (857 aa)
initn: 229 init1: 68 opt: 288 Z-score: 329.7 bits: 71.6 E(32554): 4.8e-12
Smith-Waterman score: 288; 24.7% identity (53.3% similar) in 336 aa overlap (4-320:2-326)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MNQVTIQWDAVIALYILFSWCHGGITNINCSGHIWVEPATIFKMGMNISIYCQAAIKNCQ
.:.: : ::.:... : : :.: : . . .. :.. : : :.
CCDS54 MLTLQTWLVQALFIFLTTESTGELLDPC-GYISPE-SPVVQLHSNFTAVCVLKEK-CM
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE2 PRKLHFYKNGI---KERF-----QITRINKTTARLWYKNFLEPHASMYCTAECPKHFQET
.: : : ..: : : ::.:.. . . .. . .. :. .....
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