Result of FASTA (omim) for
pFN21AE2015
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2015, 592 aa
1>>>pF1KE2015 592 - 592 aa - 592 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6676+/-0.000623; mu= 14.0221+/- 0.040
mean_var=420.8271+/-88.334, 0's: 0 Z-trim(116.6): 413 B-trim: 51 in 1/50
Lambda= 0.062520
statistics sampled from 27402 (27883) to 27402 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.625), E-opt: 0.2 (0.327), width: 16
Scan time: 9.560
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_631961 (OMIM: 601574,612237) TATA-binding prote ( 592) 4321 404.9 3.8e-112
NP_003478 (OMIM: 601574,612237) TATA-binding prote ( 589) 4285 401.7 3.6e-111
XP_011523617 (OMIM: 601574,612237) PREDICTED: TATA ( 501) 3699 348.7 2.7e-95
XP_016880670 (OMIM: 601574,612237) PREDICTED: TATA ( 323) 2441 234.9 3.2e-61
NP_001164105 (OMIM: 137070,608030,614782) RNA-bind ( 525) 1225 125.6 4.1e-28
NP_001164408 (OMIM: 137070,608030,614782) RNA-bind ( 522) 1221 125.2 5.3e-28
XP_011544083 (OMIM: 137070,608030,614782) PREDICTE ( 524) 1218 125.0 6.4e-28
NP_004951 (OMIM: 137070,608030,614782) RNA-binding ( 526) 1214 124.6 8.3e-28
XP_016884152 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 558) 1097 114.1 1.3e-24
XP_016884142 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 614) 1084 113.0 3e-24
XP_016884141 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 615) 1084 113.0 3e-24
XP_016884140 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 615) 1082 112.8 3.4e-24
XP_016884139 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 616) 1082 112.8 3.4e-24
XP_016884149 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 597) 1006 105.9 3.9e-22
XP_016884148 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 599) 1002 105.6 5e-22
XP_016884147 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 600) 1002 105.6 5e-22
NP_001156758 (OMIM: 133450,612219) RNA-binding pro ( 600) 1000 105.4 5.7e-22
XP_016884150 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 587) 989 104.4 1.1e-21
NP_001156757 (OMIM: 133450,612219) RNA-binding pro ( 655) 989 104.5 1.2e-21
XP_011528300 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 656) 989 104.5 1.2e-21
NP_053733 (OMIM: 133450,612219) RNA-binding protei ( 661) 989 104.5 1.2e-21
XP_016884138 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 629) 988 104.3 1.2e-21
NP_005234 (OMIM: 133450,612219) RNA-binding protei ( 656) 987 104.3 1.3e-21
XP_011528299 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 657) 987 104.3 1.3e-21
XP_016884151 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 582) 986 104.1 1.3e-21
XP_016884144 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 612) 979 103.5 2.1e-21
XP_016884143 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 613) 979 103.5 2.1e-21
XP_016884136 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 651) 979 103.6 2.2e-21
XP_016884135 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 652) 979 103.6 2.2e-21
XP_005261447 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 613) 977 103.3 2.4e-21
XP_011528303 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 614) 977 103.3 2.4e-21
XP_016884134 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 652) 977 103.4 2.5e-21
XP_011528301 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 653) 977 103.4 2.5e-21
XP_016884137 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 638) 973 103.0 3.2e-21
XP_011528302 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 640) 971 102.8 3.6e-21
XP_016884133 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 668) 966 102.4 5e-21
XP_011528298 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 669) 966 102.4 5e-21
XP_016884146 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 601) 964 102.1 5.4e-21
XP_005261446 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 669) 964 102.2 5.7e-21
XP_011528297 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 670) 964 102.2 5.7e-21
XP_016884145 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 611) 953 101.2 1.1e-20
XP_005255290 (OMIM: 137070,608030,614782) PREDICTE ( 321) 846 91.0 6.4e-18
XP_011544084 (OMIM: 137070,608030,614782) PREDICTE ( 321) 846 91.0 6.4e-18
XP_011528304 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 597) 833 90.3 1.9e-17
XP_016884155 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 317) 712 78.9 2.8e-14
XP_016884154 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 317) 712 78.9 2.8e-14
XP_016884153 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 330) 689 76.9 1.2e-13
NP_000217 (OMIM: 144200,607606) keratin, type I cy ( 623) 511 61.3 1.1e-08
NP_112420 (OMIM: 164017,615424,615426) heterogeneo ( 372) 484 58.5 4.6e-08
XP_005268883 (OMIM: 164017,615424,615426) PREDICTE ( 372) 484 58.5 4.6e-08
>>NP_631961 (OMIM: 601574,612237) TATA-binding protein-a (592 aa)
initn: 4321 init1: 4321 opt: 4321 Z-score: 2134.4 bits: 404.9 E(85289): 3.8e-112
Smith-Waterman score: 4321; 100.0% identity (100.0% similar) in 592 aa overlap (1-592:1-592)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MSDSGSYGQSGGEQQSYSTYGNPGSQGYGQASQSYSGYGQTTDSSYGQNYSGYSSYGQSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_631 MSDSGSYGQSGGEQQSYSTYGNPGSQGYGQASQSYSGYGQTTDSSYGQNYSGYSSYGQSQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 SGYSQSYGGYENQKQSSYSQQPYNNQGQQQNMESSGSQGGRAPSYDQPDYGQQDSYDQQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_631 SGYSQSYGGYENQKQSSYSQQPYNNQGQQQNMESSGSQGGRAPSYDQPDYGQQDSYDQQS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 GYDQHQGSYDEQSNYDQQHDSYSQNQQSYHSQRENYSHHTQDDRRDVSRYGEDNRGYGGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_631 GYDQHQGSYDEQSNYDQQHDSYSQNQQSYHSQRENYSHHTQDDRRDVSRYGEDNRGYGGS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 QGGGRGRGGYDKDGRGPMTGSSGGDRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESDNSDNNTIFVQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_631 QGGGRGRGGYDKDGRGPMTGSSGGDRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESDNSDNNTIFVQG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 LGEGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_631 LGEGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 DWFDGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQGRGGDPKSGDWVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_631 DWFDGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQGRGGDPKSGDWVC
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 PNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRGRGGRGGDRGGYGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_631 PNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRGRGGRGGDRGGYGG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 DRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_631 DRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 GDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRSRGGYGGDRGGGSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_631 GDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRSRGGYGGDRGGGSG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590
pF1KE2 YGGDRSGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGKMGGRNDYRNDQRNRPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_631 YGGDRSGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGKMGGRNDYRNDQRNRPY
550 560 570 580 590
>>NP_003478 (OMIM: 601574,612237) TATA-binding protein-a (589 aa)
initn: 3918 init1: 3918 opt: 4285 Z-score: 2116.9 bits: 401.7 E(85289): 3.6e-111
Smith-Waterman score: 4285; 99.5% identity (99.5% similar) in 592 aa overlap (1-592:1-589)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MSDSGSYGQSGGEQQSYSTYGNPGSQGYGQASQSYSGYGQTTDSSYGQNYSGYSSYGQSQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MSDSGSYGQSGGEQQSYSTYGNPGSQGYGQASQSYSGYGQTTDSSYGQNYSGYSSYGQS-
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 SGYSQSYGGYENQKQSSYSQQPYNNQGQQQNMESSGSQGGRAPSYDQPDYGQQDSYDQQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 --YSQSYGGYENQKQSSYSQQPYNNQGQQQNMESSGSQGGRAPSYDQPDYGQQDSYDQQS
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 GYDQHQGSYDEQSNYDQQHDSYSQNQQSYHSQRENYSHHTQDDRRDVSRYGEDNRGYGGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 GYDQHQGSYDEQSNYDQQHDSYSQNQQSYHSQRENYSHHTQDDRRDVSRYGEDNRGYGGS
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 QGGGRGRGGYDKDGRGPMTGSSGGDRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESDNSDNNTIFVQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QGGGRGRGGYDKDGRGPMTGSSGGDRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESDNSDNNTIFVQG
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 LGEGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LGEGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAI
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 DWFDGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQGRGGDPKSGDWVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DWFDGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQGRGGDPKSGDWVC
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 PNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRGRGGRGGDRGGYGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRGRGGRGGDRGGYGG
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 DRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYG
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 GDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRSRGGYGGDRGGGSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 GDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRSRGGYGGDRGGGSG
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590
pF1KE2 YGGDRSGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGKMGGRNDYRNDQRNRPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 YGGDRSGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGKMGGRNDYRNDQRNRPY
540 550 560 570 580
>>XP_011523617 (OMIM: 601574,612237) PREDICTED: TATA-bin (501 aa)
initn: 3699 init1: 3699 opt: 3699 Z-score: 1831.8 bits: 348.7 E(85289): 2.7e-95
Smith-Waterman score: 3699; 100.0% identity (100.0% similar) in 501 aa overlap (92-592:1-501)
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 GYSQSYGGYENQKQSSYSQQPYNNQGQQQNMESSGSQGGRAPSYDQPDYGQQDSYDQQSG
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MESSGSQGGRAPSYDQPDYGQQDSYDQQSG
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 YDQHQGSYDEQSNYDQQHDSYSQNQQSYHSQRENYSHHTQDDRRDVSRYGEDNRGYGGSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YDQHQGSYDEQSNYDQQHDSYSQNQQSYHSQRENYSHHTQDDRRDVSRYGEDNRGYGGSQ
40 50 60 70 80 90
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 GGGRGRGGYDKDGRGPMTGSSGGDRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESDNSDNNTIFVQGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GGGRGRGGYDKDGRGPMTGSSGGDRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESDNSDNNTIFVQGL
100 110 120 130 140 150
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 GEGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GEGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAID
160 170 180 190 200 210
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 WFDGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQGRGGDPKSGDWVCP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 WFDGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQGRGGDPKSGDWVCP
220 230 240 250 260 270
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 NPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRGRGGRGGDRGGYGGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRGRGGRGGDRGGYGGD
280 290 300 310 320 330
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 RSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGG
340 350 360 370 380 390
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 DRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRSRGGYGGDRGGGSGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRSRGGYGGDRGGGSGY
400 410 420 430 440 450
550 560 570 580 590
pF1KE2 GGDRSGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGKMGGRNDYRNDQRNRPY
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GGDRSGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGKMGGRNDYRNDQRNRPY
460 470 480 490 500
>>XP_016880670 (OMIM: 601574,612237) PREDICTED: TATA-bin (323 aa)
initn: 2441 init1: 2441 opt: 2441 Z-score: 1220.2 bits: 234.9 E(85289): 3.2e-61
Smith-Waterman score: 2441; 100.0% identity (100.0% similar) in 323 aa overlap (270-592:1-323)
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 GLGEGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAA
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAA
10 20 30
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 IDWFDGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQGRGGDPKSGDWV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IDWFDGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQGRGGDPKSGDWV
40 50 60 70 80 90
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 CPNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRGRGGRGGDRGGYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CPNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRGRGGRGGDRGGYG
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420 430 440 450 460 470
pF1KE2 GDRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGGY
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XP_016 GDRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGGY
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480 490 500 510 520 530
pF1KE2 GGDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRSRGGYGGDRGGGS
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XP_016 GGDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRSRGGYGGDRGGGS
220 230 240 250 260 270
540 550 560 570 580 590
pF1KE2 GYGGDRSGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGKMGGRNDYRNDQRNRPY
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GYGGDRSGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGKMGGRNDYRNDQRNRPY
280 290 300 310 320
>>NP_001164105 (OMIM: 137070,608030,614782) RNA-binding (525 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KE2 MSDSGSYGQSGGEQQSYSTYGNPGSQGYGQASQSYSGYGQTTDSS-YGQNYSGYS
: . :.. .:: ::: ::::::.:.::.: ::: :.::
NP_001 MASNDYTQQATQSYGAYPTQPGQGYSQQSSQPYGQ--QSYSGYSQSTDTSGYGQ--SSYS
10 20 30 40 50
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pF1KE2 SYGQSQSGYS-----QSYG---GYENQK--QSSYSQQP-YNNQGQQQNMES-SGSQGG--
::::::..:. :.:: :: ... ::::.:: : . ::: : ::: :.
NP_001 SYGQSQNSYGTQSTPQGYGSTGGYGSSQSSQSSYGQQSSYPGYGQQPAPSSTSGSYGSSS
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pF1KE2 RAPSYDQPD---YGQQDSYD-QQSGYDQHQGSYDEQSNYDQQHD---------------S
.. :: ::. :.:: :: ::..: :.: ::. ..: ::.. .
NP_001 QSSSYGQPQSGSYSQQPSYGGQQQSYGQQQ-SYNPPQGYGQQNQYNSSSGGGGGGGGGGN
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150 160 170 180
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:.:.:.:. : . .:... :. . ::...:: ::: ::: :.
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:::. ::: :. :: :::::..::: :: : : : ::.:::::::::::::::
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250 260 270 280 290 300
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.:. ..:...::::::::::::::.::::::::..::: :::::::::::::::::::::
NP_001 NVTIESVADYFKQIGIIKTNKKTGQPMINLYTDRETGKLKGEATVSFDDPPSAKAAIDWF
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310 320 330 340 350
pF1KE2 DGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQG-------RGGDP---
::::: :: ::::::::: .: ::::.: : ::::: ::::. : ::: :
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360 370 380 390 400
pF1KE2 -------KSGDWVCPNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYR
..::: ::::.: ::::. :: ::::. :.:. :.:: : .::. :
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pF1KE2 GRGGRGG-DRGGYGGDRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGG
:::::: ::::: : :: :: :.. :: :::.: : : : : . ::
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pF1KE2 DRGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGD
>>NP_001164408 (OMIM: 137070,608030,614782) RNA-binding (522 aa)
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Smith-Waterman score: 1426; 52.3% identity (67.4% similar) in 512 aa overlap (15-459:20-517)
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pF1KE2 MSDSGSYGQSGGEQQSYSTYGNPGSQGYGQASQSYSGYGQTTDSS-YGQNYSGYS
: . :.. .:: ::: ::::::.:.::.: ::: :.::
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pF1KE2 SYGQSQ-SGYS-----QSYG---GYENQK--QSSYSQQP-YNNQGQQQNMES-SGSQGG-
:::::: .::. :.:: :: ... ::::.:: : . ::: : ::: :.
NP_001 SYGQSQNTGYGTQSTPQGYGSTGGYGSSQSSQSSYGQQSSYPGYGQQPAPSSTSGSYGSS
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pF1KE2 -RAPSYDQPD---YGQQDSYD-QQSGYDQHQGSYDEQSNYDQQHD-----------SYSQ
.. :: ::. :.:: :: ::..: :.: ::. ..: ::.. .:.:
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150 160 170 180 190
pF1KE2 NQQSYHS---QRENYSHHTQDDRRDVSRYGEDNRG---YGGSQGGG--------RGRGGY
.:.:. : . .:... :. . ::...:: ::: ::: :. :::
NP_001 DQSSMSSGGGSGGGYGNQDQSGGGGSGGYGQQDRGGRGRGGSGGGGGGGGGGYNRSSGGY
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200 210 220 230 240
pF1KE2 DKDGRGPMTGSSGG----DRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESDNSDNNTIFVQGLGEGVS
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NP_001 EPRGRGGGRGGRGGMGGSDRGGFNKFGGPRDQGSRHD--SEQDNSDNNTIFVQGLGENVT
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250 260 270 280 290 300
pF1KE2 TDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAIDWFDGK
..:...::::::::::::::.::::::::..::: ::::::::::::::::::::::::
NP_001 IESVADYFKQIGIIKTNKKTGQPMINLYTDRETGKLKGEATVSFDDPPSAKAAIDWFDGK
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310 320 330 340 350
pF1KE2 EFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQG-------RGGDP------
:: :: ::::::::: .: ::::.: : ::::: ::::. : ::: :
NP_001 EFSGNPIKVSFATRRADFNRGGGNGRGGRGRGGPMGRGGYGGGGSGGGGRGGFPSGGGGG
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360 370 380 390 400
pF1KE2 ----KSGDWVCPNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRGRG
..::: ::::.: ::::. :: ::::. :.:. :.:: : .::. : ::
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pF1KE2 GRGG-DRGGYGGDRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRG
:::: ::::: : :: :: :.. :: :::.: : : : : . ::
NP_001 GRGGYDRGGYRG--RGGDRGGFRGGRGG--GDRGGFGPGKMDSRGEHRQDRRERPY
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470 480 490 500 510 520
pF1KE2 GGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRSR
>>XP_011544083 (OMIM: 137070,608030,614782) PREDICTED: R (524 aa)
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pF1KE2 MSDSGSYGQSGGEQQSYSTYGNPGSQGYGQASQSYSGYGQTTDSS-YGQNYSGYS
: . :.. .:: ::: ::::::.:.::.: ::: :.::
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pF1KE2 SYGQSQ-SGYS-----QSYG---GYENQK--QSSYSQQP-YNNQGQQQNMES-SGSQGG-
:::::: .::. :.:: :: ... ::::.:: : . ::: : ::: :.
XP_011 SYGQSQNTGYGTQSTPQGYGSTGGYGSSQSSQSSYGQQSSYPGYGQQPAPSSTSGSYGSS
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pF1KE2 -RAPSYDQPD---YGQQDSYD-QQSGYDQHQGSYDEQSNYDQQHD-------------SY
.. :: ::. :.:: :: ::..: :.: ::. ..: ::.. .:
XP_011 SQSSSYGQPQSGSYSQQPSYGGQQQSYGQQQ-SYNPPQGYGQQNQYNSSSGGGGGGGGNY
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150 160 170 180
pF1KE2 SQNQQSYHS---QRENYSHHTQDDRRDVSRYGEDNRG---YGGSQGGG--------RGRG
.:.:.:. : . .:... :. . ::...:: ::: ::: :. :
XP_011 GQDQSSMSSGGGSGGGYGNQDQSGGGGSGGYGQQDRGGRGRGGSGGGGGGGGGGYNRSSG
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pF1KE2 GYDKDGRGPMTGSSGG----DRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESDNSDNNTIFVQGLGEG
::. ::: :. :: :::::..::: :: : : : ::.:::::::::::::::.
XP_011 GYEPRGRGGGRGGRGGMGGSDRGGFNKFGGPRDQGSRHD--SEQDNSDNNTIFVQGLGEN
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250 260 270 280 290 300
pF1KE2 VSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAIDWFD
:. ..:...::::::::::::::.::::::::..::: ::::::::::::::::::::::
XP_011 VTIESVADYFKQIGIIKTNKKTGQPMINLYTDRETGKLKGEATVSFDDPPSAKAAIDWFD
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310 320 330 340 350
pF1KE2 GKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQG-------RGGDP----
:::: :: ::::::::: .: ::::.: : ::::: ::::. : ::: :
XP_011 GKEFSGNPIKVSFATRRADFNRGGGNGRGGRGRGGPMGRGGYGGGGSGGGGRGGFPSGGG
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360 370 380 390 400
pF1KE2 ------KSGDWVCPNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRG
..::: ::::.: ::::. :: ::::. :.:. :.:: : .::. :
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pF1KE2 RGGRGG-DRGGYGGDRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGD
:::::: ::::: : :: :: :.. :: :::.: : : : : . ::
XP_011 RGGRGGYDRGGYRG--RGGDRGGFRGGRGG--GDRGGFGPGKMDSRGEHRQDRRERPY
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470 480 490 500 510 520
pF1KE2 RGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDR
>>NP_004951 (OMIM: 137070,608030,614782) RNA-binding pro (526 aa)
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Smith-Waterman score: 1418; 51.9% identity (66.9% similar) in 516 aa overlap (15-459:20-521)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MSDSGSYGQSGGEQQSYSTYGNPGSQGYGQASQSYSGYGQTTDSS-YGQNYSGYS
: . :.. .:: ::: ::::::.:.::.: ::: :.::
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pF1KE2 SYGQSQ-SGYS-----QSYG---GYENQK--QSSYSQQP-YNNQGQQQNMES-SGSQGG-
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NP_004 SYGQSQNTGYGTQSTPQGYGSTGGYGSSQSSQSSYGQQSSYPGYGQQPAPSSTSGSYGSS
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pF1KE2 -RAPSYDQPD---YGQQDSYD-QQSGYDQHQGSYDEQSNYDQQHD---------------
.. :: ::. :.:: :: ::..: :.: ::. ..: ::..
NP_004 SQSSSYGQPQSGSYSQQPSYGGQQQSYGQQQ-SYNPPQGYGQQNQYNSSSGGGGGGGGGG
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150 160 170 180
pF1KE2 SYSQNQQSYHS---QRENYSHHTQDDRRDVSRYGEDNRG---YGGSQGGG--------RG
.:.:.:.:. : . .:... :. . ::...:: ::: ::: :.
NP_004 NYGQDQSSMSSGGGSGGGYGNQDQSGGGGSGGYGQQDRGGRGRGGSGGGGGGGGGGYNRS
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190 200 210 220 230 240
pF1KE2 RGGYDKDGRGPMTGSSGG----DRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESDNSDNNTIFVQGLG
:::. ::: :. :: :::::..::: :: : : : ::.::::::::::::::
NP_004 SGGYEPRGRGGGRGGRGGMGGSDRGGFNKFGGPRDQGSRHD--SEQDNSDNNTIFVQGLG
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250 260 270 280 290 300
pF1KE2 EGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAIDW
:.:. ..:...::::::::::::::.::::::::..::: ::::::::::::::::::::
NP_004 ENVTIESVADYFKQIGIIKTNKKTGQPMINLYTDRETGKLKGEATVSFDDPPSAKAAIDW
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310 320 330 340 350
pF1KE2 FDGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQG-------RGGDP--
:::::: :: ::::::::: .: ::::.: : ::::: ::::. : ::: :
NP_004 FDGKEFSGNPIKVSFATRRADFNRGGGNGRGGRGRGGPMGRGGYGGGGSGGGGRGGFPSG
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360 370 380 390 400
pF1KE2 --------KSGDWVCPNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGY
..::: ::::.: ::::. :: ::::. :.:. :.:: : .::. :
NP_004 GGGGGGQQRAGDWKCPNPTCENMNFSWRNECNQCKAPKPDG--PGGGP-GGSHMGGNYGD
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pF1KE2 RGRGGRGG-DRGGYGGDRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYG
:::::: ::::: : :: :: :.. :: :::.: : : : : . ::
NP_004 DRRGGRGGYDRGGYRG--RGGDRGGFRGGRGG--GDRGGFGPGKMDSRGEHRQDRRERPY
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pF1KE2 GDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGG
>>XP_016884152 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA-bind (558 aa)
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pF1KE2 MSDSGSYGQSGGEQQSYSTYGNPGSQGYGQASQSYSGYGQTT-D
:::.:::.: . .: :: :. . ::::.
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.:::: .::.. :.: .::. :.:.. ::.:. :: :
XP_016 TSYGQPPTGYTTPTAPQAYSQPVQGYGT--GAYDTTTATVTTTQASYAAQSAYGTQPAYP
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pF1KE2 NQGQQQNMESSGSQGGRAP-SYDQPDYGQQDSYDQQSGYDQHQGSYDEQSNYDQQHD---
::: . : .. : :::: .:.::..: : :.: : :.:: .::.: ::
XP_016 AYGQQPAATAPTSYSSTQPTSYDQSSYSQQNTYGQPSSYGQ-QSSYGQQSSYGQQPPTSY
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150 160 170 180
pF1KE2 -----SYSQNQQSYHSQRENYSHHT---QDDRRDVSRYGEDNRGYGG-----SQGG----
:::: ..: .: .:.... :: ... ::... :..: :..:
XP_016 PPQTGSYSQAPSQYSQQSSSYGQQSSFRQDHPSSMGVYGQESGGFSGPGENRSMSGPDNR
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pF1KE2 GRGRGGYDKDG--RGPMTGSSGG----DRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESD---NSDNN
::::::.:. : :: :. :: .::::.. :: : :: : : .:::.
XP_016 GRGRGGFDRGGMSRGGRGGGRGGMGAGERGGFNKPGGPMDEGPDLDLGPPVDPDEDSDNS
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240 250 260 270 280 290
pF1KE2 TIFVQGLGEGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPP
.:.::::...:. :....:::: :..: ::.::.:::..: ::.::::::.::::..:::
XP_016 AIYVQGLNDSVTLDDLADFFKQCGVVKMNKRTGQPMIHIYLDKETGKPKGDATVSYEDPP
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pF1KE2 SAKAAIDWFDGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRG---RGGYRGRGGFQGRGG
.::::..:::: :. : . : :: :: : : :: .::. .: :.
XP_016 TAKAAVEWFDGPGGPGG-------PGGP-MGRMGGRGGDRGGFPPRGPRGSRGNPSGGGN
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pF1KE2 -DPKSGDWVCPNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPS-----GGDFRGRGYGGERGY
. ..::: ::::.:::.::: :. ::::. :.:: : ::: :: :: :.
XP_016 VQHRAGDWQCPNPGCGNQNFAWRTECNQCKAPKPEGFLPPPFPPPGGD---RGRGGPGGM
420 430 440 450 460 470
410 420 430 440 450 460
pF1KE2 RGRGGRGG--DRGGYGGDRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGY
: ::::: :::: :: :: :::: ::. : : : :: ::.:: : ::
XP_016 R--GGRGGLMDRGGPGGMFRGG-RGGDR---GGFRG-----GRGMDR--GGFGGGRRGGP
480 490 500 510 520
470 480 490 500 510 520
pF1KE2 GGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGG-DRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGY
:: : . .. :: : ::: : :.:
XP_016 GGPPGPLM--EQMGGRRGGRGGPGKMDKGEHRQERRDRPY
530 540 550
>>XP_016884142 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA-bind (614 aa)
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