Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1951
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1951, 508 aa
1>>>pF1KE1951 508 - 508 aa - 508 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.0193+/-0.000922; mu= 2.8888+/- 0.055
mean_var=217.4627+/-43.972, 0's: 0 Z-trim(113.5): 66 B-trim: 137 in 1/53
Lambda= 0.086972
statistics sampled from 14073 (14139) to 14073 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.762), E-opt: 0.2 (0.434), width: 16
Scan time: 3.880
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13874.1 TBC1D10A gene_id:83874|Hs108|chr22 ( 508) 3493 450.9 1.6e-126
CCDS56227.1 TBC1D10A gene_id:83874|Hs108|chr22 ( 515) 3469 447.9 1.3e-125
CCDS10676.2 TBC1D10B gene_id:26000|Hs108|chr16 ( 808) 1952 257.7 3.6e-68
CCDS8162.1 TBC1D10C gene_id:374403|Hs108|chr11 ( 446) 1384 186.2 6.5e-47
CCDS1314.1 RABGAP1L gene_id:9910|Hs108|chr1 ( 815) 542 80.8 6.6e-15
CCDS58150.1 TBC1D10C gene_id:374403|Hs108|chr11 ( 310) 529 78.8 9.6e-15
CCDS53492.1 USP6NL gene_id:9712|Hs108|chr10 ( 828) 504 76.0 1.8e-13
CCDS44357.1 USP6NL gene_id:9712|Hs108|chr10 ( 845) 504 76.0 1.9e-13
CCDS9534.2 GRTP1 gene_id:79774|Hs108|chr13 ( 336) 494 74.5 2.1e-13
CCDS66591.1 GRTP1 gene_id:79774|Hs108|chr13 ( 344) 494 74.5 2.2e-13
CCDS6848.2 RABGAP1 gene_id:23637|Hs108|chr9 (1069) 493 74.7 5.8e-13
CCDS12188.1 EVI5L gene_id:115704|Hs108|chr19 ( 794) 477 72.6 1.8e-12
CCDS54209.1 EVI5L gene_id:115704|Hs108|chr19 ( 805) 477 72.6 1.9e-12
CCDS59137.1 TBC1D2 gene_id:55357|Hs108|chr9 ( 468) 461 70.4 4.9e-12
CCDS75865.1 TBC1D2 gene_id:55357|Hs108|chr9 ( 928) 461 70.6 8.4e-12
CCDS4450.1 TBC1D9B gene_id:23061|Hs108|chr5 (1233) 463 71.0 8.8e-12
CCDS43408.1 TBC1D9B gene_id:23061|Hs108|chr5 (1250) 463 71.0 8.9e-12
CCDS47136.1 TBC1D9 gene_id:23158|Hs108|chr4 (1266) 463 71.0 9e-12
CCDS30774.1 EVI5 gene_id:7813|Hs108|chr1 ( 810) 456 70.0 1.2e-11
CCDS76179.1 EVI5 gene_id:7813|Hs108|chr1 ( 821) 456 70.0 1.2e-11
CCDS14522.1 TBC1D8B gene_id:54885|Hs108|chrX (1120) 455 69.9 1.6e-11
CCDS46375.1 TBC1D8 gene_id:11138|Hs108|chr2 (1140) 453 69.7 2e-11
CCDS82486.1 TBC1D8 gene_id:11138|Hs108|chr2 (1155) 453 69.7 2e-11
CCDS14002.1 SGSM3 gene_id:27352|Hs108|chr22 ( 749) 433 67.1 8.1e-11
>>CCDS13874.1 TBC1D10A gene_id:83874|Hs108|chr22 (508 aa)
initn: 3493 init1: 3493 opt: 3493 Z-score: 2385.1 bits: 450.9 E(32554): 1.6e-126
Smith-Waterman score: 3493; 100.0% identity (100.0% similar) in 508 aa overlap (1-508:1-508)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAKSNGENGPRAPAAGESLSGTRESLAQGPDAATTDELSSLGSDSEANGFAERRIDKFGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MAKSNGENGPRAPAAGESLSGTRESLAQGPDAATTDELSSLGSDSEANGFAERRIDKFGF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 IVGSQGAEGALEEVPLEVLRQRESKWLDMLNNWDKWMAKKHKKIRLRCQKGIPPSLRGRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IVGSQGAEGALEEVPLEVLRQRESKWLDMLNNWDKWMAKKHKKIRLRCQKGIPPSLRGRA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 WQYLSGGKVKLQQNPGKFDELDMSPGDPKWLDVIERDLHRQFPFHEMFVSRGGHGQQDLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 WQYLSGGKVKLQQNPGKFDELDMSPGDPKWLDVIERDLHRQFPFHEMFVSRGGHGQQDLF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 RVLKAYTLYRPEEGYCQAQAPIAAVLLMHMPAEQAFWCLVQICEKYLPGYYSEKLEAIQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RVLKAYTLYRPEEGYCQAQAPIAAVLLMHMPAEQAFWCLVQICEKYLPGYYSEKLEAIQL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 DGEILFSLLQKVSPVAHKHLSRQKIDPLLYMTEWFMCAFSRTLPWSSVLRVWDMFFCEGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DGEILFSLLQKVSPVAHKHLSRQKIDPLLYMTEWFMCAFSRTLPWSSVLRVWDMFFCEGV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 KIIFRVGLVLLKHALGSPEKVKACQGQYETIERLRSLSPKIMQEAFLVQEVVELPVTERQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KIIFRVGLVLLKHALGSPEKVKACQGQYETIERLRSLSPKIMQEAFLVQEVVELPVTERQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 IEREHLIQLRRWQETRGELQCRSPPRLHGAKAILDAEPGPRPALQPSPSIRLPLDAPLPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IEREHLIQLRRWQETRGELQCRSPPRLHGAKAILDAEPGPRPALQPSPSIRLPLDAPLPG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 SKAKPKPPKQAQKEQRKQMKGRGQLEKPPAPNQAMVVAAAGDACPPQHVPPKDSAPKDSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SKAKPKPPKQAQKEQRKQMKGRGQLEKPPAPNQAMVVAAAGDACPPQHVPPKDSAPKDSA
430 440 450 460 470 480
490 500
pF1KE1 PQDLAPQVSAHHRSQESLTSQESEDTYL
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PQDLAPQVSAHHRSQESLTSQESEDTYL
490 500
>>CCDS56227.1 TBC1D10A gene_id:83874|Hs108|chr22 (515 aa)
initn: 3479 init1: 3045 opt: 3469 Z-score: 2368.8 bits: 447.9 E(32554): 1.3e-125
Smith-Waterman score: 3469; 98.6% identity (98.6% similar) in 515 aa overlap (1-508:1-515)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAKSNGENGPRAPAAGESLSGTRESLAQGPDAATTDELSSLGSDSEANGFAERRIDKFGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MAKSNGENGPRAPAAGESLSGTRESLAQGPDAATTDELSSLGSDSEANGFAERRIDKFGF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KE1 IVGSQGAEGA-------LEEVPLEVLRQRESKWLDMLNNWDKWMAKKHKKIRLRCQKGIP
:::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 IVGSQGAEGAPCPLLHRLEEVPLEVLRQRESKWLDMLNNWDKWMAKKHKKIRLRCQKGIP
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 PSLRGRAWQYLSGGKVKLQQNPGKFDELDMSPGDPKWLDVIERDLHRQFPFHEMFVSRGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 PSLRGRAWQYLSGGKVKLQQNPGKFDELDMSPGDPKWLDVIERDLHRQFPFHEMFVSRGG
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 HGQQDLFRVLKAYTLYRPEEGYCQAQAPIAAVLLMHMPAEQAFWCLVQICEKYLPGYYSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 HGQQDLFRVLKAYTLYRPEEGYCQAQAPIAAVLLMHMPAEQAFWCLVQICEKYLPGYYSE
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 KLEAIQLDGEILFSLLQKVSPVAHKHLSRQKIDPLLYMTEWFMCAFSRTLPWSSVLRVWD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 KLEAIQLDGEILFSLLQKVSPVAHKHLSRQKIDPLLYMTEWFMCAFSRTLPWSSVLRVWD
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 MFFCEGVKIIFRVGLVLLKHALGSPEKVKACQGQYETIERLRSLSPKIMQEAFLVQEVVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MFFCEGVKIIFRVGLVLLKHALGSPEKVKACQGQYETIERLRSLSPKIMQEAFLVQEVVE
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 LPVTERQIEREHLIQLRRWQETRGELQCRSPPRLHGAKAILDAEPGPRPALQPSPSIRLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LPVTERQIEREHLIQLRRWQETRGELQCRSPPRLHGAKAILDAEPGPRPALQPSPSIRLP
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE1 LDAPLPGSKAKPKPPKQAQKEQRKQMKGRGQLEKPPAPNQAMVVAAAGDACPPQHVPPKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LDAPLPGSKAKPKPPKQAQKEQRKQMKGRGQLEKPPAPNQAMVVAAAGDACPPQHVPPKD
430 440 450 460 470 480
480 490 500
pF1KE1 SAPKDSAPQDLAPQVSAHHRSQESLTSQESEDTYL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SAPKDSAPQDLAPQVSAHHRSQESLTSQESEDTYL
490 500 510
>>CCDS10676.2 TBC1D10B gene_id:26000|Hs108|chr16 (808 aa)
initn: 1965 init1: 1922 opt: 1952 Z-score: 1337.3 bits: 257.7 E(32554): 3.6e-68
Smith-Waterman score: 1969; 59.0% identity (79.0% similar) in 505 aa overlap (6-504:255-741)
10 20 30
pF1KE1 MAKSNGENGPRAPAAGESLSGTRE-SLAQGPDAAT
: .:::. : ..:: :: .: .
CCDS10 EAPVAVVTVTPAPEPAENSQDLGSTSSLGPGISGPRGQAP-DTLSYLDSVSLMSGTLESL
230 240 250 260 270 280
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 TDELSSLGSDSEANGFAERRIDKFGFIVGSQGAEGALEE-VPLEVLRQRESKWLDMLNNW
.:..::.::::: ::.: :. ::.::. ::: . :.:: .:..: :::: :::::..::
CCDS10 ADDVSSMGSDSEINGLALRKTDKYGFLGGSQYS-GSLESSIPVDVARQRELKWLDMFSNW
290 300 310 320 330 340
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 DKWMAKKHKKIRLRCQKGIPPSLRGRAWQYLSGGKVKLQQNPGKFDELDMSPGDPKWLDV
:::.... .:..:::.:::: :::..::::::..: :.::::::.::. .:::::::::
CCDS10 DKWLSRRFQKVKLRCRKGIPSSLRAKAWQYLSNSKELLEQNPGKFEELERAPGDPKWLDV
350 360 370 380 390 400
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 IERDLHRQFPFHEMFVSRGGHGQQDLFRVLKAYTLYRPEEGYCQAQAPIAAVLLMHMPAE
::.::::::::::::..:::::::::.:.:::::.:::.:::::::::.:::::::::::
CCDS10 IEKDLHRQFPFHEMFAARGGHGQQDLYRILKAYTIYRPDEGYCQAQAPVAAVLLMHMPAE
410 420 430 440 450 460
220 230 240 250 260 270
pF1KE1 QAFWCLVQICEKYLPGYYSEKLEAIQLDGEILFSLLQKVSPVAHKHLSRQKIDPLLYMTE
::::::::::.:::::::: ::::::::::.:.::...::.::.:: ::.:::.:::::
CCDS10 QAFWCLVQICDKYLPGYYSAGLEAIQLDGEIFFALLRRASPLAHRHLRRQRIDPVLYMTE
470 480 490 500 510 520
280 290 300 310 320 330
pF1KE1 WFMCAFSRTLPWSSVLRVWDMFFCEGVKIIFRVGLVLLKHALGSPEKVKACQGQYETIER
:::: :.:::::.::::::::::::::::::::.::::.:.::: ::...:::.:::.:.
CCDS10 WFMCIFARTLPWASVLRVWDMFFCEGVKIIFRVALVLLRHTLGSVEKLRSCQGMYETMEQ
530 540 550 560 570 580
340 350 360 370 380 390
pF1KE1 LRSLSPKIMQEAFLVQEVVELPVTERQIEREHLIQLRRWQETRGELQCRSPPRLHGAKAI
::.: . ::: :::.::..::::: ::::. ::..:.::::::: : ::::..::
CCDS10 LRNLPQQCMQEDFLVHEVTNLPVTEALIERENAAQLKKWRETRGELQYRPSRRLHGSRAI
590 600 610 620 630 640
400 410 420 430 440
pF1KE1 LDAEPGPRPALQPSPSI-RLPLDAPLPGSKAK---PKPPKQAQKEQRKQMKGRGQLEKPP
. . .: : :: :. :: ::.: :.:: . :. : :
CCDS10 HEERRRQQPPLGPSSSLLSLP-GLKSRGSRAAGGAPSPPPPV----RRASAG-------P
650 660 670 680 690
450 460 470 480 490 500
pF1KE1 APNQAMVVAAAGDACPPQHVPPKDSAPKDSAPQDLAPQVSAHHRSQESLTSQESEDTYL
::. ::.: : : : .:.: :. .. : . ...... .::.:
CCDS10 APGP--VVTAEG-LHPSLPSPTGNSTPLGSS-KETRKQEKERQKQEKERQKQEKEREKER
700 710 720 730 740
CCDS10 QKQEKEREKQEKEREKQEKERQKQEKKAQGRKLSLRRKADGPPGPHDGGDRPSAEARQDA
750 760 770 780 790 800
>>CCDS8162.1 TBC1D10C gene_id:374403|Hs108|chr11 (446 aa)
initn: 1320 init1: 1291 opt: 1384 Z-score: 955.8 bits: 186.2 E(32554): 6.5e-47
Smith-Waterman score: 1384; 46.6% identity (74.1% similar) in 440 aa overlap (24-453:7-436)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MAKSNGENGPRAPAAGESLSGTRESLAQGPDAATTDELSSLGSDSEANGFAE-RRIDKFG
:.:.: :. :. :::::::: .: . :. :..:
CCDS81 MAQALGEDLVQPPE--LQDDSSSLGSDSELSGPGPYRQADRYG
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 FIVGSQGAEGALEEVPLEVLRQRESKWLDMLNNWDKWMAKKHKKIRLRCQKGIPPSLRGR
:: ::.. : . : ...:::: ::..: ..:.: :....::....:.:::: .::.:
CCDS81 FIGGSSAEPGPGHP-PADLIRQREMKWVEMTSHWEKTMSRRYKKVKMQCRKGIPSALRAR
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 AWQYLSGGKVKLQQNPGKFDELDMSPGDPKWLDVIERDLHRQFPFHEMFVSRGGHGQQDL
: : :..: ...:: ..:: .::::.:...: ::::::::.:::::: ::::: :
CCDS81 CWPLLCGAHVCQKNSPGTYQELAEAPGDPQWMETIGRDLHRQFPLHEMFVSPQGHGQQGL
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 FRVLKAYTLYRPEEGYCQAQAPIAAVLLMHMPAEQAFWCLVQICEKYLPGYYSEKLEAIQ
..:::::::::::.::::::.:.:::::::.: :.:::::::::: ::::::. ..::..
CCDS81 LQVLKAYTLYRPEQGYCQAQGPVAAVLLMHLPPEEAFWCLVQICEVYLPGYYGPHMEAVR
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 LDGEILFSLLQKVSPVAHKHLSRQKIDPLLYMTEWFMCAFSRTLPWSSVLRVWDMFFCEG
::.:....::... : .::::.. . ::::. :::.: :.:.::. .:::::: :. ::
CCDS81 LDAEVFMALLRRLLPHVHKHLQQVGVGPLLYLPEWFLCLFARSLPFPTVLRVWDAFLSEG
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 VKIIFRVGLVLLKHALGSPEKVKACQGQYETIERLRSLSPKIMQEAFLVQEVVELPVTER
....:::::.:.. :::. :. :: : ::. ::.. : .:: ....: . ..::
CCDS81 ARVLFRVGLTLVRLALGTAEQRGACPGLLETLGALRAIPPAQLQEEAFMSQVHSVVLSER
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 QIEREHLIQLRRWQETRGELQCRSPPRLHGAKAILDAEP--GPRPALQPS-PSIRLPLDA
...:: :: . .. : :: ::.::..:. : : . .: : :. ..
CCDS81 DLQREIKAQLAQLPDSAPGPPPRPQVRLAGAQAIFEAQQLAGVRRGAKPEVP--RIVVQP
350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KE1 PLPGSKAKPKPPKQAQKEQRKQMKG-----RGQ-LEKPPAPNQAMVVAAAGDACPPQHVP
: .:.::.. . . : ..: :: .: :: :..
CCDS81 P-----EEPRPPRRKPQTRGKTFHGLLTRARGPPIEGPPRPQRGSTSFLDTRF
400 410 420 430 440
480 490 500
pF1KE1 PKDSAPKDSAPQDLAPQVSAHHRSQESLTSQESEDTYL
>>CCDS1314.1 RABGAP1L gene_id:9910|Hs108|chr1 (815 aa)
initn: 460 init1: 277 opt: 542 Z-score: 381.1 bits: 80.8 E(32554): 6.6e-15
Smith-Waterman score: 554; 29.8% identity (60.3% similar) in 393 aa overlap (1-384:439-806)
10 20
pF1KE1 MAKSNGENGPRA-PAAGESLSGTRESLAQG
. .:.:.. : : : .: ::: .
CCDS13 LLETVVRVYPANERFWYFSRKTFTETFFMRLKQSEGKGHTNAGDAIYEVVSLQRESDKEE
410 420 430 440 450 460
30 40 50 60 70 80
pF1KE1 PDAATTDELSSLGSDSEANGFAERRIDKFGFIVGSQGAEGALEEVPLEVLRQRESKWLDM
: . : :. : : . ::.. :. :.:. . .. : ..: .: ..
CCDS13 PVTPT----SGGGPMSPQDDEAEEESDNEL----SSGTGDVSKDCPEKILY----SWGEL
470 480 490 500 510
90 100 110 120 130 140
pF1KE1 LNNWDKWMAKKHKKIRLRCQKGIPPSLRGRAWQYLSGGKVKLQQNPGKFDELD-MSPGDP
:..: . .. . : . ..:.: .::...:: :.: ..: . .:. . :
CCDS13 LGKWHSNLGARPKGLSTLVKSGVPEALRAEVWQLLAG----CHDNQAMLDRYRILITKDS
520 530 540 550 560 570
150 160 170 180 190 200
pF1KE1 KWLDVIERDLHRQFPFHEMFVSRGGHGQQDLFRVLKAYTLYRPEEGYCQAQAPIAAVLLM
.:: ::.:: :: :..: . :: ::..:... :::..: . ::::.:. .:::::.
CCDS13 AQESVITRDIHRTFPAHDYFKDTGGDGQESLYKICKAYSVYDEDIGYCQGQSFLAAVLLL
580 590 600 610 620 630
210 220 230 240 250 260
pF1KE1 HMPAEQAFWCLVQICEKY-LPGYYSEKLEAIQLDGEILFSLLQKVSPVAHKHLSRQKIDP
::: :::: ::.: : : : ...: .. : :.:. : :.:.: ...
CCDS13 HMPEEQAFCVLVKIMYDYGLRDLYRNNFEDLHCKFYQLERLMQEQLPDLHSHFSDLNLEA
640 650 660 670 680 690
270 280 290 300 310 320
pF1KE1 LLYMTEWFMCAFSRTLPWSSVLRVWDMFFCEGVKIIFRVGLVLLKHALGSPEKVKACQGQ
.: ..::. :. .: :... :...:::..:::.:.:.::: . : :..
CCDS13 HMYASQWFLTLFTAKFPLCMVFHIIDLLLCEGLNIIFHVALALLKTS-----KEDLLQAD
700 710 720 730 740
330 340 350 360 370 380
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CCDS13 FEGALKFFRVQLPKRYRAEENARRLMEQACNIKVPTKKLKKYE----KEYQTMRESQLQQ
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..:
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]